조심 2019서0594 (2020.02.26)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1951.11.3. 설립되어 면방직업 등을 영위하는 법인으로, OOO5,821㎡ 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 소유하고 있는 주식회사 OOO(1966.9.8. 설립, 이하 OOO이라 한다)에 대한 지분 100%를 소유하고 있다. 나. 청구법인은 1993.10.1. OOO쟁점토지를 제공하면 청구법인이 비용을 부담하여 쟁점토지 위에 건물(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하고 쟁점부동산에 대한 부동산임대업을 공동으로 영위하기로 하는 내용의 공동사업수익배분계약(이하 “쟁점계약1”이라 한다)을 체결하였고, 2009.10.31.에는 쟁점건물은 청구법인이, 쟁점토지는 OOO각각 소유하며, 쟁점건물을 임대하고 받은 임대수익(이하 “쟁점임대수익”이라 한다)에 대한 두 법인의 손익분배비율을 각 62.2%(청구법인)와 37.8%OOO로 하는 ‘부동산임대사업이익배분계약’(이하 “쟁점계약2”이라 한다)을 체결하여 위 손익분배비율에 따라 수익을 배분하여 법인세 및 부가가치세를 각 신고하였다. 다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.1.17.∼2017.3.31. 기간동안 청구법인에 대한 법인세통합조사(조사대상기간 : 2012.1.1.∼2014.12.31.)를 실시, 청구법인이 OOO에게 분배한 쟁점토지분 임대소득에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점토지분 임차료의 시가를 「법인세법 시행령」제89조 제14항 제1호에 따른 ‘유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받은 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 도는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’으로 보고, 그 시가 초과분에 해당하는 금액을 손금불산입하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 이에 처분청은 2017년 4월 경 청구법인에게 2011 ∼ 2015사업연도 법인세 및 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 청구법인과 OOO간에 쟁점계약에 따른 손익분배비율을 쟁점부동산에 대한 감정평가법인의 감정가액으로 평가하여 정당한 절차와 기준에 따라 산정하였고, 경제적 합목적성이 있어 이에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다며 2017.6.13. 심판청구(조심 2017서3220ㆍ3342)를 제기하였고, 우리원은 2018.3.13. 쟁점토지분 임차료의 시가를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하라 취지의 결정을 하였다. 마. 조사청은 위 결정에 따라 2018.3.22.부터 2018.4.21.까지 청구법인에 대한 재조사를 실시한 후, 2018.4.19. 청구법인에게 당초 조사내용이 정당하다며 당초 처분을 유지한다는 내용의 재조사결정통지를 하였다. 바. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.21. 서울행정법원에 당초 처분의 취소를 구하는 행정소송(서울행정법원 2018구합65262)을 제기하였고, 서울행정법원은 2019.10.1. 청구법인의 청구를 기각하는 결정을 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.11. 서울고등법원에 항소(서울고등법원 2019누67132)하였다. 사. 한편 청구법인은 2016 및 2017사업연도분 법인세 신고시 처분청의 계산방식대로 쟁점토지분 임차료의 시가를 산정하여 청구법인이 신동에게 분배한 쟁점토지분 임대수익 중 위의 시가를 초과하는 금액을 익금산입하여 2017.4.2.(2016사업연도분), 2018.3.31.(2017사업연도분) 추가 신고ㆍ납부한 후, 2018.9.4. 청구법인이 당초 쟁점계약2에 따라 분배한 쟁점토지분 임대수익이 쟁점토지의 시가에 해당한다며, 청구법인이 과다신고한 과세표준 및 세액의 경정을 청구하였다. 아. 처분청은 2018.10.23. 2011 ∼ 2015사업연도의 동일사항에 대해 행정소송이 계류 중이라는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. 자. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인과 OOO2009.10.31. 당초 쟁점토지 위에 청구법인의 자금으로 쟁점건물을 건립하여 임대사업을 영위하면 양사 모두에게 이익이 될 것으로 판단하여 청구법인이 쟁점토지에 토지사용승낙과 임대사업을 위한 지상권계약을 체결한 후 임대사업에 활용하되, 그 임대료 수입은 쟁점부동산의 유사사례가액의 수집이 곤란하여 「법인세법」제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제2항에 따라 시가가 불분명한 경우에 사용하는 ‘일반거래(시가참고용) 임대수입 배분비율 감정평가방법’에 따라 산정하기로 하고, 1993.10.1. 체결한 쟁점계약1에 따른 수익분배비율을 정하기 위해 두 곳의 감정평가법인(청구법인 : OOO)에 쟁점부동산의 감정평가(이하 “쟁점감정평가”라 한다)를 의뢰하였으며, 두 곳의 감정평가법인은 쟁점건물이 준공되어 임대사업 개시일로 정한 2009.6.1.을 기준으로 쟁점부동산의 투입비용을 감안하여 임대권 가치, 임대수익 현가, 복귀가치 등을 고려하여 임대료 산정비율을 산정하였다. 이에 청구법인과 OOO은 위 두 곳의 감정평가법인으로부터 일반거래(시가참조용) 임대수입 배분기준인 감정평가 임대권가치의 평균비율[부동산임대손익배분비율 62.2%(청구법인) : 37.8%OOO]을 결정받아 쟁점계약2를 체결하였다. 임대사업 개시후 청구법인과 OOO은 쟁점계약2에 따라 쟁점건물 소유자인 청구법인이 대표로 임대인으로서 제3자와 임대차계약을 체결하였고, 쟁점계약2의 손익분배비율에 따라 임대수입 및 관련 비용을 배분하여 왔으며, 임차인으로부터 받은 임대보증금도 위 손익분배비율에 따라 배분하여 왔다. (2) 「법인세법」제52조 는 납세자가 특수관계인에게 정상적인 거래형식에 의하지 아니하고 경제적인 이익을 분여함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 부당하게 경감 내지 배제시키는 행위 또는 계산을 조세법적으로 부인하여 과세상 시정할 수 있도록 한 것으로, 처분청은 쟁점부동산의 임대에 대해 「법인세법」제52조 를 근거로 들면서 청구법인과 OOO이 쟁점부동산에 대한 임대사업을 영위한 거래를 부인하고 청구법인이 OOO으로부터 쟁점토지를 임대하여 청구인 단독으로 쟁점건물에 대한 임대사업을 한 것으로 거래를 재구성하고, 청구법인이 OOO에게 배분한 임대수익에서 과세관청이 산정한 임대료를 초과한 부분을 부인하는 기준시가 의제 보충적 평가방법으로 이 건 처분을 하였다. 「법인세법」제52조 의 부당행위계산 부인 대상에 해당하는지 여부와 관련하여 판례는 경제적 합리성 여부를 판단의 기준으로 삼고 있는바, 그 경제적 합리성 여부는 해당 거래의 일부만을 떼어내어 판단할 것이 아니라 거래 전체를 기준으로 판단하여야 하는 것이고(대법원 1988.2.9. 선고 87누925 판결, 대법원 1997.5.28. 선고 95누18697 판결, 대법원 2006.1.13. 선고 2003두13267 판결, 대법원 2006.5.11. 선고 2004두7993 판결 등 참조), 나아가 과세관청이 부당행위계산 부인을 적용한 행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위인지 여부는 과세요건 사실로서 과세관청이 주장ㆍ입증책임을 부담한다(대법원 1995.12.26. 선고 95누3589 판결, 대법원 2007.2.22. 선고 2006두13909 판결, 대법원 2015.12.26. 선고 95누3589 판결 등 다수). 청구법인과 OOO이 각자의 경제적 이해관계를 좇아 쟁점계약2를 체결하고 함께 쟁점부동산 임대사업을 하면서 수익을 분배하는 거래의 방법이 청구법인이 OOO으로부터 쟁점토지를 임차하여 단독으로 임대사업을 한 경우에 비하여 경제적인 합리성이 결여되었다고 볼만한 근거는 어디에도 찾을 수 없고, 청구법인이 100% 지분을 보유한 OOO의 이익은 결국 청구법인에게 귀속되므로 경제적 합리성을 무시하고 OOO에게 유리하게 정할 아무런 이유가 없다. 또한 청구법인과 OOO은 쟁점토지 위에 쟁점건물을 건축하는 기간 동안 임차료를 지급하지 않기로 하는 등 청구법인이 OOO과 함께 쟁점부동산 임대사업을 하는 거래방법이 결과적으로 청구법인에게 불리하고 OOO에게 유리하게 된 것도 아니고, 쟁점부동산의 임대사업을 함께 영위하면서 향후 부당행위계산 부인 문제의 발생을 우려하여 추후 문제가 발생하지 않도록 「법인세법 시행령」제89조 에 따라 두 곳의 감정평가법인의 감정가액의 평균치로 수익분배비율을 정하는 등 평가 전문기관들의 의견을 참조하여 최대한 합리적인 방법으로 수익분배비율을 결정하였다. 쟁점토지분 임차료의 시가는 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 「법인세법 시행령」제89조 제2항에 따라 감정평가법인의 감정가액이 있는 경우 그 가액이 우선 적용되어야 할 것인바, 조세심판원도 과세관청이 유사사례를 충분히 조사하였다고 볼 증빙이 부족하다 하여 재조사 결정을 하였고, OOO지방국세청이 유사사례를 확인하기 위해 재조사를 실시하였으나, 유사사례에 의한 시가를 확인하지 못하고 조사를 종결하였다. 「감정평가에 관한 규칙」에서 임료의 평가는 임대사례비교법에 의하나, 임대사례비교법에 의한 평가가 적정하지 아니한 경우에는 대상물건의 종류 및 성격에 따라 적산법 또는 수익분석법으로 평가할 수 있다고 규정하고 있는바, 쟁점부동산의 경우 임대사례의 수집이 곤란하여 임대사례비교법은 적용하기 곤란하고, 수익분석법은 일반적으로 기업에 적용되는 평가인 점을 고려하여 쟁점부동산을 감정평가한 감정평가법인은 적산법에 의하여 감정하고 이를 기초로 임대료수입 및 임대기간 만료일의 복귀가치를 감안하여 임대수입 배분비율을 산정하였다. 따라서 해당 감정평가서에 따른 OOO의 임대료 배분액은 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제1호에 따른 시가에 해당하고, 그보다 후순위에 있는 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호는 이 건 경정청구 거부처분에 적용될 여지가 없다. (3) 거래의 당사자는 자유롭게 거래상대방, 거래의 내용 및 형식을 선택할 수 있으며 특별한 사정이 없는 한 세법상으로도 이와 같이 당사자들이 선택한 법률행위는 존중되어야 할 것이고, 예외적으로 실질과세의 원칙에 따라 과세하는 경우에도 가장행위거나 조세회피행위의 경우에 한하여 거래를 달리 인정할 여지가 있는 것인바, 청구인과 OOO이 한 임대사업 및 수익의 분배가 가장행위나 조세회피행위가 아님이 명백함에도 과세관청이 청구인과 OOO사이에 쟁점토지에 관한 임대차관계를 재구성하여 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 사실관계에 맞지 아니하는 처분으로서 위법하다 할 것이다. 나. 처분청 의견 청구법인이 임차료 시가산정 방법으로 주장하고 있는 감정평가방법이 적정한지에 대하여 동일사항이 행정소송에 계류중에 있기 때문에 「국세기본법」제45조의2 제2항에 따라 소송에 대한 판결이 있는 경우 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 경정청구할 수 있으므로 청구법인이 제기한 경정청구를 거부한 처분은 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지의 임차료 시가산정의 적정 여부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 자료를 기초로, 과세관청과 처분청의 쟁점토지 임차료 산정방법을 비교하면 다음과 같다. (2) 위의 쟁점감정평가에서 두 감정평가법인들은 쟁점건물과 쟁점토지의 소유자가 상이하여 임대료를 균등하게 배분할 경우 건물소유자(쟁점법인)는 50년 후 자산가치가 없게 되나, 토지 소유자OOO는 토지의 특성상 계속 가치를 지니고 있게 되므로 임대료의 차등배분이 필요하다는 이유에서 임대수익 배분비율 산정을 위한 기초가격 산정 당시 쟁점건물과 쟁점토지의 다음의 평가액 뿐만 아니라 쟁점건물의 인테리어 공사비 및 각종 부담금, 점용료 등을 더하고 쟁점건물의 임대의 기대수익률, 임대차기간 및 복귀가치(쟁점건물은 OOO), 50년 장기임대차를 고려한 할인율 등을 모두 반영하는 방식으로 감정평가를 하였다. (3) 쟁점부동산의 임대와 관련하여 청구법인이 제기한 심판청구(조심 2017.3220ㆍ3342)에 대한 우리원의 결정서에 나타나는 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인과 OOO이 1993.10.1. 체결한 쟁점계약1의 주요내용 (나) 청구법인과 OOO이 2009.10.31. 체결한 쟁점계약2의 주요내용 (다) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 OOO 단독 소유로 되어 있고, 청구법인은 쟁점토지에 대해 지상권을 설정하지 아니한 채, 쟁점건물의 소유권을 가지고 있는 것으로 되어 있다. (라) 쟁점부동산의 임대차계약 및 관리에 대한 계약은 청구법인 단독 명의로 체결하였으며, 쟁점임대수익 배분과 관련하여 OOO이 청구법인에게 배분받은 수익에 대한 매출세금계산서를 발급하였다. (마) 청구법인의 대표이사 OOO가 세무조사 당시 조사청에 다음과 같은 내용의 확인서를 제출하였다. (4) 인터넷 사이트 부동산 공시가격 알리미OOO에서 조회한 쟁점토지의 개별공시지가는 다음과 같다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 청구법인과 OOO이 쟁점토지의 임차료에 대한 유사사례가액의 수집이 곤란하여 2개의 감정평가법인이 각각 적산법에 따라 산정한 수익분배비율의 평균비율에 따라 쟁점토지의 임차료 산정비율을 정하였고, 청구법인의 조세회피목적이 없음이 명백함에도 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 「법인세법 시행령」제89조 에서 시가는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르고, 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)에 의하되, 이를 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 본다고 규정하고 있는바, 쟁점감정평가는 그 목적이 임대수익의 배분비율을 정하기 위한 것으로 쟁점토지의 임차료 시가를 감정한 것이 아닌 점, 쟁점감정평가에서 쟁점부동산에서 발생하는 임대수입 및 임대기간 만료일의 복귀가치를 감안하여 쟁점부동산의 가치비율에 따라 그 배분비율을 감정하였는데, 그 결과 쟁점건물에서 발생되는 임대수입이 증가할 경우 쟁점토지의 임대수입 또는 가치의 변동이 없다 하더라도 OOO이 청구법인으로부터 배분받을 수 있는 임차료는 증가하게 되어 쟁점감정평가를 쟁점토지의 임차료에 관한 평가라고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO에게 쟁점부동산의 임대수입을 쟁점감정평가에 의한 배분비율에 따라 배분한 것은 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다 할 것이고, 쟁점토지에 대한 쟁점감정평가의 감정가액은 가격시점을 2009.6.1.로 하여 평가한 것이어서 위 시행령상의 자산시가로 보기는 다소 미흡한 점이 있기는 하나, 쟁점토지의 감정가액이 2016년.2017년까지의 쟁점토지의 개별공시지가보다 높아 결과적으로 청구법인에게 불리한 것도 아니어서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 일부개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우 7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 (3) 민법(2017.10.31. 법률 제14965호로 일부개정되기 전의 것) 제279조(지상권의 내용) 지상권자는 타인의 토지에 건물 기타 공작물이나 수목을 소유하기 위하여 그 토지를 사용하는 권리가 있다. 제703조(조합의 의의) ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. ② 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다. 제711조(손익분배의 비율) ① 당사자가 손익분배의 비율을 정하지 아니한 때에는 각 조합원의 출자가액에 비례하여 이를 정한다. ② 이익 또는 손실에 대하여 분배의 비율을 정한 때에는 그 비율은 이익과 손실에 공통된 것으로 추정한다.