조심 2014구3257 (2017.03.02)

OOO세무서장이 2014.3.12. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인과 주식회사 OOO와의 합병시 계상한 영업권 OOO원을 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인(2013.4.1. 화물운송·택배·창고보관업 등을 영위하던 OOO 주식회사를 합병하였음)은 2008.7.2. 지배종속관계에 있던 주식회사 OOO 이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였고, 쟁점합병시 영업권 OOO원(이하 “쟁점영업권”이라 한다)을 자산으로 계상하였으나, 세무상 감가상각대상자산인 영업권에 해당하지 아니한 것으로 보아 이를 익금산입(기타) 및 손금산입(△유보)으로 세무조정하여 2008사업연도 법인세를 신고하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인[당시 OOO에 대하여 법인세 신고 사후검증을 실시한 결과, 쟁점영업권은 합병평가차익으로 법인세 과세대상으로서「법인세법」상 감가상각대상자산으로 보아 2008사업연도에 익금산입하고 2008～2010사업연도 영업권 상각비로 손금산입하도록 하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.3.12. 청구법인에게 쟁점영업권을 익금산입하고 관련 영업권 상각비를 손금산입하여 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다(법인세 2009사업연도분 OOO원 및 2010사업연도분 OOO원은 각 환급결정하였다).

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 합병시 포합주식 소각손실은 자본거래로 인하여 발생한 손실에 해당하므로 합병차익을 계산함에 있어 합병차손으로서 합병차익과 상계되어야 하므로 쟁점합병의 합병차익은 OOO원이다.

(가)

「법인세법」제17조

제1항 및 같은 법 시행령 제12조 제1항에서는 합병차익을 한도로 하여 합병평가차익을 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 처분청은 쟁점합병의 경우 합병차익이 OOO원으로서 쟁점영업권 상당액이 익금에 산입할 합병평가차익이라는 의견이나, 이는 쟁점합병시 발생한 포합주식 소각손실을 고려하지 아니하고 합병차익을 계산하는 오류를 범하였기 때문이다.

(나) 다수의 관련 유권해석, 심판결정례 및 판례에서는 합병시 발생한 포합주식 소각손실에 대하여 피합병법인을 흡수합병할 때 보유하던 포합주식에 합병신주를 교부하지 아니하고 전부 소각할 경우 시간적 간격이 있긴 하나 결국 합병 후 신주를 교부하여 보유하다가 소각한 경우와 동일하며, 합병 전 취득한 포합주식은 합병으로 피합병법인이 소멸되므로 포합주식에 상응하는 신주가 발행하는 등으로 합병법인의 자기주식으로 변환될 것인데 그러하지 아니하고 이를 소각한 것은 자본환급의 성질을 가지므로 합병차손이라고 하면서 이는 합병차익과 상계되어야 한다는 점을 명확히 하고 있다(조심 2009중2111, 2010.12.21., 서울고등법원 2012.2.3. 선고 2010누43466 판결, 대법원 2014.7.24. 선고 2012두6247 판결, 법인 46012-648. 2001.4.17. 등, 같은 뜻임).

(다) 그럼에도 불구하고 처분청은 이러한 사실을 전혀 고려하지 아니한 채 합병차익을 임의적으로 OOO원이라고 하면서 합병시 계상된 쟁점영업권을 익금산입한 처분은 포합주식 소각손실의 성격을 오인한 부당한 과세처분이므로 전액 취소되어야 한다.

(라) 설령, 처분청 의견대로 쟁점합병시 발생한 포합주식 소각손실을 합병차익 계산시 고려하지 아니한다면 이는 결국 포합주식 소각손실이 손익거래라는 의미이므로 합병이 속하는 사업연도에 손금으로 반영하여야 할 것이며, 결과적으로 청구법인의 주장과 동일한 세무효과로 귀결된다.

(2)「법인세법」상 합병차익은 합병으로 발생한 순자산증가액을 의미하는 것으로 쟁점합병으로 발생한 순자산증가액은 OOO원인바, 처분청이 이러한 순자산증가액을 초과하여 익금산입한 처분은 「법인세법」상 익금의 대전제인 순자산증가설을 위반하여 조세법률주의에도 위배된다.

(가)「법인세법」상 합병평가차익을 익금산입하도록 하면서 합병차익을 그 한도액으로 하도록 규정한 것은

「법인세법」제15조

제1항 및 제17조 제1항에 따라 합병차익이 합병으로 발생한 순자산증가액이기 때문이다. 즉, 비록 피합병법인의 보유자산에 대한 평가증액 등으로 인한 합병평가차익이 발생하였다 하더라도「법인세법」상 익금의

대전제인 순자산증가액을 초과하여 익금에 산입할 수는 없기 때문이다

.

(나) 처분청 의견대로 쟁점영업권이 전액 세무상 자산에 해당할 경우 쟁점합병으로 인한 순자산증가액은 OOO원[피합병법인 보유 자산승계(약 OOO원)+영업권 발생(약OOO원)-피합병법인 보유 부채 승계(약 OOO원)-합병으로 인한 포합주식 감소(약 OOO원)-자본금 불입액(약 OOO원)=합병으로 인한 순자산증가액 약 OOO원(정확히는 순자산증가액 OOO원에서 자본금 납입액 OOO원을 차감한 금액)]으로 합병차익과 정확히 일치하는바, 이는 합병 전 보유하던 포합주식에 대하여 합병신주를 교부하지 아니하고 전액 소각하였기 때문에 쟁점영업권을 계상하여도 순자산증가가 거의 없음에도 처분청이 쟁점합병의 순자산증가액 OOO원을 초과하여 합병평가차익을 익금산입한 것은「법인세법」상 익금의 대원칙인 순자산증가설에 위배된다.

(3) 순자산증가설에 따라 합병차익의 본질은 주식발행초과금으로 최근 판례(서울행정법원 2014.6.27. 선고 2013구합58344 판결, 참조)에서도 합병차익은 피합병법인 순자산증가액 중 자본금으로 이입되지 않은 잔액을 의미하므로 주식발행초과금이라고 판시하고 있는바, 쟁점합병시 발생한 주식발행초과금은 OOO원으로 청구법인이 주장하는 합병차익과 정확히 일치한다.

나. 처분청 의견

(1)「상법」상 합병차익은 ‘소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액을 초과하는 금액’인바, 쟁점합병 당시 청구법인이 피합병법인의 주주에게 지급한 대가는 신주OOO주의 액면가액 OOO원이고, 주식 이외에 합병교부금 등은 지급하지 아니한 것으로 확인되므로 청구법인의「상법」상 합병차익은 쟁점합병시 승계한 재산가액 OOO원에서 승계한 채무가액 OOO원과 자본 증가액 OOO원을 차감한 OOO원이므로 쟁점영업권은「상법」상 합병차익의 범위 내로 합병평가차익으로 과세할 수 있다 할 것이다.

(2) 설령, 청구법인의 주장대로「상법」상 합병차익을 계산함에 있어 합병시 피합병법인의 포합주식에 대하여 신주를 교부하지 아니한 경우에도 포합주식의 취득가액을 피합병주주에게 지급한 금액으로 보아야 한다 하더라도 피합병법인의 주주에게 지급한 금액은 ‘합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식의 취득가액’으로 피합병법인의 청산소득에 포함된 OOO원만 포함되는 것으로 봄이 타당하다. 즉, 일반적으로 피합병법인에게 동종업종 대비 초과수익력이 있는 경우 피합병법인의 순자산가치를 초과하여 주식을 취득하게 되므로 합병법인이 포합주식 취득시 초과지급액은「법인세법」상 영업권에 해당하며, 합병시 동 포합주식에 합병신주를 교부하지 아니하고 소각함으로써 대차평균의 원리에 따라 차변에 계상되는 영업권은 그 실질이 자산성이 있는 영업권으로 보아야 하고, 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 평가된 금액은 향후 감가상각비 등으로 손금인정받기 때문에 동 금액을 합병 당시에 피합병법인의 청산소득 또는 합병법인의 합병평가차익으로 과세하는 구조로 되어 있으므로 이중과세를 막기 위하여 청산소득으로 과세되었다면 합병평가차익으로는 과세되지 아니한다는 것이다.

(3) 이런 취지로

「법인세법」제80조

제2항은 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식(포합주식)이 있는 경우로서 그 포합주식에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식의 취득가액을 가산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 구 재정경제부 예규OOO는 합병법인이 포합주식을 취득하면서 사업상의 가치 등을 평가하여 순자산가치보다 높은 대가를 지급한 후 합병시 포합주식에 대하여 자기주식을 교부하지 아니하고 소각한 경우에도 포합주식 취득 이후 합병이 2년 이내에 이루어져 포합주식의 취득가액이 합병대가에 포함되어 청산소득으로 법인세가 과세되었다면 포합주식 취득시 지급된 금액도

「법인세법 시행령」제24조

제4항을 적용함에 있어 영업권 취득을 위하여 지급된 대가로 인정될 수 있다고 명시하고 있다.

(4) 이 건의 경우, 청구법인이 취득한 포합주식의 취득가액 중 위

「법인세법」제80조

제2항에 따라 합병등기일로부터 2년 이내 취득한 포합주식의 취득가액은 OOO원이고, OOO 피합병법인이 신고한 ‘청산소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고서’에 의하면 위 포합주식의 취득가액은 OOO원만을 합병대가에 포함하고 있으므로 이를 반영하여「상법」상의 합병차익을 계산하면 OOO으로서, 쟁점합병시 계상한 토지 및 쟁점영업권의 합병평가차익 OOO원을 초과하므로 청구법인의 합병평가차익(쟁점영업권) OOO원이「상법」상의 합병차익을 초과한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

(5) 또한, 청구법인 스스로도 법인세 신고시 익금산입 할 합병평가차익을 OOO원(토지 OOO원, 쟁점영업권 OOO원)으로 보아 세무조정 하였으며, 처분청에 제출한 자료 소명서에서 쟁점영업권에 대하여 익금산입 및 손금산입으로 세무조정한 것은 세무상 영업권이 아닌 것으로 보아 세무조정한 것으로 이는「상법」상의 합병차익이 쟁점영업권 합병평가차익보다 크다는 것을 청구법인 스스로도 인정하고 있는 것이다.

따라서, 적격합병 등으로 피합병법인의 청산소득이 과세되지 아니한 경우에는 합병법인단계에서 과세되어야 하므로 쟁점영업권은 합병평가차익에 해당하므로 이를 익금산입하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

합병평가차익은 합병차익을 한도로 과세되므로 이를 초과하는 금액을 합병평가차익으로 보아 익금산입한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부(포합주식 취득가액을 그 취득시기에 관계없이 합병교부금으로 보아 합병차익을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부)

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) ① 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익.

다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 "합병평가차익"이라 한다)을 제외

한다.

제44조(합병평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우

에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 합병법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득" 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한

합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 등

(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함하며, 이하 이 조에서 "포합주식 등"이라 한다)

이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다

. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액에서 교부한 주식 등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.

(2) 법인세법 시행령(2008.4.3. 대통령령 제20763호로 개정되기 전의 것)

제12조(합병평가차익 등의 계산) ① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익 등"이라 함은

「상법」제459조

제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 "합병차익"이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사 외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

제15조(주식발행액면초과액 등) ② 법 제17조 제1항 제3호 단서에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익"이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 무형고정자산

가.

영업권

, 디자인권, 실용신안권, 상표권

④ 제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.

제80조(합병평가차익상당액의 손금산입) ① 법 제44조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 유형고정자산을 말한다.

④ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 개별 유형고정자산별로 감가상각자산의 경우에는 일시상각충당금으로, 토지의 경우에는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. 이 경우 개별 유형고정자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금은 유형고정자산의 합병평가차익에 개별 유형고정자산의 평가증액이 평가증된 유형고정자산의 총평가증액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 상법(2009.1.30. 법률 제9362호로 개정되기 전의 것)

제459조(자본준비금) ① 회사는 다음의 금액을 자본준비금으로 적립하여야 한다.

3. 회사합병의 경우에 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 의견과 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 과세자료에 의하면, 처분청은 청구법인에게 쟁점영업권을 합병평가차익으로서「법인세법」상 감가상각대상자산으로 보아 쟁점영업권 상당액을 익금산입하고 관련 영업권 상각비를 손금산입하는 것으로 하여 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하고, 법인세 2009사업연도분 OOO원 및 2010사업연도분 OOO원을 각각 환급결정하였다.

(나) 청구법인이 OOO 조사청에 제출한 ‘합병에 대한 보정자료’, 조사청의 보정사항 검토조서(2014년 3월), 합병계약서(2008.4.16.) 등의 주요내용은 다음과 같다.

1) 청구법인(당시 OOO 주식회사)은 2008.7.2. 주식회사 OOO(1999.4.15. 개업)를 흡수합병하였고, 합병비율은 피합병법인 보통주 1주(액면가액 OOO원)당 합병법인 보통주 OOO주(액면가액 OOO원)으로 하고, 합병법인 보유주식 OOO 및 자기주식 OOO은 신주를 발행하지 아니하고 모두 소각하였으나

기타주주 보유주식 OOO는 신주를 교부하는 한편, 합병 관련 수수료 OOO원을 합병대가에 포함하였으며, 피합병법인이 종속회사라 연결재무제표상 장부가액으로 승계하고 쟁점영업권 OOO원을 계상하였다.

2) 조사청이 합병시 발생한 합병평가차익(쟁점영업권)을 검토한 결과,

가)

「법인세법」제17조

제1항 제3호에서 합병차익은 익금에 산입하지 아니한다고 하면서, 같은 호 단서 규정에서 대통령령이 정하는 합병평가차익은 이를 제외한다고 하여 합병평가차익은 익금대상이라고 명시하고 있고, 같은 법 시행령 제12조 제1항에서 합병평가차익을 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액이라 규정하고 있으며, 합병평가차익 중 과세이연 대상은 토지와 건축물만 해당되고, 영업권의 합병평가차익은 과세이연 대상이 아니므로 청구법인이 계상한 쟁점영업권은

「법인세법 시행령」제24조

제4항의 감가상각자산에 해당한다.

나) 청구법인이 쟁점합병시 합병평가차익으로 계상한 쟁점영업권은 익금산입 대상이나, 2008사업연도 법인세 신고시 익금산입(기타) 및 익금불산입(△유보)으로 세무조정한바, 쟁점영업권(합병평가차익)은 익금산입하고 손금불산입한 감가상각비는 손금산입하여 법인세 경정·고지하고자 한다.

(다) 피합병법인이 처분청에 제출한 청산소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고서의 ‘청산소득금액계산명세서’를 보면, 합병대가 총액은 OOO원(합병으로 받은 주식 출자가액은 OOO원, 기타 OOO원), 자기자본 총액은 OOO원으로 청산소득금액은 OOO원으로 나타난다.

(라) 이 건 심리과정에서 처분청이 추가로 제시한 의견을 구체적으로 살펴보면,

1)

「법인세법」제17조

에 의하면 합병차익은 자본거래로 인한 수익에 해당하기에 원칙적으로 익금불산입하나 합병차익 중에서도 대통령령으로 정하는 합병평가차익은 다시 익금에 산입하는 것으로 정하고 있고(

「법인세법」제17조

제3호), 위 합병평가차익의 산정에 대해서는

「상법」제459조

제1항 제3호에 의한 금액(합병차익)을 한도로 피합병법인(소멸법인)의 자산을 평가 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액을 합병평가차익으로 계산하고 있다(

「법인세법 시행령」제12조

제1항 제1호).

2) 이 건 합병법인은 피합병법인의 자산 중 토지의 가액을 약 OOO원 증액평가하였고, 쟁점영업권 약 OOO원을 계상함으로써 총 OOO원의 자산을 피합병법인의 장부가액보다 초과하여 평가 승계하였으므로 처분청은 쟁점영업권 역시 합병평가차익에 해당하는 것으로 보아 익금산입하였던바, 이에 대하여 청구법인은 위

「법인세법 시행령」제12조

에서 합병평가차익을 산정함에 있어서는

「상법」제459조

제1항 제3호의 합병차익을 그 한도로 하여야 하는데, 이 건에서 상법상의 합병차익은 약 OOO원에 불과하므로 이미 토지 평가증액 약 OOO원을 익금에 산입한 이상 더 이상 쟁점영업권을 합병평가차익으로 계산하여 익금에 산입할 수 없다고 주장하였다.

3)

「상법」제459조

제1항 제3호의 합병차익은 소멸법인(피합병회사)으로부터 승계한 재산의 가액에서 소멸법인으로부터 승계한 채무액, 소멸법인의 주주에게 지급한 금액, 존속법인의 자본증가액을 차감하여 산정하는바, 이 중 소멸법인의 주주에게 지급한 금액이 얼마인지에 대하여 다툼이 있는 것이다.

4) 청구법인은 이 건 포합주식을 매수하기 위해 소멸법인의 대주주였던 OOO과 나머지 개인주주들에게 지급했던 매수대금 약 OOO원(포합주식가액)이 ‘소멸법인의 주주에게 지급한 금액’이라고 하면서,「상법」상의 합병차익이 약 OOO(승계 자산 약 OOO+영업권 약 OOO-승계 채무 약 OOO-지분법적용투자주식 약 OOO-자본금 증가액 약 OOO)이라고 주장하나, 처분청은 ‘소멸법인의 주주에게 지급한 금액’은 당초 그 해석상 ① OOO원 또는 ② OOO원에 불과하다고 보았지만 이를 철회하였고 최종적으로 ③ OOO원으로 판단한바, OOO원이 위 금액에 해당한다 하더라도 쟁점영업권을 합병평가차익으로 보아 익금산입한 것은 「상법」상의 합병차익의 한도 내이므로 적법하다.

5)

「상법」제459조

제1항 제3호의 합병차익을 계산할 때 ‘소멸된 회사의 주주에게 지급한 금액’을 계산함에 있어서 소멸법인의 주주는 합병기일 당시 소멸법인의 주주로 등재된 자인 청구법인이라 할 것이다. 나아가 포합주식임을 이유로 소멸법인의 주식을 바로 소각하든 일단 합병비율에 따라 신주를 발행하든 그 종국적 효과는 동일하므로 소멸법인의 주주였던 청구법인이 합병대가로 (바로 소각처리하지 않았다면) 받았을 신주의 합병 당시 평가액을 ‘소멸법인의 주주에게 지급한 금액’에 포함시켜야 하는바, 합병 당시 청구법인은 소멸법인의 주식 OOO를 소유하고 있었고, 합병비율OOO에 따라 청구법인은 신주 OOO주를 교부받았을 것이며, 이를 1주당 OOO원(합병등기일 현재 평가액)으로 계산하면 약 OOO원을 지급받은 것으로 계산된다. 그렇다면, ‘소멸법인의 주주에게 지급한 금액’이 약 OOO원이라는 전제에서「상법」상 합병차익이 약 OOO원에 불과하므로 쟁점영업권을 합병평가차익으로 익금산입할 수 없다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(2) 이에 대하여 청구법인의 주장(추가)은 다음과 같다.

(가) 처분청 의견에 따른 세무상 합병회계처리를 정리해 보면 아래 <표6>과 같은바, 처분청은 ‘② 합병시’의 회계처리까지만 언급하면서 합병대가가 약 OOO원이므로 합병차익이 약 OOO원이라고 하였으나, 합병 당시 합병 전 청구법인이 취득한 포합주식 OOO%를 전부 소각하였으므로 법인장부에 계상된 포합주식가액 약 OOO원은 반드시 감소되어야 하는 것이므로 ‘③ 포합주식 소각시’ 회계처리가 반드시 수반되어야 한다. 즉, 처분청이 주장하는 합병회계처리인 ‘② 합병시’ 회계처리가 타당하다고 할 경우에도 추가적으로 지분법주식의 합병 전 장부가액(약 OOO원)과 처분청이 주장하는 합병대가(약 OOO원)의 차액에 해당하는 지분법주식(약 OOO원)은 합병을 통해 반드시 감소하여야 하는 것이므로 포합주식 소각손실(=합병차손)이 계상되어야 합병 당시의 세무처리가 완료되는 것이다. 따라서 처분청 의견과 같이 합병대가가 약 OOO원이라고 할 경우에도 ‘③ 포합주식 소각시’의 회계처리를 반영한 이후의 합병차익은 약 OOO으로서 청구법인이 주장하는 합병차익과 같다.

(나) 처분청은 합병 전 주식매입거래는 자산거래(손익거래)이고 합병은 자본거래이므로 이를 별개로 보아야 한다고 하나, 이는 합병시 발생하는 포합주식 소각손실은 자본거래로서 합병차손에 해당한다는 기존 판례와 배치되며, 처분청 의견을 인정한다 하더라도 손익거래에 따른 손실을 반영하여야 하므로 이 건 처분은 위법하다.

1) 주식매입거래와 합병거래를 각각 별개로 본다면 주식매입거래는 자산거래(손익거래)이고 합병거래는 자본거래이나, 이 건의 쟁점은 자산거래(손익거래)로 취득한 포합주식을 합병시 이를 소각할 때 발생하는 포합주식 소각손실의 성격이 무엇인지 여부이므로 이 두 거래를 별개로 분리할 수 있는 것이 아니며 포합주식 소각손실이 자본거래임은 처분청이 제시한 판례에서도 확인된다.

2) 처분청 의견과 같이 주식매입거래와 합병거래를 별개로 보아 주식매입거래를 일반적인 손익거래로 본다면 위 처분청이 제시하는 회계처리상 자본거래인 ‘② 합병거래’와는 별개로 ‘③ 포합주식 소각시’ 발생한 포합주식 소각손실은 손익거래로서 모두 세무상 손금에 산입하여야 하며 그 경우에도 세무적 효과는 청구법인의 주장과 동일[합병차익(익금) 약 OOO원-포합주식 소각손실(손금) 약 OOO원=익금 약 OOO원]하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(다)

합병차익은 합병으로 발생한 이익을 의미하는바, 쟁점합병을 통한 순자산증가액은 약 OOO원에 불과하다. 청구법인은 피합병법인의 주식취득 당시 피합병법인의 순자산 장부가액을 훨씬 초과하는 대가를 주식 취득가액으로 지급하였고, 포합주식 취득 당시와 합병 당시 피합병법인의 기업가치에 큰 변동을 가져올 만한 사항은 없었다. 다만, 청구법인은 합병으로 인하여 주식의 형태로 보유하던 피합병법인을 자산/부채 형식으로 보유하는 그 소유방식이 변경된 것일 뿐이며, 이 과정에서 합병법인이 현금을 주고 매입한 주식을 소각하면서 합병 당시 피합병법인의 순자산가액과의 차이를 쟁점영업권으로 계상한 것일 뿐 쟁점합병을 통하여 청구법인이 얻은 이익(합병차익)은 거의 없다. 다시 말해, 과거 제3자로부터 주식을 매입하면서 정당한 대가를 지급한 주식가액(약 OOO원)이 합병으로 인하여 감소되면서 그 주식에 상응하는 순자산(약 OOO원)과 쟁점영업권(약 OOO원)을 계상하게 된 것이므로 합병 당시 발생한 합병차익(합병으로 인한 순자산증가액)은 약 OOO원(순자산 약 OOO원+쟁점영업권 약 OOO원-합병대가 약 OOO원-자본금 증가액 약 OOO원)에 불과하다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

「법인세법」제17조

제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제15조 제2항에서 합병평가차익은

「상법」제459조

제1항 제3호의 규정에 의한

합병차익을 한도로 익금에 산입

하도록 규정하고,

「상법」제459조

제1항 제3호는 합병차익을 ‘소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액,

그 회사의 주주에게 지급한 금액

과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액’으로 규정하고 있는바, 이는 합병시 익금산입대상인 합병평가차익은「상법」상 합병차익을 초과할 수 없고,「상법」상의

합병차익은 자본거래에 해당하여 익금불산입대상이며,

승계한 재산의 가액이 승계채무액·합병교부금·자본증가액에 미달하는 경우 발생하는

합병차손 또한 자본거래에 해당하여 손금불산입대상이라

할 것인 점,

합병법인이 피합병법인을 흡수합병할 때 포합주식에 대하여 합병법인의 신주를 교부하지 아니하고 전부 소각한 경우에도 시간적 간격이 있기는 하나 종국적인 효과에 있어서는 합병 후 신주를 할당하여 보유하다가 소각한 경우와 동일하므로 합병을 통한 포합주식의 소각으로 발생한 차손익은 합병차손익으로 보는 것이 타당하다 할 것(대법원 2014.7.24. 선고 2012두6247 판결, 같은 뜻임)인바, 이는 합병차손익의 성격이 합병시 발생하는 자본거래라는 대전제 하에 정의한 것으로, 쟁점영업권을 합병평가차익으로 보아 익금산입하기 위해서는 「상법」상의 합병차익이 존재하여야 하나 쟁점합병시 발생한 포합주식 소각손실(약 OOO원)은 자본거래로 인한 합병차손에 해당되어 합병차익에서 상계하면 「상법」상의 합병차익은 약 OOO원에 불과할 뿐만 아니라 쟁점합병시 토지에 대한 합병평가차익으로 약 OOO원이 이미 반영되어 있는 점,

「법인세법」제15조

제1항에서 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다’고 규정하고, 같은 법 제17조 제1항 제3호는 순자산을 증가시키는 거래 중 익금에 산입하지 아니하는 수익으로 합병차익을 규정하고 있으며, 합병차익은 합병이라는 자본거래를 통하여 발생한 순자산증가액으로서 익금불산입 대상이므로 합병으로 인하여 합병법인의 순자산증가가 없다면 합병차익도 당연히 없다 할 것인바, 쟁점합병으로 인한 청구법인의 순자산증가액은 약 OOO원(① 기타주주에게 교부한 신주 액면금액 약 OOO원, ② 주식발행초과금 약 OOO원)으로 증가한 자본금 약 OOO원을 제외하면 합병을 통하여 발생한 순자산증가액은 약 OOO원에 불과하므로 이 건 처분은 「법인세법」상의 대전제인 순자산증가액을 초과하여 익금산입한 것으로 보이는 점,

합병 당시 기업회계처리기준상 합병회계의 주식발행초과금이「상법」상의 합병차익이라고 할 수 있는바(조심 2014서3406, 2015.9.17., 같은 뜻임), 쟁점합병시 청구법인의 합병회계처리상 주식발행초과금 은 약 OOO원이 「상법」상의 합병차익에 해당한다 할 것인 점,

쟁점합병 당시 법인세법령상 합병차익과 관련하여 합병대가(합병교부금)로 인정되는 포합주식의 범위를 달리 제한하고 있지 아니하므로 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 가액 또는 합병 당시 교부하였어야 할 신주의 평가액을 합병교부금으로 볼 수 있는 객관적 근거가 없는바, 포합주식 취득가액을 그 취득시기에 관계없이 합병교부금으로 하여 합병차익을 산정하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 합병차익(약 OOO원)을 초과하는 쟁점영업권(약 OOO원)을 합병평가차익으로 보아 익금산입하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.