조심 2019중1312 (2020.08.27)

OOO세무서장이 2018.12.18. 청구법인에게 한 법인세 2014사업연도분 OOO부과처분은 OOO대 23,154㎡ 중 OOO부속토지인 4,858㎡를 경기도가 실질적으로 구분 소유한 것으로 보아 2013∼2017사업연도 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.12.1. 경기도가 출자(100%)하여 토지 취득·개발 및 공급과 주택 건설·판매 등을 목적으로 설립된 지방공기업으로, 2008.12.29. 경기도로부터 OOO대 23,154㎡(이하 “쌍문동토지”라 한다) 중 18,296㎡를 현물출자 받아 등기부등본상 쌍문동토지를 해당 지분(청구법인 지분 18,296/23,154, 경기도 지분 4,858/23,154)으로 공유하고 있다.

나. 쌍문동토지는 ＜표1＞과 같이 4,858㎡는 OOO 부속토지(이하 “쟁점①토지”라 한다)로 사용되고 있고, 그 외 토지는 달리 사업에 사용되고 있지 아니하며, 그 중 12,318㎡는 2010년 서울특별시로부터 비오톱1등급지로 지정받았다(이하 쌍문동토지 중 쟁점①토지와 비오톱1등급지를 제외한 면적을 “쟁점②토지”라 한다).

＜표1＞ 쌍문동토지 구분

(단위 : ㎡)

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.9.18.부터2018.12.3.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, ＜표2＞와 같이 청구법인이 쟁점①토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 경기도에 무상임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 업무무관자산으로 보아 지급이자 및 유지비용을 손금불산입하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 기타 적출사항을 포함하여 2018.12.18. 청구법인에게 법인세 2014사업연도 OOO각 경정?고지하였고, 2016사업연도 법인세 OOO환급결정하였다.

＜표2＞ 처분청의 과세내역

(단위 : ㎡)

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①토지는 OOO부속토지로 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 부당하다.

(가) 쌍문동토지는 경기도와 청구법인이 공유하는 것으로 등기되어 있으나, 실질적으로 쟁점①토지는 OOO부속토지로 경기도 소유이고, 청구법인이 현물출자받은 토지는 이를 제외한 토지이므로 청구법인이 경기도에 무상으로 임대한 토지는 없다.

1) 청구법인은 2008.12.29. 쌍문동토지 23,154㎡ 중 18,296㎡를 현물출자받은 후 이를 분할하지 아니하고 공유토지로 등기하였으나, 쌍문동토지 중 현물출자 받은 토지 외 4,858㎡는 당초부터 OOO건물로 신축하여 사용하고 있던 토지이다.

2) 2008년 경기도가 현물출자를 할 당시 경기도의회에 제출한 ‘공유재산관리계획 변경안’에 의하면 출자대상 재산을 OOO잔여지로 명시하여 OOO건물의 부속토지는 현물출자에서 제외한 것을 확인할 수 있다.

3) OOO부지면적은 쟁점①토지인 4,858㎡와 그 외 지번 3,173㎡로 이루어져 있는 것을 OOO홈페이지 소유부지 내역과 OOO부지현황을 통해 확인할 수 있다.

4) 청구법인은 OOO행복주택 건설사업 추진 과정에서 경기도와 지분관계가 있는 쌍문동토지를 분할할 필요성이 제기되어 2016.1.12. OOO에 쌍문동토지를 쟁점①토지 4,858㎡는 OOO나머지 18,296㎡는 OOO분할 측량한 분할측량성과도를 제출하였다. 다만 청구법인은 2008년 경기도로부터 쌍문동토지를 현물출자받을 당시 OOO부속토지인 쟁점①토지를 제외한 토지를 현물출자 받았기 때문에 쟁점①토지는 당연히 청구법인의 소유토지에서 제외하는 것으로 인지하고 있었고, OOO행복주택 건설사업을 추진중에도 공유지분을 해소하는 것이 당면한 과제가 아니었기 때문에 쌍문동토지를 분할등기하지 않았다.

5) 따라서 쌍문동토지 중 쟁점①토지는 실질적으로 경기도 소유의 토지로 구분하여 관리하고 있는바, 이를 청구법인과 경기도의 공유토지임을 전제로 무상으로 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 사실관계를 오인한 처분이다.

(나) 쟁점①토지를 무상으로 임대하여 공익목적의 OOO으로 사용하고 있으므로 조세의 부담을 부당히 감소시키는 부당성이 없다.

1) 부당행위계산부인이 성립하기 위해서는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되어야 하고, 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로 경제적 합리성 유무는 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 판단하여야 한다.

2) 쟁점①토지의 지상건물인 OOO소유주는 경기도로서, 경기도는 공익목적으로 미래재원인 경기도 출신의 학생들의 수학의 편의성을 제공하기 위해 OOO신축하여 운영중이고, 저소득층 대학생에게 기숙사를 제공하여 학업에 전념할 수 있도록 OOO신축하였다. 이와 같이 쟁점①토지를 공익목적으로 사용하기 위해 무상으로 임대한 행위에 조세의 부담을 부당히 감소시키는 부당성이 없으므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

(2) 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 업무에 사용하지 아니한 부득이한 사유가 있으므로 업무무관자산에 해당하지 아니한다.

(가) 쟁점①토지는 위에서 언급한 바와 같이 청구법인이 아닌 경기도 소유의 토지에 해당하고, 경기도가 경기도민 대학생에게 기숙사를 제공하여 지역경제활성화와 공공사업을 수행하고 있는 것으로 업무무관자산에 해당하지 않는다.

(나) 쟁점②토지의 경우 비오톱1등급지의 개발금지로 인해 현실적으로 토지의 사용이 제한되고 있으므로 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 부동산”에 해당한다.

1) 「법인세법」상 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산”에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라고 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함하여야 한다(대법원 1994.11.22. 선고 94누2503 판결 등).

2) 청구법인은 경기도로부터 2008년 현물출자받은 토지 중 50%를 초과하는 12,318㎡가 비오톱1등급지로 지정되어 개발이 제한되었고, 이에 청구법인은 잔여 토지만으로 공공주택 건립사업을 수행하는 것은 현실적으로 불가능하였다. 따라서 쟁점②토지의 경우 비오톱1등급지의 개발제한으로 인해 현실적으로 토지의 사용이 제한되고 있으므로 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 부동산”에 해당한다.

(다) 청구법인은 쌍문동토지를 출자받은 이후로 사업추진을 위해 지속적인 노력을 하여 개발 진행중이므로 부득이한 사유로 업무에 사용하지 아니한 경우에 해당한다.

1) 청구법인이 쌍문동토지를 현물출자받은 이후 대부분의 면적이 비오톱1등급지로 지정되어 청구법인의 공공주택건설사업의 진행에 지장이 발생하였고, 이에 청구법인은 개발을 추진하기 위해 비오톱 등급평가 조정을 위한 검토용역을 수행하여 이를 근거로 2014.9.24. 서울특별시에 비오톱1등급지에 대한 등급조정을 신청하였으며, 2015.1.5. 비오톱1등급토지 12,521㎡ 중 9,645㎡를 비오톱1등급지에서 제외한다는 통지를 받은 후 개발 사업추진을 하였다.

2) 청구법인은 ＜표3＞과 같이 2015년 5월 OOO와 “쌍문동 행복주택건설사업”을 위한 업무협약을 체결하였고, 2015년 12월 서울시의회 본회의에 “쌍문동 행복주택 건설 신규사업 추진 동의안”을 상정하여 가결되었다. 그러나 기존 자연환경 훼손 우려, 교통정체 및 지역 슬럼화 우려 등 주민들의 반대 민원이 발생하였고, 관계기관과 수차례 민원해결을 위한 협의도 하였으나, 행복주택사업이 여러 난관에 부딪혀 진행이 어려웠다.

＜표3＞ 개발추진 내역

3) 청구법인의 공공주택 건설사업은 사업을 수행하기 위한 준비절차가 상당한 시간이 소요되는 사업이고, 보유기간 중 비오톱토지 지정으로 인해 사업에 현실적·사실상의 장애가 발생하였으며, 해당 사업의 추진에 지속적인 노력을 다하였기 때문에 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있음이 인정되어야 한다.

4) 처분청은 도지사의 승인없이 도 외 사업 지역을 사업구역으로 확대한 행위가 조례에서 규정한 목적사업의 범위를 위반한 것이므로 쌍문동토지가 비업무용부동산에 해당한다는 의견이나, 경기도로부터 쟁점토지를 현물출자 받을 당시 OOO로부터 승인을 받았기 때문에 행복주택사업 대한 승인을 추가로 받을 필요가 없었다.

5) 한편 청구법인이 2018·2019사업연도에 쟁점①·②토지에 대해 업무무관자산으로 하여 손금불산입 세무조정을 한 것은 조사청의 세무조사로 인해 해당 사업연도 이전 사업연도가 과세되었고, 이에 대해 조세심판원에 불복청구중에 있기 때문에 세무상 리스크를 회피하기 위해 세무조정에 반영한 것이지 조사청의 조사결과를 수용한 것은 아니다.

(라) 「법인세법」에서 업무무관자산을 취득·관리하면서 생기는 지급이자를 손금불산입하도록 규정하고 있는데, 이는 차입금의 비효율적 운용으로 인한 과세소득의 잠식현상을 방지하고 기업자금의 합리적 운용을 유도하기 위한 것으로, 궁극적으로 세법상의 규제를 통해 기업이 투기목적으로 부동산을 보유하는 것을 억제하는데 있다 할 것인데, 청구법인은 경기도가 전액 출자한 공공기업으로서 지역경제활성화에 기여할 수 있고, 또한 공공성을 기반으로 수익사업을 할 목적으로 설립된 법인으로 투기목적으로 쌍문동토지를 취득하지 아니하였으며, 서민들의 주거안정을 위한 행복주택을 건설하기 위하여 OOO공동으로 공공주택 건설사업을 개발중에 있으므로 이를 업무무관자산으로 보아 지급이자 등을 손금불산입하는 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점①토지를 특수관계자인 경기도에 무상으로 임대함으로써 조세를 부당히 감소시켰으므로 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 등기부등본상 쟁점①토지를 경기도와 공유하고 있고, 이를 경기도에 무상으로 임대한 사실을 확인서를 통해 확인하였으므로 쟁점①토지가 경기도 소유라는 청구주장은 타당하지 않다.

1) 쌍문동토지의 등기부등본을 보면 청구법인은 2008년 경기도로부터 대지 23,154㎡ 중 18,296㎡를 현물출자 받아 분할등기한 이력 없이 현재까지 해당 지분만큼 공유의 형태로 소유하고 있고, 쟁점①토지를 경기도에 무상으로 임대하고 있다.

따라서 공유토지인 쌍문동토지 23,154㎡ 중 OOO부속토지에 해당하는 면적은 4,858㎡이고, 이 중 청구법인의 공유지분에 해당하는 면적은 3,838㎡OOO이므로 해당 면적의 무상임대에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 것이다.

2) 대법원 판례(대법원 1998.5.22. 선고 98두2928 판결 등)에서는 “과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제적으로 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부정할 수 없다”고 판시하고 있는데, 청구법인은 조사 당시 “서울특별시 쌍문동 소재 OOO부지를 경기도에 무상임대하여 준 사실이 있다”는 확인서를 작성하였다.

(나) 쟁점①토지를 무상으로 임대한 것은 경제적 합리성을 결여한 것으로서 부당성이 있고, 그 결과 조세부담의 감소가 발생하였다.

1) 청구법인은 쌍문동토지의 일부를 현물출자 받은 대가로 경기도에게 매년 OOO배당을 지급하고 있고, 고액의 재산세 등 관련 유지비용을 지급하고 있으며, 2008년 취득한 이래 10년 이상 무상임대를 한 사실을 비추어 보면 쟁점①토지를 무상으로 임대하고 있는 것은 자본금 전액을 출자한 특수관계자가 아니면 발생할 수 없는 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래에 해당한다.

2) 쟁점①토지는 OOO부속토지로 경기도민 자녀를 위한 학숙시설 용도로 사용되는 한 타 용도로 사용할 수 없고, 처분하기도 어려운 토지인데, 이 같은 무수익 자산을 현물출자 받았고, 이를 다시 무상으로 제공하였으며, 임대사업자로 등록하여 임대수입에대해 법인세 및 부가가치세를 신고납부한 사실이 없으므로 쟁점①토지의 무상임대의 행위는 부당성이 있고, 그 결과 조세부담의 감소가 발생하였다할 것이다.

3) 청구법인은 공익목적으로 쟁점①토지를 무상으로 임대한 것이므로 부당성이 없다고 주장하나, OOO운영주체는 ‘OOO설치 및 운영에 관한 조례’에서 정한 경기도이지 청구법인이 아니고, 청구법인은 특수관계자인 경기도에 쟁점①토지를 무상으로 임대하는 용역만 제공하였을 뿐이다.

4) 최근 대법원에서 인천광역시의 100% 출자로 설립된 OOO인천광역시에 부동산을 저가로 양도한 사안에서 부당행위부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다고 판결(대법원 2019.9.13. 선고 2018두42283 판결)하였으며, 청구법인은 경기도에 사용용도와 목적을 지정하여 임대료 상당액을 기탁한 것도 아닐 뿐만 아니라 기부금 영수증을 받아서 보관한 사실도 없으므로 무상임대에 대한 임대료 상당액이 법정기부금에 해당한다는 청구주장도 타당하지 않다.

(2) 쟁점①토지 및 쟁점②토지는 업무에 사용하지 아니한 부득이한 사유가 있는 부동산에 해당하지 아니하므로 비업무용부동산에 해당한다.

(가) 쟁점①토지의 무상임대행위는 청구법인의 목적사업에 해당하지 아니한다.

청구법인은 경기도민 대학생에게 기숙사를 제공하여 지역경제활성화와 공공사업을 수행하고 있으므로 업무무관자산에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점①토지의 무상임대는 청구법인의 등기부등본상 목적사업에 기재되어 있지 아니하고, 앞서 본 바와 같이 OOO의 운영주체는 경기도이지 청구법인이 아니며, 쟁점①토지는 경기도가 아닌 서울특별시에 소재하고 있어 지역경제활성화에 기여할 수 있는 업무 등이라고 볼 수도 없다.

(나) 쟁점②토지를 개발하지 못한 것은 수익성 악화 문제 및 세금문제 등의 사유로 인한 것으로 확인되므로 이는 법령 등에서 정한 예외사유에 해당하지 아니한다.

1) 「법인세법」에서는 법인의 비업무용부동산을 개별적으로 열거하고, 그 예외사유에 대해서도 「법인세법 시행규칙」 제26조 제5항에서 이를 열거하고 있으므로 예외사유가 없는 한 당해 부동산은 비업무용부동산으로 보아야 한다.

2) 청구법인이 2015.3.25. OOO발송한 ‘공사재산을 활용한 행복주택사업 참여의향 재조회’ 문서에는 쟁점②토지와 비오톱1등급지의 이용현황이 나대지로 기재되어 있다.

3) 처분청은 쌍문동토지 중 쟁점①·②토지만을 비업무용부동산으로 보아 과세하였고, 비오톱1등지는 제외하였다. 따라서 쟁점②토지는 비오톱1등급지로 지정된 토지가 아니므로 법령에 의하여 사용이 제한된 부동산에 해당하지 아니하고, 구체적으로 비오톱1등급지의 지정으로 쟁점②토지가 현실적으로 어떠한 사용제한이 있었는지 구체적으로 입증하고 있지 아니하다.

4) 청구법인은 쌍문동토지를 출자받은 지 5년이 훨씬 넘은 2014.9.29.이 되어서야 서울특별시에 ‘비오톱1등급지 등급 조정 요청서’를 제출하여 사업시행을 하려고 하는 등 취득 이후 지속적인 노력을 하였다고 보기 어렵고, 그마저도 2018년 6월 “OOO변경 추진방안의 수용 어려움, 신규사업 검토 필요”라고 내부 결정하여 동 사업을 사실상 진행하지 못하는 것으로 결정된 사실이 있다.

판례 등에서도 “인가를 받으려고 노력한 것만 가지고는 당해 법인의 업무에 직접 사용한 것이 아니다”라고 일관되게 판시하고 있다(서울고등법원 2012.5.23. 선고 2011누39822 판결 등).

5) ‘OOO잔여부지 주택사업화방안 검토보고(안), 2014.8.5.’ 등에 따르면 청구법인이 쟁점②토지를 취득 후 수년간 업무에 사용하지 못한 사유는 수익성 악화 문제 및 세금문제 등의 사유로 인한 것으로 확인되는바, 이러한 사유는 비업무용부동산에서 제외시킬 수 있는 예외적인 사유에 해당하지 않는다.

(다) 청구법인이 쟁점①·②토지를 취득일로부터 5년 이내에 매매하거나 업무용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 사실이 없으므로 업무무관부동산에 해당한다.

1) 「법인세법 시행규칙」 제26조에 의하면 청구법인과 같이 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산의 경우에는 취득일로부터 5년의 유예기간 동안 업무무관부동산으로 보지 아니하고, “토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우”이거나 유예기간 내에 양도하는 경우 해당 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

2) 쟁점①·②토지는 청구법인이 동일한 날짜에 현물출자 받은 OOO와는 다르게 매각에 제한이 없으므로 청구법인이 주택건설사업용 토지로의 사용이 어려웠다면 유예기간 내인 5년 이내에 토지를 매각하거나 분할하여 매각하는 방법으로 업무무관부동산의 제재에서 벗어날 수 있었음에도 이러한 노력을 하지 아니하였다.

(라) 도지사 승인 없이 도 외 지역을 사업구역으로 확대한 행위는 도 조례에서 규정한 목적사업 범위 위반으로 쟁점①·②토지는 비업무용부동산에 해당한다.

1) 경기도 조례에서 청구법인이 사업구역을 도 관할구역이라고 규정하고 있고, 도지사의 승인을 받은 경우에만 도 외 다른 지역을 사업구역으로 할 수 있도록 했기 때문에 도지사 승인 없이 도 외 지역을 사업구역으로 확대한 행위는 도 조례에서 규정한 목적사업 범위 위반이고, 따라서 쟁점①·②토지는 비업무용부동산에 해당한다.

2) 조사청은 법인세 조사 당시 청구법인에게 도 외의 다른 지역에 위치하고 있는 토지를 사업구역으로 한다는 내용의 도지사 승인서류를 요청하였으나, 청구법인은 이를 제시하지 아니하였고, 경기도의회 제315회 제3차 본회의 회의록에 의하면 쌍문동 행복주택사업에 대한 도지사 승인 결재 서류를 요청하자 정보가 없다는 답변만 하였던 것으로 확인된다. 따라서 청구법인은 쟁점①·②토지에서 「법인세법 시행규칙」 제26조 제2항 제2호에서 정한 “법인 등기본등본상의 목적사업(조례에 정하는 바에 따름)”을 영위하지 아니하였다.

3) 한편 청구법인은 “경기도로부터 쌍문동토지를 현물출자 받을 당시 OOO로부터 승인을 받았기 때문에 행복주택사업에 대한 승인을 추가로 받을 필요가 없었다”라고 주장하나, 이는 쌍문동토지를 현물출자 받는 것에 대한 것이지 당해 행복주택사업에 대해 승인을 받은 것이 아니다.

4) 청구법인은 조사 당시 “서울특별시 쌍문동 소재 OOO부지를 경기도에 무상임대하여 준 사실이 있다”는 확인서를 작성하였고, 조사청의 조사결과를 수용하여 2018·2019사업연도에는 쟁점①·②토지를 비업무용부동산으로 보아 세무조정을 하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①토지 중 공부상 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 경기도에 무상임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분의 당부

② 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 업무무관자산으로 보아 지급이자 등을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

③ 법 제27제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

② 법 제28조 제1항 제4호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.12.1. 경기도가 출자(100%)하여 토지 취득·개발 및 공급과 주택 건설·판매 등을 목적으로 설립된 지방공기업으로, 2008.12.29. 경기도로부터 OOO대 23,154㎡(이하 “쌍문동토지”라 한다) 중 18,296㎡를 현물출자 받아 등기부등본상 쌍문동토지를 해당 지분(청구법인 지분 18,296/23,154, 경기도 지분 4,858/23,154)으로 공유하고 있다.

나. 쌍문동토지는 ＜표1＞과 같이 4,858㎡는 OOO 부속토지(이하 “쟁점①토지”라 한다)로 사용되고 있고, 그 외 토지는 달리 사업에 사용되고 있지 아니하며, 그 중 12,318㎡는 2010년 서울특별시로부터 비오톱1등급지로 지정받았다(이하 쌍문동토지 중 쟁점①토지와 비오톱1등급지를 제외한 면적을 “쟁점②토지”라 한다).

＜표1＞ 쌍문동토지 구분

(단위 : ㎡)

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.9.18.부터2018.12.3.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, ＜표2＞와 같이 청구법인이 쟁점①토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 경기도에 무상임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 업무무관자산으로 보아 지급이자 및 유지비용을 손금불산입하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 기타 적출사항을 포함하여 2018.12.18. 청구법인에게 법인세 2014사업연도 OOO각 경정?고지하였고, 2016사업연도 법인세 OOO환급결정하였다.

＜표2＞ 처분청의 과세내역

(단위 : ㎡)

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①토지는 OOO부속토지로 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 부당하다.

(가) 쌍문동토지는 경기도와 청구법인이 공유하는 것으로 등기되어 있으나, 실질적으로 쟁점①토지는 OOO부속토지로 경기도 소유이고, 청구법인이 현물출자받은 토지는 이를 제외한 토지이므로 청구법인이 경기도에 무상으로 임대한 토지는 없다.

1) 청구법인은 2008.12.29. 쌍문동토지 23,154㎡ 중 18,296㎡를 현물출자받은 후 이를 분할하지 아니하고 공유토지로 등기하였으나, 쌍문동토지 중 현물출자 받은 토지 외 4,858㎡는 당초부터 OOO건물로 신축하여 사용하고 있던 토지이다.

2) 2008년 경기도가 현물출자를 할 당시 경기도의회에 제출한 ‘공유재산관리계획 변경안’에 의하면 출자대상 재산을 OOO잔여지로 명시하여 OOO건물의 부속토지는 현물출자에서 제외한 것을 확인할 수 있다.

3) OOO부지면적은 쟁점①토지인 4,858㎡와 그 외 지번 3,173㎡로 이루어져 있는 것을 OOO홈페이지 소유부지 내역과 OOO부지현황을 통해 확인할 수 있다.

4) 청구법인은 OOO행복주택 건설사업 추진 과정에서 경기도와 지분관계가 있는 쌍문동토지를 분할할 필요성이 제기되어 2016.1.12. OOO에 쌍문동토지를 쟁점①토지 4,858㎡는 OOO나머지 18,296㎡는 OOO분할 측량한 분할측량성과도를 제출하였다. 다만 청구법인은 2008년 경기도로부터 쌍문동토지를 현물출자받을 당시 OOO부속토지인 쟁점①토지를 제외한 토지를 현물출자 받았기 때문에 쟁점①토지는 당연히 청구법인의 소유토지에서 제외하는 것으로 인지하고 있었고, OOO행복주택 건설사업을 추진중에도 공유지분을 해소하는 것이 당면한 과제가 아니었기 때문에 쌍문동토지를 분할등기하지 않았다.

5) 따라서 쌍문동토지 중 쟁점①토지는 실질적으로 경기도 소유의 토지로 구분하여 관리하고 있는바, 이를 청구법인과 경기도의 공유토지임을 전제로 무상으로 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 사실관계를 오인한 처분이다.

(나) 쟁점①토지를 무상으로 임대하여 공익목적의 OOO으로 사용하고 있으므로 조세의 부담을 부당히 감소시키는 부당성이 없다.

1) 부당행위계산부인이 성립하기 위해서는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되어야 하고, 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로 경제적 합리성 유무는 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 판단하여야 한다.

2) 쟁점①토지의 지상건물인 OOO소유주는 경기도로서, 경기도는 공익목적으로 미래재원인 경기도 출신의 학생들의 수학의 편의성을 제공하기 위해 OOO신축하여 운영중이고, 저소득층 대학생에게 기숙사를 제공하여 학업에 전념할 수 있도록 OOO신축하였다. 이와 같이 쟁점①토지를 공익목적으로 사용하기 위해 무상으로 임대한 행위에 조세의 부담을 부당히 감소시키는 부당성이 없으므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

(2) 쟁점①토지 및 쟁점②토지를 업무에 사용하지 아니한 부득이한 사유가 있으므로 업무무관자산에 해당하지 아니한다.

(가) 쟁점①토지는 위에서 언급한 바와 같이 청구법인이 아닌 경기도 소유의 토지에 해당하고, 경기도가 경기도민 대학생에게 기숙사를 제공하여 지역경제활성화와 공공사업을 수행하고 있는 것으로 업무무관자산에 해당하지 않는다.

(나) 쟁점②토지의 경우 비오톱1등급지의 개발금지로 인해 현실적으로 토지의 사용이 제한되고 있으므로 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 부동산”에 해당한다.

1) 「법인세법」상 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산”에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라고 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함하여야 한다(대법원 1994.11.22. 선고 94누2503 판결 등).

2) 청구법인은 경기도로부터 2008년 현물출자받은 토지 중 50%를 초과하는 12,318㎡가 비오톱1등급지로 지정되어 개발이 제한되었고, 이에 청구법인은 잔여 토지만으로 공공주택 건립사업을 수행하는 것은 현실적으로 불가능하였다. 따라서 쟁점②토지의 경우 비오톱1등급지의 개발제한으로 인해 현실적으로 토지의 사용이 제한되고 있으므로 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 부동산”에 해당한다.

(다) 청구법인은 쌍문동토지를 출자받은 이후로 사업추진을 위해 지속적인 노력을 하여 개발 진행중이므로 부득이한 사유로 업무에 사용하지 아니한 경우에 해당한다.

1) 청구법인이 쌍문동토지를 현물출자받은 이후 대부분의 면적이 비오톱1등급지로 지정되어 청구법인의 공공주택건설사업의 진행에 지장이 발생하였고, 이에 청구법인은 개발을 추진하기 위해 비오톱 등급평가 조정을 위한 검토용역을 수행하여 이를 근거로 2014.9.24. 서울특별시에 비오톱1등급지에 대한 등급조정을 신청하였으며, 2015.1.5. 비오톱1등급토지 12,521㎡ 중 9,645㎡를 비오톱1등급지에서 제외한다는 통지를 받은 후 개발 사업추진을 하였다.

2) 청구법인은 ＜표3＞과 같이 2015년 5월 OOO와 “쌍문동 행복주택건설사업”을 위한 업무협약을 체결하였고, 2015년 12월 서울시의회 본회의에 “쌍문동 행복주택 건설 신규사업 추진 동의안”을 상정하여 가결되었다. 그러나 기존 자연환경 훼손 우려, 교통정체 및 지역 슬럼화 우려 등 주민들의 반대 민원이 발생하였고, 관계기관과 수차례 민원해결을 위한 협의도 하였으나, 행복주택사업이 여러 난관에 부딪혀 진행이 어려웠다.

＜표3＞ 개발추진 내역

3) 청구법인의 공공주택 건설사업은 사업을 수행하기 위한 준비절차가 상당한 시간이 소요되는 사업이고, 보유기간 중 비오톱토지 지정으로 인해 사업에 현실적·사실상의 장애가 발생하였으며, 해당 사업의 추진에 지속적인 노력을 다하였기 때문에 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있음이 인정되어야 한다.

4) 처분청은 도지사의 승인없이 도 외 사업 지역을 사업구역으로 확대한 행위가 조례에서 규정한 목적사업의 범위를 위반한 것이므로 쌍문동토지가 비업무용부동산에 해당한다는 의견이나, 경기도로부터 쟁점토지를 현물출자 받을 당시 OOO로부터 승인을 받았기 때문에 행복주택사업 대한 승인을 추가로 받을 필요가 없었다.

5) 한편 청구법인이 2018·2019사업연도에 쟁점①·②토지에 대해 업무무관자산으로 하여 손금불산입 세무조정을 한 것은 조사청의 세무조사로 인해 해당 사업연도 이전 사업연도가 과세되었고, 이에 대해 조세심판원에 불복청구중에 있기 때문에 세무상 리스크를 회피하기 위해 세무조정에 반영한 것이지 조사청의 조사결과를 수용한 것은 아니다.

(라) 「법인세법」에서 업무무관자산을 취득·관리하면서 생기는 지급이자를 손금불산입하도록 규정하고 있는데, 이는 차입금의 비효율적 운용으로 인한 과세소득의 잠식현상을 방지하고 기업자금의 합리적 운용을 유도하기 위한 것으로, 궁극적으로 세법상의 규제를 통해 기업이 투기목적으로 부동산을 보유하는 것을 억제하는데 있다 할 것인데, 청구법인은 경기도가 전액 출자한 공공기업으로서 지역경제활성화에 기여할 수 있고, 또한 공공성을 기반으로 수익사업을 할 목적으로 설립된 법인으로 투기목적으로 쌍문동토지를 취득하지 아니하였으며, 서민들의 주거안정을 위한 행복주택을 건설하기 위하여 OOO공동으로 공공주택 건설사업을 개발중에 있으므로 이를 업무무관자산으로 보아 지급이자 등을 손금불산입하는 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점①토지를 특수관계자인 경기도에 무상으로 임대함으로써 조세를 부당히 감소시켰으므로 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 등기부등본상 쟁점①토지를 경기도와 공유하고 있고, 이를 경기도에 무상으로 임대한 사실을 확인서를 통해 확인하였으므로 쟁점①토지가 경기도 소유라는 청구주장은 타당하지 않다.

1) 쌍문동토지의 등기부등본을 보면 청구법인은 2008년 경기도로부터 대지 23,154㎡ 중 18,296㎡를 현물출자 받아 분할등기한 이력 없이 현재까지 해당 지분만큼 공유의 형태로 소유하고 있고, 쟁점①토지를 경기도에 무상으로 임대하고 있다.

따라서 공유토지인 쌍문동토지 23,154㎡ 중 OOO부속토지에 해당하는 면적은 4,858㎡이고, 이 중 청구법인의 공유지분에 해당하는 면적은 3,838㎡OOO이므로 해당 면적의 무상임대에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 것이다.

2) 대법원 판례(대법원 1998.5.22. 선고 98두2928 판결 등)에서는 “과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제적으로 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부정할 수 없다”고 판시하고 있는데, 청구법인은 조사 당시 “서울특별시 쌍문동 소재 OOO부지를 경기도에 무상임대하여 준 사실이 있다”는 확인서를 작성하였다.

(나) 쟁점①토지를 무상으로 임대한 것은 경제적 합리성을 결여한 것으로서 부당성이 있고, 그 결과 조세부담의 감소가 발생하였다.

1) 청구법인은 쌍문동토지의 일부를 현물출자 받은 대가로 경기도에게 매년 OOO배당을 지급하고 있고, 고액의 재산세 등 관련 유지비용을 지급하고 있으며, 2008년 취득한 이래 10년 이상 무상임대를 한 사실을 비추어 보면 쟁점①토지를 무상으로 임대하고 있는 것은 자본금 전액을 출자한 특수관계자가 아니면 발생할 수 없는 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래에 해당한다.

2) 쟁점①토지는 OOO부속토지로 경기도민 자녀를 위한 학숙시설 용도로 사용되는 한 타 용도로 사용할 수 없고, 처분하기도 어려운 토지인데, 이 같은 무수익 자산을 현물출자 받았고, 이를 다시 무상으로 제공하였으며, 임대사업자로 등록하여 임대수입에대해 법인세 및 부가가치세를 신고납부한 사실이 없으므로 쟁점①토지의 무상임대의 행위는 부당성이 있고, 그 결과 조세부담의 감소가 발생하였다할 것이다.

3) 청구법인은 공익목적으로 쟁점①토지를 무상으로 임대한 것이므로 부당성이 없다고 주장하나, OOO운영주체는 ‘OOO설치 및 운영에 관한 조례’에서 정한 경기도이지 청구법인이 아니고, 청구법인은 특수관계자인 경기도에 쟁점①토지를 무상으로 임대하는 용역만 제공하였을 뿐이다.

4) 최근 대법원에서 인천광역시의 100% 출자로 설립된 OOO인천광역시에 부동산을 저가로 양도한 사안에서 부당행위부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다고 판결(대법원 2019.9.13. 선고 2018두42283 판결)하였으며, 청구법인은 경기도에 사용용도와 목적을 지정하여 임대료 상당액을 기탁한 것도 아닐 뿐만 아니라 기부금 영수증을 받아서 보관한 사실도 없으므로 무상임대에 대한 임대료 상당액이 법정기부금에 해당한다는 청구주장도 타당하지 않다.

(2) 쟁점①토지 및 쟁점②토지는 업무에 사용하지 아니한 부득이한 사유가 있는 부동산에 해당하지 아니하므로 비업무용부동산에 해당한다.

(가) 쟁점①토지의 무상임대행위는 청구법인의 목적사업에 해당하지 아니한다.

청구법인은 경기도민 대학생에게 기숙사를 제공하여 지역경제활성화와 공공사업을 수행하고 있으므로 업무무관자산에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점①토지의 무상임대는 청구법인의 등기부등본상 목적사업에 기재되어 있지 아니하고, 앞서 본 바와 같이 OOO의 운영주체는 경기도이지 청구법인이 아니며, 쟁점①토지는 경기도가 아닌 서울특별시에 소재하고 있어 지역경제활성화에 기여할 수 있는 업무 등이라고 볼 수도 없다.

(나) 쟁점②토지를 개발하지 못한 것은 수익성 악화 문제 및 세금문제 등의 사유로 인한 것으로 확인되므로 이는 법령 등에서 정한 예외사유에 해당하지 아니한다.

1) 「법인세법」에서는 법인의 비업무용부동산을 개별적으로 열거하고, 그 예외사유에 대해서도 「법인세법 시행규칙」 제26조 제5항에서 이를 열거하고 있으므로 예외사유가 없는 한 당해 부동산은 비업무용부동산으로 보아야 한다.

2) 청구법인이 2015.3.25. OOO발송한 ‘공사재산을 활용한 행복주택사업 참여의향 재조회’ 문서에는 쟁점②토지와 비오톱1등급지의 이용현황이 나대지로 기재되어 있다.

3) 처분청은 쌍문동토지 중 쟁점①·②토지만을 비업무용부동산으로 보아 과세하였고, 비오톱1등지는 제외하였다. 따라서 쟁점②토지는 비오톱1등급지로 지정된 토지가 아니므로 법령에 의하여 사용이 제한된 부동산에 해당하지 아니하고, 구체적으로 비오톱1등급지의 지정으로 쟁점②토지가 현실적으로 어떠한 사용제한이 있었는지 구체적으로 입증하고 있지 아니하다.

4) 청구법인은 쌍문동토지를 출자받은 지 5년이 훨씬 넘은 2014.9.29.이 되어서야 서울특별시에 ‘비오톱1등급지 등급 조정 요청서’를 제출하여 사업시행을 하려고 하는 등 취득 이후 지속적인 노력을 하였다고 보기 어렵고, 그마저도 2018년 6월 “OOO변경 추진방안의 수용 어려움, 신규사업 검토 필요”라고 내부 결정하여 동 사업을 사실상 진행하지 못하는 것으로 결정된 사실이 있다.

판례 등에서도 “인가를 받으려고 노력한 것만 가지고는 당해 법인의 업무에 직접 사용한 것이 아니다”라고 일관되게 판시하고 있다(서울고등법원 2012.5.23. 선고 2011누39822 판결 등).

5) ‘OOO잔여부지 주택사업화방안 검토보고(안), 2014.8.5.’ 등에 따르면 청구법인이 쟁점②토지를 취득 후 수년간 업무에 사용하지 못한 사유는 수익성 악화 문제 및 세금문제 등의 사유로 인한 것으로 확인되는바, 이러한 사유는 비업무용부동산에서 제외시킬 수 있는 예외적인 사유에 해당하지 않는다.

(다) 청구법인이 쟁점①·②토지를 취득일로부터 5년 이내에 매매하거나 업무용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 사실이 없으므로 업무무관부동산에 해당한다.

1) 「법인세법 시행규칙」 제26조에 의하면 청구법인과 같이 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산의 경우에는 취득일로부터 5년의 유예기간 동안 업무무관부동산으로 보지 아니하고, “토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우”이거나 유예기간 내에 양도하는 경우 해당 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

2) 쟁점①·②토지는 청구법인이 동일한 날짜에 현물출자 받은 OOO와는 다르게 매각에 제한이 없으므로 청구법인이 주택건설사업용 토지로의 사용이 어려웠다면 유예기간 내인 5년 이내에 토지를 매각하거나 분할하여 매각하는 방법으로 업무무관부동산의 제재에서 벗어날 수 있었음에도 이러한 노력을 하지 아니하였다.

(라) 도지사 승인 없이 도 외 지역을 사업구역으로 확대한 행위는 도 조례에서 규정한 목적사업 범위 위반으로 쟁점①·②토지는 비업무용부동산에 해당한다.

1) 경기도 조례에서 청구법인이 사업구역을 도 관할구역이라고 규정하고 있고, 도지사의 승인을 받은 경우에만 도 외 다른 지역을 사업구역으로 할 수 있도록 했기 때문에 도지사 승인 없이 도 외 지역을 사업구역으로 확대한 행위는 도 조례에서 규정한 목적사업 범위 위반이고, 따라서 쟁점①·②토지는 비업무용부동산에 해당한다.

2) 조사청은 법인세 조사 당시 청구법인에게 도 외의 다른 지역에 위치하고 있는 토지를 사업구역으로 한다는 내용의 도지사 승인서류를 요청하였으나, 청구법인은 이를 제시하지 아니하였고, 경기도의회 제315회 제3차 본회의 회의록에 의하면 쌍문동 행복주택사업에 대한 도지사 승인 결재 서류를 요청하자 정보가 없다는 답변만 하였던 것으로 확인된다. 따라서 청구법인은 쟁점①·②토지에서 「법인세법 시행규칙」 제26조 제2항 제2호에서 정한 “법인 등기본등본상의 목적사업(조례에 정하는 바에 따름)”을 영위하지 아니하였다.

3) 한편 청구법인은 “경기도로부터 쌍문동토지를 현물출자 받을 당시 OOO로부터 승인을 받았기 때문에 행복주택사업에 대한 승인을 추가로 받을 필요가 없었다”라고 주장하나, 이는 쌍문동토지를 현물출자 받는 것에 대한 것이지 당해 행복주택사업에 대해 승인을 받은 것이 아니다.

4) 청구법인은 조사 당시 “서울특별시 쌍문동 소재 OOO부지를 경기도에 무상임대하여 준 사실이 있다”는 확인서를 작성하였고, 조사청의 조사결과를 수용하여 2018·2019사업연도에는 쟁점①·②토지를 비업무용부동산으로 보아 세무조정을 하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①토지 중 공부상 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 경기도에 무상임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분의 당부

② 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지를 업무무관자산으로 보아 지급이자 등을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

③ 법 제27제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

② 법 제28조 제1항 제4호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제26조【업무과 관련이 없는 부동산 등의 범위】① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.

2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 : 취득일부터 5년

② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 "법인의 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

2. 해당 부동산의 취득 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)

가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)

※ 서울특별시 도시계획 조례

제24조【개발행위허가의 기준 등】영 별표 1의2에 따른 개발행위허가의 기준 등은 별표 1과 같다.

별표1(개발행위허가기준)

1. 분야별 검토사항

※ 서울특별시 도시계획 조례 시행규칙

제3조【도시생태현황 조사 및 평가방법】③ 조례 별표 1 제1호가목⑷의 비오톱유형평가 등급 및 개별비오톱평가 등급은 다음과 같다.

1. 비오톱유형평가 등급

가. 1등급 : 보전이 우선되어야 하는 비오톱유형

나. 2등급 : 보전이 필요한 비오톱유형

다. 3등급 : 대상지 일부에 대하여 보전을 하고 잔여지역은 생태계 현황을 고려한 토지이용이 요구되는 비오톱유형

라. 4등급 : 생태계 현황을 고려한 토지이용이 요구되는 비오톱유형

마. 5등급 : 도시생태 측면에서 부분적으로 개선이 필요한 비오톱유형

2. 개별비오톱평가 등급

가. 1등급 : 보호가치가 우선시 되는 비오톱(보전)

나. 2등급 : 보호할 가치가 있는 비오톱(보호 및 복원)

다. 3등급 : 현재로서는 한정적인 가치를 가지는 비오톱(복원)

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청의 세무조사 결과는 다음과 같다.

(가) 조사청의 세무조사 결과, 조사청은 상기 ＜표2＞와 같이 청구법인이 쟁점①토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지(3,838.73㎡)를 경기도에 무상임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 쟁점①토지 및 쟁점②토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지(쟁점①토지 3,838.73㎡, 쟁점②토지 4,723.74㎡, 비오톱1등급지는 서울특별시 조례에 따라 개발행위가 제한되는 것으로 보아 업무무관자산에서 제외함)를 업무무관자산으로 보아 지급이자 및 유지비용을 손금불산입하였다.

(나) 조사청은 그 외에도 ＜표4＞와 같이 과세표준을 경정하고, ＜표5＞와 같이 법인세 2014사업연도 OOO각 경정?고지하였고, 2016사업연도 법인세 OOO환급결정하였다(2013사업연도 법인세는 이월결손금으로 인하여 고지세액이 없음).

＜표4＞ 조사청의 조사 결과 전체 경정 항목별 과세표준 증감 내역

(단위 : 백만원)

＜표5＞ 경정 후 산출세액

(단위 : 백만원)

(2) 처분청이 제출한 쌍문동토지의 행복주택 건설사업 진행 경과 등의 내용은 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 쌍문동토지 행복주택 건설사업 진행 경과

(3) 쌍문동토지의 현물출자 내역은 다음과 같다.

(가) 쌍문동토지의 등기부등본에 의하면, 2008.12.29. 경기도가 쌍문동토지 중 18,296㎡를 청구법인에 현물출자함에 따라 쌍문동토지를 청구법인과 경기도가 ＜표7＞과 같은 지분율로 공유하고 있는 것으로 나타난다.

＜표7＞ 쌍문동토지 등기부등본

(나) 경기도의 자본금 현물출자 통보(예산기획팀-1547, 2008.12.12.) 공문에 의하면, 경기도는 청구법인에 OOO잔여부지인 OOO일원 4필지 18,838㎡를 현물출자한다는 내용이 기재되어 있다.

(다) 청구법인이 제출한 위 OOO잔여부지 지적현황은 다음과 같다.

(4) 쌍문동토지를 지번으로 하는 OOO건축물대장에 의하면, 해당 건물은 지하 1층∼지상 3층의 기숙사이고, 대지면적은 23,154㎡이며, 1990.9.17. 경기도가 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

한편 청구법인이 제출한 OOO부지 현황 자료는 ＜표8＞ 및 ＜표9＞와 같고, 처분청은 쌍문동토지 중 OOO부수토지의 면적이 4,858㎡인 것에 대하여 다툼이 없다.

＜표8＞ OOO홈페이지 소유부지 내역

＜표9＞ OOO부지 세부현황

(5) 청구법인이 쌍문동토지에서 OOO추진한 행복주택사업과 관련하여 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 2014.8.5. 작성한 ‘쌍문동 OOO잔여부지 주택사업화방안 검토 보고(안)’ 및 2018.6.7. ‘쌍문동 행복주택사업 추진 관련 검토보고’에 기재된 주요 내용은 각 다음과 같다.

＜쌍문동 OOO잔여부지 주택사업화방안 검토 보고(안), 2014.8.5.＞

＜쌍문동 행복주택사업 추진 관련 검토보고, 2018.6.7.＞

(나) 2015.3.25. 청구법인이 OOO발송한 ‘공사재산을 활용한 행복주택사업 참여의향 재조회’(매입임대팀-228, 2015.3.25.)에 의하면 쟁점①토지를 제외한 면적 19,296㎡(쟁점②토지와 비오톱1등급지)에 대해 행복주택 사업을 추진하고, OOO필지내 OOO공유지분이며, 필요시 분할을 추진할 예정이라는 내용이 기재되어 있다.

(다) 2015.5.22. 청구법인과 OOO체결한 ‘쌍문동 행복주택건설사업 업무협력 협약서’ 제1조 사업대상지에는 “OOO일원의 청구법인 소유 토지”로 기재하고 있다.

(라) 청구법인은 OOO행복주택 건설사업 추진 과정에서 2016.1.12. OOO분할측량성과도를 제출하였다며 분할측량성과도 1매를 제출하였고, 해당 성과도에는 OOO대 4,858㎡와 443-19 그 외 토지 18,296㎡로 분할측량되어 있으나, 분할신청을 하지는 않은 것으로 나타난다.

(6) 청구법인이 2014.9.29. 서울특별시에 제출한 비오톱1등급지 등급 조정 요청서에는 아래와 같은 내용과 현황도가 첨부되어 있고, 서울특별시는 2015.1.5. 비오톱1등급지가 12,318㎡에서 2,875㎡로 조정처리되었음을 통지하였다.

(7) 그 밖에 조사청이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인의 사업구역은 도 관할구역이고, 도지사의 승인이 있는 경우 다른 지역도 사업구역을 할 수 있으나, 청구법인은 쌍문동 행복주택을 건립하기 위해 도지사의 승인을 받은 서류를 제출하지 아니하였으므로 도지사 승인 없이 도 외 지역을 사업구역으로 확대한 행위는 조례에서 규정한 목적사업 범위 위반으로 쟁점①·②토지는 비업무용부동산에 해당한다며 아래 자료를 제시하였다.

(나) 청구법인이 세무조사 당시 작성한 확인서(2019.11.30.)에는 “청구법인은 서울 쌍문동 소재 OOO부지를 경기도에 무상으로 임대하여 준 사실이 있으며 각 연도별 임대료 시가 상당액은 연OOO확인한다”는 내용이 기재되어 있다.

또 다른 확인서(2018.11.30.)에는 “청구법인은 업무무관부동산에 해당하는 서울 쌍문동 소재 토지와 관련된 지급이자 및 유지비용을 손금에 산입한 사실이 있음을 확인한다”는 내용이 기재되어 있다.

(다) 조사청은 청구법인이 경기도에게 ＜표10＞과 같이 사업연도별로 배당을 지급하였다는 내역을 제시함

＜표10＞ 배당금 지급내역

(단위 : 억원)

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 특수관계자인 경기도에게 등기부등본상 공유로 소유하고 있는 쟁점①토지를 무상으로 임대하였다는 의견이나, OOO부속토지 중 쌍문동토지는 4,858㎡로 나타나고, 이에 대해 양측의 다툼이 없는 점, 경기도의 자본금 현물출자 통보 공문에 따르면 경기도는 2008년경 청구법인에게 쌍문동토지 23,154㎡에서 OOO부속토지인 4,858㎡를 제외한 잔여부지 18,296㎡를 현물출자한 것으로 나타나고, 그에 따라 등기부등본상 청구법인의 지분이 23,154분의 18,296으로 기재되어 있는 점, 청구법인과 OOO의 행복주택 건설사업 협약 및 관련 검토 보고에 따르면, 사업대상지가 쌍문동토지 중 쟁점①토지를 제외한 토지를 대상으로 하고 있고, 사업대상지인 토지는 경기도가 청구법인에게 현물출자한 것으로 기재되어 있으며, 경기도는 사업주체에서 제외되어 있는 점, 청구법인이 2014년 서울특별시에 제출한 비오톱1등급지 조정 요청서의 현황도에도 쌍문동토지 중 쟁점①토지는 경기도 소유로, 나머지 토지는 청구법인의 소유로 구분기재되어 있는 점 등에 비추어 당초 경기도가 쌍문동토지 중 쟁점①토지를 제외한 나머지를 청구법인에게 현물출자하였고, 쟁점①토지를 사실상 경기도가 구분소유하고 있는 것으로 보이는바, 청구법인이 쟁점①토지를 경기도에게 무상임대한 것으로 보기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점①토지와 쟁점②토지 중 청구법인 소유지분에 상당하는 토지(쟁점①토지 3,838.73㎡, 쟁점②토지 4,723.74㎡)를 업무무관자산으로 보아 지급이자 및 유지비용을 손금불산입하였으나, 위 쟁점①에서 본 바와 같이 쟁점①토지는 사실상 경기도 소유로 보아 업무무관자산에서도 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다(이 경우 청구법인소유인 쟁점②토지는 5,978㎡에 해당).

반면 「법인세법 시행령」제49조 제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목에서 규정하고 있는 부득이한 사유가 있다고 보아 업무무관자산에서 제외하는 부동산은 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라도 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인·허가를 해주지 아니하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함한다고 할 것이나, 쟁점②토지의 경우 비오톱1등급지와는 달리 사용이 금지되거나 제한되는 경우에 해당한다고 볼 만한 사정이 확인되지 아니하는 점, 청구법인이 쌍문동토지를 현물출자 받은 지 5년이 경과한 2014년부터 OOO행복주택 건설사업 추진을 한 사실은 인정되나, 건설에 착공하지 아니하는 한 위와 같이 사업추진을 위한 준비만을 반복하였다고 하여 이를 업무에 직접 사용한 것으로 인정하기 부족하고(조심 2018서30, 2018.10.23. 같은 뜻임), 쟁점②토지만으로 업무에 사용하거나 분할이나 매각 등의 방법을 검토해 볼 수 있었을 것이나, 해당 토지만으로는 공공주택 건립사업을 수행하기 어려웠다고 주장할 뿐 이에 대한 정상적인 노력을 충분히 기울였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점②토지가 업무무관자산에 해당하지 아니한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.