조심 2016부2381 (2016.12.26)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2001.11.16. 서울특별시 OOO에서 항공기 및 항공기 관련 부품 제조업을 영위하기 위해 설립된 법인으로, 본사를 2004.4.1. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점①사업장”이라 한다)을 거쳐 2006.3.15. 경기도 OOO(이하 “쟁점②사업장”이라 한다)으로 이전하였고, 2007.6.4.(이하 “지방이전일”이라 한다) 경상남도 OOO로 이전한 뒤, 지방이전일로부터 소급하여 3년 동안 쟁점①·②사업장에서 공장시설을 갖추고 항공기 부품 제조업을 영위하였다고 하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제63조의2에 의한 ‘공장의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면’을 적용하여 2008사업연도～2011사업연도 귀속 법인세 전액을, 2012사업연도～2013사업연도 귀속 법인세의 100분의 50을 감면받았다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016년 3월 법인세 감면의 적정성에 대한 현장확인을 실시하여, 청구법인이 쟁점①·②사업장에서 공장시설을 갖추고 영업을 한 것으로 볼 수 없고, 공장시설을 갖추었다 하더라도 수도권 과밀억제권역안에서 3년 이상 영위하였던 업종(장난감 제조업)은 폐업하고, 수도권 외 지역(경상남도 사천시)에서 사실상 창업하여 1년간 영위한 업종(항공기 부품 제조업)만 계속 영위하고 있다고 보아 ‘공장의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면’ 규정을 배제할 것을 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2016.3.16. 국세부과제척기간이 경과하지 아니한 2010사업연도～2013사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.6.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점① : 지방이전일 전 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하였고, 지방이전 전후 영위한 업종은 동일하다. (가) 공장시설을 갖추고 사업을 영위하였는지 여부 1) 청구법인은 항공기 및 항공기 부품 제조업을 영위하기 위하여 2001년 설립된 법인으로, 설립 직후 적은 규모이긴 하지만 항공기 부품 관련 매출을 일으켰으나, 2001년 말 9.11테러 및 항공 3사 합병 등의 여파로 신규 수주를 거의 하지 못하여 재정적인 어려움을 겪게 되었고, 사업을 계속 영위하기 위하여 2002년경부터 초소형 무인항공기 개발 및 상업화에 투자하게 되었다. 이러한 개발활동의 결과 <표1>과 같이 2004년부터 약 3년 간 쟁점①·②사업장에서 조립작업장과 연구개발실을 두고 제품을 개발하거나 제작·조립할 수 있었다. <표1> 지방이전일 전 3년간 공장 및 업무현황 청구법인이 개발한 제품 OOO’와 OOO는 군용 무인항공기 제조기술을 응용한 제품으로서 높은 기술력을 인정받아 특허청으로부터 다수의 특허를 받았고, 이에 청구법인은 해당 제품을 해외로 수출하거나 대학교재로 판매하기도 하였다. 2006년 경기가 호전되자 청구법인은 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 항공기 부품 제조업무를 수주받아 보잉 787 항공기 날개부품을 생산하여 납품하게 되었고, 이후 수주량이 증가하여 2007.6.4. 본사 및 공장시설을 수도권 외의 지역인 경상남도 사천시로 이전한 후, 항공기 부품 제조업을 본격적으로 영위하기 위해 모형항공기 제조를 중단하였다. 2) 조세심판원의 선결정례(조심 2010.3.11. 2009서2805)에서는 수도권내의 지역에서 면적 약 48.6㎡인 오피스텔 2채에서 공장등록을 하지 않은 상태로 조판, 편집, 교정까지만 하였을 뿐 제조공정의 대부분인 인쇄와 제본은 외주가공의 방법으로 출판업을 영위한 사안에 대하여 수도권 내에서 공장시설을 갖추고 영업활동을 한 경우에 해당한다고 결정하였는바, 조특법 제63조의2 의 공장의 존재여부와 관련하여 공장의 등록여부는 문제가 되지 않는 것이고, 제조공정의 대부분을 외주가공 형태로 하는 경우에도 공장시설을 갖추었다고 할 수 있다. OOO’의 경우 제조를 위해 가장 중요한 업무인 개발 및 설계를 쟁점사업장에서 수행하고, 단순히 설계대로 제조하는 것만 외부위탁하여 생산한 것이므로 선결정례에 비추어 공장시설을 갖추고 영업을 한 것에 해당한다. 3) 청구법인은 쟁점①·②사업장에서 OOO’ 제품생산 외에도 OOO 제품을 수작업으로 가공 및 조립하였는데, OOO’가 전세계 아동 및 청소년들의 완구제품으로 기획되었던 제품인데 반해, OOO는 국내 연구기관의 교재용 제품으로 기획되었던 제품으로, 청구법인이 갖추고 있는 시설과 노동력만으로도 수요(2005년 제작한 제품은 대략 5,500대 정도임)를 충분히 감당할 수 있었기 때문에 쟁점①·②사업장에서 4～6명의 종업원들이 배터리, 모터, 프로펠러 등 원재료를 매입한 후, 수공구를 이용하여 부품을 가공, 조립하는 방식으로 직접 제작하였다. 또한, 청구법인은 쟁점①·②사업장에서 오늘날 드론에 견줄만한 원격조정 모형항공기 시제품의 형상을 개발, 시험비행을 실시하여 시판 가능한 제품으로 개선해 나가기 위한 개발활동을 행하였다. 따라서, 청구법인은 쟁점①·②사업장에서 공정에 필요한 인적·물적설비를 갖추고 제품 개발뿐만 아니라 직접 제조도 하였으므로 공장시설을 갖추지 않은 것을 전제하여 감면을 배제한 이 건 처분은 위법하다. (나) 지방이전 전후 동일한 업종을 영위하였는지 여부 처분청은 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 청구법인이 영위한 업종을 장난감 제조업으로 보고 있으나, 청구법인이 만든 모형항공기는 단순한 장난감이 아니라 오늘날 드론과 같은 정도의 기술력을 갖춘 무인항공기로, 비행원리는 실물 비행기와 동일하고, 실물 비행기 제조법을 토대로 모형항공기를 제작하였으며, 무수한 시험비행과 테스트를 거쳐 완성한 것이다. 실제 청구법인은 2002년～2003년 경 무인항공기에 대한 많은 특허를 등록하였고, 산학연 공동기술개발 컨소시엄사업을 진행하여 개발하였으며, 청구법인이 개발한 모형항공기는 대학교나 연구소 등에 납품하여 비행의 기본적 원리를 이해하는 교육용 교재로 사용되기도 하였다. ‘완구’라 함은 초보적 기술로도 만들 수 있는 실제 날지 않는 비행기 모형의 장난감이나 아기들의 모빌 등에 달려있는 모형비행기 등을 지칭하는 것인 반면, 실제 비행하도록 조종할 수 있도록 청구법인이 제작한 모형항공기는 무인항공기로 보아야 한다. 청구법인은 OOO 주식회사라는 상호를 사용하고, 항공기 및 항공기 부품 제조업을 목적사업으로 등기 및 사업자등록을 함으로써 항공기 부품관련 사업을 영위하겠다는 의사를 분명히 하였고, 설립된 2001년부터 항공기 부품 관련 매출이 발생하고 있었으며, 관련 특허를 출원하기도 하는 등 항공기 제조 관련 업무만 수주된다면 업무를 할 수 있도록 초소형 무인항공기 개발에 끊임없이 준비해온 결과, 청구법인은 2006년경부터 OOO으로부터 수주가 재개되면서 비로소 항공기 부품 제조업체로서의 본연의 모습을 되찾게 되었고, 지방이전 후 불과 4년 만에 국내 중소기업 중 최초로 세계최고의 항공기 제조업체인 OOO에 항공기 부품을 납품하게 된 것이다. 처분청은 2004년과 2005년 매출이 주로 모형항공기 제조, 판매로 발생하였다는 것을 문제 삼고 있으나, 관련 예규(재조예 46019-25, 2003.1.20.)에서도 매출이 발생하기 전까지 토지매입, 사업승인 등 비교적 많은 시간이 소요되는 업종은 비록 매출이 없더라도 사실상의 휴업기간 없이 정상적인 영업활동을 한 기간에 포함되는 것으로 봄이 합리적이라고 해석하고 있는바, 항공기 산업의 침체로 수주를 할 수 없어 2003년에는 매출이 전혀 발생하지 아니하는 등 회사의 존폐가 걸린 상황에서 자구책으로 모형항공기를 개발·판매하였다는 사정만으로 청구법인의 업종자체가 변경되었다고 보는 것은 부당하다. (다) 업종의 동일성 유지 요건 구 조특법(2007.12.31. 법률 제8827호로 일부개정되기 전의 것) 제63조의2 제1항에서 공장의 수도권외 지역으로의 이전에 대하여 법인세 감면을 받기 위해서 ① 수도권 과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위할 것 ② 공장시설의 전부를 수도권 외의 지역으로 이전하여 2008.12.31.까지 사업을 개시할 것이라는 두가지 요건을 규정하면서, 같은 항 단서에서 대통령령이 정하는 부동산업·소비성서비스업 및 건설업을 영위하는 법인을 감면의 대상에서 제외하고 있을 뿐, 공장이전 전후의 업종의 동일성에 관한 요건은 따로 규정하고 있지 않고, 이를 하위법령에 구체적·개별적으로 위임하는 규정도 없음에도 불구하고, 구 조특법 시행령 제54조 제2항에서 “법 제60조, 제63조 및 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다”라고 규정하고 있다. 이는 기획재정부 2011년 개정세법해설에서 ‘공장의 지방 이전시 한국표준산업분류표상의 세분류를 기준으로 이전 전후 업종이 동일하여야 한다’는 요건은 법률의 위임 없이 조특법 시행령 제54조 제2항에 곧바로 규정되어 있음을 지적하면서, 이러한 문제점을 해결하기 위하여 조특법 제63조의2 제10항을 신설하여 법률에 위임규정을 명확히 규정한다고 하고 있다. 따라서, 구 조특법 시행령 제54조 제2항은 법률에 구체적·개별적 위임 규정이 없음에도 불구하고 하위 법령에서 법인세 감면을 받기 위한 요건으로 ‘공장 이전 전후 동일한 업종의 유지’라는 새로운 요건을 창설하여 조세감면을 적용받을 수 있는 납세의무자의 권리를 제한하고 있으므로 조세법률주의에 반하여 무효이다. (2) 쟁점② : 청구법인은 조특법 제63조의2 에 따라 세액감면을 적용하였으나, 중소기업으로 지방이전 전 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 공장시설을 갖추고 영업활동을 하여 조특법 제63조 에 따른 조세감면의 혜택도 받을 수 있다. 대법원(대법원 2002.1.22. 선고 2000두3115 판결)에서는 연구인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어 납세의무자가 조특법 제9조 제2항에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도 같은 조 제1항의 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우에는 같은 조 제1항의 공제방법에 의하여야 한다고 판결하여 납세자에게 유리한 공제방법으로 변경하는 것을 허용한바 있고, 조세심판원에서도 납세자가 당초 법인세 신고시 준비금 사용분으로 선택한 연구·인력개발비에 대하여 이를 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 전환하여 경정청구할 수 있고( 국심2004서2389 , 2005.7.4.), 외국납부세액을 손금산입방식에서 세액공제방식으로 변경하는 수정신고가 적법하다고 판단한 바 있으므로(조심 2011서1833, 2013.1.30.) 청구법인이 조특법 제63조의2 의 근거하여 세액감면을 신청하였다고 하더라도 납세자에게 유리한 조특법 제63조 에 근거하여 감면해 줄 것을 주장할 수 있다. 청구법인은 2007년 6월 경상남도 사천시로 이전할 당시 및 현재까지도 중소기업에 해당하고, 수도권 과밀억제권역에서 2년 이상 공장시설을 갖추고 사업을 영위하다 수도권 과밀억제권역 밖으로 공장 및 본점을 전부 이전하여 조특법 제63조 의 감면 요건을 갖추었다. 다만, 청구법인이 지방이전 전 2년 이상 공장시설을 갖추고 있는지 여부와 동일한 업종을 영위하였는지 여부에 대하여 처분청과 견해를 달리하고 있으나, 청구법인은 2005년 쟁점①사업장에서 주로 OOO 조립 및 판매업무를 하였으며, 2006년 OOO'''' 외부위탁을 통한 제조 및 판매, OOO 조립업무 등을 병행하였다. 앞서 설명한 바와 같이, OOO는 OOO''''와 달리 전적으로 외부위탁방식을 제품을 제조하고 로열티만 받은 것이 아니라, 부품을 주문하여 청구법인의 공장에서 직접 조립하였는바, 공장을 이전하기 전 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 것이 분명하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점① : 지방이전일 전 소급하여 3년 이상 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 것으로 볼 수 없고, 설령 공장시설을 갖추었다고 하더라도 지방이전 전후 동일한 업종을 영위하지 아니하였다. (가) 공장시설을 갖추고 사업을 영위하였는지 여부 청구법인은 2001.11.16. 항공기 및 항공기 부품 제조업, 자동차 및 자동차 부품 제조업, 스포츠 레저용품 제조업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인이나, 수도권 과밀억제권역내에 공장시설 없이 사무실만 갖춘 채, 아래 <표2>에 나타나는 것과 같이 2002년까지 충청남도 서산 소재 OOO에서 자동차부품 조립·임가공업을 영위하다가, 2004년부터 장난감 비행기 개발제품에 대한 로열티를 받거나, 중국 및 베트남 등 국외 제조업체에서 생산한 장난감 비행기를 수입하여 판매해 왔다. 2006년 5월부터 경상남도 사천시 소재의 OOO의 사업장에서 항공기 조립 임가공용역을 제공하거나, 주식회사 OOO과 OOO 주식회사에 인력을 도급하면서 장난감 비행기 사업은 중단되었다. <표2> 청구법인의 연도별 신고 수입금액 (단위 : 백만원) ‘공장’이라 함은 제조장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말하고( 조특법 시행령 제54조 제1항), ‘제조 또는 사업단위로 독립된 것’이라 함은 동일부지 내에 원재료 투입공정으로부터 제품 생산공정까지 일관된 작업을 할 수 있는 제조설비를 갖춘 장소와 그 부속토지로 한다로 규정(기본통칙 60-54-1)되어 있는데, 청구법인의 지방이전일 기준으로 소급하여 3년 이내의 사업장인 쟁점①·②사업장은 아래의 사항들을 근거로 종합적으로 판단할 때, 원재료 투입공정으로부터 제품 생산 공정까지 일관된 작업을 할 수 있는 제조설비를 갖춘 장소인 공장이라고 볼 수 없다. 1) 특허청의 ‘특허정보넷 기프리스’에 의하면 청구법인은 2002년 전동 발진식 장난감 비행기 개발에 착수하여 같은 해 놀이용 비행기구(Flying toy) 관련 특허 4건, 전동식 모형비행기(Electric powered free plane) 1건, 총 5건의 특허를 출현한 것으로 확인할 수 있어 쟁점①·②사업장에서 OOO’와 OOO를 개발하였다는 것은 사실과 다르다. 2) 2004년 청구법인의 대표이사의 인터뷰 기사(서울경제, 2004.5.5. 및 연합뉴스 2004.5.4.)에는 청구법인이 쟁점①·②사업장에서 생산하였다고 주장하는 OOO''''는 미국 완구업체(OOO 등)에 생산 및 판매의 권리를 양도하여 중국공장에서 위탁생산되었고, 청구법인이 로열티를 받는다고 보도하고 있다. 실제 청구법인이 수입금액이 없다고 신고한 2003년에 OOO원의 로열티를 받은 것을 외환수취내역을 통해 확인할 수 있다. 3) 회계법인 OOO가 2005년 4월～7월 사이에 작성한 것으로 보이는 투자계획서에 의하면, 청구법인은 초소형 항공기 장난감 set에 대한 사업모델을 ''''기존의 개발제품에 대한 기술을 이전하여 로열티를 받는 형식''''과 병행하여 ''''자체 제작 판매하는 형식''''으로 변경하기 위해 사업파트너를 찾고 있고, 제품 생산은 베트남에서 OEM 조립 생산할 계획임을 밝히고 있다. 4) 청구법인의 2004～2005사업연도 대차대조표의 유형자산에는 차량운반구, 집기비품만 등재되어 있지 기타 제조설비가 전혀 없고, 2004년 제조원가명세서의 매입액 OOO원은 중국의 OOO으로부터 수입한 기타의 완구 및 모형으로 확인된다. 5) 청구법인의 수입통관자료와 세금계산서에 의하면, 청구법인은 2004.4.20. 부산광역시 소재 세관을 통하여 중국의 OOO으로부터 기타의 완구 및 모형(모터가 결합되어 있는 것에 한함)을 수입하여 판매하였고, 이후 2005년 및 2006년 1월까지 계속하여 부산광역시 중구 소재 OOO에 수입완구 하역용역에 대한 수수료를 지급한 것이 확인된다. 청구법인은 최소 2004년～2006년 1월까지는 해외공장에서 생산된 장난감 비행기를 수입판매하였으나, 설령, 주식회사 OOO로부터 2005.10.10. 수취한 세금계산서(‘비행기 3D측정 및 역설계’로 OOO원 지급)와 2006년 원재료 계정별원장의 완구용 R/C수신회로나 프로펠라 금형제작대금이 나타나는 것을 통해 청구법인이 OOO를 직접 제조·판매하였다고 하더라도 그 기간이 1년이 되지 않는다. 6) 청구법인이 신고한 근로소득지급조서에 의하면, 2003년～2005년 연평균 3～5명의 임직원이 있었으나, 강OOO(현재 대표이사의 배우자)만 2003년부터 2005년까지 계속 근무자로 되어 있고, 나머지 직원들은 중도 입·퇴사하여 사실상 연구·개발업무를 계속 진행하였는지 의문이며, 청구법인의 핵심근로자 이OOO, 유OOO, OOO 등과 2006년 입사한 여성근로자 15～16명의 대부분은 2006.12.31. 퇴직하여 청구법인과 특수관계법인인 주식회사 OOO으로 이직하여 사실상 쟁점②사업장은 OOO에게 승계된 것으로 볼 수 있다. 7) 조사청의 현장확인 당시 청구법인이 제시한 2004년～2006년 제품 매출 계정별 원장에서 판매된 상품은 모두 OOO’이고, OOO는 없음에도 청구법인은 2005년 ''''OOO를 판매하였다고 주장하고 있으며, 청구법인이 제시한 OOO는 외부에서 모두 만들어진 것을 단지 박스나 비닐봉투에 담는 것으로 물리적인 변형이 이루어지는 작업이 있었다고 볼 수 없어 공장시설을 갖추고 제조를 한 것으로 보기 어렵다. 8) 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 2009서 2805, 2010.3.11., 조심 2012중4818, 2014.9.3.)는 전자출판이 일반화되면서 출판물의 기획, 개발, 원고제작, 편집 및 교정 등 출판물의 주요공정을 수행하고 전자출판에 필요한 컴퓨터와 주변기기 및 재단기, 접지기, 정압기 등의 편집, 재단 및 포장기계의 생산시설을 갖추었으며, 단지 인쇄 제본 등 일부작업을 외주가공처리한 경우에 공장으로 본 것으로 최소한 이전 전후 업종이 동일하여 청구법인의 사안과 다르고, 청구법인의 주장과 같이 연구개발시설이 존재하였다고 하더라도 연구시설은 조특법의 공장시설에 해당하지 않는다고 국세청이 회신한바 있다(법인22601-841, 1990.4.11.). (나) 지방이전 전후 동일한 업종을 영위하였는지 여부 청구법인은 항공기 및 항공기 부품 제조업, 자동차 및 자동차 부품 제조업, 스포츠 레저용품 제조업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인이나, 2002년까지 OOO 공장에서 자동차 부품을 조립하는 제조업을 계속하다, 약 2년간 장난감 비행기 개발에 착수하여 2002년 놀이용 비행기구 관련 특허를 출원하고, 기술을 이전하여 2003년부터 2006년까지 해외 장난감 회사들로부터 로열티를 받거나, 2004년부터 2006년까지 국내에서 장난감 비행기를 판매하였으며, 초소형 장난감 항공기 set를 생산하기 위해 투자자를 모집하는 등 2002년에서 2006년까지 적극적으로 개발활동과 사업활동을 진행하였으므로, 지방이전 전 소급하여 3년 동안 장난감 제조업(제8차 한국표준산업분류 세분류 3694)을 영위한 것으로 보아야 하고, 장난감 제조업은 현재 청구법인이 영위하고 있는 항공기 부품 제조업(제8차 한국표준산업분류 세분류 3532)과는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 달리 구분되고 있다. 청구법인은 경상남도 사천시 소재의 OOO과 2006.4.17. P-3 조립 임가공 계약(공정의 일부를 조립·임가공하는 하청업체임)을 체결하면서 이후 1년 이상 OOO의 사업장내에서 항공기 부품 제조업을 영위하였고, 이전 전 소급하여 3년 전 수도권 과밀억제권역에서 영위하던 업종인 장난감 제조업은 폐업한 채 2007.6.3. 청구법인을 경상남도 사천시로 이전하였다. 따라서, 사실상 수도권외 지역의 사업장에서 1년간 영위한 항공기 제조업만 지방에서 계속 영위한 것으로, 본사 이전시 수도권에서 영위한 업종은 관련시설 뿐만 아니라 종업원까지 어느 것 하나 지방으로 이전된 것이 없고, 법인의 등기부의 소재지만 지방으로 변경되었기 때문에 수도권의 생산시설을 지방으로 이전한 것이 아니라 사실상 새로운 지방 창업에 해당한다. 또한 청구법인은 사업자등록증 및 매입세금계산서 등에 스스로 업태를 제조 및 무역, 종목을 항공기부품 및 완구로 표기하여 완구 무역업에 종사함을 표시하고 있고, 항공기 특허는 ‘놀이용 비행기구’이며, 항공기 임가공 계약 내용을 보면 원청업체가 제공하는 장비와 부분품을 이용하여 인력을 투입하여 임가공업을 영위하는 것으로, 청구법인이 주장하는 것과 같이 사업승인과 같은 장시간 영업 준비기간이 발생하는 것과 관련이 있다고 보기 어렵다. (다) 업종의 동일성 유지 요건 구 조특법 시행령 제54조 제1항에서는 구 조특법 제63조의2 제1항의 공장시설에 대하여 공장을 ‘사업단위로 독립된 것’으로 정의하고, 제2항에서는 사업단위로 독립된 공장시설을 이전한 경우 당연한 논리상 제품생산라인을 이전하므로, 이전 전 공장에서 생산한 제품과 이전 후 공장에서 생산한 제품은 동일할 것임을 재차 확인하는 것으로 제품을 ‘업종’으로 표기하여 범위를 확대한 것이지 조특법 제63조의2 제1항의 공장시설을 이전하는 경우에 해당하지 않는 새로운 법규를 창설하여 납세자의 권리를 제한한 것은 아니며, 이와 같은 논리는 동일 제품을 생산하는 공장을 수도권에 다시 설치할 때 감면을 추징하는 규정과도 부합하는 것이다. 기획재정부 2011년 개정세법 해설에서도 구 조특법 시행령 제54조 제2항에서 규정하던 것을 법에 명확히 규정한 것이라고 해설하고 있어, 이전에 없던 규정이 새롭게 창설된 것으로 볼 수 없다. (2) 쟁점② : 청구법인이 당초 신청한 감면규정을 적용하여야 하며, 설령, 조특법 제63조 의 규정을 적용한다 하더라도 청구법인은 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한바 없어 감면을 적용받을 수 없다. 조특법 제63조 제4항과 제63조의2 제9항에는 감면규정을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 하는 것으로 각각 감면신청에 대한 규정을 두고 있기 때문에 당초 청구법인이 신청한 감면규정을 적용하는 것이 타당하고, 설령, 청구법인이 조특법 제63조 의 규정을 적용하더라도 앞서 살펴본바와 같이 청구법인의 경우 지방이전일로부터 소급하여 최소 2년 이상 계속 수도권과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 영업한 사실이 없어 제63조의 규정도 적용할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 조특법 제63조의2 에 의한 ‘공장의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면’을 부인하고 법인세를 과세한 처분의 당부 ② 조특법 제63조의2 에 따라 세액감면을 적용하였으나, 조특법 제63조 에 따른 세액감면의 적용도 선택가능하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지 기재> 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 등기부등본 및 사업자등록증에 의해 확인되는 사항은 아래와 같다. (가) 청구법인의 등기부등본에 등재된 내용은 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 등기부등본 (나) 청구법인의 사업자등록증에 의하면, 사업장으로 본점만 등록되어 있고, 업태는 제조업(항공기 부품, 항공기 조립) 및 무역업(완구)로 등재되어 있다. (2) 조사청의 심리자료에 의해 확인되는 사항은 다음과 같다. (가) 조사청의 현장확인 복명서(2016.3.11.)의 주요 내용은 다음과 같다. (나) 청구법인의 현 대표이사 하OOO의 문답서의 주요내용은 아래와 같다. (다) 제조원가명세서와 매입세금계산서에 의하면(<표4>), 2004년 당기 원재료 매입액 OOO원)은 OOO세관으로부터 수취한 세금계산서상 금액으로, 중국의 OOO으로부터 기타의 완구 및 모형(모터가 결합되어 있는 것에 한한다)을 수입한 것으로 나타나고, 수입된 원재료는 2005년에 재고로 남았다가 2006년 모두 소진된 것으로 나타난다. <표4> 제조원가명세서상 제품매출원가 (단위 : 원) (라) 특허정보넷 OOO에 의하면, 지방이전일 전 청구법인이 출원한 특허정보 내역은 놀이용 비행기구 4건, 전동식 모형비행기 1건으로 출원일자가 모두 2002년도이고, 3건은 소멸, 2건은 등록포기인 상태로 조회된다. (마) 청구법인의 OOO 개발 관련 기사의 내용은 아래와 같다. (바) 국세통합전산망에서 조회되는 청구법인의 외화수취내역에 의하면, 연도별 외화수취내역은 <표5>와 같다. <표5> 청구법인의 외화수취내역 (단위 : 원) (사) 2005년 상반기 작성하였을 것으로 추정되는 청구법인의 투자계획서(OOO 작성)의 주요내용은 아래와 같다. (아) 처분청이 2004년～2007년 근로소득 지급조서를 기준으로 근로자의 근무 사업장을 검토한 내역은 <표6>과 같다. <표6> 근로소득지급조서에 의한 연도별 근무자 현황 <성남근무자> ※ 15～36 OOO으로 파견된 인원 <사천근무자> (자) 처분청은 대차대조표의 유형자산에 차량운반구와 집기비품만 등재되어 있어 쟁점①·②사업장에서 제조할 물적설비가 없었다며 재무제표와 결산부속명세서를 제출하였고, 결산부속명세서상 기계장치는 공구와 워셔기계 등으로, 집기비품은 컴퓨터외 사무실집기로 기재되어 있다. <표7> 청구법인의 유형자산 내역 (단위 : 원) (3) 청구법인은 소급하여 3년 동안 쟁점①·②사업장에서 공장시설을 갖추고 OOO를 제조하였다고 주장하며, 등기부등본 및 사업자등록증, 쟁점①·②사업장의 평면도 및 건물 등기사항전부증명서, 연도별 매출원장, 매출 및 매입현황, 비행실험 동영상, 비행체 시제품 사진, 청구법인이 참여한 컨소시엄 협약서 등을 제출하였다. (가) 쟁점①·②사업장의 건물 등기사항전부증명서에는 쟁점①·②사업장의 면적은 각 122.17㎡, 216.42㎡인 것으로 나타나고, 평면도에는 해당면적을 사장실, 회의실, 사무실, 연구개발실, 조립작업장으로 구분한 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 당초 제출한 2004년～2006년 매출원장에는, 판매한 제품매출은 모두 ''''OOO''''로 기재되어 있어 OOO 매출은 나타나지 않는 반면, 청구법인이 수정하여 제출한 업체별 매출내역(<표8>)에 의하면, 2004년도에는 OOO'''' 매출만 발생하고, 2005년과 2006년에는 로열티 매출이 대부분이나 일부 OOO 판매로 인한 매출이 있었던 것으로 기재되어 있다. 또한, 매출원장에 의하면 2006년 상반기 이후에는 2006.8.7. OOO 주식회사에 한차례 매출이 추가로 발생한 것을 마지막으로 ''''OOO''''와 OOO 매출은 발생하지 않는 것으로 나타난다. <표8> 청구법인의 업체별 매출내역 (단위 : 백만원) (다) 청구법인이 쟁점사업장에서 제조하였다는 OOO와 OOO의 시제품 사진은 아래와 같다. (라) 청구법인은 쟁점①·②사업장에서 OOO 제품을 설계하고 제작하였다면서 제출한 매입내역은 <표9>와 같다. <표9> 청구법인의 매입세금계산서 내역 (단위 : 천원) (마) 쟁점①·②사업장에서 비행시험을 하였다는 동영상을 제출하였으나, 해당 동영상의 촬영장소 및 촬영일자는 확인되지 아니하고, 비행체 제작에 사용하였다는 전원 충전 및 공급기 등 50여개의 기자재 목록 및 사진을 제출하였으나, 해당 공기구는 현재 보유하고 있지 아니하여 관련 사진은 인터넷을 참고하였다고 소명하였다. (바) 청구법인이 만든 OOO’나 OOO는 단순한 장난감과 달리 2003년경 세종대학교와 산학연 공동기술개발 컨소시엄 사업을 진행하여 자체 개발하였다면서, 청구법인이 참여한 지역컨소시엄 구성협약서(2003.4.28., 개발기간 : 2003.5.1.～2004.2.28.) 및 과제개발 계획서를 제출하였고, 과제개발계획서 상 개발내용에는 “본 연구과제에서는 상품성을 충분히 확보한 초소형 무선조정 항공기의 형상설계, 구성부품 개발, 무선 조정 계통 개발, 시제품 및 비행시험 등을 주된 내용으로 하고 있으며, 이를 바탕으로 참여기업이 고부가가치 초소형 비행완구 신규시장을 창출하고, 독점적인 시장점유율을 확보하는 것을 주된 목적으로 하고 있다”라는 내용이 기재되어 있다. (4) 통계청의 표준산업분류에 따르면, 장난감 제조업, 항공기 제조업 및 항공기 부품 제조업은 아래와 같이 세분류를 기준으로 각 다른 업종으로 구분되는 것으로 나타난다. (5) 2011.12.31. 법률 제11133호로 신설(2012.1.1. 시행)된 조특법 제63조의2 제10항은 " 공장을 지방으로 이전시 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전 전후 업종이 동일하여야 함"을 당초 조특법 시행령 제54조 제2항에서 규정하고 있던 것을 법으로 규정하는 것으로, 기획재정부 개정세법 해설에서는 공장의 지방이전시 영위하는 업종의 분류기준에 대한 법령 위임 규정을 명확히 규정하기 위함이라고 개정이유를 밝히고 있다. (6) 청구법인이 선택적으로 주장하는 조특법 제63조 의 규정은 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전하여 사업을 개시하는 경우 공장에서 발생하는 소득에 대하여 세액을 감면하는 것으로, 청구법인은 수도권과밀억제권역 내 위치하였다가 수도권외의 지역으로 이전하였고, 청구법인이 중소기업에 해당하는지 여부에 대한 처분청과 청구법인의 다툼이 없어 쟁점①과 쟁점②는 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 기간의 차이만 존재하는 것으로 확인된다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점(1)·(2)에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점①·②사업장에서 공장시설을 갖추고 OOO’와 OOO를 제조하였다고 주장하나, 청구법인의 관련기사에 의하면 OOO''''가 2004년 전 개발을 끝내고, OOO의 중국공장에서 위탁생산한 후, OOO의 매출 일부를 로열티로 받거나, OOO 등에 생산 및 판매의 권리를 양도하는 대신 로열티를 받는 계약을 체결하였던 것으로 나타나는 점, 청구법인의 외환수취내역 및 업체별 매출내역에서 OOO’와 OOO 관련 매출의 대부분이 로열티 매출인 것으로 나타나는 점, 2004년 제조원가명세서와 매입세금계산서에 의하면, 중국의 OOO으로부터 모터가 결합된 완구 및 모형을 수입하였고, 해당 금액이 당기 원재료 매입액의 대부분(99%)을 차지하여 청구법인의 사업장에서 추가 제조작업을 하지 않고 판매하였을 것으로 보이는 점, OOO가 작성한 투자계획서의 제품개발 내역 및 컨소시엄 구성협약서의 개발기간 등을 통해 청구법인이 판매하는 제품은 2005년 전 개발이 완료되었을 것으로 보이고, 쟁점사업장에서 달리 개발활동이 있었던 것으로 볼 만한 자료가 없는 점, 청구법인은 쟁점①·②사업장에서 2005년～2006년까지 OOO를 직접 제조하였다고 하나, 당초 제출한 매출원장과 추가 제출한 업체별 매출내역에 따르면, 2005년 처음 OOO 매출이 발생한 뒤, 2006.8.7.이후 관련 매출이 발생하지 아니하여 해당 제품을 제작하였다는 기간이 최소 2년에 미달하는 것으로 보이는 점, 달리 2005년～2006년까지 OOO 매출의 발생여부 및 발생시점을 확인할 수 있는 세금계산서 등 객관적인 자료를 제출하지 아니한 점, 근로소득지급조서에 따르면 연도별로 대표이사 및 부사장을 포함하여 4명～6명의 근로자가 근무한 것으로 나타나고, 결산명세서상 집기비품에 컴퓨터외 사무실집기로 기재되어 있어 청구법인이 주장하는 매출 수량을 직접 제조할 만한 인적·물적설비를 갖춘 것으로 보이지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점①·②사업장에서 공장시설을 갖추고 최소 2년 이상 사업을 영위한 것으로 보기 어렵다고 판단된다. 설령, 청구법인이 쟁점①·②사업장에서 공장시설을 갖추고 제조활동을 하였다고 하더라도, 구 조특법 시행령(2012.2.2. 법령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항에서 조특법 제63조의2 의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다고 규정하고 있고, 2011.12.31. 신설된 조특법 제63조의2 제10항의 규정의 개정취지가 공장의 지방이전시 영위 업종 기준에 대한 법령 위임 규정의 명확화에 있는 점, 한국표준산업분류표에 의하면, 장난감 제조업에는 조립용 키트 제조, 동력식 장난감 제조, 전기식 완구 제품 제조 등을 예시하고 있고, 청구법인이 제조한 제품은 국제완구박람회에 공개되거나, 완구업체에 매출하였으며, 청구법인의 대표이사 또한 해당 제품이 항공기 제작기술이 바탕이 된 하이테크 장난감이라고 인터뷰하거나, 청구법인이 자동발진식 장난감 비행기를 출시한 것으로 기사에 소개되고 있는 것을 통해 청구법인이 지방이전일로부터 소급하여 3년 이상 영위한 업종은 장난감 제조업(세분류 3694, 세세분류 36942)으로 구분하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 청구법인은 지방이전 후 항공기 부품 제조업을 영위하고 있어 지방이전 전후 한국표준산업분류상 세분류를 기준으로 동일한 업종을 영위하지 아니하는 점, OOO’와 OOO 제조를 비행용 기구 제조로 보아 항공기 제조업(세분류 3531, 세세분류 35310)으로 구분하는 경우에도, 청구법인이 지방이전 후 영위하는 항공기 부품 제조업(세분류 3532, 세세분류 35322)과 한국표준산업분류상 세분류를 기준으로 동일한 업종에 해당하지 않는 점, 청구법인은 2006년 하반기 이후 ''''OOO''''와 OOO 제조를 중단하였고, 쟁점사업장에서 사용하였다고 주장하는 공기구를 이전하여 계속 보유·사용하지도 아니하였으며, 지방이전일 전부터 근무하던 대표이사와 부사장을 제외한 직원들은 모두 지방이전 후 2～3개월 내 퇴직한 점 등에 비추어 동일한 업종을 영위하던 공장시설이 지방으로 이전되었다고 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 조특법 제63조의2 에 따른 공장의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면 규정을 부인하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제63조 【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 】① 수도권 과밀억제권역안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. ② 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. 2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 때 3. 제1항의 규정에 의하여 감면을 받는 기간중에 수도권 과밀억제권역안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 때 제63조의2【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】 ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면 받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 수도권 과밀억제권역안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) ② 수도권외 지역이전법인은 다음 각 호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다) 3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. ⑦ 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받은 수도권외 지역이전법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다. 1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. 2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때 3. 수도권안에 본사 또는 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치한 때 (2) 조세특례제한법 시행령 제54조 【공장의 범위등】① 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2에서 “공장”이라 함은 제조장 또는 재정경제부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다. ② 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다. 제60조【수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. 1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것 2. 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것 ② 법 제63조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액”이라 함은 공장의 이전일 이후 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조제2항 제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다. 제60조의2【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】 ② 법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. 1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다)외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업한 실적이 있을 것 2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수 도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】① 「조세특례제한법 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우를 말한다. 1. 생산할 제품을 직접 기획(고안·디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것 2. 당해 제품을 자기명의로 제조할 것 3. 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것