조심2012부4323 (2013.12.30)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.7.1. 설립되어 철도차량, 플랜트건설, 중기(전차 등) 제작을 영위하는 법인으로 OOO가 청구법인에 위탁연구형태로 수행한OOO이 탑재된 유도무기 추진시스템(이하 “추진시스템”이라 한다) 개발과 관련하여, 2007.10.11.러시아 모스크바 소재 OOO(이하 “러시아 법인”이라 한다)와 추진시스템 개발 계약OOO을 체결하였고,

청구법인이 2008사업연도 법인세 신고시 OOO의 위탁개발용역을 수행함에 따라 2008년에 발생한 비용 OOO원(러시아 법인에게 지급한 대가

OO,OOO,OOO,OOO원과 나머지

OOO,OOO,OOO원으로 구성되어 있고, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 신고한 후, 2012.3.30. 쟁점금액이 「조세특례제한법 시행령」 별표 6에서 규정하고 있는 ‘공동연구개발을 수행함에 따른 비용’에 해당한다고 보아,

「조세특례제한법」 제10조

에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받아야 한다는 취지로 2008사업연도 법인세 OOO원에 대해 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2012.5.7.～2012.5.8. 청구법인에 대한 현장확인을 실시한 결과, 내국법인이 국가기관(OOO)으로부터 위탁받은 연구개발용역을 수행하기 위하여 해외의 사업자와 시스템개발계약을 체결하고, 그 해외의 사업자에게 기술도입대가로 지불한 비용은

「조세특례제한법」제10조

에 따른 세액공제를 적용받을 수 없다고 보아, 2012.6.27. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 수행하고 있는 방위산업의 경우 정부로부터 연구용역을 수탁받는 형태로만 연구개발을 해야하는 산업의 특수성이 존재하는바, 정부로부터 위탁받은 연구개발활동을 수행함에 따라 발생한 비용에 대해서도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다. 청구법인의 경우 OOO와의 수탁계약상 최종적인 납품 및 품질검사의 주체를 청구법인으로 명시하고 있어 청구법인이 계약상 연구개발의 책임을 부담하고 있을 뿐만 아니라, 납품지연 및 제작 결함에 따른 손해발생시 청구법인이 지체상금을 부담하기 때문에 연구개발의 위험 역시 청구법인이 부담하고 있다.

(2) 고도기술개발에 있어서는 선진국의 원천기술을 기반으로 새로운 연구개발 활동을 수행하는 것이 일반적인 관행인바, 청구법인은 OOO로부터 위탁받은 한국형 추진시스템을 개발할 목적으로 러시아 법인과 쟁점계약을 체결하여 공동연구개발을 수행하였으므로 러시아 법인에게 지급한 비용은 단순한 기술도입대가가 아니라 공동연구개발비로 봄이 타당하다.

(가) 청구법인의 한국형 추진시스템 개발과 관련하여 OOO로부터 엔진시제개발용역을 위탁받아 개발용역을 추진하되, 청구법인은 추진시스템과 관련한 기술이 국내에 충분히 축적되어 있지 않아 국내에서 독자적으로 개발하기에는 비용과 시간이 과다하게 소요되는 점을 고려하여 정부와의 협의하에 2007.11.10. 러시아 법인과 쟁점계약을 체결하여 한국형 추진시스템을 공동으로 개발하기로 하였고, 쟁점계약을 체결하게 된 배경은 국내보다 앞선 기술력을 보유하고 있는 러시아 법인의 원천기술을 바탕으로 러시아 법인의 추진시스템보다 높은 성능(소형화 및 고속화)을 발휘할 수 있는 새로운 추진시스템을 개발하되, 개발용역을 의뢰한 OOO, 개발용역을 수탁한 청구법인, 청구법인과 공동개발계약을 체결한 러시아 법인 3자간에 지속적인 연구개발 협의를 통해 OOO에서 요구하는 한국

형 추진시스템이라는 새로운 무기체계를 공동으로 개발하기 위함이었다.

(나) 러시아 법인과 체결한 공동연구개발계약은 일반적인 무기체계의 연구개발절차에 있어 아래 <표1>과 같이 탐색개발단계에 해당되는 과정으로서, 청구법인이 본격적인 양산을 하기 위해서는 꼭 필요한 필수적 연구개발활동이다.

OOOOOOOOOO

1) 선행연구는 방위력개선사업을 위한 무기체계 등의 소요가 결정된 경우에 방위력개선사업의 추진방법 결정을 위해 당해 무기체계에 대한 연구개발의 가능성ㆍ소요시기 및 소요량, 국방과학기술수준, 방위산업 육성효과, 기술적ㆍ경제적 타당성, 비용 대비 효과 등에 대해 조사ㆍ분석하는 연구(

「방위사업법」제17조

)를 말하고, 응용연구는 선행(기초)연구 기술을 실험실 환경 하에서 군사적 응용 타당성과 실용성을 입증하는 연구(한국방위산업학회 제18권 제2호)를 말한다.

2) 탐색개발은 무기체계의 핵심부분에 대한 기술을 개발(필요한 경우 그 기술을 검증하기 위한 시제품을 제작하는 경우를 포함)하고, 기술의 완성도 및 적용가능성을 확인하여 체계개발단계로의 진행 여부를 판단하는 단계(

「방위사업법」 시행규칙 제10조

)를 말하고, 체계개발은 무기체계를 설계하고, 그에 따른 시제품을 생산하여 시험평가를 거쳐 양산에 필요한 국방규격을 완성하는 단계이며, 양산은 체계개발단계를 거쳐 개발된 무기체계를 양산하는 단계를 말한다.

(다) 쟁점계약은 계약의 성격상 개발업무를 분담한 공동연구개발계약으로 봄이 타당한바, 계약의 대상(Subject Matter of the Contract)에 대하여 보면, 개념설계(Technical Assignment ; TA), 기본설계(Sketch Design ; SD), 상세설계(Working Design ; WD)에 대해 러시아 법인의 기존 기술을 바탕으로 하되, 청구법인, 러시아 법인 및 OOO가 공동으로 협의하여 OOO가 요구하는 조건의 추진시스템을 개발하는 것으로, 청구법인은 이 과정에서 지속적인 회의를 통해 개념설계, 기본설계, 상세설계과정에 참여함으로써 최종적으로 완성된 개념설계, 기본설계, 상세설계가 당초 목적한 바대로 이루어졌는지 확인하는 역할을 담당하였고, 러시아 법인은 완성된 개념설계, 기본설계, 상세설계 내용을 바탕으로 시제품을 제작하고, 청구법인 역시 완성된 개념설계, 기본설계, 상세설계 내용을 바탕으로 시제품을 제작하되, 시제품 테스트에 대해서는 양 법인이 그 결과를 공유하고, 필요시 공동으로 참여함으로써 연구개발결과물을 공유하며,

쟁점계약상 러시아 법인의 개발업무는 ‘Work’로 규정되어 있고, 청구법인의 개발업무는 ‘Support Activity’로 규정되어 있어 양자의 개발과정에서의 역할이 분담되어 있고, 청구법인의 수행업무(Support Activity)는 러시아 법인의 업무진행에 있어 필수적인바, 반드시 정해진 시간까지 이루어져야 한다. 즉, 쟁점계약은 청구법인과 러시아 법인이 한국형 추진시스템 공동으로 개발하여 국내 등에 상용화할 목적으로 국방과학연구소의 승인하에 공동연구개발계약을 체결한 것으로, 이는 국내에 추진시스템 개발에 필요한 관련기술이 축적되어 있지 않아 부득이하게 러시아 법인의 기반기술을 바탕으로 하여 공동으로 한국형 추진시스템을 연구개발한 것이다.

(라) 쟁점계약에 따르면 업무지연에 따른 손해배상(Liquidated Damage), 지체상금과 관련하여 지체상금 부담의무를 계약자인 러시아 법인에게만 한정하지 않고, 계약 쌍방 모두에 대해 정해진 기간까지 의무사항(its obligations)을 이행하지 않았을 경우 일당 0.25%의 지체상금을 부담하는 것으로 규정하고 있다.

(마) 쟁점계약이 처분청의 의견처럼 공동개발계약이 아닌 단순한 기술도입계약이라고 한다면, 기술공여자인 러시아 법인의 입장에서는 당초 일정대로 기술도입이 이루어지지 않을 경우 지체상금을 부담하는 것이 당연하다 할 것이나, 기술도입자인 청구법인의 경우 기술도입과 관련하여 지체상금을 부담할 필요가 없고, 이는 쟁점계약이 청구법인과 러시아 법인간의 공동개발계약이고, 이에 따라 양자간 개발업무가 분담되어 있는바, 계약 일방측의 의무 해태로 인해 당초 분담한 개발업무를 이행하지 않을 경우 전체 개발 일정에 차질이 발생하는 것을 고려하여 계약 쌍방 모두에게 지체상금을 부담하게 한 것으로 쌍방 지체상금 규정은 쟁점계약이 공동개발계약임을 입증하는 것이다.

(바) 쟁점계약에 따르면 연구개발에 대한 지적재산권과 관련하여 동 공동개발계약 전 청구법인과 러시아 법인이 각각 소유하고 있는 기술을 IPO로 정의하고 이에 대한 각 법인의 소유권을 인정하는 한편, 공동개발활동을 통해 새롭게 창출된 연구개발성과물은 IAR이라고 별도로 정의하면서 청구법인과 러시아 법인이 지역별로 구분하여 배타적 권리를 나누어 가진다고 규정하고 있는바, 이에 의하면 러시아 법인이 기존에 가지고 있는 기술은 IPO로 규정되어 있는 한편, 공동개발활동을 통해 새롭게 생성되는 기술은 IAR로 별도로 규정되어 있는바, 쟁점계약이 처분청의 의견처럼 단순기술도입에 해당한다고 한다면 IAR을 별도로 규정할 필요도 없고, IAR이 창출될 수도 없다.

또한, 개발활동을 통해 창출된 결과물(IAR)을 제3자에게 이전하기 위해서는 반드시 타방의 동의를 얻어야 하는바, 공동개발활동 결과물에 대한 공동소유의 원칙을 분명히 확인할 수 있다. 이와 같이 쟁점계약에 따른 지적재산권의 소유권 규정을 통해 쟁점계약이 러시아 법인이 기존에 보유하고 있는 IPO을 바탕으로 하되, 청구법인과 러시아 법인이 공동개발활동을 통해 IAR를 신규로 창출하고 이에 대한 소유권을 지역별로 구분하여 나누어 가지는 것을 확인할 수 있는바, 이는 쟁점계약이 공동개발계약임을 입증할 수 있는 또 하나의 증거이다.

(사) 계약기간 동안 총 25차례 개최한 회의내용과 총 14차례 이루어진 공동 성능시험(Ground Test)을 보더라도 청구법인과 러시아 법인은 한국형 추진시스템을 개발하기 위하여 지속적으로 공동연구개발활동을 하였음을 확인할 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」 기본통칙 10-0…2에서 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역 수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 같은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용 받을 수 없는 것으로 규정하고 있고, 「조세특례제한법 시행령」 별표6에서는 자체연구개발 또는 위탁 및 공동연구개발의 경우만 세액공제가 가능한 것으로 되어있으므로 수탁받은 연구비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액에 해당하지 않는 것이다.

특히, 청구법인의 경우 2010년 4월 동 수탁연구 활동과 관련하여 2003～2008사업연도 중 지급한 연구원에 대한 인건비가 「조세특례제한법 시행령」 별표6에 규정한 비용에 해당하지 않아 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아님을 확인하고 과세관청으로부터 경정받은 사실이 있으며, 방위산업과 관련하여 수탁연구 활동을 수행하는 사업자의 경우 연구개발 수탁 단계에서 일정 이윤을 확보하고 있으므로 타인자금으로 연구활동을 하면서 이에 대한 세액공제를 허용하는 것은 자기 비용의 투입 없이 세액공제의 혜택만 누리는 것으로 연구 및 인력개발비 세액공제의 취지에도 맞지 않는 것이며, 특히 방위산업분야가 아닌 다른 수탁연구 분야 사업자의 경우 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되지 않는 것과 비교해 볼 때 지나치게 과다한 혜택을 주는 것으로 법률적용의 형평성에도 위배되는 것이다.

(2) 특정 국가나 기관이 보유한 핵심기술은 그 기술 도입 및 협력이 매우 제한적인 것이 현실이고, 특히 국가방위와 직결되는 무기체계 관련 기술은 자국 이외 타국과 공동연구 및 위탁연구를 할 수 없는 특수성이 있어 타국의 연구기관과 공동연구를 하여 기술을 개발하였다고 하는 청구법인의 주장은 연구 및 인력개발비 세액공제를 받기

위한 억지 논리일 뿐이며, 추진시스템 개발 계약서

, 확인서, 문답서 및 기술도입계약신고서를 보면 공동연구가 아닌 기술도입을 위한 활동임을 다음과 같이 확인할 수 있다.

(가) 청구법인은 2007.11.30. 러시아 법인과의 쟁점계약 내용을 대상으로

「외국인투자촉진법」 제25조

제1항의 규정에 따라 산업자원부장관에게 기술도입계약신고를 하였다.

「외국인투자촉진법 시행령」 제31조

에서 신고대상 기술도입계약의 범위를 「조세특례제한법」에 의한 고도기술에 해당하여 재정경제부장관에게 조세면제를 신청하는 계약, 「항공우주산업개발 촉진법」에 의한 항공기 및 우주비행체와 그 부분품에 관한 기술을 도입하는 계약, 「방위사업법」의 규정에 의한 방산물자에 관한 기술을 도입하는 계약일 경우에 한하여 신고대상으로 규정하고 있는 것으로 볼 때 청구법인도 쟁점계약 내용이 공동연구가 아닌 기술도입 활동임을 자인하고 있다.

(나) 청구법인은 기술도입계약신고와 동시에 러시아 법인의 국내원천소득(사용료)에 대한 세액을 면제받을 목적으로 재정경제부장관에게 기술도입대가에 대한 법인세 등의 면제신청을 하였고, 현장확인 과정에서 작성한 확인서에도 청구법인과 러시아 법인의 역할에 대해 러시아 법인은 자체 보유기술을 OOO의 요구사항에 맞추어 개량화 후 관련기술을 제공하는 것이고, 청구법인은 제공받은 기술을 국내에서 생산가능 하도록 국산화하는 작업을 진행하는 것으로 기술하고 있다. 이와 같이 청구법인은 공동연구를 위함이 아니라 러시아 법인의 기술을 국내에 도입하여 국내 실정에 맞게 개량화 하는 것을 주된 목적으로 하고 있음을 알 수 있다.

(다) 공동연구개발이라면 연구개발 비용을 공동부담하는 것이 일반적이나, 쟁점계약 제2조 제2항에서는 연구비 전액을 청구법인이 부담하는 것으로 되어 있어 공동연구라고 보기 어려우며, 쟁점계약 57페이지「단계완료 및 대금지불일정표」를 보면 총계약금 OOO 유로 중 기술제공 관련 OOO유로(기술자문금액 OOO유로, 납품문서 OOO 유로)로 기술자문이 계약의 주된 목적임을 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 OOO로부터 위탁받아 개발용역을 수행함에

있어 지출한 쟁점금액이

공동기술개발비에 해당하여

「조세특례제한법」

제10조의

연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)

처분청 및 청구법인이 제시한

쟁점계약과 관련한 계약일반조건, 계약특수조건, 국외협력계약서,

기술도입계약신고서, 문답서

(2012.5.7.)

등을 포함한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인이 추진시스템 개발과 관련하여 러시아 법인에게 2008사업연도 중 지급한 내역은 아래 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO

(OO: OO, O)

(나) 쟁점계약과 관련한 계약일반조건, 계약특수조건, 국외협력계약서의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다.

OOOOOOOOOO

(다) 기술도입계약신고서와 관련하여 동 기술이 조세면제대상에 해당하는지를 설명하는 자료에서, 동 기술의 도입목적을 “동 기술의 도입 목적은 타 엔진의 설계／제작／시험평가에 관한 개발 경험을 최대한 활용함으로써, 본 도입 고도기술의 완전 국산화 및 생산 자립화를 달성함으로써, 궁극적으로는 전 소요 생산공정이 국내에서 발생하도록 하기 위함”, “본 도입 기술은 전 세계적으로 차세대 추진기관으로 대두되고 있는 공기 흡입식 초음속 엔진 개발을 위한 핵심 필수기술을 확보하기 위한 것”, “기술도입을 통하여 차세대 추진기관인 공기 흡입식 초음속 엔진을 국산화 개발함으로써, 미래전의 주요무대라 할 수 있는 항공분야에서 자주국방 체계를 공고히 할 수 있으며, 기계, 재료, 에너지 분야와 같은 첨단복합기술 집약적 산업구조의 고도화를 이루고, 국내 관련 항공우주 산업의 활성화에 크게 기여할 수 있음”, “동 기술은 미래 첨단 항공／우주산업 시장에서 활용되는 핵심 기술인바, 기술보유국으로부터의 기술도입은 물론 기술 협력이 극히 제한되고 있는 상황임”이라고 기술하고 있다.

(라) 처분청에 의하면 쟁점계약의 용어 정의에서 고객을 청구법인으로, 계약자를 러시아 법인으로 칭하고 있고, ‘계약자인 러시아 법인이 추진시스템을 개발하여 고객인 청구법인에게 인도하고, 고객인 청구법인이 비용을 전액 부담한다’라고 규정되어 있음을 볼 때, 공동기술개발로 인정하기 어려우며, 또한 쟁점계약에 러시아 법인이 개발하여 인도하여야 할 항목에 대한 설명이 있는바, 러시아법인이 개발을 담당하고 청구법인은 개발에 필요한 각종 부가적인 업무를 담당하는 것으로서, 공동기술개발과는 무관한 내용임을 알 수 있다는 의견과 함께 쟁점계약 체결당시 처분청 조사공무원이 청구법인의 추진연구팀장 한OOO에 대해 작성한 문답서(2012.5.7.)를 제출하였는바, 그 주요 내용은 아래 <표4>와 같다.

OOOOOOOOOO

(마) 청구법인은 공동연구개발이라는 근거로 조세심판례(국심 2004전1340, 2007.2.15.), 손해배상(Liquidated Damage) 관련 계약 내용, IPO(청구법인과 러시아 법인이 공동개발계약 전에 각각 소유하고 있던 기술 : Intellectual Property Objects)와 IAR(공동연구개발활동을 통해 창출된 연구개발성과물 : Intellectual Activities’ Results) 관련 내용, 기술회의개최 내역, 담당업무구분 내역, 엔진제작 및 시험평가, 무기체계 관련 세계적 추세 및 사례, H사업 진행경과(H사업은 쟁점계약 관련 사업이 포함됨), 러시아법인이 수행한 공동개발업무내용, 러시아법인의 원형기술과 공동개발에 따라 개발된 신기술의 비교표 등을 제시하면서, 청구법인이 기술도입계약신고 및 기술도입대가에 대한 법인세 등의 면제신청을 한 것은 향후 발생할 수 있는 세무상 리스크를 최소화하고자 하는 불가피한 선택이었다고 주장한다.

(2) 우선 청구법인이 OOO로부터 위탁받은 개발용역

수행을 위해 지출한 금액이 연구 및 인력개발비 세액공제

대상인지 여부에 대하여 살펴보건대, 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비 세액공제의 기본취지, 방위산업물자는 대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가 요구하는 무기 등의 특정물품을 만드는 것이므로 국가의 요구에 맞춰서 기술개발이 이루어질 수밖에 없는 방위산업의 특수성, 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 점, OOO가 수익사업을 영위하지 아니하여 수탁비용에 대하여 이중으로 세액공제가 되지는 아니하는 것으로 보이는 점 등을 감안하여 볼 때, 비록 청구법인과 OOO간 계약의 형식이 OOO로부터 청구법인이 위탁받는 형식을 띠고 있다고 하더라도

이를 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 봄이 타당하다고

판단된다(국심 2007서1000, 2008.8.29., 조심 2010구1325, 2010.9.13., 조심 2011부2327, 2011.11.17.,

조심 2011서4789, 2012.7.12. 같은 뜻임

)

(3) 다음으로 쟁점금액이 공동기술개발비에 해당하여

「조세특례제한법」 제10조

의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」(2008.12.26. 법률 제9272호로 일부개정되기 전의 것) 제10조, 같은 법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 일부개정되기 전의 것) 제9조 제2항 및 별표6에서 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서와 공동기술개발을 수행함에 따른 비용이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 것으로 규정하고 있다.

(나) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이

공동기술개발비에 해당하여

연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하나,

청구법인이 보안상의 이유로 러시아 법인과의 공동기술개발에 대해 구체적이고 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있고, 제출한 자료도 제한적이어서 이를 근거로 쟁점금액을 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인 공동기술개발비로 인정하기에는 무리가 있다고 보이는 점, 쟁점계약상 공동연구개발 근거가 명확하게 나타나지 않는 점, 청구법인은 공동연구개발 근거로 쌍방지체상금, 기술회의 개최 내역, 지적재산권 등을 들고 있으나, 쟁점계약에 청구법인을 고객으로, 러시아 법인을 계약자로 칭하고 있고, 러시아 법인은개발을 담당하고 청구법인은 개발에 필요한 각종 부가적인 업무를 담당하는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이를 직접적인 공동연구개발의 근거로 인정하기에는 부족하다고 보이는 점,

우리나라 보다 앞선 원천기술을 갖춘 러시아가

군사기밀이 포함되어 있는 렘제트엔진이 탑재된 유도무기 추진시스템을 공동연구개발하는 뚜렷한 목적이 나타나지 아니하고, 오히려 청구법인이 쟁점계약을 통해 러시아 법인에게 기술도입대가를 지급하였다는 처분청의 의견이 설득력이 있다고 보이는 점 등을 고려하여 볼 때, 처분청이 쟁점금액을 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비 대상이 아닌 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.