기준-2022-법무법인-0172 (2023.09.14)

1. 사실관계

○ A법인은 의약품의 연구·개발 및 제조업을 영위하는 상장내국법인으로 인재유치 및 동기 부여를 위해 임직원들에게 상법§340의2에 따라 주식매수선택권을 부여함

 ○ A법인과 임직원이 작성한 계약서에는 교부주식의 종류와 수, 행사가격, 행사가능기간 및 행사방법 등과 함께

  - 결의일로부터 재직기준 3년이 경과한 시점부터 8년까지 행사가 가능하고 매년 20%씩 순차적으로 행사 가능한 주식매수선택권의 효력이 발생한다고 규정되어 있음

 ○ A법인은 퇴직자 30명이 행사한 주식매수선택권 행사차액을 손금산입 누락하여 2016∼2021 사업연도 법인세 경정청구 하였는데

  - 이 중 재직기간 2년을 충족하지 못하고 비자발적인 사유로 퇴직한 퇴직자가 상법§542의3에 따라 행사한 주식매수선택권 행사차액(이하 ‘쟁점 행사차액’)도 손금산입 금액에 포함

 ○ 상법§340의2에서 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하기 위해서는 선택권 부여 결의일로부터 2년 이상 법인에서 재직할 것을 요구하고 있고

  - 다만, 상장내국법인에 대한 특례규정인 상법§542의3에서는 임직원이 재직기간 2년 내에 비자발적으로 퇴직하더라도 주식매수선택권의 행사가 가능하도록 하고 있음

2. 질의내용

 ○ 상장내국법인에서 2년의 재직기간을 채우지 못하고 비자발적인 사유로 퇴직한 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 ｢상법｣제542조의3에 따라 행사하는 경우

  - 해당 주식매수선택권 행사차액이 법인세법상 손금에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제19조【손금의 범위】

 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

 ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】(2010.2.18. 대통령령 제 22035호로 개정되기 전의 것)

  법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

  19.「상법」제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액

○ 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】(2018.02.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

  19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상"이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 "주식매수선택권등"이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액

  가.「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은「상법」제542조의3에 따라 부여받은 경우만 해당한다)

  나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】(2018.2.13. 대통령령 제 28640호로 개정된 것)

   법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

 19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상"이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 "주식매수선택권등"이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액

  가.「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은「상법」제542조의3에 따라 부여받은 경우만 해당한다)

  나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것

 19의2. ｢상법」제340조의2,「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3 또는「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」제56조에 따른 주식매수선택권(이하 이 호에서 "주식매수선택권"이라 한다),「근로복지기본법」제39조에 따른 우리사주매수선택권(이하 이 호에서 "우리사주매수선택권"이라 한다)이나 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다. <신설 2018.2.13.>

  가. 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액

　 1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액

　 2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

  나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

○ 법인세법 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것)

 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

  2. 삭제 <2011.12.31>

  3. 주식할인발행차금

○ 법인세법 시행령 제20조【성과급 등의 범위】(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

① 법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액

  가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

  나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

  다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

 ④ 제1항의 규정에 의한 성과급의 손금산입은 그 잉여금처분금액을 당해 사업연도의 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준 신고서에 손금으로 산입하는 방법에 의한다.

○ 법인세법 시행규칙 제10조의4【주식매수선택권등의 범위】(2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것)

  영 제20조제1항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. ｢중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은「상법」제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당한다)

  2. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)

  3. ｢부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제2조제2호에 따른 부품·소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당한다)

○ 조세특례제한법 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】(2008.12.26. 삭제)

 ① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」제2조제2호의 규정에 의한 부품ㆍ소재전문기업(이하 부품ㆍ소재전문기업 이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 창업법인등 이라 한다)이 해당법인의 종업원(벤처기업 및 부품ㆍ소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 종업원등 이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는「법인세법」제52조의 규정에 불구하고 해당법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다.

 ② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

  1. 창업법인등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것

  2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것

  3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것

  4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 인정되는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것에 한한다.

  5. 창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위안에서 동일 종업원등에게 주식매수선택권을 부여할 것

 ④ 제1항 및 제2항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 주식의 매수가액이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.

 ⑥ 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정을 적용하는 경우 종업원의 범위, 주식의 시가산정 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제13조【주식매수선택권에 대한 과세특례】(2009.2.4. 삭제)

 ⑦ 법 제15조제2항제4호 단서에서 "사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 종업원등이 사망하거나 정년 또는 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우를 말한다. <신설 2006.2.9, 2007.2.28>

○ 상법 제340조의2【주식매수선택권】

① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액"이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

 ③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.

 ④ 제1항의 주식매수선택권의 행사가액은 다음 각 호의 가액 이상이어야 한다.

  1. 신주를 발행하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액과 주식의 권면액(券面額) 중 높은 금액. 다만, 무액면주식을 발행한 경우에는 자본으로 계상되는 금액 중 1주에 해당하는 금액을 권면액으로 본다.

  2. 자기의 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액

○ 상법 제340조의3【주식매수선택권의 부여】

 ① 제340조의2제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

  1. 일정한 경우 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 뜻

  2. 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수

  3. 주식매수선택권을 부여받을 자의 자격요건

  4. 주식매수선택권의 행사기간

  5. 일정한 경우 이사회결의로 주식매수선택권의 부여를 취소할 수 있다는 뜻

 ② 제340조의2제1항의 주식매수선택권에 관한 주주총회의 결의에 있어서는 다음 각호의 사항을 정하여야 한다.

  1. 주식매수선택권을 부여받을 자의 성명

  2. 주식매수선택권의 부여방법

  3. 주식매수선택권의 행사가액과 그 조정에 관한 사항

  4. 주식매수선택권의 행사기간

  5. 주식매수선택권을 부여받을 자 각각에 대하여 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수

 ③ 회사는 제2항의 주주총회결의에 의하여 주식매수선택권을 부여받은 자와 계약을 체결하고 상당한 기간내에 그에 관한 계약서를 작성하여야 한다.

 ④ 회사는 제3항의 계약서를 주식매수선택권의 행사기간이 종료할 때까지 본점에 비치하고 주주로 하여금 영업시간내에 이를 열람할 수 있도록 하여야 한다.

○ 상법 제340조의4【주식매수선택권의 행사】

 ① 제340조의2제1항의 주식매수선택권은 제340조의3제2항 각호의 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사할 수 있다.

○ 상법 제542조의3【주식매수선택권】<2009.1.30. 신설>

 ① 상장회사는 제340조의2제1항 본문에 규정된 자 외에도 대통령령으로 정하는 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 다만, 제542조의8제2항제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자에게는 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

 ② 상장회사는 제340조의2제3항에도 불구하고 발행주식총수의 100분의 20의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 주식매수선택권을 부여할 수 있다.

 ③ 상장회사는 제340조의2제1항 본문에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 이사회가 제340조의3제2항 각 호의 사항을 결의함으로써 해당 회사의 집행임원ㆍ감사 또는 피용자 및 제1항에 따른 관계 회사의 이사ㆍ집행임원ㆍ감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 이 경우 주식매수선택권을 부여한 후 처음으로 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 한다.

 ④ 상장회사의 주식매수선택권을 부여받은 자는 제340조의4제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여하기로 한 주주총회 또는 이사회의 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있다.

 ⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 상장회사의 주식매수선택권 부여, 취소, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 상법 시행령 제30조【주식매수선택권】

 ① 법 제542조의3제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 관계 회사"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 다만, 제1호 및 제2호의 법인은 주식매수선택권을 부여하는 회사의 수출실적에 영향을 미치는 생산 또는 판매 업무를 영위하거나 그 회사의 기술혁신을 위한 연구개발활동을 수행하는 경우로 한정한다.

  1. 해당 회사가 총출자액의 100분의 30 이상을 출자하고 최대출자자로 있는 외국법인

  2. 제1호의 외국법인이 총출자액의 100분의 30 이상을 출자하고 최대출자자로 있는 외국법인과 그 법인이 총출자액의 100분의 30 이상을 출자하고 최대출자자로 있는 외국법인

  3. 해당 회사가「금융지주회사법」에서 정하는 금융지주회사인 경우 그 자회사 또는 손자회사 가운데 상장회사가 아닌 법인

 ② 법 제542조의3제1항 단서에서 "제542조의8제2항제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 해당 회사 또는 제1항의 관계 회사의 임원이 됨으로써 특수관계인에 해당하게 된 자[그 임원이 계열회사의 상무(常務)에 종사하지 아니하는 이사ㆍ감사인 경우를 포함한다]는 제외한다.

  1. 법 제542조의8제2항제5호에 따른 최대주주 및 그 특수관계인

  2. 법 제542조의8제2항제6호에 따른 주요주주 및 그 특수관계인

 ③ 법 제542조의3제2항에서 "대통령령으로 정하는 한도"란 발행주식총수의 100분의 15에 해당하는 주식 수를 말한다. 이 경우 이를 산정할 때에는 법 제542조의3제3항에 따라 부여한 주식매수선택권을 포함하여 계산한다.

 ⑤ 법 제542조의3제4항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 주식매수선택권을 부여받은 자가 사망하거나 그 밖에 본인의 책임이 아닌 사유로 퇴임하거나 퇴직한 경우를 말한다. 이 경우 정년에 따른 퇴임이나 퇴직은 본인의 책임이 아닌 사유에 포함되지 아니한다.

 ⑥ 상장회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 정관에서 정하는 바에 따라 이사회 결의에 의하여 주식매수선택권의 부여를 취소할 수 있다.

  1. 주식매수선택권을 부여받은 자가 본인의 의사에 따라 사임하거나 사직한 경우

  2. 주식매수선택권을 부여받은 자가 고의 또는 과실로 회사에 중대한 손해를 입힌 경우

  3. 해당 회사의 파산 등으로 주식매수선택권 행사에 응할 수 없는 경우

  4. 그 밖에 주식매수선택권을 부여받은 자와 체결한 주식매수선택권 부여계약에서 정한 취소사유가 발생한 경우

귀 과세기준자문 경우, 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-484, 2023.9.12.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 법인세제과-484(2023.9.12.)
상장내국법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 부여일로부터 2년 이내 비자발적인 사유로 퇴직하고 주식매수선택권을 행사하는 경우 상장내국법인이 동 행사로 인한 차액을 ｢법인세법 시행령｣ 제19조 제19호의2에 따라 손금산입 할 수 있는지 여부
(제1안) 손금산입 가능
(제2안) 손금산입 불가능
귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다.