국심1998경1696 (1999.12.29)

북인천세무서장이 1998.3.10 청구법인에게 한 1996 사업연도 법인세 과세표준과 세액의 통지처분은 청구법인의 1996사업연도 소득금액계산시 29,017,792,441원을 익금불산입하여 그 과세표준을 경정한다.

1. 원처분 개요 청구법인은 인천광역시 부평구 OOO동 OOO에 본점을 두고 자동차도매업을 영위하는 회사로서 1995.10.16 OOO자동차판매 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)를 장부가액에 의하여 흡수합병하는 합병계약을 체결하고 1996.3.30 합병등기를 경료하였다(청구법인은 1996.4.1 OOO자동차판매 주식회사로 상호변경하였다가 1997.3.7 주식회사 OOO자판으로 상호변경하였다). 북인천세무서장은 피합병법인이 1993년～1994년 중에 장기할부판매조건으로 자동차를 판매하였으나 합병등기일 현재 세무회계상 손익귀속시기가 도래하지 아니하여 익금불산입한 미실현할부매출이익 33,402,741,560원과 피합병법인이 합병등기일전 결산시 정기적금 등에 대한 기간경과분 수입이자를 안분하여 미수수익으로 계상하였으나 합병등기일 이후에 수입실현시기가 도래함에 따라 익금불산입한 미실현수입이자 5,471,933,887원(피합병법인의 미실현할부매출이익과 미실현수입이자를 합한 금 38,874,675,447원을 이하 “쟁점금액”이라 한다)중 1996사업연도에 수입시기가 도래하는 미실현할부매출이익 25,218,563,002원, 미실현수입이자 3,799,229,439원 합계 29,017,792,441원은 1996사업연도의 익금에, 1997사업연도에 수입시기가 도래하는 미실현할부매출이익 8,082,341,279원, 미실현수입이자 1,664,465,232원 합계 9,746,806,511원은 1997사업연도의 익금에 각각 가산하여 1998.4.10 청구법인에게 1997사업연도 법인세 2,949,056,730원(1996사업연도는 이월결손금으로 인하여 고지세액이 없다)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.3.20 심사청구를 거쳐 1998.6.30 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 (1) 피합병법인은 1995.10.15 청구법인과 합병계약을 체결하고 합병등기일 현재 세무회계상 미실현이익인 쟁점금액에 대하여 법인세과세가 합병법인에게 승계되어 합병법인의 각사업연도소득으로 과세되는지 아니면 피합병법인의 청산소득으로 과세되는지에 대하여 1995.11.3 국세청장에게 질의하고 그 질의에 대한 회신에 따라 합병등기를 경료하고 쟁점금액을 청산소득으로 신고하였는바, 위 질의에 대하여 국세청장이 1997.11.18자 법인46012-4246호 예규로 피합병법인에게 회신한 내용에 의하면 합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 장부상금액에 의하여 흡수합병하거나 합병회계준칙 제5조의 규정에 의한 공정가치로 평가한 가액에 의하여 흡수합병하는 경우 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에게 승계되지 아니하는 것으로 되어 있고, 1997.12.31 삭제전 법인세법기본통칙 5-1-6...43(피합병법인의 세무조정사항 승계)에서도 승계되지 않는 것으로 해석하고 있는데, 국세청장이 위 법인세법기본통칙 5-1-6...43을 삭제하면서 그 부칙에 의거 위 통칙 삭제전에 합병계약이 이루어진 것에 대하여도 피합병법인의 세무조정사항인 쟁점금액에 대한 법인세과세가 합병법인에 승계되어 법인세법 제17조(손익의 귀속시기)의 규정에 따라 합병법인의 각사업연도소득에 귀속시켜 과세하도록 한 것은 국세기본법 소정의 신의성실의 원칙, 조세관행존중의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배된 처분이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다. (2) 법인세법에서 피합병법인의 청산소득과세제도를 두고 있는 취지는 합병으로 인하여 피합병법인의 인격이 소멸되는 것을 전제로 하는 것이므로 피합병법인의 세무조정사항에 대한 법인세과세는 합병법인에게 승계되지 않는 것으로 보아야 하며, 따라서 피합병법인의 청산소득범위에는 기업회계와 세무회계의 손익인식기준의 차이로 인하여 피합병법인의 각사업연도소득금액계산시 익금에서 제외된 미실현이익이 포함되는 것이고, 합병법인은 피합병법인의 순자산가액에 쟁점금액을 포함하여 합병비율을 산정한 후 피합병법인의 순자산을 취득하고 그 대가로 피합병법인의 주주 등에게 합병주식을 교부하였는바, 이는 합병으로 인하여 합병법인의 자본금이 증가한 자본거래에 해당하고 현행 법인세법은 자본거래에 대하여 법인세를 과세하지 않고 있으므로 쟁점금액을 합병법인의 각사업연도소득으로 과세할 수 없으며, 합병등기일 후에 합병법인에게 귀속되는 장기할부조건판매매출액 등은 합병법인이 쟁점금액을 합병으로 인하여 취득한 결과에 불과하고, 상법상 합병시 합병법인에게 포괄적으로 승계되는 권리의무는 피합병법인의 동산, 부동산, 채권과 채무 등 구체적인 권리의무를 의미하고 기업회계상 또는 세무회계상 관념적인 수치에 불과하고 구체적인 권리의무가 아닌 피합병법인의 자본금, 적립금, 세무조정과 같은 원래 피합병법인의 과세소득산출을 위한 경리관계에 지나지 아니하는 것을 승계한다는 것으로 볼 수 없으므로 쟁점금액에 대한 법인세과세는 합병법인에게 승계되지 않고 피합병법인의 청산소득으로 과세하여야 한다. 나. 국세청장 의견 (1) 합병등기일 현재 법인세법상 과세시기가 도래하지 아니한 쟁점금액을 피합병법인의 결산상 수입으로 계상하고 이를 익금불산입하는 것은 피합병법인의 세무조정사항이고, 합병등기일 후에 세법상의 과세시기가 도래하여 이를 합병법인의 각사업연도소득금액계산상 익금에 산입하는 것은 합병법인의 독립된 세무조정사항이므로 법인세법 제17조의 규정을 적용하여 피합병법인 또는 합병법인의 각사업연도소득금액을 계산하는 것은 피합병법인과 합병법인간의 세무조정승계사항이 아니다. (2) 피합병법인이 직원 OOO의 명의로 제출한 질의에 대하여는 구체적인 상황판단을 할 수 없어 1995.11.18 세무조정에 대한 일반론적인 답변을 하였다가 이 건과 직접 관련이 있음을 파악하고 오해의 소지가 없도록 이 건 과세처분 대상사업연도가 종료하기 전인 1997.12.2 당초 회신내용을 변경하여 통지(법인46012-3108, 1997.12.2)한바 있으므로 국세청장은 이 건과 동일한 과세대상에 대하여 과세하지 않는다는 구체적인 공적견해를 표명한 사실이 없으며, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재하거나 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 과세하지 않는다는 의사표시를 한 사실이 없고 따라서 과세관청이 일반적으로 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하여 과세처분한 것이 아니므로 이 건 과세처분은 새로운 해석에 의한 소급과세금지와 신의성실의 원칙 및 조세관행존중의 원칙에 위배되지 않는 적법한 과세처분이다. (3) 법인의 각사업연도소득금액계산에 있어 손익귀속시기에 관하여 구체적으로 규정하고 있는 법인세법 제17조(장기할부조건 자산양도·장기도급계약에 의한 건설 또는 제조·수입이자에 대한 손익의 귀속시기 등)의 규정을 적용하여 피합병법인 또는 합병법인의 각사업연도소득금액을 계산하는 것은 피합병법인과 합병법인간의 세무조정승계사항이 아니고(법인46012-3108), 피합병법인의 각사업연도소득금액계산시 손익귀속시기 미도래로 익금불산입 또는 손금불산입한 것이 합병일 이후에 도래하는 경우에는 합병법인에게 귀속시키는 것이므로 피합병법인의 미실현장기할부조건판매이익과 미실현수입이자 중 합병등기일 후인 1996사업연도와 1997사업연도에 수입실현시기가 도래한 쟁점금액을 피합병법인의 권리와 의무를 포괄적으로 승계한 합병법인의 할부조건판매이익과 수입이자로 보아 법인세 과세표준과 세액을 경정한 이 건 과세처분은 적법하다. (4) 설사 피합병법인의 세무조정사항이 청산소득에 반영되어 과세되었다 하더라도 각사업연도소득금액에 대한 과세와 청산소득에 대한 과세는 별개로서 청산소득의 과세시 반영된 소득금액을 합병법인의 각사업연도소득계산시 이를 제외한다는 별도의 규정이 없으므로 합병법인의 각사업연도소득금액계산시 쟁점금액을 익금에 산입하여 과세한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 (1) 피합병법인이 합병등기일(1996.6.30) 전에 국세청으로부터 쟁점금액에 대한 법인세과세가 합병법인에 승계되지 않는다는 질의회신(법인46012-4246, 1995.11.18)을 받아 쟁점금액을 청산소득에 대한 법인세로 신고한 후에 국세청장이 합병전 피합병법인의 세무조정사항은 합병법인에 승계되지 않는다는 종전 국세청예규를 변경하고(1997.9.18) 법인세법기본통칙 5-1-6...43(1981.1.11 신설)을 삭제한(1997.12.31) 후 이를 소급적용하여 쟁점금액이 각각 회수된 날이 속하는 합병법인의 각사업연도소득금액계산시 쟁점금액을 익금에 산입한 이 건 과세처분이 국세기본법 제15조, 제18조 제2항, 제3항에서 정한 신의성실의 원칙, 소급과세금지의 원칙, 조세관행존중의 원칙 등에 위배되는지 여부와 (2) 합병일 이후에 수입되는 쟁점금액을 피합병법인의 소득으로 보아야 하는지 아니면 합병법인의 각사업연도소득으로 보아야 하는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 국세기본법 제15조(신의·성실)는 「납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫒아 성실히 하여야 하고, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다」고 규정하고 있으며, 국세기본법 제18조 제2항은 「국세를 납부할 의무(생략)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다」고 규정하고 있고, 같은 법 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 제3항은 「세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다」고 규정하고 있다. 법인세법 제17조(손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산) 제1항은 「내국법인의 각사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다」고, 그 제4항은 「제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업년도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다」고 규정하고 같은법시행령 제36조(손익의 귀속사업연도) 제1항은 「법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다」고 하고, 그 제5호에서 「총리령이 정하는 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도함으로써 생기는 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 장기할부조건에 따라 당해 사업연도 및 그 후의 사업연도에 있어서 각사업연도에 회수하였거나 회수할 판매 또는 양도금액과 이에 대응하는 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다」고 규정하고 있다. 같은 법 제43조(청산소득금액의 계산) 제1항은 「내국법인이 해산한 경우(합병의 경우를 제외한다)에 그 청산소득(이하 “해산에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 그 법인의 해산에 의한 잔여재산의 가액에서 해산일(해산등기를 한 날을 말한다, 이하 같다) 현재의 납입자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계금액(이하 “자기자본의 총액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다」고 규정하고, 제3항은 「내국법인이 합병한 경우에 그 청산소득(이하 “합병에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 합병으로 인하여 소멸한 법인(이하 “피합병법인”이라 한다)의 주주·사원 또는 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립되는 법인(이하 “합병법인”이라 한다)으로부터 받는 그 합병법인의 주식·출자의 가액 또는 금전 기타 자산의 가액의 총합계액에서 피합병법인의 합병일(합병등기를 한 날을 말한다. 이하 같다) 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다」고 규정하고 있다. 1998.12.28 신설된 법인세법 제49조(합병 및 분할시의 자산·부채의 승계 등)는 「내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인·분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 “피합병법인등”이라 한다)의 각사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등의 처리 및 그 금액 기타 자산·부채의 합병법인 등에의 승계 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다」고 하고, 같은법시행령 제85조(합병 및 분할시의 자산·부채의 승인 등) 제1항은 「내국법인이 합병하는 경우에 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인의 각사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다. 1. 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 합병법인이 이를 승계할 수 있다. 2. 법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 피합병법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 합병법인에게 승계되는 것으로 한다. 3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 기타 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 합병법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다」고 규정하고 있다. 다. 사실관계 (1) 피합병법인은 1993년～1994년까지 장기할부조건으로 자동차를 판매하고 기업회계상 자동차 인도시점에 위 장기할부조건판매매출액 전액을 1993년과 1994년의 매출로 각각 계상하였으나 1993사업연도, 1994사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 위 자동차 장기할부조건판매매출액 중 법인세법시행령 제36조 제1항 제5호에서 정한 손익귀속시기가 도래하지 않은 매출액은 익금불산입사항으로 세무조정하여 유보처분하였다가 그 손익귀속시기가 도래하는 각사업연도에 이를 익금에 산입하였으며, 1995.12.31 및 1996.3.30 결산시 기간경과분 수입이자를 안분하여 기업회계상 미수수익으로 계상한 수입이자 역시 자동차 장기할부조건판매매출액과 같이 익금불산입사항으로 세무조정하여 유보처분하였다가 그 손익귀속시기가 도래하는 각사업연도에 이를 익금에 산입한 사실, 청구법인은 1995.10.16 피합병법인을 장부가액에 의하여 흡수합병하는 합병계약을 체결하고 1996.3.30 합병등기를 경료한 사실, 1996.6.27 피합병법인의 청산소득금액계산시 쟁점금액을 자기자본총액에서 차감하여 청산소득으로 신고한 사실이 관련기록(법인세과세표준 및 세액신고서, 청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액계산서, 법인등기부 등)에서 확인된다. (2) 1981.1.1 신설된 법인세법 기본통칙 5-1-6...43(피합병법인의 세무조정사항 승계)에 의하면, 피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병하는 경우에 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에게 승계되지 아니한다고 규정하고 있으며, 1988.3.1 개정된 법인세법 기본통칙 2-8-2...15(합병차익 등의 익금불산입)는 합병으로 인하여 소멸된 피합병법인의 세무조정사항을 합병법인이 수익으로 계상한 경우(자산의 평가층에 해당하는 경우를 제외한다)에는 이를 합병차익으로 보아 익금에 산입하지 아니한다고 규정하였다가 1997.12.31 위 법인세법 기본통칙 5-1-6...43, 2-8-2...15를 각각 삭제하면서 그 부칙에서 일반적 적용례로 이 통칙은 시행일 이후 최초로 종료하는 사업연도부터 적용하되 그 경과조치로서 이 통칙 시행일이전에 합병이 이루어진 경우 피합병법인과 합병법인의 각사업연도 소득금액계산에 있어서 익금과 손금은 합병계약의 내용에 불구하고 합병일 현재의 손익귀속 관련법령이 정하는 바에 따라 피합병법인과 합병법인에 각각 귀속시켜 계산하는 것으로 규정하고 있음을 알 수 있다. (3) 1976.9.27자 재무부 예규(직세 1234-2412), 1982.11.19자 국세청예규(법인1264.21-3906)는 피합병법인이 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병한 경우 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에 승계되지 아니한다는 견해를 표명한 사실이 관련기록에서 확인된다. (4) 또한 피합병법인이 1995.10.16 청구법인과 합병계약을 체결하고 합병등기를 경료하기 전인 1995.11.3 피합병법인의 경리부 직원 OOO이 쟁점금액 중 피합병법인이 세무조정한 장기할부조건판매 매출수익의 승계여부에 대하여 국세청장에게 질의한 내용에 따르면, 피합병법인은 1993년, 1994년 재무회계결산시 장기할부조건판매분에 대한 매출액 및 동 매출원가를 인도시의 사업연도에 전액계상하고 이에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고는 할부매출액 중 회수하기로 한 각사업연도의 매출액 및 동 매출원가로 이연하여 각각 익금불산입사항 및 손금불산입사항으로 세무조정하여 신고하고 있는바, 당사가 타사에 흡수합병될 때 합병등기일 이후 도래하는 상기 세무조정한 이연 매출액 및 동 매출원가를 당사의 청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액계산시 자기자본에 가감되어야 하는지, 아니면 할부매출액 중 각 부분을 회수하기로 한 합병법인의 각사업연도소득금액에 합산하여야 하는지 여부에 대하여 질의하였는데, 1995.11.18 위 질의에 대하여 국세청장은 합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 장부상금액에 의하여 흡수합병하거나 합병회계준칙 제5조의 규정에 의한 공정가치로 평가한 가액에 의하여 흡수합병하는 경우 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에게 승계되지 아니하는 것으로 회신(법인46012-4246호)하였다가, 1997.12.2 법인의 각사업연도소득금액계산에 있어 손익귀속시기에 관하여 구체적으로 규정하고 있는 법인세법 제17조의 규정을 적용하여 피합병법인 또는 합병법인의 각사업연도소득금액을 계산하는 것은 피합병법인과 합병법인간의 세무조정 승계사항이 아니므로 기업회계상의 수익인식시기에 불구하고 손익귀속시기에 관하여 세법에서 특별히 정하고 있는 익금과 손금은 그 법령의 규정에 따라 피합병법인 또는 합병법인에 각각 귀속시켜 피합병법인과 합병법인의 각사업연도소득금액을 계산하는 것으로 1995.11.18자 당초 회신내용을 변경하여 피합병법인에게 통지한 사실이 관련공문(법인46012-3108)에서 확인된다. (5) 국세청장은 1997.9.18자 법인46012-2426호로 합병일 현재 피합병법인의 미실현이자는 법인세법시행규칙 제14조의4 제2항에 의거 수입시기가 속하는 사업연도에 합병법인의 각사업연도소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다는 견해를 표명하였고, 1997.12.2자 법인46012-3108호·1997.12.4자 법인46012-3123호로 손익의 귀속시기에 관하여 구체적으로 적용하고 있는 법인세법 제17조를 적용하여 피합병법인 또는 합병법인의 각사업연도소득금액을 계산하는 것은 피합병법인과 합병법인간의 세무조정사항이 아니므로 장기할부조건의 자산의 양도 등에 대한 익금과 손금은 관련법령의 규정에 따라 피합병법인 또는 합병법인에 각각 귀속시켜 각 사업연도 소득금액을 계산하는 것이라는 견해를 표명한 사실이 관련기록에서 확인된다. 라. 이 건 과세처분이 국세기본법 제15조 및 제18조 제3항에서 정한 신의성실의 원칙, 조세관행존중의 원칙 등에 위배되는지에 대하여 살펴본다. (1) 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙, 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 위항 소정의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르른 것을 말하며 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없다 할 것이나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 소정의 신의성실의 원칙 및 조세관행존중의 원칙을 적용하기 위한 요건으로서 첫째로 과세관청이 세법의 해석이나 국세행정에 관하여 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째로 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째로 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족한 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙 및 조세관행존중의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다(대법원 94누3629, 1995.7.28. 선고 같은 뜻). (2) 위에서 살펴본 사실관계에 의하면, 국세청장은 ① 1981.1.1 신설된 법인세법기본통칙 5-1-6...43, 1982.11.19자 법인1264.21-3906호 예규와 1995.11.18자 법인46012-4246호 예규로써 합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병한 경우 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에 승계되지 않는다는 견해를 표명하였다가, ② 1997.9.18자 법인46012-2426 예규·1997.12.2자 법인46012-3108호 예규 등으로써 합병전 피합병법인의 세무조정사항에 대한 법인세과세가 합병법인에게 승계되어 법인세법 제17조의 규정에 의거 합병법인의 각사업연도소득으로 과세된다는 견해를 표명하였고, 1981.1.1 신설된 법인세법기본통칙 5-1-6...43을 1997.12.31 삭제하였으며 특히 위 ② 예규 및 통칙은 명백히 위 ①의 예규 및 통칙의 내용과 상이한 새로운 해석을 표명하고 있음을 알 수 있으므로 위 ②의 예규가 나온 1997.9.18 이후에는 이미 위 ①의 예규 및 통칙은 위 ②의 예규 등과 상치하는 한도에서 그 내용이 변경되었다고 봄이 상당하다 할 것인바, 위와 같이 국세청장은 1997.9.17 이전에는 법인세법기본통칙 5-1-6...43(1981.1.1 신설되어 1997.12.31 삭제되기 전의 것)과 예규(법인1264-3906호, 1982.11.19)등으로서 “피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병하는 경우에 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에게 승계되지 아니한다”는 공적견해를 표명한 사실이 있음을 알 수 있다. 위 통칙 등에서 “세무조정”이라 함은 기업이 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준에 의하여 작성한 재무제표상의 당기순이익을 기초로 하여 세법의 규정에 따라 익금과 손금을 조정함으로써 법인세과세표준의 산정에서부터 납부할 세액의 계산까지를 포함하는 일련의 절차를 말하는 바, 기업회계는 기업의 유지·발전을 위하여 일정기간 기업의 경영활동의 성과측정과 일정시점의 재무상태를 파악함을 목적으로 하나 세무회계는 국가의 재정을 조달하기 위하여 조세부담의 배분기준인 과세소득을 공평·타당하게 계산토록 하고 과세소득을 적정히 계산하여 납세자간의 소득계산의 통일성과 객관성을 유지케 하는 것을 목적으로 하는 것으로 위와 같이 기업회계와 세무회계는 그 목적과 기능이 서로 다르기 때문에 기업회계를 세무회계의 목적과 기능에 부합되도록 하는 일정한 조정절차를 세무조정이라 하며 이는 결국 기업회계상의 당기순이익에서 출발하여 세무회계와 기업회계가 갖는 차이점을 익금산입·익금불산입·손금산입·손금불산입함으로써 조정하는 일련의 과정을 말하는 것이다. 따라서 기업회계상 수익 또는 비용에 해당하지 않지만 세법상 익금 또는 손금에 해당하는 것 뿐만 아니라 이 건 쟁점금액과 같이 기업회계상 수익 또는 비용에 해당하지만 세법상 익금 또는 손금에 해당하지 아니하는 것(사업용 고정자산의 감가상각비부인액처럼 당해사업연도의 손금에는 해당되지 않지만 기간경과로 다음사업연도에 손금산입되는 것과 쟁점금액과 같이 기업회계상 수익에 해당하나 기업회계와 세무회계의 손익인식기준의 차이로 인하여 당해사업연도에 익금불산입하였다가 세법상 그 손익귀속시기가 도래하는 다음사업연도에 익금산입되는 것) 역시 위 법인세법기본통칙 5-1-6...43(피합병법인 세무조정사항 승계, 1997.12.31 삭제전의 것), 1982.11.19자 법인1264.21-3906호 예규와 1995.11.18자 법인46012-4246호 예규 등에서 말하는 세무조정사항에 해당된다 할 것이다. (3) 이 건 사실관계를 국세기본법 제15조 소정의 신의성실원칙, 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중원칙의 적용요건에 비추어 보면 (가) 국세청장은 1976.9.27 재무부장관의 해석(직세1234-2412)이 있은 후로 1997.9.18과 1997.12.2 그 해석을 변경하기까지 합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병하는 경우 피합병법인의 세무조정사항에 대한 법인세과세가 합병법인에 승계되지 않는다는 공적인 견해를 법인세법기본통칙과 예규로서 여러 차례 표명한 바 있으며, (나) 피합병법인은 그 해석기준을 재차 확인하기 위하여 이 건 합병계약체결 후 합병등기일 전에 국세청장에 질의하여 세무조정사항인 쟁점금액에 대한 법인세과세가 합병법인에 승계되지 않는다는 회신을 받고 쟁점금액을 청산소득에 대한 법인세로 신고한 점에 비추어 볼 때 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰한 데 대하여 피합병법인에게 어떠한 귀책사유가 있거나 그와 같은 해석을 신뢰하는 것이 무리라고 보기 어려우며 (다) 피합병법인은 1996.6.27 위와 같은 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 세무조정사항인 쟁점금액을 청산소득에 대한 법인세로 신고하였으나 그 후 처분청이 견해를 바꾸어 쟁점금액에 대한 법인세과세가 합병법인에게 승계되는 것으로 소급적용하여 합병법인의 각사업연도소득으로 과세함에 따라 손해를 입게 된 것이라고 볼 수 있다. (라) 이 건 사실관계가 이와 같이 인정되는 경우에는 법인세법 제17조의 규정에 의하여 쟁점금액이 회수된 날이 속하는 합병법인의 각사업연도소득으로 쟁점금액을 과세하는 것이 적법하다(국심97구0596, 1997.8.21, 같은 뜻) 할지라도 국세기본법에서 정한 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건이 충족되었다고 봄이 타당하므로 합병법인에 대한 이 건 과세처분은 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 위배된다 할 것이다. 마. 쟁점 (2)는 심리실익이 없으므로 심리를 생략한다. 바. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.