조심 2023인10841 (2024.05.20)

연수세무서장이 2023.11.14. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은

「상법」제340조의2

소정의 주식매수선택권의 부여를 정하는 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 자 중

「상법 시행령」제30조

제5항의 사유로 퇴직한 자의 주식매수선택권 행사차액을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1.처분개요

가.청구법인은 바이오 의약품 연구·개발 및 제조를 주요 사업으로 영위하는 유가증권시장 상장법인으로, 우수 인재 유치 및 동기부여를 위해 2011∼2017사업연도의 기간 동안 182명의 임직원에게 주주총회결의를 거쳐 「상법」제340의2에 따라 주식매수선택권을 부여하였다.

이후 청구법인은 2022.3.31. 및 2022.5.20.

「법인세법 시행령」제19조

제19호의2(이하 “쟁점규정”이라 한다) 등에 따라 주식매수선택권을 행사한 임직원의 납입금액과 행사일의 주식 종가와의 차액(주식매수선택권 행사차액)을 손금으로 신고하였으나, 퇴직자 30명의 주식매수선택권 행사차액 OOO원에 대해서는 손금산입을 누락하였다는 취지로 법인세 OOO원(2016사업연도분 OOO원, 2017∼2021사업연도분 합계 OOO원)을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였다.

나.처분청은

「상법」제340조의4

에 따라 주주총회결의일로부터 2년 이상 재직요건을 충족한 퇴직자의 주식매수선택권 행사차액 OOO원은 손금으로 인정하여 OOO원을 환급하였으나, 2년 이상 재직 요건을 충족하지 못한 자발적 퇴직자의 주식매수선택권 행사차액 OOO원 및

「상법 시행령」제30조

제5항의 사유로 퇴직(이하 “비자발적 퇴직”이라 한다)한 자(이하 “비자발적 퇴직자”라 한다)의 주식매수선택권 행사차액 OOO원(이하 “쟁점행사차액”이라 한다)은 손금산입이 불가한 것으로 판단하여 2023.11.14. 환급거부통지를 하였다.

다.청구법인은 위 환급거부통지 중 쟁점행사차액을 손금으로 인정하지 아니한 것에 대하여 불복하여 2023.11.27 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

처분청은

「상법」제340조의2

에 따라 부여하고 (비록 조문상 명시되어 있지 않다 하더라도)

「상법」제340조의4

에 따라 행사한 경우에 한하여 주식매수선택권 행사차액에 대한 손금산입이 가능하다는 의견이나, 「법인세법」은

「상법」제340조의2

에 따라 부여되고 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따른 행사차액을 손금에 산입하는 것으로 규정하고 있는바, 상장법인의 경우

「상법」제340조의2

에 따라 부여된 이후, 주주총회결의일로부터 2년 이상 재직자(

「상법」제340조의4

적용대상)뿐만 아니라 2년 미만 재직자라 하더라도 비자발적 퇴직자(

「상법」제542조의3

제4항 적용 대상)가 약정된 주식매수시기에 적법하게 행사한 행사차액은 손금산입이 가능하다 할 것이다.

(1)「법인세법」이 주식매수선택권 행사차액의 손금 여부를 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)이 아닌 「상법」을 참조하는 형태로 개정된 것은 2009년으로, 개정되기 전

조특법 제15조

에서는 ‘2년 이상 근무’ 요건을 강제하다가, 2006년 이를 개정하여 비자발적 퇴직의 경우에는 ‘2년 이상 근무’ 요건의 예외를 인정한 바 있다.

그 후 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된

「법인세법 시행령」제20조

제1항 제3호 가목에서는 ‘주권상장법인이

「상법」제340조의2

에 따라 부여한 주식매수선택권’이라 하여 주식매수선택권 행사차액의 손금산입 관련 규정을 조특법이 아닌 「상법」을 직접 참조하도록 개정하였는데, 이를 두고 비자발적 퇴직의 경우에 대하여 ‘2년 이상 근무’ 요건의 예외를 인정하였던 2006년의 조특법 개정을 번복하고자 하는 목적에서 개정한 것으로 볼만한 근거는 없다.

「법인세법」상의 주식매수선택권 관련 주요 개정 사항의 핵심만을 요약하면 아래 ＜표1＞과 같은바, 2009년 「상법」을 참조하는 형태로 개정되기 이전부터 이미 2년 미만 비자발적 퇴직자에 대해 예외로 인정하였던 것을 확인할 수 있다.

＜표1＞「법인세법」상 주식매수선택권 관련 주요 개정 사항

(2)쟁점규정 가목 1)에서는 차액보상형을, 2)에서는 신주발행형을 동일한 형태로 규정하고 있는바, 만약 상장법인의 2년 미만 비자발적 퇴직자의 신주발행형 행사차액이 손금산입되지 않는다고 판단하게 되면 차액보상형의 행사차액 역시 손금산입되지 않는다고 보아야 하는데, 이는 사업과 관련하여 적법하게 발생한 순자산 감소를 손금으로 인정하는 세법의 기본 논리에 맞지 않는 의견이라 할 것이다.

또한, 조특법이 아닌 「상법」을 직접 참조하는 형태로「법인세법 시행령」이 개정된 2009년에는 위 ＜표1＞에서 확인할 수 있듯이 상장법인의 차액보상형만이 손금산입 대상이었던바, 조특법을 참조하던 형식에서 「상법」을 참조하던 형식으로 개정된 것을 두고 “상장법인의 2년 내 비자발적 퇴직 인원이 적법하게 차액보상형 주식매수선택권을 행사하여 기업의 순자산 유출이 발생하였음에도 이를 손금산입 대상에서 배제”하고자 개정한 것이라고 볼만한 여지는 없다.

(3)쟁점규정에 따라 “

「상법」제340조의2

에 따라 부여받은 자”(부여요건)가 “약정된 주식매수시기에(취소사유 없이 적법하게) 주식매수선택권 행사”(행사요건)함에 따른 행사차액이 손금산입 대상이므로, “부여”는 “

「상법」제340조의2

에 따라”가 수식하는 것이고, “행사”는 “약정된 주식매수시기”가 수식하는 것임이 문언상 명확하며 다수의 판례에서도 부여와 행사요건을 구분하여 판단하고 있다.

행사요건에 있어서 “약정된 주식매수시기에 행사”란 요건을 뚜렷한 근거 없이 임의로

「상법」제340조의4

를 충족하는 행사로 제한하여 해석하는 것은, 조세법률주의의 원칙을 벗어난 유추·확장해석이고 관련 조세심판원 선결정례 및 대법원 판례에서도 이러한 해석은 입법 형성과 다름이 없다고 판단하고 있는바, 구체적으로 조세심판원(조심 2014지963, 2017.1.9.) 및 대법원(대법원 2019.4.23. 선고 2018다287287 판결)에서는

「지방세특례제한법」제84조

제2항에서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지로서(1요건) 관련법에 따라 지형도면의 고시가 된 토지(2요건)의 경우 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정한 상황에서 2요건에 임의로 유사 조항의 제한문구를 넣어 ‘지형도면의 고시가 된 토지로서 미집행된 토지’를 감면대상으로 해석하는 것은 입법형성과 다름없다고 판단하고 있다.

처분청은

「상법」제542조의3

제4항에 따른 행사차액이 손금에 해당하기 위해서는 쟁점규정에 “「상법」제542의3에 따른 행사를 포함” 등의 단서가 포함되어야 한다는 의견이나, 부여와 행사를 수식하는 수식어가 각각 명확하고 앞선 (1), (2)에서 살펴본 바와 같이

「상법」제542조의3

제4항에 따른 행사(상장법인 2년 미만 비자발적 퇴직자의 행사)를 배제할 하등의 개연성이 없는 상황에서 “약정된 주식매수시기에 행사”할 것의 요건은 문구 그대로 “취소사유 없이 약정된 매수시기에 적법하게 행사”로 해석함이 타당하고, 반대로 상장법인의 2년 미만 비자발적 퇴직자의 행사차액을 손금산입에서 배제할 의도가 있었다면 부여요건을

「상법」제340조의2

로 명확히 제한한 것과 같이 행사요건에서도

「상법」제340조의4

로 제한하는 문구를 법문에 명시하였어야 한다.

추가로 처분청은 부여규정의 확대해석에 따른 손금범위 확대의 가능성도 우려하고 있으나, 「법인세법」에서는

「상법」제340조의2

에 따른 부여로 제한하고 있고

「상법」제340조의2

에서는 주총결의로 부여, 해당회사 임직원에게만 부여, 발행주식총수의 10% 한도 내에서 부여할 것을 규정하고 있는바,

「상법」제340조의2

에 대한 특례성격인

「상법」제542조의3

제1항부터 제3항까지에 따라 부여한 주식매수선택권(상장법인의 경우 이사회결의로 부여가능, 관계사 임직원까지 부여가능, 발행주식총수의 20% 한도 내에서 부여가능)이 행사될 경우 이에 따른 행사차액이 손금산입 불가함은 자명하다 할 것이다.

(4)처분청은 2년 내 비자발적 퇴직자의 주식매수선택권 행사는 상장 여부에 따라 손금산입에 차이가 있게 되는바(청구주장을 인정할 경우 상장법인은 손금 인정, 비상장법인은 손금 불인정), 형평성 관점에서도 손금으로 인정하여서는 안된다는 의견이다.

그러나 비상장법인의 경우 2년 내 비자발적 퇴직을 하게 되면 주식매수선택권이 취소되어 부여가 없었던 것으로 되는바 주식매수선택권 행사 자체가 있을 수 없게 되므로 순자산의 유출이나 자본의 과소납입 등은 애초에 발생하지 않는다. 따라서 실제 발생한 행사차액을 손금 산입하여 줄 것인지에 대하여 상장법인에 비해 세법상의 불이익을 받는다거나 형평성 관점에서 불공평하다는 의견은 있을 수 없다.

나.처분청 의견

(1)청구법인은 쟁점규정의 문리해석상 “부여” 요건만

「상법」제340조의2

에 한정되는 것이고, “행사” 요건은 제340조의4뿐만 아니라 제542조의3에 따른 행사도 포함된다고 주장한다.

(가)그러나 주식매수선택권 제도는 1999년 법률 개정에 따라 도입되어

「상법」제340조의2

내지 제340조의5로 신설, 제340조의2에서는 주식매수선택권을, 제340조의3 내지 제340조의4에서는 제340조의2에 따른 주식매수선택권의 부여대상, 부여절차, 행사요건을 함께 명시하고 있는바 부여와 행사요건을 별개로 볼 수 없으며, 법령에서 특정 권리를 부여하는 경우 그 권리는 해당 법령에서 규정하는 범위 내에서 행사할 수 있는 것이므로, 쟁점규정의 “

「상법」제340조의2

에 따라 부여된 주식매수선택권의 행사”는 그 이하 규정인 제340조의4에 부합하여야 하는 것이다.

(나)또한, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며 합리적 이유 없는 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 것이므로,

「상법」제542조의3

에 따른 행사차액이 손금에 해당하기 위해서는 쟁점규정에 “「상법」에 따른” 또는 “「상법」제542의3에 따른 행사를 포함” 등의 단서가 아래와 같이 법령에 명시되어 있어야만 가능하다.

(2)또한,

「상법」제340조의2

에 따른 주식매수선택권은 상장회사와 비상장회사 모두에게 적용되는 규정으로, 주주총회의 결의에 의해 그 회사의 이사, 집행임원, 감사 등에게만 부여할 수 있으며, 주주총회결의일로부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 행사가 가능하다.

「법인세법」은 「상법」에 따라 위 요건을 충족한 주식매수선택권의 행사차액만을 손금으로 인정하고 있는 것이고,

「상법」제542조의3

은 상장회사에 한해 이사회 결의만으로 해당회사 및 관계회사의 이사, 집행임원 등에게 주식매수선택권을 부여할 수 있으며, 2년 이상 재직요건에 예외를 부여하여 비자발적 퇴직인 경우에도 선택권 행사가 가능하도록 규정하고 있는바, 이는 상장회사에 선택권 부여대상, 부여요건 등에 특례를 주는 것인데, 해당 규정에 따르면 상장회사가 주주총회의 결의가 아닌 이사회 결의만으로 관계회사의 이사 등에 주식매수선택권을 부여할 수 있고, 비자발적 퇴직 사유(권고사직 등)를 이유로 2년 이상 재직하지 않은 자가 선택권 행사를 할 수 있게 되며, 이를 남용하여 주식매수선택권을 부여할 수 있는바, 「법인세법」상 손비의 범위에 이러한 「상법」상 상장회사의 특례에 따른 행사차액까지 포함한다고 보기는 어렵다.

따라서, 주식매수선택권 행사에 따른 차액의 손금산입 여부를 결정함에 있어 그 행사가

「상법」제340조의4

에 따른 행사인지 제542조의3에 따른 행사인지를 구분하여 결정하여야 한다.

(3)이와 관련하여 최근 기획재정부(기획재정부 법인세제과-484, 2023.9.12.로, 이하 “쟁점예규”라 한다) 및 국세청(기준-2022-법무법인-0172, 2023.9.14.)에서는 상장내국법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 부여일로부터 2년 이내 비자발적인 사유로 퇴직하고 주식매수선택권을 행사하는 경우 상장내국법인은 동 행사로 인한 차액을 손금산입할 수 없다고 해석하였다.

이에 따르면, “

「상법」제340조의2

에 따라 부여된 주식매수선택권을 약정된 주식매수시기에 행사”한다는 것은

「상법」제340조의2

및 제340조의4에 따라 부여 및 행사하는 것을 의미하므로, 쟁점행사차액 역시 쟁점예규에 따라, 상장법인인 청구법인이

「상법」제340조의2

에 따라 주식매수선택권을 부여하였다 하더라도, 그 행사가 상장회사 특례인 제542조의3에 따른 행사라면 그 행사차액은 손금산입대상이 될 수 없다 할 것이다.

(4)한편, 「상법」은 기업의 법률관계 및 상행위를 규율하며, 「법인세법」은 법인세의 과세 요건과 절차를 규정함으로써 법인세를 공정하게 과세하고 납세의무의 적절한 이행을 확보하며 재정수입의 원활한 조달에 이바지함을 목적으로 함과 같이 「상법」과 「법인세법」은 그 제정 목적을 달리하는바, 「상법」에서 특례를 규정하여 상장법인과 비상장법인의 주식매수선택권 행사요건에 차이를 두고 있다고 하여 「법인세법」상 손금의 범위까지 상장법인과 비상장법인이 달리 적용받을 이유는 없다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

주주총회결의일로부터 2년 이상 재직요건을 충족하지 못한 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권 행사차액이

「법인세법 시행령」제19조

제19호의2에 따라 손금으로 인정될 수 있는지 여부

나.관련 법령

(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③

「조세특례제한법」제100조의18

제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액

2. 삭제 ＜2011.12.31.＞

3. 주식할인발행차금

(2) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 일부개정된 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 “주식기준보상”이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 “주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액

가. 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은

「상법」제542조의3

에 따라 부여받은 경우만 해당한다)

나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것

19의2.

「상법」제340조의2

,

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3

또는 「소재·부품전문기업

등의 육성에 관한 특별조치법」제15조

에 따른 주식매수선택권 또는 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다.

가. 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액

1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액

2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

(3) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 일부개정된 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③

「조세특례제한법」제100조의18

제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

2. 삭제 ＜2011.12.31.＞

3. 주식할인발행차금

(4) 법인세법 시행령(2014.9.26. 대통령령 제25640호로 일부개정된 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 “주식기준보상”이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 “주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액

가. 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은

「상법」제542조의3

에 따라 부여받은 경우만 해당한다)

나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것

제20조【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액

가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

(5) 법인세법 시행규칙(2014.10.31. 기획재정부령 제439호로 일부개정된 것) 제10조의4【주식매수선택권등의 범위】영 제20조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은

「상법」제340조의2

에 따라 부여한 경우만 해당한다)

2.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조

제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)

3. 「부품·소재전문기업

등의 육성에 관한 특별조치법」제2조

제2호에 따른 부품·소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당한다)

(6) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 일부 개정된 것) 제20조【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에게 지급하는 다음 각 목의 금액

가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

(7) 법인세법 시행규칙(2010.3.31. 기획재정부령 제138호로 일부개정된 것) 제10조의3【주식매수선택권등의 범위】영 제20조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은

「상법」제340조의2

에 따라 부여한 경우만 해당한다)

2.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조

제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)

3. 「부품·소재전문기업

등의 육성에 관한 특별조치법」제2조

제2호에 따른 부품·소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당한다)

(8) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 일부개정된 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

19.

「상법」제542조의3

에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액

제20조【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)을 부여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

가. 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이

「상법」제340조의2

에 따라 부여한 주식매수선택권

나.

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조

에 따른 벤처기업이 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 주식매수선택권

다. 「부품·소재전문기업

등의 육성에 관한 특별조치법」제2조

에 따른 부품·소재전문기업이 같은 법 제15조에 따라 부여한 주식매수선택권

(9) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 일부개정되기 전의 것) 제20조【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호에서 “대통령령이 정하는 성과급”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

3.

「조세특례제한법」제15조

제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액

(10) 조세특례제한법(2006.12.31. 법률 제8146호로 일부개정된 것) 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 「부품·소재전문기업

등의 육성에 관한 특별조치법」제2조

제2호의 규정에 의한 부품·소재전문기업(이하 “부품·소재전문기업”이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “창업법인등”이라 한다)이 해당법인의 종업원(벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 “종업원등”이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는

「법인세법」제52조

의 규정에 불구하고 해당법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

1. 창업법인등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것

2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것

3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것

4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 인정되는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것에 한한다.

5. 창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처企業의 경우에는 100分의 20의 범위안에서 大統領令이 정하는 率)의 범위안에서 동일 종업원등에게 주식매수선택권을 부여할 것

6. 삭제 ＜2006.12.30.＞

③ 삭제 ＜2006.12.30.＞

④ 제1항 및 제2항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 株式의 買受價額이 時價보다 낮은 경우의 差額을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.

⑤ 삭제 ＜2006.12.30.＞

⑥ 제1항·제2항 및 제4항의 규정을 적용하는 경우 종업원의 범위, 주식의 시가산정 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(11) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 일부개정된 것) 제13조【주식매수선택권에 대한 과세특례】⑦ 법 제15조 제2항 제4호 단서에서 “사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 종업원등이 사망하거나 정년 또는 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우를 말한다.

(12) 조세특례제한법(2005.7.13. 법률 제7577호로 일부개정된 것) 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 부품·

소재전문기업등의육성에관한특별조치법 제2조

제2호의 규정에 의한 부품·소재전문기업(이하 “부품·소재전문기업”이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 條에서 “創業法人등”이라 한다)의 종업원(벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 大統領令이 정하는 者를 포함한다. 이하 이 條에서 “從業員등”이라 한다)이 주식매수선택권을 2006년 12월 31일까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(株式買受選擇權의 행사 당시의 時價와 실제 買受價額과의 差額을 말하며, 株式에는 新株引受權을 포함하는 것으로 한다)중 연간 3천만원 한도내의 금액은 이를 근로소득·사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

1. 창업법인등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것

2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것

3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것

4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것이어야 하며, 2년 이상 근무하고 퇴직한 경우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것에 한한다.

5. 창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처企業의 경우에는 100分의 20의 범위안에서 大統領令이 정하는 率)의 범위안에서 동일 종업원등에게 주식매수선택권을 부여할 것

6. 종업원 모두를 대상으로 주식매수선택권을 부여하는 것이 아닐 것

③ 창업법인등이 제1항의 규정에 의하여 종업원등에게 제2항 제1호 내지 제5호의 요건을 갖춘 주식매수선택권을 부여하고 그 종업원등이 이를 행사함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우(제1항의 규정에 의하여 從業員등이 株式買受選擇權을 행사함으로써 얻는 이익이 연간 3千萬원을 초과하는 경우를 포함한다)에는

법인세법 제52조

의 규정에 불구하고 당해 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 하지 아니한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 株式의 買受價額이 時價보다 낮은 경우의 差額을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.

⑤ 종업원등이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 매수한 주식을 양도하는 때에는

소득세법 제94조

의 규정을 적용함에 있어서 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를

동법 제97조

제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다.

⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 종업원의 범위, 주식의 시가산정 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(13)

상법 제340조의2

【주식매수선택권】① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립·경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 “주식매수선택권의 행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 “주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 제1항의 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

1. 의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수의 100분의 10 이상의 주식을 가진 주주

2. 이사·집행임원ㆍ감사의 선임과 해임 등 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 자

3. 제1호와 제2호에 규정된 자의 배우자와 직계존비속

③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.

④ 제1항의 주식매수선택권의 행사가액은 다음 각 호의 가액 이상이어야 한다.

1. 신주를 발행하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액과 주식의 권면액(券面額) 중 높은 금액. 다만, 무액면주식을 발행한 경우에는 자본으로 계상되는 금액 중 1주에 해당하는 금액을 권면액으로 본다.

2. 자기의 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액

제340조의3【주식매수선택권의 부여】① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정에는 다음 각 호의 사항을 기재하여야 한다.

1. 일정한 경우 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 뜻

2. 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수

3. 주식매수선택권을 부여받을 자의 자격요건

4. 주식매수선택권의 행사기간

5. 일정한 경우 이사회결의로 주식매수선택권의 부여를 취소할 수 있다는 뜻

② 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 주주총회의 결의에 있어서는 다음 각 호의 사항을 정하여야 한다.

1. 주식매수선택권을 부여받을 자의 성명

2. 주식매수선택권의 부여방법

3. 주식매수선택권의 행사가액과 그 조정에 관한 사항

4. 주식매수선택권의 행사기간

5. 주식매수선택권을 부여받을 자 각각에 대하여 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수

③ 회사는 제2항의 주주총회결의에 의하여 주식매수선택권을 부여받은 자와 계약을 체결하고 상당한 기간내에 그에 관한 계약서를 작성하여야 한다.

④ 회사는 제3항의 계약서를 주식매수선택권의 행사기간이 종료할 때까지 본점에 비치하고 주주로 하여금 영업시간내에 이를 열람할 수 있도록 하여야 한다.

제340조의4【주식매수선택권의 행사】① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 제340조의3 제2항 각 호의 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사할 수 있다.

② 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 이를 양도할 수 없다. 다만, 동조 제2항의 규정에 의하여 주식매수선택권을 행사할 수 있는 자가 사망한 경우에는 그 상속인이 이를 행사할 수 있다.

제542조의2【적용범위】① 이 절은 대통령령으로 정하는 증권시장(증권의 매매를 위하여 개설된 시장을 말한다)에 상장된 주권을 발행한 주식회사(이하 “상장회사”라 한다)에 대하여 적용한다. 다만, 집합투자(2인 이상에게 투자권유를 하여 모은 금전이나 그 밖의 재산적 가치가 있는 재산을 취득·처분, 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자에게 배분하여 귀속시키는 것을 말한다)를 수행하기 위한 기구로서 대통령령으로 정하는 주식회사는 제외한다.

② 이 절은 이 장 다른 절에 우선하여 적용한다.

제542조의3【주식매수선택권】① 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에 규정된 자 외에도 대통령령으로 정하는 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 다만, 제542조의8 제2항 제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자에게는 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

② 상장회사는 제340조의2 제3항에도 불구하고 발행주식총수의 100분의 20의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 주식매수선택권을 부여할 수 있다.

③ 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 이사회가 제340조의3 제2항 각 호의 사항을 결의함으로써 해당 회사의 집행임원·감사 또는 피용자 및 제1항에 따른 관계 회사의 이사·집행임원·감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 이 경우 주식매수선택권을 부여한 후 처음으로 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 한다.

④ 상장회사의 주식매수선택권을 부여받은 자는 제340조의4 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여하기로 한 주주총회 또는 이사회의 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 상장회사의 주식매수선택권 부여, 취소, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(14)

상법 시행령 제30조

【주식매수선택권】⑤ 법 제542조의3 제4항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 주식매수선택권을 부여받은 자가 사망하거나 그 밖에 본인의 책임이 아닌 사유로 퇴임하거나 퇴직한 경우를 말한다. 이 경우 정년에 따른 퇴임이나 퇴직은 본인의 책임이 아닌 사유에 포함되지 아니한다.

다.사실관계 및 판단

(1)청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가)2016∼2021사업연도에 대한 주식매수선택권 행사차액과 관련하여 경정청구한 내역 등은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞청구법인 경정청구 내역 및 처분청 처리결과

(단위:원)

(나)처분청은 위 경정청구에 대하여 2022.11.28. 2년 이상 재직 후 퇴사한 직원(19인)이 퇴직 후 약정된 주식매수시기에 행사한 주식매수선택권 행사차액 OOO원에 대해서는 손금 인정하고, 2년 미만 재직 후 자발적으로 퇴사한 직원(1인)에 대해서는 손금 불인정하여 1차 일부 인용을 하였는데, 이에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없으며, 행사차액의 상세내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞처분청 1차 결정 내역(2022.11.28.)

(단위:원)

(다)처분청은 2023.11.14. 2년 미만 재직 후 비자발적으로 퇴직한 직원(12인)이 퇴직 후 약정된 주식매수시기에 행사한 주식매수선택권 행사차액(쟁점행사차액)에 대하여 손금으로 인정하지 않는 것으로 판단하여 이 건 경정청구와 관련한 2차 거부통지를 하였고, 청구법인은 쟁점행사차액에 대해 손금산입이 타당하다는 취지로 이 건 심판청구를 제기하였는바, 쟁점행사차액의 상세내역은 아래 ＜표4＞와 같다(행사차액, 비자발적 퇴직 해당 여부 등은 양자간 이견 없음).

(라)청구법인은 청구법인의 정관, 주주총회 결의 및 청구법인(갑)과 임직원(을) 간의 주식매수선택권 부여 계약서 등에 따라 2년 미만 비자발적 퇴직자들이 퇴직 이후 ‘약정된 주식매수시기에 「상법」규정 및 계약 내용에 따라 주식매수선택권을 행사’하였다며, 아래와 같은 자료를 제출하였다.

＜청구법인의 정관 중 일부＞

＜주주총회 결의 내용 중 일부＞

＜주식매수선택권 부여계약서 중 일부＞

(2)주식매수선택권 행사차액 손금산입과 관련한 조문의 개정 연혁은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞주식매수선택권 행사차액 손금산입 관련 조문 개정 연혁

(3)처분청은 2024.2.14. 및 2024.3.20. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 다음의 자료를 제출하였다.

(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)처분청에서는 쟁점규정은 ‘

「상법」제340조의2

에 따른 주식매수선택권을 부여받은 자에 대한 ‘약정된 주식매수시기’의 실제 매수가액과 시가와의 차액을 손금산입대상 금액으로 규정하고 있을 뿐이므로, 상장법인이라 하더라도 ‘약정된 주식매수시기’는 위 근거법령인

「상법」제340조의2

에 따른 주식매수선택권의 부여절차인 ‘정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의’로 정한 ‘행사기간’ 이내의 ‘행사일’로 보아야 하고, 이 경우 주식매수선택권의 행사기간의 시기(始期)에 대해서는 강행규정인

「상법」제340조의3

제1항 제4호 및 제2항 제4호, 제340조의4 제1항에 따라 주주총회결의일부터 2년 이상 재임·재직하여야 행사할 수 있는 것이므로, 비자발적 퇴직으로 인한 2년 미만 재직자의 주식매수선택권 행사차액은 손금산입이 불가능한 점, 쟁점규정에 대한 입법자의 의도가 확인된 쟁점예규에서도 ‘상장법인에서 2년의 재직기간을 채우지 못하고 비자발적 사유로 퇴직한 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권 행사차액은 쟁점규정에 따른 손금산입 대상에 해당하지 아니한다’고 판단하였던 점 등에 비추어 주주총회결의일부터 2년 이상 근무 요건을 채우지 못한 비자발적 퇴직자들의 행사차액인 쟁점행사차액은 손금산입 대상에 해당하지 아니한다는 의견이다.

(나)그러나

「법인세법 시행령」제19조

제19의2호에서는

「상법」제340조의2

에 따른 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액을 손비에 산입하는 것으로 규정하고 있는바 ① ‘

「상법」제340조의2

에 따른 주식매수선택권을 부여받은 경우’로서, ② ‘약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우’ 등의 조건을 모두 충족하여야 「법인세법」상 손비로 인정된다 할 것인데, 이 건 쟁점행사차액과 관련한 주식매수선택권이

「상법」제340조의2

에 따라 부여된 주식매수선택권임에 대하여는 양측의 이견이 없고, 청구법인의 정관 제11조 제10항에는 ‘결의일부터 2년 이상 재직하여야 행사할 수 있으나, 결의일부터 2년 이내 사망하거나 정년으로 인한 퇴직 기타 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우에는 그 행사기간 동안 주식매수선택권을 행사할 수 있다’고 규정되어 있으며, 주식매수선택원의 부여를 정한 청구법인의 주주총회에서는 임직원에 대한 주식매수선택권 부여와 관련하여, ‘상기 내용에 포함되지 않은 사항은 주식매수선택권과 관련한 제반 법규, 당사 정관, 계약서 등에 정하는 바에 따른다’고 정하였고, 청구법인과 임직원이 작성한 주식매수선택권 부여계약서 제12조에서는 ‘이 계약에서 정하지 않은 사항은 이 계약 체결일 현재 시행중인 관련 법규 및 정관과 당사자 간 합의에 따른다’고 정하였으며, 이에 따라 청구법인은 주식매수선택권의 부여를 정하는 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 비자발적 퇴직자에 대하여도 관련 법규(

「상법」제542조의3

제4항 등) 및 청구법인의 정관, 당사자 간의 합의 등에 따라 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 비자발적 퇴직자의 주식매수선택권 행사를 허용하여 주식을 시가보다 낮게 발행하고 있는 것으로 나타나는바 쟁점행사차액은 위 요건을 모두 충족하고 있다 할 것인 점,

주식매수선택권 행사차액에 대한 법인세법령의 개정 연혁에 따르면, 2009.2.4.까지는

조특법 제15조

제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액을

「법인세법」제20조

제1호의 대통령령으로 정하는 성과급으로 하여 손금에 산입하는 것으로 규정되었는데,

조특법 제15조

에서는 2006.12.31. 개정 전까지는 2년 이상 근무할 것을 요건으로 하다가 2006.12.31. 개정으로 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유(본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우)가 인정되는 경우에는 예외적으로 2년 이상 근무 요건을 충족하지 아니하여도 되는 것으로 개정되었다가 2009.2.4. 조특법이 아닌 「상법」규정을 직접 준용하는 형태로 개정되었으며, 그 개정취지는 2008.12.26. 조특법에서 주식매수선택권에 대한 조세특례가 삭제됨에 따라 행사차액 지급시 손금산입되는 요건을 법인세법령에서 직접 규정하기 위한 것으로 명시되어 있는 반면 이 개정을 통해 주식매수선택권 행사차액의 손금인정 범위를 축소(2년 미만 근무자 중 비자발적 퇴직자의 주식매수선택권 행사차액 손금 불인정)하고자 하는 등의 취지는 나타나지 않는 점, 그 후 2014.9.26. 개정으로 차액보상형뿐만 아니라 이 건과 같은 신주발행형 주식매수선택권 행사차액 역시 손금으로 인정되었고, 2018.2.13. 개정으로 비상장법인의 주식매수선택권 행사차액 역시 손금으로 인정되는 등 관련 법령에서 주식매수선택권 행사차액의 손금인정 범위가 확대되고 있는 점 등을 종합할 때

「상법」제340조의2

의 주식매수선택권의 부여를 정하는 청구법인의 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 자 중 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권의 행사차액인 쟁점행사차액은 쟁점규정 등에 따라 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.