조심 2019서1444 (2020.12.14)

OOO세무서장이 아래 ＜표3＞과 같이 청구법인에게 한 부가가치세 및 법인세 부과처분은 ① OOO 외 5필지상 기존 건물에 청구법인과 OOO 주식회사가 OOO원을 들여 증축한 건물 중 청구법인이 부담한 증축비용 상당액만큼을 업무용 건물로 취득한 것으로 하여 부가가치세 및 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, ② 아래 ＜표2＞와 같이 2013～2017년 기간 동안 청구법인이 매년 12월에 지출한 판매보증비는 해당 사업연도 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1968.1.1. 개업하여 자동차와 자동차부품의 제조 및 판매 등의 사업을 영위하는 상장법인으로 OOO자동차 계열사들[청구법인.OOO㈜.OOO㈜.OOO㈜.OOO㈜ 등 5개社로, 이하 “공동소유사”라 한다]은 각각 사용면적비율대로 분담하여 OOO외 5필지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 연구소 용도로 지상 15층 건물(연면적 69,748.9㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축.소유하다가,

공동소유사 중 청구법인과 OOO㈜(이하 “OOO”라 하고, 청구법인과 합하여 “증축사”라 총칭한다)는 OOO원(이하 “쟁점증축비용”이라 한다)을 들여 쟁점건물을 증축(1층 일부 및 16～22층으로 총 20,973㎡, 이하 “쟁점증축건물”이라 한다)하였고, 2013.11.5. 사용승인을 받아 2013.12.27. OOO에 쟁점증축비용 분담비율(=사용면적비율)만큼 쟁점증축건물을 각 원시취득한 것으로 보아 취득세 등을 신고하였으며, 쟁점증축비용 분담금액을 자산으로 계상하면서 관련 매입세액을 공제하여 2013년 제1.2기 부가가치세를 신고하였고, 감가상각비를 손금에 계상하여 법인세를 신고해 오고 있었는데, 공동소유사별 증축 전후 쟁점부동산 지분 변동 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

나. OOO는 쟁점부동산은 공동소유사의 공유재산이므로 쟁점증축건물도 공유하는 것으로 보아야 한다며, 2014.10.10. 쟁점증축비용을 쟁점부동산 증축 이전 공동소유사 지분비율대로 안분하여 공동소유사에게 취득세 등을 과세(이하 “쟁점지방세처분”이라 한다)하였다.

다. 한편, 청구법인은 국내외에 판매한 자동차에 결함이 발생하여 소비자의 클레임이 발생하게 되면 품질보증 대상 부품비와 공임 등 클레임비용을 직접 지급하고, 지급일에 판매보증비로 손금으로 계상하며, 이후 클레임 발생 원인을 조사하여 부품제조업체의 과실이 존재하는 경우 관련 비용을 분담금으로 수취하여 별도 익금으로 계상하고 있다.

라. OOO지방국세청장은 2018.6.14.～2018.10.1. 기간 동안 청구법인에 대해 법인세 일반통합조사를 실시한 결과 ① 쟁점지방세처분을 근거로 쟁점증축건물은 증축 이전 공유지분 비율대로 공동소유자의 재산으로서 청구법인이 기존 공유지분을 초과하여 부담한 쟁점증축비용은 청구법인 사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 감가상각비를 손금부인하는 한편, ② 청구법인의 판매보증비 지급시기와 부품 제조업체로부터 분담금 수입시기 간에 1개월의 차이가 존재하는데, 판매보증비와 분담금의 정당한 손익귀속시기는 분담금 최종 정산이 완료된 날로 보아야 한다며 아래 ＜표2＞와 같이 2013～2017년 기간 동안 매년 12월에 지출한 판매보증비(이하 “쟁점판매보증비”라 한다)를 해당 사업연도(12월)에서 손금불산입하고, 같은 금액을 다음 사업연도(1월)의 손금에 산입하여 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 위 적출사항 등을 포함하여 청구법인에게 아래 ＜표3＞과 같이 부가가치세 및 법인세를 경정.고지하였다.

OOO

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.15. 이의신청을 거쳐 2019.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

＜쟁점① : 쟁점증축비용의 업무무관비용 여부＞

(1) 쟁점증축건물은 기존 쟁점건물과는 별개인 소유권의 객체로서 청구법인 및 OOO가 자신들의 비용으로 증축하여 사업목적으로 사용하고 있으므로 관련 법령에 따라 매입세액 공제 및 감가상각 대상에 해당된다.

(가)

「법인세법」제19조

제2항 및 같은 법 시행령 제19조 제5호는 사업과 관련하여 발생한 비용으로서 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 고정자산에 대한 감가상각비를 손금의 범위에 포함하고 있고, 같은 법 제23조 제3항은 감가상각대상 고정자산에 대하여 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치 등 대통령령으로 정하는 자산으로 규정하고 있으며,

「부가가치세법」제38조

제1항 제1호는 사업자가 자기의 사업을 위해 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역의 부가가치세액은 매입세액 공제 대상으로 규정하고 있는데,

쟁점증축건물은 증축사가 자신의 비용과 노력을 들여 증축하였고, 쟁점증축비용 분담비율대로 장부상 자산(건물)으로 계상하여 별도관리하고 있으며, 공동소유사 간의 합의에 따라 증축사의 사업목적으로 단독 점유.사용 중이라는 사실에 대해서는 처분청도 이견이 없으므로 관련 법령에 따라 쟁점증축비용은 증축사의 매입세액 공제 및 감가상각 대상자산으로 보아야 한다.

(나) 쟁점증축건물은 기존 쟁점건물에 부합되지 않았고, 그 소유권은 공부상 명의자가 아닌 실제로 자기 비용과 노력으로 증축한 증축사에게 있다.

1)

「민법」제256조

는 “부동산의 소유자는 그 부동산에 부합한 물건의 소유권을 취득한다. 그러나 타인의 권원에 의하여 부속된 것은 그러하지 아니하다”고 규정하고 있는데, 부동산의 ‘부합’이란 부동산의 소유자가 그 부동산에 부합된 물건의 소유권을 취득하는 것을 의미하고, 건물이 증축된 경우에 증축부분이 기존건물에 부합된 것으로 볼 것인지 여부는 증축부분이 기존 건물에 부착된 물리적 구조 뿐만 아니라 그 용도와 기능의 면에서 기존 건물과 독립한 경제적 효용을 가지고 거래상 별개의 소유권의 객체가 될 수 있는지의 여부 및 증축하여 이를 소유하는 자의 의사 등을 종합하여 판단하여야 할 것OOO이다.

2) 쟁점증축건물 건축허가서상 건축주는 공동소유사로 되어 있으나, 실제 증축사만이 증축하기로 하여 청구법인은 1층 일부 및 17층부터 22층까지를, OOO는 16층을 각각 사용하기로 약정하였고, 이에 청구법인은 1층 일부 및 17층부터 22층까지의 증축비용을, OOO는 16층의 증축비용을 각각 부담하여 별도의 공사도급계약을 체결하여 증축공사를 진행하여 증축사는 쟁점증축건물 소유와 관련한 적법한 권원을 취득하였다.

3) 쟁점증축건물(16층~22층)은 각각의 층으로 구분되어 있어 기존 건물과 구조상 독립성이 있음은 다툼의 여지가 없고, 17층부터 22층까지는 청구법인이, 16층은 OOO가 각각 사용하고 있으므로 기존 건물과 이용상 독립성도 인정되며, 나아가 증축 이전 쟁점건물은 지상 15층~지하 3층에 연면적 69,748.53㎡ 규모였으나, 증축 이후 지상 22층~지하 3층에 연면적 90,721.54㎡로 연면적이 약 30% 증가하게 되었다.

4) 결국 쟁점증축건물은 위와 같이 구조상.이용상 독립성이 인정되고, 증축으로 인해 건물 규모가 약 30% 이상 크게 늘어났으며, 공동소유사 간에 이를 증축사 소유로 한다는 점에 다툼이 없다는 점에서 기존 건물과는 구분되는 소유관계가 성립할 수 있으므로 쟁점증축건물은 증축사의 소유로 보아야 한다.

(2) 설령 쟁점지방세처분에 불복하여 제기한 소송에서 공동소유사가 패소한다 하더라도 다음과 같은 사유로 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(가) (부가가치세 관련) 증축사가 사용면적비율대로 부담한 쟁점증축비용은

「부가가치세법」제39조

제1항 제4호에서 규정하고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액’에 해당되지 않는다.

1) 구

「부가가치세법」제39조

제1항 제4호는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액 중 하나로 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25057호로 개정되기 전의 것) 제77조는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위’는

「법인세법 시행령」 제48조

에서 정하는 바에 따른다고 규정하고 있다.

또한,「법인세법 시행령」(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제48조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제409호로 개정되기 전의 것) 제25조 제2항 제2호는 손금에 산입할 수 있는 공동경비의 범위를 정하기 위한 기준을 규정하면서 비출자공동사업자 사이에「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 같은 기업집단 소속인 관계가 존재하는 경우에는 원칙적으로 직전 사업연도 매출액 총액을 공동경비 분담의 기준으로 삼되, 공동구매비 등 구매금액에 비례하여 지출되는 손비의 경우 구매금액비율을 그 기준으로 삼을 수 있도록 규정하고 있는데, 위 규정의 취지는 특수관계가 있는 법인의 경우 조세회피를 위하여 공동경비 분담기준을 임의로 정할 수 있는 가능성을 차단하기 위하여 구체적이고 명확하며 간명한 기준을 제시하여야 할 필요성에 따른 것으로서, 각 법인의 사업이나 수익과 관련된 정도를 구체화하여 과다하거나 부당하지 않다고 볼 수 있는 기준을 제시한 것OOO이다.

2) 이 건의 경우 쟁점건물을 공동소유하고 있던 공동소유사 중 증축사만 증축에 참여하였고, 청구법인은 1층 일부 및 17층부터 22층까지를, OOO는 16층을 각각 단독으로 사용하기로 약정하였으며, 그에 해당하는 증축비용을 사용면적비율대로 각각 부담하였을 뿐만 아니라, 각자 해당 부분에 대한 공사도급계약을 체결하여 증축공사를 진행하였다.

그리고 증축사가 이 사건 증축과 관련하여 지출한 비용이 공동소유사의 공동경비에 해당한다고 보더라도, 관련 규정의 취지에 따라 해당 공동경비는 각 법인의 사업이나 수익과 관련된 정도에 부합하는 기준을 선택하여 배분하는 것이 합리적이라는 점을 감안하였을 때, 그 기준은 이 사건 증축과정에서 실제로 부담한 비용(구매금액비율)이 될 수 있을 것이다.

따라서 증축사는 각자의 사업을 위하여 사용할 목적으로 쟁점증축건물을 취득하는 과정에서 부담한 총공동경비 중 각자가 사업을 위하여 사용할 비율에 해당하는 매입세액을 공제받았으므로 이는 위 공동경비 분담기준에 따르더라도 실제 구매금액비율에 따른 것으로서 사업과 직접 관련이 있는 지출의 범위 내에 있는 것으로 보아야 한다.

(나) (법인세 관련) 조세심판원 선결정례 및 국세청 유권해석에 의하면 공부상 명의와 관계 없이 수익과 직접 관련된 손비로서 자신의 책임과 계산으로 취득하여 실제 사업용도에 직접 사용하고 있는 고정자산의 감가상각비는 손금산입 대상이다.

1) 조세심판원 선결정례OOO에서 공부상 법인 명의로 되어 있지 않더라도 사실상 법인이 취득하여 사업에 사용하였음이 확인되는 경우에는 법인의 사업용자산으로서 관련 감가상각비는 손금산입 대상이라는 취지로 결정하였다.

2) 국세청 유권해석OOO은 법인의 사업용고정자산으로 감가상각대상 자산에 해당되는지 여부는 해당 고정자산을 장부에 계상하고 실제 사업에 사용하였는지가 중요한 판단기준이라는 취지로서 쟁점증축건물은 증축사가 자산으로 계상하여 실제 관련 사업에 사용하고 있다는 점에 대해서는 처분청도 이견이 없으므로 관련 감가상각비는 증축사의 손금산입 대상으로 보아야 한다.

＜쟁점② : 쟁점판매보증비 손익귀속시기＞

(1) 쟁점판매보증비는 청구법인과 해외판매처 또는 국내 최종소비자간에 체결한 ‘Service and Warranty Agreement’ 또는 ‘보증서’의 보증조건에 따라 지급하는 것이나, 청구법인이 부품 제조업체로부터 분담금을 수취하는 거래는 ‘클레임보상협정서’에 근거하여 그 과실책임 등의 정도에 따라 사후에 확정되는 것으로서 쟁점판매보증비 지급과 분담금의 수취는 그 상대방과 대상금액 및 확정시기가 명백히 구분되는 별개의 독립된 거래인데도 처분청이 쟁점판매보증비의 손금귀속시기를 관련 분담금 정산이 완료된 날로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(가) 쟁점판매보증비의 경우 청구법인이 해외판매처에 클레임 비용을 지급하기로 한 때 또는 국내에서 차량의 수리를 마침으로써 확정된 금액의 클레임 비용을 부담하게 된 때 관련 채무가 확정되므로 이 때를 손금귀속시기로 보아야 한다.

1) (해외판매처에 지급하는 클레임 비용) 청구법인이 해외판매처와 체결한 ‘Service and Warranty Agreement’를 근거로 해외판매처는 청구법인에게 일 또는 월 단위로 클레임비용을 청구하고 있는데, 청구법인은 이를 심사하여 해당 비용이 동 약정에 따른 보증대상에 해당되는지 여부를 검토한 후 이에 해당한다고 판단될 경우 클레임비용을 지급하고 있으므로 이 경우 손금귀속시기는 청구법인이 클레임비용을 지급하기로 한 때로 보아야 한다.

OOO

2) (국내 클레임 비용) 국내에서 판매한 완성차의 경우 최종소비자가 클레임을 제기하면 청구법인이 운영하는 서비스센터를 방문하여 하자가 발생한 차량과 보증서를 제시하고, 청구법인이 부품비와 공임을 직접 부담하여 해당 차량을 수리해 주고 있는데, 청구법인이 부담하게 되는 클레임비용은 청구법인이 해당 차량의 수리를 마침으로써 부품비와 공임의 금액이 확정된 때 비로소 보증 의무를 금액으로 평가할 수 있으므로, 이 때를 손금귀속시기로 보아야 한다.

(나) 청구법인이 부품제조업체로부터 수취하는 분담금은 양 당사자 간의 클레임 인정 합의가 이루어진 때를 익금귀속시기로 보아야 한다.

1) 청구법인은 판매보증비를 지급한 후 부품제조업체와 체결한 ‘클레임보상협정서’에 따라 ① 클레임 발생 부품의 종류, 부품제조업체의 과실 유무 및 클레임비용 분담 비율 등을 조사.분석, ② 조사결과(분담금 등)를 부품제조업체에 통보, ③ 부품제조업체 수락(④절차 생략) 또는 이의제기, ④ (부품제조업체 이의 제기시) 공동조사 또는 협의를 통해 클레임비용 분담 비율 합의, ⑤ 분담금 청구서 발송, ⑥ 분담금 지급(매출채권 상계 등)의 절차를 거쳐 분담금을 수취하고 있다.

2) 따라서 청구법인이 부품제조업체로부터 수취할 분담금의 익금귀속시기는 청구법인이 통보한 조사결과를 부품제조업체가 수락( ③)하거나 분담 비율 합의(④)에 이른 때로 보아야 한다.

(2) 청구법인이 2017.10.31. 쟁점판매보증비와 부품 제조업체로부터 수취하는 분담금의 손익귀속시기에 대해 질의한 데 대해 국세청은 “자동차를 수출하는 내국법인이 해외수입자의 클레임 제기로 지급한 클레임 비용은 지출이 확정된 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 손금으로 산입하는 것이며, 부품제조업체로부터 클레임비용 중 일부를 보전받기로 한 경우에는 보전금을 지급받을 권리가 확정되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 익금으로 산입하는 것”이라고 회신OOO한 바 있다.

나. 처분청 의견

＜쟁점① : 쟁점증축비용의 업무무관비용 여부＞

(1) 쟁점지방세처분에 불복하여 제기한 행정소송 1.2심에서 공동소유사는 패소하였는데, 이는 청구법인이 기존 쟁점부동산 지분을 초과하여 부담한 쟁점증축비용은 특수관계인들을 대신하여 과도하게 부담한 것으로 볼 수 있으므로 관련 부가가치세 및 법인세 부과처분은 정당하다.

(가) OOO에서

「건축법」제22조

에 따라 실질적인 심사를 거쳐 증축전 공유 지분 비율대로 직권 정정하였고, 행정소송 판결 취지대로 쟁점증축건물은 기존건물과 별도로 볼 수 없으며, 증축부분은 기존건물에 부합되는 것으로 보아야 한다.

(나) 쟁점부동산 건축물대장에 의하면 공동소유사가 지분을 공동으로 소유하고 있는 사실 자체는 변함이 없는 사항이기에 공부상 법률관계는 이미 확정된 것으로 볼 수 있고, 이에 근거하여 공동소유사 중 OOO를 쟁점증축건물 중 기존 지분에 상당하는 부분에 대해 자산수증이익으로 법인세 과세처분을 받았다.

(다)

「부가가치세법」제38조

제1항 제1호의 “자기의 사업을 위하여 사용하는 재화 및 용역”에 해당되면 매입세액 공제대상으로 볼 수 있으나, 쟁점증축건물의 경우 건축물대장상 공동소유사가 쟁점증축건물을 기존 지분비율대로 공유하고 있는 사실이 명백하므로 청구법인이 지분을 초과하여 지출한 증축비용은 공동소유사가 부담해야 할 증축비용을 대신 부담한 것이므로 관련 매입세액을 불공제하고, 감각상각비를 손금불산입하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

＜쟁점② : 쟁점판매보증비 손금귀속시기＞

(1) 쟁점판매보증비 지급과 부품제조업체로부터 분담금 수취는 보증수리비 지급의무 부담이라는 하나의 원인행위에 대한 일련의 거래 과정에 불과한데도 청구법인 주장대로 미확정비용(쟁점판매보증비)의 지출시점과 확정비용에 대한 차액정산시점(분담금 수취)에 각각 손금과 익금으로 2회에 나누어 인식하게 되면 권리의무확정주의에 위배된다.

(가)

「법인세법」제40조

제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고 있는데, 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없으며, 여기서 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되었는지는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상ㆍ사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것이다OOO

한편, 위와 같이「법인세법」에서 권리의무확정주의를 채택하여 손익의 귀속시기를 명확하게 규정하는 것은 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다OOO

(나) 청구법인은 판매촉진정책의 일환으로써 판매후 일정기간 보증서비스를 제공하고 있는데, 해당 서비스는 신속한 고객서비스 제공차원에서 보증수리에 관한 비용을 최종적인 비용의 귀속주체 여부와 상관없이 일단 청구법인이 일괄하여 전부 지급해주는 방식으로 운영되고 있는데,

청구법인이 선지급한 판매보증비는 청구법인과 부품제조업체가 부담할 보증수리비 전체 금액이 합산된 상태의 것으로 통상 선지급시점부터 1∼2개월 이후 청구법인과 부품제조업체 간의 합의 등으로 클레임 인정에 관한 합의가 이루어진 때, 그 실현의 가능성 및 부담 금액이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되므로 청구법인이 선지급한 판매보증비의 손금산입시기 또한 부품 제조업체와의 정산이 확정된 시점이 되어야 한다.

(2) 청구법인은 판매보증비를 선지급하였다가 추후 정산을 통해 지급의무 확정을 일련의 거래로 반영하여 회계처리하고 있는데도 세무상 손익귀속시기에 관하여는 그와 상반된 주장을 하고 있어 이는 세법상 기업회계존중의 원칙에도 반한다.

(가) 청구법인은 해외 판매처에 판매보증비를 지급한 시점 또는 국내 직접 차량수리비가 발생한 시점에 판매보증비로 계상하였다가 이후 부품제조업체로부터 분담금 수취금액이 확정되는 때에 당초 계상한 판매보증비에서 차감하는 형식으로 회계처리하고 있다.

(나) 위와 같은 청구법인의 보증수리비에 대한 일련의 회계처리는 판매보증비 지급과 분담금 수취 거래가 자동차 판매시 수반되는 보증서비스 제공거래를 원인으로 발생된 하나의 거래임을 회계상으로도 반영하고 있는 것이다.

(다) 또한 청구법인은 한국채택국제회계기준에 따라 판매한 제품과 관련하여 보증수리 기간 내의 부품수리 및 제품하자로 인한 사고 보상 등을 위하여 지출이 예상되는 추정금액을 판매보증충당부채로 설정하고 있는데, 이 때 예상되는 보증수리비용 중 청구법인이 아닌 제3자가 변제할 것이 거의 확실하고 그 금액을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 금액을 청구법인의 보증수리비 지출예상액에서 직접 조정하는 형태로 반영하여 충당부채를 설정하고 있고, 위와 같은 회계처리 또한 청구법인의 종국적인 보증수리비 지급의무는 부품제조업체와의 단기간내 정산이 예정되어 있어 이를 합리적으로 반영하여 산정하여야 하는 일련의 거래과정임을 보여주는 것이라고 할 수 있다.

(라) 더욱이 청구법인이 한국채택국제회계기준에 따라 판매보증비에 관하여 설정하고 있는 판매보증충당부채의 경우「법인세법」상 인정되는 부채항목에 해당하지 아니하여 충당부채 설정시 손금부인 되고 추후 사업연도에서의 보증수리비 발생에 따라 충당부채 사용액이 손금으로 추인되는 형식으로 세무조정이 이루어지고 있다.

(마) 청구법인 주장대로 선지급한 수리비용 총액을 손금으로 인식하고 정산을 통해 청구법인의 비용이 아닌 것으로 판명된 금액을 추후 익금으로 인식하게 되면 회계상 충당부채 설정시에는 제3자가 지급의무를 부담하는 비용을 고려하여 청구법인이 종국적으로 부담하여야 할 예상 보증수리비 순액을 기준으로 산정하였음에도 불구하고 세법상으로는 총액을 기준으로 산정된 보증수리비용을 충당부채 사용액으로 손금 추인하게 되어 세무조정 유보소득 관리의 오류가 발생한다.

(3) 청구법인이 국세청으로부터 회신받은 예규OOO의 경우 서면질의 신청내용상의 사실관계에 따라 판단한 것이고, 회신문 후단에 “귀 질의의 경우 클레임비용의 지급의무 유무 및 보전금액의 적정 여부는 구체적인 정황을 고려하여 사실판단할 사항입니다.”라고 되어 있는데, 이 건의 경우 세무조사 과정에서 추가로 확인한 사실관계에 기초하여 보증수리비용의 손금 귀속시기를 판정한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 부담한 쟁점증축비용 중 쟁점부동산 공유지분 초과분 상당액을 특수관계회사들에 무상으로 제공한 것으로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점판매보증비 손금귀속시기를 부품 제조업체들로부터 수취할 분담금이 확정되는 시기로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

＜쟁점증축건물 관련 매입세액 공제 및 감가상각비 관련＞

(1) 부가가치세법

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제60조【매입세액의 범위】④ 법 제17조 제2항 제3호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는

「소득세법 시행령」 제78조

또는

「법인세법 시행령」제48조

, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 따른다.

(3) 법인세법

제23조【감가상각비의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 "감가상각자산"이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령

제24조【감가상각자산의 범위】③ 감가상각자산은 다음 각 호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 사업에 사용하지 아니하는 것

제48조【공동경비의 손금불산입】① 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

가. 비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(후단 생략)

(4) 법인세법 시행규칙

제25조【매출액의 범위 등】② 영 제48조 제1항 제2호 가목 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 손비"와 "기획재정부령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 구분에 의한 손비와 기준을 말한다.

1. 공동행사비 등 참석인원의 수에 비례하여 지출되는 손비 : 참석인원비율

2. 공동구매비 등 구매금액에 비례하여 지출되는 손비 : 구매금액비율

＜쟁점판매보증비 손익귀속시기 관련＞

(1) 법인세법

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제71조【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】⑦ 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)ㆍ「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제36조【기타 손익의 귀속사업연도】영 제71조 제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 이 건 증축 이전 공동소유사가 쟁점부동산을 취득하여 쟁점증축건물을 증축하게 된 경위는 다음과 같다.

1) OOO자동차그룹의 계열사인 공동소유사는 2008년경 공유토지인 쟁점토지상에 쟁점건물 건축(신축)허가를 받아 착공하였고, 2008년 11월경 ＜표1＞(증축 이전)과 같이 공유지분 비율을 정하면서 연구시설은 공동소유사별로 단독 점유.사용하되, 나머지 부분은 지분율에 따라 공유하기로 하는 내용을 포함한 구분소유 합의(이하 “1차 합의”라 한다)를 하였으며, 그에 따라 사용부분에 대한 신축비용을 부담하였다.

2) 공동소유사는 2010.9.27. 쟁점건물에 대한 사용승인을 받아 1차 합의 내용대로 쟁점건물을 사용하여 왔다.

3) 공동소유사는 2012.8.20. 증축허가를 받았고, 증축사 중 청구법인은 쟁점증축건물 중 1층 일부 및 17～22층을, OOO는 16층을 각각 단독으로 사용하기로 하여 2012.8.24. 증축공사를 발주하였고, 증축사는 해당 사용부분에 대한 쟁점증축비용을 각각 부담하였다.

4) 쟁점증축건물은 2013.11.5. 사용승인되었고, 증축사는 당초 약정대로 쟁점증축건물을 사용해 오고 있으며, 2016년 5월경 공동소유사는 ＜표1＞(증축 이후)와 같이 공유지분 비율을 정하고, 쟁점증축건물은 증축사가 단독 점유 및 사용하기로 하는 내용의 ‘구분소유 합의서’를 작성하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

OOO

5) 쟁점건물 및 쟁점증축건물의 경우 소유권보존등기가 마쳐져 있지는 아니하고, 일반건축물대장에 일반건물로 등재되어 있는데 이용현황은 아래 ＜표4＞와 같고, 공동소유사가 ＜표1＞(증축 이후)와 같이 공유지분 변경을 신청하여 건축물대장에 등재되었다가 OOO시장은 ＜표1＞(증축 이전)대로 직권 정정하였다.

OOO

(나) 증축사는 2013년 11월 증축 이후 실제 사용면적 비율에 따라 증축사 소유로 보아 취득세 등을 신고.납부하였으나, OOO시장은 직권으로 공동소유사가 증축 전 공유 지분비율대로 쟁점증축건물을 공유하는 것으로 정정하여 증축면적에 대한 취득세를 안분하여 공동소유사에게 쟁점지방세과세처분을 하였는데, 공동소유사가 이에 불복하여 제기한 행정소송은 1.2심(공동소유사 패소)을 거쳐 현재 대법원OOO에 계류 중으로 2심 판결OOO의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2013사업연도에 부담한 쟁점증축비용 중 기존 공유지분 비율을 초과한 부분(이하 “쟁점증축분”이라 한다)을 계열사들(증축사 외의 공동소유사)에게 무상으로 공급한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과처분하고, 관련 감가상각비를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이나,

쟁점증축분이「부가가치세법」및「법인세법」상 무상으로 공급되어 계열사가 수증한 자산에 해당하는지 여부는 조세법상 기본원칙인 경제적 실질과세와 법률적 권리확정주의에 따라, 해당 자산을 실질ㆍ법률적으로 소유하였는지 여부와 그 자산에서 발생하는 수익 등 경제적 효익이 누구에게 귀속되었는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바OOO, 이 건 심리진행 중인 현재까지도 쟁점지방세처분에 대한 다툼이 진행 중인 점을 고려할 때, 쟁점증축분에 대한 청구법인과 계열사 간의 법률적ㆍ경제적 권리관계가 최종적으로 확정되었다고 보기 어려운 점,

설령, 쟁점지방세처분이 정당했다 하더라도,「지방세법」과「법인세법」은 과세대상 및 요건이 다른 독립된 법률이므로,「지방세법」상 취득이라 하여 반드시「법인세법」상 취득이 되는 것은 아니고, 이는 쟁점증축분은 당초 증축사가 자신의 필요에 따라 스스로의 부담으로 자본적 지출(증축)한 것임에도, 기존건물의 등기형식상 제약으로 취득세가 부과되었다는 점과 관련 지방세 행정소송 1심판결에서 취득세 부과는 정당하다면서도 취득세 과세대상인 “취득”을 경제적 관점에서 당사자들의 소유의사와 일치할 것은 아니라고 판시하고 있는 점에서 확인된다 할 것이고, 또한 쟁점증축분은 증축된 2013년도부터 이 건 심리 중인 2020년까지 약 7년 이상의 기간 동안 증축사의 자산으로 관리운용 및 회계처리되었음은 물론, 실제로도 증축사만 사용ㆍ수익해 왔다는 점 등에 비추어「부가가치세법」상 청구법인이 쟁점증축분을 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 계열사에게 무상으로 공급하고, 이 때에「법인세법」상 계열사가 무상으로 취득한 것으로 보기는 어렵다 할 것OOO인 점,

또한 청구법인이 당초 자신이 직접 취득할 목적으로 쟁점증축분에 해당하는 건물을 증축하고 그 비용을 부담하였으며, 이를 계열사에게 증여할 의도가 없었음이 확인(증축분은 증축사가 원시 취득으로 신고하고 자산으로 계상)된 이상, 계열사가 법원의 판결에 의하여 쟁점증축분에 상당하는 건물을 취득하게 될 경우 그와 동시에 해당 증축비와 관련한 상환 또는 보상의무도 함께 내재되어 있는 상태로 봄이 상당(관련 지방세 행정소송 1심판결에서도 취득세 부과로 인한 불이익한 결과는 이후 공동소유사들간 합의로 해결하라고 판시)한바, 청구법인과 계열사 간에 쟁점증축분에 상당하는 건물을 2013년 중 무상으로 공급하고 이를 수증한 것으로 보는 것은 타당하지 아니하다 할 것이며, 그러한 것으로 볼 만한 별다른 정황도 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 2013년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점증축분을 계열사에게 무상으로 이전한 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다OOO

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인과 부품 제조업체 간의 분담금 청구 관련 정산 기간은 판매보증비 지출시부터 통상 1개월 이상이 소요되는데, 2013～2017년 기간 동안 매년 12월 중 지급한 쟁점판매보증비의 구체적 발생내역은 아래 ＜표5＞와 같다.

OOO

(나) 청구법인이 국내외 판매한 차량에 결함이 발생하여 국내외 최종소비자가 클레임을 청구한 경우 업무처리 절차는 다음과 같다.

1) (차량 하자에 대한 클레임 비용의 발생) 청구법인이 차량 판매시 최종 소비자에게 교부한 보증서에 명시되어 있는 보증기간, 보증 주행거리 등 보증조건을 충족하는지 여부를 검토하여 해당 하자를 보수하기 위한 부품비와 공임 등의 클레임 비용을 직접 부담하여 해당 결함을 보수하고 있고, 클레임비용을 판매보증비로 회계처리하여 지출 시점에 손금으로 처리하고 있다.

2) (과실 귀책 조사.분석) 청구법인은 클레임 비용을 직접 부담한 후, 이와 관련하여 어떤 부품에서 문제가 발생하였는지, 해당 부품 제조업체의 과실이 존재하는지, 과실이 존재할 경우 부품 제조업체와 청구법인이 어느 정도의 비율로 분담하여야 하는지에 대하여 조사·분석한다.

3) 청구법인은 이와 같이 부품별·업체별로 사정 작업을 실시한 후 부품 제조업체의 과실이 존재한다고 판단되면 청구법인과 부품 제조업체 사이에 체결된 ‘클레임 보상협정서’에 근거하여 분담금액을 부품 제조업체에 통보하는데 동 협정서의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

4) ‘클레임 보상협정서’에 따라 청구법인의 분담금액 통보 후 부품 제조업체는 일정기간 이의를 제기할 수 있고, 부품 제조업체의 이의제기가 없으면 청구법인은 부품 제조업체에 분담금액에 대한 청구서를 발송하고 부품 제조업체는 이를 청구법인에 지급한다.

(다) 처분청은 쟁점판매보증비는 부품 제조업체로부터 분담금으로 수취할 금액이 확정되는 시기에 해당 분담금과 차감한 가액을 보증수리비로 손금산입하여야 한다는 의견을 제시하며, 그 근거로 실제 청구법인이 보증수리비의 대부분을 부품 제조업체 귀책에 따른 분담금으로 수취하고 있는데, 청구법인과 부품 제조업체의 보증수리비 분담비율은 다음과 같다.

OOO

(라) 청구법인이 2017.10.31. 국세청에 쟁점판매보증비와 부품 제조업체로부터 수취하는 분담금의 손익귀속시기에 대해 질의한 데 대해 국세청이 회신한 공문OOO의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점판매보증비의 손금귀속시기는 부품 제조업체로부터 수취할 분담금이 확정된 날로 보아야 한다는 의견이나,

「법인세법」제40조

제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있는바,

쟁점판매보증비는 청구법인이 소비자와 체결한 차량 판매계약에 따라 교부한 보증서의 보증요건을 충족하는 하자가 발생하는 경우 지급할 의무가 발생하고, 부품제조업체들로부터 수취할 분담금은 쟁점판매보증비 지출의 원인이 된 하자에 대한 조사.분석 결과 부품 제조업체 귀책으로 인정되는 경우 청구법인이 이를 수취할 권리가 발생하게 되는데, 쟁점판매보증비 지출이 있게 되면 부품 제조업체들로부터 분담금을 수취할 권리의 발생이 필연적으로 수반되는 등 밀접한 관련성이 있더라도 그 지급의무와 지급받을 권리는 청구법인이 소비자 또는 부품 제조업체들과 체결한 별도의 독립된 계약에 따른 것이라서 그 의무와 권리가 각각 확정되는 시점에 각각 손금 또는 익금 항목으로 별도 장부에 계상하는 것이 세법상 권리의무확정주의에 부합하는 것으로 보이는 점,「법인세법」상 청구법인이 소비자와 체결한 판매계약에 따른 보증요건에 충족하는 하자가 발생하여 그 지급의무가 확정되었음에도 별도 계약에 따라 부품 제조업체들로부터 수취할 분담금의 권리가 확정될 때까지 그 손금귀속시기를 이연하여 인식할 수 있는 명문규정이 없는 것으로 보이는 점, 처분청이 제시한 쟁점판매보증비 및 부품 제조업체 분담금의 손익귀속시기 적용은 청구법인이 판매한 차량의 하자라는 사건으로 인해 청구법인에 귀속되는 의무와 권리에 대한 각각의 재무적 가치를 상계하여 그 순금액을 사후적으로 장부에 반영하게 되어 발생주의와도 부합하지 않는 것으로 보이는 점, 청구법인은 당초부터 쟁점판매보증비 및 부품 제조업체 분담금의 손익귀속시기를 일관된 방법에 따라 적용해 오고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점판매보증비의 손금귀속시기를 부품 제조업체 분담금이 확정된 날로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.