조심 2018서3824 (2019.09.30)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999년 설립되어 국내 중견기업에 투자하는 펀드를 결성하여 운용하는 것을 주업으로 하는 중소기업창업투자회사이고, OOO(이하 “OOO”라 한다)는 OOO왕국의 글로벌투자회사로, 청구법인은 2005.7.3. OOO에게 청구법인의 주식 OOO주(청구법인 총 발행주식의 OOO, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO에 발행하되, OOO에게 청구법인이 일정요건을 충족하지 못할 경우 OOO가 약정가액으로 쟁점주식을 청구법인에게 팔 수 있는 권리(이하 "쟁점풋옵션"이라 한다)를 부여하였고, 이후 OOO가 2010.2011사업연도에 쟁점풋옵션을 행사함에 따라 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점주식을 취득하여 2012사업연도에 전부 양도하였다.

＜표1＞ 청구법인의 쟁점주식 취득 및 양도내역

나. 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고시 쟁점주식의 취득가액은 매입가액인 OOO원이 아니라「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가액인 OOO원이라고 보아 OOO원을 손금불산입하고 기타사외출로 소득처분하였다.

다. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 쟁점주식을 시가보다 고가로 매입함으로써 소득을 부당하게 감소시켰다고 보아 부당행위계산 부인을 적용하여 쟁점주식의 고가매입액 OOO원을 OOO에게 배당으로 소득처분하도록 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점주식 매입가액과 상증법상 보충적 평가액의 차액인 OOO을 청구법인의 쟁점주식 취득시점인 2010.2011사업연도에 OOO에 대한 배당으로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였다.

라. 청구법인은 소득금액변동통지에 불복하여 2014.5.16. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 쟁점주식의 취득거래는 부당행위계산부인 규정의 적용대상에 해당한다고 판단하여 2015.8.19. 기각결정하였고, 이후 청구법인은 이에 불복하여 행정소송을 제기하였으며, OOO에서 승소취지의 판결을 받았고, 현재 OOO서 소송 계류 중이다.

마. 한편, 청구법인은 2012.8.30. 쟁점주식의 처분시 쟁점주식의 상증법상 보충적 평가액 OOO원을 취득가액으로 적용하여 해당 금액을 손금에 산입하였으나, 쟁점주식의 취득가액은 실제 매입가액인 OOO원이므로 해당 금액이 전부 청구법인의 손금에 해당한다고 보아 그 차액인 OOO원을 청구법인의 2012사업연도 손금에 산입하여 2012사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라고 2018.3.20. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 경정청구의 수용여부에 대하여 별도의 통보를 하지 않았다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2018.8.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 거래는「국제조세 조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다)이 적용되는 국제거래로 원칙적으로 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하며, 국조법령에서 부당행위계산부인 규정이 적용되는 경우로 열거한 예외사항에도 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인은 외국법인인 OOO로부터 쟁점주식을 취득하였는바 이 건 거래가 국제거래에 해당한다는 것은 분명한 사실이고, 국조법 제3조 제2항에 따라 국제거래에 대하여는 원천적으로 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정은 적용되지 않고, 같은 법 제4조의 정상가격에 의한 과세조정, 즉 이전가격세제만 적용되며, 다만, 예외적으로 정상가격에 의한 과세조정이 어려운 경우에만 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 하고 있다.

이 건 처분사유인 고가매입과 같이 거래가격의 적정성이 문제되는 경우에는 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정이 아닌 국조법상 정상가격 과세조정 방식을 적용하고, 등가교환이 전제되지 않는 “증여성 거래”의 경우에는 정상가격을 따질 수 없으므로 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이다.

(나) 청구법인은 당초 본 건 거래에 대하여 처분청이 자산의 고가매입을 문제삼아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세할 것에 대비하여 쟁점주식의 취득가액을 상증법상 보충적 평가액인 OOO원으로 보아 쟁점주식 처분 관련 OOO원을 2012사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 신고하였으나, 쟁점주식의 취득거래는 국제거래로서 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않기 때문에 쟁점주식의 취득가액은 매입가액인 OOO원이 되므로 쟁점주식 처분손실 OOO원을 손금에 산입하여야 하며, 당초 익금에 산입한 OOO원을 법인세 과세표준에서 제외하여 2012사업연도 법인세를 경정하여야 한다.

(2) 처분청은 쟁점주식이 무수익자산이기 때문에 쟁점주식의 취득거래가 국제거래라고 하더라도 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 한다는 의견이나, 조세심판원은 자기주식을 보충적 평가액보다 높은 가격에 취득하여 보유하다가 모두 소각한 사안에 대하여, ① 청구법인의 당기순이익이 증가하여 자기주식을 장래 시세차익을 기대할 수 없는 자산으로 단정하기 어려운 점, ② 무수익자산 해당 여부는 거래 당시를 기준으로 판단하므로 그 후에 청구법인의 주식이 더 낮은 금액에 양도되었다는 사정 등은 영향을 미치지 못하는 점, ③ 법인의 매입자산이 수익파생에 공헌하거나 장래에 그 자산의 운용으로 수익발생 가능성이 있는 등 수익과 관련이 있고, 그와 같은 매입행위가 행위 당시를 기준으로 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면 설령 법인과 특수관계에 있는 자가 경제적으로 어떠한 이익을 얻었다고 하더라도 이를 부당행위계산에 해당한다 할 수 없다고 보았다(조심 2018서327, 2019.2.15.).

(가) 청구법인은 중소기업창업투자회사로서 위험성이 높은 투자처에 장기투자하여 얻은 성과보수가 주요 수익 원천으로, 사업특성상 모든 투자에서 매년 고르게 수익을 내기는 어려워 연도별 당기순이익의 등락은 다소 있으나 계속적으로 당기순이익이 발생하였고, 이에 따라 순자산의 규모 역시 증가하는 추세였다.

따라서 청구법인의 경제적 가치가 계속 증가하고 있었으므로 쟁점주식을 장래 시세차익을 기대할 수 없는 교환가치의 상승 가능성이 희박한 자산으로 단정할 수 없다.

(나) 청구법인은 쟁점주식을 취득가액보다 더 낮은 가액에 양도하였지만 앞서 언급한 조세심판원 결정례에 따르면 무수익자산 해당 여부는 거래 당시를 기준으로 판단하는 것이다.

(다) 청구법인과 같이 주주로부터의 ‘자기주식’을 매입하는 행위는 상관행상 흔히 일어나는 사례이고, 특히 청구법인의 경우 당시 업계에서도 충분한 사업성과를 인정받고 있었는바 이를 비정상적인 행위라고 볼 수는 없다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOO로부터 쟁점주식을 취득한 거래는 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다고 주장하나, 청구법인의 동일한 주장에 대해 조세심판원과 법원은 부당행위계산부인 규정의 적용대상이라고 판단하였다.

(가) 이 건에 앞서 처분청은 청구법인이 2010.2011년에 OOO로부터 쟁점주식을 상증법상 보충적 평가액보다 고가에 취득한 거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 소득귀속자인 OOO에 대한 배당으로 소득처분하였고, 청구법인은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 접수하였으며, 조세심판원의 기각결정에 따라 법원에 행정소송을 제기하였다.

그러나 조세심판원과 법원 모두 청구법인의 쟁점주식 취득거래가 무수익자산의 매입거래에 해당하고, 경제적 합리성이 결하여 부당행위계산부인 대상이 된다고 판단하였다.

다만, OOO은 처분청의 처분금액 산정이 적법하지 않다고 판결하였으나, 처분청은 해당 판단부분에 대해 대법원에 상고를 제기하여 현재 대법원의 심리가 진행 중이다.

(나) OOO의 판결내용을 보면 “청구법인이 자기주식을 매입함으로써 OOO에게 출자금을 환급해 주는 것 외에 청구법인에게는 아무런 수익도 발생하지 않고, 실제 청구법인은 OOO로부터 쟁점주식을 시가의 약 OOO에 취득하였다가 1년 만에 약 OOO원의 손실을 입으면서 처분해야 했던 점 등을 종합하면 청구법인의 쟁점주식 취득거래는 ‘무수익 자산의 매입’에 해당한다고 봄이 타당하므로, 구 국조법 제3조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제3조의2 제3호의 규정에 따라 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정의 적용을 받게 된다”고 기재되어 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 해외출자자로부터 자기주식을 매입한 거래는 부당행위계산부인 적용대상이 아니므로 청구법인의 쟁점주식 매입가액을 세법상 취득가액으로 인정하여 쟁점주식의 처분손실을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세조세조정에 관한 법률

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “국제거래”란 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매·임대차, 용역의 제공, 금전의 대출·차용, 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다.

8. “특수관계”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계를 말하며 그 세부기준은 대통령령으로 정한다.

가. 거래 당사자의 어느 한 쪽이 다른 쪽의 의결권 있는 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 관계

나. 제3자가 거래 당사자 양쪽의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 각각 소유하고 있는 경우 그 양쪽 간의 관계

다. 자본의 출자관계, 재화·용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 거래 당사자 간에 공통의 이해관계가 있고 거래 당사자의 어느 한 쪽이 다른 쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 관계

라. 자본의 출자관계, 재화·용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 거래 당사자 간에 공통의 이해관계가 있고 제3자가 거래 당사자 양쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 거래 당사자 간의 관계

9. “국외특수관계인”이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장과 특수관계에 있는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)을 말한다.

② 제1항에 규정된 것 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 「조세특례제한법」 제2조 제1항에 따른 용어의 예와 같은 법 제3조 제1항 제1호부터 제12호까지, 제18호 및 제19호에 규정된 법률에 따른 용어의 예에 따른다.

제3조(다른 법률과의 관계) ① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.

② 국제거래에 대해서는 「소득세법」 제41조와 「법인세법」 제52조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.

제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다.(단서 생략)

② 납세자가 제2조 제1항 제8호 다목 및 라목에 따른 특수관계에 해당하지 아니한다는 명백한 사유를 제시한 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

제9조(소득금액 조정에 따른 소득처분 및 세무조정) ① 제4조나 제6조의2를 적용할 때 익금(益金)에 산입(算入)되는 금액이 국외특수관계인으로부터 내국법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우에는 그 금액은「법인세법」제67조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 국외특수관계인에 대한 배당으로 처분하거나 출자로 조정한다.

(2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령

제3조의2(부당행위계산부인의 적용범위) 법 제3조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산의 증여 등"이란 다음 각 호를 말한다.

1. 자산을 무상으로 이전(현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우를 제외한다)하거나 채무면제가 있는 경우

3. 수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우

4. 출연금을 대신 부담한 경우

5. 그 밖의 자본거래로서 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 경우

제5조(정상가격 산출방법의 선택) ① 법 제5조 제1항에 따라 정상가격을 산출할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

1. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

가. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우

나. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

(3) 법인세법

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계인"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(4) 법인세법 시행령

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산의 양도금액

2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액

제87조(특수관계인의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"라 한다)를 말한다.

2. 주주 등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 : 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

(5) 상속세 및 증여세법

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.

나.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다.

다.나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

2. 제1호 외에 국채(國債)ㆍ공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(6) 상속세 및 증여세법 시행령

제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. (이하 생략)

(7) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 OOO와 2005.7.3. 체결한 쟁점주식 인수계약서에 따르면 OOO는 청구법인의 제3자 배정방식의 유상증자에 참여하여 청구법인의 발행주식 OOO주(쟁점주식)를 1주당 OOO원에 취득하면서, 만일 청구법인이 2008년말까지 청구법인의 발행주식을 유가증권시장에 상장하지 못하거나 청구법인의 경영상 중대한 변동이 발생한 경우 OOO가 청구법인에게 사유발생일부터 60일 이내에 쟁점주식을 발행가액에 이자(옵션 행사일 매일경제신문 게재 3년 만기 신용등급 A인 회사의 회사채 발행 금리)를 더한 금액(당초 취득가액에 일정 이자율에 따른 이자상당액 가산)에 되팔수 있는 권리(쟁점풋옵션)를 부여한 것으로 나타난다.

(2) OOO는 청구법인의 발행주식이 2008년말까지 상장되지 아니하였으나 2009.3.1.까지 문서로 쟁점풋옵션을 행사하지 아니하였고, 2010.2.22. 청구법인은 OOO의 풋옵션 행사기간을 당초 사유 발생일부터 60일간에서 3년간으로 연장하는 계약서를 2009.2.20.자로 소급작성한 사실이 나타난다.

(3) 청구법인은 OOO의 풋옵션 행사에 따라 2010.2011년에 쟁점주식을 OOO원에 취득하여 2012년에 OOO원에 OOO 주식회사(청구법인의 최대주주)에게 양도하였으며, 청구법인의 쟁점주식의 취득 당시 상증법상 보충적 평가액이 OOO원인 사실에 대해서는 양측 간에 이견이 없다.

(4) 청구법인은 2012.8.30. 쟁점주식 전부를 양도하고 아래 ＜표2＞와 같이 세무조정을 하였으며 쟁점주식 처분이익 OOO원을 각 사업연도 소득금액에 포함하여 2012사업연도 법인세 신고를 하였다.

＜표2＞ 청구법인의 쟁점주식 처분 관련 세무조정 내역

(5) 조사청은 2013.5.2.～2013.9.10. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 「법인세법」상 국외 특수관계자인 OOO로부터 무수익자산인 쟁점주식을 시가(상증법상 보충적 평가액)보다 고가로 매입하여 소득을 부당하게 감소시켰다고 보아 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인이 2012사업연도에 기타사외유출로 소득처분한 OOO원을 청구법인이 OOO로부터 쟁점주식을 취득한 시점에 배당으로 소득처분하도록 하였고, 이에 따라 처분청은 2010년 귀속 OOO원, 2011년 귀속 OOO원을 배당으로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였으며, 처분청의 경정에 따라 청구법인에게 추가과세되거나 환급된 법인세액은 없다.

청구법인은 처분청의 2010.2011년 소득금액변동통지 관련 심판청구를 2014.5.16. 제기하였고, 우리 원은 2015.8.19. 기각결정을 하였으며, 현재 OOO의 판결을 거쳐 OOO에서 심리절차가 진행 중이다.

(6) 청구법인은 당초 2012사업연도 법인세 신고시 착오로 쟁점주식의 상증법상 보충적 평가액 OOO원을 취득가액으로 하여 손금에 산입하였으나, 실제 취득가액은 OOO원이므로 해당 금액이 전부 청구법인의 손금에 해당한다고 보아, 그 차액인 OOO원을 2012사업연도 사업소득금액에서 제외하여 법인세 OOO원을 환급해 달라고 2018.3.20. 경정청구를 제기하였다.

(7) 「국세기본법」제45조의2 제3항에 따라 경정의 청구를 받은 세무서장은 경정청구일부터 2개월 이내에 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 하나 처분청은 2018.5.20.까지 아무런 통지를 하지 아니하였고, 이 건 심판청구일까지 경정청구 관련 별도의 통지를 한 사실은 없다.

(8) 처분청의 2010.2011년 귀속 소득금액변동통지 관련 심판청구에 대한 우리 원의 결정내용(조심 2014서3014, 2015.8.19.)은 다음과 같다.

(9) 우리 원 결정 이후 서울행정법원 및 서울고등법원의 판결서상 주요내용은 다음과 같다.

(10) 청구법인이 2019.8.21. 항변서를 제출하였는데, 주요 내용은 다음과 같다.

청구법인이 자기주식인 쟁점주식을 취득한 행위는 상관행상 흔히 일어나는 일이고, 청구법인은 당시 업계에서도 충분한 사업성과를 인정받고 있어 자기주식 취득거래는 비정상적인 거래로 볼 수 없다는 내용이며, 2011.4.13. OOO 신문기사(“OOO의 OOO”), 2011.12.14. OOO 신문기사(“OOO, OOO”)를 제출하였다.

(11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO가 청구법인과 OOO의 당초 주식발행계약에 따른 OOO의 쟁점풋옵션 행사기한까지도 풋옵션을 행사하지 아니하여 OOO의 풋옵션 행사권리가 소멸하였고, 청구법인은 당초 계약조건에 의하면 쟁점주식을 매입하여야 할 법률상 의무가 없었음에도 OOO의 풋옵션 행사기간을 연장하는 문서를 소급하여 작성하는 등의 방법으로 OOO의 쟁점풋옵션 행사권리를 부활하여 주어 결과적으로 OOO로부터 쟁점주식을 상증법에서 인정하는 시가보다 훨씬 높은 가격으로 매입한 점, 청구법인은 쟁점주식을 매입한 이후 매입가액보다 훨씬 낮은 상증법상 보충적 평가방법에 의한 가액으로 특수관계인에게 재매각하게 됨에 따라 처분손실이 발생한 점 등에 비추어 보면 청구법인이 쟁점주식을 매입한 것은 청구법인의 수익파생에 공헌하지 못할 뿐 아니라 장래 그 자산운용으로 수익을 얻을 가능성도 희박한 자산, 즉 수익이 없는 자산을 매입한 경우에 해당하여 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인에 관한 규정이 적용된다 할 것(조심 2014서3014, 2015.8.19., 같은 뜻임)이다.

따라서, 청구법인이 「법인세법」 제52조의 부당행위계산의 부인이 적용되는 무수익자산인 쟁점주식을 매입하면서 발생한 매입가액과 시가와의 차액을 청구법인의 손금에 산입하여 달라는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.