조심 2021중5844 (2022.01.13)

OOO서장이 2021.8.19. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.6.21. OOO 대 290.7㎡ 및 그 지상건물(이하 “쟁점부동산”이라 하고, 지상건물만을 별도로 “쟁점건물”이라 한다)을 OOO원에 취득하여 보유하고 있다가 2020.2.19. OOO원에 양도한 후, 2002년 7월경 쟁점건물의 리모델링에 OOO원(이하 “쟁점리모델링비”라 한다)을 지출하였다는 전제 하에 이를 자본적지출액 명목으로 기타필요경비에 가산하여 2020.4.29. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 쟁점리모델링비 지출에 관한 세금계산서 등의 구체적 증빙이 없다고 보아 이를 기타필요경비에서 부인하여 2021.8.19. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인이 쟁점리모델링비 관련 세금계산서 등의 증빙을 제출하지 못하였기 때문에 이를 기타필요경비로 인정할 수 없다는 의견이나, 지출증빙의 수취ㆍ보관요건은 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 「소득세법 시행령」제163조 제3항(이하 “개정규정”이라 한다)에 새로이 규정된 것으로 그 이전까지는 규정된 바 없었고, 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 「소득세법 시행령」 부칙 제11호 및 제24조는 개정규정의 시행일(2016.2.17.) 이전에 자본적지출액에 대해서는 개정규정 이전의 규정을 적용한다고 하고 있으므로 세금계산서 등의 적격증빙이 없다는 이유로 쟁점리모델링비를 부인한 것은 부당하다(20여년전에 쟁점리모델링비를 지출하였기 때문에 구체적인 증빙을 보관하고 있지 않으나, 쟁점건물 리모델링에 관한 공사견적서에 시공업체의 인적사항과 공사내역별 소요금액이 확인되고, 현재 쟁점건물의 외관을 보아도 실제 리모델링을 하였음을 알 수 있다).

(2) 청구인은 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점리모델링비를 쟁점건물의 자본적지출액으로 건물가액에 가산하였고, 이를 기초로 2002년 10월 경부터 쟁점부동산 양도시까지 쟁점건물의 임대수입에 관한 소득세 신고를 하면서 쟁점건물의 감가상각비 누계 OOO원(이하 “쟁점감가상각누계액”이라 한다)을 필요경비로 신고하였는데, 처분청도 이에 대하여 신고시인하였다.

(가) 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 신고시 쟁점감가상각누계액을 쟁점부동산 취득가액에서 차감하고, 쟁점리모델링비를 기타필요경비에 가산하여 양도소득세 신고를 하였다.

(나) 처분청은 청구인이 쟁점건물에 관한 리모델링을 한 사실이 없다는 전제 하에 쟁점리모델링비를 부인하였는데, 그렇다면 쟁점감가상각누계액 중 쟁점리모델링비에 대응하는 감가상각누계액은 쟁점부동산 취득가액에서 차감하면 안되는 것인데 처분청은 이를 그대로 유지하여 청구인의 양도차익을 과다하게 산정함과 동시에 스스로 모순된 판단을 하고 있다.

(다) 즉, 부동산 임대소득에 대한 소득세 신고시 취득가액을 장부에 계상하고 이를 기준으로 감가상각비를 계상하여 온 경우에는 양도소득을 계산할 때 재무제표에 의하여 확인되는 금액을 그대로 적용하는 것인바(조심 2012중13, 2012.5.24. 같은 뜻임), 처분청이 지난 20여년간 자본적지출액이 포함된 쟁점건물의 가액을 기준으로 계산된 감가상각비를 임대소득의 필요경비로 인정해왔다면 쟁점부동산의 양도시에도 쟁점리모델링비를 자본적지출액으로 기타필요경비로 인정하여야 하는 것이다(그렇지 않다면 적어도 쟁점감가상각누계액 중 쟁점리모델링비에 대응하는 감가상각누계액은 쟁점부동산 취득가액에서 차감하지 않아야 한다).

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 자본적지출액으로 인정받기 위한 지출증빙의 수취ㆍ보관요건은 개정규정에서 새로이 규정된 것으로 개정규정을 근거로 쟁점리모델링비의 지출증빙을 요구하는 것은 부당하다고 주장하나, 필요경비를 인정받기 위해서 객관적인 증빙을 제시하여야 하는 것은 세법의 기본원칙이고, 대법원 또한 납세의무자가 필요경비에 관한 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 마땅하다(대법원 1988.5.24. 선고 86누121 판결, 같은 뜻임)는 입장이므로 청구주장은 타당하지 않고, 청구인이 이 건 심판청구 당시 제출한 공사견적서에는 22개 공사항목 중 9개 항목에 대해서만 거래상대방이 기재되어 있고 그마저도 거래상대방의 사업자등록번호 같은 중요한 사항이 누락되어 있어 신뢰성이 있는 증빙으로 보기 어렵다.

(2) 청구인이 존재가 입증되지 않는 쟁점리모델링비에 대하여 그 감가상각비를 필요경비로 하여 소득세를 신고하였다면 이는 부당한 종합소득세 신고를 한 것으로 직권경정 대상이 되는 것이지, 부당한 종합소득세 신고를 이유로 쟁점부동산 양도시 쟁점리모델링비를 기타필요경비로 당연히 인정해야 한다고 주장하는 것은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 쟁점부동산 양도소득 계산시 쟁점리모델링비를 자본적 지출액으로 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적) 쟁점리모델링비를 자본적 지출액으로 인정할 수 없다면 쟁점부동산의 취득가액에서 쟁점감가상각누계액을 차감하여서는 아니된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것)

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서

2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서

3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다)

(2) 소득세법 시행령(2020.2.18. 대통령령 제30423호로 개정된 것)

제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 “자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

③ 사업자가 각 과세기간에 지출한 수선비가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 해당수선비를 필요경비로 계상한 경우에는 제2항에 따른 자본적 지출에 포함되지 않은 것으로 한다.

1. 개별 자산별로 수선비로 지출한 금액이 600만원 미만인 경우

2. 개별 자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 과세기간종료일 현재의 재무상태표상 자산가액(취득가액에서 감가상각누계상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우

3. 3년 미만의 주기적인 수선을 위하여 지출하는 비용의 경우

제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점건물의 등기사항일부증명서, 쟁점건물에서 발생한 임대수입 관련 청구인의 종합소득세 신고내역, 쟁점리모델링비 지출 관련 청구인의 제출증빙 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점건물은 1988.2.2. 신축(사용승인)된 지하1층·지상4층의 근린생활시설 및 교육연구시설이고, 청구인은 2002.6.21. 재단법인 OOO으로부터 쟁점부동산을 OOO원(매매계약서상 쟁점건물의 가액은 OOO원으로 기재되어 있음)에 취득한 후 2002.10.1. 쟁점부동산을 사업장(이하 “이 사건 사업장”이라 한다)으로 하여 임대사업자(복식부기의무자) 등록을 하였다.

(나) 청구인은 쟁점부동산을 취득한 후 2002.7.22.부터 2002.9.22.까지 쟁점리모델링비(OOO원)를 지출하였다고 하여, 이 사건 사업장의 재무제표상 쟁점건물의 가액을 OOO원(=OOO원+OOO원), 쟁점토지의 가액을 OOO원으로 계상하였고, 이후 감가상각비를 계상하여 2018.12.31. 현재 재무상태표상 쟁점건물의 감가상각누계액은 OOO원으로 되어 있다.

(다) 청구인은 쟁점부동산에서 발생한 임대수입 관련 소득세 신고를 하면서 쟁점건물의 감가상각비를 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고·납부하였고, 이에 따라 2018년까지 청구인이 사업소득의 필요경비로 산입한 쟁점감가상각누계액은 OOO원이다.

(라) 청구인은 2020.2.19. 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후 아래 ＜표1＞과 같이 양도차익을 산정하여 2020.4.29. 2020년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였는데, 구체적으로 청구인은 매입가액에서 쟁점감가상각누계액 등을 차감하는 등 하여 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원으로 산정하였고, 쟁점리모델링비(OOO원)를 가산하는 등 하여 기타필요경비를 OOO원으로 산정하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산 양도 관련 청구인 신고 및 처분청 경정내역

OOO

(마) 처분청은 청구인이 쟁점리모델링비를 지출하였다는 구체적 증빙이 없다고 보아 이를 부인하는 등 하여 위 ＜표1＞과 같이 이 사건 처분을 경정·고지하였는데, 청구인이 쟁점부동산의 매입가액에서 차감한 쟁점감가상각누계액에 대해서는 별도의 경정을 하지 않았다.

(바) 청구인은 쟁점건물의 리모델링을 하고 리모델링비를 지급하였다고 주장하면서 2002년 6월자 견적서 및 리모델링 비용계산서를 제출하였는데, 위 견적서 및 비용계산서에 따르면 청구인은 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO에 도급을 주어 도시가스공사, 전기공사, 변소칸막이공사, 도색, 도배공사, 지하실바닥비닐공사 등을 한 것으로 되어 있으나, 이 사건 사업장에 관한 부가가치세 신고내역 상 세금계산서를 발급한 사실은 없는 것(아래 ＜표2＞ 참조)으로 나타난다.

＜표2＞ 이 사건 사업장 관련 부가가치세 신고내역

OOO

(마) 한편, 양도소득의 필요경비로 인정되는 자본적지출액에 관하여 규정한 「소득세법 시행령」제163조 제3항의 개정연혁은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 「소득세법 시행령」제163조 제3항의 개정연혁

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 우선 쟁점①과 관련하여 처분청은 청구인이 쟁점리모델링비 지출에 관하여 개정규정에 따른 세금계산서 등의 증빙을 제출하지 못한다는 이유로 이를 기타필요경비로 인정할 수 없다는 의견이나, 개정규정은 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것으로 자본적지출액을 양도소득의 필요경비로 인정받기 위해서는 그 지출에 관한 세금계산서 등의 증빙을 필요로 한다는 요건을 새로이 규정하면서도 부칙 제24조에서 개정규정 이전 자본적지출액에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 하고 있는 점, 쟁점리모델링비를 지출한 뒤 19년여가 경과된 시점에서 청구인에게 그에 관한 구체적인 증빙을 요구하는 것은 사회통념상 무리라고 보이는 점(조심 2012중3462, 2012.11.28. 참조), 청구인은 복식부기의무자로서 쟁점리모델링비를 자본적지출로 보아 쟁점건물 가액에 가산하여 회계처리한 뒤 2018년까지 쟁점건물의 감가상각비를 임대소득의 필요경비로 공제하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하였고 처분청이 이에 대하여 달리 경정한 사실이 나타나지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점리모델링비를 쟁점부동산의 기타필요경비에서 부인하여 양도소득세를 과세한 이 사건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②의 경우 쟁점①에 관한 청구주장이 타당하다고 판단한 이상 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략하기로 한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.