서면-2021-법규법인-6712 (2022.11.10)

1. 사실관계

 ○질의법인은 ｢사립학교법｣에 따라 교육부의 인가를 받아 사립대학교를 설립·운영하는 비영리내국법인임

 ○질의법인은 설립자로부터 수증한 토지(이하 ‘쟁점토지’)를 수익창출을 위한 재산(수익용 기본재산)으로 분류하고 임대사업(수익사업)에 전용

  - 쟁점토지 위에는 타인소유의 건물(이하 ‘쟁점건물’)이 있어 건물소유자와 토지사용에 대한 임대차 계약을 체결해 왔음(199x.x.∼2015.x.)

 ○ 2015.x월 쟁점건물이 A법인에 매각된 후 질의법인은 쟁점토지의 임대료 청구 및 임대계약을 요청하였으나, 임대차계약 체결조건에 대한 의견차이로 계약이 체결되지 아니함에 따라 A법인은 쟁점토지를 무단으로 점유 및 사용(2015.x.∼2018.xx.)

 ○질의법인은 A법인이 쟁점토지를 무단점유하고 임대료를 지급하지 않았음을 이유로 부당이득금반환청구 소송을 제기

 ○2019년 질의법인이 승소함에 따라 부당이득금으로 지급받은 금액(임료감정촉탁에 의한 임대료상당액)을 질의법인의 수익사업회계로 경리

   * 법원은 A법인이 쟁점토지를 권원 없이 사용·수익함으로써 토지 사용이익 상당의 법률상 원인 없는 이득을 취하였고, 이에 따라 질의법인에 동액 상당의 손해를 가하였으므로 법률상 원인 없이 얻은 부당이득을 질의법인에게 반환할 의무가 있다고 판결

2. 질의내용

 ○ 비영리법인이 부당이득금반환청구소송에 의하여 부당이득금의 명목으로 지급받은 금액이 과세대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

 1. 각 사업연도의 소득

 2. 청산소득(淸算所得)

 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. 「소득세법」제16조제1항에 따른 이자소득

 3. 「소득세법」제17조제1항에 따른 배당소득

 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 6. 「소득세법」제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

 1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

 2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

 2의2. 선급검사(船級檢査) 용역을 공급하는 사업

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

  가. 「유아교육법」에 따른 유치원

  나. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교

  다. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)

  라. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

  마. 「평생교육법」제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

 4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

  가. 「사회복지사업법」제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인ㆍ노숙인 시설 및 결핵ㆍ한센인 시설

  나. 「국민기초생활보장법」 제15조의2제1항 및 제16조제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터

  다. 「아동복지법」제52조제1항에 따른 아동복지시설

  라. 「노인복지법」제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외)

  마. 「노인장기요양보험법」제2조제4호에 따른 장기요양기관

  바. 「장애인복지법」제58조제1항에 따른 장애인복지시설 및 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는「중증장애인생산품 우선구매 특별법」제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설

  사. 「한부모가족지원법」제19조제1항에 따른 한부모가족복지시설

  아. 「영유아보육법」제10조에 따른 어린이집

  자. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」제9조제1항에 따른 지원시설, 제15조제2항에 따른 자활지원센터 및 제17조제2항에 따른 성매매피해상담소

  차. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제3조제6호 및 제7호에 따른 정신요양시설 및 정신재활시설

  카. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조제2항 및 제12조제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설

  타. 「입양특례법」 제20조제1항에 따른 입양기관

  파. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조제2항 및 제7조제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설

  하. 「다문화가족지원법」 제12조제1항에 따른 다문화가족지원센터

  거. 「건강가정기본법」 제35조제1항에 따른 건강가정지원센터

 5. 연금 및 공제업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

  가. 「국민연금법」에 의한 국민연금사업

  나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

  다. 「근로자퇴직급여보장법」에 따른 중소기업퇴직연금기금을 운용하는 사업

 6. 사회보장보험업중「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업

 7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

 8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

  가. 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원ㆍ채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

  나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」및「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

  다. 「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

  라. 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」제43조의2에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업

  마. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

  바. 「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

 9. 「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업

 10. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)

 11. 「국민기초생활 보장법」 제2조에 따른 수급권자ㆍ차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업

 12. 비영리법인(사립학교의 신축ㆍ증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업

 13. 「국민체육진흥법」제33조에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및 「태권도 진흥 및 태권도공원조성에 관한 법률」에 따른 국기원의 승단ㆍ승급ㆍ승품 심사사업

 14. 「수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따른 수도권매립지관리공사가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업

 15. 「한국장학재단 설립 등에 관한 법률」에 따른 한국장학재단이 같은 법 제24조의2에 따른 학자금대출계정을 통하여 운영하는 학자금 대출사업

 16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제15호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란「소득세법」제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다.

○ 법인세법 제14조【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.

○ 법인세법 제15조【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】

법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업에서 생기는 사업수입금액[기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액은 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조제3항 단서에 따라 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 사업수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

2. 자산의 양도금액

2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액

3. 자산의 임대료

4. 자산의 평가차익

5. 무상으로 받은 자산의 가액

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조제1항제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다)

7. 손금에 산입한 금액중 환입된 금액

8. 제88조제1항제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익

9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

 가. ~ 나. (생략)

10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

○ 법인세법 기본통칙 4-0…4【과세사실의 판단기준】

법인세의 과세소득 또는 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 구체적인 세법적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 한다.

○ 법인세법 기본통칙 4-0…5【거래의 실질내용 판단기준】

거래의 실질내용은 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행(지급조건, 지급방법을 포함한다) 및 구체적인 정황을 기준으로 판단하여야 한다.

○ 법인세법 기본통칙 4-3…1【수익사업에서 생긴 소득의 범위】

① 법 제4조제3항의 수익사업에서 생긴 소득이라 함은 해당 사업에서 생긴 주된 수입금액 및 이와 직접 관련하여 생긴 부수수익의 합계액에서 해당 사업수익에 대응하는 손비를 공제한 소득을 말한다.

② 제1항에서 “부수수익”이라 함은 수익사업과 관련하여 부수적으로 발생하는 수익으로서 예시하면 다음과 같다.

 1. 부산물, 작업폐물 등의 매출액 및 역무제공에 의한 수입 등과 같이 기업회계관행상 영업수입금액에 포함하는 금액

 2. 수익사업과 관련하여 발생하는 채무면제익, 외환차익, 매입할인, 원가차익 및 상각채권추심이익 등

 3. 수익사업과 관련하여 지출한 손금 중 환입된 금액

 4. 수익사업의 손금에 산입한 제준비금 및 충당금 등의 환입액

 5. 수익사업용 자산의 멸실 또는 손괴로 인하여 발생한 보험차익

 6. 수익사업에 속하는 수입금액의 회수지연으로 인하여 받은 연체이자 또는 연체료수입(수익사업과 관련된 계약의 위약, 해약으로 받는 위약금과 배상금 등을 포함한다)

○ 민법 제741조【부당이득의 내용】

법률상 원인없이 타인의 재산 또는 노무로 인하여 이익을 얻고 이로 인하여 타인에게 손해를 가한 자는 그 이익을 반환하여야 한다.

토지의 임대를 수익사업으로 영위하는 비영리법인이 해당 토지에 정착된 건물의 새로운 소유자(이하 ‘건물 소유자’)에게 임대차계약의 체결 및 해당 토지에 대한 사용대가를 요청하였으나 건물소유자가 이에 불응함에 따라 부당이득금반환청구소송을 제기한 경우, 해당 소송의 판결에 의하여 부당이득금의 명칭으로 지급받은 대가는 수익사업에서 생기는 소득에 해당하는 것입니다. 끝.