조심 2022부5861 (2022.08.23)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.7.6.부터 OOO소재에서 자동차부품 제조업을 영위하다가 2016.8.31. 주식회사 AAA(이하 “합병법인”이라 한다)에 합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)되어 해산된 피합병법인으로, 쟁점합병을 적격합병으로 보아 합병에 따른 자산 양도차익 OOO원을 익금에 산입하지 아니하여 2016사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 2021.3.29.부터 2021.5.29.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점합병이

「법인세법」제44조

제2항 각 호에 따른 적격합병의 요건을 충족하였으나, 청구법인이 같은 법 시행령 제80조 제3항에 따른 합병과세특례신청서를 제출하지 아니하고 합병법인도 자산조정계정에 관한 명세서를 제출하지 아니하면서 승계받은 자산을 장부가액이 아닌 공정가액으로 인식하였으므로 합병에 따른 양도차익에 대하여 과세이연을 받을 수 없다고 보아, 2021.8.20. 합병에 따른 자산 양도차익 OOO원을 익금에 산입하여 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.17. 이의신청을 거쳐 2022.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

국세청 법령해석(서면-2017-법인해석법인-0910, 2018.2.21.)에 의하면, 피합병법인이 합병등기일이 속하는 과세연도의 법인세를 신고하면서 과세표준 신고기한까지 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 않았으나,

「법인세법」제44조

제3항 제1호에 따른 적격합병 요건을 충족하면서

「국세기본법 시행규칙」제12조

제1항 각 호의 모두에 해당하지 아니하는 경우에는

「법인세법 시행령」제80조

제1항 제1호에 따른 합병과세특례를 적용받을 수 있다고 해석하고 있으므로 내국법인이 적격합병요건을 충족하는 경우에는 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있다.

나. 처분청 의견

쟁점합병이 적격합병 요건을 충족하더라도 청구법인과 합병법인은 적격합병 과세특례를 적용받을 제반 절차를 이행하지 않았을 뿐만 아니라 합병법인은 승계자산의 취득가액을 장부가액이 아닌 공정가액으로 인식하였으므로 두 법인은 적격합병 과세특례를 적용하지 않는 것을 선택한 것으로 보아야 하고, 이에 따라 처분청이 합병에 따른 양도차익을 익금에 산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

(1)

「법인세법」제44조

및 같은 법 시행령 제80조에서 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 양도손익을 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입하는 것이 원칙이고, 적격합병 요건을 만족하는 경우에는 피합병법인 및 합병법인의 선택에 따라 양도가액을 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있으며, 이러한 적격합병 과세특례를 적용받기 위해서는 피합병법인은 합병과세특례신청서를, 합병법인은 자산조정계정명세서를 제출하도록 규정하고 있다. 동 규정은 합병을 양도로 보아 양도손익 인식을 원칙으로 한 다음 적격합병의 경우 과세를 이연할 수 있도록 한 것으로, 기업의 연속성 유지 등을 그 요건으로 하고, 동시에 사후관리를 통해 이를 준수하게 하고 있는바, 이러한 특례규정은 엄격히 해석하여야 조세형평에도 부합한다(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731, 대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 참조).

또한 자산조정계정은 피합병법인의 자산평가증에 따른 미실현이익이 합병시점에 실현되지 않고, 합병법인에 승계되어 과세가 이연되도록 하는 기능을 수행하며, 기업의 연속성유지 지원을 위한 과세특례 규정들은 자산조정계정 계상을 통한 과세이연규정을 중심으로 하고 있으며, 적격합병시의 과세이연 방법은 다른 기업구조조정 특례규정의 원칙이 되는 셈으로 합병과세특례신청서와 자산계정조정명세서의 제출은 중요한 절차이다(서울고등법원 2011.12.15. 선고 2011누26284 판결 및 법규법인 2012-506, 2013.2.5. 참조).

한편

「국세기본법」제45조

및 같은 법 시행령 제25조, 같은 법 시행규칙 제12조에서 합병양도차익에 대하여 수정신고할 수 있는 것으로 규정하면서도 적격합병 과세특례를 신청하지 않은 정당한 사유가 없으면서

「국세기본법 시행령」제29조

의 경정을 미리 알고 있는 경우 과세표준수정신고서를 제출할 수 없도록 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 쟁점합병에서 합병과세특례신청서를 제출하지 않는 등 적격합병 과세특례를 적용받을 제반 절차는 이행하지 않으면서도 합병양도차익에 대한 신고는 누락하였고, 합병법인은 자산계정조정명세서를 제출하지 않는 등 적격합병 과세특례를 적용 받을 제반 절차를 이행하지 않았으면서도 승계받은 자산의 취득가액을 장부가액이 아닌 공정가액으로 인식하였다.

청구법인과 합병법인의 법인세 신고 및 회계처리내역에 의하면, 쟁점합병에 대해 적격합병 과세특례를 적용받지 않는 것으로 선택한 것으로 해석되는바, 청구법인이 주장하는 쟁점합병과 관련한 절차상의 단순하자로 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 국세청 해석사례를 제시하면서 합병과세특례신청서를 제출하지 아니한 경우에도 적격합병의 요건을 충족하는 경우에는 적격합병 과세특례를 적용할 수 있다고 주장하나, 국세청 해석사례는 수정신고와 관련된 질의회신으로서 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 정당한 사유가 있거나 경정을 미리 알기 전까지 수정신고(경정청구)할 경우 적격합병 과세특례를 적용받을 수 있다는 뜻으로, 세무조사가 있기 전까지 과세표준 수정신고서를 제출하지 않은 청구법인에게는 적용되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

합병과세특례신청서를 제출하지 아니한 경우에도 합병에 따른 양도차익에 대하여 과세이연을 받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우에는 제2항에도 불구하고 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.

⑤ 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 아니하더라도 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 제1항과 제2항을 적용한다. 이 경우 제3항과 제4항은 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우 : 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 “합병교부주식등”이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 “합병포합(抱合)주식등”이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와

「지방세법」 제85조

제4호에 따른 법인세분의 합계액

② 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 순자산장부가액을 계산할 때 「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우에는 이에 상당하는 금액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액에 더한다.

③ 제1항 제1호를 적용받으려는 피합병법인은 법 제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 합병법인은 제80조의4 제10항에 따른 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출하여야 한다.

(3) 국세기본법

제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(

「소득세법」 제73조

제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

② 삭제 ＜1994. 12. 22.＞

③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 국세기본법 시행령

제25조(과세표준수정신고) ① 법 제45조에 따른 과세표준수정신고서에는 다음 각 호의 사항을 적어야 하며, 수정한 부분에 관하여 당초의 과세표준신고서에 첨부하여야 할 서류가 있는 경우에는 이를 수정한 서류를 첨부하여야 한다.

1. 당초 신고한 과세표준과 세액

2. 수정신고하는 과세표준과 세액

3. 그 밖에 필요한 사항

② 법 제45조 제1항 제3호에서 “원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 원천징수의무자가 정산 과정에서

「소득세법」 제73조

제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것

2. 세무조정 과정에서

「법인세법」 제36조

제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조 제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 것

3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것

제29조(가산세 감면 제외 사유) 법 제48조 제2항 제1호 및 제2호에 따른 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우

2. 해당 국세에 관하여 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 과세표준수정신고서를 제출한 경우

(5) 국세기본법 시행규칙

제12조(과세표준수정신고서 등) ① 영 제25조 제2항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란

「법인세법」 제44조

, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연(移延)받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 모두에 해당하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이

「법인세법 시행령」 제80조

, 제82조, 제83조의2, 제84조 및 제84조의2에 따라 과세특례를 신청하지 아니한 경우[「법인세법 시행령」(대통령령 제22184호 법인세법 시행령 일부개정령으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제80조, 제82조, 제83조 및 제83조의2에 따라 과세특례를 적용받기 위한 관련 명세서를 제출하지 아니한 경우를 포함한다]

2. 영 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청 간에 쟁점합병이

「법인세법」제44조

제2항에 따른 적격합병의 요건을 충족한 것에 대하여는 서로 다툼이 없다.

(2) 청구법인의 2016사업연도 법인세 신고(수입금액 OOO원, 산출세액 OOO원)시 합병과 관련된 청구법인의 자산 및 부채의 양도손익에 대하여 세무조정을 하지 아니하면서도 합병과세특례신청서를 제출하지 아니하였고, 합병법인도 쟁점합병에 대해 자산조정계정명세서를 제출하지 않았으며, 피합병법인의 자산 및 부채를 공정가액으로 취득한 것으로 하여 장부에 계상하면서도 적격합병 과세특례에 따른 세무조정은 하지 아니하였다.

(3) 청구법인은 국세청 해석사례(국세청 서면-2017-법령해석법인-910, 2018.2.21.)을 제시하며, 쟁점합병에 대하여

「법인세법」제44조

제2항에 따른 적격합병시 합병법인에 대한 과세특례 규정을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

「법인세법 시행령」제80조

제3항에는 적격합병에 따라 합병과세특례를 받으려는 경우 피합병법인은 합병과세특례신청서를, 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 제출하여야 하나, 청구법인과 합병법인과 합병법인은 이를 제출하지 아니한 점, 특히 합병법인은 승계받은 자산을 장부가액이 아닌 공정가액으로 인식함에 따라 이에 따른 감가상각비 한도계산이 달리지게 되는 등의 문제가 발생하는 점, 청구법인은 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 정당한 사유가 있지 아니한 점 등에 비추어, 비록 쟁점합병이

「법인세법」제44조

제2항에 따른 적격합병의 요건을 충족하였더라도 같은 법 시행령 제80조 제3항에 따라 청구법인이 합병과세특례신청서를 제출하지 아니함에 따라 이에 따른 과세특례 대상으로 보기 어려우므로 처분청이 합병에 따른 양도차익을 익금에 가산하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.