조심 2022서6675 (2022.12.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 OOO외 토지 2,597.3㎡와 지상의 건물 2개동(이하 토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 하고, 건물 2개동은 “쟁점건물”이라 한다)을 소유하다가 2016.7.8. 이를 양도가액 OOO원에 양도하면서 2016.9.30. 취득가액을 OOO원, 그 외 필요경비를 OOO원[자본적 지출액(공사비) OOO원, 중개수수료 OOO원 및 명도비 OOO원, 이하 “쟁점필요경비”라 한다], 과세표준을 OOO원으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고하였다. ＜표1＞ 청구인의 쟁점부동산 취득경위 ㅇㅇㅇ 나. 처분청은 2022.3.30. 쟁점필요경비 중 OOO원을 인정하고 나머지 금액은 적격증빙 불비 등의 사유로 부인하여 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 과세예고통지서를 발송하였고, 청구인은 2022.4.25. 과세전적부심사를 청구하였으나 처분청은 과세전적부심사 제외결정을 하였으며, 2022.5.11. 장기보유특별공제 OOO원을 추가공제하여 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.6.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 채 양도소득세를 경정한 처분은 위법하다. (가) 「국세기본법」제81조의15 에서 규정하고 있는 과세전적부심사제도는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취 절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 사전적 구제절차로 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 과세관청은 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 한다(대법원 2016.4.15. 선고 2015두23256판결, 같은 뜻임). 특히 조세심판원은 국세부과제척기간의 만료일까지 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있는 것은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기간내에 부과처분을 이행할 수 없는 경우에 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 하는 것이지 이 건의 경우와 같이 과세관청이 국세행정을 장기간 해태함으로써 부과제출기간 만료일에 임박한 경우에도 위 규정을 적용할 수 있게 되면 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 구제절차를 박탈할 수 있게 되고 이는 과세예고통지를 의무화한 입법취지와 부합하지 않는다고 하였다(조심 2021서1583, 2021.6.22.). (나) 청구인은 2016년 7월에 쟁점부동산을 양도하고 2016년 9월에 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청이 약 5년 6개월의 기간 동안 청구인에게 해명자료 안내나 질문·조사권의 행사 또는 과세자료 소명 요구 한번 없이 사실상 방치하다가 2022.3.24. 느닷없이 과세예고통지 후 과세전적부심사 절차 없이 2022.5.11. 양도소득세 과세처분을 한 것은 청구인의 사전적 권리구제절차에 관한 권리를 박탈하고 과세전적부심사제도 자체를 형해화하는 위법한 처분에 해당한다. (2) 아래와 같은 사유로 청구인이 제출한 필요경비 증빙을 인정하여 양도소득세를 경정하는 것이 타당하다. (가) 청구인은 1998.6.12. 쟁점건물을 신축하였고, 이후 2005년 12월부터 2006년 4월까지 5개월 간 연면적 285㎡의 건물(이하 “1동”이라 한다)과 2007년 11월부터 2008월 3월까지 4개월간 연면적 935.82㎡의 건물(이하 “2동”이라 한다) 및 1동의 추가공사를 하여 총 공사비로 OOO원을 지출하였다. 청구인은 위 공사비를 증명하기 위하여 견적서, 거래명세서 및 송금증, 건설현장 소장 확인서와 수기장부에 작성한 내역을 증빙자료로 첨부하여 제출하였다. 처분청은 적격증빙을 수취하지 않았다는 사유로 위 공사비를 인정할 수 없다는 의견이나 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 「소득세법 시행령」의 부칙 제11조와 제24조를 보면 2005년부터 2008년에 쟁점건물에 지출한 공사비는 적격증빙 수취의무가 없다고 보아야 하므로 처분청이 위 공사비를 필요경비로 인정하지 아니한 처분은 타당하지 아니하다(조심 2021중5844, 2022.1.13., 같은 뜻임). (나) 「소득세법 시행령」제163조 제5항에 따라 자산을 양도하기 위해 직접 지출한 비용에 관하여 증명서류를 수취·보관하거나, 실제 지출사실이 금융거래 증명서류로 확인되는 경우 이를 필요경비로 인정하여야 하고, 청구인은 쟁점부동산을 양도하면서 2016.7.8. 잔금 OOO원을 수령한 즉시 중개수수료로 OOO원을 중개인 EEE에게 송금하였으며, 쟁점부동산 점유자인 임차인 AAA에게 2016.7.8. OOO원과 2016.7.18. OOO원을 명도비용으로 지급하고 간이영수증을 수령하였다. 이와 같이 중개수수료는 청구인이 계좌이체로 지급한 사실이 증명되고, 명도비용은 「소득세법」제160조의2 제2항 단서 및 「소득세법 시행령」 제208조의2 제1항 제2호에 따라 거래상대방이 읍·면지역에 있는 경우 적격증빙수취 의무를 완화하고 있으므로 AAA에게 지출한 명도비 간이영수증은 필요경비 증빙으로 인정하여야 한다. (다) 쟁점건물은 숙박시설로 고객이 빈번하게 이용하여 노후화가 빨라 업계통상 5년의 주기로 리모델링을 하고 있고, 2005년 12월부터 부터 2008년 3월까지 쟁점건물의 총 공사비는 OOO원으로 주기둥 외의 내외부 벽면을 모두 철거하는 리모델링 공사를 진행하였다. 위 공사는 공사 세부내역이나 공사기간, 공사금액에서도 유추할 수 있듯이 건물의 원상회복이나 유지만을 하는 정도가 아니라 실질적으로 쟁점건물을 새롭게 개량하여 가치를 증가시키고 내용연수를 증가시키는 것에 해당하여 자본적 지출에 해당하고, 위 공사를 위하여 새로이 가설공사와 설비공사, 바닥공사, 벽면공사 등을 하였으므로 공사비 전체를 자본적 지출의 공사비로 인정하여야 한다. (라) 처분청은 청구인이 제출한 필요경비의 증빙에 대하여 명백하지 않다는 이유로 이를 부인하였으나 법원은 필요경비의 발생이 명백한 경우에는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 0으로 보는 것은 경험칙에 반하므로 필요경비의 존재가 분명한 경우 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 과세관청이 그 금액을 입증하여야 한다(부산고등법원 2007.6.29. 선고 2006누5625 판결)고 하였고, 청구인은 견적서와 공사거래명세서, 입금증 등 입증자료를 제출하였으며, 처분청이 이를 부인하려면 처분청 또한 청구인의 필요경비에 대한 구체적인 부인근거를 제시하고 증명하여야 한다. 특히 조세심판원은 리모델링비용의 지출이 있은 뒤 19년여가 경과된 시점에서 청구인에게 구체적인 증빙을 요구하는 것은 무리라고 하였고, 공사한 사실이 엄연히 존재하고 양도가액에는 증가한 자산의 가치가 반영되어 있으므로 리모델링비를 자본적지출로 인정함이 타당하다거나 단지 금융증빙이 없다고 하여 자본적지출액을 부인하는 것은 실질과세원칙과 응능부담원칙에 반하여 위법하다고 결정(조심 2021중5844, 2022.1.13., 조심 2013중1557, 2013.12.2., 조심 2013중1267, 2013.11.20. 등, 참조)하면서 새로이 시행된 세금계산서 등의 지출증빙을 갖추지 못하거나 오래전 리모델링 비용이 발생한 경우 청구인에게만 구체적 증빙을 요구하는 것은 위법하다고 결정한 바 있으므로 처분청이 청구인의 자본적지출액에 대하여 명백한 이유없이 부인한 이 건 처분은 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 필요경비로 제출한 자료는 확인이 용이하지 않아 이를 정리하기 위한 시간이 소요되었고, 「국세기본법」 제81조의15 에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 이루어진 이 건 처분은 타당하다. (가) 처분청은 2022.3.24. 청구인에게 과세예고통지를 한 후 과세전적부심사를 생략하고 이 건 부과처분을 한 사실은 인정하나 「국세기본법」 제81조의15 제2항 및 제3항에 의하면 과세전적부심사제도가 사전적 구제제도이기는 하나 조세부과의 제척기간이 임박한 경우 등에는 이를 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아닌 점(대법원 2012.1.11. 선고 2010두19713 판결, 같은 뜻임), 2016년 귀속 양도소득세 부과제척기간은 「국세기본법」제26조의2 제1항에 따라 2022.5.31.이 되는데 이 건 과세예고통지일인 2022.3.24. 기준으로 위 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하이므로 「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호가 규정하고 있는 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하는 점, 청구인은 「국세기본법」제81조의15 제3항 규정을 적용함에 있어 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 부과처분을 이행할 수 없는 경우 등 예외사유에 이른 책임이 오로지 납세자에게 있어 적어도 과세관청에 그 책임을 묻기 어려운 객관적이고 긴급한 사유가 있는 경우에만 위 규정을 적용할 수 있다고 주장하나 법규의 문언내용 등에 비추어 그와 같이 해석하기는 어려운 점, 이 건 부과처분이 늦어진 사유는 청구인이 부동산임대업을 영위한 건물에 실시한 대수선 공사의 공사대금이 정상적인 절차에 따라 지출되었다는 것을 전제로 양도소득세를 신고·납부했기 때문으로 처분청은 납세자를 신뢰하고 양도소득세 신고서를 확정하였다가 국세부과제척기간 만료 직전 청구인의 종합소득세 신고서에서 대수선 공사내역을 건물 자산으로 추가 계상하지 않았고, 건축물대장에 대수선 내용이 없다는 사실을 확인하게 된 점, 건설업자가 공사 후 청구인이 의뢰한 공사내역을 신고하거나 관련 증빙 등을 제출하지 않았던 점, 입증서류로 제출한 서류가 공급자, 공급받는자, 일자 등이 공란이거나 알아볼 수 없고, 공사금액이 총액만 기재되어 있을 뿐 공사내역이 구체적이지 않아 실제로 공사가 있었는지 여부 뿐 아니라 양도소득세 필요경비로 공제가 가능한 자본적지출이 맞는지 여부도 확인되지 않는 등 그 확인이 용이하지 않아 이를 정리하여 청구인에게 해명을 요구하기 위한 시간이 소요된 것임에도 청구인은 막연한 추측만으로 처분청이 청구인의 절차적 권리를 박탈하기 위하여 고의로 검토나 처리를 지연하였다고 주장하고 있는 점 등을 종합하면 과세예고통지 후 과세전적부심사를 거치지 않고 이루어진 이 건 처분은 타당하다. (나) 청구인이 제시한 조세심판원 선결정례는 처분청이 다른 과세관청으로부터 과세자료를 통보받았음에도 방치하다 별다른 조사없이 동일한 과세자료로 부과처분을 한 사례들인데 반하여 이 건 처분의 경우 「국세기본법」제26조의2 에 따라 5년 내 양도소득세를 부과하였던 것으로 2022년 3월 초 유선상 해명안내 후 2022.3.24. 과세예고통지를 하고 약 2개월간 해명기간을 제공하면서 소명자료를 제출할 경우 언제든 반영가능하다고 안내하였으나 청구인은 신축비용이 OOO원인 건물을 불과 7년이 지난 시점에서 OOO원 가까이 들여 대수선공사를 하였다고 주장하면서도 공사도급계약서, 건축허가내역, 설계도, 시방서, 기성고 등 입증서류는 제출한바 없고, 사업자등록번호 또는 주민등록번호 등이 없는 공사현장소장의 확인서와 공급받는자나 공급자, 공급일이 기재되어 있지 않거나 청구인과 관련되었다고 보기 어려운 공사명세서, 거래명세서, 간이영수증, 견적서 등과 대금지급증빙을 제시하면서 필요경비로 인정하여 달라는 요청을 하였을 뿐 이들 자료가 실제 쟁점건물과 관련된 공사임을 입증하거나 공사비 지출이 있었음을 입증할 수 있는 소명자료를 제출하지 않아 처분청은 과세예고통지 예상고지액 OOO원중 장기보유특별공제를 추가로 인정하여 OOO원을 차감한 OOO원을 양도소득세로 부과하였다. (다) 처분청은 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사절차를 거치도록 하는 경우 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없으며, 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구 등 절차를 보장받고 있으므로 과세전적부심사 없이 양도소득세를 부과한 처분이 청구인의 권리구제 절차를 박탈한 것이라는 청구인의 주장을 인정하기는 어렵다. (2) 청구인은 필요경비에 대하여 증빙할 수 있는 자료를 제시하지 않았으므로 쟁점필요경비를 필요경비로 인정하기는 어렵다. (가) 청구인은 처분청이 필요경비를 입증해야 하고, 청구인에게 적격증빙 수취의무가 없다고 주장하나, 청구인은 부동산임대업을 영위하던 사업자로 「부가가치세법」 및 「종합소득세법」상 사업과 관련된 자산과 비용에 대한 적격증빙을 수취해야할 의무가 있음에도, 공사비용과 관련한 증빙서류를 갖추고 있지 않으며, 적격증빙이 없다면 관련 공사계약서나 설계도, 공사전후 사진, 금융거래내역 등 객관적인 증빙으로 거래사실을 뒷받침할 수 있어야 하나 이러한 자료를 제시하지 아니하였다. (나) 청구인이 양도소득세 신고시 인적사항을 확인할 수 없는 확인서 2매와 아래와 같은 첨부자료를 제출하였다. 1) 청구인이 제시한 첨부자료는 대금지급을 증빙하는 서류가 아닌데, 구체적으로 보면 거래명세표는 공급자 및 공급받는자가 기재되어 있지 않거나 대금지급내역이 없으며, 다수의 서류는 잡철비, 조명기구, 식대, 고기·과일·술 등에 지출한 내역으로 자본적지출이라고 보기 어렵고, 공급받는자가 청구인으로 기재되지 아니한 서류도 있다. 2) 2005년부터 2006년 공사에 대한 FFF의 확인서(이하 “1차 확인서”라 한다)에 첨부된 공사금액증빙자료를 보면 지출금액에 대하여 업체명이 아닌 이름이나 직책으로 표시(BBB, CCC 등)되어 있는데 CCC는 종전 OOO(1993.7.15.개업, 1997.8.15. 폐업)을 운영하던 사업자로 추정이 되고, 업체명이 기재된 자료 중 일부 사업자등록번호가 확인되는 사업자는 대부분 서울에 사업장을 두고 있었으며 합판, 목재/도소매업을 영위하는 1개 업체를 제외하고는 철물, 침구, 타일도기, 조명기구 도소매업자로 공사비로 제출한 비용은 여관업에 필요한 집기비품을 구입하였던 것으로 유추된다. 3) 2007년 공사에 대한 FFF의 확인서(이하 “2차 확인서”라 한다)와 첨부서류를 보면 엑셀로 작성한 보수내역과 거래명세표로 거래명세표에는 공급자는 작성되어 있지 않고, 거래상대방에는 본건물 보수, 신건물 보수라고만 기재되어 있으며, 품목·규격·수량·단가·공급가액이 적혀있으나 이를 입증할 수 있는 송금내역, 세금계산서 등을 제출하지 않았으므로 이를 그대로 믿기 어렵고 자본적 지출에 해당하는지도 판단하기 어렵다. 또한 처분청은 공사비용 전체를 부인한 것이 아니라 이체내역이 없는 비용과 자본적 지출액에 해당하지 않는 비용을 부인하였고, 이에 대하여 추가로 입증할 수 있는 서류제출을 요구하였으나 청구인이 추가로 제출한 자료는 없다. 4) 청구인이 명도비라고 주장하고 있는 AAA가 작성한 수기영수증에 OOO원이 기재되어 있으나 이를 어떠한 명목으로 수령하였는지 기재되어 있지 않고, 처분청은 이를 실제 지급했는지에 대하여 자금이체내역이나 출금내역을 요청하였음에도 청구인은 자료를 제출하지 아니하였다. 다만 AAA는 2006.8.1.부터 2016.7.8.까지 쟁점건물에서 OOO을 운영하던 DDD의 배우자로 추정되나, 임차인의 배우자에게 지급한 금원이 임차보증금의 반환인지 명도합의금인지 여부도 확인되지 않고, 쟁점건물 매매계약서상 양도인이 임차인의 명도의무를 부담한다는 내용도 확인되지 않으므로 OOO원을 필요경비로 인정하기 어렵다. 5) 청구인은 과세예고통지서를 수령한 후 쟁점부동산 양도시 지급한 중개수수료 OOO원에 대한 서류로 EEE에게 이체한 확인증 2매를 제출하였으나 양도소득세 신고서상 부동산매매계약서에는 법무사 JJJ만 기재되어 있을 뿐 EEE가 중개인으로 기재되어 있지 않아 처분청은 청구인에게 별도 계약서나 EEE에 대한 인적사항을 요청하였고, 청구인은 이에 EEE가 부동산중개사는 아니나 해당지역을 잘 아는 사람이라고 진술하여 OOO원이 부동산중개대가가 맞는지 여부도 확인되지 않아 필요경비로 인정하기 어렵다. (다) 부동산의 양도가액에서 공제할 필요경비 중 자본적 지출액의 예로는 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 엘리베이터 또는 냉난방장치 설치, 빌딩 등의 피난시설이나 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구, 기타 위와 유사한 개량·확장·증설 등에 대한 지출이 포함된다. 청구인은 건물의 가치를 증대시키기 위해 공사비를 지출하였다고 주장하나 청구인은 종합소득세 신고서상 2009년부터 쟁점부동산을 자산으로 계상하였으나 건물은 신축직후 증여받은 OOO원만 계상하였고, 공사비를 대차대조표상에 자산으로 계상한바 없으며, 이에 대한 감가상각비를 계상한 사실도 없다. 또한 쟁점건물의 건축물대장에 의하면 쟁점건물을 재건축하였다고 기재된바 없어 2005년부터 2008년사이 공사내역이 확인되지 아니한다. 또한 청구인이 일부 공사비용을 지출하였다는 것이 확인되더라도 내부리모델링 공사 수준이라고 판단하는 것이 합리적이므로 공사비가 자본적 지출액이라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 이 건 처분은 과세전적부심사를 거치지 않고 과세한 처분에 해당하여 위법하다는 청구주장의 당부 ② 자본적지출액, 중개수수료, 명도비를 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 단서생략. ⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다. 1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 1. 「국세징수법」 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우 2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우 3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다. 1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날, 이 경우 중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다. (3) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제163조 및 「법인세법」 제121조 에 따른 계산서 2. 「부가가치세법」 제32조 에 따른 세금계산서 3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다) 4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다) ③ 제2항을 적용할 때 사업자가 같은 항 제2호의 세금계산서를 받지 못한 경우 「조세특례제한법」 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하여 보관하였을 때에는 제2항의 수취ㆍ보관의무를 이행한 것으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 비용 지출에 대한 증명서류의 수취ㆍ보관에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령(2016.7.1. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제62조(감가상각액의 필요경비계산) ① 법 제33조 제1항 제6호의 규정에 의한 감가상각비(이하 “상각액”이라 한다)는 사업용 고정자산(투자자산을 제외한다)의 상각액을 필요경비로 계상한 경우에 각 과세기간마다 고정자산별로 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “상각범위액”이라 한다)을 한도로 하여 이를 소득금액계산에 있어서 필요경비로 계상한다. 이 경우 당해 과세기간중에 사업을 개시하거나 폐업한 경우 또는 당해 과세기간중에 감가상각자산을 취득 또는 양도한 경우에는 상각범위액에 당해 과세기간중에 사업에 사용한 월수를 곱한 금액을 12로 나누어 계산한 금액을 상각범위액으로 하며, 월수의 계산은 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다. ② 제1항에서 “사업용 고정자산”이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 다음 각호의 1에 해당하는 자산(시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다. 1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산 가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 “건축물”이라 한다) 나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품 다. 선박 및 항공기 라. 기계 및 장치 마. 동물과 식물 바. 가목 내지 마목과 유사한 유형고정자산 제67조(즉시상각의 의제) ① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다. ② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다. 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치 3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치 4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구 5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 든 실지거래가액”이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다. 1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다) 2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다. 4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 “합병법인”이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액( 「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다. ② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다. ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다. 1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다. 3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 제208조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 법 제160조의2 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 공급받은 재화 또는 용역의 거래건당 금액(부가가치세를 포함한다)이 3만원 이하인 경우 2. 거래상대방이 읍ㆍ면지역에 소재하는 사업자( 「부가가치세법」 제61조 를 적용받는 사업자에 한한다)로서 「여신전문금융업법」에 의한 신용카드가맹점이 아닌 경우 3. 금융ㆍ보험용역을 제공받은 경우 4. 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인과 거래한 경우 5. 농어민(한국표준산업분류에 따른 농업 중 작물 재배업, 축산업, 작물재배 및 축산 복합농업, 임업 또는 어업에 종사하는 자를 말하며, 법인은 제외한다)으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받은 경우 6. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터 재화 또는 용역을 공급받은 경우 7. 비영리법인(비영리외국법인을 포함하며, 수익사업과 관련된 부분을 제외한다)으로부터 재화 또는 용역을 공급받은 경우 8. 법 제127조 제1항 제3호에 규정하는 원천징수대상 사업소득자로부터 용역을 공급받은 경우(원천징수한 경우에 한한다) 9. 기타 기획재정부령이 정하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면 쟁점부동산의 취득 및 양도현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점부동산 취득 및 양도현황 ㅇㅇㅇ (나) 건축물대장에 의하면 청구인은 1998.6.25. 쟁점건물을 여관 등 용도로 신축한 사실이 나타나고, 2005년부터 2008년까지 대수선 등 공사한 사실은 확인되지 아니하며, 쟁점건물 건축공사 도급계약서에 의하면 공사기간은 1997.6.27.부터 1998.5.31.로, 공사금액 OOO원(부가가치세 별도)으로 확인된다. (다) 처분청이 제출한 사업자 기본정보에 의하면 청구인은 쟁점건물을 신축한 후 사업자등록을 하지 않았다가 2006.8.1. 임대사업자등록(OOO, 임대)을 하였고, DDD(OOO, 개업일 2006.8.1.)에게 쟁점건물을 양도일 직전까지 임대하고 부가가치세와 종합소득세를 신고한 것으로 나타난다. (라) 청구인은 쟁점부동산을 양도한 후 아래 ＜표3＞과 같이 양도소득세 예정신고를 하였고, 처분청은 2022.3.24. 쟁점필요경비 중 OOO원은 인정하고 나머지는 적격증빙 불비 등의 사유로 부인하여 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 과세예고통지서를 발송하였고, 청구인은 2022.4.25. 과세전적부심사를 제기하였으나 처분청은 과세전적부심사제외결정을 하였으며, 2022.5.11. 장기보유특별공제 OOO원을 추가공제하여 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. ＜표3＞ 쟁점부동산에 대한 2016년 귀속 양도소득세 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ (2) 청구인이 필요경비 입증을 위하여 제출한 자료는 아래와 같다. (가) 쟁점필요경비 내역은 아래 ＜표4＞와 같고, 2016.7.7.자 2005년 12월부터 2006년 4월까지 쟁점건물 중 1동 건물 수리공사에 대한 FFF의 1차 확인서에 의하면 청구인의 동 공사는 FFF가 건축주를 대신하여 현장 감독하여 시공하였고, 공사비는 FFF가 직접 지급받거나 건축주로 하여금 직접 재하청업체에 송금하도록 하였다고 기재되어 있으며, 첨부된 공사업체별 공사금액 자료에 의하면 총 금액 OOO원으로 58개 항목의 내용과 거래처가 날짜별로 기재되어 있고, 거래명세표 상단에는 1차분 청구내역, 2차분 청구내역, 2차분 결산지출내역, 3차 노임지급, 3·4차 결산지출내역 등으로 있으며, 합계금액 하단 품목에는 공사명 또는 지급받는 자가 기재되어 있으나 공급자 등은 기재되어 있지 않고, FFF가 수기로 작성한 영수증과 수취인이 GGG, HHH, III인 입금영수증을 제출하였으며, 공급자가 기재되어 있는 견적서나 거래명세표에는 합계금액과 유사한 금액을 입금한 무통장입금증의 사본을 첨부하였다(1차 확인서 및 첨부자료 ＜별지1＞ 참조). ＜표4＞ 쟁점필요경비 내역 ㅇㅇㅇ (나) 2007년 11월부터 2008년 3월까지 쟁점건물 중 2동 수리공사에 대한 FFF의 2차 확인서에 의하면 1차 확인서와 동일한 내용이 기재되어 있고, 첨부된 공사내역 금액자료에 의하면 2동 보수 공사비는 합계 OOO원, 1동 보수 공사비는 합계 OOO원으로 작성하면서 경비인정여부란에 자본적 또는 수익적으로 기재되어 있으며, 공급자 기재없이 품목, 수량, 공급가액, 합계액이 기재된 거래명세표를 첨부하였다(＜별지2＞ 참조). (다) 청구인은 쟁점건물 점유자인 임차인 AAA에게 2016.7.8. OOO원을 명도비용으로 지급하였다는 증빙자료로 금액과 날짜 및 AAA 서명이 기재된 수기영수증을 제출하였고, 중개수수료 지급을 입증하는 자료로 청구인의 OOO계좌(057-126235-1*-***)에서 2016.7.18. EEE에게 OOO원과 OOO원을 각각 송금한 내역을 제출하였다. (3) 처분청이 제출한 양도소득세 검토경과 및 쟁점필요경비 검토내용은 아래와 같다. (가) 청구인은 2016.9.30. 2016년 귀속 양도소득세를 신고하였고, OOO서장은 2019.1.10. 청구인의 신고내역 중 공사내역 및 대금증빙 등 필요경비 검토가 필요하다고 보아 청구인을 개별검토대상자로 분류하였으나 청구인이 거주지를 이전함에 따라 2019.4.10. 위 자료를 처분청에 이관하였으며, 이후 2022.3.22. 청구인과 청구인의 대리인에게 해명자료를 요구하였으나 제출되지 아니하여 처분청은 2022.3.24. 청구인에게 과세예고통지하였다. (나) 1차 확인서 및 첨부자료에 대한 처분청 조사관 검토자료에 의하면 청구인은 쟁점건물 중 1동 공사비로 58개 항목을 제출하였으나, 그 중 확인된 거래명세표는 8개, 입금증은 14개, 영수증은 6개로 처분청은 이 중 5개 항목 OOO원을 필요경비로 인정(＜별지3＞ 참조)하였고, 58개 항목 중 38개 항목은 대금지급내역이 없고, 40개 항목은 식대, 조명기구, 전기료, 타일비 등 자본적 지출로 보기 어려운 항목이며, 제출된 거래명세표 8매 중 3매는 공급자 및 공급받는자도 기재되어 있지 아니한 것으로 나타나고, 처분청 조사관은 거래명세표는 제품 등 납품내역으로 거래명세표상 금액과 실제 입금액이 달라 실제 거래여부 등을 확인하기도 어려웠으며, 확인서를 제출한 FFF는 신분확인이 되지 아니하고, 일부 업체명이 확인되는 사업자의 경우 관련 업종을 영위하는지 여부, 사업장 소재지 등 확인을 위하여 사업자등록을 확인하면서 조사하였다고 소명하였다. (다) 2차 확인서 및 첨부자료에 대한 처분청의 답변자료에 의하면 2동 공사비로 49개 항목과 1동 공사비로 42개 항목을 제출하면서 항목별로 내용(페인트, 비데, 세면기, 목공사, 내부조명공사 등)과 함께 금액만 기재하여 제출하였고, 거래명세표에 공급자는 기재되어 있지 않으며, 이를 입증할 송금내역, 세금계산서 등은 제출하지 않아 자본적지출로 인정하기 어려웠다는 소명내용이 나타난다. (4) 양도소득의 필요경비로 인정되는 자본적 지출액에 관하여 규정한 「소득세법 시행령」제163조 제3항의 개정 연혁은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 「소득세법 시행령」제163조 제3항의 개정연혁

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 특별한 사유없이 장기간 해태하여 청구인의 과세전적부심사기회를 박탈하고 이 처분을 하였으므로 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세예고통지를 생략할 수 있다고 규정하고 있고, 청구인의 2016년 귀속 양도소득세 부과제척기간은 2021.5.31.이나 처분청은 2022.3.24. 청구인에게 과세예고통지서를 발송하였으며, 이후 청구인의 과세전적부심사청구에 대하여 과세전적부심사제외결정을 하였으나 2022.5.11. 장기보유특별공제 OOO원을 추가공제하여 양도소득세를 경정하였으므로 과세전적부심사를 생략하여 청구인의 사전권리구제절차를 자의적으로 제한한 것으로 보기는 어려운 점, 처분청은 청구인이 제출한 자료의 양이 많고, 공사비 등의 실제 지출여부를 확인하는데 많은 시간이 소요되었다고 소명하고 있고, 실제로 과세예고통지 전 청구인의 대리인에게 필요경비 증빙자료 등 확인을 요청했던 사실이 확인되며, 과세예고통지 이후 청구인이 제출한 자료는 이전 제출자료와 유사하여 여전히 사업자 및 입금자 등이 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 인정하기는 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 자본적지출에 해당하는 쟁점건물 공사비에 대하여 적격증빙 수취의무가 없다고 보아야 하고, 증빙으로 거래명세서, 입금증 등을 제출하였으므로 쟁점필요경비를 인정하는 것이 타당하다고 주장하나, 쟁점건물의 신축공사비는 부가가치세를 제외하고 OOO원이나 청구인이 자본적 지출액이라고 주장하는 쟁점건물공사비는 OOO원으로 신축공사비 대비 약 60%의 공사비가 소요되었음에도 건축물대장에 공사한 사실조차 확인되지 아니하는 점, 공사사실을 입증할 수 있는 공사도급계약서나 건축허가내역서, 설계도, 공사전후 비교사진 등의 도급공사에 관한 기본적인 자료도 제출되지 아니한 점, 청구인이 제출한 쟁점필요경비 증빙자료는 공급자 및 공급받는 자를 알 수 없는 거래명세표와 간이영수증, 견적서 등이고, 이 자료들의 내역을 보면 자본적지출로 인정하기 어려운 식대, 전기료, 조명기구 등도 다수 포함되어 있어 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 「소득세법 시행령」제163조 제3항을 적용하더라도 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용임이 확인되지 않아 필요경비로 인정하기 어려운 점, 또한 명도비 증빙자료로 제출한 수기영수증은 어떠한 명목으로 수령하였는지 기재되어 있지 않을 뿐만 아니라 이 금액이 임차보증금의 반환인지 명도합의금인지 여부도 확인되지 아니하며, 부동산중개비는 청구인도 EEE가 부동산중개사가 아니라고 소명하여 OOO원이 부동산중개의 대가가 맞는지 여부도 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점필요경비를 인정하지 아니하고 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 1차 확인서 및 첨부자료 ㅇㅇㅇ ＜별지2＞ 2차 확인서 첨부자료 ㅇㅇㅇ ＜별지3＞ 처분청 조사관 검토자료 ㅇㅇㅇ