조심 2008구3131 (2009.04.01)

○○세무서장이 2008.6.7. 청구인에게 한 부가가치세 2003년 제2기분 9,486,610원, 2004년 제1기분 145,290,340원, 2004년 제2기분 835,265,070원, 2005년 제1기분 101,712,740원, 2005년 제2기분 99,631,370원, 2006년 제1기분 495,316,350원 합계 1,686,702,480원과 법인세 2003사업연도분 11,414,650원, 2004사업연도분 142,319,530원, 2005사업연도분 44,924,590원, 2006사업연도분 14,355,020원 합계 213,013,790원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구인은 ○○북도 ○○시 ○구 ○○동 568-1에서 건축공사 건설업을 영위하는 법인으로서 (주)○○종합건설(이하 "시행사"라 한다)에서 시행하는 ○○광역시 ○○○구 ○동 ○○센텀시티 ○○○파크뷰아파트 3,750세대(국민주택규모의 아파트가 1,470세대이며, 이하 "쟁점 아파트"라 한다)의 신축공사를 도급받아 시공하였다.

청구인은 2002.3.28. 시행사와 쟁점 아파트의 신축공사(이하 "본공사"라 한다)에 대한 도급계약과 쟁점 아파트의 발코니 외부창호공사(이하 "쟁점 공사"라 한다)에 대한 도급계약을 함께 체결하고, 2003년 제2기부터 2006년 제1기까지의 과세기간중 공사용역을 제공하면서 쟁점 공사의 총공사금액 55,349백만원(공급가액) 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사금액 16,528백만원(공급가액)이 면세에 해당하는 것으로 보아 시행사에게 계산서를 교부하고 해당 과세연도의 부가가치세 신고시 과세표준에 포함하지 아니하였으며, 쟁점 공사와 관련한 매입세액 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 매입세액 579백만원을 면세관련 매입세액으로 보아 매입세액으로 공제하지 아니하고, 당해 면세관련 매입세액 579백만원을 손금에 산입하여 2003∼2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고ㆍ납부하였다.

○○지방국세청장은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점 공사 중 국민주택규모 이하의 관련된 공사가 면세대상이 아니라 과세대상에 해당하는 것으로 보아 2003년 제2기부터 2006년 제1기까지의 과세기간중 시행사에게 계산서를 교부한 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사금액 16,528백만원(공급가액)을 부가가치세 과세표준에 포함하고, 매입세액으로 공제하지 아니한 579백만원을 매입세액으로 공제하는 대신 2003∼2006사업연도에 손금산입한 매입세액불공제분 579백만원을 손금불산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였다.

처분청은 통보받은 과세자료에 따라 2008.6.7. 청구인에게 부가가치세 2003년 제2기분 9,486,610원, 2004년 제1기분 145,290,340원, 2004년 제2기분 835,265,070원, 2005년 제1기분 101,712,740원, 2005년 제2기분 99,631,370원, 2006년 제1기분 495,316,350원 합계 1,686,702,480원과 법인세 2003사업연도분 11,414,650원, 2004사업연도분 142,319,530원, 2005사업연도분 44,924,590원, 2006사업연도분 14,355,020원 합계 213,013,790원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.8.21. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점 공사는 아파트의 베란다와 거실 사이에 창호를 설치하지 아니하는 대신 베란다 외벽에 방한과 방음효과가 있는 특수창호를 설치하고, 발코니 바닥을 온돌마루로 하며, 거실과 발코니 바닥에 난방용 배관을 연결하는 공사로서 쟁점 공사의 계약체결이 본공사와 함께 이루어졌고, 본공사와 함께 일괄 쟁점 공사도 시공하였으며, 본공사를 시공하는 기간에 쟁점 공사의 원ㆍ부자재를 매입하였고, 시행사로부터 쟁점 공사의 기성금을 청구하여 지급받은 사실 등을 감안하면 쟁점 공사는 본공사와 구분되는 별개의 공사가 아니므로 쟁점 공사 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사는 면세에 해당하는 만큼, 쟁점 공사 중 발코니확장공사와 관련하여 불법이라는 ○○광역시의 지적에 따라 공사한 일부 세대에 대하여 원상복구한 후 재시공하였고, 쟁점 공사를 시공하는 과정에서 사정상 공사기간이 연장되었으며, 시행사로부터 공사기성금의 지연지급에 대한 배상금을 지급받지 못하였다 하여 처분청이 쟁점 공사를 본공사와 구분되는 별개의 공사로 보아 쟁점 공사 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사에 대하여도 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분청의 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

시행사와 청구인이 체결한 도급계약서에서 시행사와 수분양자간에 체결한 별도품목 공급계약에 따라 청구인이 쟁점 공사를 수행하는 것으로 약정하고 있고, 쟁점 공사의 공사기간 또한 본공사의 공사기간과 달리 약정하고 있으며, 청구인이 본공사와 달리 쟁점 공사와 관련된 중도금을 수취하지 아니하였고, 시행사가 공사기성금을 지연지급하는 경우에도 배상금을 지급하지 아니한 사실 등을 감안하면 본공사와 쟁점 공사는 별개의 공사로서 각각 이루어진 것인 만큼, 쟁점 공사는 본공사인 국민주택규모 이하 아파트의 건설용역에 부수되는 용역으로서 면세대상 용역에 해당한다 할 수 없고, 쟁점 공사의 도급계약을 체결할 당시인 2000년에 발코니확장공사는 불법으로 아파트 건축공사에 필수적으로 부수되는 공사가 아니었고, 본공사와 함께 시공된 발코니확장공사인 쟁점 공사는 ○○광역시의 불법 발코니확장공사에 대한 단속으로 원상복구되었다가 준공한 후 다시 시공된 것으로 확인되는 만큼, 쟁점 공사가 본공사와 같이 계약을 체결하였다고 하여 당해 공사용역을 본공사인 국민주택규모 이하 아파트의 건설용역에 부수되는 용역으로 면세대상에 해당한다고 인정하기 어려운 이상, 쟁점 공사 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사에 대하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

아파트 신축공사용역의 도급계약과 함께 계약체결하고 공사를 진행한 국민주택규모 이하 아파트의 발코니 외부창호공사용역이 면세대상인 국민주택건설용역에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1)「부가가치세법」

(가) 제1조(과세대상) ① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

(나) 제12조(면세) ③ 제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

(2)「부가가치세법 시행령」제3조(부수재화 또는 용역의 범위) 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

(3)「조세특례제한법」제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (후단생략)

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(4)「조세특례제한법 시행령」

(가) 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서「건설산업기본법」ㆍ「전기공사법」ㆍ「소방법」ㆍ「정보통신공사업법」ㆍ「주택법」및「오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

(나) 제51조의 2(자기관리부동산투자회사 등에 관한 과세특례) ③ 법 제55조의 2 제4항에서 "대통령령이 정하는 규모"라 함은「주택법」에 따른 국민주택규모(재정경제부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

(5)「주택법」제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

3. "국민주택"이라 함은 제60조의 규정에 의한 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」제2조 제1호의 규정에 의한 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하의 주택을 말한다. 이하 "국민주택규모"라 한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 건설교통부령으로 정한다. (단서생략)

(6)「건축법」제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

3. "건축설비"라 함은 건축물에 설치하는 전기ㆍ전화ㆍ초고속 정보통신ㆍ지능형 홈네트워크ㆍ가스ㆍ급수ㆍ배수ㆍ환기ㆍ난방ㆍ소화ㆍ배연 및 오물처리의 설비와 굴뚝ㆍ승강기ㆍ피뢰침ㆍ국기게양대ㆍ공동시청안테나ㆍ유선방송수신시설ㆍ저수조 그 밖에 건설교통부령이 정하는 설비를 말한다.

5. "거실"이라 함은 건축물 안에서 거주ㆍ집무ㆍ작업ㆍ집회ㆍ오락 기타 이와 유사한 목적을 위하여 사용되는 방을 말한다.

(7)「건축법 시행령」제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

15. "발코니"라 함은 건축물의 내부와 외부를 연결하는 완충공간으로서 전망ㆍ휴식 등의 목적으로 건축물 외벽에 접하여 부가적으로 설치되는 공간을 말한다. 이 경우 주택에 설치되는 발코니로서 건설교통부장관이 정하는 기준에 적합한 발코니는 필요에 따라 거실ㆍ침실ㆍ창고 등 다양한 용도로 사용할 수 있다.

(8)「주택법 시행규칙」제2조(주거전용면적의 산정방법) ②「주택법」제2조 제3호 후단의 규정에 의한 주거전용면적의 산정방법은 다음 각호의 기준에 의한다.

2. 공동주택의 경우에는 외벽의 내부선을 기준으로 산정한 면적. 다만, 2세대 이상이 공동으로 사용하는 부분으로서 다음 각목의 1에 해당하는 공용면적을 제외하며, 이 경우 바닥면적에서 주거전용면적을 제외하고 남는 외벽면적은 공용면적에 가산한다.

가. 복도, 계단, 현관 등 공동주택의 지상층에 있는 공용면적

나. 가목의 공용면적을 제외한 지하층, 관리사무소 등 그 밖의 공용면적

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003년 제2기부터 2006년 제1기까지의 과세기간중 시행사에게 공사용역을 제공하면서 쟁점 공사의 총공사금액 55,349백만원(공급가액) 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사금액 16,528백만원(공급가액)이 면세에 해당하는 것으로 보아 시행사에게 계산서를 교부하고 해당 과세연도의 부가가치세 신고시 과세표준에 포함하지 아니하였으며, 쟁점 공사와 관련한 매입세액 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 매입세액 579백만원을 면세관련 매입세액으로 보아 매입세액을 공제하지 아니하고, 당해 면세관련 매입세액 579백만원을 손금에 산입하여 2003∼2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고ㆍ납부한 사실이 법인세 과세표준 및 세액신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) ○○지방국세청장은 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점 공사 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사가 면세가 아닌 과세대상에 해당하는 것으로 보아 2003년 제2기부터 2006년 제1기까지의 과세기간중 시행사에게 계산서를 교부한 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사금액 16,528백만원(공급가액)을 부가가치세 과세표준에 포함하고, 매입세액으로 공제하지 아니한 579백만원을 매입세액으로 공제하는 대신 2003∼2006사업연도에 손금산입한 매입세액불공제분 579백만원을 손금불산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 통보받은 과세자료에 따라 2008.6.7. 청구인에게 부가가치세 1,686,702,480원과 법인세 213,013,790원을 경정고지한 사실이 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 처분청이 쟁점 공사 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사를 면세대상이 아닌 과세대상으로 보는 근거는 다음과 같다.

(가) 시행사와 청구인간에 체결한 도급계약서에서 시행사와 수분양자간에 체결한 별도품목 공급계약에 따라 청구인이 쟁점 공사를 수행하는 것으로 약정하고 있고, 쟁점 공사의 공사기간 또한 본공사의 공사기간과 달리 약정하고 있어 본공사와 쟁점 공사는 각각 다른 공사이다.

(나) 청구인이 시행사와 함께 ○○은행과 체결한 아파트 분양대금 수납대행 계약시 아파트 분양대금 수납계좌와 별도품목 분양대금의 수납계좌를 달리하여 계약하였고, 시행사가 수분양자로부터 쟁점 공사에 대한 대가를 아파트의 분양가액에 포함하여 지급받지 아니한 만큼 쟁점 공사는 부가가치세 과세대상이다.

(다) 본공사에 대한 계약과 쟁점 공사에 대한 계약은 계약조건이 다르기 때문에 계약조건의 형평에 맞추어 처음부터 완전히 별도 분리하여 계약하였어야 하고, 쟁점 공사는 사실상 아파트 준공 이후에 이루어져야 하나 시공사의 공사상 편의에 의하여 아파트 준공 전에 쟁점 공사의 공사원가가 투입되었을 뿐이며, 시행사가 본공사와 쟁점 공사를 구별하여 쟁점 공사의 공사기성금의 지연지급에 대한 배상금을 지급하지 아니한 사실 등을 감안하면, 청구인과 시행사의 도급계약 형식에 불구하고 쟁점 공사가 본공사에 부수되는 공사에 해당한다고 인정하는 것은 타당하지 아니하다.

(라) 쟁점 공사의 도급계약을 체결할 당시인 2000년에 발코니확장공사는 불법으로 아파트 건축공사에 필수적으로 부수되는 공사가 아니었고, 본공사와 함께 시공된 발코니확장공사는 ○○광역시의 불법 발코니확장공사에 대한 단속으로 원상복구되었다가 준공 후 다시 시공된 것으로 확인되는 만큼, 쟁점 공사가 본공사와 같이 계약을 체결하였다고 하여 쟁점 공사용역을 본공사용역인 국민주택규모 이하 아파트의 건설용역에 부수되는 용역으로 보는 것은 타당하지 아니하다.

(4) 청구인은 쟁점 공사의 계약이 본공사와 함께 체결하였고, 본공사와 함께 쟁점 공사를 일괄 시공하였으며, 본공사를 시공하는 기간에 쟁점 공사의 원ㆍ부자재를 매입하였고, 시행사로부터 본공사의 기성금과 같은 기준으로 쟁점 공사의 기성금을 지급받은 사실 등을 감안하면, 쟁점 공사가 본공사와 구별되는 별개의 공사가 아님에도 불구하고 처분청이 쟁점 공사가 본공사와 구별되는 별개의 공사로 보아 쟁점 공사 중 국민주택규모 이하의 아파트와 관련된 공사에 대하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가)「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다"고 규정하고 있고,「조세특례제한법 시행령」제106조 제4항 제1호에서 "대통령령이 정하는 국민주택이라 함은 제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택"이라고 규정하고 있고, 제2호에서 "대통령령이 정하는 국민주택의 건설용역이라 함은 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서「건설산업기본법」ㆍ「전기공사업법」ㆍ「소방법」ㆍ「정보통신공사업법」ㆍ「주택법」및「오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것"으로 규정하고 있으며, 제51조의 2 제3항에서 "대통령령이 정하는 규모라 함은「주택법」에 따른 국민주택규모를 말한다"고 규정하고 있고,「주택법」제2조 제3호에서 "국민주택이라 함은 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」제2조 제1호의 규정에 의한 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하의 주택을 말한다. 이하 "국민주택규모"라 한다)을 말한다"고 규정하고 있다.

(나) 쟁점 아파트의 신축공사 및 사업현황이 다음과 같은 사실이 공사도급계약서 및 처분청의 답변서 등에 의하여 나타난다.

1) 시행사: (주)○○종합건설

2) 시공사: 청구인

3) 최종 공사도급금액: 687,861백만원(부가가치세 및 쟁점 공사비 포함)

4) 분양일자(분양총액, 분양율): 2002.6.(10,817억원, 100%)

5) 총분양세대(국민주택규모의 수): 3,750세대(1,470세대, 39.2%)

6) 발코니확장세대수: 국민주택을 포함한 수분양자 전세대

7) 공사기간: 2002.6.∼2005.11.

8) 쟁점 공사기간: 2002.6.∼2006.4.

9) 입주: 2006.2.1.부터 2006.5.10.

(다) 2002.3.28. 청구인과 시행사간에 체결된 도급계약서 제6조 제1항에서 "청구인의 도급범위는 설계도면 및 공사비산출내역총괄표에 의한 건축공사(전기ㆍ조경/부대토목ㆍ설비공사 포함), 설계업무, 견본주택건립, Deck/보행육교공사 및 발코니 외부창호공사로 한다"고 약정하고 있고, 제3항에서 "발코니 외부창호공사는 시행사와 수분양자간에 체결한 별도품목 공급계약에 의하여 청구인은 법적인 규제사항에 위배되지 아니하는 범위 내에서 해당 공사를 수행하기로 한다"고 약정하고 있으며, 제5조에서 "공사기간은 인ㆍ허가관청의 착공신고필증이 교부된 날로부터 42개월로 정하되, 설계변경 등 건축계획의 변경에 따라 공사기간이 추가로 소요되는 경우 및 청구인의 귀책사유가 아닌 사업시행상의 민원 또는 행정명령 등으로 청구인이 정상적으로 공사를 수행할 수 없는 경우 등에는 청구인은 시행사와 합의하여 공사기간을 연장할 수 있다"고 약정하고 있고, 제8조 제1항에서 "본 계약의 도급금액은 직접공사비, 간접공사비, 일반관리비 및 이윤으로 구성되며 그 내역은 다음의 (표 1)과 같다"고 약정하고 있으며, 제3항에서 "제1항의 직접공사비, 설계비, 견본주택건립비, Deck/보행육교공사비 및 발코니 외부창호공사비에는 간접공사비 및 일반관리비가 포함되어 있는 것으로 한다"고 약정하고 있다.

(표 1) 도급금액내역

┌─────────┬───┬─────────────────┬──────────────────┐

│ │ │ 2블럭(단위: 백만원) │ 3블럭(단위: 백만원) │

│ │ 단가 ├─────────────┬───┼──────────────┬───┤

│ 구분 │(천원)│ 공급가액 │ │ 공급가액 │ │

│ │ ├────┬───┬────┤부가세├────┬────┬────┤부가세│

│ │ │ 과세분 │면세분│ 계 │ │ 과세분 │ 면세분 │ 계 │ │

├─┬───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ │건축공사비 │2,069 │ 66,796 │36,928│103,724 │ 6,680│223,866 │ 86,068 │309,934 │22,387│

│ ├───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ │설계비 │ 42 │ 1,397 │ 772│ 2,169 │ 140│ 4,497 │ 1,729 │ 6,227 │ 450│

│ ├───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ │견본주택건립비│ 23 │ 765 │ 423│ 1,188 │ 76│ 2,463 │ 947 │ 3,410 │ 246│

│직├───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│접│육교공사비 │ 189 │ 6,285 │ 3,475│ 9,760 │ 629│ 20,239 │ 7,781 │ 28,020 │ 2,024│

│공├───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│사│발코니외부 │ 269 │ 8,946 │ 4,945│ 13,891 │ 895│ 28,805 │ 11,075 │ 39,880 │ 2,881│

│비│창호공사비 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │

│ ├───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ │국민주택규모이│ 38 │ 1,264 │ 699│ 1,962 │ 126│ 4,069 │ 1,564 │ 5,634 │ 407│

│ │하 매입부가세 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │

│ ├───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ │ 소계 │2,630 │ 85,452 │47,242│132,693 │ 8,545│283,940 │109,164 │393,104 │28,394│

├─┴───────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ 간접공사비 │ 106 │ 3,535 │ 1,954│ 5,489 │ 353│ 11,382 │ 4,376 │ 15,758 │ 1,138│

├─────────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ 일반관리비 │ 135 │ 4,507 │ 2,492│ 6,999 │ 451│ 14,514 │ 5,580 │ 20,094 │ 1,451│

├─────────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ 이윤 │ 208 │ 6,923 │ 3,827│ 10,750 │ 692│ 22,292 │ 8,570 │ 30,862 │ 2,229│

├─────────┼───┼────┼───┼────┼───┼────┼────┼────┼───┤

│ 계 │3,080 │100,416 │55,515│155,931 │10,042│332,127 │127,690 │459,817 │33,213│

└─────────┴───┴────┴───┴────┴───┴────┴────┴────┴───┘

(라) 2002.5.21. 청구인과 시행사간에 체결된 변경도급계약서(3) 제1조에서 "쟁점 아파트 신축공사에 대한 사용승인을 득하기 이전에 발코니확장공사의 완료가 가능할 경우, 공사기간은 2002.3.28.자 도급계약서 제5조(공사기간)의 공사기간으로 하되, 쟁점 아파트 신축공사에 대한 사용승인을 득한 이후에 발코니확장공사를 수행하여야 할 경우, 공사기간은 2002.3.28.자 도급계약서 제5조(공사기간)의 공사기간에 3개월을 추가한 기간을 공사기간으로 한다"고 약정하고 있고, 2006.2.28. 청구인과 시행사간에 체결된 변경계약서(5) 제1조에서 "쟁점 아파트 신축공사에 대한 사용승인을 득한 이후에 발코니확장공사를 수행할 경우 2002.5.21. 변경도급계약서(3)의 제1조 제2항의 공사기간에 3개월을 추가하고, 보완공사기간으로 2개월을 추가한다"고 약정하고 있다.

(마) 청구인은 쟁점 공사에 소요되는 원ㆍ부자재인 시스템창호, 목창호, 몰탈 및 온돌마루 등의 재료를 본공사가 진행중인 2003.12.부터 2005.11.까지 전량 구입한 내역이 다음의 (표 2)와 같은 사실이 매입세금계산서에 의하여 확인된다.

(표 2) 원ㆍ부자재 구입내역

(단위: 천원)

┌─────────┬─────┬────────────┬──┬─────┐

│ 거래처 │ 품목 │ 구입일 │매수│ 공급가액 │

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│(주)○○창호시스템│시스템창호│ 2003.12.31.∼2005.11.30.│ 22 │11,777,750│

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│ (주)○○ │ 목창호 │ 2004.1.31.∼2005.11.30. │ 20 │ 925,470│

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│ ○○종합화학(주) │ 목창호 │2004.3.31.∼2005.12.25. │ 14 │ 1,038,186│

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│ (주)○○리빙 │ 온돌마루 │ 2005.7.30.∼2005.5.31. │ 4 │ 1,026,907│

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│(주)○○인터내셔날│ 인테리어 │ 2005.2.28.∼2005.11.30. │ 14 │ 4,096,601│

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│ (주)○○○ │ 몰탈 │ 2005.11.30. │ 1 │ 182,049│

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│ ○○시멘트(주) │ 몰탈 │ 2005.6.12.∼2005.11.27. │ 2 │ 425,189│

├─────────┼─────┼────────────┼──┼─────┤

│ 계 │ │ │ 77 │19,472,152│

└─────────┴─────┴────────────┴──┴─────┘

(바) 2002.3.28. 청구인과 시행사간에 체결된 도급계약서 제9조 제1항 및 제2항에서 "청구인의 기성금은 공정표의 공정률을 기준으로 매 2개월 단위로 감리자가 확인하는 실기성률에 의거 지급하도록 하며, 실기성률 산정방식은 대표물량에 의하여 결정하되, 대표물량은 시행사와 청구인이 사전에 협의하여 정하고, 청구인은 착공일을 기준으로 해당월까지 기성을 익월 10일까지 청구하며, 시행사는 이를 확인 후 신청월 말일까지 지급한다"고 약정하고 있고, 청구인은 위 약정에 따라 2003년부터 2006년까지 다음의 (표 3)과 같이 공사기성금을 청구하여 지급받은 사실이 청구인의 공사기성금 청구공문 등에 나타난다.

(표 3) 공사기성금 수취내역

(단위: 백만원)

┌───┬─────┬───────────┬──────┐

│ │ │ "쟁점 공사" 기성금액 │ 기성횟수 │

│연도별│전체기성액├───┬───┬───┤(쟁점 공사) │

│ │ │ 합계 │과세분│면세분│ │

├───┼─────┼───┼───┼───┼──────┤

│ 합계 │ 642,456 │55,350│38,821│16,529│ 25(13) │

├───┼─────┼───┼───┼───┼──────┤

│ 2002 │ 21,376 │ - │ - │ - │ 6(0) │

├───┼─────┼───┼───┼───┼──────┤

│ 2003 │ 121,925 │ 1,069│ 772│ 297│ 6(1) │

├───┼─────┼───┼───┼───┼──────┤

│ 2004 │ 252,896 │32,396│22,691│ 9,705│ 7(6) │

├───┼─────┼───┼───┼───┼──────┤

│ 2005 │ 207,168 │ 8,281│ 5,679│ 2,602│ 5(5) │

├───┼─────┼───┼───┼───┼──────┤

│ 2006 │ 39,091 │13,604│ 9,679│ 3,925│ 1(1) │

└───┴─────┴───┴───┴───┴──────┘

(사) 처분청이 과세의 근거로 제시하는「조세특례제한법 기본통칙」106-0…1(국민주택 부대시설의 부가가치세 면제)에서 "국민주택에 해당하는 집단주택의 부대설비 및 복리시설을 주택공급과 별도로 공급하는 경우에는 부가가치세를 면제하지 아니하나 동 설비시설을 주택의 공급에 부수하여 공급하고 그 대가를 주택의 분양가격에 포함하여 받는 경우에는 동 부가가치세를 면제한다"는 규정과 재정경제부의 유권해석(재소비-159, 2004.2.12.)에서 "국민주택규모 이하 주택분양계약과는 별도로 발코니확장 및 샤시설치계약을 체결하고 그 대가를 주택분양가액에 포함하여 받지 아니한 경우 발코니확장 및 샤시의 설치용역은 주택공급과는 별개의 공급으로 보아 부가가치세가 면제되지 아니한다"고 하는 내용은 시행사가 수분양자에게 국민주택규모 이하의 주택과 그 부대설비(발코니확장 및 샤시설치용역을 포함한다)를 공급함에 있어서 과세 및 면세 해당 여부에 관한 규정이므로 이건과 같이 시공사인 청구인이 시행사에게 제공한 국민주택규모 이하의 주택건설용역과 발코니확장 및 샤시설치 건설용역에 대한 과세 및 면세 해당 여부를 판단하는 경우에 있어서 과세의 근거로 원용하기는 어렵다.

(아) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하면, 쟁점 공사는 쟁점 아파트의 베란다와 거실 사이에 창호를 설치하지 아니하는 대신 베란다 외벽에 방한과 방음효과가 있는 특수창호를 설치하고, 발코니 바닥을 온돌마루로 하며, 거실과 발코니 바닥에 난방용 배관을 연결하는 공사로서 2002.3.28. 청구인과 시행사간에 체결된 도급계약서상 본공사와 함께 쟁점 공사를 수행하는 것으로 약정하고 있고, 공사에 따른 이익도 본공사비, 쟁점 공사비, 간접공사비 및 일반관리비 등을 함께 고려하여 산정되었으며, 청구인이 본공사가 진행중인 2003년부터 2005년까지의 기간에 쟁점 공사에 소요되는 원ㆍ부자재인 시스템창호, 목창호, 몰탈 및 온돌마루 등의 재료를 전량 구입하여 본공사와 함께 쟁점 공사를 진행하였고, 2003년부터 2006년까지의 기간에 시행사에게 본공사의 기성금과 쟁점 공사의 기성금을 함께 청구하고 시행사로부터 본공사의 기성금과 쟁점 공사의 기성금을 수취한 사실 등을 종합적으로 고려하면 본공사와 쟁점 공사를 각각 별개의 공사로 구별하기가 어려우며, 쟁점 공사용역은 쟁점 아파트 건설공사용역에 부수되는 일련의 주택건설용역으로 보는 것이 타당하다(국심2006전265, 2006.11.16. 같은뜻).

처분청이 제시하는 의견 중 시행사와 청구인이 체결한 도급계약서에서 시행사와 수분양자간에 체결한 별도품목 공급계약에 따라 청구법인이 쟁점 공사를 수행하는 것으로 약정하였다는 내용은 공사의 도급범위에 대한 일반적인 약정일 뿐, 이를 근거로 쟁점 공사를 본공사와 구분되는 별도의 공사로 단정하기는 어려우며, 일반적으로 공사기간은 공사의 내용에 따라 다를 수 있고 또한 사정에 따라 공사기간의 변경이 이루어질 수 있는 것인 만큼, 쟁점 공사의 공사기간이 본공사의 공사기간과 다르고 공사기간이 변경되었다고 하여 쟁점 공사를 본공사와 구별되는 별개의 공사로 인식하는 것은 타당하지 아니하고, 이건은 청구인이 시행사로서 수분양자에게 쟁점 아파트를 분양하고 쟁점 공사용역을 제공한 것이 과세 및 면세에 해당하는지 여부에 관한 경우가 아니라, 청구인이 시공사로서 시행사에게 본공사 및 쟁점 공사용역을 제공한 것이 과세 및 면세에 해당하는지 여부에 관련한 경우인 만큼, 쟁점 아파트의 분양대금과 쟁점 공사용역의 제공에 대한 대금의 수납계좌가 다르다는 사실 및 쟁점 아파트의 분양대금에 쟁점 공사용역의 제공에 대한 대금을 포함하여 지급받지 아니한 사실 등을 과세의 근거로 삼기도 어려우며, 청구인과 시행사가 도급계약을 체결할 당시인 2000년에는 쟁점 공사가 불법공사에 해당하여 ○○광역시의 불법 발코니확장에 대한 단속으로 일부 세대를 원상복구하였다가 쟁점 아파트 준공 후 다시 시공하였다 하더라도, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점 공사는 본공사와 같이 계약을 체결하고, 본공사가 진행되는 기간에 함께 공사를 진행하였으며, 본공사의 기성금과 쟁점 공사의 기성금을 함께 수취한 사실이 확인되는 만큼, 쟁점 공사 중 일부 공사가 쟁점 아파트 준공 후에 이루어졌다고 하여 쟁점 공사가 본공사와 구별되는 별개의 공사에 해당한다고 보는 것은 타당하지 아니하다.

(5) 따라서, 처분청이 쟁점 공사용역 중 면세대상인 국민주택규모 이하 아파트의 공사용역에 대하여 과세대상으로 보아 청구인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.