조심 2015전0846 (2016.03.16)

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 2008년에 국고보조금으로 지출한 자본적 지출액 OOO원의 일시상각충당금 설정과 관련한 2008사업연도 법인세에 대한 심판청구를 각하한다.

2. OOO세무서장이 2014.4.11. 청구법인에게 한 2009～2012사업연도 법인세 4건 합계 OOO의 각 부과처분 및 환급결정은

가. OOO 9블록건설사업 및OOO의 공사진행률 재계산과 관련한 사업연도별 공사비용OOO을 손금산입(△항목은 익금산입)하고,

나. 2009년에 국고보조금으로 지출한 자본적 지출액 OOO원은 2009사업연도에 일시상각충당금을 설정하여 이를 손금산입(일시상각충당금은 「법인세법 시행령」제64조 제4항 제1호에 따라 2010사업연도 이후 사업연도의 해당 자산의 감가상각비와 상계)하며,

다. 2009.2010사업연도에 과소납부한 법인세액 중 2011.2012사업연도 법인세 환급액으로 충당된 세액과 관련한 납부불성실가산세 적용시 그 미납부일수를 과소납부한 세액이 이후 사업연도의 환급액에 순차적으로 충당된 사업연도의 법인세 납부일까지 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 「지방공기업법」과 OOO도시공사 설치조례에 의하여 설립된 지방공사로서 지역내 개발사업, 영구 임대주택의 운영 등의 사업을 영위하고 있다.

나. OOO국세청장은 2014년 1월 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여

(1) 청구법인이 OOO 9블록 소재 OOO 아파트 신축.분양사업(이하 “9블록건설사업”이라 한다) 및 OOO종합물류단지조성.분양사업(이하 “OOO물류단지사업”이라 한다)과 관련하여 총공사예정원가 중 간접비(현장 관리감독 업무를 하는 청구법인 소속 직원의 인건비, 복리후생비, 기타관리비가 대부분을 차지)를 사업초기에 과다 추정하여 공사진행률을 초기에 낮게 계산함으로써 수입금액을 지연 인식하였으므로 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 실제 투입된 간접비를 적용하여 해당 사업연도 소득금액 계산시 익금산입하여야 하고,

OOO

(2) 청구법인이 공공임대주택의 시설교체비로서 수선비로 계상한 OOO원은 자본적 지출액에 해당하므로 아래 ＜표2＞와 같이 손금불산입하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.

OOO

다. 처분청은 이에 따라 2014.4.11. 청구법인에게 2009～2012사업연도 법인세 4건 합계 OOO을 각 경정.고지(2008사업연도 제외)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 총공사예정원가에 포함되는 간접비를 초기에 과다하게 산입하였다고 보아 법인세를 과세하였으나 다음과 같이 과세처분은 잘못이다.

(가) 청구법인의 사업 중 택지개발사업과 주택건설사업은 예약매출에 해당되어 공사진행기준에 의해 수익을 인식하고 있고, 공사진행기준에 의해 수익을 인식하기 위해서는 공사결과를 신뢰성 있게 추정할 수 있을 때이며, 당기 공사수익은 공사계약금액에 사업연도말일 현재의 공사진행률을 적용하여 인식한 누적공사수익에서 전기말까지 계상한 누적공사수익을 차감하여 산출하고, 공사진행률은 실제공사비 발생액을 토지의 취득원가와 자본화대상 금융비용 등을 제외한 총공사예정원가로 나눈 비율로 계산함을 원칙으로 하였다.

(나) 처분청이 지적한 9블록건설사업과 OOO물류단지사업의 총공사예정원가의 변동현황은 아래 ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같다.

OOO

(다) 9블록건설사업의 경우 위 ＜표3＞과 같이 청구법인이 추정한 총공사예정원가는 OOO원이었고, 최종 발생원가는 OOO원으로 최초 추정액 대비 OOO원이 증가되었는바, 이러한 결과는 청구법인이 사업초기에 공사원가를 과소 추정한 것이 되므로 과세처분과는 정반대로 나타난다.

(라) 9블록건설사업의 경우 공사원가 중 직접비와 간접비는 상호 연동되어 있어 직접비가 늘어나면 간접비가 줄어들기 때문에 총예정원가의 과다.과소추정 여부는 총공사예정원가를 기준으로 판단하여야 할 것이나, 처분청은 간접비에 국한하여 사후적으로 발생한 간접비가 당초 추정치보다 적다는 이유만으로 최초의 총공사예정원가가 과다 추정되었다고 보았으므로 이는 불합리하다.

(마) 청구법인은 매년 합리적인 방법으로 추정하여 총공사예정원가를 증액 변동하였음에도, 처분청이 사후적으로 나타난 금액을 기준으로 과다 추정으로 보는 것은 「법인세법 시행령」제69조에 의한 작업진행률에 의한 수익의 인식 자체를 부인하는 것이다.

(바) 처분청이 주장하는 9블록건설사업의 간접비 과다 추정금액 OOO원은 총공사예정원가 OOO원의 3.42%에 불과하고, OOO물류단지사업의 간접비 과다 추정금액 OOO원은 총공사예정원가 OOO원의 7.59%에 불과하여 그 비율이 미미하므로 청구법인의 진행률 적용은 합리적이다.

(사) 청구법인은 지방공기업으로서 매년 행정자치부의 경영평가를 받는 법인이므로 당기순이익을 많이 발생시켜 더 좋은 평가를 받고자 노력하고 있고, 공사예정원가를 과다 추정하여 공사진행률을 낮춤으로써 의도적으로 순이익을 낮게 조정할 의도가 없다.

(2) 설령, 사업초기에 간접비를 과다 추정한 것으로 볼 경우에도 처분청은 공사진행률을 재계산하면서 경정한 공사원가 증가분(아래 ＜표5＞)을 반영하지 아니하였으므로 이를 추가로 손금산입하여야 한다.

OOO

(3) 청구법인이 지출한 수선비와 관련하여 2009사업연도에 지출한 OOO원 중 OOO원은 국고보조금으로 지출한 것으로서 「법인세법 시행령」제64조에 의해 일시상각충당금을 설정하여 손금산입하여야 한다.

「국세기본법」제45조에서 “세무조정과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 불완전한 신고를 한 경우”에 수정신고를 할 수 있도록 변경되었고, 위임을 받은 같은 법 시행령 제25조 제2항에서는 “국고보조금, 공사부담금 등을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 경우”를 규정하고 있으므로 일시상각충당금 설정대상으로 보아야 한다.

(4) 청구법인이 2008사업연도에 지출한 수선비 OOO원 중 국고보조금으로 사용한 OOO원도 위와 같이 일시상각충당금을 설정하여 손금산입하여야 한다.

(5) 처분청은 납부불성실가산세 적용시 해당 사업연도 신고기한부터 고지예정일까지의 기간을 미납부일수로 보았으나, 이 건은 청구법인의 수익의 인식시기 차이에 따라 추가 납부세액이 이전 사업연도로 조정된 것이므로 실질적으로 세액이 납부된 날까지를 미납부일수로 계산하여야 한다.

「국세기본법」 제47조의5 제1항에 의하면 납부불성실가산세를 적용함에 있어 미납일수에 대하여 “납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간”이라고 규정하고 있으므로 자진납부일의 의미를 실제 납부한 날로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 사업초기에 총공사예정원가 중 간접비를 다음과 같이 과다 추정하여 공사진행률을 낮게 적용하였으므로 관련 과세처분은 잘못이 없다.

(가) 청구법인은 합리적으로 추정한 총공사예정원가를 과세관청 임의로 불합리하다고 보는 것은 조세법률주의에 위배된다고 주장하나, 청구법인은 간접비 추정과 관련하여 체계적이고 일관성 있는 근거를 제시하지 못하고 있다.

1) 처분청은 조사과정 중 공사예정원가 항목 중 간접비를 초기에 지나치게 많이 추정하였다가 공사완료시점에 대폭 감소시킨 사실을 확인하고, 간접비 추정과 관련한 근거를 요구하였으나 청구법인은 최종 실제 발생원가 내역 외에 명확한 근거를 제시하지 못하였다.

2) 간접비는 현장 관리감독 업무를 하는 법인소속 직원의 인건비, 복리후생비, 기타관리비가 대부분을 차지하고 있어 투입 직원의 인원수에 큰 변동이 없는 한 어느 정도 합리적인 추정이 가능하고, 최초 추정에 오류가 있더라도 이후 사업연도부터는 실제 발생 간접비의 변동 상황을 반영한 합리적 원가추정이 가능함에도 간접비 발생내역이 아닌 총공사예정금액에 일정률을 적용하는 방식으로 간접비를 추정한 후 이를 공사 종료시까지 계속 유지하여 추정의 체계성 및 합리성을 상실하였다.

3) 또한, 청구법인은 간접비가 시설비와 밀접하게 연계.변동됨을 주장하고 있으나, 시설비는 전액 건설업체의 하도급으로 진행하는 직접 공사비로서 상가 및 발코니 공정이 추가됨에 따른 소폭의 변동 이외에는 공사시작부터 완공시점까지 공사비 규모가 일정하고, 현장관리직원 인건비 등으로 구성된 간접비와는 직접적 연계성이 없어 간접비 변동사유가 명확히 확인되지 아니하므로 시설비 증가의 영향으로 간접비가 대폭 감소하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 부족하다.

4) 청구법인은 총공사예정원가에서 간접비 과다추정 금액이 차지하는 비율이 미미하다고 주장하나, 공사진행률 계산의 기초비용인 시설비.간접비 기준 점유율과 그에 근거한 수입금액의 지연 인식금액은 결코 적은 금액이 아니다. 또한, 공사완공 시점의 실제 간접비와 최초 추정한 간접비의 비율을 보면 9블록건설사업 424%, OOO물류단지사업 441%로서 시설비 외 기타비용과 비교해도 과다하다.

5) 따라서, 청구법인이 합리적이고 객관적인 사업연도별 간접비 추정근거를 제시하지 못하고 있으므로, 최종 투입된 실제 비용을 기준으로 그에 맞는 수익을 산출한 처분청의 당초 처분은 수익.비용 대응의 원칙에 부합하는 합리적인 결정이다.

(나) 청구법인은 지방공기업으로서 사업수행에 있어 예산을 초과하여 공사를 진행하는 경우에는 그 사유를 감독부서에 소명해야 하는 등 추가예산 확보에 어려움이 있으나, 예산 범위 내에서 사업비용을 절감하는 경우 예산 절감노력에 대한 성과평가를 좋게 받을 수 있어 통상적으로 사업초기비용(예상원가)을 과다 산정하는 경향이 있고, 이는 대체로 공개입찰에 의한 시설비(도급공사비)가 아닌 법인이 직접 통제 가능한 간접비를 통하여 이루어지는 것으로 조사된 사실이 있다. 따라서 지방공기업 평가대상으로서 공사진행률의 임의적용을 통해 당기순이익을 조정할 이유가 없다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

(2) 공사진행률 재계산에 따른 사업연도별 수입금액 조정시 관련 비용인 토지보상금, 모델하우스비용, 금융비용 등은 원가에 반영될 사항이나 조사당시 손금산입에서 누락되었다.

(3) 청구법인이 주장하는 자본적 지출액(국고보조금으로 지출)의 일시상각충당금 설정은 결산서에 의하여 장부기장한 경우에만 허용되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(가) 청구법인이 2009사업연도에 노후 공공임대시설 개선사업과 관련하여 국고보조금을 교부받아 이 중 OOO원)을 수선비로 지출하였고, 이 금액이 당초 처분청이 자본적 지출액으로 손금불산입한 OOO원에 포함된 사실이 확인되나, 청구법인은 이 금액을 결산조정하지 아니하였다.

(나) 설령, 국고보조금으로 지출된 자본적 지출액이 일시상각충당금으로 손금에 산입될 경우에도 이미 손금에 산입한 감가상각비는 이후 사업연도에 익금산입하여야 한다.

(4) 2008사업연도에 청구법인이 「한마음아파트 주거환경개선사업비」에 국고보조금 OOO원을 사용하였음이 확인되나, 위 (3)과 같이 일시상각충당금을 결산서에 계상한 경우로 한정되고, 또한 2008사업연도분의 경우 부과제척기간이 경과하였으므로 청구구장은 이유 없다.

(5) 2009.2010사업연도 법인세 추가 납부세액에 충당한 2011.2012 사업연도의 법인세 환급액은 청구법인의 법인세 신고기한 내 자진신고에 의해 발생한 것이 아니라 처분청의 경정에 따른 것으로서, 2009.2010사업연도의 추가 납부할 법인세액과 관련하여 당초 납부기한의 다음날부터 납세고지일까지의 기간을 미납부일수로 계산하여 납부불성실가산세를 적용한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인이 총공사예정원가 중 간접비를 과다 추정하여 공사진행률을 초기에 낮게 산정함으로써 수입금액을 지연 인식하였는지 여부

(2) 공사진행률 재계산시 손금산입이 누락된 당기 공사원가의 추인

(3) 2009사업연도에 국고보조금으로 지출한 자본적 지출액 OOO원이 일시상각충당금 설정대상인지 여부

(4) 과세기간이 다른 국세에 대한 심판청구(2008사업연도에 국고보조금으로 지출한 자본적 지출액 OOO원 관련)를 추가할 수 있는지 여부

(5) 납부불성실가산세 적용시 미납부일수의 계산

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①.②에 대하여 살펴본다.

(가) OOO국세청장의 이 건 조사시 청구법인이 작성한 확인서(2014.1.10.)에 의하면, 청구법인은 9블록건설사업과 OOO종합물류단지사업과 관련하여 예산금액의 범위를 초과하지 않고 예산범위 내에서 공사를 진행하여 완공하는 것이 예산을 초과하여 사업을 진행하는 것보다 상대적으로 업무수행 및 평가에 유리하기에 총공사예정원가 중 간접비를 추정함에 있어 실투입된 비용보다 과다하게 추정한 사실을 시인한 것으로 나타나고, 확인서에 첨부된 현장별 간접비 실투입액 및 예정금액 추정내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

OOO

(나) 청구법인이 과다 추정한 것으로 되어 있는 간접비는 공사현장 관리감독 업무를 하는 청구법인 소속 직원의 인건비, 복리후생비, 기타관리비가 대부분이고, 청구법인은 총공사예정원가의 6%를 일률적으로 간접비로서 추정한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(다) 처분청은 간접비 추정과 관련하여 투입 직원의 인원수에 큰 변동이 없는 한 합리적인 추정이 가능하고, 최초 추정에 오류가 있더라도 이후 사업연도부터는 실제 발생 간접비의 변동 상황을 반영한 합리적 원가추정이 가능함에도 총공사예정금액에 일정률을 적용하는 방식으로 간접비를 추정하여 체계성 및 합리성을 상실하였으며, 청구법인이 합리적인 간접비 추정근거를 제시하지 못하고 있으므로 과세처분이 정당하다는 의견이다.

(라) 심리자료에 의해 확인되는 청구법인과 처분청의 공사진행률 계산내역은 아래 ＜표7＞과 같고, 이에 의하면 처분청은 청구법인이 추정한 간접비를 실제 투입된 금액으로 변경(9블록건설사업의 경우 추정액 OOO원으로, OOO물류단지사업의 경우 추정액 OOO원으로 변경)하여 공사진행률을 재계산하였고, 이에 따라 증가한 사업초기의 공사수익을 익금에 산입하였으며, 한편 처분청은 사업초기의 공사원가도 증가한 것으로 공사진행률을 재계산하였음에도 증가한 공사원가는 이를 손금산입하지 아니한 사실이 확인된다.

OOO

(마) 처분청의 공사진행률 재계산에 의한 사업연도별 익금 및 손금산입액을 요약하면 아래 ＜표8＞과 같다.

OOO

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구법인은 간접비를 과다 추정한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인은 실제로 발생할 것으로 예상되는 간접비가 아닌 총공사예정원가의 6%를 일률적으로 간접비로 추정하여 공사진행률을 계산한 점, 최초 사업연도 이후에는 간접비 추정액과 실제 발생액의 차이를 반영하여 이를 합리적으로 조정할 수 있었을 것으로 보임에도 계속하여 6%를 적용함으로써 사업종료 단계에서는 거액의 차이가 발생한 점, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것인바(조심 2014구4166, 2015.1.2., 같은 뜻임), 청구법인이 사업진행을 용이하게 하고 높은 경영평가를 받기 위하여 간접비를 과다 추정한 사실을 확인서를 통해 시인한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

쟁점②에 대하여 살펴보면, 처분청의 공사진행률 재계산내역에 의하여 사업초기의 공사원가가 청구법인이 당초 계산한 것보다 증가된 것으로 확인되고, 이와 관련하여 증가된 원가를 소득금액 계산시 반영하지 아니한 사실에 대하여 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없으므로 청구법인이 주장하는 위 ＜표8＞의 사업연도별 공사비용OOO을 손금산입(△항목은 익금산입)하여 과세처분을 경정하는 것이 타당하다 하겠다.

(2) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 조사과정에서 작성한 확인서 등에 의하면 청구법인은 영구주택 임대와 관련한 자본적 지출 성격의 비용을 수선유지비로 회계처리하여 즉시 비용으로 처리한 사실이 확인되고, 이에 처분청은 자본적 지출액으로 보아 2009사업연도 소득금액 계산시 손금불산입한 후 이후 사업연도에는 관련 감가상각비를 손금산입한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

OOO

(나) 청구법인은 2009년에 임대아파트의 가스보일러 교체, 급수배관 교체, 가스배관, 복도창호 제작, 승강기 교체, 외부환경개선 등을 위해 OOO원을 지출하였고 이는 자본적 지출액에 해당하나 수선유지비로 회계처리하였으며, 지출한 수선비 중 OOO원은 국고보조금을 지급받아 사용하였으므로 동 금액에 대하여는 이를 일시상각충당금을 설정하여 손금산입하여야 한다고 주장하고 있고, 청구법인과 처분청 사이에 수선유지비 및 국고보조금 수령 및 사용사실에 관한 다툼은 없다.

OOO

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 결산조정하지 아니한 자본적 지출액(국고보조금 지출분)에 대하여는 일시상각충당금을 설정할 수 없다는 의견이나,

고정자산은 원래 감가상각에 의하여 손금화되는 것이 원칙이나, 국고보조금에 대하여 일시상각충당금의 설정 및 손금산입을 허용하는 취지가 공익사업에 해당하는 국고보조금을 익금에 산입하여 일시에 과세하게 되면 그 보조금 중 일부를 세금으로 납부하게 되어 보조금 지급취지인 고정자산 등의 취득에 지장이 초래되므로 국고보조금을 수령한 사업연도에 법인세가 일시에 징수되는 것을 방지함과 동시에 추후 당해 고정자산 등에 대한 감가상각비와 상계처리함으로써 과세를 이연시키는 효과를 달성하려는데 있는 점,

「법인세법 시행령」 제98조 제2항에서 일시상각충당금을 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준 신고시 손금에 산입한 경우에는 그 금액을 손금에 산입한 것으로 보는 것으로 규정하고 있고, 이와 같이 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 일시상각충당금 등의 경우 이는 실제 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 일시상각충당금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 것으로 보이는 점(조심 2009부3431, 2011.11.21., 같은 뜻임),

「국세기본법」제45조 제1항은 세무조정과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 불완전한 신고를 한 경우에 수정신고를 할 수 있도록 규정하고 있고, 이와 관련하여 같은 법 시행령 제25조 제2항에서는 세무조정 과정에서 「법인세법」제36조 제1항에 따른 국고보조금을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 경우를 수정신고 사유에 포함하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 2009년에 국고보조금으로 지출한 자본적 지출액 3,265,184,359원은 2009사업연도에 일시상각충당금을 설정하여 이를 손금산입(일시상각충당금은 「법인세법 시행령」제64조 제4항 제1호에 따라 2010사업연도 이후 사업연도의 해당 자산의 감가상각비와 상계)하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 2008사업연도에 수선비로 계상된 OOO원을 자본적 지출액으로 보아 익금산입하고 관련 감가상각비를 이후 사업연도에 손금산입한 것으로 심리자료에 나타난다.

(나) 처분청은 2014.4.11. 청구법인에게 2009～2012사업연도 법인세를 고지한 사실이 등기우편 조회내역에 의해 확인되고, 청구법인은 2014.7.8. 이 건 심판청구를 제기하면서 2008사업연도에 대하여는 불복을 제기하지 아니하였다(심판청구 이유서에 2008사업연도의 법인세에 불복한다는 내용이 없고, 심판청구서 표지에도 “2009년도 외 OOO원”으로 기재되어 있다).

(다) 청구법인은 2015.11.27. 추가이유서를 제출하면서 2008년에 국고보조금을 받은 OOO원에 대하여 일시상각충당금을 설정(손금산입)하여 2008사업연도 법인세를 경정하여야 한다고 주장하였고, 처분청은 2008사업연도의 경우 경정청구기간 및 부과제척기간이 경과하여 과세표준 및 세액을 경정할 수 없다는 의견을 제시하였다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 본안심리 대상인지에 관하여 살펴보면, 「국세기본법」제26조의2 제1항의 규정에 의하여 국세의 부과제척기간이 만료되면 과세권자는 같은 조 제2항에 규정된 특례제척기간 적용대상이 아니면 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없는 것(대법원 2004.6.10. 선고 2003두1752 판결, 조심 2008중612, 2008.6.19., 같은 뜻임)인바, 2008사업연도 법인세의 경우 이미 부과제척기간이 경과하여 이 부분 심판청구는 부적법하다고 판단된다.

(4) 끝으로, 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 2009.2010사업연도에 미달납부된 법인세액과 관련하여 납부불성실가산세를 적용하면서 해당 사업연도의 납부기한 다음날(4.1.)부터 납세고지 당시(2014.4.3.)까지 기간을 미납부일수(2009사업연도 1,464일, 2010사업연도 1,099일)로 보아 아래 ＜표11＞과 같이 납부불성실가산세를 산정.부과한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

OOO

(나) 청구법인은 실질적으로 납부된 날까지만 미납부일수로 계산하여야 한다면서, 구체적으로는 2009사업연도 추징세액 OOO원 중 2011사업연도에 환급세액에 충당되는 OOO원은 미납부일수를 731일(2년)로 계산하고 나머지 OOO원은 2012사업연도 환급세액으로 충당되므로 1,096일(3년)로 계산하여야 하며,

2010사업연도 추징세액 OOO원 중 2012사업연도 환급세액 잔액 OOO과 충당되는 부분은 그 미납부일수를 731일(2년)로 계산하고, 나머지 추징세액 OOO원은 납세고지 당시까지 1,099일로 계산하여야 한다고 주장하는바 이에 따라 납부불성실가산세를 재계산하면 아래 ＜표12＞와 같다.

OOO

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」제47조의5 제1항에서 규정하고 있는 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 납부하지 아니한 상태에서 경과된 일수(즉 납부하였어야 할 날의 다음날부터 자진납부하는 날 또는 자진납부하지 아니하는 경우에는 고지일)를 곱하는 기간계산방식을 채택하고 있어 “자진납부”의 의미를 납부사실 그 자체로 보는 것이 타당한바(조심 2013서4812, 2014.11.14., 같은 뜻임), 2009.2010사업연도에 과소납부한 법인세액 중 2011.2012사업연도 법인세 환급액에 충당된 세액과 관련한 납부불성실가산세 적용시 그 미납부일수를 과소납부한 세액이 이후 사업연도의 환급액에 순차적으로 충당된 사업연도의 법인세 납부일까지로 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호～제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.