조심 2017서2747 (2018.08.16)

1. OOO세무서장이 2017.2.8., 2017.2.21. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO의 부과처분 중 이월결손금 공제 취소분 합계 OOO에 상응하는 납부불성실가산세에 대하여는 2016.4.7.부터 2017.2.15.까지(2011사업연도분은 2017.2.1.까지)의 기간은 미납기간에서 제외하여 세액을 경정하고, 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2001.12.27. 설립되어 OOO에서 도매업(전기용 기계장비 및 관련 기자재)을 영위하는 사업자로서 2011～2014사업연도 법인세를 신고하면서 이월결손금 합계 OOO 을 각각 공제하였다. 나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2016.1.20.～2016.3.26. 기간동안 청구법인에 대하여 조사를 실시한 결과 이월결손금 OOO을 추가하여 이월결손금 합계 OOO을 다음 <표1>과 같이 청구법인의 각 사업연도소득금액에서 공제하는 것으로 경정하였고, OOO 2016.10.31.～2016.11.27. 기간 동안 감사를 실시하여 청구법인이 기공제받은 이월결손금OOO이 피합병법인 OOO로부터 승계한 것으로 확인하고, OOO의 당초 법인세 신고내역을 조사한 결과 OOO는 2010사업연도 결손금 OOO을 제외한 나머지 결손금 OOO이 발생한 사실이 없음에도 청구법인이 합병과정에서 쟁점이월결손금을 기재하고 승계한 것을 확인하여 통보하자, 처분청은 2017.2.8., 2017.2.21. 청구법인에게 법인세 합계 OOO을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 일반적인 경우 국세부과의 제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고 결손금만의 신고 및 경정의 경우에도 확정력 및 처분성이 있는 것이므로 확정된 결손금은 부과제척기간이 경과한 후에는 이를 증액하거나 감액할 수 없다OOO 또한, 국세청의 유권해석에서도 손금에 대한 귀속시기를 잘못 적용함에 따라 결손금이 과다하게 계상된 경우에도 부과제척기간이 경과된 경우에는 당초 신고내용대로 그 결손금이 확정되는 것이라고 해석한바 있다OOO. 이 사건 부과처분이 있었던 2017년 2월경에는 2007사업연도～2008사업연도의 부과제척기간이 도과하였음에도 불구하고 쟁점이월결손금을 경정한 이 건 부과처분은 위법하다. (2) 이 건 부과처분 과정에서 처분청은 세무공무원의 질문, 자료제출 요구 등은 단순한 행정행위로 세무조사에 해당하지 않는다는 의견이나, 세무조사의 형식을 취하지 않더라도 질문조사권이 행사되었고 이를 통해 과세요건 사실을 조사 및 확인하고 과세정보를 수집하는 일련의 행위는 세무조사로 보아야 하고OOO, 감사관서가 감사권 행사의 일환으로 세무조사의 오류 및 시정을 위하여 거래상대방에게 부분적인 질문권을 행사한 것은 중복조사에 해당한다. 처분청은 세무조사에 해당한다고 하더라도 재조사를 할 수 있는 예외적인 사항인 “조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당한다는 주장이나, 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료의 범위와 관련하여 종전 세무조사에서 이미 조사한 자료는 포함되지 않는다OOO. 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료에는 종전에 조사의 대상이 되지 않았으나 이미 조사된 자료와 같은 내용을 담은 자료 및 과세관청이 법인 에 대한 조사권 행사로 조사 당시 손쉽게 취득할 수 있었던 자료도 포함된다. 그러므로, 1차 세무조사에서 처분청은 2011사업연도～2014사업연도의 이월결손금을 경정하여 부과처분을 하였는바, 납세자로서는 그 경정된 이월결손금의 원천이 되는 2007사업연도～2008사업연도 쟁점이월결손금의 검토가 있었을 것으로 예상함은 당연한 것이어서 중복조사를 법으로 금지하고 있는 취지에 위배되며, 쟁점이월결손금에 대한 자료는 종전 1차 세무조사에서 이미 조사된 것이므로 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료’에 해당하지 아니하고 만일 처분청이 1차 세무조사시 쟁점이월결손금에 대한 조사를 누락하였다고 하더라도 달리 볼 수 없다. (3) 청구법인은 부과된 가산세 전체 금액의 취소를 주장하는 것이 아니라, 1차 세무조사에서 조사청이 쟁점이월결손금 중 일부OOO를 추가로 공제하도록 경정한 후 이번 업무감사로 인하여 부인된 결손금OOO으로 인하여 부과된 가산세에 대하여 청구법인에게 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 주장이다. 선결정례OOO에 따르면 상속세 조사에 따른 결정 이후 감사청의 시정조치로 인한 과세처분시 증여세신고기한 이후부터 감사지적 당시까지의 기간에 대하여 납부불성실가산세를 적용한 것은 청구법인에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 되어 있다. 또한, 처분청이 현장확인조사를 통하여 청구법인이 신청한 매입세액을 환급하였다가 감사청의 감사지적을 통하여 환급결정을 부인한 후 가산세를 부과한 사안에 대하여 “처분청이 공제받지 못할 매입세액을 공제하여 환급신고한 청구법인에게 초과환급신고가산세를 부과하는 것은 잘못이 없다할 것이나, 처분청이 당초 청구법인의 환급신청에 대하여 쟁점세금계산서를 정당한 것으로 보아 환급한 점, 현지확인조사 당시 쟁점건물을 멸실하지 아니한 사정 등으로 인하여 당초 환급이 정당함을 재차 인정하였다가, 상부기관의 업무감사로 인하여 토지 관련 매입세액 등으로 보아 환급세액을 추징한 점 등에 비추어 청구법인은 환급과 관련한 귀책이 없어 보이고 이는 관련 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다.”고 결정하였다OOO 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 이월결손금이 발생한 2007사업연도～2008사업연도의 부과제척기간이 경과하였으므로 해당한 이월결손금이 확정되었고, 확정된 이월결손금을 부인할 수 없다는 주장이나, 청구법인의 법인세 신고내역 등에 따르면 2007사업연도～2008사업연도에 결손금이 발생한 사실이 없고, 청구법인이 2010.7.1. 합병한 OOO의 법인세 신고 및 경정에 따라 확정된 과세표준을 보면 2007사업연도～2008사업연도에 결손금이 발생한바 없으며, OOO가 2009.12.31. 합병한OOO의 법인세 신고 및 경정에 따른 확정된 과세표준을 살펴보더라도 해당기간에 발생한 결손금이 없는바, 결손금으로 발생한 사실이 없으므로 청구법인이 공제한 쟁점이월결손금은 발생하지 않은 결손금을 자본금과적립금조정명세서(갑)에 기재하여 합병시 승계한 후 법인세 신고시 소득금액에서 부당하게 공제한 것이다. 따라서, 부과제척기간이 경과하여 이월결손금이 확정되었다는 청구주장은 이유가 없고 오히려 동 과세시간의 부과제척기간이 경과하여 결손금이 발생하지 않은 과세표준이 확정된 것이므로 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. (2) 조사청은 처분청에 대한 종합감사시 청구법인의 법인세 신고내역을 검토한 결과 발생하지 않은 결손금을 이월하여 공제받은 사실이 발견되어 당초 신고서의 오류여부 및 청구법인 스스로 시정할 수 있는 기회(수정신고)를 부여하기 위하여 청구법인에게 해명안내문(이월결손금 적정여부)을 발송한 사실이 있다. 그러나, 청구법인은 당초 처분의 부당함만을 주장할 뿐 이월결손금의 정당성에 대하여는 해명한 사실이 없으므로 청구법인 및 피합병법인OOO의 법인세 신고(경정)내역을 근거로 하여 법인세를 부과한 것인바, 처분청의 해명요구를 세무조사로 보기는 어렵고 설령 중복조사로 본다고 하더라도 재조사할 수 있는 예외적인 사항을 규정한 「국세기본법」 제81조의4 제2항에 따라 “조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우” 또는 “2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우”에 해당하므로 이 건 처분은 정당하다. (3) 조사청은 조사를 실시하면서 쟁점이월결손금에 대한 조사를 누락하여 법인세 경정시 이월결손금 OOO을 공제함으로써 법인세를 과소부과한 것인바, 청구법인이 당초 발생하지도 않은 결손금을 승계·이월하여 각 사업연도 법인세 신고시 공제한 것이고 이에 대하여 처분청은 청구법인에게 법인세(납부불성실가산세)를 부과한 것이므로 이를 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 부과제척기간이 경과하였다는 청구주장의 당부 ② 이 건 부과처분이 중복조사에 따른 것인지 여부 ③ 처분청이 과세표준을 경정함에 따라 추가로 이월결손금을 공제받고 난 이후 동 이월결손금의 감액경정으로 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제26조의2[국세부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호 나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호 다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항(중략) 3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(중략) 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.(중략) 제81조의4[세무조사권 남용금지] ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 이전의 것) 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 (3) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 부칙 <제9267호, 2008.12.26> 제3조(이월결손금 공제에 관한 적용례) 제13조 제1호 및 제91조 제1항 제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) OOO가 2009사업연도의 법인세 신고시 제출한 “자본금과 적립금조정명세서(갑)”에 2007사업연도 OOO, 2008사업연도 OOO으로 하여 이월결손금을 기재한 것에 대하여는 다툼이 없다. (2) 조사청의 감사결과 처분내역(2017.6.14.) 등 처분청의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) OOO의 법인세 신고내역에 따른 2006사업연도∼2010사업연도의 과세표준내역은 다음의 <표2>와 같다. OOO (나) OOO에 2009.12.31. 흡수합병되어 해산한 OOO의 2009사업연도 “자본금과 적립금조정명세서(갑)”을 보면 이월결손금 발생사실이 없고 다음의 <표3>과 같이 “사업연도별 과세표준내역”에 따르면 2006사업연도∼2009사업연도에 결손금 발생사실이 없는 것으로 나타난다. OOO (3) 청구인이 제출한 청구이유서 및 증빙 등의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 세무조사 사전통지내역에 따르면 조사청은 2016.1.20.～2016.3.10. 기간동안 기존의 신고내용을 검토한 결과 소득금액 누락 등이 있는 것으로 분석되어 신고내용의 적정성 확인을 위하여 청구법인의 2013사업연도 법인제세에 대하여 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세, 주식변동조사)를 실시한 것임을 사전통지한 것으로 되어 있다. (나) 자료제출안내문(2016.11.14.)에 의하면 처분청은 2016.11.14. 조사청의 감사에 따라 청구법인의 신고내역 중 이월결손금OOO에 대하여 적정여부를 점검하기 위하여 OOO의 자본금과 적립금조정명세서(갑)표상의 일반결손금 발생액에 대하여 계상근거를 요청한 것으로 나타난다. (다) 자료제출 안내에 대한 소명서(2016.11.17.)를 보면 청구법인은 OOO의 자본금과 적립금조정명세서(갑)표에 계상된 2007사업연도～2008사업연도 결손금의 내역을 확인하고자 노력하였으나, 이는 청구법인이 OOO와 합병(2010.7.1.)하기 이전의 것으로서 자료보관연한(5년)이 경과하였고 2009년 및 2010년 합병 당시 근무하였던 담당자들의 퇴사로 인하여 확인이 어렵다는 내용으로 되어 있다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2007·2008사업연도에 쟁점결손금이 발생하였고 이 건 부과처분일 현재 부과제척기간(5년)이 경과하였으므로 쟁점이월결손금은 확정되었다고 주장하나, 법인세 신고내역에 따르면 OOO 등은 2007·2008사업연도에 결손금이 발생한 사실이 없는 것으로 나타나는 점, 청구법인은 동 사업연도에 실제 결손금이 발생하였다는 것에 대하여 증빙(업무기안내역, 합병검토보고서 등)을 제출하지 않은 점, 이 건 과세처분일 현재 2007·2008사업연도의 부과제척기간이 경과하였으므로 쟁점이월결손금은 발생하지 않은 상태로 확정되었다고 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 쟁점이월결손금이 실제 발생하였고 이 건 과세처분일 당시에는 이미 부과제척기간(5년)이 경과하였으므로 쟁점이월결손금을 경정하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 쟁점②를 보면, 청구법인은 비록 세무조사의 형식을 취하지 않더라도 질문조사권이 행사되었고 이를 통해 과세요건 사실을 조사 및 확인하고 과세정보를 수집하는 일련의 행위는 세무조사로 보아야 하므로 이미 세무조사가 있었음에도 감사로 인하여 세무조사의 오류를 확인하고 시정을 처리하는 과정에서 처분청(조사청)이 질문권 등을 행사한 것은 중복조사에 해당한다고 주장하나, 조사청의 감사처리내역 등에 따르면 조사청이 처분청을 감사하면서 청구법인의 법인세 신고내역을 검토한 결과 발생하지 않은 결손금을 이월하여 공제받은 사실을 확인되어 처분청이 해명안내문을 발송하였는바, 이는 단순한 행정처리에 불과하고 세무조사라고 보기 어려운 점, 처분청이 청구법인에게 해명안내문을 보내면서 질문 등의 세무조사의 일부로 볼 수 있는 행위를 하였다고 하더라도 이 건은 「국세기본법」 제81조의4 제2항에 따라 “조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우” 또는 “2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우”로서 중복조사금지의 예외규정에 해당하는 점 등에 비추어 감사지적에 따라 처분청이 청구법인에게 해명안내문을 보내서 쟁점이월결손금 오류내역을 확인하고 동 이월결손금을 경정하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 끝으로 쟁점③을 보면, 조사청이 세무조사를 실시할 당시 쟁점이월결손금에 대한 조사를 누락하여 법인세를 경정하면서 이월결손금 OOO을 추가하여 공제함으로써 법인세를 과소부과한 것이고 처분청은 청구법인이 당초 발생하지도 않은 결손금을 승계·이월하여 각 사업연도의 법인세를 신고할 당시에 이를 공제하였으므로 처분청은 동 이월결손금OOO을 경정하고 청구법인에게 법인세(납부불성실가산세)를 부과처분하였는바, 청구법인은 쟁점이월결손금 중 일부OOO에 대하여 2011사업연도∼2014사업연도에 법인세를 신고할 당시 이월결손금 공제를 적용하지 않은 점, 조사청이 세무조사를 실시하면서 쟁점이월결손금 중 동 금액OOO을 추가로 공제하여 과세표준을 경정한 후 업무감사에 따라 부인된 동 결손금으로 인하여 부과된 납부불성실가산세에 대하여는 청구법인에게 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 점OOO 등에 비추어 처분청이 쟁점이월결손금 중 조사청의 세무조사과정에서 이월결손금 공제를 추가로 적용받은 금액OOO에 대하여 세무조사에 따라 부과된 법인세 납세고지일의 다음날부터 이 건 법인세 납세고지일까지의 기간에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 , 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.