조심 2023인10080 (2024.07.08)

부평세무서장이 2023.6.20. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 수익사업의 분양방식을 변경하는 과정에서 발생한 위약벌 및 관련 소송비용 합계 OOO원을 수익사업의 개별손금으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2009년 2월경 OOO 일대의 주택재개발사업을 시행하기 위해 설립된 비영리법인으로, 분양방식을 변경(매매계약을 해제)하는 과정에서 발생한 위약벌 및 관련 소송비용 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 2021사업연도의 수익사업의 개별손금으로 처리하였다. 나. 처분청은 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2023.3.6.부터 2023.5.18.까지 청구법인에 대하여 실시한 세무조사의 결과에 따라, 쟁점비용은 공통손금에 해당한다고 보아 쟁점비용 중 비수익사업 비율(40.5%)에 해당하는 OOO원의 손금불산입 등을 하여 2023.6.20. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.6. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점비용은 수익사업의 개별손금이다. (가) 청구법인은 총 5,050세대 규모의 재개발사업 관리처분계획 인가를 받았고, 2017.2.21. 이 중 조합원분양분을 제외한 일반분양분 3,196세대를 임대사업자인 주식회사 A위탁관리부동산투자회사(이하 “A”이라 한다)에 매매하는 계약(이른바 ‘B 사업’에 따른 매매계약으로, 이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 체결하였다가, 쟁점매매계약을 해제하였으며, 이를 계약위반이라는 이유로 A이 민사소송을 제기함에 따라 그 결과 쟁점비용을 부담하게 되었다. (나) 쟁점비용은 조합원분양과는 전혀 상관없이, 일반분양분의 수입을 높이기 위해 발생한 비용으로, 수익사업과 직접적인 인과관계 및 대응관계가 있으므로 이는 수익사업의 개별손금에 해당한다. 1) ‘법인세법 집행기준’과 기본통칙 등에 의하면 “과세사업수익과 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금”으로 구분한다. 2) 청구법인은 일반분양분의 수익사업에서 가능한 최대의 수익을 올리고자 쟁점매매계약을 해제한 후, 일반인에게 분양함으로써 OOO원의 추가이익을 실현하였다. 3) 쟁점비용은 수익사업에서의 추가수입을 위해 발생한 것이고, 쟁점비용이 없었다면 추가수입이 발생하지 않았을 것이기 때문에 추가수입과 쟁점비용은 1:1의 대응관계가 성립한다 할 것이고 따라서 이는 수익사업의 개별손금이라 할 수 있다. 4) 국세청도 수익사업과 관련하여 받는 지체상금, 위약금 등은 수익사업의 개별익금으로 반복하여 판단해 왔고(법인 46012-2579, 1994.9.9. 외 다수), 조세심판원도 일반분양의 분양촉진을 위한 비용을 수익사업의 개별손금으로 인정한 바 있다(조심 2017부497, 2017.6.27.). (2) 처분청의 의견은 아래와 같은 점에서 타당하지 아니하다. (가) 재개발사업에서 비수익사업은 수익사업의 존부나 수익성의 높고 낮음에 관계없이 진행된다. 따라서 수익사업에서 발생한 이익이 조합원에게 결과적으로 공여(배당소득)된다는 이유만으로 이를 비수익사업과 관련이 있다고 보아 그 비용을 공통손금으로 단정하는 것은 타당하지 아니하다. (나) 처분청은 ‘손익거래에 대한 과세(법인세)’와 ‘자본거래에 대한 과세(배당소득세)’를 혼동하고 있다. 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 법인세를 부과하고, 이러한 소득이 조합원의 부담을 줄이기 위해 조합원에게 분여된 경우에는 배당소득세를 부과하면 되는 것이지, 쟁점비용의 결과로 발생한 수익사업에서의 이익이 조합원에게 분여되었다고 하여 이를 공통손금으로 보는 것은 타당하지 아니하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점비용은 전체사업의 공통손금이다. (가) 대법원은 “ 「법인세법」 제19조 제2항에서 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 어떤 비용이 「법인세법」상 손금으로 인정되기 위해서는 통상적이거나 수익관련성에 앞서 사업관련성이 전제되어야 하고 그 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다”고 판시하고 있다(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결). (나) ‘법인세법 기본통칙’에서는 구분경리와 관련한 개별손금은 개별익금과 ‘직접 관련’하여 발생한 비용이라고 해석하고 있고(법인세법 기본통칙 113-156...6, 심사법인2002-24 외 다수), ‘매출원가’와 ‘기타 귀속이 분명한 제비용’ 등을 예시하고 있다. (다) 쟁점비용은 수익사업과 직접 관련하여 발생한 비용이 아니므로 개별손금으로 볼 수 없다. 1) 쟁점비용에 대한 민사판결(서울중앙지방법원 2020.11.11. 선고 2020가합505679 판결)에 의하면, 청구법인은 주택경기 침체로 인하여 재개발사업이 제대로 진행되지 아니하자 일반분양의 미분양 위험을 회피하고자 B 사업 방식을 선택하게 되었고, 그 후 전체 사업비가 증가하여 조합원의 부담이 악화되자 B 사업을 철회하고 다시 일반분양 방식으로 변경한 것인바, 결국 쟁점비용은 청구법인의 전체 목적사업을 달성하기 위한 일련의 과정에서 발생한 비용으로 볼 수 있다. 2) 더 구체적으로 보면, 청구법인의 B 사업은 계약금의 지급도 없는 상태에서 계약이 해제되었고, 그에 따른 수익도 발생하지 않았는바, B 사업은 조합의 전체 목적사업을 달성하기 위한 일련의 과정 중 하나일 뿐이다. 3) 만일 청구주장과 같이 쟁점비용을 수익사업의 개별손금으로 본다면 B 사업을 진행하고자 했던 모든 활동비용과 일반분양으로의 사업전환에 따른 비용도 모두 수익사업의 개별손금으로 보아야 하는 오류에 빠지게 된다. (라) 조세심판원도 ‘학교설립분담협약서상 부담금’에 대하여 재개발사업 전반에 걸친 비용이라고 보아 공통손금이라고 판단한 바 있다(조심 2022서2377, 2022.10.18.). (2) 청구주장은 아래와 같은 점에서 타당하지 아니하다. (가) 청구법인은 처분청이 “수익사업에서 발생한 이익이 조합원에게 분여되므로 비수익사업과 관련성이 있다”는 의견을 개진한 것처럼 주장하나, 처분청은 그러한 의견을 개진한 사실이 없고, 처분청의 의견은 청구법인의 전체 목적사업을 달성하기 위한 과정에서 쟁점비용이 발생하였으므로 공통손금에 해당한다는 것이다. (나) 청구법인은 처분청이 손익거래에 대한 과세와 자본거래에 대한 과세를 혼동하고 있다고 주장하나, 이는 본 건 쟁점과는 무관한 것으로 청구법인은 쟁점의 본질을 희석시키고 있다. 재개발조합의 배당소득은 수익사업을 종료한 후에 해산(청산)하면서 잉여금을 조합원에게 배분하는 것으로, 이는 구분경리가 전제되어야 하는 것인 반면, 이 건은 구분경리가 쟁점인 사안으로, 쟁점비용이 공통손금에 해당하는지, 수익사업의 개별손금에 해당하는지가 쟁점이다. (다) 청구법인은 쟁점비용이 수익사업에서 추가이익(OOO원)을 실현하는 과정에서 발생한 비용이므로 추가이익과 쟁점비용이 대응관계가 성립하고, 비수익사업과는 무관하다고 주장하나, 청구법인과 조합원들은 조합원 총회를 거쳐 B 사업의 결정.포기, 위약벌 지급의 결정, 일반 정비사업으로의 전환 결정 등의 모든 의사결정을 하였고, 청구법인의 목적은 최소한의 분담금으로 최대한의 조합원분양용 주택을 공급받는 것이므로 쟁점비용이 조합원분양과 무관하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점비용이 수익사업의 개별손금인지, 아니면 전체사업의 공통손금인지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조 에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다. (3) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다. ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (4) 법인세법 시행령 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (5) 법인세법 시행규칙 제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. 제76조(비영리법인의 구분경리) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다. 1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 재개발사업과 관련한 당사자는 아래와 같다. (가) 청구법인은 2009.2.3. 설립인가를 받은 주택재개발정비사업조합으로, 2010년 5월경 사업시행인가를 받은 후, 2016.7.13. 관리처분계획 인가를 받아 정비사업을 추진하였다. (나) A은 2015.11.12. 「부동산투자회사법」의 규정에 따라 회사의 자산을 부동산의 취득, 관리, 개량 및 처분 등의 방법으로 투자, 운용하여 그 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 설립된 법인으로, 2015.12.29. 국토교통부로부터 이 건 정비사업으로 신축될 공동주택 중 일반분양분을 매입하여 임대운영 후 매각하는 업무에 관하여 영업인가를 받았다. (2) 민사판결(서울중앙지방법원 2020.11.11. 선고 2020가합505679 판결) 등에서 확인되는 B 사업 추진경위 및 이 건 재개발사업의 주요 경위는 아래와 같다. (가) B 사업의 추진경과는 아래와 같다. 1) 청구법인은 2011년경 분양신청을 받는 등 이 건 정비사업을 추진하였으나 주택경기 침체로 인해 2015년경까지 제대로 사업을 진행하지 못하였다. 2) 국토교통부는 2015.1.13. 관계부처 합동으로, ‘기업형 임대사업자’에게 규제개혁, 택지지원, 자금지원, 세제지원 등 혜택을 제공함으로써, ‘기업형 주택임대사업’을 집중적으로 육성하기로 하는 ‘기업형 주택임대사업 육성을 통한 중산층 주거혁신 방안’을 발표하였다. 3) 국토교통부는 2015년 3월경 인천광역시장과 이 건 정비사업을 기업형 임대사업자를 통한 ‘정비사업 연계형 B 공급선도 사업’으로 추진하는 방안을 협의하였고, 청구법인은 이러한 내용을 전달받은 후, 2015.5.16. 조합총회를 개최하여 ‘기업형 임대사업자’에게 이 건 정비사업의 일반분양분 주택 전부를 일괄 매각하는 방안에 관하여 찬성으로 의결하였다. 4) 청구법인은 2016.1.17. 정기총회를 개최하여 ‘기업형 임대주택 인수자 선정 및 계약체결 위임’ 안건을 결의하였고, 2016.6.6. 관리처분계획안 안건을 결의하여 2016.7.13. 관할 지방자치단체로부터 관리처분계획 인가를 받았다. 5) 청구법인은 2017.2.21. A과 사이에 아래와 같이 쟁점매매계약을 체결하였는바, 일반분양분 3,196세대를 OOO원에 매매하기로 하였고, 당사자 일방이 계약을 해제하는 경우에는 매매대금의 10%에 해당하는 금액을 위약벌로 지급한다고 정하고 있다.

＜쟁점매매계약(2017.2.21.)＞ (나) B 사업의 철회과정 및 쟁점비용의 발생경위는 아래와 같다. 1) 청구법인은 2019.1.23. 국토교통부에 ‘불충분한 협상으로 매매대금이 주변 시세 등을 정확하게 반영하지 못하였다거나 사업비가 증가하였다’는 이유로 매매대금 인상에 대한 검토를 요청하는 공문을 보냈고, 2019.4.2. A에게도 쟁점매매계약의 매매대금 인상에 대한 검토를 요청하는 공문을 발송하였다. 2) A은 2019.4.2. 청구법인에게 ‘쟁점매매계약을 통해 인수가격이 확정되었으니 매매대금의 조정이 불가하다’는 취지의 공문을 보냈고, 국토교통부는 2019.8.5. 각 지방자치단체들에게 ‘연계형 정비사업에 관하여 매매계약이 이미 체결된 사업장은 인수가격을 조정하기 어렵다’는 내용의 공문을 보냈다. 3) 청구법인은 2019.8.24. 임시총회를 개최하여 이 건 정비사업을 연계형 정비사업에서 일반 정비사업으로 변경하는 결의를 하였고, 2019.8.28. A에게 그와 같은 결의가 이루어졌음을 통보하였으며, 인천광역시에 이 건 정비사업에 관하여 지원대상 정비구역 선정취소를 요청하였다. 4) A은 2019.8.29. 청구법인에게 ‘이 건 정비사업을 일반 정비사업으로 변경하는 것은 쟁점매매계약을 위반하는 것이니 이 건 정비사업을 연계형 정비사업으로 정상화하길 촉구한다’는 내용의 공문을 보냈고, 2019.11.5. 쟁점매매계약의 제12조(손해배상), 제13조(계약의 해제)에 따라 최고장을 발송하였다. 5) A은 2019.12.4. 청구법인에게 ‘2020.1.6.까지 쟁점매매계약을 이행할 수 있는 조치를 취하지 않는 경우, 쟁점매매계약 제13조 제1항 제3호에 의하여 쟁점매매계약을 해제한다’는 내용의 공문을 보냈고, 2020.1.13. 쟁점매매계약의 해제를 통보하였다. 6) A은 2020.1.23. 청구법인을 상대로 ‘위약벌 등 청구의 소’를 제기하였고, 서울고등법원(항소심)은 2021.5.12. ‘청구법인이 A에게 OOO원을 지급하고 소송비용은 각자 부담한다’는 내용의 ‘조정을 갈음하는 결정(2020나2049240 결정)’을 하였다. 7) 청구법인은 2020.7.6. 수익사업의 분양분을 당초 기업형 임대사업자에게 분양하려던 계획에서 일반분양방식으로 변경하여 관리처분계획 변경인가를 받았다. ＜관리처분계획 인가 및 변경인가＞

(3) 청구법인은 서울고등법원의 ‘조정을 갈음하는 결정(2020나2049240 결정, 2021.5.12.)’에 따라 쟁점비용(OOO원)을 2021사업연도 수익사업의 개별손금으로 처리하였다. (4) 이 건 정비사업의 분양공고문에 의하면 일반분양분의 분양금액은 합계 OOO원(2,902세대)으로 확인되는바, 청구법인은 쟁점매매계약의 매매대금(OOO원)과 비교하여 볼 때 수익사업에서 OOO원의 추가이익을 얻은 것이므로 쟁점비용과의 관련성이 인정된다고 주장한다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제113조 제1항에 의하면 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산.부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하고, 같은 법 제19조 제2항에 의하면 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있다. 처분청은 쟁점비용이 전체사업의 공통손금에 해당한다는 의견이나, 쟁점비용은 수익사업에서 분양방법을 기업형 임대방식으로 추진하다가 사업환경 등을 고려하여 일반인에 대한 공개분양방식으로 전환함에 따라 발생된 비용으로, 수익사업과 관련한 쟁점매매계약에 의하여 발생하였고 이와 같은 의사결정에 따라 수익사업의 수입금액(일반분양대금)이 변경.결정된 것으로 보이므로 쟁점비용은 수익사업과 직접 관련된 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 위와 같이 일반분양방식을 변경하여 발생한 수익의 일부가 결과적으로 조합원에게 공여된다 하더라도 이는 배당 내지 소득배분의 문제일 뿐 손금의 귀속과는 무관한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점비용을 공통손금으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다 할 것이므로 쟁점비용을 수익사업에서의 개별손금으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.