조심 2016중3708 (2017.08.24)

1. OOO세무서장이 2016.7.6. 청구법인에게 한 2006년 제1기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소하고,

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1978.6.29. 설립되어 폐기물 수집, 운반 및 처리업 등을 영위하고 있고 2005.12.19.부터 2006.4.30.까지 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 소각로(이하 “쟁점소각로”라 한다)를 설치받고 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서를 수취하여 2006년 제1기 부가가치세 신고시 그 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

한편, OOO지방경찰청장은 2011.4.11. 최OOO(당시 청구법인의 공동대표이사)에 대한 수사시 피의자 중 1인이 쟁점소각로 설치 공사비 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 최OOO의 비자금을 조성한 것으로 진술하였고, 피의자 중 다른 1인으로부터 조성된 비자금이 OOO원이었다는 진술을 확보하였으며, 이와 관련하여 청주지방검찰청의 수사(사건번호 청주지검 2011형제11990)과정에서 OOO 명의의 통장에서 OOO원이 최OOO 및 그의 딸인 최OOO 명의의 통장으로 입금된 사실이 확인되었다.

나. OOO세무서장이 OOO에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하여 쟁점소각로 공사계약시 청구법인의 대표이사 최OOO가 비자금을 조성할 목적으로 OOO원의 실제 공사금액에 가공금액 OOO원의 세금계산서를 수취한 것으로 보아 OOO의 청구법인에 대한 매출 OOO원을 감액경정한 후 과세자료를 통보하자, 처분청은 2016.6.7. 청구법인의 2006년 제1기 부가가치세에 대한 세목별 조사에 착수하여 청구법인에게 쟁점소각로 설치에 대하여 세무조사를 실시한다는 서면통지(OOO세무서 조사과-5166, 2016.6.7.)를 하였다.

처분청은 조사결과, 청구법인이 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호에서 규정하는 사기나 그 밖의 부정행위로 쟁점금액에 대한 매입세액을 공제받은 것으로 하여 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 불공제하고 쟁점금액을 쟁점소각로의 가공자산으로 보아 관련 감가상각비를 손금부인하여 2016.7.6. 청구법인에게 2006년 제1기 부가가치세 OOO원임)을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 청구법인의 쟁점소각로 관련 세금계산서 수취 및 매입세액 공제는 10년의 장기부과제척기간이 적용되는 부정행위에 해당되지 아니한다.

(가) 부정행위는 납세자가 조세포탈의 의도를 가지고 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건사실의 발견을 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 것을 의미하고, 대법원은 부정행위란 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 누진세율의 회피, 이월결손금 규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다(대법원 2013.11.28. 선고 2013두12362 판결)고 판시하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점소각로를 OOO으로부터 실제로 매입하여 실제 폐기물 처리에 사용하고 있고, 쟁점소각로 설치는 자료상으로부터 매입한 거래 혹은 실물이 존재하지 아니하는 가공거래에 해당하지 아니한다.

즉, 쟁점소각로 설치공사는 해당 실물이 존재하고, OOO을 자료상으로 볼 만한 근거가 전혀 없으므로, 단순히 계약서상 금액이 과다 기재되어 있고, 공급가액이 과다기재된 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 사실만으로 청구법인이 부정행위를 하였다고 보아 10년의 장기부과제척기간을 적용한 것은 부당하다.

(다) 청구법인은 OOO과의 정상적인 거래계약을 통하여 쟁점소각로를 설치하고 대금을 OOO 사업용계좌(실명계좌)로 입금처리 하였으며, 이 과정에서 차명계좌를 이용하거나 장부를 은닉·폐기, 이중장부 내지 이중계약서를 작성하는 등 조세의 부과징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위를 하지 아니하였다.

(라) 청구법인은 쟁점소각로 설치 대금을 전액 OOO의 실명계좌를 이용한 금융거래로 결제하였는바, 거래사실의 조작, 은닉, 은폐 등은 원천적으로 불가능하고 이러한 실명계좌를 통한 거래는 처분청으로서도 금융거래조사 등을 통하여 어렵지 않게 포착할 수 있었던 것으로 이는 조세의 부과ㆍ징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정한 행위로 볼 수 없다. 따라서, 제반 사정을 고려하지 아니하고 사실과 다른 세금계산서가 과세관청에 제출되었다는 사정만으로 청구법인이 조세포탈의 의도를 가지고 적극적인 부정행위를 함으로써 과세관청의 과세요건사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 한 것으로 볼 수는 없다.

(마) 부정행위로서 10년의 장기부과제척기간이 적용되기 위해서는 납세자가 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받은 것 이외에 세금계산서를 발급한 자가 관련 매출세액을 신고.납부하지 아니하거나, 그 매출세액을 신고납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서 상의 부가가치세 의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있어야 하는바(대법원 2014.2.27. 선고 2013두19516 판결, 같은 뜻임),

청구법인은 쟁점소각로 관련 매입세액을 OOO에게 지급하였고, OOO은 폐기물 관련 소각로 전문업체로서 실제 쟁점소각로를 설치한 점, 홈페이지 등을 통한 소개자료 등을 통하여 볼 때 자료상이나 속칭 폭탄업체에 해당하지 아니할 것으로 충분히 기대할 수 있었던 점에서 청구법인 입장에서 관련 세액을 탈루할 것이라는 인식이 있었다고 볼 수 없다. 따라서, 청구법인이 쟁점소각로 관련 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없는바, 이는 부정행위에 해당하지 않으므로 10년의 장기부과제척기간을 적용한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(2) (예비적 청구①) 처분청의 과세근거인 피의자 1인의 진술은 진술내용에 부합하는 증빙자료가 없어 객관성을 결여한 것으로서 과세처분에 대한 근거로 삼기에 부족하고, 「국세기본법」제16조에서 과세요건사실의 입증책임은 과세권자에게 있다고 규정하고 있으므로 처분청이 과세요건사실의 존재에 대해 상당한 정도로 증명하였거나 충분한 과세근거를 제시하였다고 보기 어려운 경우 과세관청의 처분은 근거과세원칙을 위반하여 부당하다.

특히, 납세의무자가 아닌 자의 진술은 그 진술내용에 부합하는 증빙자료가 있거나 납세의무자에 대한 사실확인 등의 보완조사가 이루어지지 아니하였다면 납세의무자 아닌 자의 일방적 진술을 기재한 것에 불과하여 이를 납세의무자에 대한 과세자료로 삼을 수 없는바(조심 2015중626, 2015.6.17., 같은 뜻임), 처분청은 쟁점소각로 관련 사실과 다르게 적힌 공급가액을 OOO원으로 보았고, 그 근거로 OOO지방경찰청의 수사과정에서 확보한 피의자 1인의 진술을 들고 있으나,

다른 피의자 중 1인은 사실과 다르게 적힌 공급가액을 OOO원으로 진술한 점, 청주지방검찰청 수사과정에서 OOO 명의의 통장에서 최OOO 등에게 입금된 것으로 확인된 금액은 OOO원으로서 피의자의 진술자료와 부합하는 증빙자료 등이 없는 점을 고려한다면, 전적으로 자신들의 기억에 의존한 약 10년 전의 사실관계에 대한 피의자들의 진술이 엇갈리고, 달리 이를 입증할 근거도 없어 과세근거로 삼기에 부족하므로, 청주지방검찰청의 금융거래조사 결과 입증된 금액인 OOO원이 과세근거가 되어야 한다(피의자 진술에 의존한 금액인 OOO원과 청주지방검찰청 금융거래조사 결과로 입증되는 OOO원을 단순히 지급하였을 것이라 추정하여 과세함). 따라서, 처분청의 과세처분은 충분한 과세근거를 제시하였다고 보기 어려운 경우에 해당하여 근거과세원칙을 위반한 것으로서 부당하다.

(3) (예비적 청구②) 처분청은 세무조사의 범위를 확대하는 경우에 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 함에도 이를 위반하였고, 이는 과세처분의 취소사유에 해당하는 중대한 세무조사절차상의 하자에 해당하는바, 처분청이 세무조사를 실시하면서 조사대상세목을 ‘부가가치세’로, 조사대상기간을 ‘2006.1.1.∼2006.6.30.’로 기재한 세무조사통지를 하였음에도, 임의로 조사대상기간 및 조사대상세목을 확대하여 2006～2014사업연도 법인세를 부과하였고, 이를 문서로 통지하지도 않았으므로, 이는「국세기본법」상 과세처분 취소사유에 해당하는 중대한 절차상의 하자에 해당한다[수원지방법원 2013.9.5. 선고 2013구합2052 판결, 같은 뜻임, 위 판결에 처분청이 항소하였다가 서울고등법원(2013누48141)에서 상호 조정권고에 따라 2015.3.17. 소 취하되었다].

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 청구법인의 쟁점소각로 관련 세금계산서 수취 및 매입세액 공제는 10년의 국세부과 제척기간을 적용해야 한다.

(가) 「국세기본법」상 10년의 국세부과제척기간이 적용되는 부정행위는 납세자가 조세포탈의 의도를 가지고 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건 사실의 발견을 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 것을 의미하는바, 쟁점소각로라는 실물자산이 존재하지만 청구법인 대표이사 최OOO의 비자금 조성 목적으로 계약금액 OOO원의 거짓공사계약서를 작성하고 그 중 가공거래금액 OOO원을 OOO 명의 계좌에서 OOO원권 수표로 대량 인출하여 지급하였고, 지급된 수표는 청구법인 대표이사 최OOO 및 그의 자녀 최OOO 명의 계좌로 입금된 내역이 확인된다. 또한, 금융거래 증빙을 회피하기 위한 현금거래가 일반적인 불법 비자금 조성 거래의 특성상 OOO원에 대한 거래증빙은 청주지방검찰청 조사과정에서 OOO에 대한 신빙성을 담보하는 증빙자료로써 가치가 있다.

(나) 청구법인과 가공거래를 한 OOO 대표자 최OOO에 대한 청주지방법원 판결문(2011고합308) 상 도급업체의 요구에 따라 비자금 조성에 협력하며 OOO원이 넘는 회사의 자금을 개인적인 용도로 사용한 점 등이 확인되는바, 위와 같이 반복적으로 쟁점소각로 설치공사 관련 가공거래를 반복적으로 행한 OOO과 통정하여 소각로에 대한 일부 가공거래를 포함한 공사계약을 체결하고, 비자금 조성 목적으로 실계약금액보다 OOO원 높게 책정된 거짓계약서를 다시 작성하여 제출하는 등 적극적인 행위를 하였으며, 과세관청의 과세요건 사실을 포착할 수 없도록 백만원권 수표 및 현금을 인출하여 가공거래 금액 OOO원을 지급한 점 등을 감안할 때 10년의 국세부과 제척기간을 적용함이 타당하다.

(다) 계약금액 OOO원의 거짓공사계약서를 작성하고, OOO원의 가공세금계산서를 수취한 거래의 목적은 청구법인 대표자 최OOO의 비자금조성인바, 정상거래를 가장하기 위한 목적으로 부가가치세 신고·납부 및 거래법인 명의 계좌로 대금거래를 하였으나, 당초 거래의 목적인 비자금 OOO원에 대하여는 매출처이자 대금수취자인 OOO 명의 계좌에서 다량의 수표 및 현금으로 인출되어 OOO원의 수표가 청구법인 대표자 최OOO 및 그의 자녀 최OOO 명의 계좌로 입금되는 등 정상거래로 위장하기 위하여 거래금액이 실명계좌를 이용하여 지급되었으므로 적극적인 부정행위로 볼 수 없다는 청구주장은 타당하지 아니하다.

(라) 쟁점소각로를 실거래가보다 증액한 가액으로 거래한 후 거래처 OOO에서 가공거래금액이 포함된 전체금액에 대한 부가가치세 신고·납부가 이루어졌으나, 청구법인은 OOO이 증액된 쟁점소각로를 자산계상 후 이후 사업연도에 감가상각비 계상을 통해 법인세 과세표준을 감소시킴으로써 실질적인 조세수입의 감소를 발생시켰고, 또한 쟁점소각로 설치 거래시 사전에 가공거래를 통한 비자금 조성 목적으로 거짓계약서를 작성한 후 청구법인이 OOO에 지급한 가공거래 금액 OOO원을 수표 및 현금으로 되돌려 받은 사실관계로 보아, OOO원이 급여 및 상여 등으로 청구법인 대표자 최OOO에게 지급될 때 납부할 종합소득세 등의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었다고 판단된다.

(2) (예비적 청구①) 당초 청구법인에 대한 과세표준 산정시 청구법인과 가공거래를 한 OOO에 대한 OOO세무서장의 2006년 제1기 귀속 부가가치세 부분조사에 따른 위장가공금액 OOO원에 대한 파생자료를 근거로 하였고, 동 금액은 거래 당시 청구법인의 전무로 쟁점소각로 설치공사 관련 자금을 집행한 류OOO 및 동 거래당사자인 OOO 대표이사 최OOO의 진술을 근거로 산정된 금액(류OOO 진술금액 OOO원, 최OOO 진술금액 OOO원)이며, 또한 가공거래 금액 OOO원이 OOO 계좌에서 OOO원짜리 수표로 대량인출되어 지급된 후 당시 청구법인 대표이사 최OOO 및 그의 자녀 최OOO 명의 계좌로 입금된 내역이 확인된 점, OOO 대표이사 최OOO에 대한 청주지방법원 판결문(2011고합308) 상 청구법인 외 다른 법인과의 비자금 조성시에도 가공거래 금액을 인출하여 현금지급한 점을 미루어볼 때, 금융조사 결과 입증된 OOO원을 현금으로 지급하였다는 관련인 진술이 과세근거로 부족하다는 청구인의 주장은 이유 없다.

또한, 진술에 대한 사실확인을 위한 조사 착수 이후 청구법인에서 해당거래 사실관계를 보완할 추가적인 자료에 대한 소명도 없었으므로, 비자금 조성 혐의금액 중 OOO원에 대한 계좌입금내역 및 거래형태를 참고하여 진술내용을 근거로 산정한 과세표준은 근거과세원칙에 위배되지 않는다.

(3) (예비적 청구②) 「국세기본법」상 세무조사 범위확대는 구체적인 세금탈루 혐의가 다른 과세기간·세목 또는 항목에도 있어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우에 시행하는 것으로, 단순 유보조정, 손익귀속시기 차이조정, 연결된 이월결손금 감소 조정 등 단순 조정사항은 다른 과세기간에 대한 실질적 조사행위가 필요한 경우가 아니므로, 자산으로 계상된 쟁점소각로 취득가액 중 가공자산인 OOO원과 관련하여 2006∼2014사업연도의 자산 감액분 시부인 조정은 당초 조사대상기간 2006년 제1기 부가가치세 세목별조사에 확인된 가공자산에 대한 조사대상 사업연도 이외의 단순 경정사항으로 청구법인이 주장하는 세무조사 범위확대 사유에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적 청구) 쟁점소각로에 대한 세금계산서를 쟁점금액만큼 과다하게 수취한 것을 사기나 그 밖의 부정행위로 보아 10년의 국세부과제척기간과 부당과소신고가산세를 적용하여 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구①) 쟁점금액에 대한 세무조사가 근거과세원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구②) 조사대상 기간 및 세목의 확대에서 중대한 절차적 위법이 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

제26조의2[국세부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

제81조의9[세무조사 범위 확대의 제한] ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

제81조의12[세무조사의 결과 통지] 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제47조의3[과소신고ㆍ초과환급신고가산세] ② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고가산세액"이라 한다).(단서 생략)

(2) 국세기본법 시행령 제12조의2[부정행위의 유형 등] ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

제63조의11[세무조사 범위의 확대] ① 법 제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우

3. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우

4. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

(3) 조세범처벌법 제3조[조세 포탈 등] ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 부가가치세법 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 조사종결보고서의 주요 내용(2016년 6월)은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 부가가치세 조사종결보고서의 주요 내용

(2) OOO세무서장의 OOO에 대한 부분조사 조사종결보고서의 주요 내용(2014년 10월)은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ OOO에 대한 부분조사 조사종결보고서의 주요 내용

(3) 쟁점소각로에 대한 공사계약서의 주요 내용(2015년 12월)은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점소각로에 대한 공사계약서의 주요 내용

(4) 최OOO의 업무상 횡령 피의사건과 관련하여 2011.4.11. OOO지방경찰청 수사2계 지능팀에서 작성한 OOO의 대표이사 최OOO에 대한 피의자신문조서(제12회)의 주요 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 최OOO에 대한 피의자신문조서의 주요 내용

(5) 류OOO의 업무상 횡령 피의사건과 관련하여 2011.3.24. OOO 지능팀사무실에서 이루어진 청구법인의 전무 류OOO에 대한 피의자신문조서의 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 류OOO에 대한 피의자신문조서의 주요 내용

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점소각로 설치 사진 등의 증빙을 제시하면서 자료상으로부터 매입한 거래나 실물이 존재하지 아니하는 가공거래가 아니므로 10년의 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세를 적용함은 부당하다고 주장하나,

청구법인은 공사업체를 이용하여 물품의 단가를 부풀리는 방법의 허위거래를 통하여 매입세액을 공제받았으므로 사기나 그 밖의 부정한 행위로 공제받은 경우에 해당하는바, 해당 매입세액을 지급받은 공사업체가 매출세액으로 납부하여 조세수입의 감소가 없었다 하더라도 청구법인을 기준으로 할 때 결과가 달라지지는 않는 점, 청구법인의 주장과 같이 거래상대방에게 부가가치세를 지급하여 납부하였으므로 탈루가 없다고 볼 경우 동일한 행위에 대하여 거래상대방의 세금 납부 여부에 따라 국세부과제척기간을 달리 적용하여야 하는 모순이 생기는 점, 가공세금계산서를 수취한 행위에서 전체 금액을 한 것과 일부 금액을 한 것은 세법상 동일하게 취급되어야 합리적인 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점금액과 관련한 매입세액을 공제받은 것은 사기 기타 부정한 행위에 의한 것으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(7) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 과세요건사실에 대한 입증책임이 과세관청에 있으므로 단지 납세자가 소명을 하지 못하였다는 사정만으로는 그 사실의 존재에 대하여 객관적인 증빙을 통하여 상당한 정도로 증명하였다거나 충분한 과세근거를 제시하였다고 보기 어려운 이상 오히려 처분청이 금융거래내역 조회 등의 확인과정을 거쳐 구체적 근거를 제시하여야 함에도 별도의 조사과정이 없었던 만큼 관련 진술만을 토대로 한 이 건 과세처분은 근거과세원칙에 위배된다고 주장하나,

쟁점금액 중 OOO원은 금융증빙으로 입증된 점, 청구법인에서 장기간 근무하고 직접 쟁점금액을 처리한 류OOO 전무의 진술은 일관성이 있어서 신빙성이 있으나, 다른 금액으로 진술한 최OOO의 진술에는 쟁점소각로 외에 다른 거래도 일부 포함되어 있는 것으로 나타나는 점, 나머지 OOO원은 현금거래를 한 것으로 보이는 점 등을 감안할 때 처분청이 일응 과세요건사실에 대한 입증을 한 것으로 볼 수 있는 반면 청구법인은 합리적인 반증 등을 제시하지 못하고 있어 근거과세원칙에 위배된다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(8) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청이 2016.7.6. 청구법인에게 보낸 세무조사결과통지서에 의하면 조사대상에 세목이 ‘부가가치세’로, 과세기간이 ‘2006.1.1.∼2006.6.30.’로, 조사기간이 ‘2016.6.7.～2016.7.7.’로, 조사내용이 ‘쟁점소각로 설치공사시 OOO으로부터 수취한 가공세금계산서 OOO원에 대한 부가가치세 및 가공자산 계상분 OOO원에 대한 연도별 감가상각비 직부인 후 조사종결’이라고 각 기재되어 있다.

(나) 살피건대, 「국세기본법」 제81조의9는 예상하지 못한 세무조사에 기한 부과처분으로부터 납세자를 보호하고자 하는 규정임에도 처분청은 2006년 제1기의 부가가치세 세목별조사를 시행하면서 조사대상 기간 및 세목에 대한 확대 없이 2006∼2014사업연도 법인세를 부과한바, 그와 같이 세무조사의 범위를 확대하면서 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하지 않고 과세처분한 행위는 처분의 취소사유에 해당하는 중대한 절차상 하자라 할 것이다. 따라서 처분청이 조사대상 기간 및 세목을 임의로 확대하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.