조심 2020중8386 (2021.04.09)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.11.11. OOO를 사업장 소재지로 하고, 상호를 OOO으로 하여 개업한 개인사업자로, CO2 회수장치 및 증기터빈 기계 등 수입하여 판매하고 있다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.3.13.부터 2014.11.18.까지 청구인의 거래처인 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 2010∼2013사업연도에 대한 조세범칙조사를 실시하여, OOO가 2013년 제2기 부가가치세 과세기간 중 외형을 부풀릴 목적으로 청구인에게 공급가액 OOO 상당의 매출세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행·교부한 사실이 있다고 판단한 후, 동 조사사항을 처분청에 자료통보 하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2020.1.31.부터 2020.3.16.까지 청구인에 대한 부가가치세 조사를 실시하여, 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 가공으로 수수된 세금계산서라고 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제한 후, 2020.7.1. 청구인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO을 경정·고지 하였다OOO.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점세금계산서는 청구인이 OOO로부터 OOO을 매입하면서 수수한 정상적인 세금계산서로 이른바 ‘끼워넣기 거래’에 해당하지 않으므로 처분청이 이를 가공세금계산서라고 보는 것은 부당하다.

(가) 조세심판원과 법원은 이른바 ‘끼워넣기 거래’에 대하여 중간 업체를 독립된 경제의 주체로서 인정하여야 하고 섣불리 그 실체를 부인하여서는 안되며, 당사자가 선택한 거래관계는 존중되어야 한다는 입장을 일관적으로 유지하고 있다.

과세관청은 관행적으로 쟁점세금계산서 거래와 같이 중간업체가 개입된 거래를 이른바 ‘끼워넣기 거래’라는 이유로 효력을 부인하고, 계약 당사자에 대해서는 행정적으로 부가가치세 부과처분을 하고 형사적으로는 고발조치를 취하여 왔는바, 이는 거래실무를 지나치게 경직된 시각으로 바라보는 것으로, 근래에 들어서 경제 상황이 복잡해지고 전문화와 분업화 현상이 심화됨에 따라, 대부분의 거래가 다수의 당사자 간에 이루어지고 있고, 이 과정에 중간 업체가 개입되는 경우 또한 매우 흔하게 발생하고 있으므로 단순히 중간 매입상이 존재한다는 이유만으로 이러한 거래를 섣불리 ‘끼워넣기 거래’라고 단정하여서는 아니된다.

실제로 과세관청이 지난 수년 동안 지속적으로 ‘끼워넣기 거래’와 관련하여 과세처분과 고발을 하여 왔음에도 조세심판원과 법원은 과세관청과는 다른 판단을 하여 왔는데, 조세심판원에서는 최근 ‘끼워넣기 거래’의 유형에서, 중간 업체가 수수한 세금계산서를 섣불리 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다는 취지로 결정하였고(조심 2017중1051, 2018.5.30.). 법원도 ‘끼워넣기 거래’ 유형에서 중간 업체가 실제로 영업활동을 하거나 거래과정에서 한 역할이 뚜렷하지 않다고 하더라도 당사자가 선택한 거래관계를 존중하고, 중간에 개입된 업체 역시 독립된 경제주체로 인정하면서 다수의 사건에서 무죄를 선고(대법원 2018.2.13. 선고 2017도1990 판결, 서울고등법원 2019.1.23. 선고 2018누56369 판결, 대법원 2017.11.23. 선고 2017도13213 판결 등 참고)하는 등, 조세심판원과 법원은 기본적으로 중간 업체를 독립된 경제의 주체로서 인정하여야 하고 섣불리 그 실체를 부인하여서는 안 된다고 보는 한편, 당사자가 선택한 거래 관계는 존중되어야 한다는 입장을 일관되게 유지하고 있음을 알 수 있다.

(나) 쟁점세금계산서의 발행·교부자인 OOO는 독립적인 실체가 존재하는 회사이다.

처분청은 쟁점세금계산서 거래를 청구인이 OOO로부터 OOO을 수입하는 과정에서 OOO가 중간업체로서 개입한 거래로 재구성하고 있으나, OOO는 2004.10.19. 자동차 부품 제조 및 도ㆍ소매업 등을 목적으로 설립된 이후로, OOO에서 물적ㆍ인적 실체를 가지고 사업을 영위한 사실이 있고OOO, OOO의 대표이사인 OOO과 청구인은 친인척 관계라거나 그 외 경제적 이해관계가 존재하는 등의 사정이 전혀 없었으며, OOO와 청구인이 직원이나 사무실을 공유하지도 않았고, OOO 업무를 청구인이 대신한 사실도 없었는바, 이러한 사실 등을 보더라도 처분청이 OOO의 실체를 부인하고 OOO의 수입행위를 청구인의 것으로 볼 만한 근거는 전혀 없었음을 알 수 있다.

위에서 언급한 심판례와 판례 등의 내용을 자세히 보면, 어떠한 회사의 대표이사가 다른 회사의 대표이사와 서로 동일인이고, 두 회사가 서로 직원을 공유하고 있으며, 어떠한 하나의 회사의 직원이 다른 회사의 업무를 대행하여 주고 있는 경우에도 섣불리 특정 회사의 실체를 부인할 수 없다는 입장을 표방하고 있는바, 이러한 사정조차 존재하지 아니하는 OOO의 실체는 더욱 부인되어서는 아니된다.

(다) 쟁점세금계산서 거래와 관련된 수입거래와 매입거래는 모두 각각 유효하게 체결되었으므로 이를 부인하여서는 아니된다.

계약 당사자가 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고, 당사자들이 선택한 법률관계는 존중되어야 하는 것이며, 조세회피를 목적으로 한 수단에 불과한 경우가 아닌 이상 실질과세의 원칙을 이유로 거래 당사자가 선택한 법적 형식이나 법률관계를 재구성할 수는 없다 할 것인바, 대법원은 전원합의체 판결을 통하여 “부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부는 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다”.고 하면서, “재화를 공급하는 자란 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다.”고 하였고(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결), 또한 “납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고, 과세관청은 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 조세회피를 목적으로 한 수단에 불과한 경우가 아닌 이상 실질과세의 원칙을 이유로 거래 당사자가 선택한 법적 형식이나 법률관계를 재구성할 수 없다.”는 취지로 일관되게 판시(대법원 2017.2.15. 선고 2015두3270 판결 등 참조)하여 왔으며, 특히 ‘재화의 공급여부에 대한 판단 방법과 관련하여 ‘어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적, 구체적으로 판단’하여야 하고(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결 등 참조), ‘재화나 용역의 공급이 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미’한다는 취지로 판시(대법원 2012.11.15. 선고 2010도11382 판결 참조)하였다.

쟁점세금계산서 거래의 목적물인 OOO은 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 고흡습성 수지(super absorbent polymer calling SAP)의 생산공정에서 필요로 하는 기계장치로, OOO은 본래 위 OOO을 직접 수입하여 사용하여 오다가, 2012년 OOO 수입, 설치공사ㆍ시운전 등 일련의 번거로운 과정을 외주화하기 위한 목적에서 청구인을 에이전트로 삼아서 OOO을 납품받는 것으로 그 취득 형태를 바꾸었고, 이에 따라 OOO은 청구인과 ‘청구인이 OOO을 확보하여 설치공사와 시운전까지 마친 후 이를 다시 OOO에 납품’하기로 하는 이른바 ‘턴키계약’을 체결하게 되었으며, 청구인은 위 턴키 계약에 따라 OOO에게 필요한 OOO의 주문서를 OOO에 넣게 되었는데, 막상 주문서를 넣고 보니 당시 청구인 사업장의 인력 규모로는 OOO의 수입부터 시공절차를 모두 수행하기가 쉽지 않아 부득이하게 OOO에게 OOO의 수입을 맡기기로 하였고, 이를 위한 공급계약을 OOO와 체결하게 된 것이다.

즉, 위에 언급한 일련의 계약체결 경위를 보면, 결국 OOO은 OOO을 수입 및 설치공사와 시운전 등을 외주화하기 위한 목적으로, 청구인은 OOO으로부터 요청받은 의뢰를 수행하는 데 부족한 인력을 보완하기 위한 목적에서, OOO는 청구인으로부터 재의뢰를 받아 수입 등 업무를 처리하고 수익을 얻을 목적으로 각각 업무를 수행하였던 것임을 알 수 있는바, 그렇다면 본건 거래는 각 거래 당사자들이 각자의 목적을 가지고 합리적인 선택을 한 결과이므로 이를 섣불리 부인할 수 없다 할 것이다.

첨언하면, 청구인과 OOO 간의 OOO 매입 거래는 독립된 권리의무의 주체 간에 유효하게 체결된 계약이므로 특별한 사정이 없는 한 그 효력을 임의로 부인할 수 없다 할 것이고, OOO의 OOO 수입거래도 OOO가 직접 통관절차를 비롯한 각 필요한 업무를 수행하고 이를 OOO로부터 수입하여 온 것이므로 마찬가지로 그 효력을 쉽사리 부인할 수는 없는 것이다.

사정이 이러함에도 처분청은 청구인이 직접 OOO에 주문서를 송부하였던 사정을 문제 삼고 있으나, 그 주문서는 청구인이 OOO와 공급계약을 체결하기 전 주문한 것으로, OOO와 공급계약을 체결한 이후 OOO가 당초 주문서를 취소하고 다시 주문을 하였어야 하나, 이러한 절차가 공연히 번거로움만 초래할 뿐 큰 실익이 없었던 데다가 OOO가 OOO법인이어서 내국법인과 같은 수준의 원활한 소통이 쉽지 않았던 터라 거래의 편의상 OOO는 청구인의 주문을 그대로 인수하기로 하였던 것인바, 이렇듯 OOO가 청구인의 주문을 그대로 인수한 것은 나름의 합리적 이유가 있는 것이므로 단순히 청구인이 주문하였다는 사정만으로 쟁점세금계산서 거래를 부인하여서는 아니된다.

또한, 처분청이 청구인이 물품대금을 OOO에게 대금을 지급하지 않고 OOO에 직접 송금한 점도 문제삼고 있는데, 청구인의 OOO에 대한 당초 주문을 OOO가 그대로 인수하기는 하였으나, 대금을 OOO를 거쳐서 지급하게 되면 불필요한 혼선을 줄까 우려가 되어서 주문자인 청구인의 명의로 직접 OOO로 송금하였던 것이고, 비록 외관만 보면 청구인이 대금을 지급한 것처럼 보이지만 그 실질은 청구인이 OOO에 지급한 것을 OOO가 다시 OOO에 지급한 것이나 다름이 없으므로 이른바 단축된 급부로서 유효하게 인정되어야 하고, 따라서 단순히 대금지급이 직접 이루어졌다는 사정으로 쟁점세금계산서 거래를 부인하여서는 아니된다.

종합하면, OOO는 임의로 그 실체를 부인할 수 없는 독립된 권리의무의 주체이고, 이 건 쟁점세금계산서 관련 매입거래와 앞선 수입거래는 각 당사자가 각자의 사업 목적에 따라 선택한 법률관계로 이를 임의로 부인할 수 없음은 분명하므로, 쟁점세금계산서 거래가 가공거래임을 전제로 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 이 건 부가가치세 부과처분은 쟁점세금계산서 관련 매입거래 시기로부터 7년이 지나 이루어진 것으로 일반부과제척기간(5년)이 도과되어 위법하다.

(가) 이 건 부과처분은 쟁점세금계산서 거래에 사기 그 밖의 부정한 행위가 존재함을 전제로 10년의 특례부과제척기간을 적용한 것으로 부당하다.

구「국세기본법」(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항에서는 통상적인 국세의 부과제척기간은 5년으로, 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 10년의 부과제척기간을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항과 같은 법 시행령 (2019.2.12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에서는 국세부과의 기산일은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날로 규정하고 있는바, 부가가치세의 확정신고기한은 과세기간이 끝난 후 25일 이내이므로, 부과제척기간은 과세기간이 끝난 후 26일부터 기산된다 할 것이고, 이 건의 경우 원칙대로라면 2013년 제2기분 부가가치세 부과제척기간의 기산일인 2014.1.26.부터 5년인 2019.1.25.에 부과제척기간이 종료되었다 할 것임에도 처분청이 5년이 도과한 2020.7.1. 부정행위를 하지 아니한 청구인에게 부가가치세를 부과하였다.

구「국세기본법」상 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’는「조세범처벌법」상 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’와 동일한 개념인바,

「조세범처벌법」제3조

제6항에서는 어떠한 행위가 사기 그 밖의 부정한 행위, 즉 부정행위로 인정되기 위해서는

「조세범처벌법」제3조

제6항 각 호에 해당하는 행위일 것, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 것, 적극적 행위일 것의 요건을 모두 충족하여야 한다고 규정하고 있고, 판례에서는 단순히 납세자가 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 사업자등록을 하지 아니하거나 소득신고를 하지 아니한 정도로는 사기 기타 부정한 행위를 인정할 수 없다고 하고 있다(대법원 2000.4.21. 선고 99도5355 판결 등 다수 참조).

이 건 세목인 부가가치세와 같이 납세자의 신고에 의해 확정되는 세목의 경우, 과세관청의 조세의 부과와 징수는 세무조사에 수반하여서만 이루어질 수 있으므로, 결국 납세자의 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 행위란, 납세자의 행위가 과세관청의 세무조사 및 그에 따른 세금부과를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였는지를 의미한다 할 것이고, 만약 과세관청의 통상적인 세무조사 방법으로 거래의 문제점을 쉽게 발견할 수 있었다면 사기 기타 부정한 행위는 인정될 수 없다 할 것이다.

실제로 법원 판례에서는 수입명세서 등에 일부 누락이 있더라도 사실조회 등의 방법을 통해 조사를 용이하게 할 수 있는 경우에는 장부를 조작하는 등의 위계 기타 부정행위로 인정될 만한 어떤 형태의 적극적인 행위를 한 것으로 볼 수 없어 그 매출사실의 누락은 사기 기타 부정한 행위에 해당하지 않는다고 하였고(대법원 2007.6.28. 선고 2002도3600 판결, 서울고등법원 2002.6.11. 선고 2000노658 판결 참조). 다른 사례에서는 분개전표나 결산장부를 허위로 작성하여 주관적으로는 은닉의도가 드러나는 경우에도, 장부의 다른 내용에 비추어 그 허위 기재 사실을 쉽게 알 수 있다면 조세포탈에 해당한다고 볼 정도의 적극적인 부정한 행위가 있었다고 보기는 어렵다고 하였으며(대법원 2006.6.29. 선고 2004도817 판결 참조), 또한 납세자가 거래 상대방의 인적 사항 등이 기재된 인수증을 폐기하고 인적 사항을 특정하지 아니한 매입장을 과세관청에 제출하였더라도, 거래상대방의 특정 여부는 부가가치세 매입세액 공제에 무슨 영향을 미치는 것이 아니어서 그와 같은 인수증의 폐기, 매입장의 작성이 조세포탈을 위한 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 볼 수는 없다(대법원 2001.9.25. 선고, 2000도1514 판결 참조)고 하는 등 납세자가 조세의 부과·징수를 불가능 또는 곤란케 할 정도의 적극적인 부정한 행위를 저지르지 않았고, 실제로도 그러한 위험성이 발생하지 않았다면 납세자에게 섣불리 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’가 있었다고 보기는 어렵다고 일관되게 판시하고 있다.

국세부과제척기간에 관한 구

「국세기본법」제26조의2

규정이 제척기간을 원칙적으로 5년으로 정하면서도 납세자의 부정행위로 인하여 세금의 탈루사실을 발견하기 어려운 경우에 한하여 예외적으로 제척기간을 10년으로 연장하도록 하고 있는 취지는 납세자의 권익을 보호하고 조세법률관계를 신속히 확정하기 위해 과세관청으로 하여금 5년 내 과세를 마무리하도록 하되, 납세자의 적극적 행위로 인해 과세관청이 조세부과권을 조기에 행사하기가 도저히 불가능한 경우 제한적으로 그 기간을 10년까지 연장하는 것에 있다 할 것인데, 이 건의 경우, 처분청은 청구인에 대한 이 건 세무조사가 있었던 2020년에 쟁점세금계산서 거래를 처음 인지한 것이 아니라, 이미 2014년부터 파악하고 있었던 것으로 확인되는바, 조사청이 2014년 OOO에 대한 조세범칙조사를 실시하였고, OOO의 대표이사였던 OOO에 대해 조세범칙혐의자 신문을 하는 과정에서 쟁점세금계산서 거래가 가공거래인지 여부를 질문하였으며, OOO으로부터 OOO가 OOO와 계약한 적이 없다거나 수입 원자료 대금을 OOO에 지급한 적이 없다는 대답까지 받아내었던 것으로 확인되고, 또한 당시 청구인과 직원 1인이 조사청으로부터 참고인 조사를 받은 사실도 나타나는바, 결국 처분청이 일반적인 부과제척기간인 5년 내에 부과처분을 하지 못하였던 것은 청구인의 부정행위 탓이 아니라, 그저 처분청 스스로 과세를 누락하였기 때문이다.

(나) 쟁점세금계산서 거래와 관련된 청구인의 행위를 구체적으로 살펴보더라도 처분청은 조세의 부과 및 징수에 있어서 아무런 곤란도 겪은 것이 없다.

처분청은 OOO로부터 OOO을 수입한 자가 청구인이고, 청구인은 OOO에게 OOO의 공급을 요청하는 구매 주문서(Purchase Order)를 송부하였으며, 사업계좌를 통해 OOO에게 직접 구매대금을 송금한 사실을 확인하였는데, 청구인이 이러한 사정을 조사과정에서 숨긴 사실이 없었으므로(청구인에 대한 심문조서에서 확인이 가능함) 청구인이 처분청의 조세의 부과 및 징수를 불가능 또는 곤란케 할 정도의 사정은 전혀 존재하지 않았다고 보아야 한다.

위에서 언급한 판례에 의하면, 납세자가 분개전표나 결산장부를 허위로 작성하여 주관적으로는 작성한 경우나, 거래 상대방의 인적 사항 등이 기재된 인수증을 폐기하고 인적 사항을 특정하지 아니한 매입장을 과세관청에 제출하였던 경우에도 과세관청에게 특별한 곤란이 없었다면 사기 그 밖의 부정한 행위를 부정하였는바, 이러한 판례와 비교해 보더라도 이 건에서 청구인이 한 행위는 그 비난가능성이 현저히 떨어진다 할 것이고, 사기 그 밖의 부정한 행위는 더욱 인정하기 어렵다 할 것이다.

(다) 청구인이 쟁점세금계산서 거래와 관련하여 누락한 세금이 전혀 없었던 점을 고려하더라도 사기 그 밖의 부정한 행위는 인정되기 어렵다 할 것이다.

대법원에서는

「국세기본법」제26조의2

제1항 제1호의 규정 형식, 입법 취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 되고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니다고 하면서, 포탈세액이나 환급세액이 존재하지 않았던 경우까지 부과제척기간을 10년으로 볼 것은 아니다는 입장을 밝힌 바 있고(대법원 2009.12.24. 선고 2007두16974 판결 참조), 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 사건에서 단순히 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 사정만으로는 납세자에게 사실과 다른 이 사건 세금계산서로 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기는 어렵다는 이유에서 10년의 부과제척기간을 인정할 수 없다고 판시(대법원 2019.9.9. 선고 2019두31730 판결 참조)한 바 있다.

이 건의 경우, 쟁점세금계산서 거래의 실질을 어떻게 보든 청구인의 부가가치세 납부세액에는 아무런 차이가 없는데, 청구인이 OOO로부터 수취한 매입세금계산서를 가공의 세금계산서라고 본다 하더라도 청구인은 여전히 OOO사로부터 받을 수입세금계산서 및 OOO로부터 받을 수수료에 관한 세금계산서를 통하여 매입세액 공제처리 하였을 것이기 때문에 청구인이 매입세액 공제를 부풀려서 세금을 탈루한 내역은 전혀 없다 할 것이다.

이는 청구인이 OOO로부터 제품을 수입하였다고 가정할 경우 사용하였을 비용과 비교해 보면 쉽게 이해할 수 있는데, 청구인이 OOO를 거치지 아니하였다고 하더라도, 청구인은 OOO에 OOO의 대금으로 OOO을 지급했어야 했고OOO, 그 외 운송비, 통관비 등으로 OOO, 배선 시운전 비용으로 OOO 등을 추가로 지불했어야 했던바, 이를 모두 합하면 OOO에 이르러 결국, 청구인이 쟁점세금계산서 거래를 통해 매입세액 공제한 내역과 그 액수에서 유의미한 차이가 없고, 따라서 청구인이 쟁점세금계산서 거래를 통해 포탈한 세액은 사실상 존재하지 아니한다 할 것이므로 이 건 부가가치세 부과처분 관련 부과제척기간은 5년으로 봄이 마땅하다.

(3) 이 건 부가가치세 부과처분은 중복세무조사에 기한 것으로 위법한 처분이다.

(가) 중복세무조사는 원칙적으로 금지되는 것이다.

세무조사란 과세관청이 국세의 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부 또는 서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 것을 의미하는데(

「국세기본법」제81조의2

제2항 제1호), 이는 조세의 탈루를 막고 적정하고 공평한 과세를 달성하기 위한 것이나, 다른 한편으로는 납세자의 재산권, 영업의 자유 등 기본권이 필연적으로 제한 받을 수밖에 없으므로「국세기본법」에서는 세무조사의 각 절차를 엄격하게 정하고 있고, 특히 법 제81조의4 제2항에서는 세무공무원은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 원칙적으로 재차 세무조사를 할 수 없다고 규정함으로써 중복세무조사금지의 원칙을 천명하고 있으며, 대법원은 위 규정의 입법 취지를 같은 세목 및 과세기간에 대하여 거듭된 세무조사를 할 경우 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 이를 금지할 필요가 있기 때문이라고 밝히는 한편, 재조사를 금지하는 입법취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있다고 판시(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 참조)한 바 있다.

중복세무조사는 기본적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어는 조사를 의미하나, 대법원은 설령 형식적으로는 별개의 세무조사로 보이더라도, 그 실질이 동일한 대상에 대한 조사나 다름없다면 이러한 재조사는 금지된다고 판시함으로써, 이른바 실질설을 취하여 왔고(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결 등 참조), 구체적으로는 정기 세무조사(1차)가 있은 후, 당초 세무조사에서 제외된 나머지 항목에 대하여 재차 세무조사(2차)가 있었던 사안에서 2차 세무조사를 금지되는 재조사에 해당한다고 보았고(대법원 2015.9.10. 선고 2013두6206 판결 참조), 회사의 주식변동와 관련하여 회사에 대한 법인세 통합조사(1차)가 있었던 당시 주주들의 명의신탁 사항에 대해서도 조사가 이루어졌다면, 위 조사로부터 9년이 지난 후 이루어진 주주 개인에 대한 증여세 조사(2차)는 금지되는 재조사라고 판시(대법원 2017.12.13. 선고 2015두3805 판결 참조)하기도 하는 등 1차 세무조사에서 조사가 이루어지지 않았거나(위 ① 사안), 조사대상 납세자나 세목이 명목상 다르다고 할지라도(위 ② 사안), 실질적으로 동일한 내용에 대하여 조사가 이루어졌다면 모두 중복세무조사에 해당하는 것으로서 금지된다 할 것이다.

또한, 다른 법원 판례에서는 1차 세무조사에서 납세자에 대한 조사 없이 거래상대방에 대한 조사만 있었던 경우 이를 근거로 중복세무조사라고 볼 수 있는지 여부와 관련하여, 반드시 납세자의 현장으로 제한하거나 납세자에 대한 조사가 반드시 함께 있어야 한다는 내용이 포함되어 있지 않는 점(

「상속세 및 증여세법」제84조

), “조사사무처리규정” 제44조에서도 조사대상 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우에는 해당 거래처를 조사대상자로 선정하도록 규정하고 있는 점, 납세자로서는 본인이 알지 못하는 상황에서 자신과 관련된 조사가 거래상대방에 대하여 실시될 수 있다는 심리적 불안을 야기할 수 있고, 거래상대방에 대한 조사만으로도 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시를 침해하는 결과를 초래할 수도 있으므로 이를 방지하고 납세자의 방어권을 보장할 필요가 있는 점 등을 감안하면, 납세자 본인에 대한 과세를 위하여 실시되는 거래상대방에 대한 조사도 납세자 본인에 대한 세무조사로 보아야 한다고 판시(광주고등법원 2015.11.5. 선고 2015누5329 판결, 대법원 2016.3.10. 선고 2016두58089 판결로 심리불속행 기각)하였는바, 즉 거래상대방에 대한 조사과정에서 납세자에 대한 조사가 이루어졌다고 판단되면, 추후 납세자에 대하여 이루어진 조사는 금지되는 재조사로 보아야 한다는 것이다.

(나) 이 건의 경우, 처분청의 청구인에 대한 세무조사는 2014년 당시 거래 상대방인 OOO에 대한 세무조사와 그 내용이 동일하므로 중복세무조사에 해당한다.

앞서 언급한 바와 같이 조사청은 2014년도에 OOO에 대한 조세범칙조사를 실시하였는데, 당초 OOO에 대한 세무조사를 실시하였다가 범칙혐의를 발견하고 이를 조세범칙조사로 전환하였고, 그 과정에서 쟁점세금계산서 관련 거래가 포함되어 당시 OOO 대표이사인 OOO과 청구인에 대해 쟁점세금계산서 거래에 대한 질문권을 행사하였으며, 한편 처분청은 2020년도에 청구인에 대한 부가가치세 조사를 실시하면서 쟁점세금계산서 거래에 대한 조사를 한 바 있다.

앞의 대법원 판례에서는 납세자 본인에 대한 과세를 위하여 실시되는 거래상대방에 대한 조사도 납세자 본인에 대한 세무조사로 보아야 한다고 하였는바, 결국 조사청이 2014년도에 청구인의 거래상대방인 OOO에 대한 세무조사를 마친 후, 6년이 지난 2020년에 청구인에게 동일한 사안에 대하여 세무조사를 실시한 이 건의 경우 중복세무조사에 해당하므로 이에 기인한 이 건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 OOO로부터 정식으로 OOO을 인도받고 정상적인 세금계산서를 수취하였다고 주장하나 다음과 같은 사유로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(가) 조사청의 OOO에 대한 조세범칙조사 결과, 청구인에게 쟁점세금계산서 발행을 지시한 OOO이 외형을 부풀려 구매자금 대출 한도를 늘려 자금을 융통하고, 이를 횡령하기 위해 쟁점세금계산서 등을 실제 재화의 공급 없이 발행한 것으로 나타나고, OOO의 등기상 대표이사인 OOO이 실물 재화를 공급한 적도 없고 만든 적도 없으며 가공의 세금계산서를 발행하였다고 인정하였다.

(나) 청구인 또한 세무조사 당시 OOO로부터 받은 쟁점세금계산서가 실제 재화를 공급받지 아니하고 수취한 세금계산서라고 인정하였고, 그 밖에 쟁점세금계산서 수수와 관련된 어떠한 대급지급 증빙도 제시하지 아니하였다.

(다) 청구인이 처분청에 제출한 공급계약서에 의하면 OOO로부터 OOO의 OOO을 납품받기로 되어 있으나, OOO은 처음부터 청구인이 OOO와 직접 수입계약을 체결한 후 대금도 사전외화송금방식(T/T)으로 직접 지급하였고, 2013.8.5.에 OOO에 납품한 사실이 확인되는 점에서 쟁점세금계산서를 수취한 2013.12.23. 당시 OOO에게는 어떠한 소유권 및 처분권도 존재하지 아니하였다.

(2) 청구인은 OOO로부터 실제로 재화를 공급받고 정상적으로 세금계산서를 수취하였으므로 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세는 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 사기 그 밖에 부정한 행위가 있었다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다.

(가) 쟁점세금계산서를 수취하기 전 OOO의 등기 대표이사인 OOO(청구인의 대학동창)과 실사주인 OOO은 아래 ＜표1＞과 같이 과거 자료상 혐의자로 고발된 이력이 있었던 자로, 청구인이 이들을 통해 실제 재화를 공급받지 아니하고 사실과 다른 세금계산서를 수취하면서 이들이 매출세액을 납부하리라는 합리적 기대를 했다고 볼 수 없는 상태였다.

＜표1＞ OOO 및 OOO의 고발 이력(국세통합전산망 조세범칙결과 처리 화면)

(나) 청구인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 이와 관련된 매입세액 및 매입대금을 OOO에게 지급한 적이 없고, OOO는 청구인에게 매출세액을 거래·징수한 적이 없으며, 정상거래로 위장하기 위하여 회계처리를 조작하였는바(청구인에 대한 처분청 심문조서 내용, 2020.2.20. 작성), 구체적으로 보면, OOO는 OOO 수입(매입)과 관련하여 발생할 수 없는 외상매입금을 계상하였고, 청구인은 OOO와의 거래 관계에서 있지도 아니한 선수금과 상계처리 하였음이 OOO에 대한 조세범칙조사 과정에서 확인되었으며, 또한 쟁점세금계산서와 관련된 회계처리는 쌍방간에 조작되었거나 누락되었음이 OOO가 OOO에게 보낸 이메일에서 확인되었다.

(다) OOO는 외형을 부풀리기 위해 거래처와 모의하여 2013년에 가공세금계산서OOO를 수취하고, 이를 바탕으로 가공세금계산서OOO를 청구인 등에게 발행하면서 아래 ＜표2＞와 같이 환급신청을 하였으며, OOO가 발행한 쟁점세금계산서관련 매출세액이 납부된 적이 없어 결과적으로 조세수입의 감소를 초래하였다.

＜표2＞ OOO의 2013사업연도 부가가치세 신고내역

(라) 청구인이 제출한 물품공급계약서는 쟁점세금계산서를 정상적으로 발급·수취한 것으로 위장하기 위해 작성된 것으로, 이는 세무검증을 회피하기 위해 있지도 아니한 거래물품OOO을 기재하여 사후(작성일:2014.2.10.)에 허위로 작성되었다(청구인에 대한 처분청 심문조서 내용, 2020.2.20. 작성).

(마) 앞에서 언급한 바와 같이 청구인은 OOO에게 최종적으로 총 OOO의 대금을 지불한 것으로 확인되고, 설령 청구주장대로 OOO가 쟁점세금계산서 거래 관련 부가가치세를 납부하였다고 하더라도 청구인은 쟁점세금계산서 수취로 매입세액 및 필요경비를 과대계상함으로써 부가가치세는 물론 종합소득세 납부의무를 면탈하였으므로 그에 따른 국가 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었던 것으로 보아야 한다.

(3) 청구인은 조사청에서 2014년 OOO에 대한 조세범칙조사시 구인에 대하여 질문권을 행사하였던 점을 들어 중복조사 금지원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 다음과 같은 사유로 청구주장은 받아 들이기 어렵다.

(가) OOO에 대한 세무조사 당시 청구인은 참고인 신분으로 단순히 OOO와의 거래사실 관계를 명료히 하기 위하여 임의출석하였고, 청구인에게 문답형 진술서를 받은 것은 청구인의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것이 아니라 사실관계 확인이나 간단한 질문에 그치는 것으로 이는 국세행정에 대한 협력차원에서 이루어진 것이지 청구인에 대한 세무조사라고 할 수 없다.

(나) OOO에 대한 세무조사과정에서 청구인이 거래사실 관계에 대한 질문에 응한 것이 청구인의 영업의 자유 등을 침해하였다고 볼 수 없고, 세무조사권이 남용될 염려가 없는 이런 일련의 행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기는 어렵다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두53927 판결 참고).

(다) 조사청의 질문행위는 청구인을 상당한 시일에 걸쳐 접촉하여 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 행위에까지 나아가지 아니하였고, 단순한 사실관계 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문에 불과하여 이를 청구인에 대한 세무조사로 볼 수는 없다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 참고).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

② 쟁점세금계산서 거래에 부정행위가 있다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

③ 쟁점세금계산서 관련 세무조사가 중복조사에 해당하므로 이 건 부가가치세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1)

부가가치세법 제39조

【공제하지 아니하는 매입세액】①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2)

국세기본법 제26조의2

【국세의 부과제척기간】①국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.(단서생략)

②제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2.납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년.(괄호 및 이하 생략)

제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의17【납세자의 협력의무】납세자는 세무공무원의 적법한 질문ㆍ조사, 제출명령에 대하여 성실하게 협력하여야 한다.

(3)

국세기본법 시행령 제12조의 2

【부정행위의 유형 등】①법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란

「조세범 처벌법」제3조

제6항에 해당하는 행위를 말한다.

제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우

4.

「조세범 처벌절차법」제2조

제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여

「조세범 처벌절차법」제5조

제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

(4)

조세범처벌법 제3조

【조세 포탈 등】①사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세를 환급·공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급·공제받은 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

⑥제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1.이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2.거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3.장부와 기록의 파기

4.재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5.고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.

「조세특례제한법」제5조의2

제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7.그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서에 나타난 OOO 거래 및 쟁점세금계산서 거래 경위를 보면, 청구인은 CO₂회수장치 및 증기터번기계 수입 및 도매업을 영위하는 회사로, 2012.11.14. OOO과 OOO을 납품하기로 하는 계약을 체결하였고, 2012.12.1. OOO로부터 OOO 등을 OOO에 매입하기로 하는 공급계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였으며, 청구인은 2013.8.2. OOO가 OOO로부터 수입한 OOO을 2013.8.5. OOO에 납품한 후, 2013.12.23. OOO로부터 OOO 매입 관련 쟁점세금계산서를 수취하였다.

(2) 조사청 조사담당자가 2014년 10월 작성한 OOO 등에 대한 범칙조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) OOO는 구매자금대출 한도가 큰 점을 이용하여 은행대출로 알루미늄 잉곳을 수입하여 OOO 등에 저가로 공급하고 즉시 매출대금을 받은 거래를 통하여 2∼3개월간의 자금융통을 할 수 있었고, 외형부풀리기를 할 수 있었던 이유로 비정상적인 거래를 하였으며, 저가매출을 통한 외형부풀리기의 손실을 감추기 위하여 2010∼2013년 중 실제성 없는 개발비 OOO을 계상하여 마치 순이익이 나는 것처럼 분식행위를 하였고, 누적적자로 인하여 계속 거래를 할 수 없었음에도 2011∼2013년 중 사채업자로부터 OOO을 차입하여 거래를 계속 이어가는 등 비정상적인 경영활동을 하였다.

(나) 2013년 제2기 쟁점세금계산서 거래분의 경우, 청구인이 OOO와의 계약서 작성 및 물품대 송금을 직접하였고, OOO는 부가가치세와 통관비용 만을 지급하여 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐, 실질적으로 수입을 한 자는 청구인이다.

(다) OOO는 청구인과 OOO 3셋트, OOO S/W 1식에 대하여 공급계약을 하였으나, 최종 납품처인 OOO은 OOO에서 완제품으로 수입되어 OOO 제조업체의 Monitoring S/W가 OOO에 납품되었다고 하였고, OOO의 이메일 내역을 확인한바, 위의 물품거래와 무관한 OOO 관련자가 계약서 작성과 세금계산서 관리 등을 하는 것으로 나타나며, OOO는 쟁점세금계산서 관련 제품매출에 대하여 외상매출금OOO과 선수금 상계처리OOO로 부기하였으나, 선수금의 입금내역이 확인되지 아니하는 등 장부상 거짓으로 회계처리를 한 사실도 나타나는 등 OOO가 청구인에게 교부한 쟁점세금계산서는 정상적인 상거래로 인한 재화의 공급과 관련된 것이라고 볼 수 없다.

(3) 처분청 조사담당자가 2020.3.26. 작성한 청구인에 대한 부가가치세 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 CO₂회수장치 및 증기터번기계, OOO등을 OOO의 외국회사와 직접 계약을 체결하여 수입하면서 국내의 거래처에 납품하였던 것으로 확인되나, 일부품목 수입시 허위로 물품공급계약서 및 화물양도증을 작성하여 제3자가 수입신고하게 한 후, 제3자로부터 매입가액을 부풀려 가공세금계산서를 수취하고 회계처리를 조작하였는바, 청구인은 매입가액을 부풀리기 위해 실제 외국회사로부터 수입한 재화 이외의 품목을 물품계약서에 허위 기재하였고, 심문조서 작성 당시 청구인의 진술에 의하면 부가가치세 때문에 실제 거래없이 세금계산서를 수취하여 신고하였음을 인정하였다.

(나) 조사청 조사3국에서 실시한 OOO에 대한 범칙조사결과에 의하면, 실사업자 OOO이 구매자금 대출 한도를 늘려 자금을 융통할 목적으로 가공세금계산서를 수취한 것으로 확인되는 점, 청구인이 심문조서 작성시 OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 부가가치세 때문에 수취한 것이라고 인정한 점, OOO은 청구인이 OOO와 직접계약을 체결(2012.11.16.)하였고 대금은 사전송금방식으로 지급되었음이 쌍방간 체결한 계약서와 외화송금내역으로 확인되는 점, 2013.8.2. OOO가 OOO을 수입신고하였으나, 수입부가가치세와 제반비용을 청구인이 지급하여 형식상 수입신고 후 수입세금계산서를 수취한 것으로 확인되는 점, OOO의 등기 대표이사인 OOO이 OOO과 OOO을 거래한 적도 없고, OOO가 OOO S/W를 개발하거나 납품한 적도 없다고 진술한 점, 형식상 수입업체 및 허위로 작성된 물품공급계약서 등을 통해 수입과세가격 및 공급가액을 부풀려 세금계산서를 수취하였음이 확인되는 점(청구인이 OOO에 재화의 수입을 위탁하였다 하더라도 수입세금계산서는 수입위탁자 명의로 교부받아야 하는 것임, 국세청 서면부가 2016-3353, 2016.7.2.), 청구인이 OOO로부터 쟁점세금계산서를 수취한 이후 어떠한 대금지급도 없었으나 2013.12.23.에 납품받았다고 회계처리를 조작하면서 해당 거래와 상관없는 가공의 선수금과 상계처리한 점 등에서 쟁점세금계산서는 실제 재화의 공급없이 가공으로 수취한 세금계산서에 해당한다.

(다) 청구인이 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 부당하게 공제받으면서 이를 은폐하기 위하여 거래처와 공모하여 회계처리를 조작하고, 허위로 작성된 물품계약서 등을 관세관청에 제출하였으며, 수입과세가액을 사실과 다르게 부풀려 관계기관에 신고한 행위는 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받기 위해(조세포탈의도를 가지고) 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 시기 기타 부정한 적극적인 행위에 해당한다.

(라) 청구인은 OOO에 기계 수입대금으로 OOO을 지급하였으나, 2020.2.20. OOO와의 물품공급계약서에 허위의 OOO S/W 물품을 추가하고 공급가액을 OOO으로 과대하게 산정하여 쟁점세금계산서를 수취하였다고 진술하였다.

(4) 한편, 청구인은 끼워넣기 거래 유형에서 중간 업체가 실제로 영업활동을 하거나 거래과정에서 한 역할이 뚜렷하지 않다고 하더라도 ‘당사자가 선택한 거래관계를 존중’하고, ‘중간에 개입된 업체를 역시 독립된 경제주체로 인정’하면서 무죄를 선고한 사례가 있다고 주장하며 그 증빙으로 끼워넣기 관련 2건의 대법원 판례(대법원 2018.2.13. 선고 2017도1990 판결 외)와 1건의 1심 법원 판례(서울중앙지방법원 2017.12.14. 선고 2017고단2104 판결) 등을 제시하였고, OOO가 그 실체가 존재하는 회사라고 주장하며 청구인과 OOO간에 체결한 물품공급계약서와 OOO의 수입신고필증을 그 증빙으로 제시하였다.

(5) 또한, 청구인은 처분청이 2020.1.31.부터 2020.3.16.까지 청구인에 대한 2013년 제2기 부가가치세를 세무조사를 하였고, 그 과정에서 청구인과 OOO 간의 거래를 조사하였으며, 이는 2014년 당시 조사청이 청구인에게 세무조사를 한 사안과 동일한 것이라고 주장하며 그 증빙으로 처분청이 청구인에게 발송한 세무조사 결과통지서를 제시하였는바, 그 조사내용에는 청구인이 OOO로부터 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 실물거래 없이 수수한 쟁점세금계산서와 관련하여 매입세액 부인에 따른 과세예고 통지라고 기재되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 OOO의 실체를 부인하고 쟁점세금계산서 거래를 가공거래로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 조사청의 OOO에 대한 조세범칙조사에서 OOO의 실사업자 OOO이 구매자금 대출 한도를 늘려 자금을 융통할 목적으로 실제 재화의 공급 없이 쟁점세금계산서를 발행한 것으로 확인되었고, OOO의 등기 대표이사인 OOO도 실물 재화의 공급없이 쟁점세금계산서를 발행하였다고 인정한 점, 청구인이 처분청의 세무조사에서 실제 재화를 공급받지 아니하고 부가가치세 때문에 쟁점세금계산서를 수취하였다고 인정한 점, 청구인이 처음부터 OOO을 OOO로부터 매입하기로 수입계약을 체결하였고, 대금도 사전외화송금방식으로 직접 지급하였으며, 청구인이 엘지화학에 직접 납품한 사실이 확인되는 점, OOO 수입신고는 OOO가 형식적으로 하였으나, 관련 수입부가가치세와 제반비용은 청구인이 지급한 점, 청구인이 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 OOO에 대금을 지급한 사실이 확인되지 아니하고, 회계상 가공의 선수금과 상계처리한 것으로 나타나는 점 등에서 쟁점세금계산서는 실제 재화의 공급없이 허위로 수취한 세금계산서로 보이므로, 처분청이 관련 매입세액을 불공제하고 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점세금계산서 거래에 사기 그 밖에 부정한 행위가 동반되지 아니하였으므로 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 청구인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 관련 매입세액과 매입대금을 OOO에게 지급한 적이 없고, OOO가 외형을 부풀리기 위해 허위의 매출·매입거래를 하면서 매입을 과다하게 하여 결과적으로 조세수입의 감소를 초래한 점, 청구인이 제출한 물품공급계약서는 쟁점세금계산서를 정상적으로 발급·수취한 것으로 위장하기 위해 작성된 것으로 조사된 점 등에서 쟁점세금계산서 거래에 사기 그 밖에 부정한 행위가 존재하였다고 보이므로, 처분청이 이 건 부가가치세의 부과제척기간을 10년으로 본 것에 잘못이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

(8) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 부가가치세 부과처분이 중복된 세무조사에 기인한 것이어서 부당하다고 주장하나, 조사청이 OOO를 조사할 당시 거래상대방인 청구인에게 거래사실에 대하여 확인 요청을 한 사실은 있으나 이는 참고인 신분으로 거래사실관계를 확인하기 위한 것으로, 진술서를 받은 것 또한 과세표준과 세액을 경정하기 위한 것이 아니라 국세행정에 대한 협력차원에서 이루어진 점, 조사청의 질문행위가 상당한 시일에 걸쳐 청구인을 접촉하여 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 행위에까지 나아간 것이 아니라 단순한 사실관계 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문에 불과하였던 점 등에서 여기에 청구인에 대한 세무조사가 있었다고 보기는 어렵고, 조사청의 2014년 당시 청구인에 대한 조사는 참고인 조사로서 이를 청구인을 직접 조사대상자로 선정하여 이루어진 이 건 부가가치세 조사와 동일시 하기는 어려운 점 등을 종합하면, 처분청의 이 건 부가가치세 부과처분이 금지된 중복조사에 기인한 것이어서 위법·부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.