조심 2016서2113 (2018.11.13)

OOO세무서장이 2016.4.6. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인(구, OOO 주식회사)은 1991년 4월 설립되어 IT보안 관련 서비스 및 컨설팅 업무를 수행하다가 2015.8.1. OOO그룹의 지주회사인OOO를 흡수합병 하였고, 2008.12.12.

「중소기업창업지원법」 제2조

제5호 규정에 따라 설립된 투자조합인 OOO호(이하 “쟁점펀드”라 한다)에 OOO으로 OOO원(출자비율 32.3%)을 출자하였으며, 쟁점펀드는 2010.5.4. OOO로부터 OOO 유한회사(이하 “OOO”라 한다) 발행주식 1,429주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(1주당 OOO원)에 양수(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다가 중소기업청장의 쟁점펀드에 대한 감사결과 시정조치 통보 공문을 받고 2011.8.3. 쟁점주식을 OOO원에 OOO에게 양도하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.12.15.부터 2015.9.11.까지 OOO에 대한 주식변동조사를 실시하여 쟁점거래에

「국세기본법」 제14조

규정의 실질과세원칙을 적용하여 쟁점펀드는 도관에 해당되어 쟁점펀드 출자자들이 비특수관계자인 OOO로부터 쟁점주식을 고가로 직접 매입한 것으로 보아

「법인세법 시행령」 제35조

제2호 규정에 따라 실제 거래가액과 정상가액(시가의 130%)의 차액 OOO원을 의제기부금에 해당된다 하여 아래 ＜표1＞과 같이 세무조정하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.4.6. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점펀드는 「민법」상 비법인사단에 해당되어 출자 조합원들과는 별도의 독립된 권리.의무의 주체가 될 수 있는데도 처분청이

「국세기본법」 제14조

규정의 실질과세원칙을 적용하여 쟁점펀드를 도관으로 의제하여 청구법인이 쟁점주식의 쟁점펀드 지분율 상당액을 직접 취득한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(가) 「민법」상 조합은 구성원의 개인성이 강하게 드러나는 인적 결합체로서 ‘조합 자체’는 독립된 권리.의무의 주체가 될 수 없고, 그 조합원이 조합을 대신하여 권리.의무의 주체가 되나, 사단성이 인정되는 이른바 비법인사단의 경우 「민법」상 조합과 달리 “구성원의 개인성과는 별개로 권리.의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 단체적 조직을 가지는 특성”이 있는 것(대법원 1999.4.23. 선고 99다4504 판결, 같은 뜻임)으로 「민법」상 조합의 명칭을 가지고 있는 단체라 하더라도 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등 조직을 갖추고 있고, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변동에 관계없이 단체 그 자체가 존속되며, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있는 경우에는 비법인사단으로서의 실체를 가진다고 보아야 할 것(대법원 1999.7.27. 선고 98도4200 판결 등)인바, 쟁점펀드는 규약에 사단으로서의 성격(제1조), 의사결정기관(조합원총회, 제21조), 집행기관(업무집행조합원, 제24조 제1항)을 규정하고 있고, 구성원의 변동에 관계 없이 단체의 존속(제14조 제1항) 기간에 대해 규정하고 있는 등 비법인사단의 특성을 갖추고 있으므로 출자 조합원들과는 별도의 독립된 권리.의무의 주체가 될 수 있다.

(나) 「중소기업창업지원법」에 따라 설립된 펀드의 법적 성격이 「민법」상 조합인지 아니면 비법인사단인지에 대한 판례(OOO고등법원 2007.9.13. 선고 2007누9824 판결, 상고 포기로 확정됨)에 의하면 당해 펀드는 고유의 목적을 가지고, 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관인 조합원 총회 및 집행기관인 대표자(업무집행조합원)를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행해지며, 조합원의 가입 · 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 조합 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법·총회 등의 운영·자본의 구성·재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있다고 봄이 상당하다 할 것이어서, 당해 펀드는 법인격 없는 사단으로서의 실체를 가진다고 할 것이라고 판시하였는바, 「중소기업창업지원법」에 따라 설립된 쟁점펀드도 비법인사단으로 보아야 한다.

(다) 청구법인은 쟁점펀드의 OOO으로서 쟁점펀드 규약에 의하면 쟁점주식의 매수와 같은 통상적인 의사결정은 업무집행조합원이 수행하도록 규정(제24조 제1항 제1호)되어 있고, 청구법인 등 OOO은 쟁점주식 매수와 관련된 의사결정에 전혀 관여한 바가 없는데도 처분청은 청구법인이 쟁점주식의 출자지분율(32%)에 상응하는 주식을 직접 매수한 것으로 의제하였는바, 이는 관련 법령상 근거가 없다.

(2) 쟁점펀드와 OOO 간의 쟁점주식 매매계약은 부득이한 사유로 합의해제된 것으로 보아야 하므로 당초 계약이 유효함을 전제로 청구법인에게 과세한 처분은 위법하다.

(가) 2011.8.3. OOO가 쟁점펀드로부터 쟁점주식을 재매입한 것은 형식적으로 매매계약의 형태로 이루어졌지만, 그 경위를 보면 투자금을 회수하라는 중소기업청의 조치사항에 따라 이루어진 점, 쟁점펀드는 동 조치사항을 쟁점주식의 반환은 “투자금을 회수”하라는 중소기업청의 조치사항 이행을 위해 쟁점주식의 시가가 아닌 당초 매매대금(주당 OOO원)에서 1년 3개월 동안의 이자(5%)를 더한 금액(주당 OOO원)으로 회수금액을 결정한 점 등에 비추어 이는 당초 쟁점주식 매매계약(OOO→쟁점펀드)의 합의해제로 보아야 할 것이고, 나아가, 이러한 매매계약의 합의해제는 조세를 회피할 목적에서 이루어진 것이 아니라(2011.8.2. 합의해제 당시까지는 쟁점주식 관련 거래에 관한 조세 측면에서의 문제 제기는 전혀 없었음) 부득이한 사유에 의하여 이루어진 것인바, 조세심판원 선결정례(조심 2011서3252, 2013.2.27. 합동회의)에 의할 경우 OOO가 쟁점펀드로부터 쟁점주식을 재매입한 거래를 합의해제된 것으로 볼 경우 이 건 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 이 사건의 쟁점은 펀드의 법적 성격이 「민법」상 ‘비법인사단’인지 아니면 ‘조합’인지를 판단하는 것이 아니라, OOO이 자신이 영향력을 행사하고 있는 OOO계열사의 자금을 쟁점펀드에 출자하게 하고, 쟁점펀드 업무집행사원인 OOO, OOO가 공모하여 쟁점펀드가 투자할 필요성도 없고 투자대상도 아닌 쟁점주식을 고가에 매입하게 함으로써 OOO의 사적 이익을 위하여 OOO계열사들의 자금이 유출된 것으로 위 과정에서 쟁점펀드가 도관으로 이용된 것에 불과하므로 쟁점펀드 주식 양도자와 쟁점펀드 출자자인 청구법인과의 특수관계 해당 여부에 따라 「법인세법」을 적용하는 것이 실질과세원칙에 부합한다.

(가)

「중소기업창업지원법」 제2조

제5항에서 중소기업창업투자조합(이하 ‘창투조합’이라 합니다)은 창업자에 투자하고 그 성과를 배분하는 것을 주된 목적으로 하는 조합으로서 제11조의 규정에 의하여 등록한 조합으로 규정하고 있고, 같은 법 제30조에서 창업투자조합에 관하여 이 법에 규정한 것을 제외하고는 「민법」 중 조합에 관한 규정을 준용한다고 규정하고 있는바, 창투조합의 법적성격 및 법률효과 등이 「민법」상 조합에 해당하는 것으로 보아야 할 것인 점, 「민법」상 조합의 경우 소득세, 법인세 및 부가가치세의 신고ㆍ납부의무가 없고, 조합의 소득을 조합원에게 분배할 때 소득원천별로 원천징수의무만 존재하며, 조합소득을 조합원에게 분배하는 시점에 조합원이 법인이면 법인세, 개인이면 소득세를 부과하고 있는바, 쟁점펀드의 경우 창투조합으로서 “조합형 펀드”로 분류되고, “조합형 펀드”는 조합이 조합원에게 소득을 지급하는 경우 「조세특례제한법」상 도관으로 취급하므로 조합 자체에 과세하지 않고, 조합원에게 조합이 얻은 소득원천별로 구분하여 과세하는 것으로 쟁점펀드는 법인격이 없어 법인세 또는 거주자로서 소득세 납세의무가 존재하지 않고, 과세관청에서 세원관리의 편의상 고유번호증(사업자등록번호 체계상 80으로 구분됨)만 부여받고 있으므로 쟁점주식 양도자인 OOO가 청구법인에게 쟁점주식을 직접 양도한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(2) 환매조건부 주식양도는 일정 기간이 경과한 후 일정한 가격으로 동일한 채권을 다시 매수하거나 매도하는 조건으로 주식을 매매하는 것으로서 원칙적으로 그 법적성격은 민법상 ‘매매’에 해당하고, 유효한 매매계약을 토대로 자산의 양도가 이루어진 후 환매약정에 따른 환매가 이루어지더라도 이는 원칙적으로 새로운 매매에 해당하는 것(대법원 2007.7.12. 선고 2007다13640 판결)것으로 OOO가 2011.8.2. 쟁점주식을 쟁점펀드로부터 재매입한 거래는 부득이한 사유로 합의해제된 것이 아니라, OOO가 필요해서 콜옵션을 행사하여 재매입한 환매조건부 주식양도에 의한 새로운 매매거래이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점펀드를 도관으로 의제하여 쟁점펀드가 취득한 쟁점주식을 쟁점펀드 출자자인 청구법인이 직접 취득한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점펀드와 OOO 간의 쟁점주식 매매계약이 부득이한 사유로 합의해제 되었다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1)

국세기본법 제14조

【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(명의)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 법인세법

제24조【기부금의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업년도에 지출한 기부금중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 사업년도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령

제35조【기부금의 범위】법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자 외의 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액

2. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.

제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(

「상법」 제401조의2

제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

(4) 조세특례제한법

제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는

「소득세법」 제94조

제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 중소기업창업투자회사 또는

「여신전문금융업법」 제3조

제2항에 따라 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2의2. 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조

에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

6. 부품ㆍ소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

7.

「증권거래세법」 제3조

제1호 나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(

「소득세법」 제94조

제1항 제3호 가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득에 대해서는 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세를 원천징수한다.

1. 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 발생하는 배당소득

1의2. 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 발생하는 배당소득

2. 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 발생하는 배당소득

3. 「산업발전법」(법률 제9584호 산업발전법 전부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제15조에 따라 등록된 기업구조조정조합이 같은 법 제14조 제4항에 따른 구조조정대상기업에 출자하여 얻는 배당소득

4. 부품ㆍ소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 발생하는 배당소득

⑤ 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합 또는 부품ㆍ소재전문투자조합에 귀속되는 소득으로서

「소득세법」 제16조

제1항 각 호 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 소득에 대해서는 「소득세법」과 「법인세법」에도 불구하고 해당 조합이 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다.

(5) 중소기업창업지원법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “중소기업창업투자조합”이란 창업자에게 투자하고 그 성과를 배분하는 것을 주된 목적으로 하는 조합으로서 제20조에 따라 등록한 조합을 말한다.

제20조【조합의 결성 등】① 중소기업창업투자회사와 중소기업창업투자회사 외의 자가 출자하여 중소기업창업투자조합을 결성하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업청장에게 등록하여야 한다. 등록 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 중소기업창업투자조합은 조합의 채무에 대하여 무한책임을 지는 1인 이상의 조합원(이하 "업무집행조합원"이라 한다)과 출자액을 한도로 하여 유한책임을 지는 유한책임조합원으로 구성한다. 이 경우 업무집행조합원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 하되, 그중 1인은 중소기업창업투자회사이어야 한다.

1.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3

제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자

2.

「국가재정법」 제8조

제1항에 따른 기금관리주체로서 같은 법 별표 2에 따른 기금을 관리ㆍ운용하는 자

3. 법률에 따라 공제 사업을 경영하는 법인

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 자

③ 제2항 전단에도 불구하고 제47조의2 제1항에 따른 공모창업투자조합을 결성하는 경우 업무집행조합원은 1인으로 한다.

④ 조합원은 조합 규약에서 정하는 바에 따라 출자금액의 전액을 한꺼번에 출자하거나 나누어 출자할 수 있다.⑤ 중소기업창업투자조합의 출자금액, 조합원 수 및 존속 기간 등 등록 요건과 그 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제21조【업무의 집행 등】① 중소기업창업투자조합의 업무는 업무집행조합원이 집행한다.② 업무집행조합원은 선량한 관리자의 주의로 제1항에 따른 업무를 집행하여야 한다. 이 경우 자기 또는 제삼자의 이익을 위하여 중소기업창업투자조합의 재산을 사용하여서는 아니 된다.③ 중소기업창업투자조합은 등록 후 3년이 지난 날까지 출자금의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율의 금액 이상을 제16조제1항 및 제3항에 따라 산업통상자원부령으로 정하는 용도로 제10조제1항 제1호, 제2호, 제2호의2 및 제5호에 따른 사업에 사용하여야 한다. 다만 중소기업창업투자조합이 투자회수 등 중소기업청장이 인정하는 사유로 등록 후 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 비율의 금액을 달성하지 못하면 중소기업청장은 1년 이내의 범위에서 투자의무 이행 유예기간을 줄 수 있다. ④ 업무집행조합원은 중소기업창업투자조합의 업무를 집행할 때 자금차입, 지급보증 또는 담보제공을 하여서는 아니 된다.⑤ 업무집행조합원의 중소기업창업투자조합 업무의 집행에 관하여는 제15조를 준용한다. 이 경우 "중소기업창업투자회사"는 "중소기업창업투자조합"으로 본다.⑥ 중소기업창업투자조합의 해외투자에 관하여는 제17조를 준용한다. 이 경우 "중소기업창업투자회사"는 "중소기업창업투자조합"으로, "납입자본금"은 "출자금"으로 본다.

제22조【중소기업창업투자조합 재산의 관리와 운용】① 업무집행조합원은 중소기업창업투자조합 재산을 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 관리하여야 한다.

1. 중소기업창업투자조합 재산의 보관을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자에 위탁할 것

2. 신탁업자를 변경하는 경우에는 조합원 총회의 승인을 받을 것

② 제1항에 따른 수탁회사는 다음 각 호의 업무를 한다.

1. 중소기업창업투자조합 재산의 보관 및 관리

2. 업무집행조합원의 중소기업창업투자조합 재산 운용 지시에 따른 자산의 취득 및 처분의 이행

③ 업무집행조합원은 중소기업창업투자조합 재산으로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장으로서 중소기업청장이 정하는 시장에 상장된 법인의 주식을 취득하는 경우에 출자금 총액의 100분의 20을 초과하여 투자할 수 없다.

제27조【조합 재산의 보호】중소기업창업투자조합 조합원의 채권자가 조합원에 대하여 채권을 행사할 때에는

「민법」 제704조

와 제712조에도 불구하고 그 조합원이 중소기업창업투자조합에 출자한 금액의 범위에서 이를 행사할 수 있다.

제30조【민법의 준용】중소기업창업투자조합에 관하여 이 법에 규정한 것 외에는 「민법」 중 조합에 관한 규정을 준용한다.

(6) 민법

제703조【조합의 의의】① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

② 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다.

제704조【조합재산의 합유】조합원의 출자 기타 조합재산은 조합원의 합유로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점펀드는 2008.12.12.

「중소기업창업지원법」 제2조

제5호 규정에 따라 설립된 투자조합으로 쟁점펀드 규약 제9조에 따른 출자자 내역은 다음과 같다.

OOO

(2) 쟁점펀드는 2010.5.24. OOO로부터 쟁점주식을 OOO원에 매수하였다가 2011.8.13. OOO에게 양도하였고, 처분청은 쟁점주식의 정상가액(시가의 130%)과 실제 거래가액과의 차액을 OOO 원으로 산정하였는바, 쟁점주식 시가 산정에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없고, 쟁점펀드는

「조세특례제한법」 제100조의15

제1항 규정에 따라 동업기업과세특례의 적용신청을 하지 않은 사실에 대해서도 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없으며, OOO세무서장은 OOO가 OOO 발행주식을 비특수관계자인 쟁점펀드 및 OOO에 시가보다 현저히 높은 가액으로 양도하였다 하여

「상속세 및 증여세법」 제35조

제2항 등의 규정을 적용하여 OOO에게 2010.5.24. 증여분 증여세 OOO원을 결정.고지하였고, OOO는 이에 불복하여 2016.3.4. 심판청구(조심 2016서1283)를 제기하였다.

(3) 중소기업청장은 2011.5.31. 쟁점펀드에 ‘창투사 현장검사 결과 조치사항 통보’ 공문을 시행하였는바, 쟁점주식 투자와 관련된 내용은 다음과 같고, 기타사항에 ‘정당한 사유 없이 시정명령 등 조치사항을 이행하지 않을 경우

「중소기업창업 지원법」 제43조

에 따라 창업투자회사의 등록취소 등 필요한 조치를 취할 계획임’이라고 되어 있다.

OOO

(4) 처분청은 쟁점펀드가 OOO로부터 쟁점주식을 양수한 거래 등과 관련된 판결서(OOO고등법원 2013.9.27. 선고 2013노536 판결)를 제시하였는바, 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

(4) 처분청의 이 건 과세처분의 근거는 다음과 같다.

(가) 창투조합은 중소기업창업투자회사가 업무집행조합원이 되고 일반투자자나 법인을 일반조합원으로 구성하여 출자된 자금을 OOO가 주관하여 투자 및 관리하는 형태를 말하는데, 법률상 근거는 「중소기업창업 지원법」과 「여신전문금융업법」 제3장 제4절의 신기술사업금융업 조항으로, 창투조합에 관한 의미 및 법적 성질, 창투조합에 관한 법률관계 등은 해당 법률에 명시된 대로 판단되어야 할 것인바,

「중소기업창업지원법」 제2조

제5호에서 창투조합을 조합으로 규정하고 있고, 같은 법 제30조에서 창업투자조합에 관하여 이 법에 규정한 것을 제외하고는 「민법」 중 조합에 관한 규정을 준용한다’고 규정하고 있는바, 중소기업창업투자조합의 법적 성격은 「민법」상 ’조합’에 해당하고, 「민법」상 조합계약의 법리에 따르면 조합의 재산은 합유이므로 쟁점펀드가 취득한 쟁점주식은 각 조합원이 그 지분의 비율로 이를 취득한 것으로 볼 수 있다.

(나) 조합의 경우 소득세 및 법인세나 부가가치세의 신고ㆍ납부의무가 없고 조합의 소득을 조합원에게 분배할 때 소득원천별로 원천징수의무만 존재하며, 조합소득을 조합원에게 분배하는 시점에 조합원이 법인이면 법인세, 개인이면 소득세를 부과하고 있고, 이에 따라 과세관청의 예규 및 심사례 역시 ‘투자조합은 법인설립등기를 요하지 아니하며(즉, 법인격 없음),

「국세기본법」 제13조

의 규정에 의한 법인으로 보는 단체로도 보지 아니하므로 「민법」상 조합(공동사업)으로 보여지나, 「조세특례제한법」의 특례규정상 당해 조합을 도관으로 보는 태도를 취하고 있다’고 해석하고 있는바(심사법인2005-103, 2006. 3.8., 징세46101-537, 1999.11.25., 재소득46073-25, 2003.2.26., 서면인터넷방문상담2팀-494 , 2005.4.4. 등), 쟁점거래에 있어 쟁점주식의 양수인은 쟁점펀드의 각 조합원들(펀드 출자자)로서 청구법인과 양수인 간의 특수관계 여부에 따라 「법인세법」에 따른 부당행위계산부인 및 의제기부금 규정의 적용이 가능하다.

(다) 청구인은 2008.11월 OOO계열사들이 이 사건 펀드에 당초 출자한 거래 자체가 문제가 없으므로 2010.5월 발생한 이 사건 거래도 문제가 없다고 주장하고 있으나,

1) 쟁점거래의 실질은 OOO과 OOO(업무집행조합원)의 OOO이 공모하여 OOO계열사가 출자한 펀드자금을 OOO의 사적 이익을 충족시키기 위한 수단으로 동원하였다는 것이다(2심 판결문 양형이유). 즉 펀드가 도관으로 이용되어 펀드자금이 OOO의 사욕을 위하여 부당하게 유출된 것으로 대법원 역시 아래와 같이 배임행위의 실행위자인 OOO의 대표이사 OOO과 OOO을 업무상 배임죄의 공동정범으로 판단하였다.

OOO

2) 청구법인이 제시한

「조세특례제한법」제14조

제4항, 제5항 및 제6항 역시 조합원에게 귀속되는 소득금액을 산출하는 방식을 규정한 것이지, 창투조합 자체의 소득금액을 계산방법을 명시한 것이 아니고, 청구법인 논리대로라면 현재 세법상 도관으로 법인격이 없는 창투조합에게 과세관청이 법적 근거없이 자의적으로 소득세 내지 법인세를 부과할 수 있는 것으로 해석되는 등 청구법인 주장은 타당하지 아니하다.

3) 청구법인은 OOO고등법원 2007.9.13. 선고 2007눈9824의 판결을 들어 쟁점펀드가 비법인사단이라고 주장하고 있는바, 동 판단기준에 근거하여 쟁점펀드가 쟁점거래에 있어서 무슨 역할을 하였는지 살펴보면, ① 펀드의 투자목적(IT산업, 게임산업)과 무관한 OOO(교육사업) 주식을 매입하였으며, 그 결과 2011년 5월 투자금지업종에 대한 투자로 감독기관인 중소기업청으로부터 시정명령을 받은 점, ② OOO 주식투자 목적은 오로지 OOO의 사적이익을 위한 것인 점, ③ 쟁점거래와 관련하여 펀드는 교육사업에 대한 투자 여부나 회수가능성을 검토해 보지 않았을 뿐 아니라 교육사업 관련 투자 운용 전문인력을 갖추지도 않은 점, ④ 매매대금 등 계약조건 결정도 조합의 정상적인 의사결정을 거친 것이 아니라 OOO, OOO, OOO 사이에서 결정된 점 등을 종합하면 쟁점펀드는 도관으로 이용된 것으로 보아야 할 것이고, 쟁점펀드 입장에서 쟁점주식을 매수할 아무런 경영상의 필요가 없었으며, 조합규약상 정해진 절차도 지키지 않은 사실이 확인되므로 쟁점거래의 목적, 계약체결의 경위 및 내용, 거래대금의 규모 등 제반사정을 종합하여 볼 때 쟁점펀드가 정상적인 의사결정 과정을 거친 독립된 권리.의무의 주체(비영리사단)로서 쟁점거래를 행하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(5) 청구법인은 쟁점펀드의 법적성격이 비법인사단으로 출자 조합원들과는 별개로 독립된 권리.의무의 주체가 될 수 있으므로 OOO로부터 쟁점주식을 매수하여 보유하다가 매도한 주체는 쟁점펀드이지 쟁점펀드의 출자자인 청구법인이 아니므로 청구법인을 쟁점주식의 매수 당사자로 보아 과세된 처분은 부당하다고 주장하는바, 주요 논거는 다음과 같다.

(가) 쟁점펀드는 「민법」상 조합에 해당되지 않고, 비법인사단에 해당된다.

1) 처분청은

「중소기업창업지원법」 제30조

를 근거로 쟁점펀드가 「민법」상 조합의 성격을 지닌다는 의견이나, 같은 법 제20조 내지 제29조에서 「민법」상 조합과 명백히 다른 특칙을 두고 있다.

OOO

2) 조세심판원 선결정례(국심 1998서2737, 1999.3.11.) 및 대법원 판례(1999.7.27. 선고 98도4200 판결)에 의하면 조합의 명칭을 가진 단체라 하더라도 ① 고유의 목적을 가지고 사단적 성격의 규약을 만들어, ② 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관을 두는 등 조직을 갖추고 있고, ③ 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행해지며, ④ 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계 없이 단체 그 자체가 존속되고, ⑤ 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회의 운영, 자본의 구성, 재산의 관리 기타 단체로서 확정되어 있는 경우에는 비법인사단으로서의 실체를 가지는 것인바, 쟁점펀드는 위 요건을 모두 충족하고 있고, 「중소기업창업 지원법」에 따라 설립된 펀드의 경우 비법인사단의 특성을 갖는다는 판례(서울고등법원 2007.9.13. 선고 2007누9824 판결, 상고 포기로 확정)에 의하면 쟁점펀드는 별도의 권리.의무의 주체가 될 수 있는 비법인사단에 해당되는 것으로 보아야 한다.

① 쟁점펀드의 비법인사단으로서의 특징을 갖는 주요 규약 내용

OOO

② 판례(OOO고등법원 2007.9.13. 선고 2007누9824 판결) 및 쟁점펀드의 규약 비교

OOO

(나)

「조세특례제한법」 제14조

규정에 의하면 창투조합은 별도의 납세의무를 부담하므로 세법상 도관에 해당된다고 볼 수 없다.

1)

「조세특례제한법」 제14조

제1항에서 창투조합이 창업자, 벤처기업 등에 출자함으로써 취득한 주식을 양도한 소득에 대하여는 양도소득세가 비과세되는바, 해당 조항은 창투조합이 원칙적으로 독립된 납세의무 주체가 될 여지가 있음을 전제로 한 조항으로 보아야 할 것(창투조합이 납세의무가 없는 세법상 ‘도관’으로 취급될 뿐이라면 「조세특례제한법」에 위와 같은 규정을 둘 이유가 없음)이다.

2)

「조세특례제한법」 제14조

제4항 및 제5항에서 창투조합이 얻은 특정한 배당소득, 이자소득, 집합투자기구로부터의 이익 등은 위 조합이 조합원들에게 그 소득을 지급할 때 법인세 또는 소득세를 원천징수한다고 규정하고 있는바, 청구법인과 같은 출자자(조합원)는 창투조합과는 세법상 지위가 분명히 구별되고, 각각의 납세의무 성립 시기도 다르다는 점을 명문으로 정하고 있다.

3)

「조세특례제한법」 제14조

제6항에서 제4항 및 제5항에서 조합원들에게 귀속되는 소득은 창투조합의 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용을 뺀 금액을 의미한다고 정하고 있는바, 이는 ① 창투조합 단계에서 한 차례 소득금액을 계산한 후, ② 이를 각 출자자(조합원)들에게 분배하는 시점에 과세가 이루어진다는 점을 정하고 있다.

(다) 처분청은 OOO과 OOO 등에 대한 형사판결서(OOO고등법원 2013.9.27. 선고 2013노536 판결)에 근거하여 OOO이 청구법인 등 OOO계열사들의 자금을 쟁점펀드에 출자하게 하고, 쟁점주식을 고가에 매입하게 하는 과정에서 쟁점펀드가 도관으로 이용된 것이라는 의견이나, 이는 판결의 결론 및 취지를 명백히 자의적으로 해석한 것에 불과한바, ① OOO계열사들이 쟁점펀드 등에 자금을 출자(2008년 10월)한 부분과 ② 쟁점주식 거래(2010년 5월) 관련 부분은 명백히 구별되는 별개의 거래라는 사실이 관련 판결에서 확인되고, 실제로 펀드 출자 이후 쟁점펀드는 쟁점주식 외에도 다수의 중소기업에 투자하는 방식으로 정상적으로 운용되었으므로 쟁점펀드가 쟁점주식 거래를 위한 도관 역할만을 하였다는 취지의 처분청 의견은 타당하지 않고, 관련 판결서에서 쟁점주식 매매대금을 지급한 주체에 대해서 청구법인 등 출자자가 아닌 쟁점펀드로 판단하였고, 이에 따라 쟁점주식 거래로 인한 피해자도 쟁점펀드로 특정한바 있다.

1) 당초 청구법인 등 OOO계열사들이 쟁점펀드 등에 자금을 출자한 것 자체를 횡령으로 보아 OOO과 OOO 등이 기소되었으나, 관련 판결서에 의하면 OOO계열사들이 쟁점펀드에 출자한 거래 자체는 문제가 없다고 보아 이 부분 범죄사실은 무죄가 선고되었다.

OOO

2) 청구법인 등 OOO계열사들의 쟁점펀드 등 출자금은 OOO에게 송금되었다가 2008년 12월 쟁점펀드 등에 상환되어 쟁점주식 취득시까지 다수의 반도체 제작업체, 소프트웨어 개발업체에 투자하는 방식으로 출자금이 사용되었는바, 구체적인 투자내역은 아래 ＜표4＞와 같고, 관련 판결에서 청구법인 등의 펀드 출자에 관한 범죄사실과 쟁점주식 거래에 관한 범죄사실이 각각 별개의 범죄사실로 인정되었으므로, OOO계열사들이 쟁점펀드 등에 자금을 출자(2008년 10월)한 부분과 쟁점주식 거래(2010년 5월) 관련 부분은 명백히 구별되는 별개의 거래이다.

OOO

3) 관련 판결서에서 쟁점주식의 매수 당사자를 쟁점펀드로 판단하였고,

OOO

쟁점펀드가 쟁점주식을 매입한 것은 경영상 판단에 따른 정상적인 행위라고 볼 수 없어 그 거래과정을 주도한 OOO에 대하여 배임죄의 성립을 인정하였으나, 그 거래과정에 청구법인 등 OOO계열사가 관여하였다는 취지의 판시는 전혀 없고, 실제로 OOO에 불과한 청구법인은 쟁점주식의 거래과정에 전혀 관여하지 않았는바, 이는 쟁점펀드가 쟁점주식의 매수 당사자라는 점을 확인한 것이다.

OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점펀드가 「민법」상 ‘조합’에 해당되고, 「중소기업창업지원법」에 따라 설립된 창투조합인 쟁점펀드는 납세의무를 독립적으로 부담하지 않는 세법상 도관에 해당되므로 쟁점펀드가 취득한 쟁점주식은 쟁점펀드 출자자들이 그 지분의 비율만큼을 직접 취득한 것으로 볼 수 있어 쟁점펀드가 OOO로부터 쟁점주식을 취득하면서 정상가액을 초과하여 지급한 금액 중 청구법인 지분율 상당액은 청구법인이 특수관계 외의 자인 OOO에 대한 비지정기부금으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 「중소기업창업지원법」에 따라 설립된 창투조합이 별도의 납세의무를 독립적으로 부담하지 않는 세법상 도관에 해당된다 하더라도 출자자의 의사와 무관하게 특정 개인의 불법행위로 창투조합이 정상가액을 초과하여 특정 자산을 고가매입하게 된 경우라면 출자자가 직접 그 거래상대방에게 정당한 사유 없이 경제적 이익을 증여한 것으로 볼 수 없는 것(조심 2005서3537, 2006.6.29., 같은 뜻임)인바, OOO고등법원에서 2013.9.27. 선고한 2013노536 판결서상 쟁점펀드가 OOO로부터 쟁점주식을 정상가액보다 높은 가격으로 취득한 경위를 보면 청구법인의 주주 내지 임직원으로 재직한 사실이 없는 OOO이 쟁점펀드 대표인 OOO 등과 공모하여 사적인 이익을 얻기 위한 목적이었고, 쟁점주식 거래 과정에 청구법인이 직접 개입하였다거나 사후적으로 이를 승인한 것으로 볼 만한 정황이 나타나지 않아 쟁점펀드가 쟁점주식을 정상가액보다 높은 가액으로 취득하는 투자의사결정은 출자자인 청구법인의 의사와 무관하게 이루어진 것으로 보이는 점, 이 건에 대한 조사청의 세무조사 착수 전인 2011.8.3. 쟁점펀드는 OOO에게 쟁점주식 취득가액보다 높은 가액으로 쟁점주식을 양도함에 따라 결과적으로 쟁점펀드가 OOO에게 쟁점주식의 고가매입으로 분여한 이익을 회수하였고, 쟁점주식을 취득함으로 인해 쟁점펀드에 경제적 손실이 발생하지 않은 점 등에 비추어 쟁점펀드 출자자인 청구법인이 쟁점주식 중 쟁점펀드 지분율 상당액을 직접 취득한 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(7) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.