조심 2019서0562 (2019.11.04)

OOO세무서장이 2018.10.12. 청구법인에게 한 OOO원의 부과처분 및 2013.2016.2017사업연도 과세표준 증액처분은,

1. 청구법인 소유의 OOO를 업무용 부동산에 해당하는 것으로 하여 지급이자, 관련 경비 등 합계 OOO을 손금산입하고,

주식회사 OOO의 2013사업연도부터 2017사업연도까지 매출액 중 내부거래수익 합계 OOO을 동 법인과 청구법인 사이의 상표권 사용료 계산시 제외하여 익금산입할 상표권 사용료를 재계산하고,

주식회사 OOO와 청구법인 사이의 상표권 사용료로 익금산입된 OOO을 익금불산입하여,

각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1973년 설립되어 건설업을 영위하는 법인으로, 1988.12.17., 1988.12.21. 및 1996.12.10. 등 3회에 걸쳐 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”이라 한다)를 업무용 부동산으로 보아 2013～2017사업연도 중 발생한 지급이자, 관련 경비 등 합계 OOO을 손금산입하여 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 OOO국세청장의 청구법인에 대한 법인세 통합조사(2018.5.10.～2018.9.7.) 결과에 따라, ① 쟁점토지를 업무무관자산으로 보아 쟁점①금액을 손금불산입하고, ② 청구법인이 소유한 상표권 ○○○ 및 ○○○(이하 “쟁점상표권”이라 한다)를 자회사인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 및 주식회사 OOO(2015.7.24. 설립되었으며, 이하 “OOO”라 하고, OOO와 OOO를 합하여 이하 “쟁점자회사들”이라 한다)가 사용하도록 하였음에도 2013～2017사업연도 사용료 합계 OOO을 미수취한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하고 쟁점②금액을 익금산입하여, 2018.10.12. 청구법인에게 법인세 OOO원(2013.2016.2017사업연도 법인세는 이월결손금으로 인하여 고지세액이 없으며, 과세표준을 증액함)을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구OOO를 제기하는 한편, 같은 날 2016 및 2017사업연도 법인세의 과세표준 증액경정 처분에 대하여 처분청에 과세표준의 감액(이월결손금의 증액)을 구하는 경정청구(이하 “쟁점경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청이 2019.3.11. 이를 거부하자, OOO 심판청구OOO를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 대법원 판결OOO이 결손금 감액 경정을 불복 대상으로 보고 있지 않아 같은 날 2013, 2016 및 2017사업연도의 경우 심판청구가 각하될 우려가 있어 예비적으로 경정청구를 하게 된 것으로, 가사 2016 및 2017사업연도 과세표준 증액 결정이 처분성이 없어 불복 대상이 아니라 하여도 감액을 구하는 경정청구 거부처분은 명백히 처분에 해당하므로, 이 부분은 적법한 심판청구에 해당하여 그 당부를 판단할 필요가 있다.

(2) 청구법인은 사원용 주택을 건설하기 위해 쟁점토지를 취득하였고, 쟁점토지는 취득 당시 녹지가 아니라 “제1종 일반주거지역”으로 용도 지정되어, 건설 등 목적사업을 수행하는데 어떠한 법적 금지나 제한이 없는 토지였으며, 취득 이후에 법령(비오톱 1등급지 지정)으로 사용이 금지됨에 따라 사업목적으로 사용할 수 없게 되어 결과적으로 처분도 사실상 불가능해졌으므로, 쟁점토지는 “취득 후 법령에 따라 사용이 금지·제한된 부동산”에 해당한다.

(가) 대법원은 “법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것인지의 여부는 원칙적으로 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적을 그 주된 사업과 대비하여 결정하여야 할 것이고, 그 해당여부도 위 목적과 사용금지, 제한의 형태에 비추어 개별적으로 판단하여야 할 것”이라고 판시하고 있다(대법원 1995.2.24. 선고 94누4172 판결).

청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시의 상황을 보면, OOO은 인구 OOO명의 대도시로 급속히 발전하면서 OOO도 유치함에 따라 적극적인 도시개선 및 미화수행의 필요성이 증대되어 각종 정비사업 및 도심재개발을 활성화하고 정부의 주택공급 목표달성을 위해 신규 주택건설 또한 중점적으로 추진하였다.

당시 정부는 택지의 대량공급을 위해 「택지개발촉진법」(1981년), 「도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법」(1984년) 등 다수의 관련 법제를 마련하였으며, 이에 따라 “대단위 농경지와 산림지가 주거용지로 전용”되어 대규모 아파트 단지가 건설되었다OOO.

뿐만 아니라 쟁점토지 취득 직전인 1988년에는 OOO의 공공용지확보기준 완화로 토질형질변경 역시 전보다 용이해졌다OOO.

당시 이와 같은 사회.경제적·정책적 상황에 비추어 보면, 청구법인은 “제1종 일반주거지역”으로 지정된 쟁점토지를 취득하면서 토지형질변경을 통한 “사원용 주택 건설”의 목적 달성에 대한 합리적 기대를 가지는 것이 당연하였고, 이에 반해 쟁점토지 취득 당시 법령에 의한 사용금지 또는 제한을 추단할 만한 구체적·개별적인 사정은 전혀 존재하지 않았다.

(나) 쟁점토지는 구 「국토이용관리법」 제21조의7 제1항에 따른 “토지 등 거래계약 신고구역”으로, 동 신고구역은 건설부장관이 토지의 투기적인 거래가 성행할 우려가 있고 지가가 급격히 상승할 우려가 있는 구역을 5년 내의 기간을 정하여 지정하는 것이며, 쟁점토지는 매매계약 체결 전 토지거래 신고당시 도지사 등이 이미 이용계획 등을 검토하여 “토지등거래계약신고필증”을 교부한 부동산이므로, 쟁점토지는 취득 당시 개발가능성이 있었고 법령상 형질변경 등이 금지된 부동산이 아니었음을 알 수 있다.

또한, 구 「국토이용관리법」은 토지 등의 거래계약 신고구역의 경우, 도지사는 토지이용을 도모하는데 현저한 지장이 있다고 인정할 때에는 신고인에게 당해 토지 등의 거래계약의 체결의 중지, 기타 신고내용에 관하여 필요한 조치를 권고할 수 있는데(「국토이용관리법」 제21조의7, 제21조의8 제1항), 쟁점토지는 취득 당시 이와 같은 체결 중지나 권고가 없었으므로, 토지이용이 금지되거나 규제대상지에 해당한다고 볼만한 여지도 없었다.

결국, 쟁점토지는 “제1종 주거지역”으로 지정되어 법령상 주거용 건물의 개발가능성이 충분히 예측 가능한 토지였고, 토지거래계약 체결전 신고절차를 통해 그 사용목적에 대한 관할 행정기관의 검토 과정도 거쳤으므로, 청구법인은 쟁점토지에 대해 사원용 주택건설이 가능하다는 객관적이고도 합리적인 판단 하에 이를 취득한 것이었다.

(다) 대법원은 이미 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 토지이용에 관한 인.허가를 일체 불허하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 제한되거나 금지되는 경우에도 법령의 규정에 의한 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 포함된다고 판결(대법원 1995.6.13. 선고 95누1026 판결)하여 비업무용 부동산에서 제외하도록 하였다.

청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 사원용 주택건설추진 외에도 수차례에 걸쳐 쟁점토지를 업무용으로 사용하려고 시도하였으나, 환경단체의 반대 등에 기인한 관련 행정기관의 신청접수 반려, 허가신청 반려 등으로 이를 사용할 수 없었다. 더욱이 2000년 1월 쟁점토지의 일부가 절대보전지역으로 개발행위가 불가능한 비오톱 1등급지로 지정됨에 따라 사실상 처분도 불가능한 토지가 되었다.

따라서, 쟁점토지의 경우 법령상 개발가능성이 존재했던 취득 당시가 아니라, 이후 관할 행정청이 형질변경허가 등 토지이용에 관한 인.허가를 일체 주지 아니하여 현실적으로 토지의 사용이 제한된 시점 또는 늦어도 비오톱 1등급지로 지정되어 확정적으로 개발이 불가능한 토지가 된 2000년 1월 이후에는 법률상 토지의 사용이 제한되거나 금지된 것으로 보아야 하므로, 쟁점토지는 “취득 후 법령에 따라 사용이 금지.제한된 부동산”에 해당한다.

(라) 처분청은 OOO이 쟁점토지 취득 이전인 1988.7.1. 시행되었으며, 위 사무취급요령은 OOO 행정구역 중 개발제한구역 이외의 전지역을 적용대상으로 한다고 명시하고 있으므로, 허가행위 금지.규제 대상지는 OOO 내 모든 토지(임야)로 쟁점토지 역시 그 적용대상에 해당하여 취득 당시부터 법령에 의해 금지, 제한된 토지라는 의견이나,

쟁점사무취급요령은 개발제한구역 지정과 같이 명확하게 규제대상지를 지정한 것이 아니라, “미관 등이 크게 손상될 우려”, “녹지 보전이 필요한 경우” 등 재량권 행사의 근거를 마련하고, 그에 따른 행정청의 재량권 행사로 규제대상지를 결정하게 되어 있다.

따라서, 토지매수인인 청구법인은 당연히 토지 취득 후 취득 목적 등을 기재하여 형질변경 허가신청을 할 권리가 있고, 현실적인 사정을 고려하여 그 신청이 반려된 후에야 규제대상지에 해당하는지를 알 수 있으며, 허가가 반려된 경우 청구법인은 다른 용도로 변경하여 재차 허가를 신청하고 그에 따라 허가가 인정될 가능성도 상당하다.

처분청의 주장대로 행정청이 재량으로 규제대상지를 결정하는 경우까지 법령에 의해 금지 또는 제한되는 토지로 본다면, 대부분의 토지는 처음부터 규제대상지에 해당하게 되고, 업무용으로 취득 가능한 부동산은 아예 존재하지 않게 되는 모순이 발생하게 된다.

결국, 개발제한구역 지정과 같이 명확하게 사용이 금지 또는 제한된 토지와는 달리, 쟁점사무취급요령에서와 같이 규정상 허가신청이 가능하고 그에 대해 행정청이 재량으로 그 허가 여부를 결정할 수 있는 경우에는 그 목적에 따라 행정청이 재량으로 허가를 인정할 가능성도 상당하므로, 처분청의 주장처럼 “서울특별시내 개발제한구역 이외의 전지역”에 대해 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지라고 보아서는 아니된다.

(마) 처분청은 쟁점토지 매매계약은 토지형질 변경행위 등 별도심의 허가조건부 계약으로 확인되나 허가를 득하지 못하였음에도 매매계약을 취소하지 않았으므로 업무무관자산에 해당한다는 의견이나,

“토지등거래계약신고필증”상 “허가조건부”의 의미는 토지거래 허가제에 있어서의 허가와 달리, 형질변경 허가라는 당초 계약상의 이용목적 달성을 위한 형식적인 절차를 기재한 것에 불과하고, 거래계약의 사법적 효력 그 자체를 좌우하는 것은 아니며, 허가조건의 불성취에 따른 계약 취소 여부가 당사자 간의 필수적인 합의사항이라고 볼 수도 없다.

또한, 토지매수인이 당초의 취득 목적을 달성하지 못하였다고 하여 사후 언제라도 매도인에게 일방적으로 취소권을 행사할 수 있는 법적 권리도 인정되지 아니한다.

오히려 청구법인은 취득 당시 합리적 판단과 기대 하에 쟁점토지를 업무용으로 취득하였고, 이후 수년간 당초의 이용목적을 달성하기 위해 행정상 허가를 득하기 위한 노력을 지속적으로 해 왔음에도, 쟁점토지가 절대보전지역으로 지정됨에 따라 법령상 개발이 확정적으로 불가능해진 것이므로, 청구법인이 “취득 후 법령에 따라 사용이 금지.제한된 부동산”에 해당하는 쟁점토지에 대해 매매계약을 취소하지 않았다는 이유만으로 아무런 법적 근거도 없이 쟁점토지가 업무무관자산에 해당한다고 볼 수는 없다.

(바) 처분청은 거래사실을 개별적, 구체적으로 파악하여 과세근거를 명확히 입증하여야 함에도 불구하고, 쟁점토지 취득 당시의 제반 사정은 전혀 고려하지 아니한 채 단순히 현재의 토지 현황만을 보고, 관련 법령의 잘못된 해석에 근거하여 쟁점토지를 비업무용 부동산이라고 주장하는 있는데, 이는 충분한 입증도 없이 이루어진 합리적 근거가 없는 무리한 과세라고 할 것이다.

쟁점토지는 취득 당시 형질변경허가를 통해 개발이 가능했던 토지로, 취득 이후 이 건 처분 전까지 과거 약 30년간 처분청은 쟁점토지에 대해 어떠한 과세시도도 하지 아니하였다. 쟁점토지의 취득 무렵이면 몰라도, 지난 30년간 IMF 외환위기에 따른 그룹해체와 잦은 기업구조조정을 거치며 인적·물적 구성에 있어 엄청난 변화를 겪어온 청구법인이 관련 자료가 대부분 산일된 지금에 와서 취득 당시의 구체적인 사정을 명확히 입증하는 것은 사실상 불가능하며, 청구법인에 지나치게 무리한 부담을 지우는 것이다.

더욱이 쟁점토지는 비오톱 1등급지 지정 이후 사실상 처분도 불가능해져 보유에 따른 비용만 발생하고 있는 상황인데, 이제 와서 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 관련 비용마저 부인한다면 당초 쟁점토지를 선의로 취득한 청구법인에 너무나도 가혹한 처사다.

(3) 청구법인이 쟁점자회사들로부터 쟁점상표권의 사용대가를 수취하지 않은 것은, 쟁점자회사들이 속한 산업의 특성, 쟁점자회사들의 설립과정, 영업형태 등을 고려한 합리적 의사결정임에도 불구하고, 단순히 사용료를 수취하지 않은 사실만을 근거로 하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수는 없다. 또한 쟁점자회사들은 ○○○라는 상표를 사용하지도 않았다.

(가) 청구법인은 주식회사 OOO과 “○○○”라는 상표에 대하여만 그 사용계약을 체결하였고, 쟁점자회사들은 ○○○라는 상표를 사용한 사실이 없다. 따라서 처분청이 쟁점자회사들이 사용한 사실이 없는 상표에 대한 사용료를 수취하지 않았다는 이유로 쟁점②금액을 익금산입한 것은 위법.부당하다.

(나) 쟁점자회사들 중 OOO는 청구법인의 철구조물 제조사업부에서 2005년 물적 분할되어 설립된 법인으로 약 32년간 쟁점상표권의 가치를 높이는데 일조하였고, 2013년 내지 2017년간 쟁점상표권의 효과로 발생한 것이 아님이 명백한 청구법인에 대한 매출(내부거래수익)의 비중이 전체 매출의 평균적으로 75%가 넘는다. 따라서 청구법인이 OOO로부터 쟁점상표권 사용료 대가를 받지 않은 의사결정은 합리적이며, 오히려 내부거래수익에 대하여 OOO가 쟁점상표권 대가를 지급하였다면 부당행위계산 부인규정 적용대상이 되어 추징당하였을 것이다.

(다) 또한, 쟁점자회사들 중 OOO는 OOO를 30년간 운용하기 위하여 2015.7.24. 설립된 청구법인의 100% 자회사로, OOO는 OOO로부터 30년간 계약에 따라 운영수익만 발생하여 매출액 및 발생기간이 이미 정하여져 있으며 변동가능성이 없다. 따라서 청구법인이 쟁점상표권에 대한 사용료를 수취하지 않은 의사결정은 경제적으로 합리적이다.

(라) 처분청은 쟁점상표권 사용료를 산정하는데 있어서 합리적인 기준 없이 일괄적으로 쟁점자회사들의 매출액에 0.2%를 곱한 금액을 사용료로 산정하였는데 이 또한 위법.부당하다.

처분청은 대법원 판례(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결)와 같이 객관적이고 합리적인 방법에 따라 쟁점상표권의 사용료를 산정하여야 함에도 불구하고, 단순히 매출액에 0.2%를 곱한 금액을 사용료로 산정하였는데, 이는 「법인세법」에서 규정하는 건전한 사회통념이나 상관행을 따르지 않았을 뿐만 아니라 법에서 정해 놓은 시가 산정방법도 아니다. 왜냐하면 청구법인과 같이 상표권 대가를 수취하지 아니한 사건을 다룬 선례를 보면, 내부거래수익을 제외하여 상표권 사용대가를 산정해야 함에도 불구하고(조심 2015서4633, 2016.4.18.), 처분청은 쟁점상표권의 사용료를 산정함에 있어 이를 간과한 위법이 있다.

오히려 처분청이 상표권 사용료 산정근거로 제시한 “주요 대기업 브랜드 사용료 산정방식”에서도 일부 회사는 상표소유권 회사에 대한 매출을 제외한 매출액을 그 산정방식으로 따르고 있는바, 처분청은 스스로 이와 같은 산정방식도 합리적인 산정방식임을 자인하고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점경정청구는 제1차 심판청구와 동일한 사안에 대한 청구로서, 청구법인이 이미 불복을 제기하여 현재 심리가 진행 중인 제1차 심판청구와 그 과세기간 및 불복취지가 중복되고, 또한 청구법인의 당초 신고와 쟁점경정청구 내용이 사실상 동일하며, 당초 신고가 경정세액을 초과한 경우에 해당한다고 보기 어려워 부적합한 청구에 해당하고, 이에 터잡은 제2차 심판청구도 부적법한 청구에 해당한다.

(2) 청구법인은 사원용 주택건설 등 업무목적으로 쟁점토지를 취득하였다고 주장하면서, 취득당시 어떠한 법규에도 쟁점토지의 사용을 금지.제한하는 규정이 없었음을 주장하나,

형질변경 등 행위허가의 주체인 OOO이 쟁점토지 취득 이전인 1988.7.1. 쟁점사무취급요령을 시보에 게재함에 따라 효력이 발생한 이후인 1988.12.17., 1988.12.21. 및 1996.12.10. 등 3회에 걸쳐 취득한 것으로 쟁점토지는 취득 이전부터 관련 법령에 의거 형질변경이 제한된 토지이다.

(가) 「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」(1989.3.7. 건설부령 제446호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항에 따라 시장 또는 군수는 “당해 사업의 시행으로 인하여 주변의 환경.풍치.미관 등이 크게 손상될 우려가 있는 지역”은 형질변경 등 허가를 금지하도록 규정하고 있고, 같은 규칙 제20조에 따라 시장 또는 군수는 지역의 특성을 감안하여 필요한 경우에는 이 규칙 또는 다른 법령에서 정한 범위 안에서 세부시행기준을 정하여 시행할 수 있음을 규정하고 있다.

OOO이 공표한 OOO 예규인 쟁점사무취급요령 제5조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 따르면, 당해 사업의 시행으로 인하여 주변의 환경, 풍치, 미관 등이 크게 손상될 우려가 있는 토지나, 지형조건 등에 비추어 당해 사업이 시행이 불합리한 토지는 형질변경 등 허가를 금지한다고 명시하고 있으며,

동 사무취급요령 제6조 제1항 제1호, 제3호, 제4호, 제5호에 따르면, 죽림이 있는 산지와 연접한 임야로서 임목본수도 51% 이상으로 녹지보전이 필요한 경우, 녹지지역에 연접한 토지로서 지목이 임야인 토지, 개발제한구역에 연접한 풍치지구 및 미개발토지로서 지목이 “대” 이외인 토지, 공원이나 국립공원에 연접한 토지로서 지목상 임야인 토지는 규제대상지에 해당한다고 명시하고 있다.

쟁점토지는 취득당시 OOO지구에 위치한 임목본수도 88%, 21,706평의 대형 임야로서 심판청구일 현재는 녹지지역으로 지정되어 있다.

(나) 또한, 청구법인은 쟁점사무취급요령상 행위허가의 대상이 되는 토지가 「도시계획법」제12조의 규정에 의하여 건설부장관이 결정한 녹지에만 한정되므로 제1종 일반주거지역인 쟁점토지에 적용되지 않는 규정이라고 주장하나,

쟁점토지 취득당시 시행된 「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」(1989.3.7. 건설부령 제446호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항에 따라 시장 또는 군수는 “당해 사업의 시행으로 인하여 주변의 환경.풍치.미관 등이 크게 손상될 우려가 있는 지역”은 형질변경 등 허가를 금지하도록 명시하고 있는 등 녹지에 한정한다는 규정은 없으며,

또한, 쟁점사무취급요령 제3조에 따르면, “이 요령은 OOO 행정구역 중 개발제한구역 이외의 전지역을 대상으로 한다”고 명시하고 있고, 제5조는 “당해 사업의 시행으로 인하여 주변의 환경, 풍치, 미관 등이 크게 손상될 우려가 있는 토지”로 명시, 제6조는 “죽림이 있는 산지와 이에 인접한 일단의 공지(지목상 임야)로서 임목본수도 51% 이상으로 녹지보전이 필요한 경우”로 명시하고 있는바,

이상과 같이 관계 법령상 허가행위금지.규제대상지의 적용대상은 OOO 내 모든 토지(임야)이므로, 쟁점토지 역시 그 적용대상으로 봄이 타당하다.

다만, 「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」이 1992년 개정되면서 제4조 제1항의 형질변경 금지 대상지를 녹지지역에 한정하였으며, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 1988년 당시 동 규칙은 “당해 사업의 시행으로 인하여 주변의 환경.풍치.미관 등이 크게 손상될 우려가 있는 지역”으로 적용대상이 폭넓게 규정되어 있었다.

또한, 1993.8.5. OOO의 허가신청 반려 공문에서와 같이 쟁점사무취급요령에 의거하여 형질변경이 불허된 것으로 확인되는바, 적용대상 토지를 녹지에 한정한다는 청구법인의 주장은 근거가 없다.

(다) 청구법인은 「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」(1994.2.17. 시행)에서 “시장 또는 군수는 토지의 형질변경이 제한되는 지역의 위치.면적.제한사유 기타 필요한 사항을 당해 지방자치단체에서 발행하는 공보에 고시하여야 함”에 따라 형질변경제한지역으로 고시한 적이 없으므로, 쟁점토지가 취득당시부터 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 해당하지 않는다고 주장하나,

고시 의무 규정은 1994년 신설된 규정으로 취득 당시 시행된 「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」(1983.1.29. 시행)상 형질변경 제한지역을 별도로 고지해야 한다는 규정은 없었으므로 청구주장은 타당하지 않다.

(라) 청구법인은 1999년 3월 OOO가 제정되면서 쟁점토지가 실제 형질변경금지대상이 된 것으로 취득 후 법령에 따라 금지.제한된 부동산이라고 주장하나,

쟁점토지는 최초 사택 건설관련 형질변경 신청당시 시행된 「도시계획법」, 「도시계획법 시행령」「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」, 쟁점사무취급요령에 의거 형질변경이 불허처분된 것으로 취득 전 법령에 따라 금지.제한된 부동산으로 봄이 타당하다.

청구법인은 쟁점토지의 형질변경 허가를 득하지 못하였음에도 무효를 원인으로 매매계약을 취소하거나 반환하지 않았으며, 관련기관에 소송을 제기하지도 아니하였고, 또한 매도인과 청구법인 사이에 체결한 쟁점토지의 “토지등거래계약신고필증”상에도 토지형질 변경행위 등 별도심의 허가조건부 계약임이 확인된다.

(마) 위와 같이 쟁점토지를 비롯한 OOO의 모든 임야는 관계 법령의 위임에 따라 서울특별시장이 형질변경의 세부시행기준을 정한 쟁점사무취급요령에 의거하여 형질변경이 가능함에도, 국내 유수의 대기업이자 전문건설업체로서 형질변경 관련 법령, 절차는 물론, 형질변경 불허시 발생할 손실.위험을 누구보다 잘 알고 있을 청구법인이 취득계약서상 형질변경 불허시 반환조건 내지 형질변경 이후 취득조건 등 응당 취했어야 할 예비적 조치들을 취하지 않은 채, 단순히 쟁점토지를 형질변경이 가능한 임야로 판단하고 사택건설을 추진코자 당시 당기순이익에 버금가는 규모의 자금을 투입하여 쟁점토지를 취득하였고, 결국 수차례 형질변경 불허로 인해 1988년부터 심판청구일 현재까지 30년간 막대한 쟁점토지 관련 비용이 발생하였다.

따라서, 쟁점토지는 청구법인이 취득하기 이전부터 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산이므로 쟁점토지를 업무무관자산으로 보아 쟁점①금액을 손금불산입한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 쟁점자회사들로부터 쟁점상표권 사용료를 수취하지 않은 것이 산업특성, 설립과정, 영업형태를 고려한 합리적 의사결정에 의한 것으로 부당행위계산 부인적용 대상이 아니라고 주장하나,

청구법인이 쟁점자회사들에게 사용하게 한 쟁점상표권은 해외에 정식으로 출원한 상표로서 정당한 권한없이 사용한다면 상표권을 침해하는 행위에 해당된다.

쟁점상표권은 2007년 이전에 등록하여 상표권 등록주의에 따라야 하며, 쟁점자회사들의 상표사용은 그에 따라 유사상표의 사용에 해당되어 청구법인의 권리를 침해당한 것이다.

쟁점상표권은 청구법인이 2006.12.29. 주식회사 OOO로부터 취득하여 독점적.배타적 권리가 발생한 것으로 등록한 상표의 일부분으로 단순히 상표의 한 부분이 아니라 청구법인 브랜드의 핵심부분이다.

청구법인은 1973년 설립된 국내 유수의 대기업이자 전문건설업체로서, 단순히 이미지 광고를 하지 않는다고 하여 자기의 상품과 타인의 상품을 식별하기 위한 가장 큰 수단인 상표권의 가치가 없다고 할 수 없다.

또한, 쟁점자회사들은 청구법인과 동종 업종(발전소 운영 등)을 영위하는 회사로 OOO는 당해 브랜드로 영업활동(해외 별도 매출)을 하고 있고, 쟁점자회사들의 매출과 직접 연관되므로 쟁점상표권 사용에 따른 편익을 향유하고 있다.

청구법인은 오랜 전통을 가진 건설업체로 OOO와 세부업종이 다르다 하여 직원모집이나, 기업 이미지에 미치는 영향을 고려할 때 직접적 편익이 없다고 할 수 없다.

상표권은 설정등록에 의해 발생(「상표법」 제41조)하며, 등록상표를 사용할 권리를 독점(「상표법」 제50조)하므로 청구법인이 사용료 수취의 권리를 보유하고 있으며, 쟁점상표권을 정식으로 출원하였음에도 상표권 수수료를 받을 수 없다고 주장하는 것은 모순이다.

따라서, 관련 계약 및 법령을 고려할 때, 쟁점상표권 사용의 효익이 쟁점자회사들의 매출과 무관하다고 단정할 수 없으므로 쟁점상표권 사용료 산정대상 매출은 전체매출로 함이 타당하다.

또한, 청구법인은 쟁점상표권의 사용료를 산정하는데 있어서 합리적인 기준없이 일괄적으로 쟁점자회사들의 매출액에 0.2%를 곱한 금액을 사용료로 산정한 것은 위법.부당하다고 주장하나,

쟁점상표권 사용료는 제품뿐만 아니라 상호, 로고 등 광범위한 분야에서의 그룹일원의 표시에 따른 경제적 편익에 대한 대가이고, 타사의 경우에도 상표적 사용이 없는 개별 제품 매출을 제외하지 않고 로열티를 지급하고 있다.

심볼(CI) 라이선스 평가는 통상적으로 심볼 사용에 따른 전체적인 기업가치 증대에 기여하는 정도를 종합적으로 측정하여 산정하는 방식으로 이루어지고 있으므로 개별 제품에 상표권을 사용하는지 여부와 상관없이 기업 전체 매출액을 기초로 지급하는 것이 합리적이다.

또한, 청구법인은 독립기업으로서 개별 매출액, 연결 매출액 등 로열티를 산정하는 기준을 거래상대방과 자유롭게 협의하여 결정할 수 있는 것이며, 계열법인의 내부거래수익은 경제적 부가가치가 외부매출과 동일하므로 처분청이 쟁점상표권 사용료 산정시 내부거래수익을 제외하지 않았다고 하여 경제적 합리성이 결여되었다고 볼 수 없다.

「법인세법」상 시가란 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미하는 것으로, 대법원 판결(대법원 2004.10.27. 2003두12493 판결)에 따르면 시가는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미한다.

조세심판원 결정례(조심 2014서1299, 2015.4.15.)에 따르면 이익접근법으로 산정된 상표권 사용수익을 공동 상표권자 간에 과거 매출액으로 안분한 것을 부인하고, 「민법」상 지분약정이 없는 경우 공유 규정을 적용하여 50:50으로 보아 과세한 것을 부인한 사례가 있다.

한편, 주요 대기업 브랜드 사용료 산정방식을 보면, 일반적으로 상표권 사용료는 매출액에 0.2%를 곱한 금액 이상의 가액으로 통용되고 있는 것을 알 수 있다.

따라서, 청구법인의 매출액에 객관적.합리적으로 결정된 요율 0.2%를 적용하여 산출한 상표권 사용료에 대하여 익금산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이월결손금으로 인하여 고지세액이 없는 2016.2017사업연도 법인세 과세표준의 감액을 구하는 경정청구 거부처분에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부

② 쟁점토지를 취득 이전 법령에 따라 사용이 금지.제한된 업무무관자산으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

③ 쟁점상표권 사용료 미수취분에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하고, 매출액의 0.2%를 곱한 금액을 익금산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 쟁점토지의 취득에 앞서 1988.10.8.～1988.11.30. OOO으로부터 “토지등거래계약신고필증”을 교부받고, 1988년 및 1996년 아래 ＜표＞와 같이 OOO원에 쟁점토지를 취득하였다.

이 중 1988년 발급받은 “토지등거래계약신고필증” ⑦ 권리란에는 “토지이용시에는 주택건설촉진법, 토지형질변경행위, 소유권이전 허가 등 별도심의, 허가조건부” 문구가 기재되어 있다.

(나) OOO은 1989.2.16. 사단법인 OOO에 “입목이 있는 토지의 입지심의 기준지침 내용통보”라는 제목의 공문을 발송하였으며, 그 내용 중에는 입목 본수도 51% 이상의 산림을 보존임지로 구분한다는 내용이 포함되어 있다.

(다) 쟁점토지 취득 이후, 청구법인의 토지개발 경과는 아래와 같다.

(라) 청구법인 노동조합, 주식회사 OOO 노사협의회, 주식회사 OOO이 1990.7.25. OOO에게 “사원용 주택건립을 위한 건의문”이라는 제목의 문서를 발송한 것으로 나타난다.

(마) OOO장관은 1993.8.5. 청구법인에게 “청소년 수련시설 설치.운영 허가신청서 반려”라는 제목의 문서를 발송하였으며, OOO의 OOO및 “임목도 87.5%의 밀생된 산림으로서 임야로 보존함이 바람직”이라는 의견을 반영하여 대규모건축물 건립이 수반되는 수련시설 설치에 부적합하다는 사유로 반려한 것으로 나타난다.

(바) 2000년 1월, 쟁점토지의 17%가 비오톱 1등급지로 지정되었고, 이후 청구법인이 아래와 같이 쟁점토지를 매각하거나 이용하기로 하였으나 모두 무산되었으며, 심판청구일 현재 쟁점토지는 제1종 일반주거지역, 자연경관지구, 비오톱 1등급지, 임목 본수도(88%)로 그 용도지역이 각 지정되어 있다.

(사) 청구법인은 주식회사 OOO로부터 OOO(공급가액)에 OOO국에 등록된 쟁점상표권을 사용하기로 하는 계약을 체결한 후, 2007년부터 쟁점상표권을 배타적, 독점적 권리를 보유하게 되었다.

(아) 처분청이 산정한 청구법인의 상표권 사용료 미수취 금액(매출액에 0.2%를 곱한 금액 상당)은 아래와 같다.

(자) 쟁점상표권의 등록원부는 아래와 같다.

(차) 처분청이 조사한 주요 대기업의 브랜드 사용료 산정방식은 아래와 같다.

(카) OOO의 2013～2017사업연도의 재무제표에서 나타나는 매출액, 내부거래수익 내역은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 제2차 심판청구가 적법한 청구인지에 관하여 본다.

처분청은 쟁점경정청구가 제1차 심판청구와 동일한 사안에 대한 청구로서 부적합한 청구에 해당하고, 이에 터잡은 제2차 심판청구도 부적법한 청구에 해당한다는 의견이나,

결손금액의 경정에 의하여 당해 과세연도의 세액에는 아무런 영향이 없다고 하더라도, 그 이후 과세연도의 세액에 영향을 미치므로 과세대상이 될 소득이 발생할 사업연도까지 기다릴 필요 없이 납세자로 하여금 미리 자신의 납세의무의 범위를 가늠하게 하고, 특히 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에 먼저 발생한 것부터 순차로 공제해야 하므로 각 사업연도에 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 정확하게 계산하기 위해 결손금이 발생한 사업연도의 결손금의 액수를 확정해 둘 필요가 있어서 「국세기본법」에서 결손금액의 증액경정청구를 인정하고 있으므로 결손금액 증액경정청구를 거부한 과세관청의 처분은 행정소송의 대상이 되는 처분에 해당(서울행법 2006.6.7. 선고 2005구합38048 판결, 대법원 2009.10.29. 선고 2007두10792 판결 참조)하는바,

청구법인은 2016 및 2017사업연도 법인세의 과세표준 증액경정 처분에 대하여 처분청에 과세표준의 감액(이월결손금의 증액)을 구하는 경정청구(쟁점경정청구)를 법정기한 내 제기하였고, 처분청이 동 경정청구를 거부하자 법정기한 내 제기한 제2차 심판청구는 적법한 청구로 본안심리대상이라고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점토지가 죽림이 있는 산지와 이에 인접한 일단의 공지(지목상 임야)로서 임목본수도 51% 이상으로 녹지보전이 필요한 토지로서 「도시계획법」, 「도시계획법 시행령」, 「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」 및 위 법규의 위임을 받은 쟁점사무취급요령에 의하여 취득 전 법령에 따라 사용이 금지.제한된 부동산으로 쟁점토지가 비업무용 부동산이라는 의견이나,

청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 「도시계획법」, 「도시계획법 시행령」, 「토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙」에서 쟁점토지에 대하여 직접적으로 사용을 금지.제한한다는 법규가 존재하지 않았던 점,

이들 법규의 위임을 받아 1988.7.1. 제정.시행된 쟁점사무취급요령은 OOO 예규OOO로서, 이러한 예규는 상급행정기관이 하급행정기관에 대하여 그 지휘권 내지 감독권으로서 발휘하는 명령 내지 지시이며, 행정조직 내부 또는 특별권력관계의 내부에서만 효력을 가지는 것이므로 행정기관의 허가 거부 등 행정행위 없이 쟁점사무취급요령의 존재 자체만으로는 쟁점토지가 직접적으로 사용이 금지.제한된 토지에 해당한다고 보기 어려운 점,

쟁점토지가 처음부터 사용이 금지.제한된 토지였다고 한다면 토지 사용자의 토지형질 변경허가 신청과 이에 대한 행정관청의 승인, 불승인 등 행정절차가 필요하지 않았음에도 쟁점토지에 대해 청구법인의 토지형질 변경허가 신청과 OOO의 허가 반려라는 행정행위가 있었던 점,

쟁점사무취급요령은 개발제한구역 지정과 같이 명확하게 규제대상지를 지정한 것이 아니라, “주변의 환경, 풍치, 미관 등이 크게 손상될 우려가 있는 토지”, “죽림이 있는 산지와 이에 인접한 일단의 공지(지목상 임야)로서 입목본수도 51% 이상으로 녹지보전이 필요한 경우” 등을 판단함에 있어 허가와 불허가의 가능성이 동시에 존재하는 등 행정청의 재량권이 없다고 보기 어려운 점,

이에 따라 청구법인으로서는 쟁점토지에 대하여 형질변경 허가신청을 하여 행정관청이 요건을 심사하여 통지하기 전까지는 쟁점토지가 토지형질 변경이 금지.제한된 토지였다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지를 취득 전 법령에 따라 사용이 금지.제한된 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이다.

더욱이, 청구법인은 쟁점토지에 대한 토지형질 변경허가가 거부된 이후에도 1993년 8월 청소년 수련원 설치 추진, 1994년 12월 실버 임대주택 건설 추진, 1996년 2월 OOO 건설 추진, 1996년 3월 모포장 설치 추진, 1997년 2월 한방병원 건설 추진 등 쟁점토지를 업무용으로 사용하기 위하여 진지한 노력을 해 왔음을 알 수 있고, 2000년 1월, 쟁점토지의 17%가 비오톱 1등급지로 지정된 이후 사실상 쟁점토지가 매각 또는 이용이 모두 불가능하게 되어 심판청구일 현재까지 이르고 있고, 또한 「법인세법」상 비업무용 부동산 관련 차입금 지급이자를 손금불산입하는 취지가 부동산 투기억제 등에 있음을 감안할 때, 청구법인이 쟁점토지를 업무와 무관한 용도로 취득하여 보유해 온 것으로 보기 어렵다.

따라서, 처분청이 쟁점토지를 업무무관자산(비업무용 부동산)으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구법인은 특수관계회사인 쟁점자회사들로부터 쟁점상표권의 사용료를 수취하지 아니한 것은 쟁점자회사들이 속한 산업의 특성, 쟁점자회사들의 설립과정, 영업형태 등을 고려한 합리적 의사결정에 의한 것이고, 또한, 쟁점자회사들은○○○ 상표를 사용하지 아니하였으며, 합리적인 기준없이 일괄적으로 매출액에 0.2%를 곱하여 산정한 금액을 사용료로 보아 과세한 처분이 부당하다고 주장하나,

청구법인은 2006.12.29. 주식회사 OOO로부터 쟁점상표권을 취득하여 그때부터 쟁점상표권에 대하여 독점적.배타적 권리를 소유하고 있었고, 동 상표권을 계약상 또는 법률상 모든 원인에 따라 쟁점자회사들에게 사용하게 하면서도 그 사용료를 수취하지 않는 것은 경제적 합리성이 결여된 것으로 보이는 점,

쟁점상표권 중 ○○○ 상표를 사용하지 않았다고 하더라도 ○○○ 상표에 대하여는 이를 사용하지 아니하였다고 보기 어려운 점,

「법인세법」 제52조 제2항에서 건전한 사회통념 및 상거래 관행을 기준으로 시가를 산정토록 규정하고 있고, 처분청이 국내 주요 대기업의 통상적인 브랜드 사용료 산정방식을 준용하여 산정한 시가 산정방식에 따라 쟁점상표권 사용료의 시가를 산출한 것이 적법해 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점자회사들로부터 쟁점상표권 사용료를 미수취한 데 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, 처분청은 쟁점상표권의 시가를 산정함에 있어서 내부매출과 외부매출은 경제적 부가가치가 동일하므로 쟁점자회사들의 매출액에는 내부매출도 포함되어야 한다는 의견이나,

사회통념상 기업이 상표권을 사용함에 있어 계열사간 내부거래에까지 수익창출 증대에 기여하는 것으로 보기 어려워 내부거래는 상표권 사용과는 무관한 거래로 볼 수 있는 점, 과세관청은 내부거래수익을 제외하여 상표권 사용료를 산정하기도 한 점(조심 2015서4633, 2016.4.18., 처분개요 참조), 쟁점자회사들이 내부매출액을 포함하여 사용료를 산정.지급하였다면 쟁점자회사들에게 부당행위계산부인 규정이 적용될 수도 있어 보이는 점 등에 비추어 OOO의 경우 2013～2017사업연도 재무제표에 나타나는 내부거래수익 합계 OOO을 매출액에서 차감하여 쟁점상표권의 시가를 산정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

또한, OOO(2015.7.24. 설립)는 OOO의 운영을 위해 설립한 회사로서, OOO로부터 운영수익만 발생하고, 그 외 외부매출은 전혀 발생되지 않고 있으므로 쟁점상표권의 사용은 OOO의 매출발생과는 무관한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO로부터 쟁점상표권 사용료를 수취하지 않는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.