조심 2008서1211 (2011.06.08)

OOO세무서장이 2007.7.11. 청구법인에게 한 법인세 2002.7.1～2003.6.30.사업연도 383,152,420원, 2003.7.1～2004.6.30.사업연도31,031,520원, 2004.7.1～2005.6.30.사업연도분 130,569,730원, 2005.7.1.～2006.6.30.사업연도 4,845,120원의 부과처분은,

1. 청구법인이 2002.7.1.～2003.6.30.사업연도에 OOO주식회사로부터 공사원가보다 저가로 취득한 OOO 소재 OOO빌딩 20층의 취득과 관련하여 처분청이 채무면제익으로 보아 익금산입한 금액 510,350,635원을 익금불산입하고,

2. 청구법인이 2002.7.31.자 매매계약에 의하여 청구법인의 직원 문OOO와 곽OOO으로부터 취득한 OOO주식회사의 발행주식 2,000주와 관련하여 처분청이 저가매입액으로 보아 익금산입한 금액266,368,100원을 익금불산입하며,

3. 청구법인이 2003.6.30. 및 2003.12.31.자로 대손처리한 어음중 그 발행자가 OOO 및 OOO인 어음 110,500,000원과 관련하여 처분청이손금불산입한 접대비 한도초과액 104,450,000원을 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

4. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 ‘신문 및 간행물 제조업’을 영위하고 있는 법인으로OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 2006.10.30.부터 2007.1.23.까지 청구법인에 대하여 법인제세 통합조사를 실시하고 다음의 사항을 적출하여 처분청에 과세자료로 통보하였다.

(1) 청구법인이 OOO 소재 OOO빌딩(이하 “사옥”이라 한다)의 신축과 관련하여 2002.7.1.～2003.6.30.사업연도(이하 “2002사업연도”라 한다)에 시공사인 OOO주식회사(이하 “시공사” 또는 “OOO”이라 한다)로부터 미분양된 건물 20층(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 공사원가(30억6,600만원)보다 5억1천만원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)이 적은 금액인 25억5,600만원에 매입한 사실을 확인하고, 쟁점①금액을 공사비 과소지급 상계에 따른 손해배상금 성격의 채무면제익으로 보아 익금산입하였다.

(2) 청구법인이 2002.7.3. 청구법인의 총무부장 문OOO(2002.10.13. 퇴사)와 경리부장 곽OOO(이하 “주식양도자”라 한다)으로부터 OOO주식회사의 발행주식 각 1,000주씩 2,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 액면가인 1주당 5천원에 매입하는 계약을 체결하여 2002.12.30. 취득한 사실을 확인하고, 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점주식을 시가보다 저가로 매입한 것으로 보아「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 의한 평가액을 쟁점주식의 시가로 보고, 시가와 매입가액과의 차액 2억6,600만원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)을 익금산입하였다.

(3) 청구법인이 광고대행사인 주식회사 OOO지사(이하 “광고대행사”라 한다)로부터 광고료로 수령한 어음금 중 20억6,400만원(2003.6.30. 4억800만원, 2004.6.30. 16억5,600만원)을 기업회계상 대손상각비로 계상하고, 부도어음4억3천만원을 제외한 나머지 16억3,300만원을 세무조정으로 손금불산입하였음을 확인하고, 위 부도어음이 부도발생일부터 6월이 경과되지 아니하였고, 청구법인이 광고대행사 대표이사의 아파트에 5억원의 근저당권을 설정하고 있어 위 부도어음은 대손처리 대상이 아니라 하여 근저당설정액 5억원(이하 “쟁점③금액”이라 한다)을 손금불산입하였다.

(4) 또한, 청구법인이 2003.6.30. 및 2003.12.31.자로 대손처리한 어음 중 1억4백만원(이하 “쟁점④금액”이라 한다)의 어음은 광고대행사가 자료상으로 고발된 부실업체인 OOO 및 OOO으로부터 받았던 어음(이하 “쟁점어음”이라 한다)으로, 부실어음을 받아 대손처리한 것이므로 채권의 임의포기로서 접대비에 해당하는 것으로 보아 접대비 한도초과액을 손금불산입하였다.

(5) 청구법인은 2002.8.19.부터 2003.3.31.까지의 기간 중 구입한 8,653만원(이하 “쟁점⑤금액”이라 한다) 상당의 컴퓨터, 프린터 및 소프트웨어(이하 “쟁점컴퓨터 등”이라 한다) 등의 매입과 관련하여 매입액의 10%에 해당하는 임시투자세액공제를 받은 사실이 있는 바, 조사관청은 청구법인이 구입한 쟁점컴퓨터 등은「조세특례제한법」제26조의 임시투자세액 공제대상이 아니라 하여 2002사업연도 법인세 계산시 쟁점⑤금액의 10%인 8,653천원의 임시투자세액공제를 부인하였다.

(6) 청구법인은 2002.8.2. OOO 433외 1필지의 토지(지목은 전·답이며, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매대금 8억원에 매입하였다가 2003.2.18.에 매매대금 8억3천만원에 양도한 사실이 있는 바, 조사관청은 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 2002사업연도 법인세 소득금액계산시 지급이자 3,300만원을 손금불산입하였다.

나. 이에 처분청은 2007.7.11. 청구법인에게 법인세 2002사업연도분 383,152,420원, 2003사업연도분31,031,520원, 2004사업연도분 130,569,730원 및 2005사업연도분 4,845,120원, 부가가치세 2002년 제1기분3,344,130원, 2002년 제2기분 4,663,960원, 2003년 제1기분 7,935,530원, 2003년 제2기분 4,423,460원, 2004년 제1기분 2,065,190원 및 2004년 제2기분1,346,410 원을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.10.8. 이의신청을 거쳐 2008.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점건물은 당초 시공사가 책임분양하여 그 분양대금을 시행사인 청구법인이 시공사에 지급하여야 할 공사비에 충당하기로 하였으나, 불황으로 분양이 되지 아니하자 시공사가 공사원가(30억6천만원)보다 쟁점금액(5억1천만원)만큼 저렴한 가격인 25억5천만원에 할인분양을 결정하여 청구법인이 이를 할인분양받은 것으로서, 특수관계가 없는 자로부터 할인취득한 건물의 취득가액을 반드시 당해 건물의 건설에 소요된 공사원가로 계상하여야 하는 것이 아닌 점과 청구법인은 쟁점건물의 취득가액을 실제 분양가액(25억5천만원)으로 계상한 점 및 쟁점건물이 제3자에게 양도된 것도 아닌 점 등을 감안하면, 쟁점건물의 할인취득액 상당액인 쟁점①금액(5억1천만원)은 미실현의 거래이익으로 보아야 함에도 처분청은 청구법인이 쟁점건물을 할인취득함에 따라 쟁점①금액만큼 공사비를 덜 지급한 것과 동일한 효과가 발생하였다는 이유로 쟁점①금액을 손해배상금 성격의 채무면제익으로 보아 익금산입한 것이므로 부당하다.

(2) 처분청은 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점주식을 시가보다 저가로 매입한 것으로 보고,「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 의한 평가액을 쟁점주식의 시가로 보아 시가와 대가의 차액인 쟁점②금액을 익금산입하였는 바, 다음과 같은 이유로 그 거래가액을 시가로 볼 수 있으므로 쟁점②금액에 대한 익금산입은 취소되어야 한다.

(가) 쟁점주식 거래 당시(2002.7.31.) 주식발행법인인 OOO은 청구법인이 신축한 OOO의 건물 및 주차장관리 목적으로 설립된 지 1년 남짓한 신설법인(2001.7.27. 설립)으로 사업 초기에 신축빌딩의 미분양율 및 공실율이 높은 점을 감안하여 청구법인이 2001년 8월부터 2002년 1월까지 OOO에 청구법인이 지급하여야 할 월 관리비 외에 추가로 월정액관리비 2천만원을 지급해 줌에 따라 OOO의 소득금액이 비정상적으로 많았으나, 이후 매년 소득금액이 하향 추세에 있는 바, 비정정상적인 소득만이 존재하는 경우이므로 처분청이「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 의한 평가액을 쟁점주식의 시가로 보는 것은 부당하다.

(나) 쟁점주식의 거래일로부터 6개월 이상 경과하기는 하였으나, 경영환경 변화 등 특별한 시가 변동요인이 없었기에 충분히 매매사례로볼 수 있는 특수관계없는 개인간의 거래가액(2004년 4월에 1주당 5천원, 2005년 5월에 1주당 6천원)이 존재하고, 쟁점주식의 양도자 중 문OOO는 양도계약 체결일(2002.7.3.) 이후인 2002.10.13. 곧바로 퇴사하였으며, 주식대금은 2002.12.30. 지급하였는 바, 청구법인과 실질적인 특수관계가 없는 자이므로 그 거래가액을 시가로 보아야 한다.

(3) 청구법인은 광고대행사로부터 수령한 부도어음에 대해 채권회수를 위한 지불각서 등을 받고, 외부 신용정보회사에 채권추심위임계약을 통하여 부도어음의 배서인인 광고대행사에 대한 소구권을 행사하였으나,회수할 채권이 없었고, 광고대행사의 대표자와 가족들의 재산현황을 조사하고 잔여재산이 없다는 조사보고서를 수령한 바, 2004년 6월말에 광고대행사 전체 채권을 대손처리함에 있어, 청구법인이 채무자인 광고대행사 대표자의 아파트에 대하여 한 근저당권 설정액 5억원을 채무자의 사업의 폐지로 인하여 회수할 수 없는 채권으로 보아, 이에 상당하는 4억3천만원을 대손처리하였고, 나머지는 6개월 경과 부도어음에 대하여 대손처리한 것임에도 불구하고, 조사관청은 청구법인이 소구권의 행사가 가능하여 대손이 확정되지 아니한 채권을 손금산입한 것으로 보아 쟁점③금액을 손금불산입한 것이므로 부당하다.

(4) 사업자가 재화 등을 공급하고 매출채권을 회수하는 과정에서 배서어음을 수취하는 경우에는 그 배서어음을 융통어음과 교환하였다가 교환으로 수령한 어음의 부도로 인하여 채권을 회수할 수 없게 된 경우나, 제3자가 발행한 어음이 감독관청의 허가가 없어 발행절차상의 하자로 부도처리된 경우에도 접대비로 보지 아니하고 손비처리하는 것인 바, 청구법인은 채권을 포기할 목적이 아니라 매출채권의 회수목적으로 광고대행사가가 배서한 쟁점어음을 수취하였으나, 쟁점어음은 부도발생일로부터 6월 이상 경과하여 대손요건을 충족하고 있고, 채권의 회수노력에도 불구하고 회수가 불가능하여 당연히 대손금으로 손금산입할 수 있음에도, 처분청은 쟁점어음이 광고대행사의 광고주가 발행하거나 배서한 어음이 아닐 뿐만 아니라, 청구법인이 채권의 회수노력 없이 쟁점④금액을 임의포기한 것으로 보인다는 이유로 이를 접대비로 인식하고 접대비 한도초과액을 손금불산입한 것이므로 부당하다.

(5) 임시투자세액공제대상을 규정한「조세특례제한법 시행령」제23조 제1항의 ‘재정경제부령이 정하는 사업용 자산’은「법인세법 시행규칙」〔별표6〕의 업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표의 적용을 받는 자산인 바, 청구법인이 취득한 컴퓨터 본체, 모니터 및 프린터 등은 일반 사무용이 아닌 신문제작 프로그램을 구동하기 위한 제작설비의 일부(일종의 입출력단말기 역할)로서, 당해 컴퓨터에는 신문제작 작업을 위한 전용프로그램(CTS프로그램)이 설치되어 있고, 대형모니터를 사용하여 신문제작(편집, 공정 등)의 전반적인 과정을 효율적으로 시행·관리·통제하고 있으며, 소프트웨어는 씨티에스프로그램 구동 전용으로 구입한 정품프로그램으로서 일련번호 및 프로그램설치 대수가 정해져 있어서 편집·제작국 외의 타부서에서는 설치·사용할 수 없을 뿐만 아니라 동 소프트웨어가 없으면 씨티에스프로그램을 사용할 수 없어, 쟁점컴퓨터 등은 일반사무용이 아닌 신문제작작업에 사용되어 동 〔별표6〕의 내용연수를 적용하여 감각상각을 하고 있는 사업용 자산에 해당되므로, 임시투자세액공제 대상으로보아야 할 것이므로, 처분청이 쟁점⑤금액과 관련된 임시투자세액공제를 배제한 것은 부당하다.

(6)「법인세법」제27조에서 규정하는 업무무관 부동산이라 함은 유 예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산을 말하는 것으로, 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 라목에 의하면, 이 건의 경우와 같이 ‘유예기간이 경과하기 전 법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나, 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 의하여 부득이하게 착공이 제한(착공이 제한된 기간에 한함)된 토지를 양도하는 경우’에는 이를 업무무관 부동산으로 보지 아니하도록 하였는 바, 청구법인은 2002.7.3. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고, 2002.7.24. OOO시청으로부터 공장신설승인을 받았는 바, 쟁점토지는 취득당시 건축이 제한된 토지에 해당하지 아니하고, 2002.7.31. 공장총량제한 이후인 2003.2.18. 쟁점토지를 매각하였으므로 쟁점토지는 업무무관 부동산이 아니며, 처분청은 청구법인이 쟁점토지 매입 이후에 공장건축허가신청을 하지 아니하여 건축제한에 대하여 공식적으로 통보받은 사실이 없음에도 불구하고 공장건축을 임의로 포기한 것으로 보았으나, 쟁점토지는 취득 이후에 건축이 제한된 토지에 해당하고, 청구법인이 투기목적으로 쟁점토지를 매입한 것이 아니므로 처분청이 쟁점토지의 매입과 관련된 지급이자를 손금불산입한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2001.6.30. 쟁점건물에 대하여 당초 분양예정가액 45억3,200만원으로 가매출 회계처리하여 공사수익으로 하고, 해당 공사원가 30억6,600만원을 비용으로 계상하여 법인세를 신고하였다가, 쟁점건물이 미분양되어 장부상 채권·채무만 존재하는 상태에서 쟁점건물을 시공사로부터 25억5,600만원에 할인분양받아 이 금액을 취득가액으로 계상하였는 바, 청구법인은 당초 장부에 계상한 쟁점건물 가매출 신고액과 해당 공사원가와의 차액인 14억6,500만원 손실이 발생함과 동시에 공사원가 30억6천만원이 소요된 쟁점건물을 25억5,600만원에 할인분양받음에 따라 당초 비용으로 처리한 공사원가와의 할인분양가액과의 차액인 쟁점①금액만큼의 정산차익이 발생한 것이며, 이는 시공사가 공사미수금의 회수를 포기하고 청구법인에게 보전하여 준 것으로 사실상 손해배상금 성격의 채무면제이익에 해당하므로 처분청이 쟁점①금액을 익금산입한 당초 처분은 정당하다.

(2) 쟁점주식의 양도자는 청구법인의 사용인으로서 청구법인과「법인세법」상 특수관계자에 해당하며, 쟁점주식 거래당시 당해 거래와 유사한 상황에서 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 없고, 쟁점주식 거래이후 1년 4개월 또는 2년 5개월이 지난 뒤에 주식발행법인의 직원간에 동 주식을 액면가로 거래한 사실이 있으나, 「상속세 및 증여세법 시행령」(2002.12.30. 개정 전) 제49조 제1항은 ‘평가기준일 전후 6월이내의 기간 중 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에 그 거래가액을 적용할 수 있다’고 규정하고 있어 동 가액을 시가로 볼 수 없으으므로 처분청이「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 의하여 평가한 가액과 당해 매입가액과의 차액인 쟁점②금액을 같은 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금산입한 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 2003사업연도에 대손금으로 계상한 광고대행사분 어음 20억6,400만원 중 4억3천만원을 세무조정으로 손금불산입하였으나, 이는 2004년 1기 부가가치세 과세기간 중에 부도가 발생한 어음으로써 부도발생일로부터 6월이 경과되지 않아 손금산입이 불가능하였을 뿐만 아니라, 동 어음은 광고주 등이 발행하거나 배서하고 있어 소구권의 행사가 가능하고, 광고대행사가 광고주로부터 광고료를 회수할 책임이 있는 바, 동 어음은 실거래자인 광고주 및 배서인 등에 대한 채권회수 노력을 다하고 근저당을 실행하여도 회수할 수 없고, 소멸시효가 완성된 경우에야 비로소 대손처리 할 수 있음에도 불구하고, 채권회수의 노력이 없는 상태에서 단순히 어음발행자의 부도 및 광고대행사 폐업 등의 사유만으로는 대손으로 확정할 수 없으므로 처분청이 쟁점③금액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

(4) 쟁점어음은 국세통합시스템 조회결과 쟁점어음발행인이 체납자 및 자료상 고발자 등으로 정상사업자가 아닌 상태로, 쟁점어음발행인의 폐업일 이후에 만기일이 도래하는 어음을 수취하였으며, 쟁점어음발행인과 광고대행사 또는 쟁점어음발행인과 청구법인과의 거래관계가 구체적으로 확인되지 않는 바, 광고주와 전혀 관련이 없는 부실어음을 수수한 것으로서, 광고대행사는 광고료 회수책임에 따라 채무지급을 담보하기 위해 광고매출 등 정상적인 거래의 뒷받침 없이 체납자 및 자료상 등 부실사업자로부터 어음발행일과 만기일이 수개월 이상인 융통어음을 임시방편적으로 청구법인에게 제시한 것이며, 청구법인은 이러한 부실어음을 아무런 조치없이 계속적으로 받아 광고주 등에 대한 채권의 회수노력 없이 어음발행인의 부도 및 광고대행사의 폐업 등의 사유만으로 대손처리한 것으로 확인되어 이는 사실상 채권의 임의포기에 해당하므로 처분청이 쟁점④금액을 접대비로 보고 그 한도초과액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

(5)「조세특례제한법」제26조의 임시투자세액공제를 적용함에 있어 사업을 영위하는데 필수적이며 주로 사용하는 자산이라 하더라도「법인세법 시행규칙」〔별표6〕의 적용을 받는 자산에 한하여 사업용 자산으로 보아 임시투자세액공제를 적용하는 것인 바, 컴퓨터 및 모니터는 신문제작 뿐만 아니라 사무용으로도 사용될 수 있고, 소프트웨어는 회사 전직원이 사용하는 응용소프트웨어로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점컴퓨터 등은 동 규칙 〔별표6〕의 적용을 받는 사업용 자산이라기보다는 동 규칙 〔별표5〕의 공기구 및 비품에 해당한다고 할 것인 바, 쟁점⑤금액과 관련된 임시투자세액공제를 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

(6) 청구법인이 2002.8.2. 쟁점토지를 취득하기 전의 OOO의 공장총량집행실적 보고내용에 의하면 2002.7.31. 현재 OOO의 공장총량이 소진(잔량 1,303㎡)되어 한시적으로 공장총량운영지침계획을 수립하여 운영중에 있었고, OOO에 공장건축총량 소진에 따른 추가배정을 요구하는 공문을 보낸 사실 및 공장건축총량 소진시 수시로 추가배정을 요구하여 총량을 재배정 받는 등 신축적으로 운영하고 있는 사실이 확인되는 바, 청구법인은 당해 토지 취득당시 공장건축총량이 대부분 소진되었음을 알고 있었으며, 건축허가 신청시 공장건축총량을 추가배정 받아 신축이 가능할 수 있음에도 OOO에 건축허가 신청도 하지 아니하여 건축제한에 대하여 공식적으로 통보받은 사실도 없는 상태에서 중도에 쟁점토지를 매각한 것으로써, 쟁점토지는「법인세법 시행령」제49조에 의한 업무무관부동산에 해당되므로 처분청이 쟁점토지의 매입액과 관련된 지급이자를 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①금액을 손해배상금 성격의 채무면제익으로 보아 익금산입한 처분의 당부

② 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점주식을 시가보다 저가로 취득한 것으로 보아 쟁점②금액을 익금산입한 처분의 당부

③ 청구법인이 근저당권을 설정한 부도어음을 대손처리한 것으로보아 근저당권 설정액 상당액인 쟁점③금액을 손금불산입한 처분의 당부

④ 청구법인이 부실어음을 받아 대손처리한 것으로 보아 광고주가 아닌 제3자가 발행한 어음의 부도액인 쟁점④금액을 손금불산입한 처분의 당부

⑤ 청구법인이 매입한 쟁점컴퓨터 등이 임시투자세액 공제대상이 아니라고 보아 관련 임시투자세액 공제를 배제한 처분의 당부

⑥ 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 매입액과 관련된 지급이자 3,300만원을 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 쟁점① 관련

(가) 법인세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)

제15조【익금의 범위】 ①익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조【자산의 취득가액】 ①내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

(나) 법인세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것)

제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액

(2) 쟁점② 관련

(가) 법인세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)

제15조【익금의 범위】 ② 다음 각호의 금액은 이를 익금으로 본다.

1.제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동조 제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액

(나) 법인세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것)

제87조【특수관계자의 범위】 ①법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

3.법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략)

제89조【시가의 범위 등】①법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

②법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.

2.상속세 및 증여세법 제38조ㆍ동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

(다) 상속세 및 증여세법(2002.12.18. 법률 제6780호로 개정되기 전의것)

제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

다.나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

③제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 “최대주주 등”이라 한다)의 주식 및 출자지분(괄호 생략)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산하되, 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30을 가산한다. 이 경우 최대주주 등이 보유하는 주식 또는 출자지분의 계산은 대통령령으로 정한다.

(라) 상속세 및 증여세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17828호로 개정되기 전의 것)

제54조【비상장주식의 평가】①법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 의한다.

1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율(이하 “순손익가치”라 한다)

②제1항의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 미달하는 경우에는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 = 당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

④제2항의 규정을 적용함에 있어서 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다.

(3) 쟁점③ 관련

(가) 법인세법(2004.12.31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것)

제34조【대손충당금 등의 손금산입】①내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

②내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 “대손금”이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

④제1항의 규정에 의하여 대손충당금을 손금으로 계상한 내국법인이 제2항의 규정에 의한 대손금이 발생한 경우에는 그 대손금을 대손충당금과 먼저 상계하여야 하고, 대손금과 상계하고 남은 대손충당금의 금액은 다음 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

(나) 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

제61조【대손충당금의 손금산입】①법 제34조 제1항에 규정하는 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권은 다음 각호의 것으로 한다.

3.기타 이에 준하는 채권 : 어음상의 채권ㆍ미수금 기타 기업회계기준에 의한 대손충당금 설정대상이 되는 채권(괄호 생략)

제62조【대손금의 범위】①법 제34조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

2.「어음법」에 의한 소멸시효가 완성된 어음

8.채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권

9.부도발생일부터 6월 이상 경과한 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한한다). 다만, 당해 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다.

③제1항 각호의 1에 해당하는 대손금은 다음 각호의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

2. 기타의 경우에는 당해 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날

(4) 쟁점④ 관련

(가) 법인세법(2004.12.31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것)

제25조【접대비의 손금 불산입】①내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액을 제외한다)로서 다음 각호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.(각호 생략)

⑤제1항 내지 제3항에서“접대비”라 함은 접대비 및 교제비ㆍ사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

(5) 쟁점⑤ 관련

(가) 조세특례제한법(2003.12.30 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)

제4조【중소기업투자준비금의 손금산입】① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 “사업용자산 등”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산 등의 가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 "사업용자산" 이라 한다)

제26조【임시투자세액공제】①정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18030호로 개정되기 전의 것)

제3조【중소기업투자준비금의 범위 등】② 법 제4조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사업용자산”이라 함은 제조업 등 당해 사업에 주로 사용하는 사업용유형자산 중 재정경제부령이 정하는 것을 말한다.

제23조【임시투자세액공제】①법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은광업, 제조업, 건설업, 도매업，소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다) 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2003년 6월 30일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다.

(3)조세특례제한법 시행규칙(2005.3.11. 재정경제부령 제421호로 개정되기 전의 것)

제3조【사업용자산의 범위】①영 제3조 제2항에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1.법인세법시행규칙〔별표 6〕의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다)

(4) 법인세법 시행규칙(2004.2.28. 재정경제부령 제352호)

〔별표5〕건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수 범위표

〔별표6〕업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표(발췌)

제14조【임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】영 제23조 제1항에서“재정경제부령이 정하는 사업용자산”이라 함은 제3조의 규정에 의한 사업용자산과 다음 각호의 자산을 말한다.(각호 생략)

(6) 쟁점⑥ 관련

(가) 법인세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)

제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1.당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

(나) 법인세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것)

제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】①법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1.다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가.법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나.유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

②제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

③법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

(다) 법인세법 시행규칙(2002.10.28. 재정경제부령 제 281호로 개정되기 전의 것)

제26조【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】①영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “재정경제부령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년(괄호 생략)

3. 제1호 및 제2호 외의 부동산 : 취득일부터 2년

③영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1.토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변ㆍ민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

⑤영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

2. 당해 부동산의 취득 후 다음 각목의 1에 해당하는 사유가 발생한 부동산

가.법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)

다.유예기간이 경과되기 전에 법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ면허 등을 신청한 법인이「건축법」제12조의 규정 및 행정지도에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지(건축허가가 제한된 기간에 한한다)

라.유예기간이 경과되기 전에 법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 의하여 착공이 제한된 토지(착공이 제한된 기간에 한한다)

(라) 수도권정비계획법

제18조【총량규제】①건설교통부장관은 공장ㆍ학교 기타 대통령령이 정하는 인구집중유발시설이 수도권에 과도하게 집중되지 아니하도록 하기 위하여 그 신설ㆍ증설의 총허용량을 정하여 이를 초과하는 신설ㆍ증설을 제한할 수 있다.

②공장에 대한 제1항의 총량규제의 내용 및 방법은 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권정비위원회의 심의를 거쳐 결정하며, 건설교통부장관은 이를 고시하여야 한다.

④관계행정기관의 장은 인구집중유발시설의 신설ㆍ증설에 대하여 제2항 및 제3항의 규정에 의한 총량규제의 내용과 다르게 허가등을 하여서는 아니 된다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 건물을 신축하여 일부는 청구법인이 사옥으로 사용하고, 일부는 시공사인 OOO의 책임하에 분양 및 임대하여 청구법인이 OOO에게 지급하여야 할 공사비에 충당하는 조건으로 OOO에 사옥OOO을 신축하면서 시행사인 OOO과 ‘설계·시공·분양책임을 포함한 일괄도급계약’을 체결하였는 바, 청구법인과 OOO이 1997.3.6. 체결한 “OOO 사옥 신축공사 기본합의서”(이하 “당초약정”이라고도 한다)의 주요내용은 아래와 같다.

1) 공사의 기본내용 : 지하 1층, 지상 20층 연면적 15,364.7평의 건물을 신축하여, 3～5층은 청구법인이 사옥으로 사용하고, 지하 1층과 1층, 9～20층은 분양하며, 2층 및 6～8층은 임대함.

2) 공사대금은 측량 및 지질조사비, 설계비, 건축공사비, 분양 및 임대비용 등을 포함하여 총 617억원으로 하고, 분양수입금액(분양대금 및 임대보증금 등)으로 지불하며, 사업비 정산시점에서 사업주 이익에 해당하는 금액(약 18억원)이 남아 있을 경우에는 시공사가 청구법인에게 최종 정산함.

3) 건물 임대 및 분양업무는 OOO의 책임하에 수행하고, 다만 분양에 관한 회계처리는 청구법인의 명의로 하며, 사업비 정산시점은 건물 준공후 6개월 이내로 함.

(나) 쟁점건물은 사옥의 20층으로, 당초 스카이라운지(식당가) 용도로 OOO의 책임하에 신축·분양하여 그 분양대금을 청구법인이 OOO에게 지급해야 할 공사비에 충당하기로 하였던 것이며, OOO이 공사원가 30억6천만원을 투입하여 2000.12.28.자로 준공이 완료되었고, 당초 분양예정가액은 45억3천만원이었다.

(다) 이와 같이 미분양된 쟁점건물을 분양하여 그 분양수입금액을 공사비에 충당하여야 할 책임은 OOO에게 있었으나, 분양에 관한 회계처리는 청구법인의 명의로 하기로 한 당초약정에 따라 청구법인은 쟁점건물의 분양을 위하여 아래 <표1>과 같이 회계처리하였다.

1) 2000.12.31. : 2000.12.28.자로 준공된 쟁점건물의 원가 상당액(30억6천만원)을 청구법인의 재고자산으로 계상하는 한편, 원가 중 건물분 공사원가 27억7천만원을 OOO에게 지급하여야 할 공사비 미지급금(채무)으로 추가 계상

2) 2001.6.30. : 쟁점건물을 가매출 처리〔분양예정가액(45억3천만원)을 분양수입금액으로, 재고자산으로 계상하였던 분양원가(30억6천만원)를 비용으로 하여 그 차액(분양이익) 14억6천만원에 대하여 법인세를 신고납부〕하는 한편, 가매출 처리한 분양수입금액 45억3천만원을 청구법인이 OOO로부터 받아야 할 분양미수금(채권)으로 추가 계상

<표1> 당초약정과 관련된 회계처리내역

OOO

(라) 위 가매출 처리에도 불구하고, 쟁점건물을 비롯하여 OOO의 책임하에 신축·분양하여 그 분양대금을 청구법인이 OOO에게 지급하여야 할 공사비에 충당하기로 하였던 건물의 상당수에 대하여 실제 분양이 이루어지지 아니하자, OOO은 미분양된 건물들을 할인분양하기로 결정하고, 2002.5.22. 청구법인과 합의서(이하 “추가약정”이라 한다)를 작성하여 미분양된 건물 중 쟁점건물을 공사원가(30억6천만원)보다 쟁점①금액만큼 할인된 25억5천만원에 청구법인에게 할인분양하되 할인금액은 OOO이 부담하기로 하였다.

(마) 위 추가약정의 내용을 반영한 이후의 회계처리내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 추가약정을 반영한 이후의 회계처리내역

OOO

(바) 이상의 사실에 기초하여 조사관청은 쟁점①금액을 공사비 과소지급 상계에 따른 손해배상금 성격의 채무면제익으로 보아 익금에 산입하였는 바, 그 구체적인 이유는 아래와 같다.

1) 청구법인은 2001.6.30. 쟁점건물분에 대해 분양예정가액인 45억3천만원을 공사수익으로, 공사원가 30억6천만원을 비용으로 계상하여 법인세 신고를 하였고, 시공사인 OOO은 공사미수금 채권과 분양미지금급금 채무를 계상하였는 바, 이로써 청구법인과 시공사와의 거래는 종결되었고, 미분양에 따른 공사대금 미정산으로 장부상 채권·채무만 존재하는 상태가 되었다.

2) 그런데, 청구법인은 2002.10.31. 쟁점건물을 취득하면서 쟁점건물을 OOO로부터 25억5천만원에 할인분양받은 별도의 거래로 보아 취득가액을 계상하였는 바, 청구법인에게는 당초 가매출로 신고한 45억3천만원과 당해 건물의 공사원가 30억6천만원과의 차액 14억6천만원의 손실이 발생함과 동시에 당해 건물을 25억5천만원에 할인취득하여 공사원가로 비용처리한 30억6천만원보다 5억1천만원의 정산차익(공사대금 과소지급 상계에 따른 채무면제이익)이 발생하였다.

3) 동 거래의 손실분은 공사미수금에서 상계하는 방법으로 보전해 주었을 것으로 추정되고, 결과적으로 청구법인은 당초 가매출 신고에 대응하여 30억6천만원을 공사원가로 손금산입한 쟁점건물을 25억5천만원에 취득함으로써, 당초 공사원가보다 쟁점①금액만큼 많은 금액을 정산 보전받게 된 것인 바, 동 금액은 확정된 정산차익(채무면제익)이므로 당해 사업연도에 익금산입하고 동 익금산입액이 사외에 유출되지 아니한 것으로 보아 유보처분하였다.

(사) 이에 대하여 청구법인은 아래와 같은 이유로 쟁점①금액은 채무면제익이 아니라고 주장한다.

1) 청구법인과 시공사인 OOO은 특수관계가 없으므로 청구법인이 시공사와의 합의에 의하여 미분양된 쟁점건물을 할인분양받은 것은 부당행위에 해당되지 않는다.

2) 위 <표1>에 나타난 바와 같이, OOO이 자기 책임하에 신축·분양하여 그 분양대금을 공사비에 충당하기로 하였던 쟁점건물을 청구법인의 재고자산으로 계상한 이유는 분양에 관한 회계처리를 청구법인의 명의로 하기로 한 당초약정에 근거한 것이며, 정산시점(건물 준공일부터 6개월 이내)까지 분양이 되지 아니한 쟁점건물을 가매출 처리한 이유는 법인세법령에서 건설공사가 완료된 건물은 실제 분양여부에 관계없이 작업진행률에 따라 공사손익을 신고하도록 하고 있기 때문이었다.

3) 또한, 위 <표2>에 나타난 바와 같이, 청구법인은 할인분양받은 쟁점건물의 취득가액을 25억5천만원으로 장부에 계상하였고, 위 <표1> 및 <표2>에서 확인할 수 있는 바와 같이, 쟁점건물의 할인분양과 관련하여 OOO이 기확정된 청구법인의 채무(공사비 미지급금)를 직접 감액해 준 사실이 없다.

(아) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 쟁점①금액은 아래와 같은 이유로 채무면제익이 아니라, 아직 실현되지 아니한 거래상의 이익에 불과하다고 판단된다.

1) 먼저,쟁점건물의 신축 및 분양과 관련된 주요 약정내용을 다시 정리해 보면,당초약정(1997.3.6.)은 분양에 관한 회계처리는 청구법인 명의로 하고, 분양이익 중 일정액을 청구법인에게 보장한다는 내용이고,추가약정(2002.5.30.)은 OOO이 미분양된 쟁점건물(원가 30억6천만원)을 쟁점①금액만큼 할인된 금액인 25억5천만원에 분양하고, 할인금액은 OOO이 부담한다는 내용이다.

2) 위 <표1>에서 확인할 수 있는 바와 같이, 당초약정에 의한 회계처리 결과, 청구법인에게는 27억7천만원의 공사비 미지급금 채무와 45억3천만원의 분양미수금 채권이 발생하였는 바, 위 분양미수금 채권은 분양에 관한 회계처리는 청구법인의 명의로 하기로 한 당초약정과공사가 완료된 건물은 실제 분양이 이루어지지 아니하였다 하더라도 작업진행률에 의하여 공사손익을 인식하도록 한 법인세법령의 규정에 따라 당초 공사비 정산 약정일 현재까지 분양이 되지 아니한 쟁점건물을 청구법인의 명의로 가매출 처리함으로써 발생한 것으로서 분양미수금 중 원가(30억6천만원)를 초과하는14억7천만원의 분양이익은일정액을 청구법인에게 보장하기로 한 당초약정에 따라 청구법인에게귀속된 것이고, 이에 대하여는 청구법인의 명의로 법인세 신고를 하였다.

3)OOO은 쟁점건물을 분양하여 분양수익금을 공사비에 충당하여야 할 책임이 있으나, 분양이 계속 이루어지지 아니하자 쟁점건물을 포함한 미분양분에 대하여 할인분양을 결정하였고, 위 <표2>에서 확인할 수 있는 바와 같이, 청구법인은 할인금액을 OOO이 부담하기로 한 2002.5.30.자 추가약정에 따라 쟁점건물을 공사원가(30억6천만원)보다 쟁점①금액만큼 저렴한 가격에 할인취득하고, 그장부가액을할인금액인 쟁점①금액을 제외한 금액 25억5천만원으로 계상하였다(2003. 4.30.자 수정분개 참조).

4) 결과적으로 청구법인과 OOO간의 채권·채무관계는 청구법인의 경우 공사미지급금(27억7천만원) 및 쟁점건물 취득가액(25억5천만원)의 채무가 발생하였는 바, 이를 분양미수금(45억3천만원)과의 상계 및 현금 등(7억9천만원)의 지급을 통하여 청산한 것으로 볼 수 있다. 따라서, 이 건 추가약정에 의하여 청구법인에게 귀속된 것으로 볼 수 있는 쟁점①금액은 미분양된 쟁점건물을 청구법인이 제3자가 할인분양받는 것과 동일하게 할인분양받는 과정에서 발생된 할인금액으로, 청구법인이 쟁점건물의 장부가액을 분양원가에서 할인금액을 차감한 실지취득가액으로 기장하였고, 쟁점건물은 할인취득한 청구법인의 자산일 뿐이므로, 할인금액인 쟁점①금액은 아직 청구법인의 이익으로 실현되지 아니한 거래상의 이익에 불과하다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

5) 처분청은 OOO이 쟁점①금액만큼 가격할인을 해 준 것은 쟁점건물을 공사원가에 판매하고 쟁점①금액만큼 공사비미지급금과 과소상계한 것으로 이를 채무면제익으로 보는 것이 타당하다는 의견이나, 상계는 확정된 채권·채무의 청산과정에서 나타난 대금결제의 일환으로서 쟁점①금액을 기확정된 공사미지급금과 상계하였다 하더라도 이를 채무면제로는 볼 수 없다.

6) 따라서, 처분청이 쟁점①금액을 채무가 확정된 후에 채권자가 그 회수를 포기한 채무면제익과 동일시하여 청구법인의 익금에 산입한 것은 사실관계를 오해한 잘못이 있다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) OOO은 청구법인과 같은 소재지에 건물 및 주차장관리를 주된 목적으로 2001.8.1. 설립하였으며, 2002년도 주식변동 현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> OOO 주식변동 현황(2002년)

OOO

(나) 청구법인과 주식양도자들은「법인세법」상 특수관계자에 해당하고, 청구법인이 2002.7.31. 주식양도자인 문OOO(계약 당시 청구법인의 총무부장으로서 2002.10.13. 퇴사함) 및 곽OOO(청구법인의 경리부장으로 계속근무 중)과 쟁점주식 각 1,000주를 액면가인 1주당 5천원에 각 5백만원, 합계 1천만원에 매매하는 계약을 체결하고 2002.12.30. 이를 매입하였음이 주식양·수도계약서 및 청구법인의 회계전표 등에 의해 확인되며, 쟁점주식 거래일 전후 6개월 이내에는 OOO의 다른 주식이 매매되지 아니하여 시가로 볼 수 있는 매매사례가액이 없으나, 쟁점주식 거래 이후 1년 8개월 내지 2년 9개월이 지난 2004.4.4. 서로 특수관계가 없는 박OOO이 안OOO(2001.8.1부터 현재까지 청구법인에 근무 중)에게 500주를 1주당 5천원(액면가)에 양도하였고, 2005.5.2. 역시 서로 특수관계가 없는 이OOO이 안OOO 및 권OOO에게 각 500주를 1주당 6천원에 매매한 사실이 있음이 주식양·수도계약서 등에 의해 확인되며,이와 같은 사실에 대하여는 청구법인과 조사관청이 이를 다투지 아니한다.

(다) 조사관청은 청구법인이 특수관계자인 개인으로부터 비상장 주식을 저가 매입한 것으로 보고,「상속세 및 증여세법」(이하 “「상증법”이라 한다)상의 보충적 평가방법 중 순손익가치에 의하여 평가한 가액 276,368천원(1주당 138,184원)을 시가로 하여 쟁점주식의 거래가액 1,000만원(1주당 5천원)과의 차액인 쟁점평가차액(266,388천원)을 익금산입하였음이 세무조사결과 통지서 및 비상장주식 평가조서에 의하여 확인된다.

(라)「상증법」상 비상장주식평가방법에 의한 쟁점주식 거래당시 및 이후의 OOO의 주식평가가액 현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> OOO의 주식평가가액 현황

OOO

* 처분청이 적용한 1주당 가액 138,184원은 순손익가치에 의하여 평가한 1주당 가액 120,160원에 115% 할증된 금액임

(마) 청구법인은 OOO이 2001.8.1. 설립되었고, 쟁점주식 거래일(2002.7.31.) 기준 1년 이전인 2001년 8월부터 2002년 1월까지 청구법인이 OOO에 청구법인의 매월 관리비 외에 추가로 월정액관리비 2천만원을 지급하여 주었으나 OOO에서는 그 만큼의 비용이 발생하지 아니하여 OOO의 소득금액 및 당기순이익이 비정상적으로 많았다가 이후 계속 감소한 바, 처분청이 2001년의 순손익액만 반영하여 1주당평가액(138,814원)을 계산하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하며, OOO의 손익계산서, 법인세과세표준 및 세액신고서, 청구법인과 OOO의 건물관리용역계약서 등을 증빙으로 제출하였다.

1) 청구법인과 OOO이 2001.7.25. 체결한 건물관리 용역계약서 제11조 제1항에 의하면, 청구법인은 OOO에 관리용역비로 2001년 7월부터 월정액 평당 18,000원을 지급하고, 위탁관리수수료로 초기년도(2001년 8월부터 2002년 1월까지)에는 월정액 2천만원씩을 지급하고 2년차(2002년 2월)부터 쌍방협의조정 후 지급하기로 한다고 되어 있다.

2) 청구법인의 손익계산서에 의하여 확인되는 월평균 사옥관리비 지출현황은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구법인의 월평균 사옥관리비 지출내역

OOO

3) OOO의 각 사업연도 매출액 등과 청구법인이 OOO에 2001년에 추가로 지급한 위탁수수료지급액 1억원(2천만원×5개월)과 2002년에 추가로 지급한 동 수수료 2천만원을 각각 차감한 2001·2002사업연도 소득금액은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 각 사업연도 매출액 / 당기순이익 / 소득금액 비교

OOO

(바) 살피건대, 시가라 함은 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 말하는 것으로서 증권거래소에 상장되지 않은 비상장주식이더라도 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있으면 그 거래가격을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하는 것으로서 어떠한 거래가 그 거래대상의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하는 일반적이고 정상적인 것인지 여부는 ① 거래당사자들이 각기 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, ② 거래당사자들이 거래 관련 사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며 강요에 의하지 아니하고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등 거래를 둘러싼 제반 사정을 종합적으로 검토하여 결정하여야 하므로 특수관계에 있는 자와의 거래라 하더라도 위와 같은 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래라고 판단되면 그 거래가격을 시가로 보아 그 거래가격으로 평가하여야 할 것이고(대법원 2006두17055, 2007.1.11. 및 국심 2007서702, 2007.9.28. 같은 뜻), 회사의 순손익액을 계산하여 비상장주식을 평가하도록 하는「상속세 및 증여세법 시행령」제56조 제1항 제1호의 규정은 회사가 정상적인 사업을 통하여 장래 얻을 수 있는 수익을 기초로 그 회사의 내재적 가치를 평가하고 그에 따라 그 회사 주식의 가치를 산출하되, 그 주식가치를 평가하는 기초가 되는 회사의 수익은 정상적이고 지속적인 사업활동을 통하여 얻어지는 것만을 포함하여야 하고 일시 우발적인 사건에 의하여 발생하는 수익은 회사의 내재적인 가치를 나타내는 것이라고 할 수 없는 바(2009중3408, 2010.6.4. 합동회의 참조),

쟁점주식의 발행회사인 OOO은 건물관리용역을 주업으로 하는 회사로서 고도의 기술력을 요하거나 부가가치가 높은 업종이라 할 수 없으며, 실제 회사이윤도 크지 않을 뿐만 아니라, OOO이2001.8.1. 설립되었고, 청구법인이 쟁점주식 거래일(2002.7.31.) 이전인2001년 8월부터 2002년 1월까지 OOO에 월정액관리비 2천만원씩을 매월 관리비 외에 별도로 지급하여 줌으로써 OOO의 2001·2002사업연도 소득금액이 비정상적으로 높아졌고, 특수관계없는 자들이 OOO의 주식을 쟁점주식 거래시기로부터 각 1년 4개월이 지난 2004년에 1주당 5천원, 약 2년 5개월이 지난 2005년에 1주당 6천원으로 거래한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 쟁점주식 거래가 비록 특수관계자간의 거래이기는 하나 건전한 사회통념 및 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 거래로 청구법인이 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점주식의 거래에 대하여 객관적 교환가격으로 볼 수 있는 시가(1주당 5,000원)가 존재함에도 불구하고,「상증법」상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액(1주당 138,184원)을 시가로 보고, 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점주식을 저가매입한 것으로 보아, 시가와 쟁점주식 매입가액과의 차액인 쟁점②금액을 2002사업연도 소득금액계산시 익금산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인의 광고대행사(2004.6.10. 폐업)는 본인의 책임 하에 청구법인의 신문에 게재할 광고를 수주하고, 본인의 책임 하에 광고주로부터 광고료를 회수하여 광고대행수수료를 제외한 금액을 청구법인에게 현금 또는 어음으로 지급하는 방법으로 사업을 영위하였다.

(나) 청구법인은 광고대행사에 대한 채권을 담보하기 위하여 대표자 김OOO 소유의 OOO에 1997.6.4. 및 2003.1.4.에 채권최고액 각 300백만 및 200백만원, 합계 500백만원(쟁점대손금)의 근저당권을 설정하였음이 청구법인과 광고대행사 간의 약정서 및 등기부등본 등에 의해 확인된다.

(다)광고대행사의 2001년 제2기부터 2003년 제2기까지의 매출액 3,129백만원의 96.74%에 해당하는 3,027백만원이 청구법인과의 거래분이며, 광고대행사의 배서어음 등 부도내역은 아래 <표7>과 같다

<표7> 광고대행상의 배서어음 등 부도내역

OOO

(라) 청구법인은 광고대행사로부터 광고료로 지급받은 어음 중 부도어음에 대하여 아래 <표8>와 같이 대손상각비 계상 및 세무조정을 하였다.

<표8> 광고대행사 관련 부도어음 대손상각비 계상 및 세무조정 내역

OOO

(마) 청구법인이 광고대행사로부터 수취하여 2004년 6월말(2003사업연도)에 대손상각비로 계상한 부도어음 중에는 사업연도말 현재 부도발생일로부터 6월이 경과되지 않은 금액 4억3천만원이 포함되어 있고, 청구법인은 동 금액에 대하여 6월 미경과 부도어음의 사유로 손금불산입하였음이 법인세 신고관련 서류에 의해 확인되나, 이 건 심판청구시에는 동 4억3천만원을 채무자의 사업의 폐지로 인하여 회수할 수 없는 채권으로 쟁점대손금 즉, 청구법인이 광고대행사의 대표이사 소유 아파트에 한 근저당설정액(5억원)의 시가 4억원에 상당한 것으로 하여 자기조정으로 손금불산입한 것이어서, 처분청이 위 4억3천만원 외에 근저당설정액(쟁점대손금, 5억원)에 대하여 추가로 손금불산입한 것은 부당하다고 주장한다.

(바) 살피건대, 청구법인은 4억3천만원의 어음이 채무자의 사업의 폐지 등의 사유로 인하여 회수할 수 없는 채권이었기 때문에 부도발생일부터 6개월이 경과하지 아니하였다 하더라도 대손금에 해당하여 이를「법인세법 시행령」제62조 제1항 제9호 단서의 규정에 의하여 대손금의 범위에서 제외되는 쟁점대손금 즉, 청구법인이 광고대행사 대표자의 아파트에 한 근저당설정액 5억원에 대응되는 것으로 하여 손금불산입한 것이므로 처분청이 동 4억3천만원 외에 쟁점대손금을 추가로 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하나,

청구법인이 당초 2003사업연도 법인세 신고시 동 4억3천만원의 부도어음에 대하여 2004년 6월말 현재 부도발생일부터 6개월이 경과하지 아니하였다 하여 자기조정으로 손금불산입한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청이 이를 다투지 아니한 것으로 동 4억3천만원에 대하여 손금불산입하는 것은 당연할 뿐만 아니라, 동 어음은 광고주에 대하여 소구권 행사가 가능하고, 광고대행사가 광고주로부터 광고료를 회수할 책임이 있는 바, 청구법인이 실거래자인 광고주 및 배서인 등에 대한 채권회수 노력을 다하고 근저당을 실행하여도 회수할 수 없고, 소멸시효가 완성된 경우라야 대손처리 할 수 있을 뿐, 단순히 어음발행자의 부도 및 광고대행사 폐업 등의 사유만으로는 대손금으로 확정할 수 없는 바, 처분청이 청구법인이 자기조정으로 손금불산입한 4억3천만원 외에 청구법인이 부도일부터 6월 이상 경과하였다는 이유로 손금산입한 16억3,300만원 중에 근저당설정액인 쟁점대손금액(5억원)을 추가로 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 광고대행사로부터 OOO 및 OOO(이하 “쟁점어음발행인”이라 함)이 발행한 쟁점어음 1억4백만원을 수수한 것에 대하여 2004사업연도에 대손상각비로 계상하였다.

(나) 조사관청이 청구법인이 채권을 임의포기한 것으로서 접대비에 해당하는 것으로 본 쟁점어음의 내역은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 쟁점어음의 내역

OOO

(다) 쟁점어음발행인인 OOO과 최OOO은 어음의 지급기일 이전에 폐업하였으며(아래 <표10>), 체납발생 사실과 자료상으로 확정된 사실이 있음이 국세통합시스템의 자료에 의해 확인된다.

<표10> 쟁점어음발행인의 사업현황 등

OOO

(라) 청구법인과 광고대행사는 2001.9.30. 광고주와 수주한 광고의 신문게재 및 광고료 납입 등과 관련하여 체결한 약정서 제7조를 보면, ‘광고대행사는 현금 또는 광고주 발행의 선일자 수표 또는 은행도 지급어음으로 책임지고 광고료를 납입한다’고 규정하고 있으며, 동 제16조에는 ‘광고대행사의 채무가 보증금을 초과하거나 근저당권을 실행하여도 부족할 경우에는 광고주 등 제3자에게 갖는 일체의 채권을 그 채무 잔액에 달할 때까지 청구법인에게 양도하고 채권회수에 적극 협력한다’고 규정하고 있다.

(마) 조사관청은 청구법인이 쟁점어음에 대하여 광고대행사로부터 채권을 양도받아 광고주 등에 대한 매출채권을 직접 회수할 수 있음에도 아무런 조치 없이 광고주와 무관하면서 체납자 및 자료상이 발행한 어음으로서 채권회수가 불확실한 부실어음을 담보액을 초과하여 받은 후 대손처리한 것은 묵시적, 임의적 채권의 포기이므로 접대비에 해당한다고 보아, 광고대행사의 광고주가 발행하거나 배서한 어음을 제외한 부도어음인 쟁점어음 전액에 대하여 접대비 한도를 초과하므로 손금불산입한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(바) 이에 대하여, 청구법인은 쟁점어음은 청구법인이 광고대행사가 수주한 광고료 대가를 회수한 것으로 쟁점어음발행인이 청구법인의 광고주인지 여부 또는 쟁점어음발행인과 광고대행사의 거래여부 등과는 아무런 관련이 없는 바, 단지 매출채권의 회수를 위하여 광고대행사가 배서한 어음을 지급받은 것이며, 쟁점어음뿐만 아니라 광고대행사로부터 지급받은 부도어음에 대해서는 지속적인 변제요구 및 재산상태 파악을 통한 담보확보 등 회수노력을 하였으며, 쟁점어음발행인이 자료상이거나 체납자인 사실은 과세관청의 국세통합정보시스템에 의해서나 확인이 가능할 뿐만 아니라, 그 자료상확정일도 2004년 9월 이후이어서 청구법인이 아무런 조치없이 쟁점어음을 수취하였다는 의견은 부당하며, 쟁점어음이 부도발생일로부터 6개월 이상 경과하여 대손요건을 충족하고 있음에도 이를 채권의 임의포기로 보는 것은 부당하다고 주장하면서관련 자료를 증빙으로 제출한 바, 동 자료에 의하면, 2002.2.15.에는 청구법인이 광고대행사에 ‘채무변제에 대한 최고’를 하였고, 2003.3.4. 및 2003.9.2.에는 청구법인이 광고대행사로부터 1억1,300만원의 어음금액에 대한 지불각서를 받았으며, OOO주식회사는 청구법인이 광고대행사 대표 김OOO와 그의 배우자 이OOO 등 김OOO의 가족들을 조사대상자로 하여 2004.3.30. 의뢰한 재산조사결과를 2004.4.13. 청구법인에게 보고하였으며, 2004.5.12. 청구법인으로부터 2004.5.10. 의뢰받은 광고대행사 등에 대한 채권추심을 개시하였음을 청구법인에게 통보한 것으로 나타난다.

(사) 살피건대, 사업자가 재화 등을 공급하고 매출채권을 회수하는 과정에서 배서어음을 수취하는 경우에는 그 배서어음을 융통어음과 교환하였다가 교환으로 수령한 어음의 부도로 인하여 채권을 회수할 수 없게 된 경우나, 제3자가 발행한 어음이 감독관청의 허가가 없어 발행절차상의 하자로 부도처리된 경우에도 접대비로 보지 아니하고 손비처리할 수 있는 것이며, 처분청은 청구법인이 광고대행사로부터 채권을 회수하기 위한 노력을 하지 아니하였다는 의견이나, 청구법인이 쟁점어음뿐만 아니라 광고대행사로부터 지급받은 부도어음에 대해서 채권추심기관에 채권추심위임계약을 체결하여 채권추심을 의뢰하고, 부도어음에 대하여 소구권을 행사하여 지불각서 및 지속적인 변제요구를 통한 담보확보 등 회수노력을 한 사실이 있으므로, 처분청이 청구법인이 자료상인 쟁점어음발행자로부터 쟁점어음을 수취하였다는 이유로 이를 채권의 임의포기로 보아 쟁점어음금을 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 신문, 잡지 및 정기간행물 발행업을 영위하는 법인으로 쟁점컴퓨터 등을 구입하여 아래 <표11>과 같이 공·기구, 비품을 구입한 것으로 회계처리한 사실이 청구법인의 회계전표, 지출결의서, 물품구입품의서 등에 의하여 확인되고, 청구법인은 2002사업연도 법인세 신고시 쟁점컴퓨터 등의 구입대가인 86,530천원을 포함한 330,800천원을 투자금액으로 하고, 공제율 10%를 적용하여 33,080천원의 임시투자세액공제 신고를 하였다.

<표11> 컴퓨터 및 소프트웨어 구입명세

OOO

1) 위 <표11>에 대한 지출결의서상의 쟁점컴퓨터 등 구매내역과 관련하여 물품구입품의서를 보면, 편집국용 노후프린터 신규 교체 구입 건, 신문제작용 컴퓨터 구입의 건(본체 10대, 모니터 10대), OOO 소프트웨어 사용 연장 구입의 건이라고 기재되어 있다.

2) 쟁점컴퓨터 등 중 소프트웨어의 연장계약 확인서에는 계약대수 200대(PC), 계약제품 : OOO이라고 기재되어 있다.

(다) 조사관청은 청구법인이 임시투자세액공제대상으로 신고한 자산 중 쟁점컴퓨터 등은「조세특례제한법」제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제 대상자산이 아닌 공기구 비품에 해당되는 것으로 보아 이에 대한 공제세액 상당액인 8,653천원의 임시투자세액공제를 배제하였다.

(라) 청구법인은 비록 쟁점컴퓨터 등을 공기구비품으로 회계처리를 한 사실은 있으나, 쟁점컴퓨터 등 중 컴퓨터 본체, 모니터 및 프린터는 신문제작 전용프로그램인 씨티에스프로그램을 구동하기 위한 제작설비의 일부에 해당하는 것(일종의 입출력단말기 역할)으로 당해 컴퓨터에는 신문제작을 위한 동 프로그램이 설치되어 있고, 편집·제작국 외에 다른 관리부서에서 사용된 적이 없으며, 신문제작업(편집 및 공정 등)의 전반적인 과정이 모두 당해 컴퓨터에 의해 효율적으로 시행·관리·통제되고 있으며,쟁점컴퓨터 등 중 소프트웨어는 동 씨티에스프로그램 구동전용으로 사용하기 위하여 구매한 정품프로그램으로「법인세법 시행규칙」〔별표6〕의 적용을 받는 사업용자산에 해당하므로,단순히 전직원에게 보급되었다고 하여 이를 공·기구 및 비품으로 보아임시투자세액 공제를 배제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(마) 살피건대,「조세특례제한법」제26조의 규정에 의한 임시투자세액 공제대상 사업용 자산에는「법인세법 시행규칙」별표6의 업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산이 포함되는 것으로써, 컴퓨터 및 모니터 등의 하드웨어가 편집·제작국 등에서 사용되었다고 하더라도 신문제작 외에 일반사무용으로 사용가능한 것이므로 「법인세법 시행규칙〔별표5〕의 공구, 기구 및 비품에 해당되고, 소프트웨어는 전 부서에 배포되어 일반사무용으로도 사용이 가능한 것일 뿐만 아니라, 당초에 청구법인 스스로 쟁점컴퓨터 등의 매입에 대하여 공·기구 및 비품으로 회계처리한 사실 및 임시투자세액공제의 취지가 기업의 신규 투자촉진을 통한 성장잠재력 확충을 위하여 사업용자산에 대하여 세액공제를 해 주는 데 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점컴퓨터 등의 매입비용에 대하여 임시투자세액공제를 부인하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 쟁점⑥에 대하여살펴본다.

(가) 청구법인은 청구외 김OOO이 소유하고 있던 쟁점토지(3,612㎡)를 800백만원에 취득하기로 2002.7.3. 계약을 체결한 후 2002.8.2. 잔금을 지급하고 취득(등기접수일 2002.8.14)하였으며, 2002.12.3. 성OOO 외 1인에게 830백만원에 양도하기로 계약을 한 후 2003.2.18. 잔금을 받고 양도(등기접수일 2003.2.18.)하였음이 쟁점토지의 매매계약서 및 등기부등본 등에 의해 확인된다.

(나) 청구법인은 2002.7.16. OOO시장에게 쟁점토지 지상에 3,612㎡ 규모의 신문생산 공장신설승인신청을 하여 2002.7.24. 공장신설승인을 받은 사실이 동 시장이 발급한 공장신설승인서에 의해 확인되나, 공장신설승인 후 청구법인이 공장건축허가신청 또는 공장건축허가 제한에 관한 질의 등을 하였거나 OOO시청이 청구법인에게 공장건축허가 제한에 관한 통보를 한 사실은 없는 것으로 조사된 바, 동 승인서에 의하면, 공장신설승인서 수령 후 승인일로부터 2년 이내에 사업에 임하기 바라며, 승인조건 불이행시 승인취소되고, 농지조성비(39,016,400원)을 납부하며, 건축연면적의 합계가 200㎡ 이상일 경우는 공장총량 규제대상이며 OOO시의 총허용량이 소진되었을 경우에는 건축허가(신고 등)가 유보된다고 명시되어 있다.

(다) 조사관청은 청구법인이 쟁점토지 취득당시 공장건축총량이 소진되었음을 알고 있었고, 건축허가를 신청하여 공장건축총량을 추가배정 받을 수 있음에도 건축허가신청도 하지 않아 공장건축허가제한에 관한 별도의 통보를 받지 않은 채, 쟁점토지를 양도하였다 하여 쟁점토지를 업무무관 부동산으로 보아 관련 지급이자 33,789천원을 손금불산입하였다.

(라) 청구법인은 조사관청의 이 건 관련 세무조사중인 2006.12.22. OOO시에 공장총량 사용현황 자료요청을 한 바, 이에 대해 OOO시는 2002년 7월말 공장건축총량보고 공문(OOO시장이 OOO지사에게 보고, 2002.8.6.)과 공문의 첨부자료 중 공장건축총량 집행실적보고서 및 OOO시 공장총량 운영지침을 청구법인에게 회신한 바, 그 주요내용은 공장총량이 소진되어 한시적으로 2002.8.31.까지 공장총량운영지침계획을 세워 운영중에 있으며, OOO지사에 공장건축 총 허용량의 추가배정을 요청한 것으로 되어 있다.

(마) 청구법인은 쟁점토지를 신문생산공장부지로 매입하였고 공장건설을 추진하다가 중단한 바, 비업무용 부동산에 해당하지 아니한다고 주장하면서, 2002.8.23.자 “공장건설 관련 경과보고”라는 제목의 내부 문서 등을 증빙으로 제출한 바, 동 문서의 주요내용은 공장건설 완료시까지 한시적으로 OOO 현장사무소에 공장건설팀을 구성하여 운영하며, 2003년 3월 완공을 목표로 공장건설을 추진하나 동절기 공사등에 따른 시한성의 문제가 있으며, 수도권정비계획법에 의한 공장총량규제로 2002년 10월까지 건축허가를 받지 못할 경우 공장건설계획은 취소할 수밖에 없다고 되어 있으며, 청구법인의 계정별 원장(토지)을 보면, 청구법인이 공장부지 매매계약금 및 잔금 8억원, 농지조성비 39,016,400원, 공장설립 농지전용 설계 용역비 5,454,540원 등을 지출한 것으로 계상되어 있다.

(바) 살피건대,「법인세법」제27조의 규정을 적용함에 있어서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 및 유예기간 중에 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 부동산은 업무와 관련 없는 부동산에 해당하는 것인 바, 공장건설승인서에 공장건축총량에 대하여 언급되어 있는 바, 승인당시 OOO시의 공장건축총량이 대부분 소진되었음을 알고 있었을 것으로 보이는 점, OOO시의 공장건축총량 운영지침에 의하면 공장건축총량 추가배정 건의를 한다는 내용도 있어, 청구법인이 공장건축허가 신청을 할 경우 공장건축총량을 추가배정받아 공장신축이 가능할 수 있음에도 불구하고, 이후 쟁점토지 양도시까지 청구법인이 OOO시에 공장건축허가신청을 하지 아니한 채, 공장건축을 포기하고 중도에 매각한 것이므로 쟁점토지는 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제2호에서 규정하는 ‘부득이한 사유가 있는 부동산’으로서 비업무용 부동산에서 제외되는 부동산에 해당되지 아니한다 할 것이어서, 처분청이 쟁점토지를 같은 법 시행령 제49조에서 규정하는 업무무관 부동산에 해당되는 것으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.