조심 2021지3308 (2023.03.13)

OOO이 2021.5.27. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 취소하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010년 5월부터 「공공주택특별법」에 따라 OOO㎡(이하 “이 건 사업지구”라 한다)에서 OOO공공주택지구 조성사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 추진하고 있는 사업시행자로서 2019.12.31. 이 건 사업의 1단계 OOO㎡(이하 “쟁점지구”라 한다)에 대한 사업이 준공됨에 따라 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “「국토계획법」”이라 한다) 제65조 제6항에 따라 국가 등으로부터 2020.2.5. 용도폐지된 공공시설용 토지 OOO㎡를 무상양여(이하 “쟁점①취득”이라 한다) 받은 후,

그 중 국가 등에 기부채납할 토지 OOO㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)에 대하여는 처분청으로부터

「지방세법」제9조

제2항에 따라 취득세 등을 비과세 받았고, 나머지 일반분양할 토지 OOO㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는

「지방세법」제4조

제1항에 따른 시가표준액OOO을 과세표준으로 하고, 같은 법 제11조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2020.2.27. 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2019.12.31. 등에 처분청으로부터 이 건 사업에 대한사용승인 및 준공(이하 “쟁점②취득”이라 한다)을 순차적으로 받은 후 2020.2.24. 등에 그 지목변경 공사비 OOO원을 과세표준으로 하고,

「지방세법」 제15조

제2항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 지목변경 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

다. 이후, 처분청은 2021.3.29.부터 2021.4.17.까지 OOO와 함께 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후, 2021.5.27. 쟁점①취득과 관련하여 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고하면서 낮은 공시지가를 적용한 것으로 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점①취득세 등”이라 한다)을, 쟁점①취득과 관련하여 쟁점①토지의 취득이

「지방세특례제한법」제177조의2

제1항의 최소납부세제 적용대상에 해당된다고 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점②취득세 등”이라 한다)을, 쟁점②취득과 관련하여 원가충당부채 등 직·간접비용을 과소신고한 것으로 보아 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점③취득세 등”이라 한다)을 각각 청구법인에게 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 쟁점①취득 관련

(가) (무상귀속 토지 시가표준액) 청구법인은 이 건 사업 진행과정에서

「공공주택 특별법」제29조

및

「국토계획법」제65조

에 따라 용도폐지된 쟁점토지를 각 단계별 지목변경공사의 준공 직후인 각각의 세목통지 시점에 무상으로 취득하였다.

처분청은 지목변경이 끝난 후의 취득시기를 기준으로 쟁점토지의 시가표준액을 산정하였으나, 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 이전부터 그 토지에 대한 토지조성공사를 시행하였고, 그 공사에 투입한 원가를 과세표준으로 하여 지목변경에 대한 취득세를 신고.납부하였으므로, 지목변경이 완료된 후에 취득하게 되는 쟁점토지의 취득세 산정을 위한 시가표준액을 취득 당시를 기준으로 산정하면 지목변경에 대한 취득세 과세표준과 이중과세가 발생하게 되는바, 지목변경 공사를 실시하기 이전에 산정된 시가표준액을 쟁점토지의 취득가격으로 하는 것이 타당하다.

(나) (최소납부세제 적용) 쟁점①토지는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 토지로서

「지방세법」제9조

제2항에 따라 취득세 비과세 대상이라 할 것이고, 비과세된 취득세는 최소납부세제 적용대상이 아님에도

처분청이 쟁점①토지를 국가 등으로부터 무상양여 받은 부동산에 대한 반대급부로 국가 등에 기부채납하기 위하여 취득하는 토지로 보아

「지방세특례제한법」제73조의2

에 따라 취득세를 면제한 후, 같은 법 제177조의2 제1항을 적용하여 산출한 취득세 등의 100분의 15를 산정하여 쟁점①취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(다) (가산세 감면사유 적용) 청구법인은 쟁점토지에 대한 취득세 등을 처분청에 신고할 당시 대규모 택지개발사업 지구 내 무상귀속 토지에 대한 과세표준 및 감면율 적용방법이 명확히 정립되어 있지 아니하여 처분청과 협의를 거쳐 신고를 하였고, 처분청은 최종적으로 청구법인의 신고내역이 타당한 것으로 인정하여 납부고지서와 감면통지서를 교부하였다. 처분청은 그 후 세무조사를 통해 쟁점토지에 대한 취득세를 추징하면서 신고불성실가산세 및 납부지연가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다)를 부과하였는데, 이는 신의성실의 원칙에 어긋난 것으로서 위법하다.

(2) 쟁점②취득 관련

(가) (농지보전부담금 등) 농지보전부담금 등은 농지와 임야 등에 대해 개별적으로 부과하는 것이 아니라 해당 사업의 토지 전체를 택지로 개발함에 따라 일괄하여 부과하는 것으로 여기에는 당연히 대지 등에 대한 몫이 포함되어 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 농지보전부담금 등의 금액에 대지차감률에 상당하는 금액은 쟁점지구 지목변경의 취득가격에서 제외하여야 한다.

(나) (원가충당부채 계상액, 기반시설부담금 등) 원가충당부채 계상액은 그 지급원인이 확정되지 않아 최선의 추정치로 계상하였거나 기성이 도래하지 않아 미청구된 공사대금 등이어서 쟁점지구의 지목변경 취득일 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 비용에 해당하지 아니므로 원가충당부채 계상액을 지목변경의 취득가격에 포함한 쟁점③취득세 등의 부과처분은 위법하다.

처분청은 각종 기반시설부담금 및 기반시설 설치공사비 등(이하 “기반시설부담금 등”이라 한다)을 지목변경의 취득세 과세표준에 포함하였으나, 기반시설 건설에 따른 사용편익 및 재산가치 증가의 직접적인 수혜자는 청구법인이 아닌 조성된 택지에 건설되는 건축물의 소유자이므로, 지목변경과 무관한 기반시설부담금 등은 지목변경의 취득세 과세표준에서 제외되는 것이 타당하다.

(다) (취득 이후 발생 비용) 지목변경 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 비용만이 취득세 과세표준에 포함되어야 하는데, 청구법인은 각 토지의 사용승인시점 또는 단계별 준공시점 중 빠른 날을 해당 토지의 지목변경 취득시기로 보아 취득시기까지 청구된 비용만을 지목변경에 대한 취득세 과세표준에 포함하였다.

그러나, 처분청은 취득시기 이후에 발생된 이 건 사업 관련 비용도 지목변경에 대한 취득세 과세표준에 포함시켰는바 취득시기 이후에 청구된 관련 비용은 지목변경 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①취득 관련

(가) (무상귀속 토지의 시가표준액 산정)

「국토계획법」제65조

제5항 후단에서 공공시설은 그 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있고,

「지방세법」제10조

제1항에서는 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제2항에서 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적은 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하고 있으므로, 취득 당시를 기준으로 산정한 시가표준액을 기준으로 취득세 등을 산출하여야 한다.

(나) (최소납부세제 적용) 쟁점①토지는 쟁점②토지를 국가 등으로부터 무상양여 받기 위해 취득한 것으로 쟁점①토지를 국가 등에 기부채납하는 것에 반대급부로 쟁점②토지를 무상양여 받은 것으로 볼 수 있으므로

「지방세법」제9조

제2항에 따라 취득세 비과세 대상이라 볼 수 없고,

「지방세특례제한법」제73조의2

에 따른 취득세 면제대상으로 볼 수 있으므로 같은 법 제177조의2 제1항을 적용하여 산출한 취득세 등의 100분의 15를 부과하여야 한다.

(다) (가산세 감면사유 적용) 가산세에 있어서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2015.8.27. 선고 2012두16084 판결 참조), 취득세는 납세의무자의 신고에 의하여 그 세액이 구체적으로 확정되는 신고납부방식의 세목인 이상, 처분청이 청구법인의 감면통지서 및 납부고지서를 교부하였다는 사실만으로 이를 처분청의 공적인 의사표현이라고 볼 수는 없으므로, 처분청이 쟁점①·②취득세 등을 부과하면서 가산세를 포함한 처분은 적법하다.

(2) 쟁점②취득 관련

(가) (농지보전부담금 등) 농지보전부담금은

「농지법」제38조

제1항에 따라 농지전용과 관련된 경우에만 부과되고, 대체산림자원조성비는

「산지관리법」제19조

제1항 각 호에 따라 산지전용 시 부과하도록 되어 있으며, 생태계보전협력금의 경우

「자연환경보전법」제46조

제1항에 따라 자연환경과 생태계에 미치는 영향이 있는 경우 같은 조 제3항에 의하여 생태계 훼손면적에 단위면적당 부과금액과 지역계수를 곱하여 산정한다고 되어 있는바, 처음부터 지목이 대지인 토지에는 농지보전부담금 등이 발생할 여지가 전혀 없으므로, 청구법인의 주장처럼 농지보전부담금 등에 대지차감률을 적용할 수 없다.

(나) (원가충당부채 계상액, 기반시설부담금 등) 원가충당부채 계상액은 쟁점지구에 대한 이 건 사업의 준공 이전에 사실상 그 지급원인이 발생한 비용으로 발생 여부가 불확실한 우발부채와는 그 성격이 다를 뿐만 아니라 쟁점지구의 지목변경 공사의 준공을 위해 반드시 집행되어야 하는 비용이지만 취득시기 전까지 집행되지 않은 비용에 해당하므로 취득가격에 포함하는 것이 타당하다.

「택지개발촉진법」제18조의2

제1항 및 같은 법 시행규칙 제11조 제1항에서 기반시설 설치비 등을 택지조성원가에 포함하도록 규정하고 있으므로, 기반시설부담금 등은 택지조성원가에 포함된다.

기반시설부담금 등은 택지개발사업의 시행에 따라 기반시설 공사를 포함한 택지조성공사가 완료됨으로써 지목이 사실상 대지로 변경되어 대지로서 가지는 가치 증가에 직·간접적으로 기여한 비용이라고 보아야 하고, 기반시설부담금 등을 납부하지 않고서는 이 건 사업을 완료할 수 없다면 이는 택지개발사업을 위한 지목변경을 위해 필수불가결하게 지급된 간접비용으로서 취득가격에 포함하는 것이 타당하다.

(다) (취득 이후 발생 비용) 여러 필지에 걸친 광범위한 면적을 대상으로 하는 대규모 택지개발사업의 경우 지목변경 비용 중 사용승인일 이후부터 준공(예정)일까지 소요된 비용을 산정하거나 이를 따로 가려내기가 현실적으로 불가능하고, 개별 토지의 사용승인일 등 취득일 이후에 지출된 비용이라도 취득일 이전에 이미 지출이 예정되어 있는 비용은 당해 토지의 지목변경에 든 비용에 해당한다고 보아야 한다.

택지조성이 미완료된 상태에서 개발사업부지 중 상당수가 아직 예정된 비용이 모두 투입되지 않은 상태인데, 이 경우 청구주장처럼 토지별 취득일을 기준으로 그 때까지 투입된 공사비용만을 반영한다면 이 건 택지들의 OOO㎡당 조성원가가 부당하게 과소산정 될 가능성이 높다는 등의 사정을 감안할 때 취득시기 이후 발생되어 법인장부상 확인되는 지목변경과 관련된 비용을 과세표준에 합산한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지의 취득가격은 취득 당시의 개별공시지가가 아닌 지목변경 전의 개별공시지가가 시가표준액이라는 청구주장의 당부

② 쟁점①토지의 취득이 최소납부세제 적용대상에 해당되는지 여부

③ 쟁점가산세 감면사유에 해당되는지 여부

④ 지목변경 취득세 과세표준 산정시 농지보전부담금 등에도 대지차감률을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

⑤ 원가충당부채 계상액, 기반시설부담금 등이 지목변경 취득세 과세표준에 포함되지 않는다는 청구주장의 당부

⑥ 쟁점②취득 이후에 발생한 비용을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(1) 청구법인은 2010년 5월 국토교통부장관으로부터 아래와 같이 이 건 사업의 시행자로 지정되었다.

(2) 청구법인은 2019.12.31. 이 건 사업에 대한 지구계획 변경(6차)을 국토교통부장관으로부터 아래와 같이 승인을 받았고, 이 건 심판청구는 이 건 사업의 1단계와 관련된 사항이다.

(2) 쟁점①과 관련한 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 2020.2.5. 쟁점토지를 국가 등으로부터 무상양여 받아 취득한 후, 취득세 등을 신고하면서 이 건 사업 추진 이전인 2010년도 표준지 공시지가를 활용하여 과세표준을 산정한 것으로 확인되고, 처분청은 그 취득 당시 개별공시지가(2019년도)를 활용하여 과세표준을 산정한 후 그 과세표준에

「지방세법」제11조

제1항 제2호의 세율을 적용하여 쟁점①·②취득세 등을 산출한 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 취득일 이전에 쟁점토지에 대한 지목변경 공사를 실시하였으므로, 지목변경 공사 실시 이전의 토지가격을 취득가격으로 하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은

「지방세법」제10조

제1항에 따라 취득세 과세표준은 취득 당시의 토지가격으로 하여야 한다는 의견을 제시하였다.

(3) 쟁점②와 관련한 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인의 쟁점①토지는 국토교통부장관이 2019.12.31. 고시한 “이 건 사업에 대한 지구계획 변경(6차) 승인”의 사업시행자 귀속분 조서에 포함되어 있고, 그 고시의 국가(지방자치단체) 귀속토지 조서에도 포함되어 있는 것으로 확인되며, 청구법인은 쟁점①토지를 국가 등으로부터 무상양여로 취득한 후 이 건 사업이 종료된 후 기부채납한 것으로 확인된다. 또한 처분청도 이에 대하여 별도 이견이 없다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점②토지를 무상양여 받기 위하여 쟁점①토지를 기부채납하는 것으로

「지방세법」제9조

제2항에 따른 취득세 비과세 대상이 아닌

「지방세특례제한법」제73조의2

규정에 따른 취득세 등 면제대상으로 같은 법 제177조의2 제1항에 따른 최소납부세제 적용대상이라고 주장하고 있으나, 쟁점①·②토지는 모두 처분청으로부터 무상양여 받은 토지이다.

(4) 쟁점④와 관련한 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 이 건 사업지구내 토지 중 당초부터 대지였던 부분(지목의 변경이 없는 부분)의 공사비를 지목변경의 취득가격에서 제외하기 위해 총 토지 면적에서 지목이 변경된 면적 비율(대지차감률)을 산정(이 건의 대지차감률은 88.12%임)한 후 총 공사비에서 아래 대지차감률을 곱한 금액을 지목변경의 취득가격으로 하여 취득세 등을 신고하였다.

(나) 청구법인은 당초 취득세 등 신고시 취득가격에 포함되지 아니하였다가 추가적으로 과세된 농지보전부담금 등도 다른 비용과 마찬가지로 대지차감률을 곱한 금액 상당액만을 지목변경의 취득가격으로 하여야 한다고 주장한다.

(다) 이에 반하여, 처분청은 농지보전부담금 등은 당초 대지였던 토지에 대하여는 발생하지 아니하고, 지목이 바뀐 토지에 대하여만 부과되므로, 다른 비용과 달리 대지차감률을 곱하지 않고 그 전액을 지목변경의 취득가격으로 산정하여야 한다는 의견이다.

(5) 쟁점⑤ 및 쟁점⑥과 관련한 심리자료는 아래와 같다.

(가) 청구법인이 제출한 쟁점⑤ 및 쟁점⑥과 관련한 비용내역은 아래와 같다.

(나) 쟁점⑤와 관련하여, 원가충당부채와 관련하여 청구법인의 내규인 “개발사업규정”에서 규정한 내용은 아래와 같다.

(다) 쟁점⑥과 관련하여, 청구법인은 취득시기 이후에 발생한 비용은 지목변경의 취득가격에서 제외하여야 한다고 주장하면서도 그 비용이 어떤 항목인지 및 그 비용의 지급원인이 언제 발생하였는지를 알 수 있는 객관적 근거를 제시하지 아니하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세법」제10조

제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하면서, 같은 조 제2항에서 제1항에 따른 취득 당시 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득시기를 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날로 규정하고 있다.

(나) 택지개발사업시행자가 용도 폐지된 정비기반시설을 국가 등으로부터 무상양여(취득)받는 경우 그 취득세는 취득 당시의 시가표준액을 과세표준으로 하고

「지방세법」제11조

제1항 제2호의 세율(1천분의 35)을 적용하여 산출한 세액이라 할 것(대법원 2019.4.11. 2018두35841 판결 등, 같은 뜻임)이다.

(다) 청구법인은 쟁점토지의 취득가격은 취득 당시의 개별공시지가가 아닌 지목변경 전의 개별공시지가가 시가표준액이라고 주장하나,

「지방세법」제10조

제1항에서 취득세 과세표준은 취득 당시의 가격으로 하여야 한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 취득 당시(2020.2.5.)의 개별공시지가를 활용하여 그 취득가격을 산정하는 것이 적법한 점,

「국토계획법」제65조

제5항에서 국가 등으로부터 무상양여 받는 토지는 지목변경 공사를 완료한 후에 취득하는바, 청구법인이 쟁점지구의 지목변경을 위한 조성비용을 부담하였다 하더라도 공사완료로 취득하기 전까지의 지목변경에 따른 가치증가분은 여전히 쟁점지구 토지의 소유자인 국가 등이 갖게 되는 것인 점 등에 비추어 볼 때 쟁점토지의 취득가격은 쟁점토지의 취득 당시의 개별공시지가가 시가표준액이라고 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점①취득세 등을 부과하면서 쟁점토지 취득 당시의 개별공시지가를 시가표준액으로 적용한 것에는 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세법」제9조

제2항에서 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고,

「지방세특례제한법」제73조의2

제1항 제1호에서

「지방세법」제9조

제2항에 따른 부동산 중 국가 등에 귀속되거나 기부채납한 것의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 2020.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제177조의2 제1항에서 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용한다고 규정하고 있다.

(나)

「지방세법」제9조

제2항의 입법취지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다고 할 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)이다.

(다) 처분청은 쟁점①토지의 취득이 비과세 대상이 아닌 면제대상이므로 최소납부세제 적용대상에 해당한다는 의견이나, 쟁점①토지가 국토교통부장관이 2019. 12.31. 고시한 “이 건 사업에 대한 지구계획 변경(6차) 승인”의 사업시행자 귀속분 조서에 포함되어 있고, 그 고시의 국가(지방자치단체) 귀속토지 조서에도 포함되어 있는 것으로 확인되어 있는 점, 청구법인은 이 건 사업이 종료된 후 국가 등에 기부채납한 것으로 보아 청구법인은 쟁점①토지를 국가 등에 기부채납하기 위하여 취득한 후 이 건 사업이 종료되어 기부채납한 것으로 확인되는 점, 처분청이 쟁점①토지에 대하여 쟁점①취득세 등을 부과처분한 것으로 보아 국가 등에 기부채납하기 위하여 취득하여 국가 등에 기부채납한 것에 대하여는 이견이 없는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점①토지에 대한 취득은 국가 등에 기부채납하기 위하여 국가 등으로부터 무상양여 받아 취득한 후, 국가 등에 기부채납한 토지로 반대급부가 있다고 보기 어려우므로(조심 2021지3310, 2022.6.3. 결정 등) 처분청이 쟁점①토지의 취득이

「지방세특례제한법」제73조의2

제1항 제1호 및

「지방세특례제한법」제177조의2

제1항의 최소납부세제 적용대상에 해당된다고 보아 쟁점②취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(8) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세기본법」제54조

제1항 및 제55조 제1항에서 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부에는 과소신고가산세와 납부지연가산세를 각각 부과한다고 규정하면서, 같은 법 제57조 제1항에서 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점①·②취득세 등에서 쟁점가산세가 제외되어야 한다고 주장하나, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지(不知)ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 할 것(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 참조)인바, 청구법인이 지방세법령이나 사실관계를 착오하여 쟁점토지를 취득한 후 취득세 등을 과소신고한 것은 가산세 감면사유에 해당된다고 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점①·②취득세 등을 부과하면서 쟁점가산세를 포함한 것에는 잘못이 없다고 판단된다.

(9) 마지막으로, 쟁점④·⑤·⑥에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세법」제10조

제3항에서 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제17조에서 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 후 가액에서 지목변경 전의 가액을 뺀 가액으로 하되, 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다고 규정하고 있다.

또한,

「지방세법 시행령」제18조

제1항에서 사실상의 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하면서 제3호에서「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용, 제4호에서 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료를 간접비용의 하나로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 보되, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있다.

(나) 쟁점④에 대하여 보면, 청구법인은 지목변경 취득세 과세표준 산정 시 농지보전부담금 등에도 대지차감률을 적용하여야 한다고 주장하나, 농지보전부담금은

「농지법」제38조

제1항에 따라 농지전용과 관련된 경우에만 부과되고, 대체산림자원조성비는

「산지관리법」제19조

제1항 각 호에 따라 산지전용시 부과하도록 되어 있으며, 생태계보전협력금의 경우

「자연환경보전법」제46조

제1항에 따라 자연환경과 생태계에 미치는 영향이 있는 경우 같은 조 제3항에 의하여 생태계 훼손면적에 단위면적당 부과금액과 지역계수를 곱하여 산정한다고 되어 있어, 처음부터 지목이 대지인 토지에 농지보전부담금 등이 발생할 여지가 없어 농지보전부담금 등에 별도의 대지차감률을 적용하는 것은 불합리한 점 등에 비추어 지목변경 취득세 과세표준 산정시 농지보전부담금 등에 대지차감률을 적용할 수는 없으므로 처분청이 쟁점③취득세 등을 부과하면서 대지차감률을 적용하지 않은 것에는 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 쟁점⑤에 대하여 보면, 청구법인은 원가충당부채, 기반시설부담금 등이 지목변경 취득세 과세표준에 포함되지 않는다고 주장하나, 원가충당부채는 청구법인의 「개발사업규정」제60조 제1항에 따르면, 원가충당부채는 「회계기준 시행세칙」제119조에 따른 제조원가 확정시기까지 집행되지 아니한 용지비, 조성공사비, 건물공사비 등 제조원가에 투입되는 사업비로 규정되어 있는바, 청구법인의 원가충당부채 계상액은

「지방세법 시행령」제18조

제1항에 따른 사실상의 취득가격에 포함된다 할 것인 점, 기반시설부담금 등은 택지개발사업에 있어서 대지 등으로 지목이 변경이 되었는지 여부는 토지의 형질이 변경되었는지 여부뿐만 아니라 상하수도공사, 도시가스공사, 전기통신공사 유무 등을 종합하여 판단하여야 할 것으로 쟁점지구에 설치한 각종 기반시설은 독립된 별개의 시설이 아니라 택지개발을 하면서 토지에 필수적으로 설치하여야 하는 시설로서 이는 택지에 부합된 시설물에 해당된다고 보이고, 택지를 개발하면서 택지개발에 필수적으로 수반되는 토지에 설치된 시설물은 토지와 별개의 지장물이나 건축물에 해당되지 아니하는 이상 택지로 변경하여 가치 상승을 일으키는 토지의 부합물이므로 그 설치에 소요된 비용은 쟁점지구의 지목변경과 관련하여 발생한 비용에 해당하며, 국토교통부 훈령 제1424호의 “표준지 공시지가 조사.평가기준”에서 새로이 조성된 토지를 원가법으로 평가할 경우에는 “조성공사비 및 그 부대비용” 등을 포함하여 표준지의 평가가격을 산정하도록 규정하고 있어 기반시설부담금 등을 건축물의 취득가격이 아닌 지목변경의 취득가격으로 보는 것이 위 평가기준에 부합하는 점 등에 비추어 볼 때 원가충당부채, 기반시설부담금 등이 지목변경 취득세 과세표준에 포함된다고 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점③취득세 등을 부과하면서 원가충당부채, 기반시설부담금 등을 취득세 과세표준에 포함한 것에는 잘못이 없다고 판단된다.

(라) 쟁점⑥에 대하여 보면, 청구법인은 쟁점②취득 이후에 발생한 비용을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나,

「지방세법 시행령」제18조

제1항에서 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3장에게 지급하거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용이라고 규정하고 있어 쟁점지구 지목변경 이후 발생비용이라고 하여 무조건 취득가격에서 제외되는 것은 아닌 점, 청구법인은 취득시기 이후에 발생한 비용은 지목변경의 취득가격에서 제외하여야 한다고 주장하면서도 그 비용이 어떤 항목인지 및 그 비용의 지급원인이 언제 발생하였는지를 알 수 있는 객관적 자료를 제시하지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 주장은 받아들이기 어려워 보이므로 처분청이 쟁점③취득세 등을 부과하면서 취득시기 이후 발생한 비용을 취득세 과세표준에 포함한 것에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항,

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

＜쟁점①관련＞

(1) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및

「소득세법」 제101조

제1항 또는

「법인세법」 제52조

제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제65조(개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속) ② 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 개발행위로 용도가 폐지되는 공공시설은 「국유재산법」과 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 양도할 수 있다.

⑥ 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자는 제2항에 따라 관리청에 귀속되거나 그에게 양도될 공공시설에 관하여 개발행위가 끝나기 전에 그 시설의 관리청에 그 종류와 토지의 세목을 통지하여야 하고, 준공검사를 한 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 그 내용을 해당 시설의 관리청에 통보하여야 한다. 이 경우 공공시설은 준공검사를 받음으로써 그 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속되거나 양도된 것으로 본다.

＜쟁점②관련＞

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ①

「지방세법」 제9조

제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(

「지방세법」 제13조

제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세 : 200만원 이하

나. 재산세 : 50만원 이하(

「지방세법」 제122조

에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항·제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

＜쟁점③관련＞

(1) 지방세기본법

제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

＜쟁점④~⑥관련＞

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

제10조(과세표준) ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액 보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및

「소득세법」제101조

제1항 또는

「법인세법」제52조

제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림 자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서.

제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(3) 농지법

제38조(농지보전부담금) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다.

1. 제34조 제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자

2. 제34조 제2항 제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자

2의2. 제34조 제2항 제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자

3. 제34조 제2항 제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자

4. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자

5. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자

(4) 산지관리법

제19조(대체산림자원조성비) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 산지전용과 산지일시사용에 따른 대체산림자원 조성에 드는 비용(이하 “대체산림자원조성비”라 한다)을 미리 내야 한다.

1. 제14조에 따라 산지전용허가를 받으려는 자

2. 제15조의2 제1항에 따라 산지일시사용허가를 받으려는 자(「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」에 따른 광해방지사업을 하려는 자는 제외한다)

3. 다른 법률에 따라 산지전용허가 또는 산지일시사용허가가 의제되거나 배제되는 행정처분을 받으려는 자

(5) 자연환경보전법

제46조(생태계보전협력금) ① 환경부장관은 자연환경을 체계적으로 보전하고 자연자산을 관리ㆍ활용하기 위하여 자연환경 또는 생태계에 미치는 영향이 현저하거나 생물다양성의 감소를 초래하는 사업을 하는 사업자에 대하여 생태계보전협력금을 부과ㆍ징수한다.

③ 제1항에 따른 생태계보전협력금은 50억원의 범위에서 생태계의 훼손면적에 단위면적당 부과금액과 지역계수를 곱하여 산정ㆍ부과한다. 다만, 생태계의 보전ㆍ복원 목적의 사업 또는 국방 목적의 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업에 대하여는 생태계보전협력금을 감면할 수 있다.

(6) 택지개발촉진법

제18조의2(택지조성원가의 공개) ① 제18조에 따라 택지를 공급하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 택지조성원가를 공시하여야 한다. 이 경우 택지조성원가는 다음 각 호의 항목으로 구성된다.

1. 용지비

2. 조성비

3. 직접인건비

4. 이주대책비

5. 판매비

6. 일반관리비

7. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용

(7) 택지개발촉진법 시행규칙

제11조(택지조성원가의 산정방법 등) ①법 제18조의2 제1항 제7호에서 “그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용”이란 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 용지부담금

2. 기반시설 설치비

3. 자본비용

4. 택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용