조심 2016중2383 (2017.06.28)

OOO세무서장이 2016.5.26. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.12.16. 보유 중이던 주식회사 OOO 및 판매를 영위하는 코스닥상장법인이고, 이하 “OOO”라 한다) 주식 3,430,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 OOO 외 17인(이하 “양수인”이라 한다)에게 OOO원에 양도하는 주식양수도 계약을 체결하고, 계약금 OOO원을 지급받은 상태에서 2014.12.24. 주식명의개서를 하였으며, 2015.5.31. 양도가액을 OOO원으로 하여 2014년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를 각 신고.납부하였다.

나. 이후 청구인은 2016.3.10. 양수인과 쟁점주식의 양도가액에 관한 약정을 합의해제하여 양도가액을 OOO원으로 변경하는 합의서를 작성하였고, 2016.3.18. 양도가액이 감액되었으므로 과다 납부한 양도소득세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.5.26. 변경된 양도가액을 명백하게 인정할만한 증빙이 부족하다고 하여 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 경기도 OOO에 소재한 OOO의 최대주주겸 대표이사였고, 경영상 어려움에 있던 OOO를 살리기 위해 양수인에게 청구인이 보유한 쟁점주식을 매각하게 되었으며, 당시 자금사정이 어렵고 상황이 급박하여 2014.12.16. 주식양수도 계약 및 추가합의서를 작성하였고, 중도금과 잔금을 수령하기 전인 2014.12.23. 주권교부일 등에 대한 변경계약서에 따라 주권교부가 이루어졌다.

양도가액은 2014년 3분기 재무제표와 추정결손금OOO 등을 고려하여 결정되었고, 쟁점주식과 경영권을 OOO 지급)에 일괄양도하기로 하였으나, OOO의 추정결손금OOO의 증가와 관리종목지정 등의 사유가 발생하여 양도가액에 대한 분쟁이 발생하였고, 양수인은 주식양수도계약서 제3조(계약의 체결), 제8조(자산 및 부채 등의 실사) 및 제10조(추가 발견채무에 대한 손해배상)에 근거하여 당초 양도가액의 산정에 문제가 있음을 이유로 계약금 OOO원만 지급하고 계약해제 또는 양도가액 조정을 요구하며 잔금 지급을 거부하였다.

이에 청구인은 계약무효 여부 및 양도가액 확보를 위해 양수인 소유의 주식 1,814,882주에 질권설정(2015.1.16.), 주식매매대금 지급최고장 발송(2015.3.24., 2015.5.13.) 및 지급청구의 소송을 병행하다, 결국, 청구인이 제기한 주식매매대금 등 지급청구의 소는 유상증자 자금으로 빌려준 OOO원에 대한 이자 외에 청구주장이 대부분 기각(서울중앙지방법원 2016.1.14. 선고 2015가합563947 판결)되었고, 세금체납 등의 자금압박에 따라 2016.3.10. 양도가액에 관한 분쟁을 종료시키기 위해 최초 주식대금에 관한 약정을 합의해제하고 쟁점주식의 양도가액을 OOO원으로 변경하는 합의서를 체결하게 되었다.

따라서, 청구인은 양수인과의 오랜 분쟁 끝에 부득이 하게 쟁점주식의 하자를 이유로 당초 약정을 합의해제하고 그 양도가격 변경 합의에 이르게 된 것으로, 변경된 양도가액이 합의서와 금융거래내역을 통해 확인되므로 쟁점주식의 양도가액은 변경된 가액인 OOO원으로 조정되어야 한다.

(2) 한편, 자산의 양도가액은 양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제 거래한 가액을 의미하는 것이고, 대법원(대법원 2007.12.14. 선고 2007두19393 판결)은 양도대금채권 중 매수인의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 없게 된 경우에는 실질과세의 원칙에 따라 동 회수불능채권을 양도가액에서 차감해야 하며, 나아가 개인인 원고들이 주식을 양도함에 따라 취득한 양도대금채권 소득이 회수불가능하게 된 경우 사업소득이나 부동산임대소득 등에 있어서의 소득이 회수불가능하게 된 경우와는 달리 이를 대손금으로 처리하여 손금에 산입할 방법도 없어 보이므로 그에 대하여 과세를 하게 되면 불공평한 결과를 초래한다고 판시함으로써 양도가액을 산정하는 데 있어 실질과세의 원칙 및 형평의 원칙을 고려하고 있으므로, 쟁점주식의 양도가액 조정과 같이 매매계약을 체결한 후라도 당사자 간 다툼으로 인하여 당초 계약서상의 매매가격을 조정하여 지급한 경우에는 그 변경된 가액을 양도가액으로 보는 것이 실질과세의 원칙 및 형평의 원칙에 부합하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 당초 양도가액OOO은 전자공시로 확인이 가능했으나, 청구인이 주장하는 변경된 양도가액OOO에 대한 공시가 이루어지지 않아 처분청은 이를 확인하기 위해 관련 자료를 제출해 줄 것을 요청하였고, 이에 청구인이 제출한 자료는 아래 ＜표1＞과 같다.

처분청은 청구인이 제출한 자료 중 수표로 지급받은 금액의 지급자를 확인할 수 없어 청구인에게 지급자의 인출내역 및 거래원장을 추가로 제출할 것을 요청하였으나, 청구인은 거래상대방 측에 직접 요구하기를 요청하였고, 양수인의 세무대리인도 OOO이 연락이 잘 되지 않는다고 답변할 뿐 구체적인 증빙을 제출하지 못하였으며, 청구인이 제출한 쟁점주식의 매매대금 지급청구 관련 판결서에서도 전체 금액이 아닌 OOO원에 대해서 지급하라는 내용만이 기재되어 있고, 합의서 외에는 구체적으로 변경된 가액을 명백하게 확인할 만한 근거가 없다.

뿐만 아니라 청구인은 OOO의 누적결손금이 OOO원으로 전제하여 양도가액을 결정하였고, 2014년 결산시 확정된 결손금이 OOO원으로 상향되면서 계약 당시 제공한 정보에 심각한 오류를 사유로 매매가격을 조정하였음을 밝혔으나, 주식양수도 계약서 제5조에는 2014년 3분기말 기준 재무제표와 2014.11.30. 현재 기준으로 작성한 재무제표를 함께 제공하기로 되어 있음이 확인되며, 쟁점주식의 거래계약은 2014년 12월 중순경에 진행되었으므로 계약 당시에 확정 결손금이 크게 늘어날 것은 어느 정도 예상이 가능하였을 것으로 보인다.

(2) 실지양도가액이라 함은 자산의 양도대가로서 양도자가 계약에 의하여 받았거나 받기로 한 금액의 합계로서 양도하기로 한 금액 중 실제로 받지 못한 금액이 있다고 하여 이를 양도가액에서 공제할 수 없는 것이고(조심 2010서410, 2010.10.6.), 양수도계약서의 약정대로 청구인은 계약 체결 후 계약금 및 중도금을 지급받고 주권을 교부하였으므로 잔금을 지급받지 않았다고 하더라도 이미 쟁점주식의 거래에 대한 권리의무가 확정된 것으로 보아야 하며, 당초 계약서에는 사후정산 약정이 없으므로 이후 작성된 최종합의서는 쟁점주식에 대한 변경계약이라기 보다는 채권채무에 대한 조정으로 보아야 하므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식을 양도하면서 계약금을 수령하고 명의개서 및 그 양도가액대로 양도소득세를 신고한 후, 당초 약정을 합의해제하고 양도가액을 변경한 경우, 변경된 양도가액에 따라 과다 납부한 세액을 환급할 수 있는 지 여부

나. 관련 법령

(1)

소득세법 제96조

【양도가액】 ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2)

소득세법 시행령 제162조

【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 자료에 나타나는 일자별 계약 진행내용 및 관련 계약서 등의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 2014.12.16. 청구인과 OOO 사이에 체결된 “경영권 인수를 위한 주식양수도 계약서”의 주요내용은 다음과 같다.

(나) 2014.12.16. 작성된 추가합의서에는 경영권 인수를 위한 주식양수도 계약서 제4조 제3항에 의거하여 쟁점주식을 OOO에게 나누어 인수하기로 하고, 자기자본 확충을 위해 즉각적으로 유상증자 등을 해야 하는 점을 감안하여 양도인은 쟁점주식을 계약일에 양수인에게 지급하기로 하는 것으로 기재되어 있다.

(다) 2014.12.23. 작성된 변경계약서에 의하면, 청구인은 원계약 제4조 제3항에 기하여 쟁점주식의 주권을 OOO가 지정하는 자에게 2014.12.23., 2014.12.24. 양일에 걸쳐 교부하기로 주권 교부일을 변경한 것으로 나타난다.

(라) 2016.3.10. 청구인, OOO는 당초 주식대금에 관한 약정을 합의해제하여 양도가액을 OOO원으로 변경하는 것을 합의하고 다음과 같이 합의서를 작성하였다.

(2) 청구인이 제출한 경정청구서(2016.3.15.) 및 처분청의 경정청구 처리 결과 통지서(2016.5.23.)에 의하면, 청구인은 당초 쟁점주식의 양도가액을 OOO원으로 하여 과다납부한 세액을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 변경된 양도가액을 명백하게 인정할만한 증빙이 부족한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점주식의 매매대금의 확보를 위해 법적인 조치를 하였고, 변경된 양도가액이 금융거래내역을 통해 확인이 된다면서 질권등록확인서, 계약이행최고, 내용증명우편, 기말 감사시 손실 증가 사유, 서울중앙지방법원 판결서, 금융거래내역 등을 제출하였다.

(가) OOO에서 발행한 질권등록확인서(2015.1.16.)에 의하면, OOO 주식 1,814,882주에 대해 질권자는 청구인, 설정자는 OOO로 질권이 등록되어 있다.

(나) 청구인이 2015.3.24. OOO에 발송한 계약이행최고의 주요내용은 아래와 같다.

(다) 청구인이 2015.5.13. OOO 대표에게 발송한 내용증명우편에 의하면, 2014.12.24. 차용한 OOO원의 변제기일이 2015.3.24. 도래하였고, 이에 대한 원금과 이자를 상환하지 아니하면 가압류와 소송을 제기하겠다는 내용이 기재되어 있다.

(라) 2014년 3분기 대비 기말 재무제표상 당기순손실 및 포괄손실의 주요 증가사유는 ＜표3＞과 같이 나타난다.

(마) 서울중앙지방법원 판결서(2016.1.14. 선고 2015가합563947 판결, 주식매매대금 등 지급청구의 소) 중 청구원인을 보면, 주식양도대금 중 미지급 중도금 및 잔금 OOO원과 주식대금 지급기한 약정을 위반한 위약벌로서 OOO원을 피고인인 OOO가 지급할 의무가 있는바, 청구인은 추후 청구취지를 확정할 것을 전제로 중도금 중 일부인 OOO원을 청구하는 것(일부청구)으로 기재되어 있고, 서울중앙지방법원은 OOO원을 지급하라는 취지의 판결을 한 것으로 나타난다.

(4) 2014년 및 2015년 OOO의 주식등변동상황명세서에 의하면, 청구인이 쟁점주식을 2014년 양도하여 ＜표4＞와 같이 주주가 변동된 것으로 나타난다.

(5) 쟁점주식의 양도와 관련하여 OOO가 전자공시시스템에 공시한 내용은 ＜표5＞와 같다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법상 소득의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 과세연도의 소득을 계산하는 방식으로, 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지함으로써 과세의 공평을 기함과 함께 징세기술상 소득을 획일적으로 파악하려는 데 그 취지가 있을 뿐, 소득이 종국적으로 실현되지 아니한 경우에도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 적이 있기만 하면 무조건 납세의무를 지우겠다는 취지에서 도입된 것이 아니며(대법원 2014.1.29. 선고 2013두18810 판결), 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없다 할 것인바(대법원 2003.12.26. 선고 2001두7176 판결),

2014.12.16. 체결된 주식양수도 계약서 제8조 제1항에 “OOO의 재무 및 사업에 대해서 실사결과 순자산가치가 제시된 재무제표의 순자산가치와 중대한 차이가 없을 경우, 계약체결이 유효한 것으로 한다”라는 계약의 성사여부를 결정하는 조건을 명시하고 있어, 조건이 성취되기 전에는 주권을 교부(명의개서)하였다고 하더라도 쟁점주식 양도거래에 대한 권리가 확정되지 않은 상태로 볼 수 있는 점, 2014년 결산 감사시 대손충당금 등을 설정하여 OOO의 당기순손실이 2013년 3분기 대비 OOO원이 증가하는 등 2014년 기말 OOO의 순자산가치가 이 건 계약 당시 청구인이 제시한 재무제표상 순자산가치와 중대한 차이가 발생한 점, OOO의 주식이 관리종목으로 지정됨에 따라 청구인과 양수인 사이에 분쟁이 발생하였고, 청구인은 상당 기간 잔금을 수령하지 못한 채 이를 다투어오다가 2016.3.10. 양수인과 당초 계약은 유지하되 주식대금에 관한 약정을 합의해제하고 양도가액을 OOO원으로 변경하는 합의서를 작성하였으므로, 변경된 계약에 따른 OOO원을 양도가액으로 삼아야 할 것으로 보이는 점, 설령, 이 건 변경계약이 해제로 인한 반환의 절차를 거치지 아니하여 당초 확정된 양도가액의 효력이 상실된 것으로 볼 수 없다 하더라도, 양도대금채권은 그 회수가 불가능하게 된 경우 사업소득이나 부동산임대소득 등과 같이 대손금으로 처리하여 달리 손금에 산입할 방법도 없으므로, 일정한 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다면, 실제 발생한 양도소득의 범위에서 과세하는 것이 실질과세의 원칙에 부합하는 것으로 보이는 점, 변경된 잔금 등을 합의서에 따라 입금받은 금융거래내역을 제출하였고, 전자공시시스템의 공시내용 및 주식변동상황명세서를 통해 OOO 주식의 취득가액을 OOO원으로 변경한 가액으로 보유지분 가액을 계상한 것이 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 양도가액의 변경을 채권채무에 대한 조정에 불과하다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.