조심 2015광3664 (2016.02.12)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1986.4.9. 주택건설사업, 대지조성 및 공급업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인사업자로, 2006.11.10.부터 2012.10.31.까지 상계·장암지구 택지조성 공사용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 OOO공사에 제공하고, 부가가치세가 면제되는 면적비율을 76.42%[국민주택 건설용지 면적(108,803㎡)/유상 공급면적(142,365㎡)]로 하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 2013.6.19.부터 2013.7.8.까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 실제 부가가치세가 면제되는 면적비율을 40.52%[국민주택 건설용지 면적(108,803㎡)/전체 공사면적(268,490㎡)]로 보아 2013.9.2. 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 OOO원 등 2009년 제1기부터 2012년 제2기까지 부가가치세를 각 경정·고지하였으며, 청구법인은 이를 납부하였다. 나. 처분청은 이후 2014년 6월 OOO공사가 OOO에게 쟁점 용역이 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖 토지 조성을 위한 공사라고 확인한 사실을 근거로, 쟁점용역이 주택건설을 위하여 필수적으로 부수하여 공급한 것이 아니어서 부가가치세 면제대상이 아니라고 보아 쟁점용역 전체를 부가가치세 과세대상으로 하여 2015.1.2. 청구법인에게 부가가치세 2009년 제2기분 OOO원, 2011년 제1기분 OOO원, 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제 1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원 합계 OOO원 (신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원, 세금 계산서불성실가산세 OOO원 합계 OOO원 포함) 및 2010사 업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.30. 이의신청을 거쳐 2015.7.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 지분 2분의 1씩을 보유한 공동수급체를 형성하여 2006.11.6. OOO공사에게 쟁점용역(공사기간 2006.11.10.～2012.10.31.)을 OOO원(전체를 부가가치세 과세대상으로 함)에 제공하는 계약을 체결하여 해당 공사를 진행하던 중, OOO공사는 국민주택규모를 초과하는 건설용역의 경우 부가가치세 면세금액을 ‘당해 건설용역의 총 부가가치세×국민주택 건설용지 면적/유상 공급면적’으로 산정한다는 서울특별시 감사관의 ‘국민주택 건설용역 부가가치세 산정방법 개선’이라는 보고서를 근거로 2007.9.10. 청구법인에게 부가가치세 내역을 변경하여 재계약할 것을 요청하였고, 다른 지역에서 OOO공사에게 동일용역을 제공하는 업체들도 OOO공사의 요청에 따라 부가가치세를 경정청구 또는 수정신고하였는바, 청구법인 또한, 변경계약을 통해 쟁점용역의 부가가치세 면제비율을 76.42%로 하여 2008년 제1기 부가가치세 과세기간부터 부가가치세를 신고·납부하였다. 처분청은 2013.6.19.부터 2013.7.8.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점용역의 부가가치세 면제비율이 40.52%[국민주택 건설용지 면적(108,803㎡)/전체 공사면적(268,490㎡)]라 하여 2013년 7월 2009년 제1기분부터 2012년 제2기분까지 부가가치세를 각 경정·고지하였고, 청구법인은 이를 납부하였으며, 이에 대해 OOO공사를 상대로 소송을 제기하였다. 그러나, 처분청은 또다시 쟁점용역 전체가 부가가치세 과세대상이라 하여 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였고, 2015.1.2. 이 건 과세처분을 하였다. 처분청은 명확한 근거 없이 기존의 세무조사 결과와 달리 추가적으로 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과하였는바, 무상공급 면적인 하수도시설, 공원, 녹지, 녹도, 광장, 도로, 하천, 유보지에 대해서는 부가가치세 과세대상이라는 데에 이견이 없으나, 총 공사면적인 268,490㎡ 중 국민주택 건설용지인 108,803㎡까지 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. (2) 처분청이 2013.9.2. 청구법인에게 부가가치세를 경정·고지하였다가, 2015.1.2. 또다시 동일 과세기간의 세액을 별도의 조사도 없이 국세부과제척기간 만료에 맞추어 재경정한 것은 「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 규정하고 있는 중복조사의 금지 또는 1회 조사의 원칙에 위배되는 위법한 처분이다. (3) 설령, 쟁점용역 전체가 부가가치세 과세대상에 해당한다 하더라도, 처분청이 기존 세무조사시 쟁점용역의 부가가치세 면제비율을 40.52%로 보았다가, 다시 쟁점용역 전체를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과하였는바, 부가가치세를 과소신고·납부한 사실에 대해 청구법인의 의무해태가 없으므로 이 건 가산세는 취소되어야 한다. 특히, 이 건 심판청구와 쟁점이 동일하고 과세기간만 다른 과세 건 (2009년 제1기 부가가치세)에 대한 판결(광주지방법원 2015.10.8. 선고 2015구합10711 판결)에서 가산세를 청구법인에게 부과하는 것은 지나치게 가혹하므로 취소하라고 판시한바 있으므로 이 건 가산세에 대한 부과처분도 취소하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) OOO공사는 2013년 5월 OOO의 법인사업자 통합세무조사시 청구법인 등 31개 건설업체가 실제로 시공한 부분이 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖 토지조성비 등이라는 내용의 확인서를 제출한바 있고, 다른 지역에서 청구법인과 동일한 용역을 제공하고 있는 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 등이 청구주장과 동일한 취지로 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 해당 업체들이 시공한 부분이 단지 전체에 대한 공사가 아닌 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖 토지조성 등 건설용역을 제공한 것이라 하여 이를 기각한 바 있다(조심 2014서2564, 2014.9.18., 조심 2014중1669, 2014.10.14. 등, 같은 뜻임). 설령, 청구법인이 국민주택규모 단지 안에 대한 공사를 수행하였다 하더라도 쟁점용역은 국민주택 건설용역을 공급하는 사업자가 그에 부수하여 공급하는 국민주택의 부속토지건설공사가 아니라 택지조성 만을 목적으로 하는 공사인바, 국민주택 건설용역 또는 국민주택 건 설에 필수적으로 부수되는 건설용역으로 보기 어려우므로 청구법인이 공급한 택지조성공사용역(쟁점용역)을 부가가치세 과세대상으로 보아 과세한 처분은 정당하다. (2) 당초 세무조사 내용에 오류가 발견되어 청구법인에 대한 추가조사없이 재경정한 것으로 이는 단순 과세자료 처리에 불과하므로 「국세기본법」 제81조의4 제2항에 위반되지 않는다. (3) 2013년 7월 세무조사시 지적되지 않았다 하여 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 수 없고, 과거 OOO공사의 요청에 따라 여타 건설업체들이 경정청구 및 수정신고하고 처분청이 이를 인정하였다 하더라도, 이는 개별납세자에 대한 개별적인 행정행위로서 청구법인과 무관하며, 발주처인 OOO공사가 검토하여 계약을 변경한 것은 과세관청의 의사표시가 아니므로 처분청의 가산세 부과처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점용역을 부가가치세 면제대상인 국민주택 건설용역에 부수되는 용역으로 볼 수 있는지 여부 ② 중복조사 금지 규정을 위반하였다는 청구주장의 당부 ③ 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하 는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의2 및 제11호는 2011년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다. 4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (2) 조세특례제한법 시행령(2009.9.29. 대통령령 제21747호로 개정 되 기 전의 것) 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다. 1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」· 「하수도법」및「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것 3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서「건축사법」,「전력기술관리법」,「소방시설공사업법」,「기술사법」및「엔지니어링 기술진흥법」에 따라 등록 또는 신고를 한 자가 공급하는 것 (3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유 가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우 5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정 하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인과 OOO이 조달청과 체결한 공사도급계약서(2006.11.8.)의 주요내용은 다음 <표>와 같다. <표>공사도급계약서의 주요내용 (나) OOO공사 사장이 청구법인에게 송부한 ‘상계·장암지구 택지조성 공사 부가가치세 관련 변경계약 요청’ 문서(2007.9.10.)에는 ‘OOO공사가 청구법인에게 발주한 국민주택 건설사업의 택지조성공사가 당초 전체를 과세사업으로 인식하고 계약이 이루어졌으나, 서울특별시의 국민주택 건설용역 부가가치세 납부실태 검토보고 결과에 따르면, 국민주택 건설용지에 대한 각종 건설용역은 「조세특례제한법」(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제4호에 따라 국민주택 건설용역으로 분류되는바, 변경계약을 요청하니 변경계약 후 법정신고기한 내에 경정청구하여 조속히 환급될 수 있도록 조치하여 주기 바란다’고 기재되어 있다. (다) 서울특별시 감사관의 ‘국민주택 건설용역 부가가치세 산정방법 개선’ 보고서(2007년 8월)에 따르면, 국민주택 건설용역은 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세 면제대상으로서, OOO공사는 국민주택규모와 규모초과 부분의 구분이 명확한 주택·건축 공사의 경우 부가가치세를 구분하여 납부하고 있으나, 택지비 등의 경우 과세 및 면세 구분이 불명확하다는 이유로 건설용역 전체에 대하여 부가가치세를 납부하고 있는바, 국민주택규모와 초과규모를 혼재하여 건설하는 경우 면세금액은 ‘당해 건설용역의 총 부가가치세×국민주택규모면적/총 유상공급면적’으로 산정하여야 하며, 이에 따라 기납부한 부가가치세는 경정청구하고, 미납부한 부가가치세는 감액 조치하도록 하라고 기재되어 있다. (라) 상계·장암 도시개발사업지구 용도별 개발면적 및 공급가격 내역서, 시설공사 준공실적증명서 등에 따르면, 청구법인 및 OOO(지분 각 2분의 1)은 OOO공사/가 발주한 상계·장암지구 택지조성공사를 2006.11.10.부터 2010.12.30.까지 OOO원에 이행하였으며, 대지조성 총면적은 268,490㎡, 유상공급면적은 142,365㎡, 국민주택건설용지면적은 108,803㎡이다. (마) 처분청의 청구법인 면세 적용비율 계산 내역서(2013.7.22.)에 따르면, 청구법인에 대해 경정할 면세 적용비율은 40.52%[국민주택 건설용지 면적(108,803㎡)/전체 공사면적(268,490㎡)]로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 국민주택 건설용역을 공급하는 사업자가 그에 부수하여 공급하지 아니한 토지조성공사와 기타시설공사는 국민주택 그 자체의 공급이나 국민주택의 건설용역이 아닐 뿐 아니라, 국민주택 건설에 필수적으로 부수되는 건설용역이라고 볼 수도 없으므로 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하지 아니한다 할 것인바, 처분청이 쟁점용역 전체를 부가가치세 면제대상인 국민주택 건설용역에 해당하지 아니하는 것으로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2014서1206, 2014.9.17. 외 다수, 같은 뜻임). 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 조사가 재조사(중복조사) 금지규정을 위반하였다고 주장하나, 처분청은 재조사없이 경정하였고, 설령, 재조사하였다 하더라도 이 건 처분이 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제3호에서 규정하고 있는 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있어 재조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 보이므로 처분청이 「국세기본법」 제81조의4 제2항을 위반한 것으로 보기 어렵다고 판단된다. 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 위 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결, 같은 뜻임)인바, 과세관청이 세무조사시 지적하지 않았다거나 청구법인이 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역의 범위를 알지 못하였다는 사정 등은 가산세를 부과하지 아니할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구법인에게 가산세를 포함하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2014서1206, 2014.9.17. 외 다수, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.