조심 2023서10049 (2024.07.29)

역삼세무서장이 2023.8.22. 청구법인에게 한 2019~2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1991.4.17. 설립되어 배합사료 제조 및 판매, 축산물 임가공 도축 및 판매 등의 사업을 영위하고 있는 기업으로, 2018년 11월 현재 모회사인 주식회사 a(이하 “a”라 한다)와 함께 관계회사인 주식회사 b(이하 “c”라 한다) 발행주식의 약 96.65%를 소유하고 있었다.

나. c는 2018.11.30. 재무구조 개선을 위하여 기존 주주를 대상으로 균등유상증자를 결정하였고, 청구법인 및 a는 이에 참여하여 각각 c에 대해 보유하고 있던 채권(청구법인 OOO원, a OOO원) 등을 증자대금과 상계(이하 “쟁점유상증자”이라 한다)하는 조건으로 청구법인은 신주 28,107,868주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를, a는 신주 20,217,094주를 각각 교부받았으며, 그 외 (유상증자에 참여하지 않은 주주를 제외한) 기타주주는 증자대금을 현금으로 납입하여 1,074,540주를 교부받았는데, 쟁점유상증자 전ㆍ후 c의 주주현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 2018년 12월 쟁점유상증자 전ㆍ후 c 주주 현황

다. 한편, c의 실적부진이 계속되자 청구법인과 a는 2019.12.3. c의 구조조정 및 재무개선 등을 위하여 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4 및 같은 법 시행령 제176조의5에 따라 청구법인과 c의 합병을 결정하였고, 합병비율을 1:0.4896347로 산정하여 청구법인을 합병존속법인으로 하는 합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)을 실시하였으며, 이에 따라 청구법인은 c를 합병한 후 기존 c의 주주에게 그 합병대가로 청구법인의 주식을 교부[① 청구법인은 c의 주주이나 합병법인으로서 자신이 보유한 c 주식(지분율 약 59.36%)에 대해서는 합병신주를 발행하지 않았고, ② a가 보유하고 있던 c 주식 47,115,062주(지분율 약 40.64%)에 대하여는 23,069,169주(=47,115,062주×0.4896347, 주당가액 OOO원)의 합병신주를 교부]하였다.

라. 청구법인은 쟁점합병 후, 쟁점합병이 「법인세법」 제44조 등에 따른 적격합병의 요건인 주식(지분)의 연속성 요건 등을 충족하지 못한 비적격합병에 해당하는 것으로 보아 2019~2021사업연도의 법인세 신고를 해오다가, 2022.11.3. 쟁점주식이 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항에서 규정한 합병대가를 금전으로 지급한 것과 동일하게 보는 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식 등에 해당하지 아니하여 관련 법령에 따른 적격합병의 요건을 모두 갖춘 것으로 보아 「법인세법」 제44조의3에 따른 적격합병시 합병병인에 대한 과세특례를 적용하여 처분청에 아래 ＜표2＞와 같이 신고.납부한 2019~2021사업연도의 법인세 합계 OOO원을 환급해 줄 것을 경정청구 하였다.

＜표2＞ 2019~2021사업연도 법인세 경정청구 내용

(단위 : 원)

마. 처분청은 2023.8.22. 쟁점주식이 금전으로 합병대가를 지급한 것으로 보는 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식에 해당하여 청구법인이 「법인세법」 제44조 제2항 제2호의 적격합병 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 이를 거부하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 미리 과세특례를 적용받았던 사례들을 근거로 청구법인이 합병과세특례를 적용받을 수 없다는 의견이나, 청구법인은 과거 적격합병요건을 충족하는지가 불분명하여 과세특례를 적용받지 않았다가 사후적으로 과세특례를 신청하는 경정청구를 한 것인데, 세무조사에서 합병매수차익에 대한 증액경정이 발생하였고, 그 증액경정처분에 대해서 불복을 제기하지 않았지만 기존 신고세액의 한도 내에서 이루어진 경정청구는 적법한 경정청구라 할 것(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 같은 뜻임)이고, 청구법인과 동일하게 과세표준기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있다는 국세청의 유권해석(서면-2017-법령해석법인-0910, 2018.2.21.) 또한 존재한다. 이 건에 대해 경정청구가 불가하다는 처분청 의견은 「국세기본법」 제45조의2의 조문상 문언내용을 넘어서는 것으로 납세자의 경정청구권을 지나치게 훼손하는 부당한 것이다.

(가) 처분청이 제시한 유권해석은 청구법인의 사례와는 달리 적격합병에 대한 과세특례를 적용받았다가 사후관리 위배사유가 발생한 것과 관련하여 경정청구나 수정신고를 할 수 없다는 내용이고, 심판례(조심 2022부5861, 2022.8.23.) 및 행정소송 판례(울산지방법원 2023.8.24. 선고 2022구합7670 판결)는 모두 적격합병요건을 충족한 합병을 하여 합병양도손익을 소득금액에 반영한 납세자가 합병과세특례신청서를 제출하지 않았기 때문에 부과처분 한 사례로, 과세이연혜택을 적용받지 않고 경정청구한 청구법인의 사례와는 다르다.

(나) 청구법인의 경우, 2019사업연도 법인세 신고 시에는 적격합병 요건을 충족하는지가 불분명하여 과세특례를 적용받지 않고 법인세를 신고.납부하였고, 경정청구를 통해 사후적으로 과세특례를 적용하는 신청을 한 것인데, 법인세 신고 시에는 과세특례를 적용하지 않았으므로 합병과세특례신청서를 제출할 수 없는 상황이었고 이후 합병과세특례를 적용하는 경정청구를 한 것이다.

처분청은 청구법인이 비적격합병을 인정하면서 세무조사에서 합병매수차익 관련 일부 추가납부세액이 발생하여 관련 세액을 불복 절차없이 납부한 후 경정청구한 사실을 문제삼고 있으나, 앞서 본 바와 같이 증액경정처분에 대해서 불복을 제기하지 않더라도 기존 신고세액의 한도 내에서 당초 신고사유 뿐만 아니라 증액경정 사유에 대해서도 경정청구가 가능하다.

(다) 뿐만 아니라, 국세청은 합병등기일이 속하는 과세연도의 법인세 신고기한까지 합병과세특례신청서를 제출하지 않았으나 적격합병요건을 충족하면서 「국세기본법 시행규칙」 제12조 각 호의 경정할 것을 미리 알고 수정신고 하는 등의 사유에 해당하지 않는 경우에는 합병과세특례를 적용받을 수 있다고 해석하였는데, 청구법인은 이 건 경정청구를 한 후 합병과세특례신청서 등을 제출하였다. 만약, 처분청 의견대로 합병등기일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고기한까지 합병과세특례신청서등을 제출하지 않은 경우, 적격합병에 따른 과세특례혜택을 원천적으로 적용받지 못하는 것으로 해석한다면, 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 규정된 납세자의 경정청구권을 원천적으로 차단하는 결과를 초래하여 납세자의 권익보호 기능이 지나치게 훼손될 뿐 아니라 앞서 언급한 대법원 판례와도 배치되는 불합리한 결과가 발생한다.

(2) 「법인세법 시행령」 제80조의2 제2항 제2호는 합병대가 중 주식 등의 가액이 합병대가의 총 합계액의 80% 이상인지 여부를 판단할 때, 지배주주 등에 해당하는 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식이 있는 경우에는 이를 금전으로 교부한 것으로 보아 주식교부비율을 산정하도록 규정하고 있는데, 이러한 금전교부 의제 규정의 입법 목적은 피합병법인의 주주가 합병이 있기 전에 합병법인에게 주식을 미리 매각함으로써 합병대가를 금전으로 수취하는 경우 이를 합병교부금으로 간주하여 부당한 조세회피를 방지하기 위한 것이다. 이는 합병 전 피합병법인 주주에게 주식인수대가를 금전으로 지급하는 행위와 합병시 피합병법인 주주에게 합병교부금을 지급하는 행위의 경제적 실질이 동일하여 합병법인이 합병등기일로부터 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식에 대하여 피합병법인 주주에게 합병교부금을 미리 지급한 것으로 간주하는 것으로서 이러한 금전교부 의제 규정의 입법 취지를 고려한다면, 청구법인이 쟁점유상증자로 취득한 쟁점주식의 경우 합병대가를 금전(합병교부금)으로 미리 지급받은 것과는 아무런 관련성이 없고, 오히려 합병대가를 주식으로 미리 교부받은 것이라 할 수 있으므로 쟁점주식이 합병포합주식이라 하더라도 이를 합병대가를 금전으로 지급한 것으로 보아 적격합병의 요건을 갖추지 못한 것으로 보는 것은 부당하다.

(가) 쟁점주식은 피합병법인의 주주배정 유상증자로 취득한 것으로서 유상증자대금은 피합병법인에게 곧바로 귀속되었다. 이는 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항이 규제하고자 하는 ‘피합병법인 주주에게 주식인수대가를 현금으로 지급함으로써 사실상 합병교부금을 지급한 것이나 다름없는 경우’와는 그 경제적 효과를 완전히 달리 한다. 처분청 의견대로라면 유상증자대금을 합병교부금으로 보게 되는 불합리한 결과를 초래한다. 더욱이, 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항이 금전교부로 의제하는 합병포합주식 취득 시에는 피합병법인 기존 주주의 투자 철회가 이루어지는 반면, 쟁점유상증자로 인한 취득 시에는 피합병법인 기존 주주의 어떠한 투자 철회도 발생하지 아니한다.

(나) 뿐만 아니라, 합병법인이 쟁점유상증자로 피합병법인에게 납입한 증자대금은 합병과 동시에 합병법인에게 다시 유입(합병승계)되는 효과가 발생하여, 결국 합병법인 입장에서는 피합병법인 주식의 유상증자대금이 사외로 유출되지 않은 결과가 발생하게 되므로, 쟁점유상증자를 통한 주식 취득을 기존 피합병법인 주주로부터 취득하는 합병포합주식과 동일하게 취급할 수는 없다.

(다) 기획재정부가 균등유상증자로 합병등기일 전 2년 내 취득한 피합병법인의 주식을「법인세법 시행령」 제80조 제1항 제2호 나목의 “합병포합주식 등”에 해당한다고 표명한 것은, 해당 법령의 입법취지인 합병양도손익(합병양도가액-피합병법인 순자산장부가액)의 왜곡을 방지하기 위한 것으로, 유상증자를 통해 취득한 합병포합주식은 대응되는 유상증자 납입액이 피합병법인 순자산에 가산되는 만큼, 적정 합병양도손익 산정을 위해서는 합병양도가액에도 가산해야 하므로, 「법인세법 시행령」제80조 제1항에서 규정하는 합병포합주식에는 피합병법인의 유상증자로 취득한 주식까지 포함되는 것이 타당하지만,「법인세법 시행령」제80조의2 제3항은 피합병법인의 주주를 합병법인 주주로 계속 유지시키는데 입법취지가 있는 것인바, 피합병법인의 유상증자로 인한 주식 취득의 경우 기존 피합병법인 주주의 이탈이 발생하지 않고, 유상증자대금도 피합병법인 주주가 아닌 피합병법인에 직접 귀속되기 때문에 합병교부금 지급으로도 볼 수 없어 합병포합주식에 포함되지 않는 것으로 해석하는 것이 타당하다.

(라) c의 유상증자 및 청구법인과 c의 합병은 부당한 조세혜택을 받기 위함이 아닌 c의 경영정상화를 위해 불가피하게 행해진 것이다. 청구법인과 c는 모두 합병이 있기 전까지 20년 이상 정상적으로 배합사료 제조 및 판매 등 사업을 영위하던 법인이었다. 2018년 1월경 c는 영업부진 및 실적악화에 따라 재무구조가 취약해졌고, 이로 인해 존속 및 경영정상화를 위해 주주(청구법인, a)들이 유상증자에 참여하였다. 이후에도 c의 실적악화와 영업부진이 지속됨에 따라, 청구법인과 c가 각각 영위하고 있던 사료사업부문의 경영효율성 제고 및 합병시너지 창출을 위해 2019년 12월 청구법인이 c를 흡수ㆍ합병하였으며, 이는 c의 경영정상화를 위해 부득이하게 행해진 정상적인 구조조정이다. 만일 청구법인이 쟁점유상증자를 시행한 후 2년이 경과한 다음에 합병을 실행하였더라면 이론 없이 적격합병에 해당하였을 것인데, 처분청이 c의 시급한 경영정상화를 위한 불가피한 사정에서 이루어진 쟁점유상증자를 이유로 쟁점합병이 비적격합병에 해당하는 것으로 보는 것은 청구법인에게 부당하고 가혹한 처분이라 하지 않을 수 없다.

(3) 위 내용과 같이 쟁점주식의 취득을 「법인세법 시행령」 제80조의2 제2항 제2호에 따른 합병대가를 금전으로 지급한 것으로 보지 않을 경우, 청구법인과 c의 쟁점합병은 「법인세법」에서 적격합병의 요건으로 규정한 ① 사업의 연속성, ② 지분의 연속성, ③ 고용승계 유지 등을 모두 갖춘 적격합병에 해당하므로 처분청이 쟁점합병에 대해 지분의 연속성 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2020.3.31. 2019사업연도 법인세 신고시 피합병법인과의 쟁점합병을 비적격합병으로 하여 홈택스를 통해 합병관련 금액을 익금산입 하는 내용으로 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 합병과세특례신청서와 자산조정계정명세서는 제출하지 않았다. 한편, 법인이 적격합병 요건을 충족하였더라도 과세특례를 적용받지 않는 것으로 법인세를 신고할 수 있고, 법인세에 대한 과세특례를 적용한 후에는 적용받지 않는 것으로 수정신고나 경정청구를 할 수 없는 것(서면법규과-336, 2014.4.9.)인바, 같은 취지로 청구법인이 비적격합병으로 신고한 후 경정청구에 의한 적격합병에 관한 과세특례를 적용받을 수는 없다.

(가) 청구법인은 2022년경에 서울지방국세청 조사국에서 실시한 법인통합조사(당초 법인세 신고시 비적격합병으로 신고함에 따라 세무조사시 적격합병 여부는 검증하지 않음)를 받았고, 세무조사 결과 합병에 따른 양도손익 과소계상에 대한 법인세 납부고지를 받은 후 관련 세액을 납부하였는데, 이후 당초 법인세 신고 및 세무조사 시에 인정하였던 비적격합병을 번복하고 적격합병임을 주장하는 내용의 경정청구를 하였다. 이 건 심판청구가 인용된다면, 납세자의 신고내용을 믿고 그에 기초하여 법인통합조사 기간 동안 조사국에서 많은 인력을 투입하여 정확한 합병차익을 계산하기 위한 노력들이 모두 쓸모 없어지고 조사내용들이 원점으로 회귀하게 되며, 납세자는 이러한 신의를 저버리면서 납부한 세액과 더불어 환급가산금까지 돌려받게 되는 불합리한 일이 발생하게 된다.

(나) 이 건과 유사한 심판례 및 법원의 판례도 과세특례를 적용받을 수 없다고 판단하였다. 조세심판결정(조심 2022부5861, 2022.8.23.)에서는 합병과세특례신청서.자산조정계정에 관한 명세서를 미제출한 점과 승계받은 자산의 감가상각비 한도 계산이 달라지게 되는 문제점 등이 발생하여 적격합병의 요건을 충족하였더라도 과세특례 대상으로 보기 어렵다고 결정한바 있고, 법원(울산지방법원 2023.8.24. 선고 2022구합7670 판결)은 “합병과세특례신청서의 제출은 단순한 협력의무에 불과한 것이 아니라 과세특례의 적용을 받기 위한 필수적인 절차”라고 판단하여 국승으로 판결한 사실이 있다. 따라서 청구법인은 “합병과세특례신청서”와 “자산조정계정에 관한 명세서”를 세무조사가 있기 전까지 제출하지 않았으므로 적격합병 요건을 명확하게 갖추었다고 하더라도 과세특례(적격합병)을 적용받을 수 없다.

(2) 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항을 보면, 합병포합주식 등에 포함되는지 여부는 합병등기일 전 2년 내에 취득한 주식인지를 기준으로 판단하는 것이고, 조세법률주의에 따라 임의로 다른 요건이 추가될 수 없으므로 쟁점주식은 관련 법령에서 정한 합병포합주식에 해당하여 청구법인의 쟁점합병은 합병대가의 주식교부비율 요건(80% 이상)을 충족하지 못한 비적격합병에 해당한다.

(가) 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항은 ‘합병대가의 총 합계액 중 주식 등의 가액이 적격합병 요건인 법 제44조 제2항 제2호의 비율(100분의 80) 이상인지를 판정할 때, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식 등이 있는 경우에는 그 가액을 금전으로 교부한 것으로 본다(같은 법 시행령 제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병포합주식 등에 대하여 합병교부주식 등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식 등을 교부한 것으로 보는 경우도 포함한다)고 규정하고 있다. 청구법인은 2019년 12월 c를 흡수ㆍ합병하였는데, 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식은 총 31,410,974주(쟁점주식 28,107,868주+추가양수 3,303,106주)이고, 합병교부주식 수 산정 시 그 비율은 27.05%로서, 청구법인이 피합병법인을 합병하면서 지급한 합병대가를 금전으로 교부한 비율은 27.05%에 해당(주식교부비율은 72.95%임)하므로 적격합병의 요건인 주식교부비율(주식의 연속성 요건) 80%를 충족하지 못하여 쟁점합병은 적격합병에 해당하지 아니한다.

(나) 청구법인은 쟁점유상증자로 취득한 쟁점주식의 경우 합병대가를 금전(합병교부금)으로 교부한 것으로 간주할 수 없다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항 본문에는 “합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 법 제44조 제2항 제2호의 비율 이상인지를 판정할 때, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식 등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다”고 규정하고 있는데, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 대법원도 ‘구「법인세법」 제80조 제2항이 포합주식의 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 것을 그 적용요건으로 규정하고 있지 아니하는 이상, 합병법인이 취득한 주식이 포합주식에 해당하는 것만으로 구「법인세법」 제80조 제2항의 적용대상이 된다고 해석할 것이다”라고 판시(대법원 2011.5.13. 선고 2008두14074 판결)한 사실이 있는바, 쟁점주식은 합병대가를 금전으로 지급한 ‘합병포합주식 등’으로 보는 것이 타당하다.

(다) 청구법인은 금전교부로 의제하는 합병포합주식 취득 시에는 피합병법인 기존 주주의 투자 철회가 이루어지는 반면, 청구법인이 합병등기일 전 2년 이내에 쟁점유상증자로 취득한 주식은 피합병법인 기존 주주의 어떠한 투자 철회도 발생하지 않는다고 주장한다. 청구법인이 ‘투자 철회’를 어떤 의미로 정의하고 사용하고 있는지 불분명하나, 기업의 운영에 어려움이 발생할 수 있는 투자 철회는 피투자법인에 투자한 자금을 회수하여 자금이 피투자법인에서 투자자로 회수되는 것으로 이해된다. 이와 달리 피합병법인 주식의 소유자가 A에서 B로 바뀌는 경우 일반적으로 주주가 변경되었다고 이야기하며, 투자 철회가 되었다고 표현하지 않는 바, 금전교부로 의제하는 합병포합주식 등을 합병법인이 취득하는 경우에도 ‘투자 철회’는 발생하지 아니한다.

(라) 또한 청구법인은 쟁점주식을 취득한 경우와 청구법인이 제3의 주주로부터 피합병법인의 주식을 취득하는 경우를 비교하면서 이 둘의 차이는 ‘순자산이 사외로 유출되는가 그렇지 않은가’의 차이가 있다고 하면서, 합병법인의 회계처리와 피합병법인의 회계처리를 통합하여 합산해보면, 순자산이 사외유출된 경우와 순자산이 사외유출 되지 않은 경우로 그 결과가 다르다고 주장하나, 관련 규정에서는 주식의 취득방법에 대해 언급하고 있지 않으므로, 주식취득 대가가 사외로 유출되었는지 여부에 따라 그 적용 여부가 달라지지 아니한다. 기획재정부 및 국세청의 유권해석도 합병법인이 균등유상증자 또는 제3자 배정 신주발행 방식으로 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인의 주식은 「법인세법 시행령」 제80조 제1항 제2호 나목의 “합병포합주식 등”에 해당하는 것임을 표명한바 있다(기획재정부 법인세제과-57, 2017.1.24., 국세청 서면-2017-법인-0008, 2017.12.11.).

(3) 위 내용과 같이 쟁점주식은 「법인세법 시행령」 제80조의2 제2항 제2호에 따른 합병대가를 금전으로 지급한 것으로 보는 ‘합병포합주식등’에 해당하고, 청구법인과 c의 쟁점합병은 「법인세법」에서 적격합병의 요건으로 규정한 ‘지분의 연속성’ 요건을 충족하지 못한 비적격합병에 해당하여 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 당초 법인세 신고 시 비적격합병으로 보아 법인세 신고를 하였다가 적격합병으로 보아 합병법인에 대한 과세특례를 적용하는 경정청구를 할 수 있는지 여부

② 청구법인이 관계회사의 균등유상증자에 참여하여 취득한 쟁점주식이 ‘합병대가를 금전으로 지급한 것’으로 보는 ‘합병법인이 합병등기일전 2년내에 취득한 합병포합주식’에 해당한다는 이유로 쟁점합병을 비적격합병으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 법인세법

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 “순자산시가”라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

(3) 법인세법 시행령

제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우 : 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 “합병교부주식등”이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 “합병포합(抱合)주식등”이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와 「지방세법」 제88조 제2항에 따른 법인지방소득세의 합계액

② 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 순자산장부가액을 계산할 때 「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우에는 이에 상당하는 금액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액에 더한다.

③ 제1항 제1호를 적용받으려는 피합병법인은 법 제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 합병법인은 제80조의4 제11항에 따른 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출하여야 한다.

제80조의2(적격합병의 요건 등) ③ 법 제44조 제2항 제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 제80조 제1항 제2호 가목에 따른 금액으로 하고, 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 법 제44조 제2항 제2호의 비율 이상인지를 판정할 때 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 금전으로 교부한 것으로 한다.

1. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제 7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우 : 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 합병포합주식 등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액

2. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조 제7항에 따른 지배주주등인 경우 : 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액

(4) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제80조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "合倂에 의한 淸算所得" 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식등(新設合倂 또는 3이상의 法人이 合倂하는 경우 被合倂法人이 취득한 다른 被合倂法人의 株式등을 포함하며, 이하 이 條에서 "抱合株式등"이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총 합계액은 당해 포합주식등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식등을 교부한 경우에는 당해 포합주식등의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.

③ 제79조 제3항·제4항 및 제6항의 규정은 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 이를 준용한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 합병대가의 총 합계액의 계산등 합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 법 제44조 제2항의 요건을 갖추거나 같은 조 제3항에 해당하는 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병법인이 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등에 지급한 합병법인의 주식등의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다)이 있는 경우에는 그 피합병법인의 주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병법인의 주식등을 교부한 것으로 보아 합병법인의 주식등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와 「지방세법」 제85조제4호에 따른 법인세분의 합계액

② 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 순자산장부가액을 계산할 때 「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우에는 이에 상당하는 금액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액에 더한다.

제80조의2(적격합병의 요건 등) ② 법 제44조 제2항 제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총 합계액은 법 제16조 제1항 제5호에 따른 합병대가의 총 합계액으로 하되, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 총합계액에 더한다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 총 합계액에 더한다.

1. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조 제7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우 : 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식등의 취득가액

2. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조 제7항에 따른 지배주주등인 경우: 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 주식등의 취득가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 주주명부 등 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인 및 c의 사업현황은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구법인 및 c 사업현황

(나) 청구법인과 c는 2019.12.3. 청구법인을 존속법인으로 하는 합병을 하였고, 쟁점합병 전 c의 주주현황은 아래 ＜표4＞와 같으며, 청구법인은 c 주주에게 합병대가로 ① 청구법인은 합병법인으로서 본인이 보유한 c 주식(지분율 약 59.36%)에 대해서는 합병신주를 발행하지 않았고, ② a가 보유하고 있던 c 주식 47,115,062주(지분율 약 40.64%)에 대하여는 23,069,169주(=47,115,062주×0.4896347)의 합병신주를 교부하였는데, 합병 후 합병교부주식 수 산정내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점합병(2019.12.3.) 전 c 주주현황

＜표5＞ 쟁점합병 관련 합병교부주식 수 산정 내용

(다) 쟁점합병 후 청구법인의 주주현황은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점합병 후 청구법인 주주현황

(2) 「법인세법」 제44조 등을 보면, 적격합병의 요건으로 ① 사업목적합병, ② 지분의 연속성(피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총 합계액 중 합병법인의 주식 등의 가액이 100분의 80 이상), ③ 사업의 계속성, ④ 고용승계의 요건을 두고 있는데, 다른 적격합병 요건의 충족 여부에 대해서는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없는 것으로 보이고, 지분의 연속성 요건에 대하여 처분청은 쟁점합병에서 쟁점주식이 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항 등에 따라 금전으로 합병대가를 지급한 것으로 보는 합병포합주식에 해당하여 교부주식 가액 등 비율이 아래 ＜표7＞과 같이 72.95%로서 비적격합병이라는 의견이고, 청구법인은 쟁점주식에 대하여 금전으로 합병대가를 지급한 것으로 볼 수 없어 적격합병이라는 주장이다.

＜표7＞ 처분청의 쟁점합병 관련 합병교부주식 수 산정 내용

(3) 구「법인세법 시행령」이 2001.12.31. 대통령령 제17457호로 일부 개정되면서, 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식(포합주식)이 있는 경우 포합주식 취득가액을 합병대가에 가산하도록 하고 있던 내용을 피합병법인의 주주가 합병 전 주식 양도대가로 합병법인의 신주 등을 취득(주식교환)하는 경우에는 그 취득금액을 제외한 금액만을 합병대가에 가산하도록 관련 규정이 개정되었는데, 기획개정부는 ‘2001 간추린 개정세법’에서 그 취지를 아래 ＜표8＞과 같이 기술하고 있다.

＜표8＞ 2001 간추린 개정세법

(4) 한편, 「법인세법」상 ‘합병포합주식’에 대한 취급과 관련하여 구「법인세법」 제80조(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것)는 “합병에 의한 청산소득금액 계산 시 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 등이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다”라고 규정하여 합병에 따른 (피합병법인의) 양도손익 계산 시 2년 이내 취득한 합병포합주식의 가액이 법인세 과세표준(청산소득)에 포함되도록 하고 있었는데, 이는 합병법인이 합병 전 피합병법인의 주식 등을 미리 취득함으로서 법인세의 부당한 회피를 방지하고자 도입된 규정으로 보인다.

(5) 합병에 따른 양도손익의 계산과 관련된 ‘합병포합주식’에 관한 구 「법인세법 시행령」 조문과 현행 조문의 내용을 비교하면 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 구 「법인세법 시행령」 조문과 현행 조문 비교

(6) 2009.12.31. 합병ㆍ분할시의 과세제도를 정비하는 내용의 「법인세법」이 개정된 후, 2010.6.8. 후속 시행령을 개정하면서 ‘합병에 따른 양도손익의 계산 규정(제80조)’과 ‘적격합병의 요건(제80조의2)’에도 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 ‘합병포합주식’ 관련 규정이 구「법인세법」 제80조에서 규정하고 있던 취지와 유사한 내용으로 각각 개정ㆍ신설되었는데, 기획재정부에서 발간한 ‘2009 간추린 개정세법’ 내용을 보면, 청산소득 계산 시 ‘합병법인이 합병이전 취득한 합병포합주식이 있는 경우로서 동 주식에 대해서 합병주식을 교부하지 않더라도 교부한 것으로 보아 시가 상당액을 청산소득에 가산(법 제44조 제1항, 영 제80조)’하고, 적격합병 요건 중 주식의 연속성 요건(피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액을 산정)과 관련하여 ‘합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 총 합계액에 더한다(영 제80조의2 제2항)’라는 내용의 조문이 신설되었다.

＜표10＞ 2009 간추린 개정세법

(7) 위 적격합병에 관한 조문이 신설된 후, 2012.2.2. 「법인세법 시행령」 개정 시에는 합병포합주식에 대해 합병교부주식 등의 지급여부에 따라 지분의 연속성 요건을 충족하는지 여부가 달라지게 되는 문제점을 보완하고자 합병포합주식 등에 대하여 합병교부주식 등을 지급하지 않은 경우에도 지급한 것으로 보며, 2년 이내 취득 합병포합주식에 대해서는 합병대가를 주식으로 교부하더라도 금전으로 지급한 것으로 본다고 개정하였는데, 기획재정부는 그 취지를 아래 ＜표11＞과 같이 기술하고 있다.

＜표11＞ 2011 간추린 개정세법

(8) 「법인세법」 제44조 제2항에서 규정하고 있는 적격합병의 요건 중, 지분의 연속성 요건은 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정 시 합병대가 중 주식 비중 요건을 종전 95% 이상에서 80%로 완화하였는데, 관련하여 국회 기획재정위원회의 검토보고서 내용을 보면, 관련 규정의 취지 및 개정 이유를 아래 ＜표12＞와 같이 기술하고 있다.

＜표12＞ 2009년 11월 국회 기획재정위원회 법인세법 개정안 검토보고서 내용 중 일부

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 당초 쟁점합병 후, 비적격합병으로 보아 법인세를 신고한 부분은 경정청구를 통해 적격합병에 관한 과세특례를 적용받을 수 없고, 설령 경정청구가 가능하다고 하더라도 세무조사가 있기 전까지 합병과세특례신청서와 자산조정계정명세서를 제출하지 않았으므로 과세특례 요건을 충족하지 못하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이다.

그러나, 과세표준신고서를 법정 신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정이나 경정으로 인한 처분을 불복대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것이 아니고, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보기 어려우며, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다고 볼 것이다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결, 같은 뜻임).

그리고 법인이 당초 비적격합병으로 보아 법인세를 신고하였다가 적격합병임을 주장하며 법인세 경정청구를 하는 경우, 합병과세특례신청서 등을 미리 제출하는 것은 예정하기 어렵고, 처분청 의견과 같이 해석하여 납세자의 경정청구권을 제한하는 것은 불합리한 점, 국세청도 “내국법인이 적격합병요건을 충족하는 경우에는 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있다”라고 유권해석(서면-2017-법령해석법인-0910, 2018.2.21.)한 사실이 있는 점 등에 비추어, 이 건 경정청구가 부적법하다거나 절차상 하자가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임)이다.

2) 이 건 쟁점합병의 경우, 청구법인이 제출한 심리자료 등을 보면, c의 재무구조 개선 및 구조조정의 필요성이 존재하여 유상증자를 결정하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구법인과 a는 쟁점유상증자 전에 c의 지분 96.65%를 보유하고 있었고, 유상증자 후에는 97.15%의 지분을 보유하게 되었으며, 쟁점합병 직전에는 기타주주의 나머지 지분을 모두 매입하여 100%의 지분을 보유한 상황에서 쟁점합병이 이루어져 실질적으로 지분 구성의 변화가 없었다고 할 수 있는 점, c 지분의 약 97%를 보유하고 있던 a와 청구법인은 쟁점합병이 있기 약 1년 전 c의 경영상 위기로 인한 재무구조 개선 등을 위해 유상증자를 결정하였고, 이에 청구법인은 구주 취득방식이 아닌 (균등)유상증자를 통해 신주를 취득하였으며, 이 경우 주식취득에 대한 대가는 피합병법인의 주주가 아닌 피합병법인에게 직접 지급되는 것으로서 합병 등으로 인한 조세회피를 목적으로 하여 피합병법인의 주주가 합병 전에 합병법인에게 주식을 미리 매각하였다거나 합병법인(청구법인)이 합병대가(합병교부금)를 미리 지급한 것으로 보기는 어렵다고 할 것(합병대가를 지급받은 상대방은 피합병법인이고, 피합병법인은 쟁점합병 후 청구법인에 흡수되므로 결론적으로 합병법인이 합병법인에게 합병대가를 미리 지급하였다는 결론에 이르게 되어 모순이 발생한다)인 점, 청구법인의 쟁점합병에 대하여 적격합병에 따른 과세특례를 부인할 만한 특별한 사정이 없어 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 (균등)유상증자로 취득한 쟁점주식을 「법인세법 시행령」 제80조의2 제3항의 금전으로 대가를 지급한 것으로 보는 ‘합병포합주식’에 포섭된다고 할 수 없으므로 처분청이 쟁점주식의 취득금액과 포합주식에 대한 합병대가의 간주교부주식에 해당하는 금액 등을 금전으로 지급한 합병교부금으로 계산하여 쟁점합병을 지분의 연속성 요건을 갖추지 못한 비적격합병으로 보아 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.