조심 2009중2111 (2010.12.21)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 의약품 제조업을 영위하는 내국법인으로,

(1)

2003.10.1.～2004.9.30.사업연도, 2004.10.1.～12.31.사업연도, 2005사업

연도, 2006사업연도, 2007사업연도 법인세 신고시 여비교통비 및 복리

후생비로 계상한 6,021,073,454원(이하 “쟁점영업비”라 한다)을 손금산입하였고,

(

2) 2003.10.1.～2004.9.30.사업연도 법인세 신고시 2004.3.31. OOO에게 경영자문수수료로 지급한 672,000,000원(이하 “쟁점수수료”라 한다)을 손금산입하였으며,

(3)

2003.10.1

.～2004.9.30.사업연도 법인세 신고시

청구법인의 전대표이사 장

OOO에게 대여해 준 8

70,000,000원(이하 “쟁점대여금”이라 한다

)을

전도금으로 회계처리하였고,

(4)

2007사업연도 법인세 신고시

쟁점대여금 중 회수하지 못한

470,000,000원

(이하 “쟁점①채권”이라 한다),

2003.9.26. 한국DDS

에게 기술 및 판권사용대가로 지급하고

2003.10.1

.～2004.9.30.사업연도에

선급금으로 회계처리(이후 개발비를 장기선급비용 계정으로 대체)하였던 1,500,000,000원(이하

“쟁점②채권

”이라 한다)을 모두 기한도래 채권의 대손금으로 보아 손금산입하여 신고하였으며,

(5)

2004.4.13. 합병목적으로 주식회사 OOO의 발행주식 전부(62,000주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여, 2003.10.1.～2004.9.30., 2004.10.1.～12.31., 2005, 2006 사업연도 법인세 신고시 지분법적용 투자주식평가손실 6,610,447,967원을 원가법에 따라 손금불산입(유보)으로 세무조정하였고, 2006.5.30. OOO를 흡수합병하면서 쟁점주식을 소각한 다음,

2006사업연도 법인세 신고시 2006사업연도 투자주식 평가손실

883,064,412원을 포함한 7,493,512,380(이하 “쟁점지분법손실금”이라 한다)을 손금산입하였고,

(6) 2006, 2007사업연도 법인세 신고시 위와 같이 취득한 OOO 발행주식의 장부가액 중 순자산가액을 초과하는 11,070,459,793원을 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다)으로 계상하고 그 감가상각비 3,547,049,959원(이하 “쟁점감가상각비”라 한다, 2006사업연도 : 1,306,807,882원, 2007사업연도 : 2,240,242,077원)을 해당 사업연도에 손금산입하였다.

나.

OOO의 주식 취득당시 영업권을 별도로 평가하지 아니하였고 합병당시 OOO의 자산을 장부가액으로 승계하였으므로, 쟁점영업권은 피합병법인의 상호·거래관계, 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있는 영업권에 해당하지 아니하여 감가상각대상자산이 아니라고 조사한 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 쟁점영업비, 쟁점수수료, 쟁점①채권, 쟁점②채권 중 4억원 부분, 쟁점지분법손실금, 쟁점감가상각비를 손금불산입하고, 쟁점대여금에 대한 인정이자 45,204,658원을 익금산입하였으며 관련

지급이자 40,893,612원을 손금불산입하여, 2009.1.16. 청구법인에게 2004

년

제1기분 부가가치세 113,359,520원, 2005∼2007사업연도 법인세 6,513,305,57

0원(2005사업연도 : 976,397,140원, 2006사업연도 : 3,439,974,070원, 2007사업연도 : 2,096,934,360원)을 경정·고지하였고, 2004년～2007년 중 6,021,073,454원(2004년: 856,805,000원, 2005년: 878,650,000원, 2006년: 1,348,818,154원, 2007년 : 2,936,800,300원)을 청구법인의 대표이사 김수경에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점영업비를 판매부대비용 내지 접대비로 볼 수 있는지 여부 관련

청구법인은

병·의원이 청구법인의 전문의약품을 처방한 경우 사전·사후에 일정 금액을 지급하기로 약정하여 이에 따라 쟁점영업비를 지급하였고, 이러한 사실은 청구법인의 영업비 지급계획, 영업비를 지급한 내역 및 지급약정서, 선지원내역에 의하여 확인할 수 있는바, 쟁점영업비를 판매부대비용으로 보아 손금에 산입하여야 하고, 판매부대비용으로 인정하지 아니한다면 접대비로 보아 대표자에 대한 상여가 아닌 “기타 사외유출”로 소득처분하여야 한다.

(2) 쟁점수수료가 업무무관비용인지 여부 관련

청구법인은 2004년 초에 직면한 부도위기 타개 및 사업다각화 등을 위하여OOO와 합병을 하는 등 유동성을 확보하여 부도위기를 극복하고 현재까지 잘 운영하고 있는바, 이러한 자문에 대한 대가로 지급된 쟁점수수료는 손금으로 인정되어야 한다.

(3) 쟁점대여금을 업무무관 가지급금으로 볼 수 있는지 여부 관련

청구법인의 전 대표이사 장OOO 개인으로부터 회수해야 하나 무재산으로 회수하지 못하였을 뿐이므로, 대표이사가 불법적으로 지급한 쟁점대여금을 특수관계자간의 업무무관 가지급금으로 보아서는 아니된다.

(4) 쟁점①, ②채권이 대손금 대상인지 여부 관련

청구법인은

OOO로부터 어음 4억원을 회수하면서 장기선급비용 계정(쟁점②채권)에서 감액했어야 함에도 전도금 계정에서 감액하였고, 만약 제대로 회계처리를 하였더라면 쟁점②채권에서 4억원이 감액될 것이나, 역시 대손금 대상이 되는 전도금 채권인 쟁점①채권에서 4억원이 증가하므로 대손금으로 손금산입되는 범위는 동일하다.

(5) 합병시

쟁점지분법손실금의 손금산입 가능성 관련

청구법인(합병법인)이 합병당시 보유한 OOO에 따라 합병으로 인하여 쟁점주식 전부가 소각된 시점에 투자자산인 쟁점주식 보유 기간 중 발생한 쟁점지분법손실금을 손금산입으로 세무조정하여야 하고, 손금불산입으로 반대조정을 해서는 아니된다.

(6) 쟁점영업권에 대한 감가상각 가능성 관련

「법인세법 시행령」제24조

는 영업권을 감가상각대상 자산으로 규정하고 있고,「

기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙

」제

9항에 따르면 합병대가와 피합병법인의 순자산의 공정가액과의 차이를 영업권으로 인식하고 내용연수에 따라 상각하도록 규정하고 있으며, 「법인세법」은 합병시 합병법인이 계상하는 피합병법인의 순자산가액에 대해 기업회계기준과 달리 규정하지 아니하므로, OOO의 합병당시 자산의 장부가액과 합병대가인 쟁점주식의 합병당시 공정가액의 차액을 영업권으로 인식하고 감가상각비로 계상한 것은 법인세법에 부합하는 적법한 회계처리이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점영업비를 판매부대비용 내지 접대비로 볼 수 있는지 여부 관련

청구법인이 쟁점영업비를 복리후생비, 여비교통비 등으로 신고한 내역이 허위임에 대하여는 다툼이 없는 점, 청구법인은 쟁점영업비가 판매부대비용으로 지출되었다고 주장만할 뿐 쟁점영업비가 실제 판매비용 등으로 사용되었는지 여부를 확인할만한 증빙을 제출하지 아니하므로, 쟁점영업비를 판매부대비용 내지 접대비로 볼 수 없다.

(2) 쟁점수수료가 업무무관비용인지 여부 관련

청구법인이

OOO을 제공하였다고 봄이 타당하므로, 청구법인이 지급한 쟁점수수료는 업무와 무관하게 지출된 비용에 해당한다.

(3)

쟁점대여금을 업무무관 가지급금으로 볼 수 있는지 여부 관련

청구법인은 2003.10.15. 특수관계자인 OOO에 현금 770,000,000원을 계약금 명목으로 송금하면서 전도금으로 회계처리하였다가, 2003.10.23. 위 대금 중 2억원을 상환받았고 2004.1.2. 동일한 방법으로 3억원을 추가 지급하였으므로, 이와 같이 특수관계자에게 지급된 쟁점대여금은 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아야 하므로, 관련 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여야 한다.

(4) 쟁점①, ②채권이 대손금 대상인지 여부 관련

쟁점①채권은 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금으로

「법인세법」제34조

제2항, 제3항 제2호에 의하여 대손금 대상 채권에서 제외되고, 쟁점②채권 중 4억원 상당의 어음이 반환되어 존재하지 아니하는 부분까지 대손금으로 손금산입하여서는 아니된다.

(5) 합병시

쟁점지분법손실금의 손금산입 가능성 관련

합병시 자산·부채의 승계와 관련하여 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대하여 합병시 신주를 교부하지 아니한 경우, 합병전 당해 주식의 평가와 관련하여 손금불산입한 금액에 대하여는 각 사업연도 소득금액 계산상 손금산입(유보) 및 손금불산입(기타)로 세무조정하여야 하는데, 청구법인은 합병당시 쟁점지분법손실금에 대하여 손금산입(유보)만 하고 손금불산입(기타)에 대한 세무조정을 하지 아니하였으므로, 쟁점지분법손실금을 손금불산입하여야 한다.

(6) 쟁점영업권에 대한 감가상각비 계상 관련

합병법인이 사업상 가치에 대한 대가를 지급한 것이 아니라 합병당시 시가 기준이 아닌 장부가액으로 자산을 승계하면서 피합병법인의 순자산가액과 투자주식가액의 차액을 영업권으로 회계처리하였다 하더라도, 이는 경제적 가치를 지니지 못하여 제3자에게 양도되거나 미래의 수익창출에 기여하는 자산성을 지니지 못하여 「법인세법」상 영업권에는 해당하지 아니하는 것인데, 청구법인은 쟁점주식 취득당시 OOO의 자산을 장부가액을 승계하면서 지분법으로 평가한 쟁점주식의 가액과 승계 받은 순자산 가액과의 차액으로 계상하였을 뿐이므로, 이는 세무상 감가상각 대상이 인정되는 영업권에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점영업비를 판매부대비용으로 인정할 수 있는지 여부

② 경영자문료로 계상한 쟁점수수료가 업무무관비용인지 여부

③ 특수관계자인 OOO에 지급한 쟁점대여금을 업무무관 가지급금으로 볼 수 있는지 여부

④ 쟁점①, ②채권을 대손금으로 손금산입할 수 있는지 여부

⑤ 쟁점지분법손실금을 손금불산입할 수 있는지 여부

⑥ 쟁점영업권을 감가상각 대상자산으로 보아 해당 감가상각비를 손금산입할 수 있는지 여부

나. 관련법령 등

(1)

법인세법 제17조

【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】① 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 “합병평가차익”이라 한다)을 제외한다.

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제22조【자산의 평가차손의 손금불산입】내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항의 규정에 의

하여 자산을 평가함에 따라 발생하는 평가차손은 그러하지 아니하다.

제25조【접대비의 손금불산입】② 내국법인이 1회의 접대에 지출한 접대비 중 대통령령이 정하는 금액을 초과하는 접대비로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니한 것에 대하여는 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 여신전문금융업법에 의한 신용카드(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 포함한다. 이하 이 조에서 “신용카드 등”이라 한다)를 사용하여 지출하는 접대비

2. 제121조 및

소득세법 제163조

의 규정에 의한 계산서 또는

부가가치세법 제16조

의 규정에 의한 세금계산서를 교부받고 지출하는 접대비

⑤ 제1항 내지 제3항에서 “접대비”라 함은 접대비 및 교제비ㆍ사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

제34조【대손충당금 등의 손금산입】② 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 “대손금”이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정은 다음 각호의 1에 해당하는 채권에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것

제42조【자산ㆍ부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 재고자산등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가

② 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다.

⑤ 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산 및 부채를 평가함에 따라 발생하는 평가차익 및 평가차손의 처리 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

제80조【합병에 의한 청산소득금액의 계산】① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 “합병에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함하며, 이하 이 조에서 “포합주식등”이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식등의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다

(2)

법인세법 시행령 제19조

【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에

의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

8. 대손금(부가가치세매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중

「부가가치세법」 제17조의 2

의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)

제12조【합병평가차익 등의 계산】① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 합병평가차익 등”이라 함은

「상법」 제459조

제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 “합병차익”이라 한다)에 달할 때까지 다음 각호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호ㆍ제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

제41조【접대비의 신용카드 등의 사용】① 법 제25조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 5만원을 말한다.

제50조【업무와 관련이 없는 지출】① 법 제27조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 당해 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원 및 사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이에 관련되는 지출금. 다만, 법인이 「중소기업의 사업영역보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」 제9조의 규정에 의한 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에게 이양하기 위하여 무상으로 당해 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등을 제외한다

제53조【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액

(총차입금을 한도로 한다)

지급이자 × ─────────────────────────

총차입금

제62조【대손금의 범위】① 법 제34조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망，실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권

③ 제1항 각호의 1에 해당하는 대손금은 다음 각호의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

2. 기타의 경우에는 당해 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날

제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및

제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

제73조【평가대상 자산 및 부채의 범위】법 제42조 제1항 제3호에서

“대통령령이 정하는 자산 및 부채”라 함은 다음 각호의 것을 말한다

.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 유가증권 등

가. 주식 등

제75조【유가증권 등의 평가】① 제73조 제2호 가목 및 나목의 규정에 의한 유가증권(이하 이 조 및 제85조 제1항 제3호ㆍ제85조 제2항 제3호ㆍ제86조의 2에서 “유가증권”이라 한다)의 평가는 제1호 내지 제3호에 해당하는 방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다. 다만, 「간접투자자산 운용업법」에 의한 투자회사가 보유한 제73조 제2호의 규정에 의한 유가증권 등의 평가는 제4호의 방법에 의한다.

1. 개별법(채권의 경우에 한한다)

2. 총평균법

3. 이동평균법

제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고，

조세특례제한법 제46조

제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

(3)

상법 제341조

【자기주식의 취득】회사는 다음의 경우외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다.

2. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업 전부의 양수로 인한 때

제459조【자본준비금】① 회사는 다음의 금액을 자본준비금으로 적립하여야 한다.

3. 회사합병의 경우에 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액

(4) 기업회계기준 제90조【업종별 회계처리준칙 등】이 기준의 시행과 관련하여 필요한 경우에는 업종별 회계처리준칙 또는 세부사항을 따로 정할 수 있다.

(5) 기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙

11-2 피매수회사 주식과 관련된 투자유가증권평가손익(자본조정계정)은 매수일에 속하는 회계연도에 손익으로 인식한다.

9. 영업권

가. 매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산ㆍ부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분은 영업권으로 인식한다.

나. 영업권은 그 내용연수에 걸쳐 정액법으로 상각한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1) 청구법인은 아래 <표 1>과 같이 쟁점영업비(6,021,073,484원)를 복리후생비 및 여비교통비로 손금에 산입하였고, OOO은 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 3회에 걸쳐 2003년 10월～2004년 12월, 2006, 2007사업연도 복리후생비, 여비교통비와 관련된 자료제출 및 소명자료를 요청하였다.

OOO

2) 이에 대하여 청구법인은 2008.11.5. OOO에게 ‘병·의원에 처방된 약품의 금액 대비 10～30%를 리베이트로 지급하였는데, 현금 리베이트의 경우 접대비로 처리하기 어려워서 간이영수증을 제출하면 복리후생비 또는 여비교통비로 회계처리하였고,

병·의원별, 의사별 리베이트 지급내역은 영업상 비밀로 노출 사

실이 밝혀지면 업계에서 생존할 수 없기 때문에 제출하기 어렵다’라는 취지로 소명하였다.

3) 황OOO는 2007.9.1.～2008.8.31. 25,000,000원 상당을 처방한다’라는 내용의 거래약정을 체결하였다.

4) 청구법인이 제출한 2006.12.8.자 내부 선지원 집행계획서의 내역은 청구법인이 2006년 12월에 지급할 내역을 기재한 내부문서로, 지급상대방이 나타나지 아니하는 등 실제 지급여부를 확인할 만한 객관적인 자료로 보이지는 아니하며, 청구법인은 지점이 사용한 전도금의 대부분을 여비·교통비로 회계처리하였다.

(나)

「법인세법」

제25조 제5항은 ‘접대비 및 교제비ㆍ사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액’을 접대비라고 규정한바, 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고, 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는데 있다면 접대비에 해당한다 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지는 경우 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출이 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증하여야 한다 할 것이다OOO.

(다) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대

, 청구법인은 당초 쟁점영업비를

복리후생비 및 여비교통비로 손금에 산입하였는데, OOO의 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 쟁점영업비의 용도가 허위임이 어느 정도 입증되는 점, 청구법인도 쟁점영업비가 복리후생비 및 여비교통비에 해당하지 아니함을 시인하면서 대신 접대비에 해당한다고 주장하는 점, 그런데 청구법인이 이러한 접대비가 실제 지출되었다고 주장하면서 제출한 증빙 중 선지원 집행계획서의 내역은 그 지급상대방의 인적사항이 가려져서 실제 지출되었는지 여부도 불명확할 뿐만 아니라, 집행계획서 자체가 청구법인의 내부자료로서 사후작성 가능성 등 신빙성이 담보되지 아니하는 점, 쟁점영업비의 규모가 잘못된 계산식원에 달함에 반하여 황OOO에게 리베이트로 지급한 금액은 9백만원에 불과할 뿐만 아니라, 위 지급금액이 쟁점영업비에 포함되어 회계처리되었는지 여부도 불명확한 점 등을 종합하였을 때, 청구법인이 당초 복리후생비 및 여비교통비로 회계처리하였던

쟁점영업비가 접대비에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1)

OOO

보유의 청구법인 발행주식 407,377주를 인수(

기본조건 : 경영권인수대금 2,500,000,000원, 매도청구권의 행사가격 1주당

11,000원)함에 있어 예치금, 실사 등과 관련한 양해각서를 체결하였다.

2)

OOO측에게 배정한 청구법인의 기명식

보통주식 4,000,000주(1주당 5,600원)를 인수한다(주금납입기일 : 2004.3.30.)

’라는 내용의

협약서를 작성하였다.

3)

OOO사이의 채권·채무, 지급보증 관계를 해소한다’라는 내용의

약정을 체결하였다.

4) 청구법인과 OOO에게 쟁점수수료(672,000,000원)를 지급하고, 경영자문수수료로 손금에 산입하였다.

5)

OOO에게 매수자 물색을 요청하였다’라는 것이다.

(나)

「법인세법」제27조

및 같은 법 시행령 제50조 제1항 제1호에 의하면, 당해 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원 및 사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이에 관련되는 지출금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니하며,

「국세기본법」제14조

제1항에 의하면, 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정하고 있다.

(다) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대,

OOO에게 지급한 쟁점수수료는

「법인세법」제27조

, 같은 법 시행령 제50조 제1항 제1호 소정의 업무무관 지출비용으로 손금불산입 대상에 해당한다고 보인다.

(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1) 청구법인은 아래 <표 2>와 같이 특수관계자인 OOO에게 2003.10.15. 770,000,000원을 대여해 주고 전도금으로 회계처리하였고, 2003.10.23. 200,000,000원을 회수하면서 전도금계정에서 차감하였으며, 2003.12.31. 나머지 570,000,000원을 전도금계정에서 선급금 계정으로 대체하여 회계처리하였고, 2004.4.2. OOO에 대하여 쟁점대여금(870,000,000원) 상당의 채권을 보유하였다.

2)

청구법인은 2003.9.25. OOO로부터 기술과 판권을 이전받아

10년간 사용하기 위한 기술이전계약(이전료: 1,500,000,000원)을 체결하고, 2003.9.26. 쟁점②채권(1,650,000,000원, 부가세 150,000,000원 포함) 상당의 약속어음 6매(500,000,000원·400,000,000원·300,000,000원·200,000,000원·100,000,000원·150,000,000원 각 1매; 지급기일 2004.2.28.)를 지급하고 선급금으로 회계처리하였으며, 이후 기술 및 판권을 이전해 주지 못한 상태에서 OOO가 부실화되자,

청구법인은 2004.4.21. 선급비용으로 지급한 어음 중 결제가 되지

아니하였던 4억원 상당의 어음을 회수하면서 쟁점②채권이 아닌 쟁점대여금 관련 전도금 계정에서 차감하였다.

OOO

3)

OOO와 청구법인은 특수관계자에 해당하지 아니한다.

4) 처분청은 청구법인의 회계처리와 달리 2004.4.21. 쟁점②채권과 관련하여 회수한 지급어음 400,000,000원을 쟁점대여금에서 차감하지 아니하여, 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 업무와 무관하게 쟁점대여금을 대여하였다고 보아, 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하여 과세하였다.

5) 청구법인의 대표이사이었던 이OOO에 대여하여 회수하지 못한 5억7천만원의 상당의 손해를 입게 하였다’라는 취지의 고소를 하였다.

6) 달리 청구법인이 장OOO에 대하여 민사상 손해배상청구의 소 등 쟁점대여금 채권을 보전하기 위한 조치를 취하였다고 볼 만한 증빙은 제출되지 아니하였다.

(나)

「법인세법」제52조

및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호에 의하면, 내국법인이 특수관계자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우에는 그러한 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고,

「법인세법」제28조

및 같은 법 시행령 제53조에 의하면 내국법인이 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련 없이 특수관계자에게 대여한 자금의 대여액이 있는 경우, 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 위 시행령 제53조 제2항에 따라 계산한 금액을 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.

(다) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은「법인세법」상 특수관계자인 OOO에게 쟁점대여금을 지급하였다고 봄이 합리적이라고 보인다.

(4) 다음으로, 쟁점④에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1) 쟁점③에서 본 바와 같이 청구법인은 OOO로부터 쟁점②채권과 관련하여 액면금 400,000,000원 상당의 어음을 회수하였음에도 쟁점대여금 채권의 일부를 회수한 것으로 회계처리하였다.

2)

이후 OOO가 2007사업연도 중 최종 부도처리 되자, 청구법

인은 쟁점대여금(870,000,000원)에서 400,000,000원을 제외한 쟁점①채

권(470,000,000원) 및 쟁점②채권(부가가치세를 제외한 1,500,000,000원) 전부를 대손금으로 손금산입하였다.

3) 처분청의 과세근거를 보면, 쟁점①채권은 업무무관 가지급금으로 대손금 대상이 아니고, 쟁점②채권 중 400,000,000원이 회수되었으므로 대손금 대상이 되는 쟁점②채권은 1,100,000,000원에 불과하다는 것이며, 이에 대하여 청구법인은 쟁점①채권은 업무무관 가지급금이 아니고, 지급어음 400,000,000원을 쟁점①채권이 아닌 쟁점

②채권과 관련하여 회수하였다고 보더라도, 쟁점①채권이 400,000,000원

증액되므로 결국 대손금의 범위는 동일하다고 주장한다.

(나)

「법인세법」

제34조 제3항 제2호, 제28조 제1항 제4호 나목에 의하면 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액은 대손금으로 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있으나, 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 대하여는 이를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

(다) 위와 같은 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 쟁점②채권의 경우 대손금 대상이 되는 채권금액은 청구법인의 신고금액(1,500,000,000원)과 달리 400,000,000원 상당의 지급어음회수분을 제외한 1,100,000,000원에 불과하게 되고, 이 경우 쟁점①채권의 금액이 청구법인의 신고금액(470,000,000원) 보다 높은 870,000,000원에 달하게 되나, 앞에서 살펴본 바와 같이 쟁점①채권은 쟁점대여금과 동일한 것으로 청구법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당하여,

「법인세법」

제34조 제3항 제2호에 따라 대손금 대상에서 제외되므로 결국 당초 과세처분과 동일하게 대손

금에 해당하지 아니하는 금액은 870,000,000원으로 동일하다고 보인다.

(5) 다음으로, 쟁점⑤에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1) 청구법인은 2004.4.13. OOO의 주식 전부인 쟁점주식(62,000주)을 22,409,326,540원에 취득한 다음, 아래 <표 3>과 같이 각 사업연도별 회계처리시 쟁점주식을 지분법으로 평가하여 6,610,447,967원을 평가손실로 계상한 다음, 각 사업연도 법인세 신고시 원가법에 따라 손금불산입(유보)으로 세무조정하였다.

2) 이후 청구법인은 2006.5.30. OOO를 흡수합병하면서 합병주식을 교부하지 아니하고 쟁점주식을 소각한 다음, 2006사업연도 법인세 신고시 2006사업연도 투자주식 평가손실 883,064,412원을 포함한 쟁점지분법손실금(7,493,512,380원)을 손금산입하였다.

OOO

3) 청구법인은OOO와의 합병으로 110억5,600만원 상당

의

재산과 72억1,000만원 상당의 채무를 승계하였고, 224억원을 합병

교부금으로 지급하였던바, △185억원(=

110억5,600만원

-

72억1,000만원

-

224억원

) 가량의 합병차손이 발생하였다.

(나)

「법인세법」제42조

제1항 제3호, 같은 법 시행령 제75조, 제73조 제2호 가목은 주식 등 유가증권의 평가는 총평균법(2호), 이동평균법(3호) 등 원가법에 의하도록 규정하였던바, 회계처리시 지분법 평가 대상이 되는 주식 등 유가증권에 대하여도 원가법에 의하여 평가손익에 대한 세무조정(익금·손금불산입)을 하여야 하고, 「기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙」 제11-2항에 의하면 피합병(매수)회사 주식과 관련된 투자유가증권평가손익(자본조정계정)은 합병(매수)일에 속하는 회계연도에 손익으로 인식해야 하나,

「법인세법」제17조

제3호,

「상법」제459조

제1항 제3호에 의하면 회사합병시 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액, 합병후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 경우 그 초과금액은 자본거래인 합병차익에 해당하여 익금불산입대상이 된다고 규정하고 있는바, 승계한 재산의 가액이 승계채무액, 합병교부금, 자본증가액에 미달하는 경우 발생하는 합병차손도 자본거래에 해당하여 손금불산입대상이 된다 할 것이다.

(다) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점주식을 취득한 후 지분법으로 평가하여 회계처리하였다가,「법인세법」상 규정에 따라 손금불산입으로 세무조정하였던 쟁점주식 관련 지분법 평가손실금은 「기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙」 제11-2항에 따라 합병(매수)일에 속하는 회계연도에 손비로 세무조정(손금산입)되나, 동시에 이러한 손비부분은 청구법인이 OOO의 주주에게 지급된 합병교부금(쟁점주식 취득가액)의 차액인 합병차손에 반영되어 세무조정(손금불산입) 대상이 되므로, 쟁점지분법손실금에 대하여 손금산입(유보) 및 손금불산입(기타)으로 세무조정함이 타당하다고 보인다.

(6) 마지막으로, 쟁점⑥에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

1) 청구법인이 2006.5.30.

OOO의 순자산가액은 3,845,265,669원, 연구

인력개발준비금은 50,354,367원이다.

2) 청구법인은 합병당시(2006.5.30.) 쟁점주식의 장부가액에서 OOO의 순자산가액 및 연구인력개발준비금을 차감한 1

1,070,459,793

원(=

14,865,459,793원 -

3,845,265,669원 -

50,354,367원)

을

무형

자산

인 영업권

으로

계상하여 회계처리한 다음, 2006·2007

사업연도 법인세 신고시 쟁점감가상각비 3,547,049,959원(2006사업연도 : 1,306,807,882원, 2007사업연도 : 2,240,242,077원)을 손금에 산입하였다.

3) 청구법인이 OOO의 인적자원, 기존의 거래처 등 영업권에 대하여 별도로 평가를 하였다고 볼 만한 증빙은 제출되지 아니하였다.

(나) 기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙 제9항에 의하면, 매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산ㆍ부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분은 영업권으로 인식하여야 하고, 영업권은 그 내용연수에 걸쳐 정액법으로 상각하여 회계처리하여야 하며,

「법인세법」제24조

제1항 제2호 가목,

동법 시행령 제12조

제1항은

감각상각 대상이 되는 무형자산으로 “영업권”을 규정할 뿐, 영업권의 성격에 대한 구체적인 정의 규정 등을 두고 있지 아니하나,

「법인세법」상 감가상각의 대상이 되는 무형자산으로서의 “영업권”은

인적자원, 기존의 거래처 등 영업에 관한 일체의 비결 내지 장차 기대되는 초과수익력 등의 사실상 가치가 인정되는 경우에 한하여 인정된다고 해석함이 합리적이라고 보인다OOO

(다) 위와 같은 사실관계 및 관련 법리를 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주식의 양수대금과 OOO의 인적자원, 기존의 거래처 등 영업에 관한 일체의 비결 내지 장차 기대되는 초과수익력 등의 사실상 가치가

11,070,459,793원에 달한다고 보이지는 아니하는바, 쟁점영업권이 「법인세법」상 감가상각 대상 자산이 되는 무형자산인 영업권에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(7) 따라서, 처분청이 쟁점영업비를 접대비로 보지 아니하고, 쟁점수수료를 업무무관비용으로 보았으며, 쟁점대여금을 업무무관가지급금으로 보고, 쟁점①채권 및 쟁점②채권 중 4억원 부분을 대손금 대상이 되지 아니한다고 보았으며, 쟁점지분법손실금에 대하여 손금불산입으로 반대 세무조정을 하고, 쟁점영업권이

「법인세법」상 감가상각대상 자산이 되는 무형자산인 영업권에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기

본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.