조심 2021지3310 (2022.06.03)

OOO시장이 2021.6.11. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 OOO토지 OOO㎡에 대한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 취소하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.7.31. OOO(OOO㎡, 이하 “이 건 택지개발사업지구”라 한다)의 1단계 사업지구인 OOO일대 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 택지로 조성한 후, 그 취득가격 OOO원을 지목변경에 따른 취득세 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으나, 이 건 토지 중 2019.9.9. 국가 등으로부터 무상취득한 OOO필지 OOO㎡(용도 폐지된 기반시설용지, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 취득세 등을 신고· 납부하지 않았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 법정신고기한 내에 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 보아, 2021.6.11. 청구법인에게 쟁점토지 중 국가 등에 공공시설로 기부채납을 하기 위하여 취득한 OOO토지 OOO㎡(60.12%, 이하 “쟁점1토지”라 한다)에 대하여는 2019년도 시가표준액OOO을 과세표준으로 하고,「지방세법」(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제2호의 세율(1천분의 35),「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조의2 제1항 및 제177조의2 제1항을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였고, 나머지 OOO토지 OOO㎡(39.88%, 이하 “쟁점2토지”라 한다)에 대하여는 2019년도 시가표준액(OOO원)을 과세표준으로 하고,

「지방세법」제11조

제1항 제2호의 세율(1천분의 35) 및

「지방세특례제한법」제76조

제1항의 감면율(100분의 20)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

또한, 청구법인이 이 건 토지의 지목변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)에 따른 취득세 등을 신고하면서 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 그 취득가격에서 누락하였다고 보아 2021.6.11. 청구법인에게 쟁점금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지함에 따라 처분청이 쟁점토지와 쟁점금액에 대하여 부과한 취득세 등은 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)으로 그 구체적 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점토지에 대한 취득세 등 부과 내역

(단위 : 원)

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 먼저, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하였음에도 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 보아 이 건 제1취득세 등을 부과·고지 하였으나, 이는 아래와 같은 사유로 부당하다.

(가) 쟁점토지는 용도폐지된 기반시설용토지로서 청구법인은 이 건 토지를 택지로 조성(지목변경)한 후 지목변경에 따른 조성원가(가치상승분)를 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였는바, 청구법인이 2019.9.9. 이 건 토지를 취득할 당시 그 시가표준액에는 청구법인이 시행한 지목변경에 따른 가치 상승분이 포함되어 있고, 이에 대하여는 이미 취득세(지목변경) 등을 신고·납부하였는바, 쟁점토지의 가치상승분에 대해 다시 취득세 등을 부과하는 것은 사실상 이중과세에 해당하는 것이므로 쟁점토지의 무상취득에 따른 취득세 과세표준은 지목변경 후의 시가표준액이 아니라 지목변경 전의 시가표준액이라 할 것임에도 처분청이 지목변경 후의 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(나) 청구법인은 이 건 택지개발사업지구 내 토지를 유상 취득하기 전에 취득세 과세비율(취득한 토지 중 취득세 비과세 또는 감면되는 토지를 고려하여 산출한 비율 53.95%)을 산출하면서, 이 건 택지개발사업지구 내 전체 토지에서 무상으로 취득하게 되는 토지를 차감하여 그 면적을 분모로 하였는바, 결과적으로 분모가 작아지게 되어 그 과세비율이 더 커지게 됨에 따라 유상으로 취득한 토지에 대하여 더 많은 취득세 등을 신고·납부하였음을 볼 때, 이 건 토지 중 청구법인이 종전 소유자로부터 유상 취득한 토지(OOO㎡)의 취득세 등에는 무상 취득한 쟁점토지의 취득세 등이 포함되어 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 부과하는 것은 사실상의 이중과세에 해당된다.

(다) 설령, 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 부과하는 것이 타당하다 하더라도 쟁점1토지(OOO㎡)는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 토지로서

「지방세법」제9조

제2항에 따라 취득세 비과세 대상이라 할 것이고, 비과세된 취득세는 최저 납부세액 적용대상이 아님에도 처분청은 쟁점1토지를 국가 등으로부터 무상양여 받은 부동산에 대한 반대급부로 국가 등에 기부채납하기 위하여 취득하는 토지로 보아

「지방세특례제한법」제73조의2

에 따라 취득세를 면제한 후, 같은 법 제177조의2 제1항을 적용하여 산출한 취득세 등의 100분의 15인 부과하였는바, 쟁점1토지에 대한 취득세 OOO원은 취소하여야 한다.

(라) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 법정신고기한 내에 취득세 등을 신고·납부하지 않았고, 이 건 지목변경에 따른 취득세 신고 당시 쟁점금액(OOO원)을 그 취득가격에서 누락하였다 하더라도 청구법인은 처분청과 합의한 과세비율(53.95%)을 적용하여 유상 취득한 토지의 취득세 등과 이 건 지목변경에 따른 취득세 등을 신고하였고, 처분청도 청구법인이 신고한 대로 취득세 납부서를 발급하였는바, 이와 같은 사유는 쟁점토지의 취득세 무신고에 따른 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당된다 할 것이므로 이 건 취득세 등에 포함된 가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)은 취소되어야 한다.

(2) 다음으로 쟁점금액(OOO원)에 대하여 보면, 처분청은 청구법인이 이 건 지목변경에 따른 취득세 등을 신고하면서 쟁점금액을 그 취득가격에서 누락하였다고 보아 이 건 제2취득세 등을 부과하였으나, 이는 아래와 같은 사유로 부당하다.

(가) 청구법인은 이 건 지목변경 공사를 하면서 관계 법령에 따라 납부한 농지보전부담금.대체산림조성비 및 생태계보전협력금(이하 “농지보전부담금 등”이라 한다)을 납부한 후, 여기에 이 건 택지개발사업지구의 총 면적에서 종전 지목이 대지인 토지가 차지하는 비율인 4.1%(이하 “이 건 대지차감비율”이라 한다)에 해당하는 금액을 제외한 나머지 금액만을 이 건 지목변경의 취득가격에 포함하여 취득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 농지보전부담금 등은 농지나 임야를 개발함에 따라 부담하는 비용이므로 여기에 종전 지목이 대지인 토지를 고려할 이유가 없다고 보아 이 건 대지차감비율에 상당하는 금액을 제외하지 않고 그 전부를 이 건 지목변경의 취득가격으로 산정하였으나 농지보전부담금 등은 농지와 임야 등에 대해 개별적으로 부과하는 것이 아니라 해당 사업 토지 전체를 택지로 개발함에 따라 일괄하여 부과하는 것으로 여기에는 당연히 대지 등에 대한 몫이 포함되어 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 쟁점금액 중 농지보전부담금 등에서 이 건 대지차감비율(4.1%)에 상당하는 OOO원(이하 “쟁점1금액”이라 한다)은 이 건 지목변경의 취득가격에서 제외하여야 한다.

(나) 지목변경에 따른 취득가격은 도급계약의 체결이나 공사대금의 지급기일 도래와 관계 없이 취득시기까지 공사가 완료된 기성고에 해당하는 금액을 말하는 것으로, 이 건 지목변경의 취득시기 이후 지급하기로 한 OOO원(이하 “쟁점2금액”이라 한다)은 이 건 지목변경의 취득시기 당시에는 실제로 지급원인이 발생하거나 확정되지 않았으므로 이 건 지목변경의 취득가격에 해당되지 않는다 할 것이다.

(다) 기반시설부담금, 학교용지부담금 등 청구법인이 관련 법령에 따라 납부한 각종 부담금과 그 건설자금이자 등 간접비용의 합계액인 OOO원(이하 “쟁점3금액”이라 한다)은 이 건 지목변경과 관계 없이 지급한 금액으로 해당 금액은 이 건 사업지구의 조성공사가 완료된 후 신축하는 공동주택 등의 취득가격에 포함하여야 할 것이므로 쟁점3금액은 이 건 지목변경의 취득가격에서는 제외하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 먼저, 쟁점토지의 취득세인 이 건 제1취득세 등의 부과와 관련하여 본다.

(가) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 지목변경에 따른 취득세 등을 신고·납부하여 지목변경에 따른 가치 상승분에 대한 취득세 등을 이미 부담하였다고 주장하나,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제65조 제5항 후단에서 공공시설은 그 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있고,

「지방세법」제10조

제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적은 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 취득세 과세표준은 그 취득 당시의 시가표준액으로 보는 것이 타당하다 할 것이고 지목변경에 따른 가치 상승분에 대하여 이미 취득세 등을 납부하였으므로 지목변경 전의 시가표준액을 쟁점토지의 취득세 과세표준으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(나) 청구법인이 제3자로부터 유상으로 취득한 토지와 쟁점토지는 아무런 관계가 없으므로 유상으로 취득한 토지의 취득세 등에 쟁점토지의 취득세 등에 상당하는 금액이 포함되어 있다는 청구주장은 사실과 다른 주장이다.

(다) 쟁점1토지는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 것이 아니라 국가 등으로부터 무상 취득한 것을 다시 공공시설 용도로 기부 채납한 것이므로

「지방세법」제9조

제2항에 따른 취득세 면제대상이 아니라

「지방세특례제한법」제73조의2

제1항을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하고,

「지방세특례제한법」제73조의2

제1항에 따라 취득세를 면제하는 경우 최저납부세액(100분의 15)를 납부하여야 하므로 처분청이 쟁점1토지에 대하여 취득세 등 OOO원을 부과한 처분은 정당하다.

(라) 청구법인은 청구법인이 유상으로 취득한 토지와 이 건 지목변경에 대하여 청구법인이 과세비율을 고려하여 신고한 금액대로 취득세 납부서를 교부하였으므로 청구법인에게 가산세를 면제하여야 할 만한 정당한 사유가 있다 주장하나, 취득세는 납세의무자의 신고에 의하여 그 세액이 구체적으로 확정되는 신고납부방식의 세목인바, 처분청이 청구법인이 신고한 금액대로 취득세 납부서를 교부하였다고 하여 이를 과세관청의 공적인 의사표현이라고 볼 수는 없으므로 처분청이 쟁점가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

(2) 다음으로 쟁점금액이 이 건 지목변경의 취득가격에 해당되는지 여부에 대하여 본다.

(가) 농지보전부담금 등은 관련법령에 따라 택지개발사업자에게 부과하는 부담금으로 종전 지목이 대지인 토지에는 농지보전부담금 등을 부과할 이유가 없는바, 농지보전부담금 등에서 이 건 대지차감율에 상당하는 쟁점1금액(OOO원)을 이 건 지목변경의 취득가격에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(나) 청구법인은 쟁점2금액(OOO원)을 이 건 지목변경의 취득시기 이후 발생한 비용이라고 주장하나, 이 건 사업지구와 같은 대규모 택지개발사업 지구의 경우 여러 필지에 걸친 광범위한 면적을 대상으로 하므로 지목변경 비용 중 사용승낙일 이후 준공(예정)일까지 소요된 비용을 상정하거나 이를 따로 가려내기가 현실적으로 불가능하고, 개별 토지의 사용승낙일 이후에 지출된 비용이라도 사용승낙일에 이미 지출이 예정되어 있는 비용은 당해 토지의 지목변경에 든 비용에 해당한다고 보아야 하므로 청구법인이 쟁점2금액을 이 건 지목변경의 취득시기 이후에 지급하였다 하더라도 이는 이 건 지목변경의 취득각격에 해당된다고 할 것이다.

(다) 쟁점3금액(OOO원)은 청구법인이 이 건 지목변경 공사를 시행하면서 관련법령에 따라 납부하거나 분담하여야 하는 각종부담금과 그 건설자금이자 등으로 청구법인은 이 건 지목변경의 취득시기 이전에 이를 납부하였을 뿐만 아니라 해당 금액을 납부하지 않고서는 택지개발사업을 완료할 수 없다고 할 것이므로 처분청이 쟁점3금액을 이 건 지목변경의 취득가격으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지에 대한 취득가격을 지목변경 이전의 시가표준액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

② 유상 취득한 토지에 쟁점토지의 취득세 등이 포함되어 있으므로 쟁점토지에 대한 취득세를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

③ 쟁점1토지가 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 토지이므로

「지방세법」제9조

제2항에 따라 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

④ 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

⑤ 쟁점금액을 이 건 지목변경의 취득가격에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(1) 이 건 택지개발사업지구OOO의 단계별 준공 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 택지개발사업지구 단계별 준공 현황

(단위 : ㎡)

(가) 청구법인은 2019.9.9.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제65조 제1항에 따라 용도 폐지된 기반시설용지인 쟁점토지(OOO㎡)를 취득하였으나, 법정신고납부기한 내에 이에 따른 취득세 등을 신고·납부하지 않았다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하였으나, 그 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 하여 이 건 택지개발사업계획 승인 당시 공공시설용지로서 국가 등에 기부채납하기로 결정된 쟁점1토지(OOO㎡)에 대하여는

「지방세특례제한법」제73조의2

제1항에 따라 취득세를 면제한 후 그 면제액의 100분의 15인 취득세 등 OOO원(가산세 포함, 이하 같다)을 부과·고지하였고, 나머지 OOO㎡(쟁점2토지)에 대하여는 산출한 세액에 100분의 20을 감면하여 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

(다) 청구법인은 이 건 토지(OOO㎡)의 OOO㎡ 당 택지조성원가를 OOO원으로 하여 조성원가(OOO원)를 산출한 후 이중 공공시설용지(기부채납 대상으로 이하 같음, 62.30%) 등에 투입된 취득가격을 제외한 OOO원을 이 건 지목변경의 취득가격으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 반면, 처분청은 이 건 택지개발사업지구의 총 조성원가 OOO원을 이 건 택지개발사업지구의 면적(OOO㎡)로 나누어 OOO㎡ 당 조성원가를 OOO원으로 산출한 후, 여기에 이 건 토지의 면적 OOO㎡을 곱한 OOO원을 조성원가로 산출한 후 여기에 공공시설용지(58.68%)를 제외한 OOO원을 이 건 지목변경의 정당한 취득가격으로 산출한 것으로 나타난다.

(마) 처분청은 농지보전부담금 등을 제외한 다른 부분에 대하여는 이 건 대지차감비율(4.1.%)을 인정하여, 그 조성원가 중 4.1%에 상당하는 금액을 이 건 지목변경의 취득가격에서 제외하였으나, 농지와 임야 등에 대하여 부과하는 농지보전부담금 등에는 대지차감비율을 적용할 여지가 없다고 보아 농지보전부담금 등을 전액 취득가격으로 산정하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세법」제10조

제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하면서, 같은 조 제2항에서 제1항에 따른 취득 당시 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득시기를 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날로 규정하고 있다.

(나) 한편, 대법원 2019.9.26. 선고 2019두43900 판결 등을 종합하면, 택지개발사업시행자가 용도 폐지된 정비기반시설을 국가 등으로부터 무상양여(취득)받는 경우 그 취득세는 취득 당시의 시가표준액을 과세표준으로 하고

「지방세법」제11조

제1항 제2호의 세율(1천분의 35)을 적용하여 산출한 세액이라 할 것이다.

(다) 이 건 토지(OOO㎡)에 대한 택지개발사업(이 건 지목변경)은 2019.7.31. 준공되었으므로 이 건 토지의 지목변경 취득일은

「지방세법 시행령」제20조

제10항에 따라 그 준공일(공부상 변경일)인 2019.7.31.로 보아야 하는 점, 청구법인은 지목변경이 완료된 쟁점토지를 2019.9.9.국가로부터 무상 취득한 것으로 취득가격을 알 수 없는 이상 그 취득세 과세표준은

「지방세법」제10조

제2항에 따라 취득 당시의 시가표준액으로 하여야 하는 점, 나아가 택지개발사업에 따라 조성이 완료된 토지의 경우 그 시가표준액(개별공시지가)은 해당 토지의 사용목적이나 용도 등에 따라 결정되는 것인 점 등에 비추어 쟁점토지에 대한 취득세 과세표준을 택지조성사업이 완료되기 전의 시가표준액(개별공시지가)로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세기본법」제34조

제1항 제1호에서 취득세는 과세물건을 취득하는 때 납세의무가 성립한다고 규정하고 있고,

「지방세법」제7조

제1항에서 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제10조 제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인이 유상 취득한 토지 등에 대해 과세비율을 적용하여 취득세 등을 신고·납부하였다 하더라도 택지개발사업이 준공되면 그 용도에 따라 취득세 등을 재산정하여 수정신고를 하여야 하므로 유상 취득한 토지에 대하여 취득세 등을 과다 납부하였다고 단정할 수는 없는 점, 설령 청구법인이 유상 취득한 토지에 대하여 취득세 등을 과다 납부한 경우라면 이에 대해서는 경정청구를 거쳐 환급받을 수 있으므로 과다 납부한 세액을 별개의 과세대상일 뿐만 아니라 그 세액을 납부할 당시 납세의무조차 성립하지 않은 쟁점토지의 취득세 등으로 볼 수는 없는 점 등에 비추어 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고·납부한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다.

(4) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세법」제9조

제2항에서 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고,

「지방세특례제한법」제73조의2

제1항 제1호에서

「지방세법」제9조

제2항에 따른 부동산 중 국가 등에 귀속되거나 기부채납한 것의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 2020.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 한편

「지방세법」제9조

제2항의 입법취지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다고 할 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)이다.

(다) 쟁점1토지는 이 건 택지개발사업계획 승인 당시 공공시설용지로서 국가 등에 기부채납하기로 결정된 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 택지개발사업계획이 결정·고시된 후인 2019.9.9. 쟁점1토지를 취득(무상 취득)하였는바, 청구법인이 쟁점1토지를 취득할 당시 이 건 택지개발사업과 관련하여 기부채납의 대상이 되는 기반시설의 위치와 면적이 사실상 확정된 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 쟁점1토지의 기부채납에 대한 반대급부를 받은 사실이 나타나지 않는 점 등에 비추어 쟁점1토지가 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 취득세 비과세 대상이라는 청구주장은 타당성이 있다고 할 것인바, 처분청이 쟁점1토지에 대하여

「지방세특례제한법」제73조의2

제1항 제1호와 같은 법 제177조의2 제1항을 함께 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(5) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세기본법」제54조

제1항 및 제55조 제1항에서 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부에는 과소신고가산세와 납부지연가산세를 각각 부과한다고 규정하면서, 같은 법 제57조 제1항에서 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 한편, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 무지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 할 것이다(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결 등 다수, 같은 뜻임).

(다) 청구법인이 지방세법령이나 사실관계를 착오하여 쟁점토지에 대한 취득세 등을 납부하지 않았고, 이 건 지목변경의 취득가격에서 쟁점금액(OOO원)을 누락한 것이라 하더라도 이러한 사유만으로 청구법인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고·납부하지 아니하고 이 건 지목변경의 취득가격에서 쟁점금액을 누락한데에 처분청 공무원의 귀책이나 과실이 있다고 할 수도 없으므로 쟁점가산세 OOO원 중 쟁점1토지에 대한 취득세 등 OOO원에 포함된 가산세를 제외한 나머지 가산세는 정당하다고 판단된다.

(6) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세법」제10조

제3항에서 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 제5항 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세 표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제17조에서 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 후 가액에서 지목변경 전의 가액을 뺀 가액으로 하되, 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다고 규정하고 있다.

또한,

「지방세법 시행령」제18조

제1항에서 사실상의 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하면서 제3호에서「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용, 제4호에서 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료를 간접비용의 하나로 규정하고 있고, 같은 영 제20조 제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 보되, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있다.

(나) 먼저, 농지보전부담금 등 중 이 건 대지차감비율(4.1%)에 상당하는 금액인 쟁점1금액(OOO원)에 대하여 살펴보면,

「지방세법 시행령」제18조

제1항 제3호에서「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 간접비용(취득가격)의 하나로 규정하고 있을 뿐 이를 구성요소 별로 구분하여 취득가격 여부를 판단하도록 규정하지는 않고 있는 점, 이 건 토지와 같은 대규모 택지개발사업의 경우 그 사업부지에 대지가 존재한다고 하여 해당 대지에 대한 조성공사를 하지 않는 것은 아니므로 법인장부 등으로 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 해당 부지에 대지가 존재하는지 여부에 관계 없이 총 공사원가를 사업부지면적으로 나누어 OOO㎡ 당 조성원가를 산정하는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 농지보전부담금 등을 제외한 나머지 조성원가에 대해 이 건 대지차감비율(4.1%)을 적용하여 총 조성원가를 산출한 것이 적법한지 여부는 별론으로 하더라도 쟁점1금액을 이 건 지목변경의 취득가격에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

(나) 다음으로, 쟁점2금액(OOO원)에 대하여 살펴보면, 이 건 토지와 같이 대규모 택지개발사업을 하는 경우 필지별로 지목변경에 따른 조성원가를 산정하는 것은 사실상 불가능할 뿐만 아니라 동일한 사업지구 내에서 준공일 또는 사실상의 사용일에 따라 필지 별로 취득세 과세표준을 달리하는 것은 실질과세의 원칙에 부합하지 않는다 할 것이므로 그 취득세 과세표준은 택지개발사업의 준공일까지 발생한 총 조성원가를 지목변경 대상 토지의 면적으로 나누어 OOO㎡ 당 조성원가를 산정한 후 이를 기준으로 그 취득가격을 산출하는 것이 타당하다 할 것(조심 2018지835, 2018.9.4., 같은 뜻임)인바, 쟁점2금액은 이 건 지목변경의 취득시기 이전에 사실상 그 지급원인이 발생한 조성원가로서 이 건 지목변경의 취득가격에 해당된다고 할 것이다.

(다) 끝으로 쟁점3금액(OOO원)에 대하여 살펴보면,

「지방세법 시행령」제18조

제1항 제3호 및 제4호에서 해당 부동산을 취득하기 위하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 간접비용의 하나로서 취득가격에 포함한다고 규정하고 있는 점, 쟁점3금액은 청구법인이 관계 법령에 따라 부담한 각종 시설부담금 등으로 이 건 토지에 공동주택 등을 신축하기 위한 준비행위 또는 그 수반행위에 필수적으로 소요된 비용에 해당하는 점 등에 비추어 쟁점3금액은 이 건 지목변경 공사의 취득가격에 해당된다고 하겠다.

(7) 따라서, 이 건 취득세 등 OOO원 중 쟁점1토지에 대한 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 제외한 나머지 부과 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항,

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 지방세기본법

제34조 [납세의무의 성립시기] ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때

제54조[과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 “초과환급신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다

제55조[납부지연가산세] ① 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다.

제57조[가산세의 감면 등] ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것)

제4조[부동산 등의 시가표준액] ① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장이 산정한 가액으로 한다.

제7조[납세의무자 등] ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

제9조[비과세] ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가 등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한

민간투자법」제4조

제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한

민간투자법」제2조

제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.(이하 생략)

제10조[과세표준] ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및

「소득세법」제101조

제1항 또는

「법인세법」제52조

제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(3) 지방세법 시행령

제13조[취득 당시의 현황에 따른 부과] 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다. 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부(公簿)상의 등재 현황에 따라 부과한다.

제17조[토지의 지목변경에 대한 과세표준] 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

제18조[취득가격의 범위 등] ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

3.「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림 자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서.

제20조[취득의 시기 등] ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(4) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것)

제73조의2[기부채납용 부동산 등에 대한 감면] ①

「지방세법」제9조

제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

제76조[택지개발용 토지 등에 대한 감면] ① 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 20을 2019년 12월 31일까지 경감한다.

제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(

「지방세법」제13조

제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.(이하 생략)

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제65조[개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속] ① 개발행위허가(다른 법률에 따라 개발행위허가가 의제되는 협의를 거친 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는「국유재산법」과「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속된다.

⑤ 개발행위허가를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자는 개발행위가 끝나 준공검사를 마친 때에는 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지하여야 한다. 이 경우 공공시설은 그 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다.

(5) 한국토지주택공사법

제19조[공사의 국가 또는 지방자치단체 의제 등] ② 공사가 시행하는 사업의 경우「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제134조 후단 및

「도시개발법」제77조

단서에 따른 행정심판에서 공사의 처분에 대한 감독행정기관은 국토교통부장관으로 하며,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제65조 및 제99조를 적용하는 경우에는 공사를 행정청인 시행자로 본다.