대구고등법원-2019-누-2443 (2020.02.21)

사 건

2019누2443 법인세경정거부처분취소

원고, 항소인

주식회사 ㅁㅁ온즈

피고, 피항소인

○○세무서장

제1심 판 결

대구지방법원 2019. 1. 23. 선고 2018구합22991 판결

변 론 종 결

2018. 12. 12.

판 결 선 고

2019. 1. 23.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

피고가 2016. 8. 23. 원고에게 한 2015 사업연도 법인세 1,316,682,591원의 경정

거부 처분을 취소한다.

2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2, 10, 11, 22호증, 을 제1호증(특별히 표시하지 않는 경우 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재와 변론전체의 취지에 의하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가. 원고는 1990. 6. 15. 별지1 목록 기재 각 토지(이하 순번에 따라 ‘제○토지’라한다)를 각 매수하여 1991. 9. 10. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 후, 1993.9~10.경 제1토지 지상에 대형스포츠시설인 ㅁㅁ레포츠센터 건물을 신축하고, 제2, 3토지 지상에 노외주차장을 설치하여 운영하였다.

나. 원고는 2013. 11. 12. ㅁㅁ생명 주식회사(이하 ‘ㅁㅁ생명’이라 한다)에게 제1토지와 그 지상의 ㅁㅁ레포츠센터 건물을 대금 501억 원에 양도하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2014. 12. 17. ㅁㅁ생명 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

원고는 2015. 2. 26. ㅁㅁ생명에게 제2, 3토지와 그 시설물을 대금 162억 6,000만원에 양도하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2015. 3. 26. 위 토지에 관하여 ㅁㅁ생명 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2015년경 피고에게 제2, 3토지가 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에서 정한 ‘비사업용 토지’에 해당한다는 전제에서 그 양도차익에 대하여 2015 사업연도 법인세 1,316,682,591원을 추가 신고ㆍ납부하였으나, 그 후 2016. 6. 23. 다시 피고에게 위 토지가 법인세법 제55조의2 제2항에 의하여 비사업용 토지에서 제외되는 ‘지방세법

제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상이 되는 토지’ 중 하나인 ‘대통령령으로

정하는 건축물의 부속토지’에 해당한다는 이유로 납부세액의 환급을 구하는 법인세 경정신청을 하였다.

라. 이에 대하여 피고(당시는 동대구세무서)는 2016. 8. 23. 원고에게 ‘제2, 3토지는 지방세 종합합산과세대상 및 주차장법상 노외주차장이며 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 토지에 해당하지 않아 비사업용 토지에 해당되므로 당초 납부한 법인세가 정당하다’는 이유로 원고의 위 경정신청을 거부한다고 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 11. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 4. 26. 그 심판청구가 기각되었다.

바. 이 사건 처분에 관계되는 법령은 별지2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

2. 원고의 주장

제2, 3토지는 ㅁㅁ레포츠센터가 영업을 시작한 때부터 지금까지 26년 이상 그 이용객을 위한 노외주차장으로 제공되는 등 ㅁㅁ레포츠센터 건물의 효용과 편익을 위하여사용되었다. 그러므로 제2, 3토지는 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목, 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호에서 정한 건축물의 부속토지로서 재산세 별도합산과세대상에 해당하므로, 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외된다.

그런데도 불구하고 피고는 제2, 3토지가 ‘건축물의 부속토지’가 아니어서 비사업용토지에 해당한다고 보아 원고의 법인세 경정신청을 거부하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 판단

가. 관계 법령의 내용과 의미

1) 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 의하면, 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 원칙적으로 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

법인세법 제55조의2 제2항 제4호에 의하면, 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지중 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상으로 된 토지 등은 ‘비사업용 토지’에서 제외되는데, 한편 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목은, 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 별도합산과세대상의 하나로 규정하고, 이에 따라 지방세법 시행령 제101조 제1항은 위 ‘건축물의 부속토지’의 범위를 건축물의 바닥면적에 용도지역별로 정해진 적용배율(일반주거지역의 경우 적용배율은 4배)을 곱하여 산정한 면적이내로 하되 각 목에 정해진 일정 토지 부분은 위 면적에서 제외하도록 정하고 있다.

2) ‘건축물의 부속토지’란 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 당해 토지가 건축물이 서 있는 토지와 별개의 필지인지 여부 또는 당해 토지가 건축허가 당시부터 부속토지로 되어 있었는지 아니면 건축물이 신축된 이후에 취득한 것인지의 여부 등에 의하여 결정할 것은 아니고, 토지의 실질적인 이용현황에 따라 객관적으로 결정하여야 한다(대법원 1997. 6. 13. 선고 97누4616판결 등 취지 참조. 구 택지소유상한에 관한 법률 시행령 제3조 제1호 소정의 ‘건축물의 부속토지’에 관한 법리이지만 이 사건에도 적용될 수 있다).

나. 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3, 4, 5, 12 내지 22, 27호증, 을제2호증의 각 기재와 영상, 이 법원의 □□구청장에 대한 사실조회 결과와 변론 전체의취지에 의하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

1) 원고는 1990. 7.경 ㅁㅁ레포츠센터를 설립하기 위하여 건축허가 신청을 하였는데, 도시교통정비 촉진법(이하 ‘도시교통정비법’이라 한다)에 따른 교통영향평가 심의과정에서 ㅁㅁ레포츠센터 건물 내 주차장만으로는 직원과 이용객 등의 주차수요를 수용하기 부족하므로 노외주차장 설치가 필요하다고 지적되었고, 이에 따라 서울특별시장은 1970. 7. 28. ‘준공 전까지 인접 대지에 노외주차장을 확보할 것’ 등을 조건으로 부가하여 원고의 건축신청을 허가하였다.

2) 원고는 1993. 9~10.경 위 건축허가에 따라 제1토지 지상에 아래와 같이 주차대수 168대 규모의 지하주차장이 포함된 ㅁㅁ레포츠센터 건물을 신축하고, 제2, 3토지지상에 주차대수 102대 규모의 노외주차장을 설치하였다. 한편 ㅁㅁ레포츠센터 건물바닥면적은 2,758.98㎡이고, 제1토지와 제2, 3토지의 용도구역은 모두 도시지역 중 일반주거지역에 속한다.

3) 서울특별시장은 1993. 10. 20. 서울특별시 □□구청장에게 ㅁㅁ레포츠센터 건물에 관한 건축물 사용검사필증 교부를 통보하면서 ‘향후 위 노외주차장이 다른 용도로 전환되는 사례가 없도록 철저히 관리하여 달라’고 요청하였다(갑 제3호증).

4) 원고는 1993. 12.경부터 ㅁㅁ레포츠센터를 개장하여 운영하였는데, 2014년 기준으로 ㅁㅁ레포츠센터의 등록 회원 수는 월평균 약 7,700명이고, 이용객 수는 월평균46,800명, 일평균 1,560명에 이르며, 직원들의 주차장 이용을 통제하여야 할 정도로 주차공간 부족으로 어려움을 겪고 있다.

5) 원고는 제2, 3토지에 경계를 따라 펜스를 설치하고 노외주차장에 대한 외부인의 출입을 제한하였으며, 1994년경부터 그 운영을 주식회사 호텔△△(이하 ‘신라호텔’이라 한다)에 위탁하였다. 신라호텔은 노외주차장 출입구에 관리사무소와 자동차 출입차단기를, 주차장 내부에 CCTV를 각 설치하고, 주차장 근무일지 및 불법주차차량 현황 점검일지를 작성하는 등으로 노외주차장을 관리하였으며 ㅁㅁ레포츠센터를 이용하지 않는 차량에 대해서는 별도의 주차요금을 부과하는 방법으로 주차장 사용을 제한하였다.

6) 한편 제1토지(아래 A 표시 부분)와 제2, 3토지(아래 D 표시 부분) 사이에는 아래와 같이 노폭 약 5m 내외의 도로가 설치되어 있고, 도로의 양쪽 끝부분은 주변의 거주지역 도로와 각 연결되어 있다.

7) 원고는 2013. 11. 12. 제1토지와 그 지상의 ㅁㅁ레포츠센터 건물을, 2015. 2.26. 제2, 3토지와 그 부속 시설물을 각 이전하는 매매계약을 체결하면서 동시에 ㅁㅁ생명으로부터 매매목적물을 각 임차하는 내용의 임대차계약을 체결하고 ㅁㅁ레포츠센터와 노외주차장을 종전 방식 그대로 사용하고 있다.

다. 제2, 3토지가 ‘건물의 부속토지’에 해당하는지 여부

위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 제2, 3토지는 ㅁㅁ레포츠센터 건물의 노외주차장으로 제공된 토지로서 지방세법 제106조 제1항 제2호에서 별도합산과세대상의 하나로 정하고 있는 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’(가목)에 해당한다고 봄이 타당하다.

1) 법인세법 제55조의2 제2항이 지방세법 제106조 제1항 제2호의 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’ 등을 비사업용 토지에서 제외시킨 취지는, 특정 토지가 사업용 건축물의 효용과 편익에 제공되어 일정기간 일체성을 가지고 사용되어온 경우에는 법인의 양도소득 과세에 있어서도 이러한 실질적 사용관계를 고려하겠다는 데에 있는 점, 지방세법 제106조 제1항 제2호에 규정된 ‘건축물의 부속토지’에 있어 ‘부속’이란 지위나 체계에 있어 종속관계를 의미하므로, 물리적인 접속관계를 의미하는 '부착‘과는

개념상 구별되는 점, 현대의 건축구조나 도시환경이 하루가 다르게 입체화ㆍ집적화되고 있으므로 지적도상 분리되어 있더라도 부속성을 긍정해야 할 경우도 있는 점(예컨대 건축물과 인접 토지가 도로 등에 의하여 형식상 분리되어 있더라도 도로 상공이나지하의 연결통로에 의하여 긴밀하게 연결되어 사용되는 경우에는 건축물과 인근 토지사이의 연계성ㆍ일체성을 부인하기 어려울 것이다) 등에 비추어, 특정의 토지가 사업용건축물의 효용과 편익에 제공되는 것이 분명하다면 이를 ‘건축물의 부속토지’에 해당한다고 보아야 하고, 위 ’건축물의 부속토지‘를 반드시 건축물 또는 그 부지와 물리적으로 연속 또는 접착되어 있는 토지에 한정된다고 볼 것은 아니다.

2) 제2, 3토지는 비록 ㅁㅁ레포츠센터 건물 부지인 제1토지와 별개의 필지로 되어 있지만 ㅁㅁ레포츠 건물이 신축ㆍ개장한 1993년경부터 지금까지 약 26년간 위 ㅁㅁ레포츠센터의 노외주차장으로 이용되면서 ㅁㅁ레포츠센터 건물을 위하여 효용과 편익을 제공해왔다.

3) 서울특별시는 교통영향평가 결과를 반영하여 ㅁㅁ레포츠센터 건물의 건축허가조건으로 ‘제2, 3토지를 ㅁㅁ레포츠센터의 노외주차장으로 사용할 것’을 요구하였고, 이에 따라 원고가 제2, 3토지에 노외주차장을 설치하였다. 나아가 도시교통정비법 제24조의2, 제58조, 제59조에 의하면, 교통영향평가 결과를 반영하여 준공된 시설물에 대하여는 그 소유자 및 관리자가 이행의무사항에 적합하도록 그 시설물을 유지ㆍ관리ㆍ운영하고, 해당 시설물 또는 그 유지ㆍ관리ㆍ운영방법의 변경내용을 사전에 승인관청에 신고하여야 하며, 이를 위반하는 경우 승인관청으로부터 이행조치명령을 받거나 형사처벌을 받도록 정하고 있으므로, 제2, 3토지를 주차장 이외의 용도로 전용하는 것은 엄격히 제한되어 있다. 따라서 제2, 3토지가 ㅁㅁ레포츠센터 건물의 노외주차장으로 이용되는 것은 교통영향평가에 따른 객관적 필요성과 도시교통정비법 등 공법적 규제에 따른 것이고 단순히 원고 내부의 주관적 의사결정에 따른 것이라고 볼 수 없다(비록 원고가 제2, 3토지를 매도하면서 함께 체결한 임대차계약의 임대 목적물에 신축 예정인건축물이 포함되어 있기는 하나, 그 역시 위 승인관청의 인허가를 전제로 한 가정적ㆍ예비적 약정에 불과하다).

4) 제1토지와 제2, 3토지가 일반인이 통행하는 도로에 의하여 별도로 구분되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 위 도로는 일반주거지역 내 폭 5m의 이면도로에 불과하므로, 이로 인해 제2, 3토지가 ㅁㅁ레포츠센터 건물의 부속토지로서 갖는 연계성ㆍ일체성을 부인하기 어렵다(대법원 1994. 11. 4. 선고 94누248 판결 등 참조. 피고는 반대주장의 근거로 대법원 1997. 5. 28. 선고 96누19499 판결을 들고 있으나, 위 판결은 호텔 건물과 호텔주차장용 토지의 이용관계가 폭 6m의 도시계획도로에 의하여 분리된 사안에서 위 호텔주차장용 토지가 호텔 건물의 부속토지에 해당하지 않는다고 판단한 것이므로, 도로의 형상이나 기능 및 토지의 이용관계 등을 달리하는 이 사건에

그대로 적용될 수 없다).

5) 지방세법 시행령 제101조 제3항 제11호에 의하면 ‘주차장법 시행령 제6조에 따른 부설주차장’ 역시 재산세 별도합산대상에 해당하는데, 원고는 1993년경부터 제2, 3토지를 ㅁㅁ레포츠센터 건물의 부설주차장 용도로 사용해온 점, 실제로 ㅁㅁ생명은 제2, 3토지에 대하여 2020. 1. 13. 주차장법에 따른 부설주차장으로 등록을 마친 점(부동산등기부에는 용도변경금지의 부기등기가 되어 있다) 등에 비추어, 제2, 3토지는 상당한 기간 동안 사실상 지방세법에 정해진 재산세 별도합산대상의 실질을 유지해왔던 것으로 보인다.

6) 원고가 제1토지와 그 지상의 ㅁㅁ레포츠센터 건물을 ㅁㅁ생명에 매도한 후 상당 기간이 경과한 후에야 제2, 3토지를 매도하였으나, 그 매수인이 ㅁㅁ생명으로 동일하고, 원고가 ㅁㅁ생명으로부터 매매목적물 전부를 다시 임차하였으며, 매매계약을 전후하여 건물 및 토지의 이용상황에 아무런 변동이 없었던 점에 비추어, 위와 같이 분리매각절차를 취한 것은 매수인의 자금사정 등을 감안하여 순차적으로 매매계약을 진행하였기 때문에 생긴 우연한 결과에 불과하다. 법인세법에 따라 양도소득의 과세대상이 되는지 여부는 양도일 현재의 사실상의 현황을 기준으로 판단하여야 하는데(대법원1994. 11. 4. 선고 94누5908 판결 등 참조), 제2, 3토지가 양도 당시 ㅁㅁ레포츠센터건물의 노외주차장으로 사용되고 있었던 이상 제2, 3토지는 ㅁㅁ레포츠센터 건물에 대한 부속토지로서 요건을 갖추고 있었다.

7) 서울특별시 □□구청장이 과거 제2, 3토지를 지방세법상 종합합산과세대상으로 분류하여 재산세를 부과하여 왔고 원고가 이에 대하여 이의를 제기하지 않았다 하더라도, 이왕의 재산세 부과처분과 이 사건 처분이 별개의 처분인 이상 위 재산세 부과처분이 불복기간 도과로 인해 확정되었다고 해서 원고가 이 사건 처분까지 다툴 수 없게 되는 것은 아니다.

라. 이 사건 처분의 적법 여부

앞서 본 바와 같이 제2, 3토지는 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목에서 별도합산과세대상의 하나로 정한 ‘건축물의 부속토지’에 해당하고, 나아가 제1, 2, 3토지의 합계 면적이 8,848.5㎡(=6,289.3㎡+1,281.1㎡+1,278.1㎡)로서 ㅁㅁ레포츠센터 건물의 바닥면적 2,758.98㎡에 일반주거지역의 적용배율 4배를 곱하여 산정한 면적(2,758.98㎡×4=11,035.92㎡, 지방세법 시행령 제101조 제1항, 제2항 참조)을 넘지 않아 지방세법

시행령 제101조 제1항이 정한 별도합산과세대상 토지의 범위 내에 있다.

따라서 제2, 3토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외된다고 할 것인데, 피고는 이와 달리 제2, 3토지가 법인세법상 비사업용 토지

에 속한다고 보아 원고의 법인세 경정신청을 거부하였으므로, 이 사건 처분은 위법하

여 취소되어야 하고, 원고의 주장은 이유 있다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데 제1심판결은 이와결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 한다.