울산지방법원-2022-구합-7670 (2023.08.24)

사 건

2022구합7670 법인세부과처분취소

원 고

○○○○○○○ ○○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 7. 6.

판 결 선 고

2023. 8. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 8. 20. 원고에 대하여 한 2016년도 귀속 법인세 4,162,169,650원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차부품 제조업 등을 목적으로 2010. 7. 6. 설립된 회사로, 2016. 8. 31. 주식회사 A(이하 ‘A’라고만 한다)에 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)되어 해산하였다.

나. 원고는 이 사건 합병에 따른 양도차익 13,235,367,971원을 익금에 산입하지 아니하고 2016사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 피고는 2021. 3. 29.부터 2021. 5. 29.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 그 결과 이 사건 합병은 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제44조 제2항의 적격합병의 요건을 충족하였으나, 원고가 2016사업연도 법인세 신고를 하면서 합병 당시의 자산 및 부채에 대한 양도손익 신고를 누락하였고, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제80조 제3항 전문에 따른 합병과세특례신청서를 제출하지 않았으며, A도 같은 조항 후문에 따른 자산조정계산명세서를 제출하지 아니한 사실을 확인하고, 2021. 8. 20. 원고에게 구 법인세법 제44조의3에 따른 적격합병시 합병법인에 대한 과세특례를 적용할 수 없다는 이유로 합병양도차익 13,235,367,971원을 익금에 산입하여 2016사업연도 법인세 4,162,169,640원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2021. 11. 17. 이의신청을 거쳐 2022. 3. 29. 조세심판원에 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2022. 8. 23. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 7, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 합병이 구 법인세법 제44조 제2항의 적격합병 요건을 충족하는 이상 위 조문 및 같은 법 제44조의3 제1항에 따라 원고의 A에 대한 자산양도로 발생한 양도손익은 없는 것으로 처리되고, 원고는 완결ㆍ확정적으로 과세특례의 적용을 받게 된다. 그럼에도 피고는 납세자의 협력의무에 불과한 구 법인세법 시행령 제80조 제3항에 따른 합병과세특례신청서 제출의무를 이행하지 않았다는 이유로 원고가 위 관련 법률에 의하여 이미 취득한 합병과세특례자로서의 지위를 박탈하는 이 사건 부과처분을 하였는바, 이는 법리를 오인하고, 조세법률주의, 비례의 원칙, 법익의 균형성, 과잉금지의 원칙에 위반한 것으로 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 과세특례의 적용을 위하여 합병과세특례신청서를 제출하여야 하는지 여부

1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제23조는 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세와 가산금 등을 납부할 의무를 진다고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 제44조는 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액을 뺀 금액)을 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하되(제1항), 일정한 요건을 갖춘 합병(이른바 적격합병)의 경우 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 규정하고 있다(제2항). 그리고 구 법인세법 시행령 제80조 제3항 전문은 적격합병의 경우 양도손익이 없는 것으로 하기 위해서는 피합병법인이 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

2) 나아가, 구 법인세법 제44조의3은 적격합병의 요건을 충족하여 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하되, 장부가액과 시가와의 차액을 자산별로 계상하여야 하고(제1항), 피합병법인의 합병등기일 현재의 결손금, 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등을 승계하여야 한다고 규정하고 있다(제2항). 그리고 구 법인세법 시행령 제80조 제3항 후문은 위의 경우 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

3) 위 각 규정에 의하면, 흡수합병의 경우 피합병법인의 합병법인에 대한 자산양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 익금 또는 손금 산입함이 원칙이고, 다만 적격합병의 경우에는 양도자산의 가액을 당시의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있는데, 이는 적격합병에 따른 과세특례에 해당한다. 그러나 이와 같은 과세특례의 적용으로 피합병법인의 양도손익을 없는 것으로 하더라도 이로써 양도손익이 완전히 면제되거나 부인되는 것은 아니고, 합병법인이 피합병법인으로부터 장부가액으로 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상함으로써(구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항), 합병법인이 추후 양도받은 자산을 처분하는 시점에 과세대상 소득으로 실현되도록 하는 것이다. 따라서 위와 같은 과세특례의 적용을 받으려고 할 경우 피합병법인의 합병과세특례신청서 및 합병법인의 자산계정조정명세서의 제출은 단순히 협력의무에 불과한 것이 아니라 반드시 필요한 절차이다.

나. 원고의 주장에 대한 판단

1) 원고는 구 법인세법 제44조 제2항에 따라 적격합병의 경우 양도손익은 없는 것으로 처리되어야 하고, 그 결과 익금 산입의 대상이 될 양도차익이 발생할 여지가 없음에도, 원고가 A로부터 시가 상당의 양도가액을 수령한 것으로 의제하는 것은 위법하고, 구 법인세법 시행령 제80조 제3항에 따른 과세특례신청서를 제출하지 아니하였다는 이유로 과세특례혜택을 받을 수 없다고 보는 것은 위 시행령 조항이 법률의 위임 없이 과세특례적용의 요건을 추가하는 것으로 조세법률주의에 반할 뿐 아니라 모법의 위임 없는 무효인 시행령에 근거한 것으로 위법하다는 취지로 주장한다.

그러나 이 사건 합병 당시 원고의 양도자산의 시가와 순자산 장부가액의 차액 13,235,367,971원이 합병양도손익에 해당함은 부인할 수 없고, 이는 구 법인세법 제44조 제1항에 의하여 익금 산입이 원칙이나 과세특례가 적용될 경우 양도손익이 없는 것으로 할 수 있음에 불과한 것임은 위에서 본 바와 같다. 또한, 구 법인세법 시행령 제80조는 구 법인세법 제44조 제4항의 위임에 따라 과세특례의 적용을 위한 절차 등 필요한 사항을 규정하면서 같은 조 제3항에서 합병과세특례의 적용을 받기 위한 절차를 정한 것일 뿐 과세특례의 요건을 추가한 것이라거나, 모법의 위임의 범위를 벗어나 새로운 입법을 한 것이라고 볼 수도 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고는 ‘피고로서는 원고가 제출한 합병에 관한 서류가 첨부된 법인세 신고자료를 통해 합병과세특례신청서에 포함될 내용을 충분히 파악할 수 있었다’는 취지로도 주장하나, 피합병법인이 합병에 관한 서류를 첨부하여 법인세 신고를 하였더라도, 이와는 별개로 합병과세특례신청서를 제출함으로써 과세특례적용의 선택여부를 명확하게 하여 과세당국으로 하여금 앞서 본 바와 같은 과세특례적용에 따른 과세이연 및 이연된 과세의 사후관리를 할 수 있도록 하여야 하는바, 합병과세특례신청서가 새로운 내용을 포함하고 있지 않다고 하여 그 제출이 불필요하다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 과세당국이 납세자의 신고가 아닌 다른 경로를 통해 납세자의 의사를 직접 확인하거나 그 확인을 위한 보완을 요구할 의무도 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3) 또한, 원고는 납세자의 협력의무에 불과한 구 법인세법 제80조 제3항의 합병과세특례신청서의 제출의무 불이행의 제재로 원고가 이미 얻은 과세특례자로서의 지위를 박탈하는 것은 납세자의 재산을 부당하게 침해하는 것이라는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 합병과세특례신청서의 제출은 단순한 협력의무에 불과한 것이 아니라 과세특례의 적용을 받기 위한 필수적인 절차이고, 이 사건 부과처분은 협력의무 불이행에 따른 제재가 아닌 누락된 양도차익에 대한 과세라고 할 것이므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

다. 소결

따라서, 원고가 2016사업년도 법인세 신고를 하면서 합병과세특례신청서를 제출하지 아니한 이상 구 법인세법에 따른 과세특례의 적용을 받을 수 없는바, 이 사건 부과처분은 적법하므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.