조심 2022서2377 (2022.10.18)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2013.6.24. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조에 따라 OOO의 주거환경개선 정비사업(이하 “OOO정비사업”이라 한다)을 위하여 설립된 조합으로, OOO정비사업을 진행하여 2019.2.26. 아파트 1,957세대(조합원분 1,449세대, 일반분양분 396세대 및 임대 112세대)를 준공인가받았다. 나. 청구법인은 「법인세법」 제113조 의 구분경리 규정에 따라 발생된 비용 중 비수익사업(조합원분양분)과 수익사업(일반분양분)에 각 속하는 개별손금은 실질귀속에 따라 구분하고, 공통손금은 조합원분양분과 일반분양분 면적으로 안분하여 법인세를 신고.납부하면서, ① 2017~2019사업연도 중 종전주택에 거주하던 조합원 등이 주택철거 이후 새로운 주택의 준공전까지 인근 지역으로 주거지를 옮기는데 필요한 자금 등(이하 “기본이주비”라 한다)을 차입(이하 그에 따른 차입금을 “이주대출금”이라 한다)한 것과 관련하여 조합원에게 무상으로 지원한 이주대출금의 금융이자 대납액 OOO원(이하 “쟁점이자대납액”이라 한다)을 비수익사업에 해당하는 비용으로 보아 손금에 산입하지 아니하고, ② 2014년 4월 OOO 및 인근 아파트 재건축조합장들과 ‘OOO택지개발지구 재건축에 따른 신.개축학교 설립비용 분담 등 관련사항 가협약’(이하 “학교설립비용분담협약”이라 한다)을 체결한 것과 관련하여, 2019.2.20. OOO에 납부한 부담금 OOO원(이하 “협약서상부담금”이라 한다)을 공통손금으로 하여 수익사업에 해당하는 비율만큼만 손금산입하였다. 다. 청구법인은 2021.6.17. ① 쟁점이자대납액이 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적 지출 비용으로서 공통손금에 해당되므로 쟁점이자대납액 중 수익사업인 일반분양분에 상당하는 OOO원을 손금에 산입하고, ② 공통손금으로 신고한 협약서상부담금 중 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」(이하 “학교용지법”이라 한다)상 일반분양분에 대한 납부의무가 있는 학교용지부담금 상당액(OOO원)이 수익사업에 속한 개별손금에 해당되므로, 해당금액을 전부 손금에 산입(나머지 금액 OOO원은 공통손금)하여 법인세 과세표준 및 세액의 경정을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.12.15. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점이자대납액은 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적 지출 비용으로서 공통손금에 해당한다. (가) 「법인세법」 제19조 제2항에서 손비는 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 규정하고 있는바, 쟁점이자대납액은 해당 규정상의 손금의 요건(사업관련성, 통상성, 수익관련성)을 충족한다. 1) (사업관련성) 쟁점이자대납액은 재건축사업을 원활하게 추진하기 위하여 반드시 필요한 사업비용에 해당한다. 가) 재건축사업은 기존의 아파트 및 상가를 철거하고 그 대지 위에 새로운 아파트 및 상가를 신축하는 사업으로서 재건축사업의 원활한 사업을 추진하기 위하여 무엇보다도 해당 조합이 설정한 이주기간 이내에 조합원들의 빠른 이주진행이 매우 중요한바, 청구법인도 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 대부분의 조합원들이 금융기관으로부터 이주에 필요한 자금 중 기본이주비를 대출받도록 알선하고, 청구법인의 정관 제21조에 따라 2014.11.30. 조합원임시총회에서 관리처분계획(안)을 수립한 후 ‘정비사업비 예산(안)’의 정비사업비 예산으로 편성하여 이주대출금 이자를 조합이 부담하는 것으로 의결하였다. 나) 정비사업조합의 예산 및 회계업무처리에 대한 기본원칙과 작성기준을 정한 OOO의 ‘정비사업조합 등 표준예산 회계규정’(OOO고시, 제2018-248호)에 의하면, 이주비 대여금 이자비용을 정비사업의 각종 보상비에 포함하여 사업비로 처리하도록 규정하고 있고 도시정비법 제92조 에서 ‘정비사업비는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사업시행자가 부담한다’라고 규정하고 있으므로 정비사업비로 편성된 예산은 정비사업을 추진함에 있어 필요한 ‘사업비’에 해당하고 또한 그 사업비는 사업시행자인 정비사업조합이 원칙적으로 부담한다. 다) 따라서, 조합원총회 의결로 청구법인의 정비사업비예산으로 편성하여 사업비에 포함하여 청구법인이 부담한 쟁점이자대납액은 이주에 일시적으로 목돈이 필요한 조합원들의 조기이주를 장려하여 재건축 사업추진을 원활하게 하려는 목적하에 지출된 비용이므로 손금의 요건인 ‘사업관련성’을 충족한다. 2) (통상성) 쟁점이자대납액은 정비사업을 영위하는 대부분 정비사업조합에서 조합원들의 이주를 위하여 통상적으로 부담하는 사업비이다. 가) 정비사업을 진행하는 대부분의 정비사업조합은 조합원들의 조기이주에 필요한 자금 중 최소자금으로 볼 수 있는 기본이주비에 대한 금융이자를 통상적으로 조합원총회 의결을 거쳐 정비사업비에 포함하고 조합이 부담하도록 하여 정비사업을 추진하고 있다. 나) 한편, 정비사업의 투명성을 개선하고자 2018.2.9. 제정된 ‘정비사업 계약업무 처리기준’(국토교통부 고시 제2018-101호) 제30조에 건설업자 등은 입찰서 작성시 사업시행자(정비사업조합)에게 시공과 관련 없는 사항에 대한 금전이나 재산상의 이익을 제공하는 제안을 금지하면서도, 예외적으로 조합원들의 원활한 이주를 지원하기 위하여 금융기관의 이주대출금에 대한 이자를 사업시행자에게 대여하는 것을 허용하고 있는 점 등에 비추어 보면, 정비사업을 원활하게 추진하기 위해서는 무엇보다도 조합원들의 정상적인 이주가 매우 중요함을 관련 법령 등에서도 인정하고 있음을 알 수 있다. 다) 위와 같이 조합원들의 기본이주비에 대한 금융비용을 정비사업조합이 부담한 것은 정비사업을 원활하게 진행하기 위하여 지극히 정당한 사업비용을 지출한 것이 되며, 또한, 다른 재건축조합도 마찬가지로 정비사업비에 포함하여 정상적으로 지출하고 있는 비용으로서 사업을 영위하는 평균인의 입장이라면 지출하였을 것으로 기대하기 어려운 이례적인 비용이라고 볼 수도 없으므로, 손금 범위의 두 번째 요건인 일반적으로 인정되는 ‘통상성’의 요건을 갖추었다고 볼 수 있다(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결 참조). 3) (수익관련성) 조합원들의 이주가 지연되면 공사기간 연장으로 공사비가 증액되어 사업비의 추가 부담을 가져오므로 조합원의 이주를 위하여 지출한 쟁점이자대납액은 조합의 사업수익과 관련이 있다. (나) 청구법인의 조합원들은 비록 조합의 출자자이지만 「법인세법 시행령」 제50조 제2항에 따른 소액주주(각 조합원 출자지분율 0.07%) 등으로서 이는 「법인세법」 제52조 의 부당행위계산의 부인규정 적용대상인 특수관계인에 해당되지 아니하므로 조합과 조합원간의 거래는 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당되지 아니하여 세법상 정상적인 거래에 해당한다. (다) 이주대출금 이자는 「지방세법」상 재건축조합의 신축건물에 대한 취득가격에 포함(조심 2021지738, 2021.12.29. 외 다수 참조)되고, 「법인세법」제41조 상 해당 자산의 취득세 과세표준에 포함되는 항목은 자산의 취득가액에 당연히 포함되므로 자산의 취득가액에 포함된 해당 이자는 당해자산의 양도(분양)에 따른 수익에 대응되는 비용에 해당한다. (라) 조세심판원은 이주비 이자의 배당소득 관련 사건에서 이주비 이자부담액은 재개발사업의 필수 지출비용에 해당하고 수익사업을 포함한 전체 재개발사업을 위한 공통경비에 해당하는 것으로 판단(조심 2020부371, 2021.4.2.)하였고, 또한 조합이 조합원의 이주비 이자를 시공사가 부담하는 조건으로 공사도급계약을 체결한 경우 그 이자는 거래의 형식적 측면에서는 시공사가 부담한 것으로 나타나지만, 실질적으론 공사도급액에 포함되어 조합이 부담하는 경우라도 그 이자부분은 공통경비에 해당하는 것이라고 판단(조심 2019부3546, 2020.2.26.)하였는바, 조합이 공사비에 포함하여 시공사에 지급한 이주비 이자와 같이 과세형평성 등을 고려하여 쟁점이자대납액도 공통경비로 보아야 한다. (2) 협약서상부담금 중 일반분양분 수입금액을 기준으로 부과되는 법령상 의무부담금인 학교용지부담금 상당액은 수익사업에 귀속되는 개별손금으로 처리하고, 나머지 금액은 전체재건축사업의 진행에 있어 정비기반시설의 기부채납액 등의 성격으로 보아 공통손금으로 구분하여 처리하는 것이 합당하다. (가) 사업시행자의 일반분양 수입금액을 기준으로 법령상 납부의무가 있는 ‘학교용지부담금’은 일반분양분에 귀속되는 개별손금에 해당한다. 1) 정비사업시행 등에 따른 인구증가로 안정적인 교육환경개선 등을 위해 제정된 학교용지법에 의거 시ㆍ도지사가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업(도시정비법에 따라 시행하는 정비사업으로 100세대 규모 이상의 공동주택을 건설하는 재건축조합도 포함)을 시행하는 자에게 학교용지부담금을 부과 징수하여 학교용지 확보 및 기존학교의 증축비용으로 사용하고 있다. 요컨대, 개발사업지역에서 도시정비사업 시행 결과 해당 사업시행구역내 세대 수가 증가하지 아니한 경우를 제외하고는 공동주택을 분양하는 개발사업시행자에게 학교용지법 제5조 에 따라 학교용지부담금을 부과.징수할 수 있는바, 정비사업시행으로 기존세대수보다 증가된 세대수는 일반분양하므로 신규로 주택이 공급되어 학교시설확보의 필요성을 유발하기 때문에 학교용지부담금은 그 증가된 세대 수인 일반분양세대(개발사업분)만을 부과대상으로 삼고 있으므로 일반분양분에 직접 관련하여 발생하는 비용으로서 개별손금에 해당한다. ＜학교용지부담금 부과대상＞

2) 청구법인은 정비사업 시행결과 기존 세대 수보다 증가된 세대 수인 일반분양분의 분양가격을 기준으로 학교용지법에 의해 산정된 학교용지부담금(OOO원)에 대하여 납부의무가 있다. ＜학교용지부담금 산출 근거＞ (단위 : 세대수, 원) OOO (나) ‘협약서상부담금’은 개발사업시행자인 청구법인이 당연히 납부의무가 있는 학교용지부담금을 면제받는 대신 부담한 것이므로, 그 금액에는 학교용지부담금이 포함되어 있다. 1) 학교용지법 제5조의4 (학교용지부담금 특별회계) 및 제6조 제2항(전출) 규정에 의해 사용되는 학교용지부담금과 이 건 협약서상부담금의 사용흐름을 살펴보면, 단지 그 부과 징수방법만 다를 뿐 궁극적으로 학교 신.개축 완료시 그 재산은 ‘OOO 교육비특별회계 소관 공유재산’으로 편입되므로 같은 목적으로 사용된다. 2) 학교설립비용분담협약서 제9조에서 신.개축된 학교시설은 준공검사 후 OOO 교육비특별회계 소관 공유재산으로 하고, 제5조 제2항에서 OOO은 확정된 총공사금액에 대하여 학교용지법 제5조 제4항(현 제5항) 제4호에 따라 개발사업시행자가 학교시설 등을 시.도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우 학교용지부담금을 면제하는 규정을 적용하여 ‘학교용지부담금을 면제한다’라고 되어 있다. 수익사업만을 영위하는 개발사업의 경우 학교용지부담금으로 부과받거나 또는 학교용지부담금을 면제받는 대신 사업인가조건에 의하여 학교시설의 기부채납 또는 부담금 명목 등으로 납부하더라도 그 명칭여하에 불구하고 부담하는 전액에 대하여 손금으로 인정되므로 학교설립비용분담협약서 제5조에서 ‘학교용지부담금을 면제한다’라는 문구 대신 ‘학교용지부담금이 포함되어 있다’라고 작성이 되었다면, 그 협약서상부담금 납부액은 변동이 없음에도 협약서상부담금안에 포함된 학교용지부담금 상당액은 일반분양분의 개별손금으로 처리하는데 아무런 논란이 없었을 것이다. 3) 사업인가권자인 OOO이 일반분양분에 대하여 학교용지부담금 납부의무가 있음에도 이를 면제한 것은 사업시행 인가조건으로 부가된 이 건 협약서상부담금에는 학교용지부담금이 실질적으로 포함되어 있어 이중으로 학교용지부담금을 부과할 수 없었기 때문이다. (다) 조세심판원도 학교용지부담금을 대신하여 학교시설신축비용을 부담한 사건에 대한 취득세 결정에 있어, 그 학교시설신축비용은 학교용지부담금과 그 성격이 사실상 동일하다고 판단하고 있다(조심 2021지1112, 2021.6.8.). (라) 청구법인은 법령상 의무부담금인 학교용지부담금(OOO원)을 면제받은 대신 그 예산용도가 동일한 협약서상부담금(OOO원)을 더 많이 부담하여 실질적으로 교육당국의 OOO지구내 학교신개축에 필요한 예산에 많은 기여를 하였으므로 추가부담한 상당액에 대한 조세혜택을 받아야 함에도 아래와 같이 오히려 조세(법인세)를 더 부담해야 매우 불합리한 결과가 초래되어, 과세의 형평성 및 조세정의에도 부합하지 않는다. ＜손금산입액(예시)＞ (단위 : 백만원) OOO 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점이자대납액을 전체 사업의 예산에 포함하여 집행하였기 때문에 조합의 비용으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 비용의 집행주체가 조합일 뿐 그 실질 귀속은 조합원이므로 조합의 손금이 아닌 조합원의 배당소득이다. (가) 쟁점이자대납액은 업무의 편의를 위하여 조합에서 대납하였을 뿐 실질은 조합원의 재산을 담보로 한 조합원 개인의 대출에 관한 것이며 청구법인이 대납한 쟁점이자대납액을 포함한 사업비용과 사업수익을 정산한 결과에 따라 조합원의 추가 분담금 금액이 결정되므로 쟁점이자대납액에 대한 부담은 결국 조합원 개인에게 전가되는 것이다. (나) 또한, 조합원은 본인이 부담하여야 할 이자비용에 대해 채무면제라는 경제적 이익을 제공받은 것이므로 그 귀속자인 조합원에 대한 배당소득으로 소득처분함이 타당하다(법령해석과-2917, 2019.10.17., 서면-2016-법인-3140, 2016.6.13. 외 다수). 이에 대하여 다수의 국세청 예규가 형성되어 있으며, 청구법인은 2013∼2021사업연도 법인세 과세표준 전체 금액을 조합원의 배당소득으로 보아 배당소득세를 원천징수하고 신고.납부하였다. (다) 근거로 제시한 심판 결정례의 전문을 보면 청구취지 또는 사실관계가 상이하여 쟁점이자대납액의 공통경비 인정 근거로 적절하지 않음에도 청구법인은 일부 청구법인에게 유리한 부분만을 인용하였다. 1) 먼저, 조심 2020부371(2021.4.2.) 결정의 경우, 청구법인은 쟁점 이주비 전액을 조합원의 배당소득으로 보아 배당소득세를 원천징수.신고하였으나 일반분양분에 해당하는 비용만 배당소득으로 보아야하므로 배당소득세 일부를 환급해줄 것을 청구하고 있어 청구취지가 다르다. 2) 조심 2019부3546(2020.2.26.) 결정의 경우, 재건축조합이 지출한 공사도급금액에 시공사가 부담하기로 약정한 쟁점 이주비가 포함되어 있는지를 다투고 있으며, 그 사실관계가 특수한 건으로 본 처분의 적법성을 다투는데 근거로 삼기 부적절하다. (라) 청구법인은 「지방세법」상 취득세 과세표준에 쟁점이자대납액이 포함되므로 「법인세법」상 자산의 취득가액에도 당연히 포함된다고 주장하나, 「법인세법」과 「지방세법」은 별도의 규정으로 적절한 비교대상이 아니다. (2) 협약서상부담금을 납부함에 따라 학교용지부담금을 면제받은 것이므로 협약서상부담금 납부액에 학교용지부담금이 포함된 것으로 보아 손금 인정되어야한다는 주장은 타당하지 않다. (가) 학교용지법 제5조 는 학교용지부담금의 부과.징수에 대하여 규정하고 있는데, 해당 조항은 학교용지부담금의 부과.징수를 임의규정으로 하고, 단서에 부과예외사유를 강행규정으로 열거하고 있다. 또한 동조 제4항에서는 학교용지부담금을 면제하여야 하는 사유를 열거하고 있다. (나) 학교설립비용분담협약서 제5조 제2항, 제9조, 제10조에 명확히 기재되어 있듯이 청구법인을 포함한 OOO에 학교용지부담금이 부과되지 않은 것은 학교용지법 제5조 제4항 제4호에 따른 면제사유에 해당하기 때문이며, 이는 협약서 제5조 제2항, 제9조, 제10조에도 명확히 기재되어 있다. (다) 청구법인은 협약의 조항을 작성하는데 있어 학교용지부담금의 부과를 면제한다는 문구를 사용하였을 뿐 그 실질은 협약서상 부담금에 학교용지부담금이 포함되어 있다고 주장하나, 엄연히 면제와 포함은 다른 단어로 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 나아가 당사자 간의 협약으로 청구법인은 체결 당시 이의를 제기할 수 있었으며, 청구법인은 협약의 지연으로 수익성이 악화되어 어쩔 수 없이 협약에 동의하였다고 주장하나 상식적으로 수익사업을 영위하는 청구법인의 입장에서 만약 협약서상 부담금을 지출하는 것이 사업의 지연보다 수익성에 악영향을 미쳤다면 동의하지 않았을 것이다. (라) 학교설립비용분담협약서의 내용 또한 학교 시설 신.개축공사의 총공사비용을 어떠한 기준으로 재건축 5개단지에 분배할지에 대한 것으로 분양수입금액에 정률을 곱하여 산출되는 학교용지부담금과 어떠한 상관관계도 없으며, 공사비용에 학교용지부담금이 포함되어 있다는 주장은 어떠한 근거도 없는 청구법인의 자의적인 해석이다. (마) 청구법인은 학교용지부담금이 증가한 세대 수에 비례하여 부과하는 것이기 때문에 일반분양분(수익사업)에 대응하는 비용으로 개별손금으로 산입해야한다고 주장하나, 이는 학교용지부담금 금액을 산출하는 기준일 뿐 학교용지부담금의 징수 취지를 생각한다면 학교용지부담금을 공통손금으로 보는 것이 타당하다. 학교용지법 제2조 제3호에 따르면 학교용지부담금이란 개발사업에 대하여 시ㆍ도지사가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비이다. 해당 재원으로 완성된 학교시설은 일반분양분 세대의 자녀만 사용하는 것이 아니고 전체 세대의 자녀가 사용하는 것이므로 일반분양분에만 국한된 비용이라 할 수 없어 공통손금으로 보는 것이 합당하다. (바) 청구법인은 해당 재건축 사업과 관련한 협약에만 재건축사업인가조건을 붙였다고 주장하나 OOO 등 다수의 재건축조합이 사업시행인가를 조건으로 학교신축비용을 부담하였다. (사) 취득세 과세표준에 학교신축비용이 포함된다는 취지의 조세심판 결정례를 근거로 학교용지부담금과 협약서상 부담금이 동일한 비용이므로 학교용지부담금 상당액은 개별손금으로, 그 초과하는 부분은 공통손금으로 인정해달라고 주장하나, 이는 별도 법령에 근거한 심판결정례로 적절한 비교대상이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 조합이 부담한 조합원의 기본이주비 대출 관련 이자(쟁점이자대납액)가 전체 재건축사업의 공통경비에 해당하는지 여부 ② 협약서상부담금을 납부함에 따라 면제받은 학교용지부담금 상당액을 일반분양수익에 귀속되는 개별손금으로 산입하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에서 확인된 쟁점이자대납액 및 협약서상부담금과 관련된 기초 사실관계는 아래와 같다. (가) 쟁점이자대납액이 발생하게 된 경위 및 내용은 다음과 같다. 1) 조합원은 OOO정비사업과 관련하여 종전주택의 명도, 이주 및 철거 등이 이루어지는 과정에서, 새로운 아파트가 준공될 때까지 인근지역으로 주거지를 옮기거나 또는 보유하던 종전주택의 세입자에게 전세보증금 등을 반환하기 위한 자금이 필요함에 따라 금융기관으로부터 기본이주비를 차입하게 되었다. 2) 이에 청구법인은 2014년 10월 및 11월 조합원의 이주비대출과 관련하여 금융기관과 ‘이주비 대출에 관한 협약’을 체결하고 업무 편의를 위하여 조합원이 부담하여야 할 금융이자(쟁점이자대납액)를 대납하기로 하였다. 3) 청구법인은 조합정관 제21조(총회의결사항) 및 제32조(조합의 회계)에 따라 쟁점이자대납액을 정비사업비예산으로 편성하고 조합원 임시총회(2014.11.30.)를 거쳐 조합원에게 발생된 쟁점이자대납액을 부담하였는바, 임시총회 자료집(220p 제15조)에 의하면, ‘도급인(청구법인)은 조합원의 이주에 필요한 자금을 도급인의 조합원이 금융기관으로부터 직접 차입하기로 하되, 기본이주비에 대한 금융이자는 수급인(AAA)이 도급인에게 대여하고 이는 조합원 분담금으로 회수한다. 세대당 기본이주비 차입금 한도는 아래와 같고 기본이주비 이외의 추가이주비 이자는 금융기관의 대출약정에 따라 조합원이 금융기관에 별도로 납부하여야 하며, 조합원은 기본이주비 원금을 입주지정기간 만료일 등의 기일까지 해당 금융기관에 전액 상환하여야 한다’고 기재되어 있다. ＜기본이주비 대출금액 한도＞ OOO (나) 협약서상부담금이 발생하게 된 경위 및 내용은 아래와 같다. 1) OOO의 재건축사업(OOO정비사업 포함)으로 인한 학교신설 등의 비용부담과 관련하여, OOO(청구법인 포함) 및 OOO이 여러 차례 회의를 거친 후 2014년 4월 OOO지구 재건축으로 인하여 발생된 학교신설(초등학교 1개소) 및 학교개축(유치원 1개소, 초등학교 2개소, 중학교 1개소)의 비용분담에 대해 아래와 같이 분담하기로 합의하여 가협약을 체결하였는바, ‘학교설립비용분담협약서’에 의하면, 제1조에 ‘가협약은 OOO내에 소재하고 있는 학교를 개축하고, 학교 1교를 신설하여 OOO내 학생들에게 쾌적한 교육환경을 제공하는 것을 목적으로 한다’, 제5조 제2항에 ‘OOO은 확정된 총공사금액에 대하여 학교용지법 제5조 제4항 제4호에 따라 시행자의 학교용지부담금을 면제한다’, 제6조 제2항 ‘재건축으로 인하여 증가하는 학생을 수용하기 위한 신설초등학교의 설립비용 중 90%를 교육청이 부담하고 시행자는 10%만을 부담한다’는 내용이 기재되어 있다. ＜학교신설 등의 비용분담 내역＞ (단위 : 억원) OOO 2) 청구법인은 재건축사업의 준공시점인 2019.2.20. 학교설립비용분담협약서상의 부담금(OOO원)을 OOO에 납부하였다. (2) 청구법인은 법인세 신고 시 쟁점이자대납액을 비수익사업에 해당하는 비용으로 보아 손금에 산입하지 아니하고, 협약서상부담금을 공통손금으로 보아 수익사업에 해당하는 비율만큼만 손금산입하여 신고하였다가, 2021.6.17. 쟁점이자대납액은 공통손금에 해당하고 협약서상부담금 중 학교용지법상 일반분양분에 대한 납부의무가 있는 학교용지부담금 상당액(OOO원)은 개별손금에 해당한다며 경정청구를 제기하였는바, 그 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점이자대납액 경정청구 내역 (단위 : 백만원) OOO (나) 협약서상부담금 경정청구 내역 (단위 : 백만원) OOO (3) 한편, 청구법인은 해산시 2013∼2021사업연도 중 발생한 수익사업 이익(OOO원)에서 법인세 등 납부액(OOO원)을 차감한 금액(OOO원)을 조합원의 배당소득으로 보아 배당소득세(OOO원)를 원천징수하고 신고.납부하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 1) 「법인세법」제19조 제2항에서 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 어떤 비용이 「법인세법」상 손금으로 인정되기 위해서는 통상적이거나 수익관련성에 앞서 사업관련성이 전제되어야 하고 그 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결, 같은 뜻임). 2) 청구법인은 쟁점이자대납액이 OOO정비사업을 위해 필수적 지출로서 공통손금에 해당한다고 주장하나, 도시정비법상의 주거환경개선사업 등은 노후화된 주택 등의 철거가 필수불가결하여 정비사업의 시행자가 사업부지를 점유하고 있는 자에게 퇴거조건 등으로 이주보상금을 지급하여야 원활한 사업을 수행할 수 있으므로 해당 비용은 정비사업과의 관련성이 있다고 볼 수 있는 반면, 쟁점이자대납액은 조합원이 대체주거지를 찾는 등 이주에 필요한 자금을 금융기관과의 대출약정을 통해 차입하고 그에 따라 발생한 이자를 채무자인 조합원을 대신하여 청구법인이 우선 납부한 것으로, 온전히 조합원의 이익을 위하여 지출한 비용에 해당하고, 청구법인이 조합원이 납부하여야 할 이주대출금 이자[임시총회 자료집에 의하면, ‘기본이주비에 대한 금융이자는 수급인(AAA)이 도급인(청구법인)에게 대여하고 이는 조합원 분담금으로 회수한다’고 기재되어 있어, 결국 조합원이 납부하여야 할 이자비용임을 확인하고 있음]를 대신 납부하지 아니하더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 상술한 명도를 위한 이주보상금과는 성격을 달리하는 쟁점이자대납액을 정비사업에 통상적으로 필요한 비용이라고 보기 어려운 점, 이와 같이 쟁점이자대납액이 조합원분양 대상인 조합원을 위하여 지출한 것이고 일반분양분(수익사업)과 무관한 것임에도 이를 전체 공통비용으로 보게 되면 수익.비용의 대응 원칙에도 부합하지 않아 보이는 점, 청구법인이 제시한 선결정례들은 이주비대출이자 대납액이 손금불산입 대상임을 전제한 후, 그 소득처분을 배당소득으로 할 것인지, 기타사외유출로 할 것인지가 쟁점이 된 것으로 이 건과 사안을 달리할 뿐만 아니라 그 전제에 따르면 쟁점이자대납액은 손금불산입 대상인 점 등에 비추어 쟁점이자대납액은 OOO정비사업의 수행에 필요한 비용과 무관하여 공통손금으로 보기는 어렵다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 협약서상부담금 중 학교용지법상 일반분양분에 대한 납부의무가 있는 학교용지부담금 상당액(OOO원)은 개별손금으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인과 교육청 간에 체결한 학교설립분담협약서 제1조(목적)에 ‘본 협약은 학교를 신설하여 OOO내 학생들에게 쾌적한 교육환경을 제공하는 것을 목적으로 한다’고 기재되어 있는 것으로 보아 해당 협약에 따라 청구법인이 납부한 협약서상부담금은 재개발사업 전반(일반분양분 및 조합원분양분)에 걸친 비용으로 보이는 점, 학교용지부담금은 학교용지법에 의해 부과되는 반면, 협약서상부담금은 계약에 의해 납부한 것이어서 그 법적 성질 등이 다르므로 협약서상에 학교용지법상의 학교용지부담금을 면제한다는 내용 등이 기재되었다 하여 그에 상당하는 금액이 학교용지법상의 일반분양분에 해당되는 부담금이라고 단언할 수 없는 점, 더욱이 학교설립분담협약서 제6조(비용분담 확정) 제2항에 의하면, 재건축으로 인하여 증가하는 학생을 수용하기 위한 신설초등학교의 설립비용 중 90%를 교육청이 부담하고 시행자는 10%만을 부담하도록 규정하고 있는바, 시행자의 협약서상부담금이 학교용지법상의 학교용지부담금에 상응하는 금액으로 보기도 어려운 점, 또한 학교설립분담협약서 제5조 제2항에서 ‘ 학교용지법 제5조 제4항 제4호에 따라 시행자의 학교용지부담금을 면제한다’는 규정은 청구법인이 학교용지법상의 학교용지부담금 상당액을 납부하였기 때문이 아니라 청구법인이 설치한 학교가 학교용지법상 제5조 제4항 제4호(현재는 제5조 제5항 제4호)에 해당되는 경우(기부채납)이어서 이에 따른 학교용지부담금을 면제한다는 것을 확인한 것에 불과한 점, 설령 청구법인이 주장하는 학교용지부담금 상당액(OOO원)을 학교용지법상 부담금에 상응하는 비용이라 본다 하더라도 개발사업 내 신설 또는 개축된 학교는 일반분양자 및 조합원분양자 모두가 이용하는 시설이므로 그와 관련되어 학교용지법상 지출된 비용(부담금)을 조합원분양분과 구분하여 일반분양분의 개별손금으로 보기도 어려운 점 등에 비추어 협약서상부담금은 OOO정비사업의 공통손금으로 보이므로 학교용지법상 일반분양분에 대한 납부의무가 있는 상당액으로 보아 개별손금으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조 에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다. 1. 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다) (2) 조세특례제한법 시행령 제104조의4 (정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다. (3) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다. ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다. 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (4) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 (5) 법인세법 시행규칙 제75조 (구분경리의 범위) ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. (6) 도시 및 주거환경정비법 제40조(정관의 기재사항 등) ① 조합의 정관에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 8. 조합의 비용부담 및 조합의 회계 제45조(총회의 의결) ① 다음 각 호의 사항은 총회의 의결을 거쳐야 한다. 3. 정비사업비의 세부 항목별 사용계획이 포함된 예산안 및 예산의 사용내역 제92조(비용부담의 원칙) ① 정비사업비는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사업시행자가 부담한다. (7) 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제1조(목적) 이 법은 공립 유치원ㆍ초등학교ㆍ중학교 및 고등학교용 학교용지의 조성ㆍ개발ㆍ공급과 관련 경비의 부담 등에 관한 특례를 규정함으로써 학교용지의 확보를 쉽게 하고 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 기존 학교의 증축을 쉽게 함을 목적으로 한다 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다 2. “개발사업”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법률에 따라 시행하는 사업 중 100세대 규모 이상의 주택건설용 토지를 조성ㆍ개발하거나 공동주택( 「주택법」제2조 제4호에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 규모의 오피스텔을 포함한다. 이하 같다)을 건설하는 사업을 말한다. 다. 도시 및 주거환경정비법 3. “학교용지부담금”이란 개발사업에 대하여 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 “부담금”이라 한다)를 말한다. 제5조(부담금의 부과ㆍ징수) ① 시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개발사업분의 경우에는 그러하지 아니하다 5. 「도시 및 주거환경정비법」제2조 제2호 나목부터 다목까지의 규정에 따른 정비사업 시행 결과 해당 사업시행구역 내 세대 수가 증가하지 아니하는 경우 ⑤ 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부담금을 면제할 수 있다. 다만, 제1호ㆍ제3호 및 제4호의 경우에는 부담금을 면제하여야 한다 4. 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우 제5조의2(부담금의 산정기준) ② 제1항에 따른 부담금은 다음 각 호의 기준에 따라 산정한다. 1. 공동주택 : 세대별 공동주택 분양가격×1천분의 8 제5조의4(학교용지부담금특별회계의 설치) ① 시ㆍ도는 학교용지 확보 등에 필요한 경비를 조달하고, 부담금을 적정하게 관리하기 위하여 학교용지부담금특별회계를 설치하여야 한다 ③ 특별회계의 세입은 다음 각 호와 같다. 1. 제5조 제1항에 따라 부과ㆍ징수하는 부담금 ※ 정비사업 계약업무 처리기준(국토교통부 고시 제2018-101호, 2018.2.9. 제정) 제30조 (건설업자등의 금품 등 제공 금지 등) ① 건설업자등은 입찰서 작성시 이사비, 이주비, 이주촉진비, 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」제2조 제3호에 따른 재건축부담금, 그 밖에 시공과 관련이 없는 사항에 대한 금전이나 재산상 이익을 제공하는 제안을 하여서는 아니 된다. ② 제1항에도 불구하고 건설업자등은 금융기관의 이주비 대출에 대한 이자를 사업시행자등에 대여하는 것을 제안할 수 있다 ※ OOO 정비사업 조합 등 표준 예산.회계규정(OOO호) 제1조(목적) 이 규정은 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 시행되는 정비사업 추진위원회.조합 등 운영과정에서 낭비적 자금처리 요인을 제거하고 효율적인 자금통제 장치를 마련하기 위하여 예산 및 회계업무처리에 대한 기본원칙과 작성기준을 정함으로서 투명하고 공정한 정비사업 추진에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조 (적용기준) 이 규정은 「OOO 도시 및 주거환경정비조례」제83조 제1항에 따라 추진위원회.조합이 예산.회계처리에 관한 운영규정을 정함에 있어 관련법령.세법, 클린업시스템, 기업회계기준 등을 종합적으로 검토하고 실정에 맞게 작성한 최소 기준으로서 다른 규정에 우선하여 적용함을 원칙으로 한다. 제15조(예산서의 첨부서류) 예산서에는 다음 서류를 첨부하여야 한다. 3. 사업비 예산서는 양식사례 별지 3호 서식과 같다. [별지 제3호 서식]