서울행정법원-2018-구합-65262 (2019.09.20)

사 건

서울행정법원-2018-구합-65262

원 고

**방직

피 고

oo세무서장외 1

변 론 종 결

2019. 7. 12.

판 결 선 고

2019. 9. 20.

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

원고에게, ① 피고 oo세무서장이 2017. 3. 20. 및 2017. 4. 3. 한 [별지 1]기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분, 2017. 4. 3. 한 2013 사업연도 법인세(가산세 포함) 2,156,335,710원 부과처분 중 860,501,410원을 초과하는 부분, ② 피고 ※※세무서장이 2017. 4. 3. 한 [별지 2]기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

1) 원고는 면사, 화섬사 및 직물의 제조 가공과 판매업을 목적으로 1861. 8. 10. 설립된 회사이다.

2) 주식회사 신**(이하 ‘신**’이라 한다)은 1966. 9. 8. 설립되어 부동산임대업 등을 영위하고 있는 회사로, 원고가 그 발행주식을 전부 소유한 원고의 자회사이다.

나. 부동산 소유관계 및 임대수익의 배분

1) 원고는 1993. 10. 1. 서울 용산구 **동 741 5,821m2(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 소유하고 있던 신동과 아래와 같은 내용의 ‘공동사업 수익배분 계약’을 체결하였다.

공동사업 수익배분 계약서

제1조(공동사업의 내용)

1. 본 공동사업은 신동이 제공하는 이 사건 토지 위에 원고 명의의 복합건물을 신축하여 임대사업용으로 사용함을 목적으로 한다.

2. 임대사업용 부동산에서 발생하는 임대수입은 제3조의 규정에 따라 계산하다.

제2조(임대사업 전 토지임차료)

신**은 원고에게 공사완료 후 토지 해당분에 대한 임대수입을 얻을 수 있으므로 공동사업을 위하여 공사시간 내 토지사용에 대한 임대료를 받지 않는다.

제3조(임대료 수입의 배분)

1. 공사 완료 후 부동산 임대 수익금액에서 빌딩관리비 등을 제외한 금액을 기준으로 원고가 부담한 건출물 신축비와 신**이 부담한 토지가액(준공검사 당시의 토지 평가가액)을 기준으로 안분계산한다.

2. 원고와 신**의 임대수입 금액은 원고가 계산하여 신**에게 통보한 후 준공검사 후 재약정에 따라 지급하기로 결정한 신**에게 지급한다.

2) 원고가 1993. 1. 3. &&구청장으로부터 이 사건 토지 지상의 건물 신축을 위한 건축허가를 받아 2009. 5. 27. 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축․준공한 후 &&구청장으로부터 사용승인을 받았다.

3) 원고와 신**은 이 사건 건물의 사용승인 후 이 사건 토지 및 건물의 임대에 따른 수익분배비율을 정하기 위하여 2개의 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였고, 위 각 감정평가법인은 2009. 6. 1.을 기준시점으로 하여 임대료배분비율을 산정하였다(이하 ‘이 사건 감정평가’라 한다).

4) 원고와 신**은 2009. 10. 31. 이 사건 감정평가에 따른 가액을 평균하여 손익분배비율을 62.2%(원고) : 37.8%(신**)로 하는 내용의 부동산임대사업 이익배분계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 법인세 및 부가가치세 신고 및 세무조사

1) 원고는 이 사건 건물을 임대하고 받은 임대수익을 이 사건 계약에서 정한 손익분배비율에 따라 신**에게 배분하고 그에 따른 법인세 및 부가가치세를 신고하였다.

2) 서울지방국세청장은 2017. 1. 17.부터 2017. 3. 31.까지 원고에 대한 2012 내지 2014 사업연도(기분 : 2012. 1. 1. ~ 2014. 12. 31.) 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고가 특수관계에 있는 신**으로부터 이 사건 토지를 임차하여 단독으로 이 사건 건물에 대한 임대사업을 영위한 것으로 판단하고, 원고가 신**에게 시가를 초과하여 지급한 임료는 부당행위계산 부인대상에 해당하고, 원고가 임차인으로부터 지급받은 임대보증금 전액은 원고에게 귀속된 것으로 보아야 한다는 내용이 포함된 과세자료를 피고들에게 통보하였다.

라. 법인세 및 부가가치세 부과처분

1) 피고 ○○세무서장은 원고가 신**에게 분배한 임료 지급액 중 일부를 부인하여 익금에 산입하는 등 이 사건 세무조사결과를 반영하여 원고에게 2011 내지 2015 사업연도 법인세 합계 3,707,763,220원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이 법인세 부과처분 중 이 사건 토지의 임료와 관련된 법인세 부과처분 내역은 [별지 1] 및 2013 사업연도 법인세 2,156,335,710원 부과처분 중 860,501,410원을 초과하는 부분이다).

2) 피고 ※※세무서장 역시 이 사건 세무조사결과를 반영하여 2017. 4. 3. 원고에 대한 간주임대료를 추가로 산정하여 2012년 제1기부터 2016년 제2기까지 [별지 2] 기재와 같이 합계67,550,510원(가산세 포함)의 부가가치세를 경정․고지하였다(이하 [별지 1] 법인세 부과처분, 2013 사업연도 법인세 2,156,335,710원 부과처분 중 860,501,410원을 초과하는 부분 및 [별지 2] 부가가치세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 조세심판청구 및 재조사

1) 원고는 2017. 6. 13. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2018. 3. 13. 이 사건 토지의 임료 시가를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하는 내용의 재조사결정을 하였다.

2) 위 재조사결정에 따라 서울지방국세청은 2018. 3. 22.부터 2018. 4. 21.까지 재조사를 실시하였으나 당초 조사내용이 정당하다고 판단하고, 이 사건 처분을 그대로 유지하는 내용의 재조사 결과를 2018. 4. 19. 원고에게 통지하였다.

2. 관계 법령

별지 3 기재와 같다

3. 중복세무조사 해당여부

가. 원고의 주장

원고는 과세관청으로부터 2009 내지 2012 사업연도에 관한 세무조사를 받았는데도 2011 내지 2015 사업연도를 조사대상 과세기간으로 한 이 사건 세무조사를 받았고, 그에 따라 이 사건 처분이 이루어졌다.

따라서 이 사건 처분 중 2011 및 2012 사업연도를 대상으로 한 처분은 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에 의하여 금지되는 재조사에 기초하여 이루어진 것이어서 위법하다.

나. 인정사실

갑 8, 9, 13 내지 15호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

① **지방국세청은 2013. 4. 10. 원고에 대한 2009 사업연도 법인세 통합조사를 실시하였는데, 조사 과정에서 화재로 폐쇄된 원고의 **공장 건물 및 구축물에 대한 감가상각비가 2009 사업연도 외에 2010 ~ 2012 사업연도에도 과대계상되어 법인세가 탈루되었다는 사실이 밝혀짐에 따라 2013. 6. 3. 조사대상 과세기간을 2009 ~ 2012 사업연도로 하여 ‘**공장 건물 감가상각비 과대계상’ 항목에 특정하여 조사범위를 확대하였다(이하 ‘이 사건 1차 세무조사’라 한다).

② 서울지방국세청은 2017. 1. 17. 이 사건 세무조사인 원고의 2012 ~ 2014 사업연도 법인세 통합조사에 착수하였는데, 당시 원고의 2012 사업연도와 관련하여 이 사건 1차 세무조사에서 범위가 확대된 부분은 조사 대상에서 제외되었다.

③ 서울지방국세청은 2017. 2. 24. 2011 사업연도에 관하여는 지급수수료(토지 임차비용) 항목에 대하여, 2015 사업연도에 관하여는 지급수수료(토지 임차비용), 감주임대료, 감가상각비(미술품) 항목에 대하여, 2016 사업연도에 관하여는 간주임대료 항목에 대하여 조사범위를 확대하였다.

다. 관련 법리

1) 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금 탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조).

2) 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는 이러한 후속조치는 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다. 그리고 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 하므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당한다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결 참조).

라. 판단

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실 및 증거에 갑 10내지 12, 32, 33호증의 기재를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 1차 세무조사 당시 2011 및 2012 사업연도의 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 특별한 사정이 인정되고, 이 사건 세무조사는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 다시 세무조사가 이루어진 것이어서 금지되는 재조사에 해당한다고 볼 수 없다. 또한 이 사건 세무조사 당시 이 사건 토지 임료 부분에 관하여 조사가 확대된 것은 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 재조사를 개시한 것이어서 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 재조사의 예외적인 허용사유에도 해당한다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 1차 세무조사는 2009 사업연도를 대상으로 실시되었으나 세무조사 과정에서 원고 소유의 창원공장 건물 등의 감가상각비 과대계상으로 인한 손금불산입 문제가 밝혀졌고, 위 문제로 인한 세액 산정의 잘못이 여러 사업연도에 걸쳐 나타날 수 있어 **지방국세청장은 2010 ~ 2012 사업연도에 대하여도 조사 항목을 ‘건물 감가상각비 과대계상’ 항목에 특정하여 조사범위를 확대한 것이다. 따라서 2011 및 2012 사업연도에 관한 당초의 세무조사는 2009 사업연도에 대한 세무조사 도중 다른 과세기간에도 동일한 잘못이 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 부분적으로 세무조사의 범위가 확대된 것이어서, 조사 당시 2011 및 2012 사업연도의 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것은 무리였다고 보인다.

② 서울지방국세청은 2017. 1. 17. 이 사건 세무조사에 착수하였는데, 그 조사 대상이 2012 ~ 2014 사업연도 법인세 통합조사이기는 하나 2012 사업연도와 관련하여 이 사건 1차 세무조사에서 조사되었던 부분(감가상각비 과대계상)은 조사 대상에서 제외되었다. 이후 2011 사업연도까지 세무조사 범위가 확대되기는 하였으나, 이는 2012 ~ 2014 사업연도에 대한 통합조사 시 새로이 이 사건 토지의 임료가 신동에 과다하게 지급된 사실이 드러남에 따라 토지 임료 항목에 국한되어 세무조사가 확대된 것이어서 이 사건 1차 세무조사의 범위와 중첩되지 않는다.

③ 원고는 이 사건 1차 세무조사 당시 **지방국세청이 이 사건 토지의 임료를 과다지급한 사유에 대한 해명을 요구하였고, 이에 따라 원고가 관련 자료를 제출함으로써 2009 ~ 2013 사업연도에 대한 이 사건 토지 임료 과다지급도 조사되었다고 주장하면서 이를 뒷받침하는 자료로 원고 경리부장 작성의 세무조사 확인서(갑 32호증), 원고 직원 최명진 발송 이메일(갑 33호증)을 들고 있다.

그러나 **지방국세청은 이 사건 1차 세무조사 당시 2009 사업연도에 국한하여 원고에게 당해 연도의 토지 임료가 신**에게 과다지급된 사유의 해명만을 요청하였을 뿐이고, 중복 세무조사가 문제되는 2011 및 2012 사업연도의 임료 과다지급에 대하여 해명을 요청하거나 조사범위를 확대하지 아니하였다. 위 해명 요청에 따라 원고가 과세관청에 제출한 자료에 2012 ~ 2013 1분기까지 이 사건 건물의 임대수익 및 경비 배분내역이 첨부되어 있기는 하나 이는 납세자가 자발적으로 세무조사 대상기간이 아닌 사업연도의 자료를 제출한 것이어서, 이로써 해당 사업연도에 대한 세무조사가 실시된 것으로 볼 수도 없다.

④ 이 사건 1차 세무조사 당시 원고는 신**과 이 사건 토지 및 건물을 공동으로 임대하고 수익을 배분하는 내용의 공동사업을 영위하였다고 주장하면서 이를 뒷받침하는 자료(‘부동산 임대사업 이익배분 계산서’ 및 각 감정평가서)들을 제출하였다. 그러나 이 사건 세무조사 시 원고 주장과는 달리 원고 단독 명의의 임대사업자등록증, 원고를 단독 임대인으로 한 이 사건 건물에 관한 임대차계약서, 신**은 원고에게 이 사건 토지를, 원고는 임차인들에게 이 사건 건물을 각 임대하는 것을 전제로 발급된 세금계산 등의 자료가 드러나자 과세관청이 이 부분 세액의 오류를 탐지하게 된 것이므로, 이러한 점에서도 이 사건 1차 세무조사 시 이 사건 토지 임료의 과다자급 여부가 조사되었다거나 조사될 수 있었다고 보이지 않는다.

⑤ 이 사건 세무조사 당시 서울지방국세청은 원고가 신**으로부터 이 사건 토지를 임차하여 단독으로 이 사건 건물에 대한 임대사업을 영위하면서도 신**과 이 사건 계약을 체결하고 이를 근거로 여러 사업연도에 걸쳐 신**에게 시가를 초과한 임료를 지급한 사실을 발견하고, 이에 따라 위 특정 항목에 관한 세무조사를 다른 과세연도에까지 확대한 것이다. 이는 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우로서 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 재조사의 예외적 허용사유에도 해당한다.

4. 신의성실의 원칙 위배 여부

가. 원고의 주장

**지방국세청장은 이 사건 1차 세무조사에서 원고의 신**에 대한 토지 임료 과다지급 가능성을 문제삼아 관련 증빙 및 서류 등을 원고에게 요구하였으나, 원고로부터 제출받은 소명서 및 자료 등 관련 사항을 검토한 후 이 부분은 과세대상이 아니라고 판단하여 원고에게 그와 같은 내용의 조사결과를 통보하였다. 이에 원고는 과세관청의 조사결과를 신뢰하여 현재까지 같은 방법으로 거래한 것이다. 이는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한 것이고 납세자인 원고가 귀책 사유 없이 그와 같은 공적인 견해를 신뢰하였으므로, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 반한다.

나. 판단

1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2018두42559 판결 등 참조).

국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법인 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조).

2) 앞서 본 사실관계와 갑 8 내지 13호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 이유들을 종합하여 보면, 과세관청이 원고에게 과세하지 않겠다는 취지의 공적인 견해를 표명하였다거나 비과세관행이 성립하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① **지방국세청은 이 사건 1차 세무조사 당시 원고에게 이 사건 토지 임료를 신동에게 과다지급한 경위를 설명할 것을 요청하였고, 원고의 소명자료를 받은 뒤 이 부분에 관하여 과세를 하지는 않았다. 그러나 이는 2009 사업연도에 국한된 요청이었고, 과세관청이 다른 사업연도에 대하여 자료 제출을 요청하거나 세무조사를 진행한 바는 없다.

② 이 사건 1차 세무조사 후 이루어진 **지방국세청장의 원고에 대한 세무조사결과통지는 원고의 당초 신고내용 중 이 사건 1차 세무조사 결과 드러난 잘못을 반영한 고지예상세액 등을 원고에게 통보하는 것일 뿐이고, 그와 같은 세무조사결과통지가 원고가 신**에게 지급한 이 사건 토지의 임료가 별도의 과세대상이 아니라거나 향후에 과세를 하지 아니할 것이라는 내용의 공적인 견해를 표명한 것이라고 볼 수는 없다.

③ 앞서 살핀 바와 같이 원고는 이 사건 1차 세무조사 당시 신**과 이 사건 토지 및 건물 임대에 관한 공동사업을 영위하여 수익을 배분한 것이라고 주장하면서 근거 자료를 제출하여 그에 관한 추가 조사나 과세가 이루어지지 않았으나, 이 사건 세무조사 당시에는 원고가 신**으로부터 이 사건 토지를 임차한 것임을 전제로 하는 자료가 드러나 과세관청이 뒤늦게 이 부분 세액의 오류를 탐지하게 된 것이므로, 납세자인 원고에게 귀책사유가 없다거나 이 사건 세무조사에 따라 이 사건 처분이 이루어짐으로써 원고의 이익이 침해되는 결과가 초래되었다고 볼 수도 없다.

5. 부당행위계산 부인대상 여부

가. 원고의 주장

1) 원고와 신**은 이 사건 토지 및 건물의 임대에 관한 공동사업을 영위한 것은 아니나,1) 원고는 신동과 사이에 이 사건 토지와 건물의 각 임료 시가를 감정하여 그 비율에 따라 이 사건 토지 및 건물의 임대수익을 안분하기로 약정하였다. 이를 위하여 2개 감정평가법인에 감정을 의뢰하여 그 감정 결과에 따라 손익분배비율을 62.2%(원고) : 37.8%(신**)로 한 이 사건 계약을 체결한 뒤 이 사건 건물의 임대수익을 신동에게 분배하여 주었다. 이는 사적자치의 원칙상 허용되는 형태의 계약으로서 그 경제적 합리성이 인정된다.

2) 원고와 신**은 임대수익 분배비율을 정하기 위하여 이 사건 토지 및 건물 임료의 적정 시가에 대한 감정을 하였고, 이에 따라 그 비율을 정한 것이므로, 신**에게 지급한 임료는 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 제1호에 따른 ‘시가’에 해당한다.

3) 그럼에도 피고들은 원고가 신**에게 시가를 초과하여 임료를 지급하였다고 보고 이를 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이라고 판단하여 이 사건 처분을 하였으므로 이는 위법하다.

나. 관련 법리

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조).

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 4 내지 7, 20 내지 25, 28호증, 을 3 내지 10, 12 내지 18호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1) 원고와 신**은 1993. 1. 3. 공동으로 이 사건 건물 신축에 관한 건축허가를 받았다가 이후 건축주를 원고로 변경하였다. 원고는 1993. 12. 31. 벽*건설 주식회사와 공사계약을 체결하고 공사를 하였으나 1996년경 공사가 중단되었다. 그 후 2006. 5. 17. 공사를 재개하여 이 사건 건물을 완공한 후 2009. 5. 27. &&구청장으로부터 사용승인을 받고 2009. 7. 6. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다. 원고는 1993. 10. 1.자 ‘공동사업 수익배분 계약’에서 정한대로 이 사건 건물의 공사기간 동안 신**에 이 사건 토지에 관한 임료를 지급하지는 않았다.

2) 2009. 6. 1. 개별적으로 원고는 이 사건 건물에 관하여, 신**은 이 사건 토지에 관하여 임대사업의 사업자등록을 하였다.

3) 이 사건 건물에 대한 사용승인 후 원고와 신**은 2009년 6월경 이 사건 건물에서 발생되는 임대수입을 배분하기 위한 감정평가를 2곳의 감정평가법인에 의뢰하였는데, 그 후 추가공사비가 발생하자 2009년 10월경에 위 추가공사비까지 반영한 감정평가를 다시 의뢰하였다.

4) 감정평가를 의뢰받은 감정평가법인들은 임대수입 배분비율을 산정하기 위한 전제로서 2009. 6. 1.을 가격시점으로 한 이 사건 토지의 가격을 44,996,330,000원[주식회사 **감정평가법인(이하 ‘**감정’이라 한다)]과 44,938,135,000원[주식회사 &&감정평가법인(이하 ‘&&감정’이라 한다)]으로, 이 사건 건물의 가격을 38,992,940,800원(**감정)과 37,175,444,650원(&&감정)으로 평가하였다.

한편 위 감정평가법인들은 감정목적이 이 사건 토지 및 건물로부터 발생되는 임대수입을 원고와 신**이 소유한 가치의 비율에 따라 적정하게 배분하기 위한 것이나, 이 사건 토지는 신**이, 건물은 원고가 소유하고 있어 이 사건의 경우에는 구「감정평가에 관한 규칙」(2014. 1. 2. 국토교토부령 제55호로 개정되기 전의 것) 제22조 본문에서 정한 임대사례비교법에 의한 평가는 적정하지 않다고 보고, 단서에 따라 적산법에 의한 적산임료를 기준으로 각 소유자의 임대권가치를 구하여 그 배분비율을 산정하였다.

5) 감정평가법인들은 이 사건 토지의 임대권가치는 36,708,000,000원(**감정)과 36,701,000,000원(&&감정)으로 이 사건 건물의 임대권가치는 61,343,000,000원(**감정)과 59,314,000,000원(&&감정)으로 평가하였다. 한편 이 사건 건물의 임대권가치는 건물 가액 외에 건물의 인테리어 공사비와 각종 부담금 및 점용료도 포함하여 평가되었다.

6) 원고와 신**은 이 사건 감정평가에 따라 이 사건 토지와 건물의 임대수입 배분비율을 62.2%(원고) : 37.8%(신**)로 확정하고, 2009. 10. 31. 이 사건 계약을 체결하였는데, 그 구체적인 내용은 다음과 같다.

부동산 임대사업 이익배분 계약서

건축물 소유주 원고와 토지 소유주 신**은 1993년 체결한 공동사업계약서 제3조에 따라 각자 소유의 부동산을 2009. 10. 31. 기준으로 감정평가법인에 감정평가 의뢰하여 감정평가받은 각자 재산의 투자가치평가액으로 부동산임대사업에서 발생할 수 익과 비용을 아래와 같은 조건으로 배분할 것을 상호합의하고 확정계약을 체결한다.

제1조(부동산임대사업 내용)

1. 본 사업은 신**이 소유한 이 사건 토지의 사용승낙과 지상권투자와 원고가 투자하여 원고 명의로 신축․등기한 복합건축물의 부동산임대사업을 통하여 양사 모두의 투자수익률을 높여 각자 소유한 부동산의 투자가치에 비례하는 임대손익의 배분을 목적으로 한다.

2. 공동경영과 책임으로 손익배분할 부동산임대사업은 각자 소유 재산으로 고나할세무서에 2009. 6. 1. 기준으로 각자 임대사업자등록한다.

3. 동 사업의 임대차계약서 작성을 위해 원고들 대표사업자로 정하고 임대인의 명의를 원고로 하며, 대표사업자인 원고가 임대용역의 공급에 대한 매출세금계산서를 임차인에게 교부한다.

4. 제3자로부터 공동비용(임대원가)에 대한 매입세금계산서 등을 원고가 일괄교부받아 부가가치세법 시행규칙 제18조(공동매입 등에 대한 세므계산서 교부)의 규정에 준하여 신**에 교부하고, 신**은 토지사용료 명목으로 원고에게 매출세금계산서를 교부하여 공동경영과 책임에 대한 손익을 확정하고 임대용사업에 대한 세무신고(예: 법인세, 부가가치세) 등을 한다. 이 때 안분기준인 투자손익분배비율은 아래 제3조 제1호에서 정한 비율로 한다.

제2조(부동산임대사업과 관련한 각자재산에 대한 책임)

1. 투자수익을 높이기 위해 원고와 신**이 합의 하에 동 임대사업을 진행하였으므로 사업준비기간 중 자신의 부동산과 관련한 비용은 각자의 부담으로 한다.

2. 또한 각자재산으로 사업개시 후 동 임대사업과 관련하여 비용분담이 필요한 경우 제3조의 투자손익분배비율에 따라 원고와 신동이 공동부담하는 것을 원칙으로 하되 기타 필요한 경우 세부분담비율을 상호합의하여 결정할 수 있다.

제3조(부동산임대손익의 배분)

1. 부동산임대손익 안분기준결정을 위해 임대사업의 개시일인 2009. 6. 1. 감정평가법인에 감정의뢰하여 감정평가받은 원고 소유의 건축물 감정가액과 신** 소유 토지 감정가액의 투자수익을 기준으로 산정한 투자손익분배비율 원고 62.2% vs 신** 37.8%로 결정한다.

2. 임대사업에서 발생한 임대원가(각자의 재산에서 발생된 원고의 건축물 감가상각비와 보유세 및 신동의 토지분 보유세는 제외)를 원고가 계산하여 익월 10일까지 신**에 통보하고 신**의 이의제기가 없는 경우 즉시 정산하는 것으로 한다.

3. 위 부동산의 임대보증금은 임차인이 원고에게 입금하는 동시에 위 비율로 안분하여 신**에 익일까지 입금함을 원칙으로 하며, 부동산임대차계약의 해지로 임대보증금을 반환하는 경우에는 위의 역순으로 처리한다.

4. 투자손익분배비율 결정을 위한 임대사업용부동산의 감정은 10년 주기로 재평가함을 원칙으로 하되, 특별한 부동산가치의 변동이 있는 경우 평가기간 중 상호합의하여 재감정의뢰하여 새로이 결정할 수 있다. 이 경우 감정평가주기는 재감정일로부터 다시금 10년 주기로 평가함을 원칙으로 하고 감정평가수수료는 각자의 부담으로 한다.

7) 원고는 이 사건 계약에서 정한대로 이 사건 건물의 임대차계약 및 건물관리용역계약을 단독으로 체결하였고, 그에 관한 제반행위 역시 원고가 전적으로 수행하였으며, 이 사건 건물 임대에 관한 매출세금계산서 역시 원고 명의로 발행하였다.

8) 원고는 이 사건 건물의 임차인들로부터 임료를 지급받아 그 중 이 사건 계약에 따라 안분한 금액을 신**에게 지급하였고, 신**은 지급받은 임료에 관하여 품목을 ‘임대료’로 하여 신**을 공급자로, 원고를 공급받는 자로 한 세금계산서를 발행하여 원고에게 교부하였다.

9) 서울지방국세청은 조세심판원의 재조사결정에 따라 이 사건 토지의 임료 시가를 재조사하였는데, 국세청 통합전산망을 통해 주변 임대차 내역을 조사하였으나 이 사건 토지 및 건물과 같이 토지와 건물의 소유자가 다른 경우를 찾을 수 없었고, 2018. 3. 30.에는 현장확인 출장조사도 하였지만 관련 유사사례를 찾을 수 없었다. 또한 원고가 파악한 유사사례를 인근 부동산중개업자 등을 통해서도 조사하였으나 그들 역시 확인하지 못하였다고 회신하였다.

라. 판단

1) 이 사건 계약의 실질

이 사건 계약에 관하여 원고는 신**과 공동사업을 영위한 것이 아니라고 하면서, 전형적인 토지임대차에서는 임대인이 임차인으로부터 일정 금액의 고정된 임료만을 지급받음에 반해 이 사건 계약에서는 ‘지상권자인 원고가 이 사건 토지에 건물을 신축하여 임대업을 영위하고 지상권설정자인 신**에 그 수익의 일부를 나누어 주기로 하여 공동사업의 이익 배분과 유사하게 토지의 사용대가를 정하였고, 그 경제적 실질은 이 사건 건물의 임대업의 이익에 연동되는 변동지료를 지급하기로 한것이라고 하면서 가장 공정하고 합리적인 임료를 산정하기 위하여 이 사건 토지와 건물의 임료시가를 감정하여 그 시가 비율로 임료를 안분한 것이라고 주장한다.

이와 같은 원고의 주장은 당사자 사이에 이 사건 토지에 관한 임대차계약이 체결되었음을 전제로 한 것으로, 이 사건 계약의 실질은 결국 그 임대차계약에 따른 토지 임료를 결정하기 위한 것이라고 보아야 한다. 원고의 대표이사 김*수(을 8호증) 나 원고의 경리부장인 김*석(을 9호증) 역시 이 사건 세무조사 당시 원고와 신**의 관계가 공동사업자는 아니고 원고는 건물임대를, 신**은 토지 임대를 목적으로 각자 사업자등록을 하였으며, 원고가 신**에게 지급한 것은 토지 임료라는 취지로 진술하였다.

따라서 이 사건에 있어서 원고가 신동에 지급한 임료가 구 법인세법령에서 정한 부당행위계산 부인에 해당하는지는 위 임료가 시가를 초과한 것으로서 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 결과적으로 조세의 부담을 부당하게 감소시켰는지 여부에 달려 있다.

2) 부당행위계산 부인대상 해당 여부

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 신**에 지급한 이 사건 토지의 임료는 시가를 초과하여 지급한 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래에 해당하는 것이어서 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보아야 한다.

① 부당행위계산 부인의 판단 기준시점은 ‘거래행위 당시’이고(대법원 99두1731 판결 등 참조), 원고와 신** 사이에 이 사건 토지 임료 지급의 근거가 되는 구체적인 임대수익 배분비율이 정해진 것은 이 사건 계약 체결 시이므로, 이 사건 계약 체결 시를 기준으로 그 이후 원고가 신**에게 이 사건 토지의 임료로서 지급된 돈을 전체적으로 보아 부당행위계산 부인대상 여부를 판단함이 상당하다(원고는 부당행위계산 부인의 판단 기준시점은 원고와 신**이 최초로 이 사건 건물 및 토지에 관한 약정을 체결한 1993년경으로 보아야 한다고 주장하나, 위 약정은 원고와 신**이 ‘공동사업’을 영위할 것을 전제로 임대수익을 각자가 투입한 비용의 비율에 따라 배분하기로 하는 내용이고, 임대수익 배분에 관한 구체적인 비율이 정하여지지도 않았으므로, 위 시점을 기준으로 부당행위계산 부인 여부를 판단하는 것은 타당하지 않다).

② 원고는 원고와 신**이 100% 모․자회사 관계라서 과세관청이 그 임료에 대하여 부당행위계산 부인을 적용할 가능성이 높았고, 그렇게 되면 과세관청과 매년 임료 시가에 관한 분쟁이 있을 수 있어 가장 공정하고 합리적인 임료를 산정하기 위하여 이 사건 토지와 건물의 임료 시가를 감정하여 그 비율에 따라 임료를 안분한 것이라고 주장한다.

그러나 당사자들은 당초 신** 소유의 이 사건 토지 위에 원고가 건물을 신축하여 공동사업을 영위할 것을 전제로 이 사건 건물의 건축주를 공동으로 하여 건축허가를 신청하기도 하였고, 그와 같은 내용으로 1993. 10. 1. ‘공동사업 수익배분 계약’을 체결하기도 하였다. 이후 이 사건 계약을 체결하고 감정평가법인에 이 사건 토지와 건물에 관한 감정을 의뢰하긴 하였으나, 그 감정평가는 이 사건 토지와 건물의 각 임료 산정을 목적으로 한 것이 아니라 공동으로 임대사업을 함에 있어서 그 임대수익을 배분하기 위하여 필요한 배분비율을 정하기 위한 것이었다. 그에 따라 감정평가법인은 이 사건 토지와 건물의 소유자가 상이하여 임료를 균등하게 배분할 경우 건물 소유자는 50년 후 자산가치가 없게 되나 토지 소유자는 토지의 특성상 계속 가치를 지니고 있게 되므로, 임료의 차등배분이 필요하다는 이유에서 임대수익 배분비율 산정을 위한 기초가격 산정 당시 이 사건 토지와 건물의 각 평가액뿐만 아니라 이 사건 건물의 인테리어 공사비 및 각종 부담금, 점용료 등을 더하고 이 사건 건물 임대의 기대수익률, 임대차 기간 및 복귀가치, 50년 장기임대차를 고려한 할인율 등을 모두 반영하는 방식으로 감정평가를 하였다.

이러한 이 사건 계약 체결에 이르기까지의 당사자들의 의사, 이 사건 토지 및 건물에 관한 감정평가의 목적과 평가방법 등을 고려하면, 이 사건 감정평가는 이 사건 계약의 실질에 부합하지 않고, 그에 따라 지급된 임료 역시 합리적인 방법에 의해 산정되었다고 할 수 없다.

③ 원고는 1993년경부터 이 사건 건물의 신축을 위해 이 사건 토지를 점유․사용하면서도 신**에게 이 사건 건물이 완공된 2009년경까지 차임을 전혀 지급하지 않았으므로 이 사건 건물 완공 후 이 사건 계약에 따라 신**에게 지급된 이 사건 토지 임료가 시가를 상회한다고 하여도 전체적으로 볼 때 경제적 합리성이 인정된다는 취지로 주장한다.

이러한 원고의 주장이 타당하려면 공사중단기간을 포함한 이 사건 건물의 공사기간 동안 발생한 이 사건 토지의 임료가 얼마인지 먼저 산출된 후 이를 이 사건 건물의 임대수입에서 어떻게 반영하여 배분한 것인지가 밝혀져야 한다.

그러나 1993. 10. 1. 체결된 ‘공동사업 수익배분 계약’에 의하더라도 ‘신**은 공사 완료 후 토지 해당분에 대한 임대수입을 얻을 수 있으므로 공동사업을 위하여 공사기간 내 토지 사용에 대한 임대료를 받지 않는다(제2조)’라고만 정하였을 뿐 원고가 이 사건 건물을 신축하는 기간 동안 이 사건 토지 임료 상당액을 건물 완공 후 지급해야 할 임료에 어떻게 반영할 것인지를 구체적으로 정하지 아니하였다. 또한 이 사건 계약에서도 ‘사업준비기간 중 자신의 부동산과 관련한 비용은 각자의 부담으로 한다(제2조 제1항)’고만 정하였을 뿐이다. 임대수익 배분비율 산정을 위해 이루어진 이 사건 감정평가에서도 위 기간 동안 발생한 토지 임료에 대해서는 전혀 고려하고 있지 않다.

이러한 사정들에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 건물 신축을 위해 이 사건 토지를 무상으로 점유․사용하였다는 사정만으로 원고가 신**에게 시가를 초과하여 임료를 지급한 것을 경제적 합리성이 있는 행위라고 할 수는 없다.

④ 이 사건 토지 임차의 대가로 원고가 신**에게 지급한 돈은 이 사건 토지의 객관적인 임료 시가를 훨씬 상회한다. 이와 같이 원고가 신**에게 이 사건 토지의 임료를 시가보다 과다하게 지급함으로써 원고의 비용이 증가하여 원고가 부담하는 법인세액이 감소하게 되었고, 그로 인하여 원고는 조세를 부당하게 경감받는 이익을 얻게 되었다(원고는 위와 같이 원고가 부담하는 법인세액이 감소하였다고 하더라도 신**의 수익이 증가하여 법인세를 추가로 부담하게 되므로 국가의 세수에는 차이가 없다고 주장하나, 조세부담의 감소 여부는 부당행위계산부인 대상인 거래를 행한 당해 법인을 기준으로 판단하여야 하고, 그 거래 상대방인 특수관계인의 조세부담까지 통합하여 판단할 것은 아니다).

4) 이 사건 토지의 시가

가) 원고는 이 사건 감정평가에 따라 신**에게 배분된 임료는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따른 ‘시가’에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 이유로 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 법인세법 시행령 제89조에 의하면 시가는 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(제1항)’에 따르고, 시가가 불분명한 경우에는 ‘감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액[감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액(제2항 제1호)]’에 의하는 것을 원칙으로 하나, 위 규정을 적용할 수 없는 경우에는 ‘당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’을 시가로 본다(제4항 제1호).

② 이 사건 계약은 토지와 건물의 소유자를 달리하는 경우로, 과세관청은 이러한 경우에 해당하는 관련 유사사례를 전혀 찾지 못하였다. 이 사건 계약 체결 시 이 사건 토지 및 건물 가액을 감정한 감정평가법인들 역시 이 사건 토지와 건물의 소유형태와 유사한 임대사례 등의 수집이 곤란함을 이유로 임대사례비교법은 적용하기 부적절하다는 의견이었다.

③ 이 사건 감정평가는 그 목적이 임대수익의 배분비율을 정하기 위한 것으로 이 사건 토지의 임료 시가를 감정한 것이 아니다. 또한 이 사건 감정평가에서는 이 사건 토지와 건물로부터 발생되는 임대수입 및 임대기간 만료일의 복귀가치를 감안하여 이 사건 건물과 토지의 가치비율에 따라 그 배분비율을 감정하였는데, 그 결과 이 사건 건물로부터 발생되는 임대수입이 증가할 경우 이 사건 토지의 임대수입 또는 가치의 변동이 없다고 하더라도 신**이 원고로부터 배분받을 수 있는 임료는 증가하게 되므로 이 사건 감정평가를 이 사건 토지의 임료에 관한 평가라고 볼 수는 없다.

나) 피고들은 이 사건 감정평가 중 **감정이 이 사건 토지에 관하여 감정한 가액인 m2당 7,730,000원, 전체 금액 44,996,330,000원(7,730,000원 x 5,821m2)을 기초로 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에 의하여 이 사건 토지의 임료 시가를 산정하였다.

위와 같이 반영된 이 사건 토지의 감정가액은 가격시점을 2009. 6. 1.로 하여 평가한 것이어서 위 시행령상의 자산시가로 보기는 다소 미흡한 점이 있기는 하다. 그러나 이 사건 토지의 평가액이 2011년 내지 2015년까지의 이 사건 토지의 개별공시지가보다 높은 점, 2011년부터 2015년까지의 이 사건 토지 임료의 변동이 크지 않은 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 이와 같은 피고들의 계산방식은 원고에게 유리한 것으로서 적절한 것으로 보인다.

5) 소결론

원고가 신**에게 이 사건 토지의 임료를 시가보다 고가로 지급한 행위는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의 ‘자산을 시가보다 높은 임차료로 제공받은 경우’에 해당되어 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 대상이 된다. 따라서 이에 따라 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

6. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 세무조사 시부터 이 사건 소 제기 당시까지 원고와 신**이 이 사건 토지 및 건물을 공동으로 임대하는 사업을 영위한 것이라고 일관되게 주장하다가 2018. 12. 19.자 준비서면(3회 변론기일에서 진술)에서부터 이 사건 토지 및 건물의 임대에 관한 공동사업에는 이루지 아니하였다는 취지로 주장을 변경하였다.