서면-2017-법령해석법인-0910 (2018.02.21)

1. 질의내용

 ○ 법인세법상 적격합병의 요건을 갖추었으나 합병과세특례신청서를 미제출한 경우에 적격합병에 따른 과세특례 적용이 가능한지 여부

2. 사실관계

○ A법인은 2016.8.1 발행주식총수를 소유하면서 100% 지배하고 있는 완전자회사인 B법인을 합병하였으며

  - 해당 합병은 법인세법 제44조 제3항 제1호 규정에 따라 적격합병에 따른 과세특례 적용대상에 해당하나

  - B법인은 2016.11.30. 법인세를 신고하면서 합병과세특례적용신청서 제출을 누락하였음

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

  2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31>

  1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

  2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

 ③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20>

  1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

  2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

○ 법인세법 제44조의3 【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

 ① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

 ⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제80조【합병에 따른 양도손익의 계산】

 ① 법 제44조제1항제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

  1. 적격합병의 경우: 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

  2. (생략)

 ③ 제1항제1호를 적용받으려는 피합병법인은 법 제60조에 따른 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 기획재정부령으로 정하는 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 합병법인은 제80조의4제10항에 따른 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출하여야 한다.

○ 국세기본법 제23조【법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계】

 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다.

○ 국세기본법 제45조【수정신고】

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

  2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

  3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

○ 국세기본법 시행령 제25조【과세표준수정신고】

 ② 법 제45조제1항제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 원천징수의무자가 정산 과정에서 「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것

  2. 세무조정 과정에서 「법인세법」 제36조제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 것

  3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것

○ 국세기본법 시행령 제29조【가산세 감면 제외 사유】

 법 제48조제2항제1호 및 제2호에 따른 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우

 2. 해당 국세에 관하여 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 과세표준수정신고서를 제출한 경우

○ 국세기본법 시행규칙 제12조【과세표준수정신고 등】

 영 제25조제2항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 「법인세법」 제44조, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연(移延)받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 모두에 해당하는 경우는 제외한다.

 1. 정당한 사유 없이 「법인세법 시행령」 제80조, 제82조, 제83조의2, 제84조 및 제84조의2에 따라 과세특례를 신청하지 아니한 경우[「법인세법 시행령」(대통령령 제22184호 법인세법 시행령 일부개정령으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제80조, 제82조, 제83조 및 제83조의2에 따라 과세특례를 적용받기 위한 관련 명세서를 제출하지 아니한 경우를 포함한다]

 2. 영 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

 6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

 7. "과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다.

    종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

○ 조세특례제한법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례】

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자 등의 과세특례】

⑥ 법 제38조의2제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 거주자등은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다

피합병법인이 합병등기일이 속하는 과세연도의 법인세를 신고하면서 과세표준 신고기한까지 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 않았으나, 「법인세법」 제44조제3항제1호에 따른 적격합병 요건을 충족하면서 「국세기본법 시행규칙」 제12조 각 호의 모두에 해당하지 아니하는경우에는 「법인세법 시행령」 제80조제1항제1호에 따른 합병과세특례를 적용받을 수 있는 것임