광주지방법원-2015-구합-10711 (2015.10.08)

사 건

광주지방법원 2015구합10711 부가가치세 등 부과처분 취소

원 고

주식회사 ○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2015.09.10.

판 결 선 고

2015.10.08.

주 문

1. 피고가 2014. 7. 8. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 부과처분 중 가산세 79,877,336원에 관한 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2014. 7. 8. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 182,953,440원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 택지조성공사 도급계약 체결

원고는 1986. 4. 9. 주택건설사업, 대지조성 및 공급업 등을 목적으로 설립된 회사로서, AA 주식회사(이하 ‘AA’이라 한다)와 함께 2006. 11. 8. ○○시 BB공사(‘○○시 BB공사 설립 및 운영에 관한 조례’에 따라 ○○시가 자본금 전액을 출자하여 설립한 지방공기업으로서 이하 ‘BB공사’라 한다)로부터 ○○지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 택지조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 수급하기로 하는 내용의 공사도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하면서, 공사대금을 19,593,244,000원, 공사기간을 2006. 11. 10.부터 2009. 5. 10.까지로 정하였는데, 위 공사대금에 포함된 부가가치세 1,781,204,000원은 이 사건 공사의 면세비율을 0%로 정하여 산정된 것이다.

나. 부가가치세 면세율 변경 지시에 따른 변경계약 체결

○○시는 국민주택 건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에는 국민주택 건설 용지 외부에 제공된 도로, 공원, 시설녹지 등 무상공급 면적에 해당하는 용역 중 국민주택건설용지의 면적이 총 유상공급 면적에서 차지하는 비율에 상응하는 부분도 포함되므로 이 부분에 해당하는 부가가치세도 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 8.경 BB공사에게 이와 같은 결론에 따라 기납부한 부가가치세는 경정청구를 통해 환급받고, 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

BB공사는 위와 같은 ○○시의 지시에 따라 이 사건 공사 중 76.4254%(≒ 국민주택 건설용지 면적 108,803㎡ ÷ 유상공급면적 142,365㎡)가 부가가치세 면제대상이라는 이유로 원고와 AA에게 이 사건 도급계약의 변경을 요구하고, 2008. 4. 21. 원고 및 AA과 사이에 이 사건 공사에 관하여 부가가치세를 1,781,204,000원에서 448,827,182원으로 감액하는 내용의 공사도급 변경계약을 체결하였다(다만 설계변경으로 인하여 총 공사대금은 502,296,000원이 증액되었다).

다. 원고에 대한 과세처분

피고는 2013. 6. 19.부터 2013. 7. 8.까지 원고에 대하여 2008년 제1기부터 2009년 제2기까지, 2011년 제1기부터 2012년 제2기까지 기간 동안의 부가가치세에 대하여 세무조사를 실시하였다.

위와 같은 세무조사결과에 따라 피고는 이 사건 공사의 면세비율이 76.4254%가 아닌 40.52%(≒ 국민주택 건설용지 면적 108,803㎡ ÷ 전체 공사면적 268,490㎡)라고 판단하고(즉 전체 공사면적 대비 국민주택 건설용지 면적에 상응하는 부분만을 면세대상으로 봄), 2013. 9. 2. 원고에게 2009년 제1기부터 2012년 제2기 부가가치세 253,580,200원(가산세 135,921,290원 포함)을 경정·고지하였고(이하 ‘종전 부과처분’이라 한다), 원고는 그 즈음 위 부가가치세(가산세 포함)를 납부하였다.

그 후 피고는 이 사건 공사의 면세비율이 0%라고 판단하고(즉 전체 공사면적을 부가가치세 과세대상으로 봄), 2014. 7. 8. 2009년 제1기 부가가치세 103,076,104원과 그에 대한 가산세 79,877,336원, 합계 182,953,440원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

라. 전심절차

원고는 2014. 10. 6. 이 사건 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 12. 16. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 관계법령

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 부과처분 중 본세 부분에 대하여

가) 국민주택 건설용역에 해당함

이 사건 공사 중 국민주택 건설용지에 관한 부분(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)은 주택이 건설되기 위하여 필수적으로 수반되어야 하는 용역으로서, 주택 건설용역의 일부를 이루고 있는 것이므로 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호가 정한 용역에 해당한다.

나) 국민주택 건설용역에 부수하는 용역에 해당함

설령 이 사건 용역이 국민주택 건설용역 자체가 아니라고 하더라도, 통상적으로 국민주택 건설용역에 부수하여 공급되는 용역에 해당하므로, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제3항에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다.

다) 신뢰보호의 원칙에 반함

피고는 종전 부과처분을 위한 세무조사를 실시하면서 면세적용 비율이 40.52%라는 취지의 확인서를 작성하여준 바 있고, 원고는 위와 같은 피고의 공적 견해를 신뢰하여 종전 부과처분과 같이 경정한 부가가치세 및 그에 대한 가산세를 모두 납부하였다. 따라서 이 사건 부과처분은 위와 같은 피고의 공적 견해표명에 반하는 것으로 신뢰보호의 원칙에 반한다.

2) 이 사건 부과처분 중 가산세 부분에 대하여

이 사건 부과처분 중 본세 부분이 적법하다고 하더라도, 원고는 종전 부과처분에 따라 부가가치세와 그에 따른 가산세를 모두 납부하였으므로, 이 사건 공사와 관련하여 추가로 납부해야 할 부가가치세가 존재한다고 예상할 수 없었음은 경험칙상 명백하여 원고에게 의무이행의 기대가능성이 없어 그 의무해태에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 본세 부분에 대한 판단

1) 이 사건 용역이 국민주택 건설용역에 해당하는지

조세특례제한법 제106조 제1항 제4호는 “대통령령으로 정하는 국민주택과 그 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항은 ‘대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역’이란 “주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택 및 건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업법, 주택법, 하수도법, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역을 말한다.”고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의해 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 그 국민주택의 건설에 있어 필수적인 건설용역이나 전기공사용역, 소방용역 등의 관련 건설용역의 공급이다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누7040 판결 등 참조).

위 인정사실 및 앞에서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 용역이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당한다고 볼 수 없다.

가) 택지조성공사는 토지의 가치상승을 위한 토지에 대한 자본적 지출로 택지조성공사비는 토지의 원가에 포함되어야 하므로, 이 사건 용역과 같은 택지조성공사를 국민주택 건설용역에 포함되는 것으로 해석할 수는 없다.

나) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원2012. 3. 15. 선고 2011두14524 판결 등 참조), 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제2호에서 부가가치세의 면제대상을 ‘국민주택 건설을 위한 용역’이나 ‘국민주택 건설과 관련된 용역’이 아닌 ‘국민주택의 건설용역’으로 규정하고 있는 이상 이는 국민주택 자체의 건설용역만을 의미한다고 보아야 하고, 이 사건 용역과 같이 국민주택 등의 건설에 앞서 독자적으로 진행된 단지 전체에 대한 기반시설 공사까지 이에 포함되는 것으로 볼 수는 없다.

다) 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 입법취지가 국민주택의 수요자인 서민들에게 보다 저렴한 가격으로 주택을 공급받을 수 있도록 지원하는데 있다고 하더라도, 이는 국민주택 자체의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 방법을 통해서도 상당부분 달성될 수 있는 것이고, 입법자가 그 적용범위를 무조건 확대하여 국민주택의 건설과 관련 있는 모든 용역에 대해 부가가치세를 면제하고자 하는 의도에서 위와 같은 규정을 입법하였다고 볼 수도 없다.

라) 일단 법령에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 그 법령을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없는 것이므로(대법원 2007. 8. 23. 선고 2005두13162 판결, 대법원 1999. 3. 26. 선고 98두1673 판결 등 참조), 이 사건 용역 공사비가 이 사건 사업지구 내 주택조성원가의 택지조성 총공사비 중 조성비에 포함되어 주택 분양가격 산정에 반영되었고, 이에 따라 국민주택의 수요자가 그 비용을 지불하였다는 사정만으로 이 사건 공사를 국민주택 건설용역에 포함시켜 부가가치세가 면제되어야 한다고 볼 수는 없다.

2) 이 사건 용역이 국민주택 건설용역에 부수하는 용역인지

구 부가가치세법 제1조 제4항 후문은 “주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것 본다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조는 ‘주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역’으로 제1호에서 ‘당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역’을, 제2호에서 ‘거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역’을 규정하고 있다.

앞에서 본 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때 구 부가가치세법 제1조 제4항 후문의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 국한하여야 하고(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조), 이는 조세특례제한법으로 면세되는 재화 또는 용역에 대하여도 마찬가지다.

위 인정사실에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고는 이 사건 사업지구에서 이 사건 용역만 공급하였을 뿐 국민주택 건설공사용역을 공급하지는 않았고 오히려 다른 시공사들이 위 건설공사용역을 공급한 것으로 보이므로, 국민주택 건설공사라는 주된 용역의 공급자가 아닌 원고가 독립적으로 BB공사에게 공급한 이 사건 용역은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호로 부가가치세가 면제되는 부수용역이라고 볼 수 없다.

3) 신뢰보호원칙에 반하는지

과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없으며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하였는데, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 경우에는 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용될 수 있다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등).

위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고가 종전 부과처분을 하면서 이 사건 공사의 면세용역 공급비율을 40.52%로 계산(갑 제9호증)하였다고 하더라도 이는 원고에 대한 종전 부과처분을 위한 과세금액 산정과정의 일부로 보이고, 이를 나머지 부분에 대하여는 면세로 하겠다는 피고의 공적인 견해 표명으로 볼 수는 없는 점, ② 설령 공적인 견해의 표명이라고 하더라도 원고가 이를 바탕으로 부가가치세가 감면될 것으로 신뢰하여 이 사건 공사를 하였던 것은 아닌 점을 종합하면, 이 사건 부과처분에 신뢰보호의 원칙을 위반한 위법이 없다.

나. 가산세 부분에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 것이나, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2006두11750 판결, 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).

살피건대, 앞에서 거시한 증거들 및 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 원고의 이 사건 공사 관련 부가가치세 신고·납부에 있어 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 있고, 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

1) 이 사건 사업지구 전체 면적(268,490㎡) 중 주택건설용지는 142,365㎡이고, 이 중 국민주택 건설용지는 108,803㎡로 원고와 AA이 공급한 이 사건 용역에는 국민주택 건설용지에 해당하는 부분에 대한 택지조성공사가 포함되어 있는 것으로 보이고, 이 사건 용역은 국민주택 건설용역에 선행하는 기반시설공사로서 그 비용 또한 국민주택 공급가격에 포함되어 이 사건 공사를 국민주택 건설용역에 필수적이거나 부수하여 제공하는 것이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였다고 볼 여지가 있다.

2) 원고는 도급인인 BB공사가 상급기관인 ○○시의 지침을 받아 변경계약의 체결을 요구하였을 때에는 과세관청을 포함한 관련 기관의 검토를 거쳐 적법하게 법령을 해석한 결과에 따른 것이라고 신뢰하였을 것으로 보이고, ○○시 소속 공기업인 BB공사로부터 이 사건 공사를 공동으로 도급받아 진행하는 중소건설업체로서 BB공사의 요구를 거절하거나 계약 내용에 대해 이의를 제기하기는 어려웠을 것으로 보인다.

3) 특히 피고가 원고에게 이 사건 공사의 면세비율을 40.52%로 계산하여 종전 부과처분을 하였던 사정에 비추어 원고가 이 사건 공사의 면세비율을 0%로 보아 부가가치세를 납부할 것을 기대하는 것은 무리라고 보인다.

4) 원고는 단순히 BB공사로부터 부가가치세를 징수하여 이를 그대로 납부하는 지위에 있어 이 사건 공사에 대한 부가가치세의 납부여부에 따라 별도의 이익을 얻는 것이 아니므로, 원고에게 이 부분 세금 신고나 납부를 해태할 의도가 있었다고 보기도 어렵다.

5) 위와 같은 사정들에 비추어 원고에게 고율의 납부불성실가산세 등을 부과하는 것은 지나치게 가혹하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 부분은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계법령

■ 조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. (후문 생략)

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

■ 조세특례제한법 시행령

제106조(부가가치세 면제 등)

④ 법 제106조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」·「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한자가 공급하는 것

■ 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제1조(과세대상)

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

■ 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제3조(부수재화 또는 용역의 범위)

법 제1조제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화 끝.