국심1998서0992 (2000.08.30)

영등포세무서장(변경전 OOO세무서장)이 1997.12.5 및 1997.12.12 청구법인에게 결정고지한 1995사업연도 법인세 2,833,640,540원 및 동 농어촌 특별세 245,106,590원과 1996사 업연도 법인세 1,393,846,440원의 부과처분은 1995～1996사업연도 소득금액 계산시 1995사업연도 11,141,208,772원과 1996 사업연도 89,629,779원을 익금불산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

청구법인은 서울특별시 영등포구 OOO동 OOOO에 주소를 두고, 가전제품제조업을 영위하는 법인으로 1995.1.1을 합병기일로 하여 1994.8.2 OO통신주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)와 합병계약을 하고, 1995.2.28 합병등기를 경료하였다.

피합병법인은 1994.1.1～1994.12.31 사업연도 법인세 신고시에 미실현 수입이자인 부동산매각대금 지연에 따른 미수이자 6,700,000,000원, 정기예금 및 정기적금의 이자 233,652,462원, 신탁예금의 이자 503,227,337원, 종업원퇴직보험예치금 등의 이자 3,687,842,883원, 국·공채이자 106,115,869원, 합계 11,230,838,551원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 미수수익으로 계상하여 법인세를 신고하였으며, 청구법인은 피합병법인으로부터 승계받은 쟁점이자를 미수수익(자산)으로 계상하고, 합병후 청구법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 이를 익금에 산입하지 않았다.

처분청은 쟁점이자의 수입귀속시기를 법인세법시행규칙 제14조의 4 제2항의 규정에 의거 약정에 의한 이자지급일 등으로 하여 쟁점이자 중 청구법인이 1995사업연도에 지급받은 11,141,208,772원, 96사업연도에 지급받은 89,629,779원을 청구법인의 각 사업연도 소득으로 보아 익금산입하여 1997.12.5 1995사업연도 법인세 4,500,008,850원 및 농어촌특별세 245,106,590원, 1996사업연도 법인세 30,114,590원을 결정고지하였다가 이월세액공제해당액 1,500,967,690원을 1995사업연도 법인세에서 추가공제하고, 1996사업연도 세액공제를 차감하여 1997.12.16 1995사업연도 법인세 1,666,368,310원을 감액경정하고 1997.12.12 1996사업연도 법인세 1,363,731,850원을 증액경정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.1.17 심사청구를 거쳐 1998.4.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 1997.9.18 시행된 국세청예규(법인46012-2426)를 적용하여 이건 과세처분을 하였으나, 재정경제원과 국세청은 1976.8.25부터 계속 피합병법인의 세무조정사항은 승계할 수 없다고 해석하여 왔고, 이를 규정한 법인세법기본통칙 5-1-6…43도 1981.3.1 신설된 이후 계속하여 시행되어 왔다. 따라서, 국세기본법 제15조에서 규정한 신의성실의 원칙, 국세기본법 제18조 제3항에서 규정하고 있는 국세관행존중의 원칙, 그리고, 새로운 세법의 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다고 규정하고 있는 같은법기본통칙에 위배된 이건 과세처분은 부당하다.

(2) 피합병법인은 결손법인으로 1994사업연도 법인세 신고시 쟁점이자를 미수수익으로 계상하고 세무조정하지 아니한 상태로 법인세신고를 이행하였으며, 청구법인은 피합병법인이 쟁점이자를 당좌자산중 미수수익으로 계상한 상태에서 장부가액대로 인수하여 피합병법인을 합병하였으므로 쟁점이자는 피합병법인의 각사업연도 소득 또는 청산소득으로 과세되는 것이어서 합병후 존속법인인 청구법인의 소득이 될 수 없는 것이고, 합병등기일 이후에 쟁점이자의 수입시기가 도래하더라도 청구법인의 순자산을 증가시키지 않았기 때문에 청구법인의 익금이 될 수 없는 것이며, 피합병법인이 쟁점이자를 익금불산입으로 세무조정을 하였더라도 법인세법기본통칙 5-1-6…43 “피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병하는 경우에 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에게 승계되지 아니한다”는 규정에 의하여 청구법인의 과세소득을 구성할 수 없다 할 것이므로 이 건 과세처분은 부당하다.

(3) 예비적청구로

① 합병법인이 피합병법인의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하므로 미수수익이 합병법인에 승계되어 과세된다면 피합병법인의 이월결손금도 합병법인의 과세표준계산시 공제되어야 하며,

② 쟁점이자 중 피합병법인이 서울특별시OOOOOOOO협동조합에 토지를 매각하고 받은 매각대금 지연지급에 따른 지연이자(67억원)는 그 이자가 확정된 날이 속하는 사업연도에 귀속되는 것이므로 1995.2.27 피합병법인의 대표이사 OOO(대리인 OOO변호사)와 서울특별시 OOOOOOOO협동조합의 이사장 OOO(대리인 OOO변호사)이 1994.12.31 까지의 지연이자를 67억원으로 확정하고, 1995.3.31까지 지급받기로 합의하여 이자지급이 1995.2.27에 확정되어 이는 피합병법인의 의제사업연도에 귀속됨에도 처분청이 청구법인의 1995사업연도 소득으로 보아 이건 과세를 한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 합병등기일 현재 법인세법상 귀속시기가 도래하지 아니한 쟁점이자를 피합병법인의 결산상 수입으로 계상하고 이를 익금불산입하는 것은 피합병법인의 세무조정사항이고, 합병등기일 후에 세법상의 귀속시기가 도래하여 이를 합병법인이 각 사업연도 소득금액계산상 익금에 산입하는 것은 합병법인의 독립된 세무조정사항이므로 법인세법 제17조의 규정을 적용하여 피합병법인 또는 합병법인의 각 사업연도 소득금액을 계산하는 것은 피합병법인과 합병법인간의 세무조정승계사항이 아니다.

(2) 법인세법 제17조 제1항에 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 규정하고 있고, 이자수입에 대한 수익의 실현시기는 일반적으로 약정에 의한 이자지급일(또는 만기일), 특약에 의하여 이자가 원본에 전입되는 날, 해약의 경우에는 그 해약일이 되는 것이므로 그 해당일이 속하는 사업연도의 익금에 산입되는 것이다.

쟁점이자의 경우, 합병일 현재 약정에 의한 이자지급일(또는 만기일)이 도래하지 않아 수익이 실현된 것으로 볼 수 없어 피합병법인의 최종사업연도(1994.1.1～1994.12.31)의 소득금액 계산시 익금으로 산입될 수 없는 것으로 판단되고, 합병법인은 피합병법인의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 것이므로 쟁점이자에 대한 채권은 피합병법인으로부터 청구법인에 포괄적으로 승계된다 할 것이며, 쟁점이자는 청구법인에 와서 비로소 그 약정에 의한 이자지급일(또는 만기일)이 도래하여 그 이자지급일(또는 만기일)이 속하는 사업연도에 청구법인의 이자수익으로 실현되어 자산을 증가시켰다 할 것이므로 피합병법인의 회계처리내용을 전제한 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

(3) 예비적 청구로 합병법인이 피합병법인의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하므로 미수수익이 합병법인에 승계되어 과세된다면 피합병법인의 이월결손금도 합병법인의 과세표준계산시 공제되어야 한다는 주장이나, 내국법인이 합병에 의하여 소멸하는 경우 청산소득금액을 계산함에 있어서 해산 또는 합병한 날 현재의 피합병법인의 이월결손금은 그 법인의 자기자본 총액과 상계하고 이월결손금과 상계후의 자기자본을 합병법인으로부터 받은 합병법인의 주식·출자의 가액 또는 금전 기타 자산의 가액 총합계액에서 공제하게 되어 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인의 청산소득을 계산하는 과정에서 소멸되는 것이므로 합병후 존속법인의 과세표준계산상 공제될 수 없는 것이라 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 합병등기일(1995.2.28) 후에 국세청장이 합병전 피합병법인의 세무조정사항은 합병법인에 승계되지 않는다는 종전 국세청예규를 변경하고(1997.9.18), 이를 소급적용하여 쟁점이자를 지급받은 날이 속하는 합병법인의 각 사업연도 소득금액계산시 이를 익금에 산입하여 과세한 처분이 국세기본법 제15조, 제18조 제2항, 제3항에서 정한 신의성실의 원칙, 소급과세금지의 원칙, 조세관행존중의 원칙등에 위배되는지 여부,

(2) 합병일 현재 피합병법인의 미실현 수입이자인 쟁점이자의 수입시기가 합병후에 도래하여 합병법인이 지급받은 경우에 이를 합병법인의 각 사업연도 소득으로 과세할 것인지 아니면, 피합병법인의 각 사업연도 소득 또는 청산소득으로 과세할 것인지 여부,

(3) 합병법인이 피합병법인의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하므로 미수이자가 합병법인에 승계되어 과세된다면, 피합병법인의 이월결손금도 합병법인의 과세표준 계산시 공제할 수 있는지 여부,

(4) 그리고, 미실현 수입이자 중 토지등 매각대금의 지연지급에 따른 지연이자의 귀속시기가 그 이자가 확정된 날(피합병법인의 의제사업년도)인지와 그 이자의 지급약정일(합병법인의 사업년도)인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

국세기본법 제15조【신의·성실】에서는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫒아 성실히 하여야 하고, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있으며, 국세기본법 제18조 제2항에서는 “국세를 납부할 의무(생략)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다”라고 규정하고 있고, 같은법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】제3항에서는 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다”라고 규정하고 있다.

법인세법(1996.12.30 법률 제5192호로 개정되기 전의 것) 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】제1항에서는 “내국법인의 각사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”라고 규정하고, 같은조 제4항에서는 “제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업년도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있으며,

같은법시행령(1996.12.31 대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것) 제36조 【손익의 귀속사업연도】제1항에서는 “법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다”라고 하고, 그 제8호에서 “제1호 내지 제7호외의 경우에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 총리령이 정하는 바에 의한다.”라고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제14조의 4【손익의 귀속사업연도 등】제2항에서는 “영 제36조 제1항 제8호의 규정을 적용함에 있어서 제1항에 규정하는 법인외의 이자소득의 귀속사업연도는 소득세법시행령 제45조의 규정에 의한 수입시기가 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하고 있다.

한편, 소득세법시행령 제45조【이자소득의 수입시기】에서는 “이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.

1. 무기명의 공채 또는 사채에 이자와 할인액

그 지급을 받은 날

2. (생략)

3. 채권·어음, 기타증권의 이자와 할인액

약정에 의한 상환일, 다만, 기일전에 상환하는 때에는 그 상환일로 한다.

4. 보통예금·정기예금·적금 또는 부금의 이자

가. 실제로 이자를 지급받는 날(이하생략)

5. (생략)

6. 신탁수익

가. 신탁의 수익을 지급받는 날. 신탁의 해약일 또는 증권투자신탁수익증권의 환매일(이하생략)

7. (생략)

8. 저축성보험의 보험차익

보험금 또는 환급금의 지급일, 다만 기일전에 해지하는 경우에는 그 해지하는 날로 한다.

9.～11. (생략)”이라고 규정하고 있다.

그리고, 법인세법 제43조【청산소득금액의 계산】제3항에서는 “내국법인이 합병한 경우에 그 청산소득(이하 ‘합병에 의한 청산소득’이라 한다)의 금액은 합병으로 인하여 소멸한 법인(이하 ‘피합병법인’이라 한다)의 주주·사원 또는 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립되는 법인(이하 ‘합병법인’이라 한다)으로부터 받는 그 합병법인의 주식·출자의 가액 또는 금전 기타 자산의 가액의 총합계액에서 피합병법인의 합병일(합병등기를 한 날을 말한다. 이하 같다)현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하고 있다.

다. 쟁점(1)에 대하여 본다.

처분청이 피합병법인의 미실현수입이자인 쟁점이자의 세법상 수입시기가 합병후에 도래하여 합병후 존속법인이 지급받았다하여 이를 존속법인인 청구법인의 각 사업연도 소득으로 과세한데 대하여, 청구법인은 개정된 예규와 기본통칙을 소급적용함으로써 국세기본법상 신의성실의 원칙 및 조세관행존중의 원칙에 위배되어 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 쟁점이자는 합병일(1995.2.28)현재 만기일 또는 이자지급일이 도래하지 않은 세법상의 미실현 수입이자로, 피합병법인은 1994.12.31 대차대조표에는 쟁점이자를 미수수익으로 계상하고, 1991～1994사업연도 손익계산서에는 수입이자로 계상하고서도 1994사업연도 법인세 신고시 이에 대하여 세무조정을 하지 않았으며, 청산소득에 대한 법인세과세표준 신고시 청산소득금액이 없는 것으로 신고하였음이 처분청이 제시한 피합병법인의 법인세 신고서 및 재무제표에 나타난다. 그리고, 합병법인인 청구법인은 합병일후에 쟁점이자를 지급받았으나, 1995～1996사업연도 소득금액 계산시 이를 익금에 계상하지 아니하였음이 청구법인의 법인세 신고서 등에 나타나고 있다.

(2) 처분청은 법인세법시행규칙 제14조의 4 제2항의 규정에 의해 쟁점이자의 귀속시기가 합병일후에 도래하여 청구법인이 쟁점이자를 지급받았으므로 쟁점이자가 청구법인에게 귀속된다고 보아 피합병법인이 수입이자로 계상한 쟁점이자 11,230,838,551원을 익금불산입하여 유보처분하고, 1995사업연도 중 이자지급일이 도래한 11,141,208,772원과 1996사업연도 중 이자지급일이 도래한 89,629,779원을 청구법인의 각 사업연도 소득에 가산하고 유보처분하여 1997.12.5 청구법인에게 법인세와 농어촌특별세를 결정고지하였음이 처분청이 제시한 피합병법인의 1994사업연도 법인세결정결의서, 청구법인의 1995～1996사업연도 법인세결정결의서에 의해 나타난다.

(3) 1981.1.1자 법인세법기본통칙 5-1-6…43(피합병법인의 세무조정사항 승계)에 의하면, 피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병하는 경우에 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에게 승계되지 아니한다고 규정하고 있으며, 1988.3.1자 법인세법기본통칙 2-8-2…15(합병차익 등의 익금불산입)는 합병으로 인하여 소멸된 피합병법인의 세무조정사항을 합병법인이 수익으로 계상한 경우(자산의 평가증에 해당하는 경우를 제외한다)에는 이를 합병차익으로 보아 익금에 산입하지 아니한다고 규정하였다가 1997.12.31 위 법인세법기본통칙 5-1-6…43 및 2-8-2…15를 각각 삭제하면서 그 부칙에서 일반적 적용례로 이 통칙은 시행일 이후 최초로 종료하는 사업연도부터 적용하되, 그 경과조치로 이 통칙 시행일이전에 합병이 이루어진 경우 피합병법인과 합병법인의 각사업연도 소득금액계산에 있어서 익금과 손금은 합병계약의 내용에 불구하고 합병일 현재의 손익귀속 관련법령이 정하는 바에 따라 피합병법인과 합병법인에 각각 귀속시켜 계산하는 것으로 규정하고 있음을 알 수 있다.

(4) 1976.9.27자 재무부 예규(직세 1234-2412), 1982.11.19자 국세청예규(법인1264.21-3906)에는 피합병법인이 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병한 경우 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에 승계되지 아니한다고 되어 있다.

(5) 피합병법인의 경우, 쟁점이자를 장부상 1994.1.1～1994.12.31 사업연도의 수입이자로 계상하고서도 이에 대한 세무조정을 하지 아니하고 법인세를 신고하였으나, 처분청이 세법상 귀속시기가 도래하지 아니한 쟁점이자를 익금불산입으로 세무조정하였다는 점에서 쟁점이자는 1994사업연도의 세무조정사항에 해당된다는데 대하여는 이론의 여지가 없다.

(6) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 소정의 신의성실의 원칙 및 조세관행존중의 원칙을 적용하기 위한 요건으로서 첫째로 과세관청이 세법의 해석이나 국세행정에 관하여 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째로 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째로 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족한 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙 및 조세관행존중의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다(대법원 94누3629, 1995.7.28 선고 같은 뜻).

(7) 위에서 살펴본 사실관계에 의하면, 국세청장은 ① 1981.1.1자 법인세법기본통칙 5-1-6…43, 1982.11.19자 법인1264.21-3906호 예규와 1995.11.18자 법인46012-4246호 예규로써 합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병한 경우 합병전의 피합병법인에 대한 세무조정사항은 합병법인에 승계되지 않는다는 견해를 표명하였다가, ② 1997.9.18자 법인46012-2426 예규·1997.12.2자 법인46012-3108호 예규등으로써 합병전 피합병법인의 세무조정사항에 대한 법인세과세가 합병법인에게 승계되어 법인세법 제17조의 규정에 의거 합병법인의 각 사업연도 소득으로 과세된다는 견해를 표명하였는 바, 위 ② 예규 및 통칙은 명백히 위 ①의 예규 및 통칙의 내용과 상이한 새로운 해석을 표명하고 있음을 알 수 있다.

(8) 이 건 사실관계를 국세기본법 제15조 소정의 신의성실원칙, 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중원칙의 적용요건에 비추어 보면,

(가) 먼저, 국세청장은 1976.9.27 재무부장관의 해석(직세1234-2412)이 있은 후로 1997.9.18과 1997.12.2 그 해석을 변경하기까지 합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 장부상 금액에 의하여 흡수합병하는 경우 피합병법인의 세무조정사항은 합병법인에 승계되지 않는다는 견해를 법인세법기본통칙과 예규로서 여러차례 표명한 점에 비추어 볼 때 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰한데 대하여 피합병법인에게 어떠한 귀책사유가 있거나 그와 같은 해석을 신뢰하는 것이 무리라고 보기 어려우며,

(나) 피합병법인은 1994사업연도 법인세 신고시 쟁점이자를 익금불산입으로 세무조정하지 않고 피합병법인의 각 사업연도 소득으로 신고하였으나,. 그 후 처분청이 견해를 바꾸어 쟁점이자의 귀속시기에 따른 세무조정사항이 합병법인에게 승계되는 것으로 소급적용하여 쟁점이자를 지급받은 청구법인의 각 사업연도 소득으로 과세함으로써 청구법인은 손해를 입게 된 것이라고 볼 수 있다.

(다) 이 건 사실관계가 위와같이 인정되는 경우에는 피합병법인이 그동안 과세관청이 표명해 온 견해에 따라 쟁점이자를 피합병법인에 귀속시켜 법인세 과세표준 및 세액을 신고하는 경우에까지 새로운 해석을 소급적용하는 것은 국세기본법 제18조 제3항의 조세관행존중의 원칙 및 같은법 제15조의 신의성실의 원칙에 위배된다 할 것이므로 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.(국심 98경1696호, 1999.12.29 합동회의 같은뜻임)

라. 쟁점(2), 쟁점(3), 쟁점(4)에 대하여 본다.

쟁점(1)에서 설시된 바와같이 이 건 처분을 취소하여야 하므로 나머지 쟁점(2), 쟁점(3) 및 쟁점(4)는 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

마. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.