조심 2021서6963 (2023.08.22)

1. OOO서장이 2021.9.1. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 과소신고가산세 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정한다. 2. OOO서장이 2022.2.7. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 청구법인이 2020사업연도에 OOO에게 지급한 수수료 OOO원을 2014사업연도 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1.처분개요 가.청구법인은 1999.7.1. 설립되어 분체이송시스템의 설계, 제작, 설치 및 시운전 등 전문 엔지니어링업을 영위하는 법인이다. 나.OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 2016∼2020사업연도 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 2018사업연도 법인세 신고시 기초이익잉여금 감소분으로 손금산입한 OOO원과 청구법인이 2020사업연도에 OOO(이하 “쟁점에이전트”라 한다)에 지급한 수수료 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다)을 각각 손금의 귀속시기 오류로 보아 손금 부인하라는 내용을 통보하였으며, 이에 따라 OOO서장(이하 “원처분청”이라 한다)은 2021.9.1. 청구법인에게 과소신고가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 포함한 2018사업연도 법인세 OOO원과, 쟁점수수료를 손금불산입하는 등으로 하여 2020사업연도 법인세 OOO원(이하 “이 건 법인세”라 한다)을 각 경정·고지하였다. 다.청구법인은 2021.11.16. OOO서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 원처분청의 이 건 법인세 부과처분으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 것으로 보아 쟁점수수료를 2014·2015사업연도의 손금에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정하여 줄 것을 청구하였고, 처분청은 2022.2.7. 이를 거부하였다. 라.청구법인은 이에 불복하여 쟁점가산세 및 이 건 법인세의 부과처분에 대해서는 2021.11.25., 이 건 경정청구 거부처분에 대하여는 2022.4.22. 각 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 【쟁점① 관련】 ＜주위적 청구＞ (1)청구법인은 쟁점에이전트의 용역 제공이 완료되어야 비로소 에이전트 수수료를 지급할 수 있는바 에이전트 용역은 각 프로젝트 공사 완료때까지 제공되어야 하는데, 수정계약에서 정한 지급일에 공사가 종료되지 아니하여 용역이 완료되지 않았으므로 쟁점수수료 지급의무가 2014사업연도에 확정되었다고 볼 수 없다. (가) 「법인세법」제40조 에 따라 손금으로 확정되려면 특정한 채권이 성립하고 당해 채권에 근거하여 채무자에 대한 구체적 채무이행을 청구할 수 있는 사실이 발생하고 그 채권 금액은 합리적으로 계산할 수 있어야 하는바, 에이전트가 계약에 따라 청구법인에 제공해야 하는 업무는 2014년에 종료되지 않아 쟁점수수료 지급의무가 확정되었다고 볼 수 없다. 1)청구법인이 2011.7.6. 쟁점에이전트와 사우디아라비아 내 청구법인 제품 판매 촉진 및 공사 수주를 위하여 체결한 에이전시 계약(이하 “이 건 계약”이라 한다)상 대상 공사 프로젝트 목록은 다음 ＜표1＞과 같고, 에이전트는 공사 수주를 위한 홍보 업무부터 해당 공사 수주 후에도 공사 필요 면허 취득 등 각종 행정 지원 업무, 공사 이행과 관련된 조언, 해당 현지 업체 추천, 시운전 및 검사에 있어서 발주자와의 조율 등의 전반적인 업무를 맡고 있으며, 이 건 계약의 기간은 모든 공사 프로젝트가 완료되고 양 당사자의 모든 의무가 이행될 때까지이다. ＜표1＞ 이 건 계약상 공사 대상 프로젝트 ㅇㅇㅇ 2)청구법인의 공사 특성상 공사 중 발주자의 추가 주문이나 수정 등이 발생하여 통상적으로 에이전트에 지급할 수수료는 발주자로부터 받는 금액을 기초로 산정하게 되며, 이에 따라 이 건 계약과 수정계약상 에이전트 수수료는 ‘발주자로부터 받는 총 주문 가격(Total order value)’을 기준으로 지급하기로 정하였는바, 청구법인은 발주자와의 공사가 완료되어 총 금액을 확정하여야 비로소 에이전트 수수료 금액을 특정할 수 있다. 3)이처럼 청구법인은 모든 프로젝트가 종료될 때까지 에이전트로부터 용역을 받아야 하고, 공사가 완료되어야 수수료를 확정할 수 있는 특성상 이 건 계약에서도 에이전트 수수료 지급 시기는 청구법인이 발주자로부터 금액을 받은 날로부터 30일 이내라고 정하였는데, 청구법인 소속 AAA 부사장이 2014년 1월경 에이전트와 체결한 수정계약에서 오직 OOO, OOO, OOO(이하 “쟁점프로젝트”라 한다)만 3차로 나누어 2014년 3월 말, 2014년 9월 말, 2015년 1월 말로 정하였다. 4)한편, 청구법인이 이 건 계약상 특정한 프로젝트 공사의 계약일과 실제 각 공사가 완료되어 잔금까지 정산한 완료일을 살펴보면 다음 ＜표2＞와 같고, 이에 따르면 처분청이 청구법인의 지급의무가 확정되었다고 주장하는 수정계약상 지급일인 2014년 9월 말과 2015년 1월 말에 쟁점프로젝트는 전혀 완료되지 않았음을 알 수 있다. ＜표2＞ 쟁점수수료 지급 대상 공사 계약일 및 완료일 ㅇㅇㅇ 5)이처럼 청구법인으로서는 수정계약에서 쟁점수수료 지급일을 특정하였더라도 쟁점프로젝트가 종료되어야만 비로소 에이전트가 청구법인에 구체적 채무이행을 청구할 수 있는 사실이 발생하여 지급의무가 확정되었다고 볼 것인데, 쟁점프로젝트 중 2차 지급일인 2014년 9월 전에 종료된 공사가 없으며, 잔금 지급일인 2015년 1월에 완료한 공사는 단 1건의 공사일 뿐으로 결국 쟁점프로젝트는 최종적으로 2016.8.29.에 종료하였는바, 결국 처분청이 수정계약에서 정한 지급일만으로 수수료 지급의무에 따른 손금이 확정되었다는 주장은 사실관계를 오인한 것이다. (나)한편, 처분청은 청구법인이 2014년 1차 지급금을 지급한 사실을 근거로 쟁점수수료도 2014사업연도에 귀속되어야 한다고 주장하나, 해외 영업 총괄인 AAA 부사장이 2012년에서 2013년경 수주하여 발주자로부터 받은 계약금에 기초하여 1차 지급금을 독단적으로 이행한 것에 불과하며, 쟁점수수료의 권리·의무 확정시기를 판단하지 않고 단지 에이전트 수수료 일부가 지급된 사실만으로 손금 귀속시기를 1차 지급시기와 동일하게 보아야 한다는 처분청 논리는 「법인세법」상 손익 귀속시기의 확정에 대한 법리와 사실관계를 오인한 의견이다. (2)청구법인은 쟁점프로젝트 종료 후 쟁점에이전트가 에이전트의 의무를 다하지 아니하여 수수료 지급 범위에 다툼이 있었던바, 결국 청구법인과 에이전트가 수수료 지급 범위에 관하여 합의한 날이 속하는 사업연도에 비로소 손금이 확정된 것으로 봄이 타당하다. (가)쟁점에이전트는 이 건 계약에 따라 사우디아라비아 내에서 청구법인의 전용 에이전트 대리인의 지위에서 발주자와 각종 업무에 있어 협의를 진행하는 등 청구법인의 업무를 지원하여야 함에도, AAA 부사장 이메일과 OOO 관련 전자결재에 의하면 ① OOO 공사에서 발주자가 품목별로 등록하여 거래하길 원했음에도 에이전트는 해당 등록 업무를 수행하지 않아 결국 직접 청구법인이 자신의 비용으로 사우디아라비아 내에서 등록하였고, ② OOO의 경우, 최초 납기일은 계약일인 2013.6.17.부터 2014.4.28.까지였으나 사우디아라비아 내에서 청구법인에 원재료를 납품하여 주는 업체의 공급 지연, 그리고 시운전시 원료 공급이 지연되는 등 여러 사정으로 인하여 기존 납기에서 2018년까지 공사 기간이 연장되었는데, 이 과정에서 에이전트가 추천한 사우디아라비아 내 원재료 수급 업체와 문제 발생시 적절하게 다른 업체를 소개하여 주는 등 업무를 수행하고, 발주자와 청구법인 간 문제가 발생하였을 때 직접적인 조언 등을 제공하여야 함에도 이를 제대로 이행하지 않았으며, 청구법인은 해당 프로젝트 최초 계약금액 대비 OOO원이 감액되는 손실을 보았는바, 이처럼 쟁점에이전트가 그 계약상 의무를 다하지 않은 점이 있어 쟁점수수료 전액을 지급할 수 없었다. (나)쟁점에이전트도 2019년 쟁점수수료 지급 청구시, 청구법인이 에이전트의 불완전한 이행에 대해 이의를 제기하자 이를 참작하여 2020년에 최초 에이전트가 요구한 USD OOO에서 최종적으로 USD OOO으로 감액하여 합의한 것이다. (다)한편, 처분청은 쟁점에이전트가 AAA 부사장에게 대금 지급 지연이유를 묻자 지급을 약속하는 등으로 답변한 점만을 들어 쟁점에이전트는 이미 공사가 수주됨으로써 용역제공을 완료하여 청구법인의 손금이 확정된 것이라는 의견을 제시하고 있으나, AAA 부사장이 2014년 회사 내부의 정식 결재 과정을 거치지 않고 독단적으로 수정계약을 체결하였기에 AAA 부사장이 피상적으로 답변한 것에 불과하고, 실제 청구법인과 쟁점에이전트간 2020년 쟁점수수료 금액 합의 당시에도 청구법인의 이의제기가 반영되어 결국 청구법인이 지급하지 아니한 잔액인 USD OOO에서 약 15% 감액된 USD OOO으로 합의하였는바, 쟁점에이전트의 불완전한 업무 수행이 단지 청구법인의 사후적인 주장이 아님을 알 수 있다. 쟁점에이전트가 자신들의 귀책 사유가 없음에도 미지급한 잔액에 대한 이자를 청구하지 않고 15%나 감액할 리 없기 때문이다. ＜예비적 청구＞ 원처분청은 쟁점수수료를 2020사업연도의 손금이 아닌 수정계약상 지급일이 속하는 각 사업연도 손금으로 보아 이 건 법인세 부과처분을 하였는데, 이는 쟁점수수료의 손익 귀속시기를 변경하는 결정에 해당하는바 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다. (1)조세심판원은 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 취지에 관하여 ‘경정청구기간이 경과한 과세기간에 이미 익금산입되었던 “특정한 금액”을 과세관청이 그 귀속시기를 달리하여 다른 과세기간의 과세소득으로 경정하여 과세함으로써 결과적으로 이중으로 세금이 부과되는 경우 납세의무자가 본래 익금산입한 과세기간에 경정을 구할 수 있게 한 것’이라고 판단하면서(조심 2019서3809, 2020.4.6., 조심 2019서2414, 2021.2.17. 같은 뜻임), ‘처분청의 2013사업연도의 전기매출 조정분에 대한 경정이 2012사업연도 당기매출조정분에 대한 후발적 경정청구의 사유에 해당된다’고 판단하거나, ‘납세의무자가 2013사업연도에 손금으로 산입한 이자비용에 대하여 처분청이 귀속시기의 오류를 사유로 손금불산입한 경우, 손익의 귀속시기를 변경하는 경정에 해당’한다고 판단한 바 있다(조심 2020광624, 2021.5.11.). (2)원처분청은 쟁점수수료를 수정계약서에 따라 2014사업연도의 손금에 해당하는 것으로 보아 ‘손익 귀속시기 오류’를 근거로 이 건 법인세 부과처분을 한 것인바, 쟁점규정에 따라 수정계약서가 정한 각 지급일인 2014 및 2015사업연도의 손금으로 보아 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다. 만약 후발적 경정청구가 허용되지 않는다면 청구법인으로서는 쟁점수수료를 세법상 손금인 비용을 지출하였음에도 손금으로 인정되지 아니하여 이중과세가 되는 불합리한 결과가 발생한다. (3)한편, 처분청 의견에 대한 청구법인 주장은 다음과 같다. (가)처분청은 이 건 법인세 부과처분이 청구법인에서 손익 귀속시기를 임의로 변경한 것을 부인한 것이므로 손익의 귀속시기를 변경한 결정이 아니라는 의견이나, 쟁점에이전트가 용역을 일부 불완전하게 이행한 부분에 관한 다툼이 있어 이에 관하여 합의가 이루어진 날이 속하는 2020사업연도 손금에 산입한 것이지 쟁점수수료 지급의무가 확정적으로 발생하였음에도 이를 임의로 변경한 것이 아니다. (나)처분청은 세무조사결과통지서상 쟁점수수료에 관하여 명확하게 ‘손익 귀속시기 오류’로 보아 손금산입을 부인하고 기타사외유출로 처분하였음이 확인되고, 원처분청의 답변서에도 쟁점수수료 지급의무는 이 건 수정계약이 정한 지급일이 속한 2014년에 확정되었다는 의견인바, 이 건 법인세 부과처분은 쟁점수수료의 손익 귀속시기를 변경하는 결정에 해당함이 명백하다. (다)처분청은 조심 2020서2063(2020.12.1.) 결정례를 근거로 이 건 후발적 경정청구 거부처분이 타당하다는 의견이나, 해당 사안은 토지 매입시 발생한 재산세 등 관련 금액을 자산으로 회계처리하여 비용으로 계상하지 않았다가 감사인이 잡손실로 회계처리한 후 세무조정 없이 법인세를 신고하자 과세관청이 이를 손금불산입(유보)한 것으로, 본 처분은 추후 해당 토지 양도시 손금에 산입되어야 한다는 취지일뿐 손익 귀속시기를 변경한 결정으로 보기 어렵다고 판단한 사안으로 이 건과 사실관계가 전혀 다른 건이다. 【쟁점② 관련】 (1)청구법인은 2018사업연도 공사 용역에 따른 수익 인식 기준에 관한 회계처리가 변경됨에 따라 이와 관련된 유권해석과 청구법인이 직접 국세청이 운영하는 홈택스에 문의하여 받은 답변을 신뢰하여 2018사업연도 법인세를 신고·납부한 것인바, 신고 당시 납세의무자가 의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 건 가산세 부과처분은 취소함이 타당하다. (가)청구법인은 공사 용역에 관한 회계처리에 있어 2017사업연도까지는 K-IFRS 제1011호(건설계약)에 따라 공사 진행률에 따라 수익을 인식하고 법인세 신고도 이와 동일하게 공사 진행률에 따라 인식한 수익을 반영하여 납부하였는데, 2018사업연도 K-IFRS 제1115호가 최초 도입되어 공사 용역계약에 관하여 목적물의 인도일을 기준으로 수익·비용을 인식하도록 회계처리가 변경되었다. (나)사전-2018-법령해석법인-0771(2018.12.20.)은 변경된 회계처리에 대한 최초 적용 누적 효과를 기초 이익잉여금의 증감에 반영하고, 이익잉여금의 조정금액은 K-IFRS를 도입·적용한 사업연도 손금에 산입하도록 해석하였으며, 청구법인이 2019.3.1. 홈택스 상담으로 ‘2018.1.1. 시행된 K-IFRS 제1115호 수익 인식 기준서 적용에 따라 일부 계약에서 수익 인식방법이 변경되어(진행률 방식⇒인도 기준 방식) 해당 누적효과에 대하여 전기 잉여금 감소액이 발생한 것에 대한 세무조정 방법’을 질의하자 국세청은 ‘회계기준변경으로 전기 이익잉여금 변동이 발생하였다면, 차액은 당해 변경된 회계기준을 적용한 사업연도에 익금 또는 손금으로 반영하는 것입니다’라고 회신하여, 청구법인은 이와 같은 유권해석 및 국세청 회신을 신뢰하여 2018사업연도 법인세를 신고·납부한 것이다. ㅇㅇㅇ (다)이러한 유권해석과 국세청 회신을 신뢰하여 법인세를 신고·납부하였으므로 설령 그 이후 기획재정부가 이와 상반되는 유권해석(기획재정부 법인세제과-102, 2020.1.23.)을 하였다 하더라도 이러한 신뢰는 보호함이 타당하므로 신고 당시 납세의무자를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이다. ㅇㅇㅇ (라)한편, 처분청이 제시하는 유권해석은 ‘공사 계약에 관한 회계기준 변경에 따른 세무조정방법에 관한 것’이 아니어서 청구법인이 2018사업연도 법인세 신고 당시 고려할 수 있는 것이 아니었으므로 처분청 의견은 타당하지 않다. 나.처분청 의견 【쟁점① 관련】 ＜주위적 주장＞ (1)청구법인은 쟁점에이전트에 대한 채무가 단순히 성립하여 존재할 뿐이었다고 주장하나, 2014년 수정계약을 살펴보면, 청구법인과 쟁점에이전트는 각각 날인하여 계약은 적법하게 이루어졌고, 수정계약서 3.1.1.1에서 수주에 성공한 OOO, OOO, OOO 현장의 총 주문·계약금액의 3.5%를 수수료로 한다는 내용이 확인된다. 상기 현장의 수주가 이미 이루어졌고, 그 과정에서 쟁점에이전트의 역할이 있었다는 것은 청구법인도 인정하는 사실이다. 이렇듯 수정계약에 따라 청구법인의 이행의무와 손금은 확정하여 인식할 수 있는 상태에 이르렀고, 실제로 첫 회 지급분 USD OOO은 정상적으로 지급이 되어 2014사업연도의 손금으로 계상되었다. 이러한 지급사실은 지급의무의 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다는 것을 청구법인도 인지하고 있었음을 방증하는 바이며, 같은 성격의 비용에 대해 첫 번째 지급분 USD OOO과 나머지 두 번의 지급분의 손금 귀속시기를 다르게 판단하겠다는 것은 청구법인의 모순된 주장에 불과하다. 수정계약을 체결한 당사자인 AAA 부사장의 이메일 내용을 보면, 수정계약 사실 및 지급 인보이스를 회사에 정식으로 보고하지 아니한 것으로 보이기는 하나, AAA은 당시 부사장으로 영업 부분의 2인자에 해당하는 위치였고, 나머지 경영진은 2019년 에이전트가 쟁점수수료 지급 소송을 준비하자 그제서야 쟁점수수료 미지급 사실을 알게 된 것으로 확인되기는 하나 계약자가 단순 보고 누락하였다 하여 쟁점수수료의 손금 귀속시기가 변하는 것은 아니다. (2)청구법인은 쟁점에이전트가 일부 업무를 수행하지 않았다고 주장하나, 청구법인과 쟁점에이전트간 계약에 따른 쟁점에이전트의 주요 업무는 계약서에 명시된 현장들의 공사 수주 성공으로, 쟁점에이전트는 2014년 수정계약시까지 공사 수주를 성공시켰으므로 쟁점에이전트는 용역 제공을 완료한 것이며, 청구법인은 쟁점에이전트가 의무를 불이행한 부분에 대해 충분히 입증자료를 제출하지 않았고, 만약 쟁점에이전트가 계약상 역할을 다하지 못하여 대금 지급을 미룬 것이 사실이라면, 지속적으로 에이전트의 책임을 물어 수수료율을 조정하는 등의 노력을 기울였을텐데, 오히려 AAA 부사장이 쟁점에이전트에 보낸 이메일에 따르면 쟁점에이전트가 대금지급이 지연되는 이유를 묻자 에이전트와 관련 없는 문제일 뿐이라며, 지급을 약속하는 내용의 이메일이 확인된바 쟁점에이전트의 업무 이행에는 문제가 없었다. 이러한 사실로 보아 쟁점에이전트가 업무를 제대로 수행하지 않아 지급을 미뤘다는 청구법인의 주장은 납득하기 어렵다. ＜예비적 주장＞ (1)처분청은 청구법인이 2014사업연도 손금으로 확정된 쟁점수수료를 2020사업연도의 손금에 산입한 것을 부인하여 처분을 한 것으로, 이는 청구법인이 손익의 귀속시기를 임의로 변경한 것에 대하여 과세관청이 경정결정을 한 것으로 이는 손익의 귀속시기를 변경한 것이 아닌바 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호가 정한 후발적 경정청구 사유가 아니라 할 것이다(조심 2020서2063, 2020.12.1., 법령해석기본 2015-22259, 2015.12.16.). ㅇㅇㅇ (가)원처분청의 손금 불산입 경정은 손익의 귀속시기를 변경한 것이 아닌 것으로, 쟁점수수료는 2014사업연도에 적법하게 지급할 의무가 확정되었으므로 동 금액의 손금 귀속 사업연도는 2014사업연도임에도 청구법인이 이를 쟁점수수료를 지급한 사업연도인 2020사업연도의 손금으로 산입한 것이 확인되어 조사청이 이를 부인한 것일 뿐 손금의 귀속 사업연도를 변경한 것에 해당하지 않는다. (나)청구법인의 주장대로라면 납세자에게는 손금에 대해 기한 없이 손금에 산입할 수 있다는 논리가 되어 조세법리에도 맞지 않는다. 즉, 납세자는 국세 부과제척기간과 관계없이 손금으로 확정된 사업연도 이후에 어느 사업연도에든 손금처리하고, 이후 조사 등으로 인해 손금부인되는 경정이 이루어지면, 다시 이를 근거로 후발적 경정청구로 실제 귀속 사업연도의 손금으로 인정받는 것이 가능하다는 논리인 것이다. (다)조사청의 세무조사결과를 보면 ‘2020사업연도에 지급할 금액이 확정되었더라도 이는 당사자간 정산의 문제이지 「법인세법」상 손익의 귀속시기가 변경될 수는 없다’라는 내용에서 보듯이 이 건은 사실관계의 변동 없이 잘못된 귀속시기를 조사청에서 바로잡은 것에 불과하므로 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않음을 알 수 있다. (2)청구법인이 쟁점수수료를 부채로 장부계상한 적이 없고, 2020사업연도 이전에 이미 손금산입하였는지에 대한 확인도 불가능하다. 「법인세법」상 손익의 귀속시기는 권리의무 확정주의, 즉 익금이나 손금이 확정되는 시기이며 이 건 계약서상 쟁점수수료의 손금 확정시기는 2014년에 해당하나, 청구법인은 쟁점수수료 상당액을 부채로 회계처리한 사실이 없고, 따라서 2020사업연도 이전에 기지급하였는지 여부 및 청구법인이 경정을 청구한 2014·2015사업연도에 기 손금산입하였는지 여부 등의 확인이 불가하다. (3)경정청구 기한이 이미 도과하였다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할세무서장 에게 청구할 수 있는 것으로 이는 국세의 부과제척기간 만료 이전에 청구해야 함을 의미하는데, 이 건의 경우 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않으므로 통상의 경정청구 기한인 2014사업연도 법인세는 2020.3.31.까지, 2015사업년도 법인세는 2021.3.31.까지 경정을 청구해야 한다. (4)청구법인은 쟁점수수료에 대해 2020사업연도가 손금의 귀속시기라고 주장하는 심판청구와 2014·2015사업연도가 손금의 귀속시기라는 상반된 주장의 심판청구를 동시에 제기하였다. 【쟁점② 관련】 (1)청구법인은 이 건 가산세 부과처분과 관련하여 유사한 쟁점에 대한 해석사례(사전-2018-법령해석법인-0771, 2018.12.20.)를 신뢰하여 2018년 이익잉여금 감소분 OOO원을 손금산입하여 법인세를 신고·납부하였으며, 정확히 일치하는 예규(기획재정부 법인세제과-102, 2020.1.23.)가 청구법인의 2018사업연도 법인세 신고 이후에 공표되었으므로 청구법인에게 「국세기본법」상 가산세 감면의 정당한 사유가 존재한다고 주장하나, 청구법인이 2018사업연도 법인세를 신고하기 이전에도 유사쟁점에 대하여 반대로 해석한 사례도 아래와 같이 다수 존재하는 것으로 확인된다. ㅇㅇㅇ (2)따라서, 정확히 일치하는 유권해석이 공표되기 전에 유사한 쟁점에 대하여 상반되는 예규들이 존재하는 상황에서 청구법인에게 유리한 내용만을 참고한 청구법인의 법인세 신고는, 「국세기본법 시행령」제28조 제1항 제1호의 기존 세법해석에 따라 신고한 것으로 볼 수 없으므로 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ① (주위적 청구) 쟁점수수료의 지급의무가 2020사업연도에 비로소 확정되었으므로 2020사업연도의 손금으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부 (예비적 청구) 쟁점수수료가 2020사업연도의 손금에 해당하지 않는다고 보아 법인세를 경정한 것이 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 대상에 해당하는지 여부 ② 청구법인이 2018사업연도 법인세 신고·납부시 ‘공사계약에 대한 회계처리 변경에 따른 세무조정 방법’에 대한 유권해석 및 국세청 홈택스 회신을 신뢰한 것이 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하는지 여부 나.관련 법령 (1) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제45조의2【경정 등의 청구】② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (3) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우 다.사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다. (가)청구법인은 2011.7.6. 쟁점에이전트와 사우디아라비아 내 제품 판매 및 홍보 등을 목적으로 다음과 같은 내용의 계약을 체결하였다. ＜2011.7.6. 체결 계약서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ (나)청구법인의 해외 영업을 총괄하던 AAA 부사장은 2014년경 쟁점에이전트와 다음과 같은 내용의 수정계약을 체결하였다. ＜2014년 체결 수정계약서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ (다)쟁점에이전트는 2014.4.25. 위 수정계약서 제4.2.1.1.항에 따라 청구법인에 1차 수수료 USD OOO의 지급을 청구하였고, 청구법인은 2014.5.22. 청구금액을 쟁점에이전트에게 지급하였으나 이후 쟁점에이전트가 계약서상 에이전트의 업무를 제대로 이행하지 않고 있다고 판단하여 잔여 수수료의 지급을 거부하였다. (라)청구법인과 쟁점에이전트는 2020.3.11. 잔여 수수료를 USD OOO으로 하고 1차 USD OOO은 2020.3.31.까지, 나머지는 2020.6.30.까지 지급하기로 최종 합의하였으며, 2020사업연도에 미지급수수료의 원화환산액인 OOO원을 법인의 수수료 비용으로 회계처리하였다. (마)처분청이 제출한 자료에 의하면 청구법인이 쟁점수수료를 인지하고 쟁점에이전트와 최종 합의에 이르기까지 과정은 다음과 같이 나타난다. 1)청구법인과 쟁점에이전트 대표자가 2019.10.5. 및 같은 달 8일 주고 받은 이메일에 따르면, AAA이 수정계약에 대해 회사 정책과 절차를 따르지 않고 상사에 보고도 없었기에 첫 번째 지급 후 다음 지급을 할 수 없었던 사정이었고, 실제 첫 번째 지급은 실행가능한 프로젝트 예산 내에서 수정계약을 모르던 과거 대표이사로부터 결재를 받은 것으로 나타난다. ＜청구법인과 쟁점에이전트간 2019.10.5.자 이메일 일부 발췌＞ ㅇㅇㅇ ＜청구법인과 쟁점에이전트간 2019.10.8.자 이메일 일부 발췌＞ ㅇㅇㅇ 2)청구법인 직원이 2019.12.8. 대표이사에게 보고한 AAA 부사장의 이메일 번역본에 의하면, 쟁점에이전트가 2015년 5월경 쟁점수수료를 청구하자 AAA은 2015년 6월경 쟁점에이전트에게 법적인 사건이 생겼지만 지급을 약속한다는 취지의 내용이 기재되어 있다. ＜청구법인 직원이 대표이사에게 보고한 AAA 이메일 번역본＞ ㅇㅇㅇ 3)청구법인이 2019.12.10. 작성한 내부감사 결과 보고 이메일에 따르면, AAA 부사장이 쟁점에이전트로부터 수정계약에 따른 청구서를 받았으나 수정계약 사실과 지급 인보이스를 보고하지 않은 것으로 나타난다. ＜청구법인 내부감사결과 사실관계 보고 2019.12.10.자 이메일＞ ㅇㅇㅇ (바)청구법인은 통상적으로 해외공사 계약과 그에 따른 해외 에이전시 수수료는 발주자의 주문 금액을 반영하여 총금액이 확정될 때 에이전트 수수료를 지급한다는 자료로, 도시바와 추가 주문 계약서, 전자결재서류와 다른 해외 에이전시 계약서를 제출하였는데, 최초 계약시점인 2017.6.1. 총 계약금액은 USD OOO이었다가 같은 해 9.29. USD OOO 추가 비용이 발생하자 동 금액까지 반영하여 총 수수료 USD OOO을 지급한 사실이 나타난다. ＜도시바 최초 주문 계약서＞ ㅇㅇㅇ ＜도시바와 추가 주문 관련 결재서류＞ ㅇㅇㅇ ＜도시바 추가 주문에 따라 에이전트에 지급한 수수료＞ ㅇㅇㅇ (사)청구법인은 쟁점에이전트가 OOO 공사와 OOO 공사에서 에이전트가 업무를 제대로 수행하지 않아 손실을 입었다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다. ＜청구법인이 쟁점에이전트에 보낸 2019.10.30.자 이메일 일부 번역본＞ ㅇㅇㅇ ＜OOO 추가 비용 발생 보고＞ ㅇㅇㅇ ＜발주자인 OOO과 비용 감액 합의문서＞ ㅇㅇㅇ ＜청구법인 내부 회계처리 내역＞ ㅇㅇㅇ (아)청구법인이 2019.3.1. 홈택스에 문의하여 회신받은 자료는 다음과 같다. ＜청구법인 홈택스 질의 및 회신 내역＞ ㅇㅇㅇ (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)쟁점①의 주위적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점에이전트의 용역 제공이 완료된 후에 에이전트 수수료를 지급할 수 있는 것으로, 청구법인과 쟁점에이전트가 체결한 계약서에 따르면 공사 수주 때까지만이 아닌 공사 필요 면허 취득 등 각종 행정 지원 업무, 공사 이행과 관련된 조언, 해당 현지 업체 추천, 시운전 및 검사 등과 같이 공사 수주 후에도 이행하여야 할 업무가 있고, 그에 따라 수수료의 지급도 ‘청구법인이 구매자로부터 받은 대금에 비례하여 청구법인이 수령한 날로부터 30일 이내에 쟁점에이전트에게 지급한다’고 계약하였으며, 쟁점프로젝트는 위 ＜표2＞에서 보는 바와 같이 수정계약에서 정한 지급일에 공사가 종료되지 아니하였으므로 쟁점에이전트의 용역제공이 2014년에 완료되어 그 수수료의 지급의무가 2014년에 확정되었다고 보기 어렵고, 쟁점프로젝트가 종료된 후 쟁점에이전트가 그 의무 이행을 다하지 아니하여 수수료 지급 범위에 다툼이 있었으며, 쟁점에이전트 역시 청구법인이 제기한 용역의 불완전 이행을 참작하여 최초 요구액보다 감액된 금액으로 수수료를 수취한 것인바 쟁점수수료의 지급의무는 2020사업연도에서야 비로서 확정된 것이라고 주장한다. 그러나 청구법인과 쟁점에이전트가 2011.7.6. 체결한 에이전트 계약서 상 쟁점에이전트의 주요 업무는 공사 수주이고 공사 수주 후에 제공하는 조언의 제공이나 지원 업무 등은 수주 후에 따르는 부수적 업무로 보이는 점, 청구법인과 쟁점에이전트는 위 ＜표2＞와 같이 2014년 이전에 쟁점프로젝트 대부분을 수주하였기에 대금지급과 관련한 내용을 수정하는 계약을 2014년에 다시 체결하여 대금 지급일자 등을 최종 확정한 것으로 보이는 점, 쟁점에이전트는 이에 따라 2014년 4월 청구법인에게 1차 수수료 지급을 청구하였고 청구법인은 2014년 5월 1차 수수료를 지급하였으며, 쟁점에이전트는 1차 수수료를 지급받은 후 수정계약에 따른 2차 수수료 지급을 청구법인에게 계속하여 요청했으나 청구법인은 내부의 문제로 지급이 지체되었음을 알리며 그 지급을 계속하여 약속하였던 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점에이전트가 계약서상 에이전트의 업무를 제대로 이행하지 아니하였기에 쟁점에이전트의 용역 제공이 완료되지 아니하였다고 주장하나 계약의 불완전 이행을 입증할 객관적 자료가 부족하고 설령 일부 용역의 불완전 제공이 있었음을 인정한다 하더라도 그로 인해 손익의 귀속시기가 변경된다고 하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점수수료의 손금 귀속시기는 쟁점프로젝트의 공사 수주가 대부분 완료되어 수정계약에 따라 그 지급의무가 확정된 2014사업연도로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (나)다음으로 쟁점①의 예비적 청구에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2014사업연도의 손금으로 확정된 쟁점수수료를 2020사업연도의 손금에 잘못 산입한 것을 올바르게 바로잡고자 한 이 건 경정은 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다는 의견이나, 「국세기본법」제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있고, 청구법인이 후발적 사유로 들고 있는 규정인 같은 항 제4호에서는 과세관청의 결정이나 경정을 후발적 사유로 열거하고 있는데, 그 취지는 경정 과세기간의 소득으로 과세됨에 따라 다른 과세기간에 대해 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 과다해져 결과적으로 이중으로 세금이 부과되는 경우 경정청구 기간이 경과한 과세기간의 경정을 구할 수 있게 한 것이라 할 것인바, 이 건의 경우 청구법인이 2014사업연도 손금으로 확정된 쟁점수수료를 2020사업연도의 손금에 산입한 것을 부인하여 경정한 것이어서 이는 손익의 귀속시기를 변경하는 경정에 해당하여 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에서 규정하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당하는 것으로 보이는 점, 손익 귀속시기를 임의로 변경한 것을 올바르게 정정한 경정에는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호를 적용할 수 없다는 처분청 의견과 같이 해석할만한 근거도 부족해 보이고, 그와 같이 해석할 경우 ‘이중으로 세금이 부과되는 경우의 납세의무자를 구제’하고자 하는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 취지에도 맞지 아니하는 점 등을 종합할 때 처분청이 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (다)마지막으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2018사업연도 법인세를 신고하기 이전에도 청구법인이 질의한 쟁점에 대한 상반되는 해석이 다수 존재하는 상황에서 청구법인에게 유리한 내용만을 참고하여 법인세를 신고하였기에 청구법인에게는 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다는 의견이다. 그러나 청구법인은 2018사업연도 공사 용역에 따른 수익 인식 기준에 관한 회계처리기준이 변경됨에 따라 이와 관련된 유권해석 및 청구법인이 직접 홈택스에 문의하여 받은 답변을 신뢰하여 2018사업연도 법인세를 신고·납부하였던 점, 처분청은 청구법인이 참조한 예규와 다른 내용의 예규도 있음에도 유리한 예규만을 참조하여 신고한 것이므로 정당한 사유로 인정하기 어렵다는 의견이나 서로 다른 내용의 예규를 생산하고도 이를 정리하지 아니하여 납세자들에게 혼란을 준 과세관청의 잘못이 더 크다 할 것임에도 이에 대한 책임을 온전히 납세의무자에게만 묻는 것이 오히려 더 부당해 보이는 점 등을 종합할 때 청구법인이 공사 용역에 따른 수익 인식 기준에 관한 회계처리기준 변경에 대한 과세관청의 답변을 신뢰하여 잘못 신고한 부분에 대한 과소신고가산세는 감면하여 주는 것이 타당하다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.