조심 2024서1874 (2024.05.08)

심판청구를 기각한다.

1.처분개요 가.청구인은 2009.7.1. OOO아파트)(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 배우자 OOO과 공동으로 취득(각 지분 1/2)하여 보유하다가 2018.10.30. OOO만원(청구인 지분 7억 9,000만원)에 양도하고 1세대 1주택(고가주택)으로 보아 장기보유 특별공제 및 일반세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 2,959,140원을 신고·납부하였다. 나.처분청은 2023.6.14.부터 2023.7.3.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시 1세대 3주택 이상을 보유하였기에 쟁점아파트의 양도가 조정대상지역 내 3주택자의 양도에 해당한다 하여 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 2023.8.21. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2023.11.15. 이의신청을 거쳐 2024.2.8. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1)이주목적의 대체주택 취득일 뿐 투기목적이 없었다. 청구인은 장기임대주택[2011.5.17. 취득한OOO) 소재 다가구주택]과 거주하던 쟁점아파트를 함께 보유하던 중, 새로운 주택으로 이사하기 위하여 2018.10.8. 대체주택[OOO]을 취득하고 거주하던 쟁점아파트를 양도하였으며, 그 과정에서 쟁점아파트 매도대금으로 대체주택의 매수 대금을 지급하였다. 하지만 대체주택은 신축한지 17년 이상 경과된 노후 아파트라 바로 입주할 수 없었기에 청구인은 대체주택에 대수선공사를 한 후 입주하였으며 공사에 소요된 기간은 22일 정도였는데, 이런 사유로 부득이하게 쟁점아파트 양도일이 대체주택 취득일보다 22일 늦게 된 것이다. 주택거래 현실에 비추어 보면, 새로 취득한 노후 아파트를 대수선 공사하는 것은 지극히 일반적이며 청구인의 경우 그 기간이 22일에 불과하여 일시적인바 투기목적이 있었다고 볼 수 없을 것이다. 따라서 청구인은 일시적 2주택으로서의 부득이한 사정을 인정할 수 있는 요건에 부합된다. (2)유사 사례에 대한 조세심판원의 선결정례가 다수 있는데 그 요지는 대체로, ① 이주목적으로 대체주택을 취득하여 현재까지 거주하고 있는 점, ② 매도자의 3주택 보유기간이 단기간인 점, ③ 매도자의 부득이한 사정으로 일시적 3주택자가 된 경우, ④ 임대주택은 주택 수 계산시 포함되지 않는다는 점 등에 비추어 매도자가 투기목적으로 쟁점주택을 취득한 것으로 보이지 아니하므로 「소득세법」상 중과세율 적용은 부당하다(조심 2010중3870, 2011.4.25., 조심 2011서1161, 2011.11.10., 조심 2012서3921, 2013.1.22.)는 내용이다. (3)대법원에서도 청구인과 유사한 사례에 대하여 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정으로, ① 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득할 것, ② 투기 목적이 없고 종전 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적이라는 점 등을 요구하고 있는바(대법원 2023.7.27. 선고 2023두40472 판결), 이는 청구인의 사정과 분명하게 부합한다. (4)2021.2.17. 「소득세법 시행령」제167조의3 제13호가 개정되었는바, 이는 청구인과 같이 임대주택을 보유한 상태에서 (주거이전을 위하여) 거주주택을 양도하고 대체주택을 취득하는 과정에서 발생하는 (일시적 3주택에 대하여) 장기보유 특별공제 배제 및 중과세율 적용의 모순점을 개선하기 위한 세법 개정으로 판단된다. (5)다주택자가 2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중 취득한 주택을 2018.4.1. 이후 양도(조정대상지역 내 소재)한 경우에는 중과세율 적용을 배제하고 기본세율을 적용한다는 기획재정부 예규가 있는바(기획재정부 재산세과-1422, 2023.12.26.), 청구인의 쟁점아파트 취득 및 양도시기는 기획재정부 예규에서 규정하는 기간 안에 들어가 있다. ＜기획재정부 재산세과-1422, 2023.12.26.＞

이상과 같이 청구인과 유사한 사례에 대한 조세심판원의 결정과 대법원 판례 및 기획재정부 예규 등을 종합할 때 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 (1)거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 장기임대주택을 보유하다 대체주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우 거주주택과 장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득일로부터 2년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대 1주택으로 보아 같은 령 제154조 제1항을 적용하는 것이나, 해당 거주주택이 고가주택(양도가액 9억원 초과)에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조 제1항에 따라 양도가액 중 9억원 초과분에 대한 양도차익을 산정하는 것이고, 이때 적용할 세율은 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(일반세율)에 100분의 20을 더한 세율(중과세율)을 적용하는 것이며, 아울러 해당 양도차익에서 장기보유 특별공제는 적용하지 아니하는 것(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1. 참조)이다. (2)청구인은 주거 이전을 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기 목적은 없었으므로 중과세율을 적용한 것은 부당한 처분이라고 주장하나, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각호에서 중과세율 적용배제 주택으로 쟁점아파트를 포함하지 아니하고 있고, 같은 조 같은 항 본문에서 1세대 3주택 해당여부 판정시 ‘장기임대주택(같은 항 제2호에 규정)’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2020서489, 2020.3.24.)할 것이므로, 쟁점아파트 양도가액 중 9억원을 초과하는 부분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 청구인이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 쟁점아파트 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부 나.관련 법령 (1) 소득세법 제55조 【세율】① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. ＜표 삽입을 위한 여백＞ 이상과 같이 청구인과 유사한 사례에 대한 조세심판원의 결정과 대법원 판례 및 기획재정부 예규 등을 종합할 때 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 (1)거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 장기임대주택을 보유하다 대체주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우 거주주택과 장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득일로부터 2년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대 1주택으로 보아 같은 령 제154조 제1항을 적용하는 것이나, 해당 거주주택이 고가주택(양도가액 9억원 초과)에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조 제1항에 따라 양도가액 중 9억원 초과분에 대한 양도차익을 산정하는 것이고, 이때 적용할 세율은 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(일반세율)에 100분의 20을 더한 세율(중과세율)을 적용하는 것이며, 아울러 해당 양도차익에서 장기보유 특별공제는 적용하지 아니하는 것(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1. 참조)이다. (2)청구인은 주거 이전을 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기 목적은 없었으므로 중과세율을 적용한 것은 부당한 처분이라고 주장하나, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각호에서 중과세율 적용배제 주택으로 쟁점아파트를 포함하지 아니하고 있고, 같은 조 같은 항 본문에서 1세대 3주택 해당여부 판정시 ‘장기임대주택(같은 항 제2호에 규정)’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2020서489, 2020.3.24.)할 것이므로, 쟁점아파트 양도가액 중 9억원을 초과하는 부분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 청구인이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 쟁점아파트 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부 나.관련 법령 (1) 소득세법 제55조 【세율】① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. ＜표 삽입을 위한 여백＞

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다 이상과 같이 청구인과 유사한 사례에 대한 조세심판원의 결정과 대법원 판례 및 기획재정부 예규 등을 종합할 때 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 (1)거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 장기임대주택을 보유하다 대체주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우 거주주택과 장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득일로부터 2년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대 1주택으로 보아 같은 령 제154조 제1항을 적용하는 것이나, 해당 거주주택이 고가주택(양도가액 9억원 초과)에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조 제1항에 따라 양도가액 중 9억원 초과분에 대한 양도차익을 산정하는 것이고, 이때 적용할 세율은 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(일반세율)에 100분의 20을 더한 세율(중과세율)을 적용하는 것이며, 아울러 해당 양도차익에서 장기보유 특별공제는 적용하지 아니하는 것(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1. 참조)이다. (2)청구인은 주거 이전을 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기 목적은 없었으므로 중과세율을 적용한 것은 부당한 처분이라고 주장하나, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각호에서 중과세율 적용배제 주택으로 쟁점아파트를 포함하지 아니하고 있고, 같은 조 같은 항 본문에서 1세대 3주택 해당여부 판정시 ‘장기임대주택(같은 항 제2호에 규정)’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2020서489, 2020.3.24.)할 것이므로, 쟁점아파트 양도가액 중 9억원을 초과하는 부분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 청구인이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 쟁점아파트 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부 나.관련 법령 (1) 소득세법 제55조 【세율】① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. ＜표 삽입을 위한 여백＞

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기 임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당 하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. ⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조【1세대1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다) 함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. (20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택” 이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 이상과 같이 청구인과 유사한 사례에 대한 조세심판원의 결정과 대법원 판례 및 기획재정부 예규 등을 종합할 때 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 (1)거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 장기임대주택을 보유하다 대체주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우 거주주택과 장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득일로부터 2년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대 1주택으로 보아 같은 령 제154조 제1항을 적용하는 것이나, 해당 거주주택이 고가주택(양도가액 9억원 초과)에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조 제1항에 따라 양도가액 중 9억원 초과분에 대한 양도차익을 산정하는 것이고, 이때 적용할 세율은 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(일반세율)에 100분의 20을 더한 세율(중과세율)을 적용하는 것이며, 아울러 해당 양도차익에서 장기보유 특별공제는 적용하지 아니하는 것(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1. 참조)이다. (2)청구인은 주거 이전을 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기 목적은 없었으므로 중과세율을 적용한 것은 부당한 처분이라고 주장하나, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각호에서 중과세율 적용배제 주택으로 쟁점아파트를 포함하지 아니하고 있고, 같은 조 같은 항 본문에서 1세대 3주택 해당여부 판정시 ‘장기임대주택(같은 항 제2호에 규정)’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2020서489, 2020.3.24.)할 것이므로, 쟁점아파트 양도가액 중 9억원을 초과하는 부분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 청구인이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 쟁점아파트 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부 나.관련 법령 (1) 소득세법 제55조 【세율】① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. ＜표 삽입을 위한 여백＞

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기 임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당 하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. ⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조【1세대1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다) 함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. (20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택” 이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 이상과 같이 청구인과 유사한 사례에 대한 조세심판원의 결정과 대법원 판례 및 기획재정부 예규 등을 종합할 때 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나.처분청 의견 (1)거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 장기임대주택을 보유하다 대체주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우 거주주택과 장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득일로부터 2년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대 1주택으로 보아 같은 령 제154조 제1항을 적용하는 것이나, 해당 거주주택이 고가주택(양도가액 9억원 초과)에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조 제1항에 따라 양도가액 중 9억원 초과분에 대한 양도차익을 산정하는 것이고, 이때 적용할 세율은 「소득세법」제55조 제1항에 따른 세율(일반세율)에 100분의 20을 더한 세율(중과세율)을 적용하는 것이며, 아울러 해당 양도차익에서 장기보유 특별공제는 적용하지 아니하는 것(사전-2019-법령해석재산-0368, 2019.11.1. 참조)이다. (2)청구인은 주거 이전을 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기 목적은 없었으므로 중과세율을 적용한 것은 부당한 처분이라고 주장하나, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각호에서 중과세율 적용배제 주택으로 쟁점아파트를 포함하지 아니하고 있고, 같은 조 같은 항 본문에서 1세대 3주택 해당여부 판정시 ‘장기임대주택(같은 항 제2호에 규정)’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2020서489, 2020.3.24.)할 것이므로, 쟁점아파트 양도가액 중 9억원을 초과하는 부분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 청구인이 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 것으로 보아 쟁점아파트 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하여 과세한 처분의 당부 나.관련 법령 (1) 소득세법 제55조 【세율】① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. ＜표 삽입을 위한 여백＞

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기 임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당 하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. ⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조【1세대1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다) 함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. (20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택” 이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당 하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. 1. 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」제6조 제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간 임대주택에 관한 특별법」제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」제2조 제6호에 따른 국민주택규모에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) (3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정된 것) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 13. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택 부칙 제2조【일반적 적용례】① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다. ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. 다.사실관계 및 판단 (1)청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다. (가)청구인과 배우자가 쟁점아파트를 양도할 당시(2018.10.30.) 청구인 세대는 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점아파트, 대체주택, 장기임대주택 등 조정대상지역 내에 3채의 주택을 소유하고 있었다. ＜표1＞쟁점아파트 양도 당시 청구인 세대 주택 보유 현황 (나)청구인의 주민등록상 주소 전·출입 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞주민등록상 주소 전·출입 내역

(다)처분청은 2019년 10월 청구인의 배우자에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 쟁점아파트에 대하여 이 건과 동일한 쟁점으로 2019.12.13. 청구인의 배우자에게 2018년 귀속 양도소득세OOO원을 경정·고지하였던 것으로 확인된다. (라)청구인은 노후된 대체주택의 내부 수리 및 인테리어를 위하여 2018.10.4. 지인으로부터OOO원을 차입하여 대체주택 잔금을 지급한 후 대체주택 대수선을 시작하였고, 2018.10.30. 쟁점아파트의 양도잔금 OOO만원을 수령한 후 2018.11.5. 지인에게OOO원을 상환하였다며, 쟁점아파트 및 대체주택 매매계약서, 주방공사 계약서 및 계약금 이체내역, 지인과의 금전거래 내역 등을 제출하였다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 장기임대주택을 보유한 상태에서 주거이전을 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기목적이 없는 일시적 3주택자이므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 「소득세법」제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점아파트는 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택인 반면에 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니한 점, 같은 조·항 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 대체주택과 장기임대주택 등 같은 법 시행령 제155조에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받는 주택을 주택 수의 계산에서 배제하도록 명시한 명문규정이 없는 점 등을 고려할 때 쟁점아파트의 경우 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되어 중과세율 적용대상에 해당되는 것으로 판단된다. 또한 「소득세법」제95조 제2항에서 조정대상지역 내의 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 포함하여 법 제104조 제7항 각 호의 자산에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하도록 명확히 규정하고 있는바, 쟁점아파트가 그 양도 당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 본 이상 장기보유 특별공제의 적용이 배제된다 하겠다. 따라서 청구인이 쟁점아파트 양도 당시 쟁점아파트를 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었으므로 처분청이 「소득세법」제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.