조심2010서1064 (2011.01.07)

1. OOO세무서장이 2009.11.13. 청구법인에게 한 2004 사업연도 법인세 127,539,551,180원, 2005 사업연도 법인세 17,850,183,520원, 2006사업연도 법인세 6,522,396,430원, 2007 사업연도 법인세 △81,123,264,020원,2008 사업연도 법인세 5,651,659,680원, 합계 76,440,526,790원 및 2004년 제3기 교육세 20,787,250원, 2004년 제4기 교육세 28,871,630원, 2005년 제1기 교육세 28,943,030원, 2005년 제2기 교육세 28,987,960원, 2005년 제3기 교육세 27,986,140원, 2005년 제4기 교육세 47,101,270원, 2006년 제1기 교육세 21,659,930원, 2006년 제2기 교육세 40,668,080원, 2006년 제3기 교육세 26,458,480원, 2006년 제4기 교육세 7,502,310원, 2007년 제1기 교육세 12,308,160원, 2007년 제2기 교육세 12,610,890원, 2007년 제3기 교육세12,655,400원, 2007년 제4기 교육세 75,916,740원, 2008년 제1기 교육세14,069,260원, 2008년 제2기 교육세 17,470,320원, 2008년 제3기 교육세15,920,090원, 2008년 제4기 교육세 68,564,840원, 합계 508,481,780원의 부과처분은 청구법인이 대여금의 일부를 변제받은 경우 원금, 이자의 순으로 충당순서를 변경함에 따른 2004～2008사업연도 이자수입 78,702,836,281원을 익금에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 1961.8.15. OOO법에 의하여 전국 OOO이 출자하여 설립한 비영리법인으로,OOO은 2009.3.23～2009.6.8. 청구법인의 2004～2005 사업연도에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 대여금의 일부를 변제받은 경우「OOO여신거래기본약관」에 의하여 원금, 이자의 순으로 충당순서를 달리한 대출금에 대한 2004～2008사업연도 이자수입 78,702,836천원을 누락한 것으로 보아 익금산입〔이하 쟁점(1) 이라 한다〕하고, OOO에 대한 채권금융기관의 약정에 따라 기존 채권의 출자전환 및 일반공모 참여로 2004～2005 사업연도 중 취득한 OOO 주식의 취득가액을 출자전환일 현재 OOO의 최종시세가액이 아닌 OOO의 비시장성 지분증권평가액 등으로 평가함으로써 취득가액을 과소계상한 것으로 보아 343,524,269천원을 익금산입한 후 2007년 당해주식 처분시 동 금액을 손금산입〔이하 쟁점(2) 라 한다〕하였으며,최종거래일로부터 5년이 경과하여 시효완성된 예금을 잡이익으로 계상하지 아니한 것으로 보아20,405,840천원을 익금산입 및 5,258,689천원을 손금산입〔이하 쟁점(3) 이라 한다〕하는 등으로 아래와 같이 법인세 손금산입 및 익금산입과 교육세 과세표준 산입을 하여 2009.11.13. 청구법인에게 2004 사업연도 법인세 127,539,551,180원, 2005 사업연도 법인세 17,850,183,520원, 2006 사업연도 법인세 6,522,396,430원, 2007 사업연도 법인세 △81,123,264,020원, 2008 사업연도 법인세 5,651,659,680원, 합계 76,440,526,790원을 경정·고지하였으며, 같은 날 2004년 제3기 교육세 20,787,250원, 2004년 제4기 교육세28,871,630원, 2005년 제1기 교육세 28,943,030원, 2005년 제2기 교육세 28,987,960원, 2005년 제3기 교육세 27,986,140원, 2005년 제4기 교육세 47,101,270원, 2006년 제1기 교육세 21,659,930원, 2006년 제2기 교육세 40,668,080원, 2006년 제3기 교육세 26,458,480원, 2006년 제4기 교육세 7,502,310원, 2007년 제1기 교육세 12,308,160원, 2007년 제2기 교육세 12,610,890원, 2007년 제3기 교육세12,655,400원, 2007년 제4기 교육세 75,916,740원, 2008년 제1기 교육세14,069,260원, 2008년 제2기 교육세 17,470,320원, 2008년 제3기 교육세15,920,090원, 2008년 제4기 교육세 68,564,840원, 합계 508,481,780원을 경정·고지하였다.

법인세 익금산입 및 손금산입 내역

OOO

교육세 과세표준 산입 내역

(단위: 원)

※ 2004년 제1기 및 제2기 충당순서변경에 따른 수입이자 계상누락액 5,952,855,638원은 부과제척기간 만료로 제외

나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점(1)에 대하여

(가) 대출약정에 포함된「OOO여신거래기본약관」제13조 제1항의 내용 중 “OOO는 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다.”라는 단서규정은 채권자인 청구법인이 정한 순서와 방법으로 충당하기로 거래당사자간에 합의된 것이므로 이는 「법인세법 시행규칙」제56조에 규정된 특별한 약정이 있는 것으로 보아야 한다.

(나) 청구법인이상기의 약관 규정에 따라 청구법인에게 부여된 변제충당의 순서와 방법에 대한 결정권한을 행사하여 청구법인의 내부규정인 「채권관리업무방법」에서 정한 순서와 방법에 따라 원금, 이자 순서로 충당하는 것은 거래당사자인 청구법인과 채무자간에 합의된 법인세법상 특별한 약정에 따른 정당한 세무처리이므로,청구법인이 대출금 일부 변제시 이자, 원금순으로 충당하지 아니하였다 하여 수입이자 계상누락으로 보아 과세함은 부당하다.

(2) 쟁점(2)에 대하여

(가) 청구법인이 채권금융기관의 약정에 의하여 OOO에 대한 채권 출자전환 당시 법인세법에서 상장주식의 시가를 OOO 의 종가로 한다는 명문의 규정이 없었으므로 당시 「법인세법」제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항의 규정에 따라 시가를 판단하여야 하는바, 현행 「법인세법 시행령」제89조 제1항에서 “주권상장법인이 발행한 주식을 OOO에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 OOO 최종시세가액에 따른다”라는 규정은 2007.2.28. 「법인세법 시행령」개정시 새로이 도입된 규정으로 부칙 제18조에 따라 2007.2.28. 개정법령의 시행 후 최초로 거래하는 분부터 적용된다.

(나) 그렇다면, 상장주식이라고 하여 무조건 OOO의 종가를 시가로 판단할 것은 아니며, 당시 시행되던「법인세법」제52조 제2항 및 동법 시행령 제89조 제1항에서 규정하고 있는 시가의 정의에 비추어 그 시가의 해당여부를 판단하여야 하는바,그 당시의 「법인세법」제52조 제2항에 의하면, 시가는 “건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준”으로 하며, 동법 시행령 제89조 제1항에 의하면, “당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에 그 가격”으로 하도록 규정되어 있고,판례등 에서도 시가를 “통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성되는 자산의 가액” 또는 “일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치” 등으로 표현하고 있으며, 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있는 거래의 실례를 시가로 인정하고 있다.

(다) 이와 같은 “객관적인 교환가치” 또는 “정상적으로 형성되는 가액”을 판단하는 요소로서, “특별한 사정”을 들고 있는 바, 이러한 판례들에 따르면, 거래상황 등이 이례적이거나 비정상적인 경우에는 객관적인 교환가치를 반영한 시가로 인정하기 어렵다는 취지로 해석하고 있는데, 출자전환 당시 OOO 주식의 OOO 종가는 실질 기업가치를 반영하지 못하고, 투기적 거래의 개연성이 있었으며, 출자전환 당시 OOO의 실질적 기업가치가 부수(-)임에도 불구하고 OOO 종가가 실질적 기업가치보다 과도하게 높게 형성되었던점을 감안하면, 동 거래소 종가는 출자전환 당시 OOO의 실질적 기업가치를 객관적으로 반영하는 시가에 해당하는 것으로 보기 어렵다.

(라) OOO는 2003년 카드대란으로 인하여 거액의 손실이 발생함에 따라 자본이 전액 잠식되었으며, 이러한 자본잠식 상태가 2004년 말까지 이어진 관계로 공시된 재무자료에 따라 순자산가치 및 순손익가치를 산정해 보면 모두 부수(-)로 나타나고, 이는 출자전환 당시의 OOO의 종가와 큰 차이가 있으며, 또한, 당시 OOO 주식은 자본전액잠식으로 상장폐지기준에 해당되어 투자자보호를 위하여 아래표와 같이 3차례나 매매거래가 정지된 사실이 있음에도 불구하고 출자전환이라는 호재의 영향과 주식의 대부분이 처분제한되고 극히 일부의 주식만이 OOO에서 유통되고 있어 투기적 거래의 개연성이 높았고, 그 결과 주가의 변동폭이 아래의 주가변동 추이와 같이 매우 크게 나타난다.

OOO 주가변동 추이

※ 2004년 제1기 및 제2기 충당순서변경에 따른 수입이자 계상누락액 5,952,855,638원은 부과제척기간 만료로 제외

나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점(1)에 대하여

(가) 대출약정에 포함된「OOO여신거래기본약관」제13조 제1항의 내용 중 “OOO는 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다.”라는 단서규정은 채권자인 청구법인이 정한 순서와 방법으로 충당하기로 거래당사자간에 합의된 것이므로 이는 「법인세법 시행규칙」제56조에 규정된 특별한 약정이 있는 것으로 보아야 한다.

(나) 청구법인이상기의 약관 규정에 따라 청구법인에게 부여된 변제충당의 순서와 방법에 대한 결정권한을 행사하여 청구법인의 내부규정인 「채권관리업무방법」에서 정한 순서와 방법에 따라 원금, 이자 순서로 충당하는 것은 거래당사자인 청구법인과 채무자간에 합의된 법인세법상 특별한 약정에 따른 정당한 세무처리이므로,청구법인이 대출금 일부 변제시 이자, 원금순으로 충당하지 아니하였다 하여 수입이자 계상누락으로 보아 과세함은 부당하다.

(2) 쟁점(2)에 대하여

(가) 청구법인이 채권금융기관의 약정에 의하여 OOO에 대한 채권 출자전환 당시 법인세법에서 상장주식의 시가를 OOO 의 종가로 한다는 명문의 규정이 없었으므로 당시 「법인세법」제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항의 규정에 따라 시가를 판단하여야 하는바, 현행 「법인세법 시행령」제89조 제1항에서 “주권상장법인이 발행한 주식을 OOO에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 OOO 최종시세가액에 따른다”라는 규정은 2007.2.28. 「법인세법 시행령」개정시 새로이 도입된 규정으로 부칙 제18조에 따라 2007.2.28. 개정법령의 시행 후 최초로 거래하는 분부터 적용된다.

(나) 그렇다면, 상장주식이라고 하여 무조건 OOO의 종가를 시가로 판단할 것은 아니며, 당시 시행되던「법인세법」제52조 제2항 및 동법 시행령 제89조 제1항에서 규정하고 있는 시가의 정의에 비추어 그 시가의 해당여부를 판단하여야 하는바,그 당시의 「법인세법」제52조 제2항에 의하면, 시가는 “건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준”으로 하며, 동법 시행령 제89조 제1항에 의하면, “당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에 그 가격”으로 하도록 규정되어 있고,판례등 에서도 시가를 “통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성되는 자산의 가액” 또는 “일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치” 등으로 표현하고 있으며, 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있는 거래의 실례를 시가로 인정하고 있다.

(다) 이와 같은 “객관적인 교환가치” 또는 “정상적으로 형성되는 가액”을 판단하는 요소로서, “특별한 사정”을 들고 있는 바, 이러한 판례들에 따르면, 거래상황 등이 이례적이거나 비정상적인 경우에는 객관적인 교환가치를 반영한 시가로 인정하기 어렵다는 취지로 해석하고 있는데, 출자전환 당시 OOO 주식의 OOO 종가는 실질 기업가치를 반영하지 못하고, 투기적 거래의 개연성이 있었으며, 출자전환 당시 OOO의 실질적 기업가치가 부수(-)임에도 불구하고 OOO 종가가 실질적 기업가치보다 과도하게 높게 형성되었던점을 감안하면, 동 거래소 종가는 출자전환 당시 OOO의 실질적 기업가치를 객관적으로 반영하는 시가에 해당하는 것으로 보기 어렵다.

(라) OOO는 2003년 카드대란으로 인하여 거액의 손실이 발생함에 따라 자본이 전액 잠식되었으며, 이러한 자본잠식 상태가 2004년 말까지 이어진 관계로 공시된 재무자료에 따라 순자산가치 및 순손익가치를 산정해 보면 모두 부수(-)로 나타나고, 이는 출자전환 당시의 OOO의 종가와 큰 차이가 있으며, 또한, 당시 OOO 주식은 자본전액잠식으로 상장폐지기준에 해당되어 투자자보호를 위하여 아래표와 같이 3차례나 매매거래가 정지된 사실이 있음에도 불구하고 출자전환이라는 호재의 영향과 주식의 대부분이 처분제한되고 극히 일부의 주식만이 OOO에서 유통되고 있어 투기적 거래의 개연성이 높았고, 그 결과 주가의 변동폭이 아래의 주가변동 추이와 같이 매우 크게 나타난다.

OOO 주가변동 추이

OOO 주식 매매정지 현황

(마) 따라서, 이 건 출자전환주식은 OOO가 제3자에게 매각될 때까지 원칙적으로 처분이 제한되어 있었으므로 OOO에서 유통되는 주식과는 거래상황이 동일하지 않았으며, 만약 채권금융기관이 출자전환으로 취득한 주식을 자유로이 매각할 수 있었다면 미래의 불확실성을 제거하고 손실을 최소화하기 위하여 대부분의 출자전환 주식을 조기에 매각하였을 것이고, 이로 인하여 OOO 주식거래가격은 폭락하는 사태가 발생하였을 것이며, 채권단은 이와 같은 시장상황을 우려하여 채권금융기관들의 출자전환주식을 일정기간동안 안정적으로 고정화시키고자 OOO 매각 완료시까지 처분을 제한함으로써 일반주식과 격리시킨 것이다.

(바) 특히, 당시 채권금융기관이 출자전환으로 취득한 주식은 OOO 전체 발행주식의 99.3%를 차지하고 있었으며, 당시 OOO에서 거래되던 주식은 개인투자자들이 보유하고 있던 주식으로 전체 발행주식의 약 0.7%에 불과하여 처분제한에 의한 격리효과는 매우 컸고, 감독당국인 OOO이 처분이 제한된 주식의 상기와 같은 특수성을 인정하여 대차대조표일 현재의 종가가 있음에도 불구하고 외부평가기관의 평가액을 공정가액으로 처리토록 유권해석(OOO 2003.7.15.)을 하였다.

(사) 따라서, OOO 종가는 “유사한 상황”에서 거래된 출자전환주식의 가격으로 볼 수 없으며, 처분제한 없는 정상적인 주식의 시가와 처분이 제한된 주식의 시가를 동일하다고 판단하는 것은 불합리하고, 이 건 출자전환주식은 처분제한으로 OOO의 최종시세가액을 시가로 볼 수 없는 “특별한 사정”이 있으며, OOO의 거래가격 이외의 처분제한주식에 대한 다른 거래 사례는 찾아볼 수 없으므로, 「법인세법 시행령」제89조 제2항의 시가가 불분명한 경우에 해당되는 것으로 봄이 타당하며, 시가가 불분명한 경우, 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 따라 「상속세 및 증여세법」제63조의 규정을 준용하여 평가하고, 상속세 및 증여세법 제63조에 의한 보충적 평가방법의 경우 제1항 제1호 가목(상장주식)의 보충적 평가방법을 우선 적용하여야 하나, 그렇게 할 경우 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간의 OOO 종가의 평균액으로 시가를 산정하여야 하므로 다시 거래소 종가의 적정성 문제가 제기되기 때문에 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 다목(비상장주식)의 평가방법에 의하여 평가한 금액을 시가로 보는 것이 타당하다.

(아) 설령, 이 사건 주식의 취득당시 시가를 OOO의 종가로 보더라도, 납세자가 세법상의 의무를 이행하지 못한데 정당한 사유가 있으므로, 가산세 부과는 부당하다.

(ㄱ) 출자전환 당시 법령에는 “취득당시 시가”로만 규정되어 있을 뿐, 이 건과 같이 처분제한 등 비정상적 거래상황 하에서의 명시적 규정이 없으며 수차례의 예규질의에 대해 과세당국의 명확한 회신이 없었고, 법인세법상 시가는 “일반적이고 정상적인 거래상황에서 형성된 객관적인 교환가치”를 의미하는 것으로서, 거래가액에 영향을 미칠 수 있는 특별하고 이례적인 사유가 있는 경우에는 이를 고려하여 시가를 산정해야 하며, 과세당국이 유권해석에서 상장주식 시가는 OOO의 종가라고 판단한 것은 이 건과 같이 처분 제한된 상황을 고려하지 않은 일반적인 거래상황만을 전제로 한 것(OOO 2001.6.5)이고, 이 건과 관련하여 유사사례에 대한 은행연합회의 서면질의에 대한 처분청의 답변내용이 불충분하고 모호하여 이 건 주식의 시가 산정방법에 대한 명확한 기준을 제시하지 못하고 있다.

(ㄴ) 채권금융기관들은 OOO의 출자전환의 경우와 동일하게 처분제한이 있는 OOO 출자전환 사례와 관련하여 처분제한 있는 주식의 시가에 대하여 은행연합회 공동명의로 2004.2.16 서면 질의하였으나, 과세당국은 처분제한 있는 주식에 대한 구체적인 답변없이 「법인세법 시행령」제89조에 의한 시가라는 일반적이고 원론적인 답변만을 하였으며, 합리적인 경우 매매재개일의 최종시세가액을 시가로 볼 수 있다고 해석함(OOO 2005.4.28., 국세청OOO 2005.11.8.)으로써, 합리성을 기준으로 시가를 판단하도록 하고 있다.

(ㄷ) 한편, 출자전환일이 속하는 사업연도의 법인세 신고기한 전에 접수한 은행연합회의 질의에 대하여 법인세 신고기한을 상당히 경과한 시점에 이에 대한 해석을 하여, 당해 사업연도의 법인세 신고시에는 해당 법인이 합리적인 판단에 따라 출자전환주식의 취득가액을 계상할 수밖에 없는 상황이었고, 출자전환 당시 실질적인 기업가치가 0원으로서, 투기적 요인에 의하여 좌우되었던 거래소 종가를 시가로 인정하기 어려운 측면이 있었으며, 출자전환에 참여하였던 금융기관별로 취득가액 산정결과가 서로 다르다는 점에 비추어 볼 때, 관련 세법의 해석과 적용에 어려움이 있었음을 알 수 있다.

(ㄹ) 이 건 및 유사사례와 관련한 서면질의에 대하여 과세당국은 출자전환주식의 시가 산정방법에 대한 명확한 해석 기준을 제시하고 있지 않은 상황이었으므로, 법정신고기한내에 법인세 과세표준 및 세액 신고의무를 이행하기 위해서는 납세자의 합리적 판단에 따른 세무처리가 불가피한 상황이었는바, 결과적으로 이는 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 “해석상의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립”이 있는 경우에 해당되므로 가산세를 부과함은 부당하다.

(3) 쟁점(3)에 대하여

(가) 청구법인은 최종거래일로부터 5년이 경과(소멸시효 완성)하기 전에 쟁점예금에 대하여 이자가 발생한 경우 이자를 해당 예금계좌에 정기적으로 입금하는 방식으로 지급하고, 이와 같은 청구법인의 이자지급행위는 청구법인이 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 것을 전제로 한 것이므로 소멸시효의 중단사유인 채무의 승인에 해당하며, 이자가 예금계좌에 입금되면 예금주는 영업점방문, 자동화기기, 인터넷뱅킹, 텔레뱅킹 등을 통하여 이자지급사실을 확인할 수 있으므로, 청구법인이 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 통지의 내용을 예금주가 객관적으로 알 수 있는 상태에 있어 채무승인의 통지도 예금주에게 도달하였다고 할 수 있는바, 따라서, 청구법인은 예금계좌에 이자를 지급하는 방법으로 예금채무를 승인하여 소멸시효가 중단되었다고 볼 수 있으므로 소멸시효가 완성된 것으로 봄은 부당하다.

(나)법인세법상 과세대상 소득이 발생한 것으로 보기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되어야 하는바(OOO 판결, 2003.12.26. 선고), 청구법인은 쟁점예금에 대한 이자를 계속 지급하면서 예금주의 청구가 있으면언제든지 지급하고, 쟁점예금이 5년이 경과하여 소멸시효가 완성하였다고하더라도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라는 내용을 홍보하고 있으며, 청구법인의감독기관인 OOO은 휴면예금에 대하여 소멸시효 완성을 이유로 잡수익으로 편입하는 것을 지양하고 고객에게 돌려줄 것을 요구하고 있고, 청구법인도 휴면예금에 대하여 예금주의 청구가 있으면 언제든지 지급하고 있고 예금주도 자신의 예금을 찾을 수 있다는 신뢰가 형성되어 있으므로, 이와 같은 상태에서 청구법인이 소멸시효의 완성을 주장하는 것은 예금주의신뢰를 저버리는 것으로서 신의성실의 원칙에 반하는 점 등에 비추어 보면, 소멸시효의 완성에도 불구하고 청구법인이 실질적으로 예금 채무를 계속 부담하고 있는 이상 소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이상당히 높은정도로 성숙ㆍ확정되었다고 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점(1)에 대하여

(가) 청구법인의 「OOO여신거래기본약관」상 “OOO는 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다.”라는 규정은약정을 변경할 수 있는 여지를 두고 있는 것에 불과한 것이지 특별한 약정이 있는 것으로 볼 수 없다.

(나) 약정이란 양 당사자간에 한 당사자가 제안 또는 통지를 하고 그 제안 또는 통지내용을 다른 당사자가 인지한 후 승낙을 함으로써 성립하는 것으로, 청구법인의 충당순서 변경 채권 관련 서류를 살펴보면 어디에도 청구법인이 특정한 약정을 변경하기 위하여 채무자에게 제안 또는 통지한 사실이 없는바, 약정을 변경할 수 있는 여지만을 두고 있을 뿐, 특별한 약정을 한 것으로 볼 수 있는 근거가 없으므로 이자, 원금 순서로 충당하기로 한 당초 약정에 따라 「민법」제479조 및 「법인세법 시행규칙」제56조의 규정에 의하여 이자부터 충당하여야 한다.

(2) 쟁점(2)에 대하여

(가) OOO의 주식은 출자전환일 현재 OOO가 정하는 기준에 의해 매매거래가 정지되거나 투자유의종목 또는 관리종목으로 지정고시된 사실이 없는 정상적으로 거래되고 있는 주식임이 OOO 등을 통해 확인되고, 예규들에 의하면, 상장주식의 시가는 감정평가법인 등의 감정한 가액을 시가로 적용할 수 없고 OOO의 종가로 평가를 하는 것(OOO ’03.04.15., OOO 2001.06.05.외 다수)으로 해석하고 있으며, “시가”란 정상적인 거래에 의해 형성된 객관적 교환가치를 의미하며 쟁점 거래의 가격이 아닌 시장에서 제3자간에 거래되고 있는 “기준금액”인 바, 상장주식의 경우 거래시장의 상황에 따라 거래량이 없는 경우 또는 소수의 수량만이 거래하는 경우도 있고, 2차 출자전환일인 2004.7.28. 현재 OOO의 발행주식의 거래량은 658,231주로 총발행주식수 517,117,922주의 1.27%가 거래되었으며, 금융기관 주식 거래량 비교를 위해 같은 날 OOO의 거래량을 확인해보면 총 발행주식수 784,076,182주 중 845,561주가 거래되어 0.11%가 장내에서 거래되었는 바, 설령, 총 주식수를 2차 출자전환일 이후 증가한 주식수 509백만주를 포함한 1,026백만주로 보더라도 거래량은 0.64%로 OOO의 거래량에 비교해 볼 때, 그 양이 적다 할 수 없고, 이러한 사실로 볼 때 거래량의 규모가 소량이므로 OOO의 종가를 출자전환 주식의 시가로 볼 수 없다는 청구법인의 주장은 OOO 시장의 질서를 인정하지 않는 것이며, 출자전환일 당시 구 「법인세법 시행령」제89조 제1항에서 정의한「불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이 있는 경우」에 명백히 해당됨에도 청구법인은 임의로 상장주식을 평가하여 회계처리 하였으므로 청구주장은 이유 없다.

(나) 청구법인은 출자전환 주식의 처분이 제한되어 OOO의 종가를 “시가”로 볼 수 없다는 주장이나, 당해 처분 제한은 채권단들의 원활한 채권회수를 위한 약정사항으로, 처분 제한을 합의한 후에도 채권단 회의를 통하여 일부 처분제한을 해제한 후 2005년에도 주식을 처분하여 차익을 계상하였고, 그 구속력은 채권단들 내부에 있는 것이며, 채권단들의 자산 보호를 위한 사인간의 합의에 불과하므로 「법인세법 시행령」제89조의 적용을 하지 못할 상위 법적 구속력을 가진 것으로 볼 수 없다 할 것이며, 기타 청구법인이 주식의 시가 사례라고 주장하는 예규OOO는 매매정지, 장외거래, 우선주 매매등과 관련된 거래로 이 건과 관련이 없는 별개의 사례에 해당한다.

(다) 이 건 주식의 취득당시 시가를 OOO의 최종시세가액으로 보더라도 가산세 부과는 부당하다는 청구법인의 주장에 대하여,OOO의 출자전환은 청구법인만이 아니고 OOO 외 14개 채권단과 OOO와의 거래인만큼 이 건을 두고 OOO는 두 차례의 서면질의를 통해 법적 해석을 받아 채권을 출자전환시 시가를 OOO의 종가로 하여야 함을 회신받은 사실이 있으며(OOO 2004.7.29., OOO 2005.1.5.) 질의내용 중 대규모 출자전환으로 인해 거래실질을 왜곡할 경우에도 「상속세 및 증여세법」시행령 제52조의2를 준용하여 종가 평균액으로 적용하는 것이 타당한지에 대한 질의에 대하여도 거래소의 종가를 “시가”로 적용하는 것이라는 정확한 해석이 있고, 채권단 중 OOO의 종가로 출자전환의 취득가액을 계상하여 적정처리한 채권기관의 사례 등으로 볼 때 명확한 해석이 없어 단순한 법률해석상의 의의(疑意)라는 청구법인의 주장은 이유 없다.

(라)또한, 공모가격이 정해진 2005.1.25. 일반공모의 경우에도 공시된 공모가격인 5,800원으로 1주당 취득가격을 계상하지 않고 임의평가금액인 3,978원으로 취득가액을 계상하고 차액을 손비로 처리한 것은 법적 해석에 대한 이견으로 취득가액을 결정한 것으로 볼 수 없으며 청구법인이 임의로 취득가격을 결정한 것을 반증한다 할 것이고, 설령, 위의 예규를 통한 해석이 없다 하더라도, 「상속세 및 증여세법」의 보충적 평가방법을 준용하여 평가한 가액을 시가로 보는 것이 타당하다고 청구법인은 주장하면서도, 1차 출자전환시 주식가격을 임의평가하여 1원으로 취득가액을 계상한 사실과 일반공모 가격을 임의가액으로 결정한 사실 등으로 볼 때, 청구법인의 주장은 이유 없다.

(3) 쟁점(3)에 대하여

(가) 최종거래일로부터 5년이 경과하기 전에 쟁점예금에 대하여 이자를 정기적으로 입금하는 행위가 소멸시효의 중단사유인 채무의 승인에 해당한다는 주장에 대하여는 휴면예금에 전산상으로 이자를 계상한 것만으로 채무의 승인이 있었다고 할 수 없으며, 휴면계좌에 전산상 이자를 계상한 것을 예금주가 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 것을 전제로 한 것으로 채무의 승인에 해당하며, 이러한 전산상의 이자 계상이 현실의 이자 지급행위와 동일한 것임을 전제로 하여 채무승인이 있었다고 주장하나, 이는 해당 예금계좌가 휴면상태라는 사실을 간과한 것이며, 통상적인 경우라면 계좌에 이자를 계상하는 것만으로도 현실의 예금지급과 동일하게 보아도 무리가 없을 것이지만, 이 건 예금은 결국 휴면계좌로서 당초에 예금주가 원본의 존재조차 인식하고 있지 못한 상황이며, 당해 예금에 전산 프로그램에 의하여 기계적으로 이자 상당의 금액을 기재하였다고 하여 이를 두고 청구법인이 예금주에게 “이자를 지급”하였다고 볼 수는 없고, 이는 결국 “이자 상당의 숫자”에 불과한 것이며, 실제 “이자의 지급”이 있었다고는 하나, 예금주가 이를 찾기 위해서는 휴면예금을 찾는 절차에 따라 거래인감 및 주민등록증을 지참하고 직접 영업점을 방문하여야 하는 것이고, 통상의 경우처럼 이를 현금인출기 등에서 자유롭게 인출하거나 계좌이체 등을 할 수는 없는 점에서도 휴면계좌에의 이자 계상이 현실의 이자지급과 동일하다고 보기 어렵다.

(나) 판례 등에서는 채무승인의 방법에 관하여, “소멸시효 이익의 포기사유로서의 채무의 승인은 그 표시의 방법에 아무런 제한이 없어 묵시적인 방법으로도 가능하기는 하지만, 적어도 채무자가 채권자에 대하여 부담하는 채무의 존재에 대한 인식의 의사를 표시함으로써 성립하게 되고, 그러한 취지의 의사표시가 존재하는지 여부의 해석은 그 표시된 행위 내지 의사표시 등에 의하여 달성하려고 하는 목적과 진정한 의도 등을 종합적으로 고찰하여 사회정의와 형평의 이념에 맞도록 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회 일반의 상식에 따라 객관적이고 합리적으로 이루어져야 할 것”이라고 판시(OOO 판결, 2008.7.24. 선고)하고 있는바, 이에 따라 이 사안에서도 단지 예금계좌에 이자가 계상되었다는 사실만으로 형식적ㆍ기계적으로 채무승인이 있었다고 단정할 수는 없으며, 그 이자 계상행위의 목적과 진정한 의도를 종합적으로 고찰하여 이를 예금주에게 예금채무의 존재에 대한 의사를 표시한 것으로 인정할 수 있는 것인지 여부를 자세히 검토해 보아야 할 것인데, 청구법인은 해당 예금에 대한 이자를 계속하여 지급한 것이 아니라, 최종거래일로부터 5년이 경과하여 소멸시효가 완성된 후에는 이자지급을 스스로 중단하고 있으며, 이는 그동안 이자상당금액을 전산상 계상한 행위가 예금채권의 존재를 인식하고 이를 승인한 것이 아니라, 오히려 소멸시효가 중단되는 이자의 지급으로 인한 채무승인에 해당하지 않는다는 점을 스스로 인정하고 있었다는 반증이라 할 것이다.

(다)시효완성예금은 예금주가 자신의 예금채권이 존재한다는 것 자체를 인식하지 못하여 휴면계좌로 분류된 상태이며, 같은 계좌에 전산상 이자 상당의 숫자가 기재되었다고 하여 이를 두고 예금주가 그 이자 지급사실을 “객관적으로 알 수 있는 상태”였다고 하는 것은 타당하지 않으며, 채무승인이 예금주에게 “도달”하였다고 하기 위하여 반드시 예금주의 현실적인 인식이 있어야 하는 것은 아니지만, 최소한 원본 예금채권이 휴면상태로 되어 현실적으로 예금주가 자신의 예금채권의 존재에 대한 인식가능성이 없었다는 점에서 예금주에게 이자 지급사실을 개별적으로 통보하거나 이자가 예금주의 다른 “활동계좌”에 입금되는 등 원본 예금의 휴면상태와 구별되는 사정변경이 없는 이상 사회통념상 예금주가 그 이자 지급사실을 객관적으로 알 수 있는 상태였다고 할 수는 없으며, 이자의 지급이 채무의 승인으로 인정이 되어 그 통지가 예금주에게 도달하였다고 보기 위해서는 최소한 그 통지 이전에 비하여 통지 후에 그 통지로써 예금주의 “인식가능성”이 조금이라도 증가하였음을 인정할 자료가 있어야 할 것이다.

(라)결국, 휴면예금이라는 특수한 사정을 고려하면 단순히 전산 프로그래밍에 의하여 이자 상당의 숫자가 기재된 것을 무조건 현실의 이자지급과 동일시할 수는 없고, 이는 이자 지급의 동기 내지 주관적 인식을 종합하여 살펴보아야 하는데 청구법인 스스로 5년이 지난 예금에 대하여는 이자지급을 중단하였다는 점에서 이는 자신에게 예금을 지급할 의무가 있다는 사실을 인식하고 이자를 지급한 것이 아니며, 설령 이자의 지급이 채무의 승인에 해당한다고 하더라도, 예금주가 원본 자체를 인식할 수 없었고, 이러한 예금주의 인식가능성에 아무런 사정변경이 없는 상황에서 전산상으로만 이자 상당의 금원이 계상된 것을 두고 채무승인이 예금주에게 도달한 것이라고 보는 것은 부당하다.

(마) 소멸시효의 완성에도 불구하고 청구법인이 실질적으로 예금채무를 계속 부담하고 있는 이상 소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되었다고 볼 수 없다는 주장에 대하여는 「법인세법」제34조 제2항은, “내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권(대손금)은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어 손금으로 산입한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제 62조 제1항 제1호는 이러한 대통령령이 정하는 사유 중 하나로 “상법에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금”을 들고 있으며, 동조 제3항에 의하면 이 경우 “당해 사유가 발생한 날”이 속하는 사업연도의 손금으로 한다고 규정하고 있는 바, 즉 세법상 어떠한 채권의 소멸시효가 완성되면 그대로 그 소멸시효완성일이 속하는 사업연도의 손금으로 되는 것이며, 소멸시효 완성에도 불구하고 현실적으로 여전히 그 채권이 회수가 가능한지 여부는 손금산입시기에 영향을 주는 것이 아니고, 판례 등에서도 “법인이 가진 약속어음금채권 및 선급금채권의 소멸시효가 완성되었다면 이로 인한 대손금은 채무자의 자산상황, 지급능력 등 자산성의 유무에 대하여 회수불능이라는 회계적 인식을 한 여부에 관계없이 그에 대응한 청구권이 법적으로 소멸되어 당연히 회수할 수 없게 된 것으로 봄이 타당하므로 그 소멸된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입되는 것이지 법인이 그 후 대손으로 회계상 처리를 한 사업연도의 손금에 산입될 수 없다”고 하여 이를 분명히 하고 있다(OOO 판결, 1990.3.13. 선고, OOO 판결, 1990.10.30. 선고).

(바) 이와 같이 채권의 소멸시효가 완성된 경우 채권이 “당연히 회수할 수 없는 것”으로서 채권자가 그 소멸시효 완성일에 손금산입해야 하는 것이고, 그 채권자의 상대방인 채무자 역시 해당 소멸시효 완성일에 그 채무면제 이익(「법인세법 시행령」제11조 제6호)이 발생하는 것이고 그 소멸시효 완성일이 속하는 사업연도에 이를 익금산입해야 한다고 봄이 타당한 것이며, 「법인세법 기본통칙」19­19…43에서 “익금에 산입한 소멸시효 완성예금 환급액의 처리”에 대하여, “고객이 예탁한 예금 중 소멸시효가 완성된 예금을 익금에 산입한 은행이 당해 고객의 청구에 의하여 이미 익금에 산입한 금액을 지급하는 경우에 동 금액은 그 지급일이 속하는 사업연도의 손금에 산입한다”고 규정하고 있는바, 이는 예금채권의 소멸시효가 완성된 경우 그 소멸시효 완성일이 속하는 사업연도에 그 채무면제이익을 익금에 산입한다는 것을 전제로, 차후 은행이 예금주에게 소멸시효 완성 예금을 환급하는 경우에는 이를 그 환급일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입한다는 소멸시효 완성예금의 처리방법을 명확히 하고 있다.

(사) 청구법인은 휴면예금 찾아주기 운동을 실시하고 있었다는 점, OOO도 휴면예금의 잡이익 편입 지양을 요구하고 있으며 청구법인도 소멸시효 완성 예금을 지급하고 있어 예금주가 자신의 예금을 찾을 수 있다는 신뢰가 형성되어 있다는 점, 이러한 상황에서 소멸시효 주장은 신의성실에 반하는 점 등에 비추어 소멸시효 완성에도 불구하고 청구법인이 실질적으로 예금채무를 부담하고 있어 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 성숙·확정되었다고 볼 수 없다고 주장하나, 세법상 권리의무 확정주의란, “납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제”하는 것인바(OOO 판결, 1984.3.13. 선고 등), 위에서 본 바와 같이 소멸시효가 완성된 채권은 그대로 손금에 산입되는 세법의 대손제도 및 소멸시효가 완성되어 익금에 산입한 예금을 환급할 경우 그 환급일이 속하는 사업연도에 손금에 산입하도록 한 기본통칙의 소멸시효 완성예금의 환급처리 절차에 의하면 소멸시효 완성예금은 획일적으로 소멸시효 완성일에 익금산입해야 함이 명백함에도 소멸시효 완성만으로는 과세소득이 성숙·확정되지 않았으므로 과세할 수 없다고 하는 것은 결국 예금주가 그 환급을 요구하지 않아 사실상 채무면제이익을 향유하고 있는 금융기관으로 하여금 환급요청이 없는 이상 언제까지라도 과세를 피할 수 있는 자의를 허용하는 것이므로 세법이 취하고 있는 권리의무확정주의의 원칙에 어긋난다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1)대출금의 일부를 변제받는 경우 「OOO여신거래기본약관」제13조 제1항의 단서규정을 특별한 약정이 있는 것으로보아 이자보다 원금에 먼저 충당함이 적법한지 여부

(2)채권출자 전환주식의 취득당시 시가를 출자전환일 현재 거래소의 종가가 아닌 보충적 평가액으로 할 수 있는지 여부 및 가산세 부과가 적법한지 여부

(3) 최종거래일로부터 5년이 경과한 예금에 대하여 상법상 소멸시효가 완성되었다고 보아 5년이 경과한 당해 사업연도에 익금산입함이 적법한지 여부

나. 관련법령 등

(1) 쟁점(1) 관련

(가)법인세법 시행규칙

제56조【원천징수대상 이자소득금액의 계산】법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는 「소득세법 시행령」 제51조 제7항의 규정을 준용한다.

(나) 민법

제479조【비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서】① 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

(다) 약관의 규제에 관한 법률

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “약관”이란 그 명칭이나 형태 또는 범위에 상관없이 계약의 한쪽 당사자가 여러 명의 상대방과 계약을 체결하기 위하여 일정한 형식으로 미리 마련한 계약의 내용을 말한다.

(2) 쟁점(2) 관련

(가) 법인세법

제52조 【부당행위계산의 부인】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며,이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(나) 법인세법 시행령

제72조 【자산의 취득가액 등】①법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

4. 현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만，제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권(법 제34조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권을 제외한다)의 장부가액으로 하고, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.(2006.2.9. 개정)

제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.(2007.2.28. 개정)

(다) 구 법인세법 시행령 (2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되고, 2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것)

제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

4. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.

(라) 구 법인세법 시행령 (2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되고, 2007.2.28, 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것)

제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(마) 상속세 및 증여세법

제63조 【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의한다.

나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다.

다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

(바) 국세기본법

제6조 【천재등으로 인한 기한의 연장】① 천재ㆍ지변 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 이 법 또는 세법에 규정하는 신고ㆍ신청ㆍ청구, 기타 서류의 제출ㆍ통지ㆍ납부를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하거나 납세자의 신청이 있는 경우에는 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 기한을 연장할 수 있다.

제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

제48조【가산세의 감면】① 정부는 세법에 의하여 부과하였거나 부과할 가산세에 있어서 그부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 의한 기한연장사유에 해당하는 때에는 이를 감면한다

(사) 국세기본법 시행령

제2조 【기한연장 및 담보제공】① 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 세무서장이 인정하는 때에는 법 제6조의 규정에 의하여 기한을 연장할 수 있는 사유가 있는 것으로 한다.

1. 납세자가 화재ㆍ전화 기타 재해를 입거나 도난을 당한 때

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병으로 위중하거나 사망하여 상중인 때

3. 납세자가 그 사업에 심한 손해를 입거나, 그 사업이 중대한 위기에 처한 때(납부의 경우에 한한다)

3의 2. 정전, 프로그램의 오류 기타 부득이한 사유로 한국은행 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 때

3의 3. 금융기관(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융기관에 한한다) 또는 체신관서의 휴무 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 때

4. 권한 있는 기관에 장부ㆍ서류가 압수 또는 영치된 때

5. 제1호ㆍ제2호 또는 제4호에 준하는 사유가 있는 때

(3) 쟁점(3) 관련

(가) 법인세법

제15조 (익금의 범위)① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제34조 (대손충당금의 손금산입)② 내국법인이 보유하고 있는 채권중 채무자의 파산등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 "대손금"이라 한다)은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

(나)법인세법 시행령

제11조 (수익의 범위)법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액

제62조 (대손금의 범위)① 법 제34조 제2항에서 "대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 상법에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

(다) 상법

제64조【상사시효】상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다. 그러나 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 처분청의 법인세 과세표준 결정결의서 등 과세심리자료에 의하면,청구법인이 대출금의 일부를 회수한 경우 충당순서를 이자, 원금순이 아닌 원금, 이자순으로 변경함으로써 처분청이수입이자 계상 누락으로 보아 익금산입한 금액은 아래와 같이 나타난다.

(나) OOO 소관의 「약관의 규제에 관한 법률」제19조의2에 의하면, 사업자 및 사업자단체는 건전한 거래질서를 확립하고 불공정한 내용의 약관이 통용되는 것을 방지하기 위하여 일정한 거래분야에서 표준이 될 약관을 마련하여 그 내용이 이 법에 위반되는지 여부에 관하여 OOO에 심사를 청구하도록 되어 있으며, 「은행여신거래 기본약관 OOO」제13조 제1항에는 “채무자가 기한의 이익을 상실한 채무를 변제하거나, 은행이 제10조에 의한 상계를 할 경우에, 채무전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 합니다. 그러나, 은행은 채무자가 불리하지 않은 범위내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라고 규정되어 있다.

(다) 금융감독원의 「은행업감독규정」제86조 및 「은행업 감독업무시행세칙」제60조에 의하면, 금융기관이 약관을 제정 또는 변경하고자 하는 경우에는 관련서류를 시행예정일부터 10영업일전까지 감독원장에게 제출하여 심사하도록 되어 있고, 이의 심사를 통해 제정된 청구법인의「OOO여신거래기본약관」제13조 제1항에는 “채무자가 변제하거나, OOO가 제10조에 의한 상계 또는 대리환급변제충당을 하는 경우에, 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 합니다. 그러나 OOO는 채무자가 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라고 규정되어 있으며, 당해 규정과 관련하여 청구법인은 OOO으로부터 변경 권고 등을 받은 사실이 없는 것으로 나타난다.

(라) 청구법인의 내규인 「채권관리 업무방법」제7장(충당순서변경·이자감면) 제2조 제1항에는 “법적절차에 의하여 회수한 대금(상계에 의한 회수대금, 근저당권 설정최고액의 변제금, 법적절차면제 승인을 받은 채권 포함)이 채권전액의 충당에 부족되고 미처분 담보물이나 채권자의 일반재산으로부터 채권 전액의 회수가 불가능하다고 판단되는 경우는 충당순서변경금액 기준으로 전결권자의 승인을 받아 비용·원금·이자의 순으로 정리한다”고 되어 있다.

(마) 청구법인의 대출거래 약정서에는 “본인(대출자)은 OOO와 아래의 거래조건에 따라 대출거래를 함에 있어 OOO여신거래기본약관이 적용됨을 승인하고, 다음 각 조항을 확약한다”라고 되어 있고, “채무자는 OOO여신거래기본약관 및 이 약정서 사본을 확실히 수령하고 주요내용에 대한 충분한 설명을 듣고 이해하였음”으로 되어 있다.

(바) OOO의 은행여신 검사업무편람에는 여신회수편 「채권의 변제충당순서」에서 일반적으로 채무관계인의 자진변제시 가지급금, 미수이자, 원금의 순으로, 법적절차에 의한 배당금은 가지급금, 원금, 미수이자의 순으로 변제충당함을 원칙으로 하는 것으로 나타난다.

(사) 한편, 「민법」제479조 제1항에서 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다고 규정하고 있고, 「법인세법 시행규칙」제56조에서 금융업을 영위하는 내국법인이 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 보도록 규정하고 있다.

(아) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 변제충당에 관한 「민법」제479조의 규정은 임의규정이므로 약정에 의하여 변경 가능하고, 변제충당의 약정이 있는 경우 채권자가 약정에 기하여 스스로 적당하다고 인정하는 순서와 방법에 좇아 변제 충당한 이상 변제자에 대한 의사표시와는 관계없이 충당의 효력이 있다 할 것(OOO 판결, 1991.7.23. 선고, OOO 판결, 1987.3.24. 선고 같은 뜻)이다.

(자) 청구법인은 OOO으로부터 심사받은「OOO여신거래기본약관」제13조 제1항 단서에 변제자에게 불리하지 않는 범위내에서 충당순서를 달리 할 수 있도록 규정하고 있고, 당해 내용은 OOO의「은행여신거래 기본약관」과 동일하며, 청구법인의 내부규정인 「채권관리 업무방법」에는 회수한 대금이 채권전액의 충당에 부족되고 미처분 담보물이나 채권자의 일반재산으로부터 채권 전액의 회수가 불가능하다고 판단되는 경우는 충당순서 변경금액 기준으로 전결권자의 승인을 받아 비용·원금·이자의 순으로 정리하도록 되어 있는 바, 「OOO여신거래기본약관」을 포함한 이른바 일반거래약관은 계약당사자가 이를 계약의 내용으로 하기로 하는 명시적 또는 묵시적 합의를 하였기 때문에 계약의 내용에 편입되어 계약당사자에게 구속력을 갖게 되는 것이고, 「OOO여신거래기본약관」제13조 제1항 중 “OOO는 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있습니다”라는 규정과 청구법인의 대출거래약정서에 채무자가 청구법인과 대출거래를 함에 있어 「OOO여신거래기본약관」이 적용됨을 승인하는 것으로 나타나므로, 거래당사자인 청구법인과 채무자간에 변제충당에 관하여 채권자인 청구법인이 인정하는 순서와 방법에 따라 충당하기로 약정한 것이고, 이는 변제충당의 순서와 방법에 대하여 채권자에게 권한을 부여하기로 약정한 것으로 유효한 약정에 해당한다 할 것이다.

(차) 따라서, 청구법인이 위의 약관에 따라 청구법인에게 부여된 변제충당의 순서와 방법에 대한 결정권한을 행사하여 청구법인의 내부규정인 「채권관리업무방법」에서 정한 순서와 방법에 따라 원금, 이자 순서로 충당하는 것은 거래당사자인 청구법인과 채무자간의 약정에 따른 것으로 법인세법상 특별한 약정이 있는 경우로 봄이 상당하다 할 것이다.

(카) 또한, 감독기관인 OOO도 은행여신 검사업무편람을 통해 법적절차에 의한 배당금 등은 원금부터 충당하도록 명시적으로 규정하고 있는 점, 과세관청에서도 금융업을 영위하는 내국법인이 대출채권과 그 이자채권의 일부만을 회수하는 경우 그 충당의 순서는 「법인세법 시행규칙」제56조 규정에 따르는 것으로, 당해법인이 불특정 다수의 채무자와 모든 여신거래에 적용되는「여신거래기본약관」에 의하여 동 법인의 내부규정으로 정한 순서와 방법에 따라 대출채권 및이자채권을 충당한 경우에는 같은 조에 규정한 “특별한 약정”이 있는 것으로 보는것(국세청 OOO 2009.7.31.)으로 해석하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 대출금의 일부를 변제받은 경우 원금, 이자순으로 충당함은 세법상 적법하다 할 것이고, 처분청이 특별한 약정이 없는 것으로 보아 이자, 원금순으로 충당하지 아니한데 대하여 수입이자 계상 누락으로 익금산입하여 법인세 등을 과세한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가)청구법인 등 15개 채권금융기업OOO은 부도 등 심각한유동성위기에 처한 OOO를 회생시키기 위해 보유한 채권(총 37,300억원)에 대하여 2004년 2월～2005년 1월까지 아래와 같이출자전환을 실시하였고, OOO 매각완료시까지 아래와 같이 처분제한하기로 약정하였다.

출자전환 규모(채권금융기관 전체분)

처분제한 내역

(나) 청구법인은 출자전환으로 취득한 OOO 주식의 취득가액을 산정함에 있어 처분이 제한된 주식의 시가를 OOO 종가로 보기 어렵다고 판단하여 OOO의 비시장성 지분증권평가액 등 회계상 평가액으로 아래와 같이 계상하였다.

출자전환주식 1주당 취득가액 계상내역

OOO

(다) 청구법인을 포함한 채권금융기관은 2007년 중 채권출자전환주식을 OOO의 인수자인 OOO에 공동매각〔극히 일부 (847천주, 0.98%)는 2005년에 처분〕하였는바, 처분청은 출자전환 주식의 취득당시 시가를 출자전환일 현재 OOO의 종가로 보아 청구법인이 계상한 취득가액과의 차이 343,524,269천원(2004년 321,035,830천원, 2005년 22,488,439천원)을 아래와 같이 익금산입하였고, 당해 익금산입액을 출자전환주식을 처분한 2007 사업연도에 손금산입(추인)하였음이법인세 과세표준 결정결의서 등 처분청의 과세심리자료에 나타난다.

출자전환 주식의 취득가액 과소계상 내역

OOO

(라) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면,OOO의 주식은 출자전환일 현재 OOO가 정하는 기준에의해 매매거래가 정지되거나 투자유의종목 또는 관리종목으로 지정고시된사실이 없는 주식이었음이 OOO 등을 통해확인되는 점, 상장주식의 시가를 규정한 「상속세 및 증여세법」과 예규 등에 의하면, 감정평가법인 등의 감정한 가액을 시가로 적용할 수 없으며, OOO의 종가로평가를 하는것(OOO 2003.04.15, OOO 2001.06.05.외 다수)으로 나타나는 점,2006.2.9. 개정된 「법인세법 시행령」제72조 제1항 제4호 및 2007.2.28. 개정된 같은 법 시행령 제89조 제1항도 상장주식의 취득가액은 OOO의 종가로 평가한다는 기존 예규 등을 반영하여 법령으로 명확히 규정한 것으로 보이는 점, 일반적으로시가란 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하는 것인바, 상장주식의경우 거래시장의 상황에 따라 거래량이 없는 경우 또는 소수의 수량만이 거래되는경우에도 시가로 볼 수 없는 명백한 근거가 없는 점,출자전환 주식의매각제한은 채권단들의 원활한 채권회수를 위한 약정사항으로, 처분제한을 합의한 후에도 채권단 회의를 통해 일부 처분제한을 해제하여 2005년에도주식을 처분하여 차익을 계상하였으며, 그 구속력은 채권단들 내부에 있는 것이고채권단들의 자산 보호를 위한 사인간의 합의에 불과한 점 등을 감안하여 볼 때, 처분청이 출자전환 주식의 시가를 출자전환일 현재 OOO의 종가로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(마) 청구법인은 이건 출자전환주식의 취득당시 시가를 OOO 종가로 보더라도,납세자가 세법상의 의무를 이행하지 못한데 정당한 사유가 있는 경우로서 이는 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 “해석상의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립”이 있는 경우에 해당되므로 가산세를 부과함는 부당하다는 주장이나,취득당시의 시가의 산정방법을 묻는 OOO의 질의에 대해 처분청이직접적이고 명확한 답변을 하지 않았다 하더라도 납세자는 ‘상장주식의 시가 산정방법에 관한기존의 대법원판례, 기획재정부 및 국세청의 해석사례OOO등을 참고할 수 있으므로,이러한 기존의 해석사례를 제대로 알지 못한 것에 불과하고납세자와 과세관청 사이에 그 “세법 해석상의의의(疑意)로 인한 견해의 대립”이 있는 경우로 보기는 어렵다 할 것이다.

(바) 또한, 2006.2.9. 개정된 「법인세법 시행령」제72조 제1항 제4호 및 2007.2.28 개정된 같은 법 시행령 제89조제1항도상장주식의 취득가액은 OOO의 종가로 평가한다는 기존 예규 등을 반영하여 법령으로 명확히 규정한 것으로, 취득당시의 시가에 적용할 명확한 법령규정과 법령해석이 존재하지 아니하여 자체적인 판단으로 시가를 적용하였다는 것은 납세자의 자의적인 해석이라고 할 수 있어 “해석상의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립”에 해당되는 것으로 보이지 아니하므로 이 건 가산세의 부과는 적법한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 고객이 예치한 예금에 대하여 은행업계의 관행 및 예금업무방법서(내규) 등에서 정하는 바에 따라 아래의 금액기준에 따라 최종거래일부터 6년 내지 8년이 경과하였을 때 잡이익으로 처리하고, 100,000원 초과 수시입출금예금에 대하여는 잡이익으로 계상하지 아니하고 있음이 처분청의 과세심리자료, 청구법인의 계정원장 등에 나타난다.

수시입출금식 예금의 잡수익처리

(나) 이에 대하여 처분청은 금액 기준에 관계없이 최종거래일부터 5년 경과시에는 5년이 경과하는 날이 속하는 사업연도에 모두 잡이익으로 계상함이 타당하다고 보아 사업연도별로 아래와 같이 익금산입 및 손금산입을 하여 이 건 법인세 등을 과세하였다.

익금산입 및 손금산입내용

(단위: 원)

(다) 청구법인은 최종거래일로부터 5년이 경과(소멸시효 완성)하기 전까지는 예금에 대하여 이자가 발생한 경우 이자를 해당 예금계좌에 정기적으로 입금하는 방식으로 지급하였으므로 채무승인이 있었다고 주장하나, 시효완성예금은 예금주가 자신의 예금채권이 존재한다는 것 자체를 인식하지 못하여 휴면계좌로 분류된 상태이며, 같은 계좌에 전산상 이자상당의 숫자가 기재되었다고 하여 이를 두고 예금주가 그 이자 지급사실을 “객관적으로 알 수 있는 상태”였다고 할 수 없으며, 채무승인이 예금주에게 “도달”하였다고 하기 위하여 반드시 예금주의 현실적인 인식이 있어야 하는 것은 아니지만, 최소한 원본 예금채권이 휴면상태로 되어 현실적으로 예금주가 자신의 예금채권의 존재에 대한 인식가능성이 없었다는 점에서 예금주에게 이자 지급사실을 개별적으로 통보하거나 이자가 예금주의 다른 “활동계좌”에 입금되는 등 원본 예금의 휴면상태와 구별되는 사정변경이 없는 이상 사회통념상 예금주가그 이자 지급사실을 객관적으로 알 수 있는 상태였다고 할 수는 없다 할 것이다.

(라) 또한, 청구법인 스스로도 5년이 지난 예금에 대하여는 이자지급을 중단하였다는 점에서 예금을 지급할 의무가 있다는 사실을 인식하고 이자를 지급한 것이 아니며, 설령 이자의 지급이 채무의 승인에 해당한다고 하더라도, 예금주가 원본 자체를 인식할 수 없었고, 이러한 예금주의 인식가능성에 아무런 사정변경이 없는 상황에서 전산상으로만 이자상당의 금원이 계상된 것을 두고 채무승인이 예금주에게 도달한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

(마) 세법상 권리의무 확정주의란 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하는 것(OOO 판결, 1984.3.13. 선고 등)인 바, 소멸시효가 완성된 채권은 그대로 손금에 산입되는 세법의 대손제도 및 소멸시효가 완성되어 익금에 산입한 예금을 환급할 경우 그 환급일이 속하는 사업연도에 손금에 산입하도록 한 기본통칙의 소멸시효 완성예금의 환급처리 절차에 의하면, 소멸시효 완성예금은 획일적으로 소멸시효 완성일에 익금산입해야 함이 명백함에도 소멸시효 완성만으로는 과세소득이 성숙·확정되지 않았으므로 과세할 수 없다고 하는 것은 예금주가 그 환급을 요구하지 않아 사실상 채무면제이익을 향유하고 있는 금융기관으로 하여금 환급요청이 없는 이상 언제까지라도 과세를 피할 수 있는 자의를 허락하는 것이어서 세법이 취하고 있는 권리의무확정주의의 원칙에 어긋난다 할 것이며, 세법상 대손제도를 보면 소멸시효가 완성되면 그대로 대손을 인정하고 있는 점으로 볼 때, 세법상 소멸시효제도는 채무자가 동 채무의 소멸시효를 원용하지 않는다 하더라도 소멸시효의 완성만으로 동 채무는 소멸하고 채무자에게 채무면제익이 발생한다고 보는 것이 타당하다고 할 것(OOO 2000.8.28. 같은 뜻)이므로, 처분청이 쟁점시효완성예금에 대하여 최종거래일로부터 5년이 경과하여 소멸시효의 완성일이 속하는 사업연도에 익금산입한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.