조심 2019중0587 (2020.04.09)

OOO세무서장이 2018.10.22. 청구법인에게 한 법인세 2013사업연도분 OOO과 2015년 귀속분 증권거래세 OOO부과처분 및 OOO에게 각 OOO기타소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 청구법인이 보유하던 주식회사 OOO의 주식 9,000주를 2015.8.20. 특수관계인인 OOO에게 양도함에 따라 주식회사 OOO1주당가액을 평가함에 있어 주식회사 OOO건설한 OOO1,470세대를 금융리스자산이 아닌 운용리스자산으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인(2016.2.19. 주식회사 OOO에서 주식회사 OOO법인명을 변경하였음)은 1993.12.27.부터 주거용건물 건축업을 영위하는 사업자로 OOO계열사이다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.5.16.부터 2018.9.28.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여, 처분청에 아래와 같은 내용 등의 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2018.10.22. 청구법인에게 법인세 2013사업연도분 OOO을 각 경정.고지하는 한편, 특수관계인에게 주식을 저가로 양도하였다고 보아 익금산입한 OOO기타소득으로 소득처분{귀속자 OOO(사주 OOO 자녀들로 이하 “OOO등”이라 한다) 각 OOO}하여 소득금액변동통지하였다. (1) 청구법인은 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)이 발행한 주식 9,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하다가, OOO부동산과다보유법인(80% 이상)으로 「상속세 및 증여세법 시행령」제54조 제4항 제4호 등에 따라 순자산가치에 의하여 평가할 대상으로 보아 쟁점주식의 1주당 가액을 OOO원으로 평가하고 2015.8.20. 쟁점주식 1주당 거래가액을 OOO으로 하여 특수관계인인 OOO등에게 양도하였으나, OOO 주식 9,000주의 1주당가액이 OOO{OOO이 건설한 OOO민간공공임대아파트 1,470세대(이하 “쟁점리스임대주택”이라 한다)가 운용리스자산이 아닌 금융리스자산에 해당하고 이에 따라 OOO부동산과다보유법인에 해당하지 아니하여 순자산가치와 순손익가치의 가중평가방법으로 산정하면서 영업권평가액을 자산에 가산하고 OOO법인세부채를 부채에서 차감하였음}으로 쟁점주식을 특수관계인에게 부당하게 저가로 양도하였는바, OOO익금산입(부정과소신고가산세 대상)하고 동 금액을 OOO등에게 기타소득으로 소득처분할 대상이다. 한편, 조사청은 2017.8.16. OOO대한 통합조사를 개시한 이후에 OOO등에 대한 주식변동조사(관련세목 : 증여세)를 2017.10.25.부터 2018.1.31.(조사중지기간 : 2017.12.9.～2018.1.16.)까지 실시하였고, OOO대한 증여세 고지세액이 없는 것으로 세무조사 결과 통지를 한 바가 있다. (2) OOO3층 사무실(이하 “서울사무실”이라 한다)을 두고 OOO 계열사 26개 법인이 함께 입주하여 법인 구분없이 업무를 수행하는데, 청구법인의 회장, 임원진, 본사의 총무부와 재경부 직원의 인건비와 이들의 복리후생비 등 판매관리비를 청구법인이 대부분 부담하였으나, 이는 각 계열사별로 매출액 기준으로 안분하여야 할 비용으로 청구법인이 과다 부담한 OOO(이하 “쟁점인건비 등”라 한다)은 손금불산입 대상이다. (3) 청구법인이 특수관계가 있는 주식회사 OOO및 주식회사 OOO들로부터 정당한 사유없이 매출채권(이하 “쟁점매출채권”이라 한다)을 지연 회수하여 이와 관련한 인정이자 OOO지급이자 OOO을 익금산입하거나 손금불산입할 대상이다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.31. 심판청구를 하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 조사청은 당초 OOO대한 주식변동조사시에는 쟁점리스임대주택을 운용리스 유형자산으로 봄이 타당하다고 조사 종결하였다가 동일한 자료와 특별한 사정 변화도 없었음에도 불구하고, 청구법인에 대한 법인통합조사시에는 쟁점리스임대주택에 대하여 금융리스자산으로 보아 법인세 등을 과세처분 하였으나, 다음과 같은 사정을 살펴보면 쟁점리스임대주택은 운용리스로 처리하는 것이 타당하다. (가) 일반기업회계기준에 따르면, 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상의 대부분을 이전하는 리스는 금융리스로 분류하고, 반면 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상의 대부분을 이전하지 않는 리스는 운용리스로 분류하며, 리스를 운용리스로 할 것인지 금융리스로 할 것인지는 리스실행일에 분류되고, 추정의 변경이나 상황의 변경에도 한번 선택한 리스는 특별한 사정이 없는 한 분류를 변경하지 않는다. 구체적으로 리스임대주택을 금융리스로 보는 경우에는 소유에 따른 위험과 보상 비용, 예를 들어 자산소유에 따른 취득세·재산세 등의 각종 제세공과금, 자산의 하자보수비용·관리비용·수선충당금, 화재보험료 등 리스자산의 구입, 등록, 유지 사용 및 등록 말소, 파손, 자산손실 등과 관련하여 리스료에 포함되지 않는 제비용과 제세공과금(과태료, 범칙금 포함)등을 사실상 소유주로서 임차인이 부담하는 경우라 할 것이다. (나) 쟁점리스임대주택의 경우 조사청의 주장대로 금융리스자산이라면 임차인이 부담하여야 할 비용(취득세, 재산세, 특별수선충당금, 화재보험료, 손해보험료, 강화마루보상금 등 각종 하자보수비용 등)을 모두 OOO전부 부담하였고, 쟁점리스임대주택은 기본적으로 10년 임대기간 종료 후 분양전환되는 민간건설 임대주택으로 임대의무기간 2분의 1경과시 분양전환 가능한 특약조건이 있어 최소 5년 임대기간 종료 후 분양전환 할 수 있는 등, 내용연수(50년)에 비하여 임대의무기간(5년)이 차지하는 비율이 매우 낮아 준공시점인 2012년 이후 줄곧 운용리스로 분류하여 회계처리하였다. (다) 쟁점리스임대주택이 일반기업회계기준의 금융리스자산으로 분류하는 각 항목별 기준에 해당하는지 살펴보면, 다음과 같이 금융리스자산의 분류기준에 해당하지 않는 반면, 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상의 대부분을 이전하지 않는 운용리스 분류기준에 부합한다. 1) ‘리스기간 종료시 또는 그 이전에 리스자산의 소유권이 리스이용자에게 이전되는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 당초 계약시 소유권 이전 약정계약이 없어서 종료 시나 그 이전에 임대차 계약을 해지할 수도 있고, 5년 임대종료 후 소유권이전 계약으로 이어질지는 계약당시 신뢰성 있게 예측할 수 없으므로 이 항목에 해당하지 않는다. 2) ‘리스실행일 현재 리스이용자가 염가매수선택권을 가지고 있고, 이를 행사할 것이 확실시 되는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 분양전환가는 의무임대기간 종료 후 분양전환시점 감정평가를 실시하여 감정평가금액과 분양전환조건가액 중 낮은 금액으로 결정되고, 즉 분양전환일 기준 감정평가금액에 따라 분양전환가가 최종 결정되므로, 분양전환조건가격으로 임차인이 분양전환을 신청할 수 있을지 여부는 임대개시일에 알 수 없으며, 실제로 리스실행일 이전에 100여건이 넘는 세대가 계약을 해제하는 등 리스실행일에는 염가매수선택권을 행사할 것이 확실시 되지 않아 이 항목에 해당하지 않는다. 3) ‘리스자산의 소유권이 이전되지 않을지라도 리스기간이 리스자산 내용연수의 상당부분을 차지하는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 최소 의무임대기간 5년은 임대주택의 내용연수 50년의 10%에 불구하여 상당부분(75%)을 차지하지 않아 이 항목에 해당하지 않는다. 4) ‘리스실행일 현재 최소리스료를 내재이자율로 할인한 현재가치가 리스자산 공정가치의 대부분을 차지하는 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 당해 임대주택의 최소리스료의 현재가치는 극히 미미하여 공정가치의 대부분(90%)에 미달하여 이 항목에 해당하지 않는다. 5) ‘리스이용자만이 중요한 변경 없이 사용할 수 있는 특수한 용도의 리스자산인 경우’에 해당하는지를 살펴보면, 일반인 누구나 임차계약을 하면 이용할 수 있는 용도로 특수한 용도의 리스자산에 해당하지 아니하여 이 항목에 해당하지 않는다. (라) 덧붙여 임대후 분양 목적으로 임대주택을 건설·임대·분양하여 임대차성격과 건설·분양 성격을 동시에 가지고 있는 경우 회계처리 방법이 무엇인지에 대한 질의에 금융감독원(2006-105, 2006.12.31.)은 “질의는 해석[56-90(임대주택건설사업자의 임대후 분양주택에 관한 회계처리]의 적용대상이 아니며 리스회계처리준칙에 따라 회계처리하는 것이 타당하고, 본 질의의 경우 운용리스로 회계처리 하는 것이 타당하며 임대주택은 운용리스자산으로 임대보증금 총액은 별도의 부채로 계상하는 것이 타당하다”고 답변하였다. 사정이 비슷한 OOO등도 임대주택을 운용리스자산으로 분류하고 있는 등, 이러한 유권해석과 업계 관행에 따라 OOO쟁점리스임대주택을 준공시점에 운용리스로 분류하여 계속하여 운용리스자산 처리하였던 것이다. (마) 조사청은 OOO주식의 순손익가치 평가시 쟁점리스임대주택의 감가상각비OOO를 부인하여 이를 각 사업연도소득에 가산하였으나, 순손익액은 「법인세법」제14조 에 따른 ‘각 사업연도소득’을 기준으로 계산한 것으로「법인세법 시행규칙」 별지 제3호 서식의 ‘법인세과세표준 및 세액조정계산서’ (107)란의 금액을 말하며(국세청 상속증여-105, 2013.5.9. 참조), 법인에 대한 법인세 경정으로 각 사업연도 소득금액이 변동이 생긴 때에는 법인세 경정으로 인한 소득금액으로 계산하는 것으로(‘상속증여세법 기본통칙’ 63-56...10), 즉 순손익가치의 소득금액에 감가상각비 부인액을 반영하기 위해서는 OOO대한 쟁점리스임대주택 분류 오류로 인한 법인세경정고지가 선행되고 난 후 그 금액을 순손익가치 소득금액에 반영할 수 있는 것이나, OOO대한 위법한 중복조사에 해당하기 때문에 OOO법인세 경정고지는 생략한 채, 감가상각비가 「상속세 및 증여세법 시행령」제56조 제4항 제1호의 가산항목도 아님에도 불구하고, 적법한 절차없이 소득금액에 가산하여 순손익가치를 평가한 중대한 잘못이 있다. (바) 조사청의 2015.8.20. 기준 OOO1주당 평가액 OOO당시 동일업종의 대기업 상장주식의 1주당 평균시세 OOO것에 비하여 약 129배에 이르러 적정시세를 반영한 평가액으로 도저히 볼 수 없다. (사) 처분청의 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다. 1) 처분청은 금융감독원[해석 56-90]을 적용하여 쟁점리스임대주택을 금융리스자산으로 보아야 한다는 의견이나, 임대자산 OOO억원, 임대보증금 OOO억원, 국민주택기금 OOO억원인 경우에 부채비율(부채총액/자기자본)이 운용리스로 회계처리시 400%, 금융리스로 회계처리시 0%로 나타나므로 금융감독원[해석 56-90]은 기업의 재무건전성을 높이기 위하여 장기임대자산을 금융리스자산으로 분류하여 순액계상할 수 있도록 한 것으로 이는 공공건설임대주택의 회계처리에만 엄격하게 적용하여야 하는 것으로 국민주택기금의 융자를 받지 아니한 쟁점리스임대주택의 경우에는 동 해석의 적용대상이 아니다. 2) 설령 조사청의 의견처럼 금융감독원[해석 56-90]을 적용받는다고 하더라도 사업시행 단지별로 입주비율이 90% 이상인 조건은 임대개시 시점부터 충족하여야 하는데, 쟁점리스임대주택의 입주비율은 2012년 6월 임대개시 시점에 82%에 불과하여 금융리스로 회계처리할 수 없다. (2) 청구법인이 OOO등에게 쟁점주식을 양도한 거래에 대하여는 조사청이 OOO대한 세무조사시 이미 같은 세목, 같은 과세기간에 대하여 조사하였음에도 청구법인에 대한 세무조사시 위법하게 다시 조사한 것이므로 취소되어야 한다. (가) 쟁점주식을 거래한 경위는 다음과 같다. OOO창립 초기부터 OOO계열로부터 독립을 목표로 OOO브랜드를 론칭하고 2014년부터 대대적인 광고선전을 하는 등 독립성장을 추진하였으나, 광주광역시에 기반을 두고 있는 OOO계열사로 분류되어 2015년부터 상호출자제한기업집단에 편입되었다. 상호출자제한기업집단 편입에 따라 각종 공시의무 발생 및 소규모 법인에 대한 법정감사 등 다양한 정부기관의 규제로 아파트 사업을 원활하게 시행하기 위한 자금조달 등에 어려움과 불편함이 발생하여이의 해소와 위에서 언급한 브랜드와 계열사의 실질적·경제적인 완전한 독립이라는 두 가지 목적 달성을 위하여 OOO계열 주주들과의 지분정리와 연대보증, 자금거래 관계 해소가 필수적인 상황이었다. 당시 이러한 지분 정리과정에서 독립적으로 사업을 할 수 없는 비주력법인인 OOO주식을 OOO등이 취득하게 되었다. (나) 조사청은 OOO대한 법인통합조사시 OOO주식변동에 대한 1차 세무조사를 다음과 같이 실시하였다. 1) 조사청은 쟁점주식 거래에 대하여 특수관계인 간의 저가거래 혐의로 조사선정하여, OOO대한 법인통합조사를 하면서 주주들의 주식변동에 대하여 2017.8.16.부터 2018.1.31.까지 2개의 조사팀이 2차례에 걸쳐 세무조사를 중지.재개 반복하면서 무려 168일 동안이라는 긴 기간 동안 여러 관점에서 면밀히 조사하였다. 조사청은 청구법인과 특수관계인인 OOO등에게 쟁점주식을 낮은 가액으로 거래한 혐의에 대하여 조사선정하여, 주식변동조사 착수와 동시에 동 주식가액을 평가하기 위하여 2015년 8월 회계법인이 작성한 OOO주식가치평가보고서, 평가일 가결산자료와 주식매매계약서 등 쟁점주식거래 관련한 자료를 요청하였고, 청구법인 등은 이들 자료를 전산과 서류로 제출하였다. 한편, 쟁점주식의 거래는 특수관계인 간의 매매거래로서「상속세 및 증여세법」상 평가액이 높게 평가될 때, 양도자가 법인일 경우에는 그 법인에게 법인세가, 양수인에게 법인의 소득처분으로 인한 기타소득세가 과세되고, 양도자가 개인인 경우에는 양도인은 양도소득세가 양수인은 증여세가 부과되는 것으로 마치 놀이기구 시소와 같이 한 쪽 양도인에게 법인세와 양도소득세가 부과된다면 반대쪽 양수인에게는 소득세와 증여세가 한 세트 형태로 부과된다. 2) 조사청은 2017.10.25. “법인정기조사관련 관련인 주식변동조사”를 조사사유로 하여 쟁점주식을 취득한 OOO등에 대하여 증여세 세목조사로 분류하여 세무조사를 실시하면서 OOO분양계약서’, ‘분양금 수령내역’, ‘분양진행내역’ 등을 제출 요구하여 청구법인 등은 동 자료를 전산과 서류로 제출하였다. 조사청이 OOO등을 별도의 증여세조사 대상으로 선정한 사유는 쟁점주식의 양도일 당시 주식평가가액이 OOO원인 경우 쟁점주식 거래와 관련한 주주들의 당초 신고는 적법하여 과세할 수 없으므로, 미성년자인 OOO등에게 「상속세 및 증여세법」제42조의3 에 따른 ‘재산 취득후 재산가치 증가에 따른 이익의 증여’ 규정으로 과세할 수 있는지를 추가로 검토하기 위한 것으로 보인다. 그 근거는 쟁점주식의 평가가 잘못되었다면, 청구법인 등에게 2017.8.16.∼2017.10.25.(70일) 기간 동안 실시한 주식변동조사만으로도 양수인 OOO 등에게 기타소득세와 증여세를 부과하기에 충분하고 적법하기 때문이다. 한편, 조사청은 2018년 1월에 인사이동하였고, 이에 따라 조사팀장 및 조사담당자가 교체되어 청구법인 등은 새로운 조사반에 앞서 조사받은 사항에 대하여 또 다시 중복하여 설명을 하였다. 3) 조사청은 2018.1.18. OOO등에 대한 증여세 과세여부에 대한 과세사실판단 자문위원회를 개최하고 주식 평가에 문제가 있어 재계산할 필요가 있으나, 납세자들은 일반인이 획득할 수 없는 OOO향후 개발이익, 성장가능성 및 경영상태 등에 대한 내부정보를 이용하여 쟁점주식을 취득한 것으로 볼 수 있으므로 증여세 부과가 타당하다는 사유로 납세자 의견을 불채택하여 통보하였다. 4) 이에 조사청은 2018.1.22. 증여세 주식변동조사 관련하여 쟁점주식의 주식평가의 문제점을 발견하고자 “OOO민간임대아파트 계약체결 및 대금납부내역(엑셀)”, “OOO민간공공임대아파트 계약조건 및 계약서 사본 샘플 3부”, “OOO민간공공임대아파트의 운용리스 회계처리 근거자료” 등의 자료를 청구법인 등으로부터 제출받고, 쟁점리스임대주택을 운용리스로 회계처리한 것에 대하여 금융리스로 처리할 수 없는지 면밀히 조사하였으나, 금융리스로 처리하는 것은 적법하지 않다고 내부 결정하여 2018.2.12. 쟁점주식의 거래에 대하여 저가거래의 혐의가 없다는 내용의 조사결과 통지를 하였다. (다) 조사청은 청구법인에 대한 법인통합조사시 OOO주식변동에 대한 2차 세무조사를 다음과 같이 실시하였다. 1) 조사청은 2018.5.16. 청구법인에 대한 법인통합조사(전부심층조사)에 착수하여 청구법인의 회계자료와 분양계약자료 등 방대한 수동자료와 전산자료를 사전통지 없이 예치하여 조사를 실시하면서 쟁점주식 평가에 관한 서류를 제출할 것을 요구하였고, 청구법인은 1차 세무조사시 고지세액이 없다고 통지받았기에 아무런 걱정없이 자료를 다시 제출하였다. 2) 조사청은 1차 세무조사와 달리 쟁점리스임대주택을 운용리스자산이 아닌 금융리스자산으로 보는 것이 타당하다고 보았다. (라) 중복조사 금지의 원칙과 관련한 세법 규정 및 대법원 판례의 입장은 다음과 같다. 1) 「국세기본법」제81조의4 는 제1항에는 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”라고 규정하는 한편, 같은 조 제2항에는 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다,”라고 규정하면서, 그 각 호에서 재조사가 허용되는 경우로 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 제65조 제1항 제3호 단서 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우, 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우, 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 들고 있다. 2) 최근 법원(대법원 2015.9.10.선고 2013두6206 판결, 대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 참조)은 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 「국세기본법」제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니라고 판시하여 뒤에 이루어진 세무조사결정통지 또는 세무조사가 중복조사금지의 원칙에 반하여 위법하다고 보는 등 금지되는 재조사의 범위를 폭넓게 인정하고 있으며, 반면 예외적으로 허용되는 재조사의 범위는 엄격하게 제한하여 해석하고 있다. 또한, 법원(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결 참조)은 증여세에 대한 후속 세무조사가 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료 등에 비추어 종전 세무조사와 실질적으로 같은 과세요건 사실에 대한 것에 불과할 경우에는, 구 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 판결하여, 비록 세무조사통지서상 조사대상기간이 종전세무조사와 후속세무조사가 다르다 할지라도 후속세무조사가 종전 세무조사와 실질적으로 같은 과세요건사실에 대한 것에 불과할 경우에는 위법한 중복조사에 해당한다고 보았다. 3) 2018.5.2. 국세청훈령 제2253호로 개정한 ‘조사사무처리규정’ 제12조 제3항에서는 “부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우 부분조사를 받은 부분에 대해서는 조사한 것으로 본다.”고 규정하면서 부분조사를 제외한 부분에 대한 전부조사는 적법하다는 점을 명시하였다. 즉 납세의무자의 어느 세목의 과세기간의 특정 항목에 대하여 부분조사를 실시한 경우 추후 납세의무자의 그 과세기간에 대한 동일세목 조사를 하기 위해서는 당초 실시하였던 부분조사를 제외한 부분에 한하여 세무조사를 할 수 있는 것으로 하는 반면 뒤에 이루어진 조사가 앞서 실시한 부분조사를 포함하여 전부조사를 하는 것은 위법한 재조사에 해당한다고 한 것이다. (마) 청구법인에 대한 법인세통합조사시 쟁점주식의 거래에 대한 조사는 부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우로 이는 재조사에 해당한다. 1) 법인통합조사란 통합조사대상 과세기간에 주식변동사항에 대한 탈루혐의가 있는 경우에는 주식변동조사를 동시에 실시하는 것으로서(국세청 ‘조사사무처리규정’ 제50조 제2항) 당초 OOO에 대한 세무조사사전통지서에 조사대상세목 ‘통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 모든 세목)’, 조사대상기간 ‘2015.1.1.∼2015.12.31.’으로 쟁점주식의 거래에 대한 주식변동조사를 포함하여 법인세통합조사를 실시하였고, 168일이라는 조사기간 대부분의 시간을 쟁점주식의 거래에 있어서 주식평가가액의 적법여부와 과세여부를 판단하는데 쏟았음을 앞서서 살펴보았다. OOO법인통합조사시 쟁점주식의 거래에 대한 주주들의 주식변동조사가 동시에 실시되었다는 것은 조사청과 다툼이 없는 사안으로, 이러한 주식변동조사가 청구법인의 부분조사에 해당하는지는 이 건에서 매우 중요한 사안으로 다음과 같은 사정을 보면, 주식변동조사는 청구법인의 OOO주식거래에 대한 부분조사에 해당한다는 것을 넉넉히 이해할 수 있다. 2) 국세청 훈령 제2253호 ‘조사사무처리규정’ 제3조 제17호에는 “주식변동이란 출자, 증자, 감자, 매매, 상속, 증여, 신탁, 주식배당, 합병, 전환사채ㆍ신주인수권부사채ㆍ교환사채ㆍ기타 유사한 사채의 출자전환(전환ㆍ인수ㆍ교환 등) 등에 따라 주주 또는 출자자가 회사에 대하여 갖는 법적지위권 또는 소유지분율 및 소유주식수ㆍ출자지분이 변동되는 것을 말한다.”규정하고 있고, 같은 조 제30호에는 “주식변동조사란 제17호에 정한 주식변동 과정에서 관련 주주 및 해당 법인의 제세 탈루 여부를 확인하는 세무조사를 말한다.”고 규정하고 있다. 또한 국세청 훈령 제2270호 ‘상속세 및 증여세 사무처리규정’ 제39조에서 “주식변동조사는 조사대상 주주의 납세지관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다”고 규정하고 있고, 같은 규정 제40조 제1항에 주식변동조사 대상자의 선정 사유로 “법인세조사 중 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우(2호), 상속세 및 증여세를 조사결정할 때 상속 또는 증여받은 주식과 관련하여 해당 법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우(3호), 주식변동과 관련한 각종 세금을 누락한 혐의가 발견되어 해당법인의 주주에 대한 주식변동조사가 필요한 경우(4호)”로 규정하고 있는 것으로 보아 주식변동조사의 조사대상은 기본적으로 주주임을 알 수 있다. 한편 세무조사의 조사방법으로 전부조사와 부분조사가 있는데 ‘전부조사’란 조사대상 과세기간의 신고사항에 대한 적정 여부를 전반적으로 검증하는 세무조사를 말하고(조사사무처리규정 제3조 제24호), ‘부분조사’란 「국세기본법」 제81조의11 제1항 및 제2항에 따른 통합조사 또는 세목별조사에 의하지 아니하고 특정 사업장, 특정 항목?부분 또는 거래 일부 등에 한정하여 적정 여부를 검증하는 세무조사를 말한다고 규정하고 있으며, 「국세기본법 시행령」제63조의 12 부분조사의 사유로 “법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래한 구체적인 혐의가 있는 경우로서 해당 혐의에 대한 확인이 필요한 경우”를 규정하고 있다. 따라서 위 규정을 종합하여 비추어 보면 주식변동조사의 경우 조사대상은 주식변동과정에서 관련 주주의 탈루여부를 확인하는 세무조사로서 주주를 조사대상으로 하는 것이며 조사방법으로는 특정항목 또는 거래 일부에 한정하여 적정여부를 검증하는 세무조사인 부분조사로 볼 수 있다. 즉 청구법인은 쟁점주식의 거래에 대한 특수관계인간의 저가양도 혐의에 대한 부분조사를 이미 받았다고 확정 할 수 있다. 3) 최근에는 과세관청도 법인통합조사에서 주식변동조사를 실시하는 경우 업무지침에 따라 조사착수와 동시에 주주를 법인조사대상자와 동일하게 조사대상자로 보아 ‘납세자권리헌장’과 ‘청렴서약서’를 징취하고 조사관련 준수사항을 안내하고 있으며, 게다가 얼마 전까지 주식변동조사 서면확인조사가 있었으나, 서면확인 결과 실지세무조사로 이어질 경우 또는 주주들에 대한 세목별조사를 실시하는 경우 위법한 중복조사 문제가 발생하므로(서울고법 2017.11.15. 선고 2017누40145 판결 참조), 2018년 1월 이후에는 주식변동 서면확인조사를 삭제하였다. 이러한 점은 주식변동조사는 주주를 조사대상으로 하는 조사임을 반증하는 것으로, 상기 판결의 영향이 국세행정 조사업무를 변화시켰다고 볼 수 있으며, 금지되는 재조사의 범위를 폭넓게 인정하고 있는 반면 예외적으로 허용되는 재조사의 범위는 엄격하게 제한하여야 한다는 점을 사법부와 국세청 모두 인식하고 있는 정황이다. (바) 조사청은 OOO등이 청구법인으로부터 쟁점주식을 저가로 취득한 혐의에 대하여 위법한 중복조사에 해당한다고 보아 증여세 과세자료를 통보하지 아니하였다. (사) 처분청의 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다. 1) 조사청은 청구법인과 OOO(사주 OOO아버지)에 대하여는 주식변동과 관련하여 자료를 요구하거나 별도의 조사대상자로 선정하여 세무조사를 실시하지 아니하였다는 의견이나, 「국세기본법」제81조의11 및 ‘조사사무처리규정’ 제50조에서 법인의 세무조사는 사업과 관련하여 신고ㆍ납부의무가 있는 세목에 대하여 통합조사를 실시함을 원칙으로 하며, 법인에 대한 통합조사를 실시함에 있어 조사대상 과세기간에 주식변동사항이 있는 경우에는 주식변동조사를 동시에 실시하도록 하고 있다. 이를 근거로 조사청은 법인의 조사대상 과세기간에 주식변동사항이 있는 경우 그 법인에 대하여 법인통합조사로 조사대상과 조사방법을 선정한 후 세무조사사전통지를 법인에게만 하고 주식변동조사 대상자인 주주들에게는 개별적인 세무조사사전통지 등 일반적인 세무조사 절차를 생략한 채 주주에 대한 주식변동조사를 동시에 실시하고 있다. OOO재경부 회계담당자의 ‘사실확인서’에 의하면, 조사청의 조사반장은 2017.8.16. 조사 착수 날에 서울사무실에 내방하여 OOO법인세 조사대상 사업년도에 청구법인과 OOO이 특수관계자인 OOO등에게 OOO주식을 매우 낮은 가액으로 거래한 혐의가 있으므로 이 부분 주식거래에 대한 확인은 반드시 하여야 한다고 하면서 ‘주식가치평가보고서’와 ‘평가일 가결산자료’, ‘주식매매계약서’, ‘청구법인 매도가능증권 전표내역’, ‘양도대금 입금통장 사본’, ‘OOO양도세신고서’ 등 쟁점주식을 양도한 주주들의 신고자료와 평가자료를 요청하였고 청구법인 등은 이들 자료를 전산과 서류로 제출하였음을 알 수 있는바, 어떠한 자료제출 요구나 질문 등을 한 적이 없다는 조사청의 주장은 사실과 다르다. 한편, OOO등의 경우와 같이 법인통합조사와 관련하여 관련인 주식변동조사를 별도로 선정하여 실시 할 수 있는데, 이 경우는 주식변동 조사대상 과세기간이 법인통합조사의 과세기간과 다르거나 그 기간을 연장하기 위한 경우, 주주에 대한 자금출처조사, 기왕의 주식변동 주주와 다른 증여세 조사 등, 주식거래 이외의 부분을 폭넓게 조사 할 필요가 있는 경우에는 법인통합조사와 별도로 조사대상자를 추가 선정하여 주식변동조사를 실시하는 것이다. 조사청이 OOO등을 별도의 증여세조사로 선정한 사유는 쟁점주식의 양도일 당시 주식평가가액이 OOO원인 경우 쟁점주식의 거래 관련하여 청구법인 등의 당초 신고는 적법하여 과세할 수 없으므로, 미성년자인 OOO등이 「상속세 및 증여세법」제42조의3 에 따른 ‘재산 취득후 재산가치 증가에 따른 이익의 증여’규정이 적용하여 증여세를 과세하기 위한 것으로 동 규정에 의하면 증여시기가 2016년으로 법인세통합조사의 조사대상기간 2015년과 다르므로 조사대상자를 별도로 선정한 것에 불과하다. 결국, 과세기간을 달리하는 등 특별한 사정이 없는 한 법인통합조사와 같은 과세기간에 주식변동 사항이 있는 경우 그 주식거래에 대하여는 개별주주에게 사전통지 없이 주식변동조사를 시행하고 있는 것이 대부분의 실무 관행이며, 이와 달리 청구법인과 OOO대한 주식변동조사를 하지 않고 법인통합조사를 하였다는 특별한 사정에 대하여는 조사청이 이를 입증하여 증명하여야 하나, 단지 세무조사선정이 안되었다는 주장 뿐 특별한 사정을 입증할 증거자료는 부족하다. 2) 조사청은 OOO등의 자금출처와 양수가액 조사를 위하여 조사대상자 선정하여 이 부분 주식변동조사만 하였다는 주장이나, OOO등의 주식거래금액은 각각 OOO매우 적은 금액으로, 조사청이 자금출처 조사할 만한 금액이 아니며, 쟁점주식의 적법한「상속세 및 증여세법」상 평가가액이 결정되면 양도자나 양수자의 주식가액이 결정되므로 별도로 양수자의 양수가액을 선정하기 위하여 조사 선정할 이유가 없어 보이므로 자금출처와 양수가액 조사를 위해 조사대상자 선정하였다는 조사청의 주장은 신빙성이 부족하다. (3) 조사청이 쟁점주식의 거래를 부당하게 저가로 거래하였다고 보아 법인세 및 증권거래세에 부정과소신고가산세를 더하여 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다. (가) 부정행위로 과소신고한 경우에 해당하기 위해서는 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우에 해당하여야 하고, 또한 국세 납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것이다(대법원 2013.11.28. 선고 2013두12362 판결, 대법원 2015.1.15. 선고 2014두11618판결 등 참조). 이러한 사기나 그 밖의 부정한 행위는 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐, 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작, 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작, 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다. (나) 쟁점주식의 거래로 인한 청구법인의 법인세 신고가 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위에 해당하는지 살펴보면, 단지 리스임대주택을 무엇으로 볼 것인지의 여부에 따라 주식평가금액이 차이가 난 결과 법인세 과세에 이른 것으로, OOO입장에서는 2012년 리스실행일에 운영리스자산으로 판단되어 적법하게 회계처리한 사항으로 오히려 납세자가 그 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있어 가산세를 부과할 수 없다고 보아야 한다. 심지어 조사청 내부에서도 1차 세무조사시와 2차 세무조사사시 무엇으로 볼 것인가의 논란이 발생한 사안에 대하여 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위인 부정과소신고가산세를 과세한 처분은 너무 과한 처분으로 더 나아가 살펴볼 필요 없이 취소되어야 한다. (4) 쟁점인건비 등은 청구법인 소속 직원이 청구법인 고유의 업무를 위해 지출한 비용으로 이를 공동경비로 보아 매출액총액 기준으로 안분하여 손금 부인하여 과세한 처분은 위법하다. (가) 공동경비란 여러 법인 소속 직원들이 공동의 목표를 이루기 위해서나, 공동 조직을 운영함에 따라 지출되는 비용, 예를 들면, 그룹 전체 홍보를 위한 광고선전비, 임차료·관리비·사무용품비 등 공동조직을 유지 관리 운영하는 비용, 동일한 프로젝트를 공동으로 수행하면서 지출되는 비용 등을 말하는 것이다. 반면 여러 법인에 소속되어 급여를 동시에 받고 있거나, 파견직원이 소속회사의 업무를 주업무로 수행하고 부수적으로 다른 계열법인의 업무를 도와주는 정도는 공동경비 안분대상으로 보기는 어렵다. (나) 본사 재무부와 총무부의 직원들은 아래 ＜표1＞과 같이 각 계열법인에서 파견 온 직원으로 각자 소속회사의 업무를 고유업무로 하고, 그 대가를 소속회사에서 급여로 지급받았음에도 불구하고, 청구법인 소속 재무부와 총무부 파견직원의 급여와 판매관리비 전액을 동일한 사업을 공동으로 운영하여 발생하는 공동경비로 본 위법이 있으며, 다른 계열법인에서 파견 온 직원 소속회사의 매출액을 또 다시 매출액총액에 포함하여 청구법인의 매출액 안분비율을 계산하였는바, 이 또한 합리적인 안분계산이 되지 아니하였다. ＜표1＞ 연도별 본사 재무부와 총무부 파견직원 현황 (다) 설령, 쟁점인건비 등이 공동경비에 해당한다고 가정하더라도 매출액총액 안분계산시 급여를 지급한 다른 계열법인의 매출액은 모집단에서 제외하여 계산한다. 임원 OOO아래 ＜표2＞와 같이 다른 계열법인들의 임원으로 소속되어 각 계열법인의 소속이사로서 그 직책에 대한 고유업무의 대가로 급여를 동시에 각각 지급받았음에도 불구하고, 청구법인이 지급한 급여액만을 동일한 사업을 공동으로 운영하는 공동경비로 본 위법이 있다. 즉 OOO에게 급여를 지급하고 있는 다른 계열 법인인 OOO매출액을 또 다시 매출액 총액에 포함하여 청구법인의 매출액 안분비율을 계산한 후 초과부분을 손금부인하였는바, 합리적인 안분계산이 되지 아니하였다. ＜표2＞ 임원 OOO급여내역 (단위 : 백만원) (5) 청구법인의 매출채권 지연회수는 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키려는 의도가 없었으므로 부당행위계산부인에 해당하지 않으며, 회수지연 매출채권은 업무와 무관한 비용에 해당하지 않으므로 지급이자 손금불산입 대상이 아니다. (가) 청구법인은 발주처(도급자)와 도급계약을 체결한 후 동 계약에 의해 공사를 진행하여 수익을 창출하는 종합건설업을 영위하는 법인으로 속칭 발주처가 갑이며 청구법인은 을의 관계에 있다고 볼 수 있다. 2013년부터 다른 관계회사를 통하여 아파트 도급계약을 체결 후 성실히 시공업무를 수행하여 왔으며, 그에 따른 대금 수령 또한 성실히 진행해 왔으나, 2015년 후반부터 청구법인 입장에 갑의 지위에 있는 발주처의 자금사정이 어려워져 공사대금을 부득이하게 지연 수령하게 된 것으로 다른 관계회사에게 이익을 분여할 목적은 전혀 없었으며, 이익을 분여한 적도 없다. 통상적인 건설업체 운영상 도급자와의 관계에서 대금지급이 지연되는 경우가 동업계의 관행으로 청구법인은 최대한 빠른 시일내에 자금을 회수하고자 노력하였으며, 관계회사로부터 미수령한 금액도 없다. 단순히 건설업계의 관행상 분양아파트라는 특성이 있어 시행사(발주처)의 분양여부에 따라 대금수령이 다소 늦어진 것일 뿐 특별한 목적이나 의도가 있어서가 아니나, 이와 달리 건설업계의 특성을 고려하지 않고 상품 제조업체나 도매업체와 동일하게 매출채권 지연회수에 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키려는 의도가 있다고 본 처분청의 처분은 매우 가혹하다. (나) 쟁점매출채권은 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당하지 않는다. 법인이 특수관계 있는 자와의 거래에서 발생된 외상매출금 등의 회수가 지연되는 경우로서 당해 매출채권이 실질적인 소비대차로 전환된 것으로 인정되는 때에는 업무와 관련 없는 가지급금으로 보는 것이나, 거래상대방의 자금사정 등으로 불가피하게 그 회수가 지연되는 등 매출채권의 회수가 지연되는 데 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는 업무와 관련 없는 가지급금으로 보지 아니하고(국심 2002중3021, 2003.4.10, 같은 뜻임), 지급이자 손금불산입 규정인 「법인세법」 제28조 는 차입금이 특수관계자에 대한 업무무관자금대여 등에 사용되지 아니 하도록 함으로써 그 자금이 기업고유의 운영자금으로 운용되도록 하는데 그 규정취지가 있다 할 것이므로 지급이자에 대한 손금불산입 규정을 적용함에 있어서 업무와 직접 관련 없이 지급한 가지급금 등이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 말한다 할 것이다(국심 2006서2546, 2008.1.30., 같은 뜻임). 이 건에서 처분청은 쟁점매출채권이 업무와 직접 관련이 없는 자금의 대여액으로 보았으나, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점매출채권은 청구법인이 을의 지위에서 아파트 분양시기로 인한 시행사의 일시적 자금사정에 따른 부득이한 지연회수이고, 도급계약을 계속 유지하기 위한 불가피한 것이며, 쟁점매출채권을 미회수한 적도 없으며, 쟁점매출채권이 자금의 대여액도 아니므로, 쟁점매출채권을 업무와 관련 없이 지급한 가지급금으로 본 것은 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) 처분청이 쟁점리스임대주택을 금융리스자산으로 보아 쟁점주식을 주당 OOO으로 평가하여 과세한 처분은 정당하다. (가) 금융감독원은 1999.12.29. [해석56-90]을 통하여 금융리스 및 운용리스로 분류하는 기준을 제시하고 있고, 회계연구원 질의회신 02-197 ‘임대주택자산에 대한 회계처리’(2002.11.26.)에 의하면 민간건설임대주택도 [해석56-90]에 따라 회계처리하도록 되어 있다. [해석56-90]이 나온 배경은 공공건설임대주택의 경우 분양률과 관련하여 불확실한 요소가 많고, 염가매수선택권 여부가 불확실하여 공공건설임대주택사업자가 경제적 실질상 금융리스임에도 불구하고 운용리스로 분류하여 부채비율이 왜곡되는 현상을 개선할 목적으로 제정된 것으로 그 기준이 상당히 엄격하다고 할 수 있다. (나) [해석56-90]에서 임대주택을 금융리스자산으로 분류하는 조건은 ① 사업시행 단지별로 입주비율이 90%이상일 것, ② 임대개시 시점 또는 대차대조표일 현재의 당해 임대주택의 공정가액(감정평가금액 또는 주위시세)과 산정가격 중 낮은 가격이 입주자 모집 시점의 당해 주택가격보다 높을 것이다. 1) 쟁점리스임대주택은 2012.12.31. 입주율이 아래 ＜표3＞과 같이 지속적으로 90%를 초과하였으므로 조건 ①이 충족되었다. ＜표3＞ 쟁점리스임대주택의 연도별 입주율 현황 2) 쟁점리스임대주택은 공정가액(감정평가금액 또는 주위시세)이 없고, 산정가격과 입주자 모집 시점의 주택가격을 비교하여 볼 때 표준건축비가 2008년 12월부터 2016년 6월 동일한 금액으로 확인되어 결국 택지비 이자만큼 산정가격이 주택가격보다 높은 것을 알 수 있으므로 조건②가 충족되었다. 또한, 실무적으로는 표준건축비는 일반적으로 상승하므로 조건②는 특별한 사유가 없으면 충족하며 따라서 조건①의 충족 여부에 따라 금융리스자산 해당 여부가 결정된다. (다) 쟁점리스임대주택은 다음과 같은 이유로 임차인에게 염가매수선택권이 있어 금융리스자산으로 보아야 한다. 1) OOO로부터 공공건설임대주택 건설용지를 분양받아 임대주택을 건설한 것으로 일반 분양에 비해 OOO억원의 용지비용을 절감하여 저렴한 분양가로 공급하였다. 2) 입주자 모집 공고 및 임대차계약서에도 임대의무기간 5년 후 감정 평가하여 분양전환금액과 감정가액 중 적은 금액으로 분양한다. 3) 입주자 모집시 각종 보도자료에도 “저렴한 확정분양가, 내 집 마련의 꿈, 5년 후 시세차익도 임차인 것” 등으로 홍보하였다. 4) 내부 문서에도 ‘분양현황, 분양률’ 등으로 기재하여 사실상 분양 현장으로 인식하였다. 5) 입주자 모집 당시 부동산 가격은 계속 상승하는 추세였으며, 기준시가도 해마다 오르고 있고, 실제로도 2017년말 분양전환율이 97%에 이르렀다. 쟁점리스임대주택의 84.99㎡ 기준층 확정분양가는 OOO이나 2018년 실거래가는 최저 OOO에서 최고 OOO으로 확인되므로 확정분양가가 상대적으로 저렴한 것임을 알 수 있다. 6) 국토연구원이 발표하는 부동산시장소비심리지수를 살펴보면, 2015년 8월 수도권 주택매매시장의 소비심리지수는 138.9로서 이는 상승국면 2단계에 해당하는 수치로 주택가격이 향후 상승할 것임을 예상할 수 있다. 또한, 청구법인 측에서 자료를 제공해 주지 않아 정확한 수치는 확인할 수는 없으나, 입주자 대부분이 확정분양가로 계약하였을 것으로 추정된다. 입주자가 임대보증금을 초과하는 비용을 지불하면서 확정분양가로 계약하였다는 것은 추후 분양을 받을 의사를 명확히 표현한 것이라 볼 수 있어 임대 시점에 임차인에게 소유권이 이전된 것임을 알 수 있다. (라) 청구법인은 금융감독원 질의회신(2006-105, 2006.12.31.) ‘임대아파트에 대한 회계처리’를 근거로 민간건설 임대아파트의 경우 운용리스로 회계처리하는 것이 타당하다고 주장하나, 해당 질의회신의 경우 염가매수선택권이 없는 경우에 대한 것이므로 쟁점리스임대주택에 대하여는 적용할 수 없다. (마) 청구법인은 소유에 따른 위험과 보상비용을 OOO부담하였으므로 쟁점리스임대주택을 운용리스자산이라고 주장하나, 자동차리스의 경우를 예로 들어 보면, 리스이용자는 리스료 외에 별도의 자동차세, 보험료 등을 전혀 부담하지 않음에도 불구하고 자동차판매 회사에서는 일정기간 후에 리스이용자에게 염가로 소유권이전 특약이 있는 경우 리스자동차를 금융리스로 분류한다. 즉, 리스료에 제세공과금 및 제비용이 포함된 것으로 이해한다면 비록 임차인이 재산세, 화재보험료 등을 부담하지 않았더라도 사실상 임차인에게 염가매수선택권이 주어졌다면 금융리스자산으로 분류하는 것이 타당하다. (2) 청구법인은 OOO법인통합조사시 주주변동에 대한 부분조사가 실시되어 중복조사 금지의 원칙에 위배되었다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 중복조사에 해당하지 아니한다. (가) 중복조사에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려해야 하는바(대법원 2017.12.13. 선고 2015두3805 판결), OOO법인통합 조사시 주식변동에 대하여 조사한 것은 주식 양수자인 OOO등에 대한 자금출처 및 양수가액 적정여부 등 판단을 통한 증여세 과세가 목적이므로 청구법인과 직접적인 관련이 없고, 청구법인에 대한 법인통합 조사의 경우 특수관계인에게 자산을 저가로 양도한 부당행위에 대해 법인세 경정하고 소득 귀속자에게 소득처분하는 것을 조사내용으로 하고 있어 청구법인에 대한 법인통합 조사와 OOO주식변동조사는 조사대상자, 세목, 조사 내용을 달리 규정하고 있을 뿐만 아니라 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용 등을 종합적으로 보더라도 중복조사라고 할 수 없다. (나) 일반적으로 법인통합 조사시 조사대상 과세기간에 주식변동사항에 대한 탈루혐의가 있는 경우에는 주식변동조사를 동시에 실시하고 있으나 이 경우에는 조사대상자를 별도로 추가 선정하여 사전통지 등 일반적인 세무조사 절차에 따라 세무조사를 진행한다. 청구법인은 당초 OOO통합조사 및 주식변동 조사시 양도자인 청구법인에 대해 부분조사가 실시되었다고 주장하나, 쟁점주식의 양수자 이외의 주주에 대하여 추가로 조사대상자 선정 및 조사한 이력은 없고, 청구법인에게 어떠한 자료제출 요구나 질문 등도 한 적이 없어 청구법인에 대해 부분조사가 있었다는 주장은 타당하지 않다. (다) 청구법인은 조사청이 OOO등에 대하여 위법한 중복조사에 해당되어 증여세 과세자료를 통보하지 않았다고 주장하나, 조사청은 조사대상자가 아닌 OOO등에 대하여는 관할관서에 과세자료(증여세 과세가액 OOO억원)를 2018.10.18. 통보하였다.즉, 당초 OOO통합조사시 실시한 주식변동 조사에서 양수자 OOO등에 대하여는 이미 조사대상자로 선정하여 증여세 조사를 실시하였기 때문에 청구법인에 대한 통합조사시 OOO등에 대해서는 조사 및 일체의 자료제출 요구 등을 실시하지 않았고, 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 OOO등이 OOO주식을 청구법인 및 조부 OOO으로부터 저가양수한 사실이 확인됨에 따라 이들에게 소득금액변동통지 및 증여세 탈루혐의에 대하여 관할 관서에 과세자료를 통보한 것이다. (3) 청구법인은 쟁점주식 양도와 관련된 일련의 행위들이 다음과 같은 이유에서 사기 기타 부정한 행위에 해당한다. (가) OOO최고 경영자로서 법인의 자산이 부당하게 유출되는 것을 막아야 할 임무가 있음에도 오히려 자신의 아들들을 위하여 쟁점주식을 사실상 무상으로 양도하게 함으로써 청구법인에 손해를 끼치는 행위를 하였다. 청구법인이 보유하던 쟁점주식은 합리적인 사유없이 OOO자녀들에게 양도 되었으며 법인이 양도대가로 얻은 금액은 OOO만원이고, 양도로 인한 처분 손실은 장부상 손실액만 OOO만원이다. 합리적인 법인이라면 주식가치 상승이 명백히 예견된 상황에서 「상속세 및 증여세법」상 평가액이 OOO이라 하여 계열사 주식을 사실상 무상으로 양도하지는 않았을 것이며 직전 및 향후 손익가치와 미래가치를 합리적으로 평가하여 주식가액을 산정하는 등 가격결정과정에서 조금이라도 더 받기위해 여러 가지 노력을 하였을 것이고, 수입금액이 수백억, 영업이익이 수십억에 달하는 계열법인의 법인의 주식을 주당 OOO양도하는 것은 사회통념상 받아들이기 어려우며 이와 같은 비정상적인 거래는 OOO개인적인 지시 없이는 불가능한 것이다. 회사 임직원들 역시 법인의 입장이 아닌 사주의 입장에서 주식 이동 자료를 검토하고 회의하였고, 회의자료에는 ‘순자산가치로 평가하는 것이 유리하다’고 되어 있는데 이는 평가액이 낮을수록 유리한 주식 양수자인 OOO자녀들의 입장에서 작성된 것으로 임직원들이 사주 OOO일가에게 유리한 양도가액을 회의하고 결정한 것임을 알 수 있다. 이러한 행위는 그룹의 지배자인 OOO적극적인 의도와 지시 없이는 불가능한 것으로 조세를 포탈할 의도를 적극적으로 드러내는 행위에 해당한다. (나) OOO자신의 주식가치를 회계법인으로 하여금 평가하게 하고 이를 청구법인에게 제공한 행위는 그룹의 사주인 OOO의 지시 없이는 일어날 수 없는 것으로 이는 조세포탈의 의도가 있는 것이다. OOO주주들 간의 주식 매매거래시 가격결정은 이해관계가 대립하는 양도자와 양수자간에 합리적인 과정을 거쳐 결정될 사항으로, 이 과정에서 양도자는 한푼이라도 더 받기 위하여 순자산가치 뿐 아니라 과거 손익, 영업권, 향후 미래가치, 회계법인 실사자료 등을 제시하기 마련이고, 양수자 역시 그러한 자료의 적정여부를 검토한 후 가격조정 과정을 거쳐 최종적으로 매매가격이 결정 되는 것이 상식이다. 또한, 통상적으로 주주간에 주식을 매매함에 있어 주식발행법인이 자기주식가치를 회계법인에 평가 의뢰하고 그 평가액을 양도자에게 제공하는 경우는 있을 수 없음에도 OOO주식 양수도 가액을 산정하기 위하여 가결산까지 하여 주식평가를 하였을 뿐 아니라 청구법인에 제공해 주었다. 이러한 일련의 행위는 특수관계인이기 때문에 가능한 것이고, 사주 OOO적극적인 의도나 지시 없이는 일어날 수 없는 거래로 사기 기타 부정한 행위라는 것을 보여주는 것이다. (다) 쟁점주식 양도 당시 이미 쟁점주식은 가치 상승이 예정되어 있었으며, OOO역시 이 사실을 충분히 인지하고 있었다. OOO청구법인 임직원들은 쟁점주식의 양도 당시 쟁점주식이 자본잠식이 벗어난 상태로 2년 4개월 뒤에는 OOO억원의 분양전환 이익이 발생될 것을 알고 있었으며, 실제 OOO2년 만에 2017년 매출액 OOO영업이익 OOO을 실현하였다. (라) OOO리스회계처리가 추후 세무조사시 문제가 될 것이라고 인지하고 있었다. 서울사무실 재경부 직원의 컴퓨터에서 발견된 ‘회계팀 사장님 회의자료’ 폴더 내에 있는 ‘회의자료_150826’에는 “부동산 가액 비율에서 세무당국과 이견이 있을 수 있다”고 되어 있으며, 이견이 있을 수 있는 부분은 리스임대자산 뿐이다. (마) OOO쟁점주식 양도와 관련하여 주식 가치가 없어 특별한 이유 없이 자녀들에게 양도하였다고 진술 한 바 있으나 OOO장래 주가 상승이 확실히 예정 되어 있는 법인이며, OOO결정에 따라 계열사 간의 매출액과 영업 이익이 얼마든지 조정 가능하다. OOO계열사의 매출액과 영업이익을 결정할 수 있는 지위에 있으며, 내부문건에 의하면 그룹 내에서 시행사, 시공사는 선정.변경이 가능하며 공동수주방식을 통하여 특정 계열사에 일감 몰아주기도 가능한 것으로 확인되었다. 이는 OOO의지에 따라 특정 계열사의 매출액과 영업이익을 조정할 수 있다는 것을 의미하는 것으로, 실제로 OOO2014년말 매출 OOO억원으로 OOO14개 계열사 중 매출 순위 7위였으나 쟁점주식 양도 후인 2017년말 매출 OOO억원으로 27개 계열사 중 매출 순위가 3위로 확인된다. (바) 쟁점주식은 회계법인의 주식평가가 이루어지기도 전에 이미 양도된 것으로 쟁점주식의 양도는 2015.8.20.에 이루어졌으나, 회계법인 OOO의 주식평가보고서는 2015.8.25.에 작성되었으므로 주식 평가가 이뤄지기 전 이미 주식가치를 OOO원으로 책정한 것임을 알 수 있다. (사) 회계법인 OOO이 작성한 쟁점주식에 대한 주식평가서류는 신뢰하기 어렵다. 1) OOO내부자료인 ‘회계법인 관리방침’에 의하면, 회사의 요구사항 등에 대하여 역행하는 회계법인은 과감히 교체한다는 내용의 확인되어 회계법인 OOO최고경영자인 OOO의사에 반하는 행동을 할 수 없었다. 2)회계법인 OOO2013∼2015년까지 OOO으로부터 OOO억원의 외부감사수수료를 받았을 뿐 아니라, 쟁점주식을 평가한 직후 OOO직원들과 함께 야유회를 갔던 점, 2018년 1월에도 OOO세무조사와 관련하여 수임하지 않았음에도 자문을 하였으며 그 내용도 세무조사를 방해하는 민원제기, 사후관리를 회피하기 위한 관할 이관 등 부적절한 내용인 점 등으로 보아 OOO이해관계를 같이하고 있는 회계법인임을 알 수 있다. 3) 회계법인 OOO임차인에게 염가매수선택권이 있는 쟁점리스임대주택을 금융리스로 회계처리 하여야 함에도 운용리스로 잘못 회계 처리 하였으며, 감사보고서에도 공공건설임대주택에 적용하는 회계기준원 [해석56-90]을 인용하여 마치 쟁점리스임대주택이 공공건설임대 주택이어서 운용리스를 적용한 것처럼 보고하였다. 또한, 외부 감사인으로서 리스임대부동산에 대하여 매년 염가매수권이 있는지 판단하여 입주비율 등을 주석으로 기재하여야 함에도 감사 보고서에 그러한 내용이 전혀 없을 뿐 아니라, 주식평가서류 역시 리스임대부동산에 대한 구체적인 사항이 기재되어 있지 않았다. (아) OOO계열사의 매출액을 조정하여 OOO매출액과 영업이익을 높일 수 있는 위치에 있으며 OOO분양전환이익 수백억원이 몇 년 내 확정적으로 발생할 것을 알면서도 청구법인으로 하여금 자신의 자녀들에게 쟁점주식을 저가에 양도하게 하여 법인에게는 손해를, 자녀들에게는 막대한 이익을 분여하였다. 쟁점주식은 사주의 자녀들에게 넘겨줄 가치가 있는 주식이었고, 실제로 쟁점주식의 가치는 이 건 주식 양도 후 2년 4개월 만에(2017년말 현재) OOO만원이 넘은 사실을 보면, 결과적으로 사주의 미성년 자식들은 단돈 OOO원으로 아버지의 계열사의 주식을 취득하게 됨으로써 부의 무상 세습이 가능하게 되었다. 또한, 이 과정에서 쟁점주식을 저가로 평가하기 위하여 부적정한 회계처리를 적정한 것처럼 처리하였고 회사 임직원들 역시 OOO뜻에 따라 법인의 이익이 아닌 OOO자녀들의 이익을 위하여 사전에 모의하였다. (4) OOO회장인 OOO급여에 대하여는 재계산이 필요하나 나머지 금액에 상당하는 쟁점인건비 등은 공동경비로 매출액 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다. (가) 청구법인은 쟁점인건비 등이 청구법인의 업무만을 수행함에 따른 비용이라고 주장하나, 아래의 조직표와 같이 해당 그룹의 회장의 총괄 아래 OOO이사는 그룹 내 모든 계열사 및 부서를 총괄하는 임원진이며 어느 특정법인이 아닌 동일업종인 건설업에 관련한 27개 계열사의 경영 등에 관한 의사결정에 참여하고 각 부서별로 조직된 계열사의 업무를 총괄 관리하고 있으므로 이는 「법인세법」 제48조 제4항에 따른 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영함에 따라 발생하는 인건비이다. 1) 청구법인이 2018.8.2. 세무조사시 제출한 자료에서도 ‘각 법인별로 지출된 직원급여에 대해서는 해당법인의 비용으로 전액 인정해 줄 것을 요청드립니다.’, “임원 급여에 대해서는 공통비 성격을 인정하여 공통비 안분대상에 포함하여 안분하는 것으로 해주시길 바라는 바입니다.”라고 입장표명한 것으로 볼 때 해당 임원들의 급여가 공동경비에 해당한다는 것은 청구법인에서도 인정하였다. 2) 건설업계 특성 상 비용을 절감하기 위하여 시행사와 시공사를 그룹 내에 다수 계열법인으로 설립한 후, 법인을 부서별로 통합하여 그룹으로 관리하고 실질적 업무수행은 개별 법인의 소속회사 직원들이 수행하도록 하며 그 관련 비용은 해당 법인의 손금으로 비용처리 한다고 하더라도, 총무부 및 재경부와 같이 그룹 내 전체의 업무를 수행하는 부서의 인건비 및 판매관리비를 청구법인에서 전액 부담하는 것은 당연히 공동비용으로 보아 안분계산하여야 할 대상이다. (나) 청구법인은 공동경비에 해당한다고 가정하더라도 급여를 지급한 청구 계열법인의 매출액은 모집단에서 제외하여 계산하여야 한다고 주장하나, 「법인세법」제48조 제1항 제2호 가목에는 직전연도 사업매출액 총액을 기준으로 초과부담분을 계산하도록 규정하고 있고, OOO외의 임원 중에는 다른 계열법인에서 급여를 지급받은 임원이 없으며, 수익·비용 대응원칙에 따라 청구법인을 포함한 다른 모든 계열사의 매출액을 합산하여 청구법인이 차지하는 매출액의 비율만큼을 손금으로 인정하고 초과부담분은 손금불산입 하는 것이 타당하다. 다만, 회장인 OOO타 계열법인에서 급여를 지급받고 있으므로 초과부담분 계산시 매출액 모집단에서 제외하여 계산하는 것이 타당하므로 청구주장을 인정하여 법인세를 경정할 예정이다. (다) 청구법인은 본사 재무부 및 총무부 파견직원은 소속회사의 고유업무를 담당하는 직원이므로 파견법인에서 지급받은 급여를 매출액 모집단에 포함하여 계산한 것은 잘못이라고 주장하나, 재무부와 총무부 파견직원인 OOO등 다른 소속 부서 직원들은 당초 공동경비 대상에 포함되지 않았을 뿐만 아니라 파견법인에서 지급받은 급여 또한 매출액 모집단에서 제외할 사유가 없다. (5) 청구법인은 쟁점매출채권의 지연회수가 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키려는 의도가 없으므로 부당행위계산부인 대상이 아니라고 주장하나, 다음과 같은 법리해석 및 사실관계를 검토 해 볼 때 쟁점매출채권의 지연회수는 부당행위계산부인 대상이다. (가) 청구법인의 채무자인 시행사는 PF자금 등을 통해 공사대금을 지급하는 것이 일반적인데, 2015년말 시행사의 특수관계법인에 대한 단기대여금은 OOO등으로 확인된다. 이는 시행사가 공사대금으로 사용하기 위하여 차입한 금액을 목적에 맞지 않게 관계회사에 대여 해 준 것으로서 분양실적 저조로 인하여 공사대금을 약정일에 지급하지 못한 것은 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다. 또한, 청구법인은 계약서 상 공사대금 지급 약정일이 지난 공사 미수금에 대하여 어떠한 채권 회수 및 채권 확보를 위한 노력도 없이 공사용역을 계속 제공하였으며, 대금지급이 지연된 경우 그에 대한 이자상당액 또한 수령한 내역이 없어 이는 특수관계 없는 자와의 거래일 경우와 비교해 볼 때 경제적 합리성이 결여 된 거래로 보는 것이 타당하다. (나)청구법인의 특수관계인 이외의 공사 거래내역은 관급공사 뿐으로 비교대상이 되는 비특수관계자 거래가 없는 상황으로 청구법인이 작성한 표준계약서 상 대금지급 기일은 14일 이내로 표기되어 있으나,「건설산업기본법」내지「하도급거래 공정화에 관한 법률」등에서 하도급 현금 결제 15일, 어음 결제기일을 60일 이내로 제한하는 규정의 취지, 일반적인 상거래 관행상 채권회수기일을 90일 이내로 계약 또는 인정하는 경우가 다반사인 점 등을 감안할 때, 계약서 상 14일을 그대로 채권회수기일 기준으로 삼기에는 청구 법인에게 가혹한 면이 있어 청구법인의 매출채권 평균회수기일을 90일로 산정하였으며, 청구법인의 매출채권 회수기일 기준을 90일로 정하는 것은 법률 등에 비추어 상관행상 기일을 청구법인에게 최대한 유리하게 해석하였다. (다) 한편 청구법인이 특수관계인로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 채권 상당액이 의무이행 기한내에 전부 회수되었다가 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 채권 상당액은 「법인세법」 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자는 손금에 산입하지 않는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점리스임대주택이 금융리스자산에 해당하여 쟁점주식을 순손익가치와 순자산가치의 가중평균의 방법으로 평가하여 과세한 처분의 당부 ② 쟁점리스임대주택이 금융리스자산에 해당한다고 하더라도 쟁점주식의 발행법인에 대한 법인통합조사와 쟁점주식을 양도한 청구법인에 대한 법인통합조사가 중복조사에 해당하여 위법하다는 청구주장의 당부 ③ 쟁점리스임대주택이 금융리스자산에 해당한다고 하더라도 쟁점주식의 양도가 부정행위에 해당하지 아니하므로 부정과소신고가산세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부 ④ 쟁점인건비 등이 계열법인들의 공동경비로 각 매출액 비율을 초과하여 부담한 금액을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부 ⑤ 특수관계법인에 대하여 매출채권을 특별한 이유없이 지연회수한 것으로 보아 인정이자 및 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 OOO등에게 쟁점주식을 양도할 당시(2015.8.20.)에 처분청과 청구법인의 쟁점주식 1주당 가액의 평가내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 순자산가치 산정내역 비교 (단위 : 원) 1) 처분청은 쟁점리스임대주택을 금융리스자산으로 보아 감가상각누계액 OOO대차대조표상의 순자산가액에 가산하였다. 2) 처분청은 순자산가치와 순손익가치 가중평균의 방법으로 1주당 가액을 산정함에 따라 영업권을 평가하여 자산에 가산한 반면에 청구법인은 부동산과다법인(80%)으로 순자산가치만으로 1주당가액을 산정함에 따라 영업권을 평가하지 아니하였다. 3) 청구법인은 OOO법인세부채를 대차대조표상의 부채총액에 차감하지 아니하였으나, 청구법인의 평가방법에 의하면 이를 감안하더라도 순자산가치는 OOO원이다. (나) 처분청은 쟁점리스임대주택이 금융리스자산에 해당하고 이에 따라 OOO부동산과다보유법인에 해당하지 아니하여 순자산가치와 순손익가치의 가중평균의 방법으로 쟁점주식을 평가하여야 한다고 보았으며, 이에 따라 산정한 쟁점주식의 순손익가치 내역은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 처분청의 순손익가치 산정내역 (단위 : 원) (다) 처분청은 쟁점리스임대주택이 금융리스자산이라는 증빙으로 다음과 같은 자료를 제출하였다. 1) 쟁점리스임대주택의 임대차계약서 유의사항 안내문(2011.9.15.)에는 임대조건이 아래 ＜표6＞과 같고, 의무임대기간의 2분의 1(5년)이 경과한 이후에 분양전환이 가능하며, 분양전환시 감정평가를 시행하여 분양전환금액과 감정평가액 중 낮은 금액을 적용하여 분양전환금액(매매금액)을 책정한다는 내용이 나타난다. ＜표6＞ 임대조건 내역 (단위 : 원) 2) 쟁점리스임대주택과 관련한 “OOO만원대 중반 확정분양가로 5년 후 시세차익은 덤”이라는 제목의 2009년 언론보도내용에는 ‘쟁점리스임대주택이 분양가만 싼 것이 아니라 이미 확정분양을 실시하여 5년 후 시세차익을 분양계약자가 누릴 수 있다’는 내용이 나타난다. 3) 쟁점리스임대주택과 관련한 “땅.세금.기금 퍼줬더니...‘꼼수’ 분양만 판쳤다”이라는 제목의 언론보도(2015.7.20.) 내용에는 ‘미래의 집값을 입주자모집 시점에 미리 결정해 놓고 돈을 주고받는 선물.옵션방식을 도입한 것으로 제도의 허점을 노린 임대의 탈을 쓴 사실의 분양이고, 공공임대주택 건설업체에 택지 조성원가보다 싸게 주택건설 용지를 제공하고 세금감면, 기금저리 대출 등 각종 지원을 한다. 쟁점리스임대주택의 경우 아파트 용지를 OOO을 싸게 취득하였고 이를 건설사와 입주민이 나눠 가졌다’는 내용이 나타난다. 4) 쟁점리스임대주택의 분양전환관 관련한 OOO내부보고자료(2018.1.23.)에는 ‘쟁점리스임대주택의 분양전환이 현재 진행되고 있고 분양전환율은 2017년말 기준 97% 정도이며 이에 따른 회계상 분양전환이익이 OOO정도로 추산된다. 2018년 3월말에 국세청에 신고가 되면 2016년 이후부터는 손실이 나게 되고 이에 따라 주식가치는 하락할 것이라는 주장에 대한 근거가 없게 된다.“는 내용이 나타난다. 5) 국세청 전산망에 나타난 쟁점리스임대주택의 실거래가조회 내역에 의하면, 2018년 1월부터 2018년 8월까지 기간 동안에 매매금액이 OOO인 것으로 나타난다. 6) 조사청 국세공무원과 OOO선임연구원 오@@와의 전화통화 내역(2018.6.25.)에는 ‘금융감독원 [해석56-90]과 관련하여 민간건설임대주택의 경우에도 특별한 해석이 필요하다고 생각하고, 사실상 소유권이 이전된 경우 또는 염가매수선택권이 부여된 경우에는 금융리스로 회계처리할 수 있다’는 내용이 나타난다. 7) 조사청은 공공택지를 분양받아 건설한 쟁점리스임대주택이 아래의 금융감독원[해석56-90] ‘임대주택건설사업자의 임대 후 분양주택에 관한 회계처리’(1999.12.29.)의 적용대상이라는 근거로 2004.3.17. 대통령령 제18315호로 개정된「임대주택법 시행령」을 제시하고 있는바, 동 법령에 따르면 공공건설임대주택에 공공택지에 건설.임대하는 주택도 포함된 것으로 나타난다. 8) 이외에도 2015년 7월 부동산시장 소비자 심리조사 결과 내역 등을 제시하고 있다. (라) 청구법인은 쟁점리스임대주택이 운용리스자산이라는 증빙으로 다음과 같은 자료를 제출하였다. 1) 금융감독원은 해석사례(2006-105, 2006.12.31.)에서 ‘민간건설 임대아파트는 [해석56-90]의 적용대상이 아니며 리스회계처리준칙에 따라 회계처리 하는 것이 타당하다. 본 질의의 경우 운용리스로 회계처리하는 것이 타당하며 임대주택은 운용리스자산으로 임대보증금 총액은 별도의 부채로 계상하는 것이 타당하다’고 회신한 것으로 나타난다. 2) OOO질의회신(2013-G-KQA008 임대주택자산에 대한 회계처리, 2013.5.24.)에 의하면, ‘ 「임대주택법 시행령」제2조 의 공공건설임대주택에 해당하는 공공사업에 따라 조성된 택지에 「주택법」제16조 에 따라 사업계획승인을 받아 건설하여 임대하는 주택은 [해석56-90] ‘임대주택건설사업자의 임대후 분양주택에 관한 회계처리’의 적용범위에 해당하지 않는다.’고 회신한 것으로 나타난다. 3) 회계법인 OOO의 확인서(2018.11.28.)에는 ‘쟁점리스임대주택은 리스시행일 현재 리스이용자가 염가매수선택권을 가지고 있고 이를 행사할 것이 확실시 되는 경우 등에 해당하지 아니하여 일반기업회계기준에 따라 운용리스로 분류함이 타당하다. 비교사례로 주식회사 OOO운용리스로 분류하고 있다.’는 내용이 나타난다. 4) OOO쟁점리스임대주택과 관련하여 잡금, 특별수선충당금 전입, 세금과 공과금, 지급임차료, 보험료, 지급수수료, 잡비 및 보상비 합계 OOO지출한 것으로 관련 증빙에 나타난다. 5) 쟁점리스임대주택을 신축한 2012년경 언론보도 내용에는 ‘쟁점리스임대주택 소재지인 김포시에 미분양이 늘었고, 수도권 아파트의 평균 매매가액이 하락하였다’는 내용이 나타난다. 6) 국토교통부의 실거래가 조회내역에 의하면, 2017년 하반기 쟁점리스임대주택의 거래가액은 최저 OOO만원에서 최고 OOO수준인 것으로 나타난다. 7) 이외에도 주택매매시장 소비심리지수와 관련한 OOO보도자료(2012.8.14.) 등을 제시하고 있다. (마) OOO은「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 제1호에 따른 외부의 감사인에 의한 회계감사를 받아야 하는 주식회사이고, 외부감사인에 의한 감사보고서에 의하면, 2014.12.31. 및 2015.12.31. 기준으로 리스임대주택토지 OOO리스임대주택 OOO으로 하여 OOO유형자산으로 계상한 것으로 나타나고, 외부감사인은 재무제표가 공정하게 표시하고 있다는 감사의견을 제시하였다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 「법인세법」 제43조 는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 원칙적으로 그 기업회계기준 또는 관행에 따라야 하는 것으로 규정하고 있다. 그리고, 우리나라의 일반기업회계기준에 의하면 금융리스 분류기준으로 ① 리스기간 종료시 또는 그 이전에 리스자산의 소유권이 리스이용자에게 이전되는 경우, ② 리스실행일 현재 리스이용자가 염가매수선택권을 가지고 있고, 이를 행사할 것이 확실시 되는 경우, ③ 리스자산의 소유권이 이전되지 않을지라도 리스기간이 리스자산 내용연수의 상당부분을 차지하는 경우, ④ 리스실행일 현재 최소리스료를 내재이자율로 할인한 현재가치가 리스자산 공정가치의 대부분을 차지하는 경우, ⑤ 리스용자만이 중요한 변경없이 사용할 수 있는 특수한 용도의 리스자산인 경우를 제시하면서, 이와 같은 금융리스 기준은 예시기준으로 동 기준을 충족한다고 할지라도 원칙적으로 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상이 리스이용자에게 대부분 이전되었는지 여부에 따라 금융리스 또는 운용리스로 분류하여야 하므로 리스자산의 소유에 따른 위험과 보상이 실질적으로 이전된 것이 아니라면 운용리스로 분류하여야 한다고 규정하고 있다. 그런데, 쟁점리스임대주택 취득시 제세비용, 특별수선충당금, 화재보험료, 손해보험료, 각종 하자보수비용 등을 OOO부담한 것으로 나타나는바 쟁점리스임대주택의 소유에 따른 위험과 보상을 대부분 OOO부담한 것으로 보이는 점, 쟁점리스임대주택의 임대차계약서 유의사항 안내 사본에 의하면 임대기간이 5년이 경과하는 경우 분양전환이 가능하고 임대조건 선택에 따라 분양전환가격은 분양전환시점의 감정평가금액으로 하거나 분양전환금액(당초 확정분양가)과 감정평가액 중 낮은 금액을 적용하여 매매금액을 책정하도록 되어 있을 뿐 리스실행일 현재 리스이용자가 분양전환할 것이 확실시된다고 볼 수 없는 점 등으로 볼 때 일반기업회계기준상 쟁점리스임대주택을 금융리스자산으로 보기는 어렵다고 판단된다. 또한 OOO대한 회계감사를 실시한 외부감사인은 운용리스로 회계처리한 쟁점리스임대주택에 대하여 공정하게 표시하였다는 감사의견을 제시한 점, 처분청은 2004.3.17. 대통령령 제18315호로 개정된「임대주택법 시행령」에서 공공택지를 분양받아 건설한 임대주택도 공공임대주택의 범위에 포함되었고 공공택지를 분양받아 건설한 쟁점리스임대주택도 공공임대주택으로 금융감독원[해석56-90]의 적용대상이라는 의견이나, OOO은 질의회신(2013-G-KQA008 임대주택자산에 대한 회계처리, 2013.5.24.)에서 공공택지를 분양받아 건설한 임대주택의 경우에는 [해석56-90]의 적용대상이 아니라고 회신한 점, 쟁점리스임대주택은 염가매수선택권의 유무 이외의 금융리스자산으로 분류하기 위한 다른 요건에 해당하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보더라도, 처분청이 쟁점리스임대주택을 금융리스자산으로 보아 한 이 건 법인세 과세처분 및 소득금액변동통지 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (2) 쟁점②와 쟁점③은 쟁점①이 인용되어 심리실익이 없으므로 이를 생략한다. (3) 다음으로 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. 1) 처분청은 OOO청구법인 소속 대상 임직원에 대하여 계열사의 매출액 비율로 안분계산하여 아래 ＜표7＞과 같이 쟁점인건비 등을 업무무관비용으로 손금부인하였다. ＜표7＞ 사업연도별로 손금부인한 쟁점인건비 등 내역 (단위 : 원) 2) 처분청은 이 건 심판청구가 된 이후에 OOO이 급여를 수령한 계열법인들을 제외한 후 청구법인의 초과부담액을 재계산하여 아래 ＜표8＞과 같이 법인세를 환급하였다. ＜표8＞ 사업연도별 손금산입 및 법인세 환급금액 내역 (단위 : 원) (나) 청구법인은 서울사무실 파견직원들 중에 청구법인 소속 이외의 직원들의 급여도 공동경비로 보아 이를 안분계산하여 손금부인하였다는 주장이나, 처분청이 제시한 안분대상 직원명세에 의하면 청구법인 소속 직원들만을 대상으로 공동경비로 보아 안분계산한 것으로 나타난다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」제48조 제1항 제2호 가목에는 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 비출자공동사업자 사이에 특수관계가 있는 경우에는 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 봄)에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니하는바, OOO26여개의 계열사를 두고 있어 관계회사들의 업무를 조정하고 지원하는 공동업무를 수행하는 임직원들이 필요하였던 것으로 보이는 점, 처분청이 제시한 OOO조직도 등에 의하면 최소한의 범위에서 공동업무를 수행하는 직원들을 선정한 것으로 보이는 점, 처분청은 청구법인 소속직원 중에 공동업무를 수행하는 직원들만을 대상으로 매출액 비율로 안분계산하여 초과부담분만 손금부인한 점, OOO회장인 OOO경우에는 계열법인으로부터 받은 급여를 제외하여 청구법인의 초과부담액을 재계산하여 앞 ＜표7＞과 같이 법인세를 환급한 점 등에 비추어, 처분청이 서울사무실의 인건비 및 판매관리비 중에 공동경비에 해당하는 부분에 대하여 매출액 기준으로 안분하고 이를 초과하는 쟁점인건비 상당액을 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (4) 마지막으로 쟁점⑤에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. 1) 청구법인과 시행사와의 도급계약서 상 공사대금의 지급일은 기성 청구일(기성검사 완료일)로부터 14일 이내로 규정되어 있으며 기성금 지급을 지연하는 경우에는 그 미지급금액에 대하여 지연 이자율을 적용하여 산출한 이자를 가산하여 지급하도록 규정되어 있다. 2) 각 시행사는 청구법인의 기성청구에 대하여 당일 또는 7일이내 대금을 지급하는 비율이 상당히 높은 편이나 시행사의 자금 사정에 따라 14일을 초과하여 대금을 지급하는 경우도 다수 확인되며, 청구법인이 기성금 지급 지연에 대한 지연이자를 수취 및 계상한 내역은 없다. 3) 청구법인의 공동주택 등의 건설은 전부 특수관계법인과의 거래로서 특수관계 없는 자와의 거래는 관급공사 이외에 없으며, 관급공사의 경우 대금지급일이 기성청구일로부터 평균 2일 이내로 확인되고 민간건설공사와 그 성격이 달라 매출채권 적정 회수 기간의 비교 대상으로는 적정하지 않다. 4) 시행사인 주식회사 OOO등에 대한 매출채권 중 90일 이상 지연회수한 금액에 대하여 아래 ＜표9＞와 같이 가지급금 인정이자 및 이에 상당하는 차입금 지급이자를 손금부인하였다. ＜표9＞ 사업연도별 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금부인 내역 (단위 : 천원) (나) 청구법인은 쟁점매출채권의 지연회수가 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키려는 의도가 없었으므로 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니하고 회수지연 매출채권은 업무와 무관한 비용에 해당하지 아니한다고 주장하나, 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙제시가 없다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」제52조 , 같은 법 시행령 제88조 제1항에서 ‘법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우''''''''라 함은 당해 법인이 행한 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻한다고 할 것이므로, 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 부당행위계산에 해당하는 것은 아니라 하겠고(대법원 1996.7.12. 선고 95누7260 판결 참조), 업무무관 가지급금과 관련한 「법인세법」제28조 제1항 제4호 나목, 같은 법 시행령 제53조 제1항은 특수관계에 있는 자에게 ‘명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금을 대여한 경우 그 금액’에 해당하는 차입금의 지급이자에 대하여 손금불산입하도록 규정하고 있고, 여기에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함된다고 할 것인바(대법원 1992.11.10. 선고 91누8302 판결 참조), 청구법인과 시행사와의 도급계약서 상 공사대금의 지급일은 기성 청구일(기성검사 완료일)로부터 14일 이내로 규정되어 있으며 기성금 지급을 지연하는 경우에는 그 미지급금액에 대하여 지연 이자율을 적용하여 산출한 이자를 가산하여 지급하도록 규정되어 있는 점, 그럼에도 불구하고 처분청은 90일 이상 지연회수한 쟁점매출채권에 대하여만 가지급금 인정이자와 지급이자를 손금부인한 점, 청구법인은 쟁점매출채권의 지연회수가 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키려는 의도가 아니라고 볼 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매출채권에 대하여 인정이자를 계산하여 익금에 산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것) 제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다. 1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액. 다만, 부정행위로 과소신고( 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조 , 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 그 금액과 부정행위로 인하여 과소신고된 과세표준 관련 수입금액에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다. ⑦ 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 계산과 그 밖에 가산세의 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세범처벌법(2014.1.1. 법률 제12172호로 개정된 것) 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다. 1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취 3. 장부와 기록의 파기 4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐 5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작 7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위 (3) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다. ④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. 제81조의11(통합조사의 원칙) ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다. ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있다. 1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우 2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우 3. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 “부분조사”라 한다)를 실시할 수 있다. 1. 제45조의2 제3항, 「소득세법」 제156조의2 제5항 및 제156조의6 제5항, 「법인세법」 제98조의4 제5항 및 제98조의6 제5항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 제51조 제1항에 따른 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우 2. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우 3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우 4. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우 5. 명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우 6. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ④ 제3항 제3호부터 제6호까지에 해당하는 사유로 인한 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다. 제81조의12(세무조사의 결과 통지) 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 세무조사 내용 2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 (4) 법인세법 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 인건비 2. 복리후생비 3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비 4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비 5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액 제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) 가. 제27조 제1호에 해당하는 자산 나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 국세기본법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26066호로 개정된 것) 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. (6) 국세기본법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28644호로 개정된 것) 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우 3. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. 제63조의12(부분조사 사유) ① 법 제81조의11 제3항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법인이 주식 또는 출자지분을 시가보다 높거나 낮은 가액으로 거래하거나 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 각 목 및 같은 항 제8호의2의 자본거래로 인하여 해당 법인의 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여(分與)하거나 분여받은 구체적인 혐의가 있는 경우로서 해당 혐의에 대한 확인이 필요한 경우 2. 무자료거래, 위장ㆍ가공 거래 등 특정 거래 내용이 사실과 다른 구체적인 혐의가 있는 경우로서 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급한 조사가 필요한 경우 (7) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인( 「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융회사등이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다) ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다. 1～3. 생략. 4. 「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 법인의 주식등 제55조(순자산가액의 계산방법) ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. ③ 제1항을 적용할 때 제59조 제2항에 따른 영업권평가액은 해당 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제54조 제4항 제1호·제3호 또는 제4호에 해당하는 경우 (8) 법인세법 시행령 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제3항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다. 1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산 가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 “건축물”이라 한다) 나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품 다. 선박 및 항공기 라. 기계 및 장치 ⑤ 제1항을 적용할 때 자산을 시설대여하는 자(이하 이 항에서 “리스회사”라 한다)가 대여하는 해당 자산(이하 이 항에서 "리스자산"이라 한다) 중 기업회계기준에 따른 금융리스(이하 이 항에서 “금융리스”라 한다)의 자산은 리스이용자의 감가상각자산으로, 금융리스외의 리스자산은 리스회사의 감가상각자산으로 한다. 제48조(공동경비의 손금불산입) ① 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율 2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직·사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준 가. 비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수·구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다. 제53조(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다. 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 (9) 임대주택법 시행령(1994.9.13. 대통령령 제14381호로 개정된 것) 제2조 (건설임대주택의 종류) 법 제2조 제2호의 규정에 의한 건설임대주택의 종류는 다음 각호와 같다. 1. 공공건설임대주택 : 국가 또는 지방자치단체의 재정으로 건설하거나 국민주택기금에 의한 자금을 지원받아 건설하여 임대하는 주택을 말한다. 2. 민간건설임대주택 : 제1호 외의 건설임대주택을 말한다. (10) 임대주택법 시행령(2004.3.17. 대통령령 제18315호로 개정된 것) 제2조 (건설임대주택의 종류) 법 제2조 제2호의 규정에 의한 건설임대주택의 종류는 다음 각호와 같다. 1. 공공건설임대주택 : 다음 각목의 1에 해당하는 주택 가. 국가 또는 지방자치단체의 재정으로 건설·임대하는 주택 나. 주택법 제60조 의 규정에 의한 국민주택기금(이하 "국민주택기금"이라 한다)의 자금을 지원받아 건설·임대하는 주택 다. 공공사업에 의하여 조성된 택지(이하 "공공택지"라 한다)에 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설·임대하는 주택 2. 민간건설임대주택 : 제1호외의 건설임대주택을 말한다. (11) 법인세법 시행규칙(2011.2.28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것) 제13조(금융리스의 범위) 영 제24조 제5항에서 "기획재정부령으로 정하는 금융리스"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우의 자산의 시설대여(이하 "리스"라 한다)를 말한다. 1. 리스기간(계약해지금지조건이 부가된 기간과 명시적인 계약해지금지조건은 없으나 실질적으로 계약해지금지조건이 부가된 것으로 볼 수 있는 기간을 모두 의미하며, 기간 종료시점에서 계약해지금지조건이 부가된 갱신계약의 약정이 있는 경우에는 그 약정에 따른 기간을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 종료시 또는 그 이전에 리스이용자에게 해당 리스의 자산(이하 이 조에서 "리스자산"이라 한다)의 소유권을 무상 또는 당초 계약시 정한 금액으로 이전할 것을 약정한 경우 2. 리스기간 종료시 리스자산을 리스실행일 현재 취득가액의 100분의 10 이하의 금액으로 구매할 수 있는 권리가 리스이용자에게 주어진 경우 또는 동 리스자산의 취득가액의 100분의 10이하의 금액을 갱신계약의 원금으로 하여 리스계약을 갱신할 수 있는 권리가 리스이용자에게 주어진 경우 3. 리스기간이 별표 5 및 별표 6에 규정된 리스자산의 자산별·업종별(리스이용자의 업종에 의한다)기준내용연수의 100분의 75이상인 경우 4. 리스실행일 현재 최소리스료를 기업회계기준에 의하여 현재가치로 평가한 가액이 당해리스자산의 장부가액의 100분의 90이상인 경우 5. 리스자산의 용도가 리스이용자만의 특정 목적에 한정되어 있고 다른 용도로의 전용(轉用)에 과다한 비용이 발생하여 사실상 전용이 불가능한 경우 (12) 조세특례제한법 시행규칙(2011.4.7. 기획재정부령 제204호로 개정된 것) 제3조의2(금융리스의 범위) 영 제3조에서 "기획재정부령으로 정하는 금융리스"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우의 자산 대여(이하 "리스"라 한다)를 말한다. 1. 리스기간[계약해지금지조건이 부가된 기간(명시적인 계약해지금지조건은 없으나 실질적으로 계약해지금지조건이 부가된 것으로 볼 수 있는 기간을 포함한다)을 말하며, 기간 종료시점에서 계약해지금지조건이 부가된 갱신계약의 약정이 있는 경우에는 그 약정에 따른 기간을 포함한다. 이하 이 조에서 같다] 종료 시 또는 그 이전에 리스이용자에게 해당 리스의 자산(이하 이 조에서 "리스자산"이라 한다)의 소유권을 무상 또는 당초 계약 시 정한 금액으로 이전할 것을 약정한 경우 2. 리스기간 종료 시 리스자산을 취득가액의 100분의 10 이하의 금액으로 구매할 수 있는 권리가 리스실행일 현재 리스이용자에게 주어진 경우 또는 취득가액의 100분의 10 이하의 금액을 갱신계약의 원금으로 하여 리스계약을 갱신할 수 있는 권리가 리스실행일 현재 리스이용자에게 주어진 경우 3. 리스기간이 「법인세법 시행규칙」 별표 5 및 별표 6에 규정된 리스자산의 자산별ㆍ업종별(리스이용자의 업종에 의한다) 기준내용연수의 100분의 75 이상인 경우 4. 리스실행일 현재 최소리스료를 기업회계기준에 따라 현재가치로 평가한 가액이 해당 리스자산의 장부가액의 100분의 90 이상인 경우 5. 리스자산의 용도가 리스이용자만의 특정 목적에 한정되어 있고, 다른 용도로의 전용(轉用)에 과다한 비용이 발생하여 사실상 전용이 불가능한 경우 (13) 주식회사의 외부감사에 관한 법률(2014.5.28. 법률 제12715호로 개정된 것) 제2조(외부감사의 대상) 직전 사업연도 말의 자산총액, 부채규모 또는 종업원수 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 주식회사(이하 "회사"라 한다)는 재무제표(연결재무제표를 작성하는 회사의 경우에는 연결재무제표를 포함한다)를 작성하여 주식회사로부터 독립된 외부의 감사인(이하 "감사인"이라 한다)에 의한 회계감사(이하 "감사"라 한다)를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사는 그러하지 아니하다. 1. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 공기업 또는 준정부기관으로 지정받은 주식회사 중 주권상장법인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 회사 2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 주식회사 (14) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 시행령(2014.11.28. 대통령령 제25791호로 개정된 것) 제2조(외부감사의 대상) ① 법 제2조에 따라 외부의 감사인에 의한 회계감사(이하 “외부감사”라 한다)를 받아야 하는 주식회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사로 한다. 1. 직전 사업연도 말의 자산총액이 120억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립시의 자산총액이 120억원 이상인 주식회사를 말한다) (15) 일반기업회계기준 제13장 리스(한국회계기준원 회계기준위원회 2014.6.27. 의결)