조심 2019전4171 (2020.11.30)

OOO세무서장이 2019.8.8. 청구법인에게 한 법인세 OOO원의 부과처분과 2019.8.9. 청구법인의 전(前) 대표이사 OOO에게 2016년 귀속분 OOO원을 상여로 소득처분한 소득금액변동통지는 두부의 제조방법과 관련한 청구법인의 전(前) 대표이사 OOO 명의의 특허OOO가 OOO 개인이 발명하였는지 여부와 해당 특허발명이 직무발명에 해당하는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.5.16.부터 두부 제조 및 도소매업을 영위하는 사업자로, 2016.2.29. 당시 대표이사였던 OOO 소유 명의의 두부의 제조방법과 관련한 특허권(특허번호 OOO호로 이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원에 취득하고 무형자산으로 계상하였고, 그 대가는 대표이사 가지급금과 상계하였으며, 동 금액에 대하여는

「소득세법」제21조

에 따라 기타소득으로 원천징수하여 신고·납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 2019.4.8.부터 2019.4.25.까지 처분청에 대한 정기 감사를 실시하여 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있었음에도 OOO으로부터 취득하는 거래를 통하여 법인자금을 부당하게 유출하였다고 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 2019.8.8. 청구법인에게 법인세 OOO원을 경정.고지하고, 2019.8.9. 쟁점특허권 대가 OOO원을 청구법인의 전 대표이사 OOO에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구번인 주장

(1) 쟁점특허권은 청구법인 소유가 아닌 전 대표이사 OOO 개인의 재산권인 특허권이다.

(가) (쟁점특허권의 취득 경위) 청구법인은 콩을 주원료로 순두부 등을 제조하는 업체로 특허권자 OOO은 특허권 취득시 대표이사로 재직하였으며, 단순 콩만을 이용하여 두부를 제조하는 것 뿐만아니라 나물(냉이, 두릅, 명이나물 등)을 이용한 두부 제조방법을 연구하게 되었다.

OOO은 나물의 추출물을 혼합하면 두부 제조시 맛과 영양 및 식감이 좋아 상품가치를 향상시켜 소비자의 다양한 욕구를 충족시킬 수 있다고 판단하여 나물을 이용한 두부 제조방법을 연구하게 되었고, 청구법인에 근무한 시간 이외에 주로 자택에서 장기간의 연구를 통하여 나물을 이용한 두부의 제조방법에 관한 특허권을 취득하였다.

한편 청구법인은 대표이사가 개인적으로 취득한 쟁점특허권이 법인 사업과 관련이 있어 2016년 3월 감정평가법인의 평가를 받아 취득하게 되었다.

(나) 나물을 이용한 두부제조방법은 고액의 기계장치 및 연구설비가 필요치 않은 것으로 소액의 비용으로 연구가 가능하여 비용지출에 대한 증빙은 보관하고 있지는 않으나, 연구시마다 메모를 하여 연구노트를 작성하였고, 특허 출원비용을 OOO의 개인비용으로 지출하였다. 처분청이 주장하는 청구법인의 연구부서는 제품품질향상을 위한 연구부서이고, 연구개발 인건비는 모두 연구개발팀의 인건비와 소모품비 지출이며, 쟁점특허권 연구와 관련된 지출이 전혀 없다.

(다) (특허권자의 쟁점특허권 취득과 관련한 비용) 처분청은 OOO이 청구법인을 사실상 지배하고 있는 지배주주이고, 청구법인이 대표이사인 특수관계인으로부터 쟁점특허권을 취득하였으나, 특허권의 발명.개발 및 연구 활동에 소요된 비용이 OOO 개인 자금으로 지출되었다는 증빙자료가 없다는 이유로 대표이사 OOO 개인의 특허권을 인정하고 있지 않고 있으나, 청구법인이 취득한 쟁점특허권은 농산물인 콩과 나물을 이용한 두부제조 방법에 관한 것으로, 연구 활동에 고액의 기계장치 및 연구설비가 필요없이 통상의 재료가 나물로 소액의 연구비용만으로 원재료인 콩과 나물의 혼합비율에 대해 얼마든지 연구가 가능하다.

특허권자 본인이 가정집에서 다수의 실험과 연구를 진행하여 쟁점특허권을 취득하였고, 연구개발시 개별 건의 지출 등의 증빙서류는 보관하고 있지 않으나 실험시마다 실험결과에 대한 품질관련 연구서류는 상시 보관 작성하였으며, 이를 토대로 특허권을 출연하고 취득하게 된 것이다.

(라) OOO이 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 청구법인의 경영전반에 대하여 자문을 받았고, 그 과정에서 특허권 양수도를 통한 가지급금 처리방안이 있음을 알게 되었으며, 쟁점특허권을 감정평가의뢰하였는데 OOO가 관련된 것은 사실이나, 쟁점특허권의 최초 주제발상, 연구, 비용부담, 출원의뢰 등 핵심적인 과정은 전적으로 OOO 개인이 하여 OOO을 특허권자로 등록한 것이므로 OOO이 쟁점특허권의 소유자임은 명백하다.

(마) 쟁점특허권의 특성상 제작과 실험에 따른 상당한 시간과 비용 인원이 소요되는 점은 사실이나, OOO 개인이 혼자 모든 연구개발을 하였으며, 두부의 제조방법이 청구법인의 사업과 직접적인 연관이 있기는 하나 쟁점특허권 발명에 청구법인이 관여한 점이 전혀 없어 청구법인이 발명하였다고 추정할 수 없다.

쟁점특허권 등록 당시 OOO이 청구법인의 대표이사로 재직하면서 급여를 수령하고 있었던 것은 사실이나, OOO이 근무시간 외에 쟁점특허권을 연구하여 청구법인의 대표이사로서 직무수행의 일부로 볼 수 없다.

(바) 대법원 1998.7.10. 선고 97누13894 판결에서도 과세요건에 대한 입증책임은 과세관청에 있다고 판시하고 있고, 이 건 과세요건은 쟁점특허권이 발명 당시부터 청구법인 소유라는 것인바, 과세요건이 입증되지 않았다. 또한 과세요건의 추정된 사실이 밝혀지면 당해 과세처분이 위법한 처분이라고 단정할 수 없다고 할 수 있겠으나, 이 건은 과세요건의 추정된 사실, 즉 쟁점특허권을 청구법인이 발명하였다고 볼만한 객관적인 사실이 입증되지 않았다.

(2) 쟁점특허권은 직무발명 요건에 해당하지 않는다.

(가)「발명진흥법」상 직무발명은 종업원등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 사용자등의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 직무에 속하는 경우를 말하는바, 이 건의 경우 OOO이 청구법인의 직무수행 중 발명한 것이 아니고 법인의 업무와 무관하게 개인적으로 근무시간 외에 발명한 것이어서 ‘직무에 관하여’ 및 ‘직무에 속하는’ 발명으로 볼 수 없다.

(나) 설사 OOO이 쟁점특허권을 발명한 것이 직무발명에 해당하여 통상실시권을 갖는다고 하더라도, 이를 행사할 경우 직무발명에 대한 보상을 하거나 통상실시권 사용에 대한 사용료를 지급하여야 하므로 청구법인이 추가적인 비용지불 없이 통상실시권을 사용할 수 있는 것은 아니다.

또한 특허권은 통상실시권 뿐만 아니라 전용실시권을 포함한 권리이고, 청구법인이 쟁점특허권을 소정의 사용료만 지급하고 통상실시권만 가질 것인지, 모든 통상실시권 뿐만 아니라 전용실시권, 처분권을 포함한 특허권 자체를 양수하여 청구법인의 자산으로 할 것인지는 청구법인의 당시 제반상황에 따라 결정할 경영상 판단의 문제이다.

(3) 쟁점특허권은 청구법인의 대표이사가 개발하여 특허등록한 개인 소유의 특허권으로 청구법인이 실질적으로 소유권을 가지는 특허권이 아니다.

(가) 처분청은 청구법인의 대주주이자 청구법인의 대표이사인 OOO이 우월적 지위를 이용하여 청구법인이 다년간의 실험과 시행착오를 거쳐 발명한 쟁점특허권을 본인의 명의로 등록하여 법인에게 양도하고 법인 자금을 부당하게 유출하였다는 의견이나, 청구법인의 연구부서가 설립된 2014.8.11.부터 쟁점특허권의 특허 출원시기인 2016.2.23.까지 청구법인의 연구인력 개발비 계정별 원장을 살펴보면, 2014년에 인건비 OOO원과 OOO원으로, 연구개발팀의 인건비와 소모품비 등 지출액이 전부이며, 대표이사 OOO이 쟁점특허권을 취득하기 위하여 연구 재료로 사용한 명이 나물, 냉이, 두릅 및 부재료인 양파 분말 등을 매입한 내역이 전혀 없다. 또한 청구법인의 연구부서는 청구법인이 생산하여 납품하는 제품에 대하여 납품처에서 요구하는 개선과제 해결 및 제품의 품질을 향상시키는 연구와 소비자 클레임 발생시 해당 클레임을 근거로 품질을 개선하는 연구활동을 하는 부서로서 쟁점특허권 개발을 위하여 연구활동을 하는 부서가 아니다.

처분청의 주장대로 청구법인이 쟁점특허권을 다년간의 연구를 통하여 취득한 것이라면 시제품, 견본품 등 연구 결과물이 존재하여야 하나 청구법인에서는 쟁점특허권 취득 전 쟁점특허권 관련 제품을 생산한 사실이 없고, 쟁점특허권 취득 후 현재 관련 제품 생산에 필요한 설비 등을 구상 중에 있을 뿐 쟁점특허권과 관련한 제품 제조를 진행한 사실 또한 없다.

(나) 처분청은 청구법인의 대표이사 OOO이 OOO 법인의 대표이사로 재직하며 급여를 수령하였고 쟁점특허권 창설에 기여가 있다고 할지라도 이를 법인의 대표이사로서 법인의 직무수행의 일부로 보아야 한다는 의견이나, 처분청의 주장대로 대표이사 직무수행의 일부로 보려면 청구법인의 대표이사 OOO이 청구법인 연구부서의 직원들과 함께 연구 활동을 진행하였어야 하나 그러한 사실이 없고, 연구 활동에 소요되는 재료 및 비용도 청구법인이 지출한 내역이 전혀 없다. 또한 대표이사 OOO은 쟁점특허권을 취득하기 위하여 개인적으로 업무 시간 외에 연구에 필요한 재료 등을 자비로 구입하여 다년간 연구를 진행하였고, 연구 내용을 개인 노트에 메모 형식으로 기록하였으며, 기록 자료를 살펴보면 청구법인의 대표이사 OOO이 개인적으로 다년간 쟁점특허권 발명을 위해 연구하고 노력한 사실을 확인할 수 있다.

(4) 청구법인의 대표이사 OOO은 현재까지도 계속적으로 다양한 연구를 진행하고 있으며, 해당 연구의 업적물을 연구보고서 형태로 작성하여 본인의 연구업적을 지적재산권화하고 있고, 현재도 콩 부산물을 이용한 제품 특허 출원을 계획하고 있다.

나. 처분청 의견

청구법인의 대주주이자 대표이사인 OOO은 그 우월적 지위를 이용하여 본인 소유가 아닌 쟁점특허권을 본인의 명의로 등록하여 법인에게 양도하고 법인자금을 부당하게 유출하였다.

(1) 청구법인은 주주총회의 결의를 거쳐 정상적으로 쟁점특허권을 취득하였다고 주장하나, 청구법인은 대표이사 OOO 그 특수관계자가OOO 주식을 보유하고 있어 대표이사 OOO이 사실상 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있으며, 이러한 지위를 이용하여 대표이사 OOO이 법인 소유의 쟁점특허권을 등록 후 이를 다시 청구법인이 취득하는 방법으로 법인자금을 부당하게 유출한 것이다.

청구법인은 OOO의 노하우를 바탕으로 본인의 가정집에서 다수의 실험과 연구를 진행하여 쟁점특허권을 취득하였고, 연구개발시 개별건의 지출 등의 증빙서류는 보관하고 있지 않으나 실험시마다 실험결과에 대한 품질관련 연구서류는 상시 보관.작성하였으며, 이를 토대로 특허권을 출연하고 취득하였다고 주장하나, 감사 당시 제출한 소명서에서는 “연구와 실험은 현업에 종사중인 본인의 지인을 통해 진행하였으므로 연구결과는 서로 공유하고 있지만 연구 결과에 대한 기록 여부를 제게 전달해 달라고 요청하지 않았습니다.(OOO 대표)”라고 소명하였고, 청구법인 대표이사 OOO이 작성한 것으로 하여 제출된 ‘봄나물 식물 추출물을 혼합한 두부의 제조방법 연구보고서’도 컨설팅 업체인 OOO가 작성한 것으로 보여지므로 청구법인의 주장은 신뢰할 수 없다.

(2)

「특허법」제33조

제1항 본문은 ‘발명을 한 자 또는 그 승계인은 「특허법」에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다.’고 규정하고 있는데,

「특허법」제2조

제1호는 ‘발명’이란 ‘자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다.’고 규정하고 있으므로

「특허법」제33조

제1항 본문에서 규정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하였거나 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다고 할 것인바(대법원 2014.11.13. 선고 2011다77313.77320 판결 등 참조), 청구법인이 제출한 자료의 내용만으로 대표이사 OOO이 쟁점특허권과 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지가 확인되지 않고, 기술적인 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할 만한 입증자료의 제시도 부족하며, 쟁점특허권의 특성상 기술의 실현가능성.효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 실험에 따른 상당한 시간, 비용, 인원이 소요되므로 쟁점특허권 출원 시점에 청구법인 외 OOO 업체의 대표이사로 재직하였던 OOO 개인이 모두 하였다고는 보기 어려운 반면 쟁점특허권은 청구법인의 사업과 직접적인 연관이 있어 청구법인이 수많은 실험 및 시행착오를 거쳐 발명하였다고 보는 것이 합리적이다.

또한 OOO은 쟁점특허권의 등록시점에 이미 청구법인의 대표이사로 재직하면서 급여를 수령하였고 OOO이 특허권 창설에 기여가 있다고 할지라도 법인의 대표이사로서 법인의 직무수행의 일부로 보아야 한다.

(3) 대법원은 과세요건에 관한 입증책임은 과세관청에 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건의 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 그 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못한 다는 것을 입증하지 않는 한 당해 과세처분이 과세요건을 구비하지 못한 위반한 처분이라고 단정할 수 없는바(대법원 1998.7.10. 선고 97누13894 판결, 대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결 등 참조), 쟁점특허권과 관련하여 대표이사 OOO이 기술적인 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할 만한 입증자료의 제시도 부족하다.

(4) 쟁점특허권을 청구법인의 주장과 같이 대표이사 OOO이 개발한 것이라고 가정하더라도 쟁점특허권은 대표이사가 직무상 발명한 직무발명에 해당하여 청구법인은 쟁점특허권에 대하여 통상실시권을 갖는 것으로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

「발명진흥법」제2조

제2호에서 직무발명을 “종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자.법인 또는 국가나 지방자치단체의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제10조 제1항에서는 “직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 ”특허등“이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자 등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권에 대하여 통상실시권을 가진다.”고 규정하고 있는바, 쟁점특허권의 발명은 청구법인의 업무범위에 속하는 발명이고 그 발명을 하게 된 행위가 대표이사로 재직하는 기간에 직무에 속하는 범위에서 이루어진 발명으로「발명진흥법」에서 규정하는 직무발명에 해당한다. 이러한 직무발명에 대하여 청구법인은 법에 의하여 통상실시권을 가지는 것으로서 대표이사 OOO으로부터 특허권을 양수하지 아니하고도 쟁점특허권으로 사업을 실시할 수 있는 권리를 갖게 되는 것으로 OOO으로부터 쟁점특허권을 양수하지 않아도 쟁점특허권 통상실시권자의 자격으로 추가적인 비용 지불없이 쟁점특허권으로 제조 활동이 가능하다.

그럼에도 불구하고 청구법인은 대표이사 OOO이 직무상 취득한 특허권에 대한 권리 주장 없이 오히려 OOO에게 고액을 지급하고 특허권을 취득하는 것으로 하여 법인자금을 부당하게 유출하였다.

(5) 청구법인은 연구보고서가 OOO와 상관없이 OOO 본인의 연구 업적물을 지적재산권화를 위하여 연구보고서 형태로 작성한 것이며, 청구법인은 대표이사 OOO 소유의 특허권을 취득하는 과정에서 평가액 적정여부 등을 확인하기 위하여 OOO에 기술가치 평가 등을 의뢰한 것이라고 주장하나, 연구보고서와 감정평가서 상에 동일하게 기재되어 있는 ‘두부 시장 동향’ 등은 쟁점특허권 출원에 관련 없는 내용으로 지적재산권화를 위해 연구보고서를 작성하였다는 청구법인의 주장은 신뢰할 수 없다.

OOO가 법에서 정한 감정평가기관이 아닌데도 더 큰 비용을 지급하면서 쟁점특허권에 대하여 ‘기술가치 평가’를 의뢰한 것은 기 제출한 의견서에도 언급하였듯이 국세통합전산망 상의 OOO가 청구법인 외 타 법인에게 ‘가치평가수수료’ 명목으로 발행한 세금계산서와 그 법인들의 특허권 등 무형자산을 계상한 신고내역, 연구보고서들을 볼 때 청구법인이 제출한 연구보고서의 작성된 목적을 알 수 있다.

(6) 청구법인은 대표이사 OOO이 근무시간 이외의 시간에 개인의 비용을 들여 쟁점특허권을 발명하였다고 주장하나, 쟁점특허권의 출원부터 권리이전 등록까지의 일련의 과정을 볼 때 청구주장은 신뢰할 수 없다. 특허출원과정부터 OOO의 컨설팅 비용으로 법인의 자금이 사용되었고, 쟁점특허권 출원비용이 대표이사 개인비용이 들어갔다고 하나 이는 연구보고서 작성과 마찬가지로OOO의 컨설팅으로 청구법인의 경영과정에서 개발된 청구법인의 성과물인 쟁점특허권을 대표이사의 성과물처럼 보이게 하기 위하여 위장한 것이며, 이는 쟁점특허권와 관련하여 세무조사를 회피하기 위해 OOO가 연구보고서를 작성하였다는 사실에서도 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대표이사로부터 쟁점특허권을 취득한 거래에 대하여 부당행위계산 부인대상으로 보아 법인세를 과세하고 소득금액변통통지를 한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

(3) 발명진흥법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이

「중소기업기본법」 제2조

에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나나타난다.

(가) 청구법인의 전 대표이사 OOO은 청구법인의 주식 OOO주식을 보유하였다.

(나) 쟁점특허권의 발명 명칭은 두부의 제조방법이며 두부를 제조하는 과정에서 명이나물, 냉이, 두릅과 같은 식물 추출물을 혼합하여 두부에 다양한 영양소를 첨가함과 아울러 색상을 부여하고, 부원료로서 양파 분말을 첨가하여 상기 식물 추출물의 맛과 향을 보완함으로써 두부의 상품가치를 더욱 향상하도록 하는 두부의 제조하는 방법에 관한 것으로 기재되어 있으며, 특허청 등록내용은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점특허권의 내역

(다)청구법인은 쟁점특허권을 2016사업연도에 무형자산 OOO원으로 장부에 계상하고 2016∼2018사업연도에 감가상각하여 2018년말 쟁점특허권 기말잔액 OOO원을 계상하였고, 전 대표이사 OOO에게 지급한 쟁점특허권 대가에 대하여는 기타소득으로 원천징수 신고를 하였다.

(라) OOO지방국세청장은 청구법인에게 쟁점특허권과 관련하여 대표이사의 발명근거, 비용 및 회계처리 등 증빙자료를 제출하도록 해명안내문을 발송하였고, 청구법인은 소명서와 함께 2016.2.29. 작성된 쟁점특허권 양수.양도 계약서, 감정평가서(OOO에 의뢰하여 2016.3.29. 작성되었음), 봄나물 식물 추출물을 혼합한 두부의 제조방법 연구보고서, 특허등록원부, OOO가 2016.4.1. 청구법인에게 발송한 ‘특허자본화 사업 완료 알림의 건’ 문서 등을 제출하였다.

(마) 청구법인은 2014.8.11. 연구전담부서 설립 이후 연구인력개발비 인건비로 OOO원을 지출하였다.

(바) OOO지방국세청장은 OOO가 타 법인에게도 유사한 형태(제목 및 목차)로 연구보고서를 작성하고 가치평가수수료를 수수하였다며 다른 연구보고서의 제목 및 목차 등을 제시하고 있다.

(2) 청구법인이 제출한 증거서류는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 OOO 명의로 등록된 특허증 등의 사본을 제시하고 있다.

＜표2＞ OOO 명의의 특허 및 디자인등록증 내역

(나) OOO가 평가한 쟁점특허권 감정평가서(2016.3.29.)에는 OOO(감정평가표 상의 의뢰인은 청구법인임)가 의뢰하여 2015.12.31.를 기준시점으로 하여 감정평가를 하였고, 감정평가액은OOO원으로 나타난다.

(다) 청구법인과 OOO 간의 쟁점특허권에 대한 양수도계약서(2016.2.29.)에는 쟁점특허권을 OOO원으로 청구법인에게 양도하고, 그 대금은 발명자 OOO의 가지급금 중 OOO원과 상계하는 것으로 나타난다.

(라) OOO 작성하였다는 연구일지 노트 사본을 제시하고 있는바, 기능성 두부의 제조방법 등에 대한 내용이 나타난다.

(마) 쟁점특허권 취득을 위한 비용 지출내역에는 OOO 명의 OOO에서 2016.2.22. OOO원이 출금되어 OOO 명의의 계좌로 입금된 내역 등이 나타난다.

(바) 청구법인의 경상연구개발비 계정별 원장을 제시하고 있는바, 2014년에 소모품 OOO과 인건비 OOO원을 지출한 것으로 나타난다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권을 청구법인의 전(前) 대표이사 OOO이 발명하였다고 주장하나, 청구법인이 컨설팅계약을 체결하고 그 수수료를 지급하였고, 처분청이 제시한 OOO의 홍보자료에는 ‘특허자본화 S.O.S-유사특허, 직무특허, 특수관계인의 부당이익거래 및 부실한 감정평가서 내용 등이 세무조사의 대상이 된다. OOO에서 연구보고서 작성을 통해 소명자료를 만들어준다’는 내용 등으로 홍보하고 있고,OOO지방국세청장의 처분청에 대한 감사 당시에 OOO이 작성한 것으로 하여 소명서에 첨부되어 제출된 ‘봄나물 식물 추출물을 혼합한 두부의 제조방법 연구보고서’는 OOO이 아닌 OOO가 작성한 것으로 보여지는 점, 청구법인은 별도의 연구부서가 있어 쟁점특허권의 발명에 관여하였을 가능성이 있는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 그대로 받아들이기는 어려워 보인다는 처분청의 주장이 일리가 있어 보이는 측면이 있기는 하나,

OOO은 두부의 제조방법 등과 관련하여 다수의 특허권을 보유하고 있으므로 쟁점특허권을 발명할 수 있는 전문지식을 갖추고 있다고 볼 수 있는 점, 쟁점특허권은 나물과 콩을 혼합하여 만드는 두부의 제조방법에 관한 것으로 연구비용이 많이 발생하지 않을 것으로 보이고, 개인이 이와 관련한 지출증빙을 일일이 갖추기도 쉽지 아니하였을 것으로 보이는 점, OOO은 쟁점특허권과 관련한 연구일지를 제시하고 있는 점, 쟁점특허권 등록과 관련한 비용을 청구법인이 아닌 OOO이 지급한 것으로 나타나고, 쟁점특허권의 특허권자도 OOO인 점 등에 비추어 OOO이 쟁점특허권을 발명하지 아니하였다고 단정하기도 어려운 것으로 판단된다.

따라서 처분청은 OOO이 작성한 쟁점특허권과 관련한 연구일지의 진위 여부, 특허출원비용에 대한 OOO의 지출증빙을 포함하여 청구법인의 연구부서가 특허발명에 관여하였는지 여부 및 쟁점특허권이

「발명진흥법」제2조

제2호에 따른 직무발명에 해당하는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액 등을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.