광주고등법원-2015-누-5329 (2015.11.05)

사 건

광주고등법원 2015누5329(2015.12.5)

원고, 항소인

황○○

피고, 피항소인

○○세무서장

제1심 판 결

광주지방법원 2013구합2495(2015.2.17)

변 론 종 결

2015.10.8

판 결 선 고

2015.11.5

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2012. 6. 7. 원고에 대하여 한 상속세 1,205,184,510원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 어머니 장○○은 2008. 2. 7. 사망하였는데, 그 유족중 배우자 황○○, 자녀 원고, 황○미(원고와 황○미를 제외한 7명의 자녀들은 상속을 포기하였다. 이하 원고를 포함한 위 실제 상속인들을 ‘원고 등’이라고 한다)가 망인의 재산을 상속(이하 ‘이 사건 상속’이라고 한다)하였다.

나. 피고는 망인의 사망신고가 이루어진 2010. 6. 29.까지 이 사건 상속에 대한 상속세 과세표준 등의 신고가 없었다는 이유로, 원고 등을 2010년 상속세 무신고 조사대상자로 선정하여 2010. 9. 13.부터 2010. 10. 27.까지 이 사건 상속에 따른 상속세 과세표준 및 세액 결정을 위한 세무조사(이하 ‘1차 세무조사’라고 한다)를 실시하고, 이 사건 상속에 따른 상속세 과세가액 225,150,000원에서 배우자 등 상속공제액 1,000,000,000원을 공제하면 상속세 과세표준이 0원으로 계산되어 산출 상속세액이 없다고 결정하였는데, 위와 같은 상속세 과세표준을 계산함에 있어서 피고가 인정한 망인의 상속재산과 상속채무 중 이 사건 관련 부분은 아래와 같다.

□ 상속재산(일부)

- 망인 보유 주식회사 ○○나인(이하 ‘○○나인’이라고 한다)의 비상장주식 46,950주(평가금액 269,000,000원, 이하 ‘○○나인 주식’이라고 한다)

- 망인 소유 토지 수용보상금 중 549,000,000원

□ 상속채무(일부)

망인의 김○○에 대한 채무 2,159,000,000원(이하 ‘김○○ 관련 채무’라고 한다)

다. 원고 등은 2011. 3. 28. 피고에게 이 사건 상속개시일 기준 망인의 지급의무가 확정된 2,547,000,000원의 채무가 있으므로 이를 상속채무에 추가로 포함시켜서 상속세 과세표준 등을 경정하여 달라는 청구를 하였고, 이에 피고는 아래와 같은 내용으로 이 사건 상속세 과세표준 등을 경정(이하 ‘이 사건 경정’이라고 한다)하였다.

□ 상속재산 중

- 원고와 그의 남편 박○○이 이 사건 상속개시일 전인 2008. 1. 15. 망인으로부터 ○○나인 주식을 양수한 사실이 인정되므로 이를 상속재산에서 공제(그 대금은 위 양수 이전에 원고가 망인의 예금계좌에 입금한 돈으로 갈음)

□ 상속채무 중

- 김○○ 관련 채무 이외에 망인의 ○○나인에 대한 930,000,000원의 채무(이하 ‘이사건 별도 채무’라고 한다)가 추가로 인정됨

라. 한편, ○○지방국세청 감사관은 2011. 8. 22.부터 2011. 9. 8.까지 ○○세무서에 대한 정기 교차종합감사(이하 ‘이 사건 종합감사’라고 한다)를 실시한 결과, 1차 세무조사 및 이 사건 경정 절차에서 아래와 같은 문제가 있음을 지적하면서, 피고에게 그부분을 재조사한 다음 처리하라고 지시하였다.

□ 1차 세무조사 관련

- 객관적인 증빙이 없음에도 별다른 조사 없이 김○○ 관련 채무를 상속채무로 인정함

- 1차 세무조사에서 드러난 549,000,000원의 수용보상금 이외에도 이 사건 상속 당시 망인이 859,000,000원의 수용보상금(이하 ‘이 사건 추가 수용보상금’이라고 한다)을 보유하고 있었음에도 이를 상속재산에서 누락함

□ 이 사건 경정 관련

- 객관적인 증빙 없이 이 사건 별도 채무를 망인의 채무로 인정함

- 망인이 ○○나인 주식을 원고와 그 남편에게 양도하였다고 보기 어려우므로, 이를 상속재산에서 공제하는 것은 부당함

마. 이에 피고는 2012. 1. 2.부터 2012. 1. 4.까지 및 2012. 2. 1.부터 2012. 3. 12.까지 이 사건 종합감사 지적사항에 대하여 다시 조사(이하 ‘이 사건 재조사’라고 한다)를 실시하고, 2012. 6. 7. 원고 등에 대하여 ① 김○○ 관련 채무와 이 사건 별도 채무를 망인의 상속채무에서 제외하고, ② ○○나인 주식과 이 사건 추가 수용보상금을 망인의 상속재산에 포함하여 계산한 상속세 과세표준 2,272,684,003원을 기초로 상속세 1,205,184,510원(가산세 포함)을 증액경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012. 8. 27. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2013. 7. 25. 기각되었다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것으로서

위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 종합감사 및 이에 기초하여 이루어진 이 사건 재조사는 1차 세무조사와 동일한 세목에 대하여 실시된 중복세무조사로서, 국세기본법 제81조의4 제2항 각 호에서 규정하는 예외적으로 중복세무조사가 허용되는 경우에 해당하지 않아 위법하다.

2) 설령 김○○ 관련 채무 부분이 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 중복세무조사가 허용된다고 하더라도 그 범위는 위 채무 부분에 한정되어야 할 것이므로, 이 사건 종합감사 및 재조사 중 위와 같은 사유가 인정되지 아니하는 부분에 대한 조사는 위법한 중복세무조사이다.

3) 이 사건 종합감사는 세무조사에 해당하나, 국세기본법 제81조 제1항에서 규정한 세무조사의 관할권이 없는 ○○지방국세청장에 의하여 이루어진 것이어서 위법하고, 이를 기초로 이루어진 이 사건 재조사 또한 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

(가) 세무조사란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 것(국세기본법 제81조의2 제2항 제1호)을 의미하는데, 이는 과세관청으로 하여금 과세자료의 수집과 신고내용의 정확성을 검증하여 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보함으로써 종국적으로는 적정하고 공평한 과세를 달성하기 위한 것이다.

그러나 세무조사의 상대방인 납세자 등으로서는 이를 거부할 경우 과태료의 제재등을 받게 되어 사실상 세무조사에 응할 수밖에 없는데, 그 과정에서 개인의 재산권,프라이버시권 및 영업의 자유 등 기본권의 일정 부분이 제한받을 수밖에 없다.

이에 국세기본법은 납세자의 권익을 증진하고 세무행정의 선진화를 위하여 제81조의4 제2항에서 “세무공무원은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 원칙적으로 재차 세무조사를 할 수 없다”라고 중복세무조사금지의 원칙을 규정하면서도, 일률적으로 모든 경우에 중복세무조사를 금지함으로써 조세공평에 반하는 불합리한 결과가 발생하는 것을 방지하기 위하여 같은 항 각 호에서 예외적으로 중복세무조사를 할 수 있는 경우를 규정함으로써 조세공평이라는 공익과 개인의 기본권 사이의 조화를 도모하고 있다.

(나) 한편 위와 같은 세무조사에 관하여 조사사무처리규정(국세청 훈령 제1945호)은 실지조사를 납세자의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하는 세무조사(제3조 제22호)로 규정하면서도, 그와 달리 납세자가 제출한 신고서 등의 서류나 과세자료 등의 분석을 통해 신고사항의 적정여부를 검증하거나 특정거래의 사실관계 확인을 위하여 납세자 또는 그 관련인으로부터 우편질문 등을 통해 증빙서류를 수입하고 거래내용을 조회하는 경우 등을 간접조사로 정의하면서(제3조 제23호) 이를 세무조사에서 제외하고 있는바, 이는 ① 실지조사보다 납세자에게 덜 침해적인 점, ② 상속세 및 증여세법 제76조 제1항, 제4항에서 세무서장 등은 상속세와 증여세의 과세표준신고신고를 하지 아니하였거나 그 신고한 과세표준이나 세액에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정하도록 하고, 이에 따라 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을

조사하여 결정하거나 경정하도록 규정하고 있는 점 등을 감안할 때 중복세무조사에 해

당하는 세무조사로 보기는 어렵다.

(다) 위와 같은 관계법령의 규정 내용 및 그 취지 등을 종합하여 보면, 중복세무조사에 해당하는 세무조사로서 실지조사는 ① 부과처분을 목적으로 하여야 하고, ② 납세자나 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 직접 접촉하여야 하며, ③ 그 장소가 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등이어야 하고, ④ 납세자 등을 상대로 질문하고, 장부․서류․물건 등을 검사․조사하여야 하며, ⑤ 그 질문이나 장부 등이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어 관련성이 있거나 관련성이 있다고 의심되어야 함을 그 요건으로 한다고 할 것이다.

나아가 납세자에 대한 조사 없이 거래상대방에 대한 조사만으로도 납세자에 대한 세무조사로 볼 수 있는지에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 조사사무처리규정 제3조 22호는 ‘실지조사’를 납세자의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하는 세무조사로 규정하고 있는바, 이는 ① 반드시 납세자의 현장으로 제한하거나 납세자에 대한 조사가 반드시 함께 있어야 한다는 내용이 포함되어 있지 않는 점(상속세 및 증여세법 제84조), ② 조사사무처리규정 제44조에서도 조사대상 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우에는 해당 거래처를 조사대상자로 선정하도록 규정하고 있는 점, ③ 납세자로서는 본인이 알지 못하는 상황에서 자신과 관련된 조사가 거래상대방에 대하여 실시될 수 있다는 심리적 불안을 야기할 수 있고, 거래상대방에 대한 조사만으로도 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시를 침해하는 결과를 초래할 수도 있으므로 이를 방지하고 납세자의 방어권을 보장할 필요가 있는 점 등을 감안하면, 납세자 본인에 대한 과세를 위하여 실시되는 거래상대방에 대한 조사도 납세자 본인에 대한 세무조사로 보아야 할것이다.

(라) 아래에서는 위와 같은 법리에 따라 ① 김○○ 관련 채무, ② ○○나인 주식, ③ 이 사건 별도 채무, ④ 이 사건 추가 수용보상금에 대한 이 사건 종합감사 및 재조사가 중복세무조사로서 금지되는 세무조사에 해당하는지에 관하여 차례로 본다.

2) 김○○ 관련 채무에 관하여

가) 이 사건 종합감사 중 위 채무에 관한 부분 자체가 중복세무조사인지 여부(1) 국세청 및 지방세무관서 감사규정(국세청 훈령 제1533호)에 따르면, 감사대상기관의 업무처리에 대한 종합감사 또는 부분감사를 실시하는 경우, 감사담당공무원은 자료제출요구 등의 조치, 증거서류 및 확인서 제출요구 등을 할 수 있고, 감사결과에 따른 처분을 지시할 수 있도록 규정하고 있는데, ① 이러한 감사도 질문․조사권의 행사를 통해 사적인 영역을 침범하는 조치로서 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시를 침해하는 결과를 초래하므로 최초 세무조사 이후 다시 반복적으로 납세자의 권익을 침해하지 않도록 제한할 필요성이 인정되는 점, ② 납세자 측면에서 볼 때 그 명목이 세무조사인지, 감사조치인지에 따라 달리 취급되어야 할 이유가 없고, 납세자의 프라이버시권 및 영업의 자유 침해 방지를 위한 중복세무조사금지 원칙의 입법 목적이 여전히 고려되어야 하는 점, ③ 세무조사의 형식을 취하지 않았더라도 질문․조사권이 행사되었고, 이를 통해 과세요건사실을 조사․확인하고 과세에 필요한 자료를 수집하는 일련의 행위가 이루어졌다면, 그 실질은 세무조사 개념에 부합하고 납세자에 대한 관계에서는 세무조사로 보아야 하는 점, ④ 감사 제도의 실효성을 보장하는 차원에서 납세자와 거래 상대방 등 관련자가 감사조치에 협력할 필요성이 있다고 하더라도 더 나아가 그 감사조치를 기초로 하여 과세처분이 이루어지는 경우에는 중복세무조사금지 원칙 이 적용된다고 평가하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 감사대상기관의 업무처리에 대한 종합감사 또는 부분감사를 실시하면서 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 등 그 실질이 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호, 조사사무처리규정 제3조 제22호에서 규정한 세무조사로서 ‘실지조사’에 해당하는 한 이를 세무조사라고 봄이 상당하다.

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제1, 2호증, 갑 제11호증의 1, 5, 갑 제15 내지 17호증, 을 제1, 4, 6호증의 각 기재에 의하면, ① 피고는 1차 세무조사 당시 원고 등이 “김○○ 관련 채무는 망인이 부동산을 취득하거나 유치원건물 신축공사 등에 필요한 금원을 김○○로부터 빌리면서 발생한 것인데, 위 금원의 상환이 여의치 않게 되자 황학표가 망인을 대신하여 김○○에게 위 채무액을 상환할 것을 약정하는 어음을 발행한 것이다”라고 주장하면서 제출한 망인과 황학표의 집사로서 이들을 대신하여 김○○와의 거래를 처리하였다는 이○○의 확인서, 약속어음 공정증서, 망인 명의 금융계좌 거래 내역 등을 근거로 망인이 실제로 김○○에게 위 약속어음의 액면금인 21억 5,900만 원 상당의 김○○ 관련 채무를 실제로 부담하고 있다고 판단한 사실, ② 이에 대하여 ○○지방국세청 감사관은 이 사건 종합감사를 하면서 ○○세무서 소속 공무원들로 하여금 김○○를 황학표의 집에서 면담하게 한 다음 김○○로부터 “자신이 망인으로부터 주식거래를 하면 이익을 볼 수 있다는 제의를 받고 최초 2억 5,000만 원을 망인의 계좌에 예탁하였고, 망인이 위 금원을 종잣돈으로 이용하여 주식거래를 한 결과 1차 세무조사 당시 제출한 약속어음 공정증서의 기재와 같이 그 금원이 21억 원 상당으로 증가하였으나, 망인의 병세가 악화되어 만일에 대비하고자 황학표에게 부탁하여 위 공정증서를 작성․소지하게 된 것이다“라는 취지의 자필확인서를 징구한 다음 이○○의 확인서와 김○○의 자필확인서 기재 내용이 서로 상반되는 등 이 사건 상속 당시 망인이 실제로 김○○ 관련 채무를 부담하고 있었는지 불분명하다며 이 부분에 대한 재조사를 피고에게 지시한 사실, ③ 이에 따라 피고는 이 사건 재조사를 한 다음(그 과정에서 추가로 수집한 자료는 없다) 망인의 김○○ 관련 채무가 허위의 채무라는 이유로 이를 이 사건 상속채무에서 제외한 사실이 인정되는바, 위 인정사실을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 종합감사 중 김○○ 관련 채무 부분은 1차 세무조사와 마찬가지로 동일한 세목인 이 사건 상속으로 인한 상속세의 과세표준 및 세액을 결정하기 위하여 실시된 것으로서 ‘실지조사’라고 할 것이므로 중복세무조사에 해당한다.

나) 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우인지 여부

국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에서 중복세무조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 한정되어야 하며, 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 종합감사는 그 이전에 김○○ 관련 채무에 관하여 확보된 자료가 1차 세무조사에서 이미 조사된 자료들일 뿐인 상태에서 개시된 이상 이 사건 종합감사 중 김○○ 관련 채무 부분은 위 사유에 해당하여예외적으로 허용되는 중복세무조사라고 할 수 없다.

다) 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우인지 여부

국세기본법 제81조의4 제2항 제2호는 중복세무조사가 허용되는 예외사유로 ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’를 규정하고 있으나, 그 취지는 거래상대방에 대한 세무조사에 있어 본인의 협력의무를 이유로 본인에 대한 중복세무조사가 허용된다는 것인 점(이와 달리 해석하면 거래상대방을 조사하는 방법으로 중복세무조사금지 원칙을 우회할 수 있게 되어 재조사의 허용 범위를 매우 넓히는 부당한 결과를 초래할 수 있다)에 비추어 보면, 이 사건 종합감사는 거래상대방인 김○○가 아니라 원고 등에 한 세무조사를 하면서 김○○를 조사한 것으로서 애초 위 규정이 적용될 전제 자체가 인정되지 아니하므로, 이 사건 종합감사 중 김○○ 관련 채무 부분에 위 예외 규정이 적용되어 허용되는 중복세무조사라고 할 수도 없다.

4) 나머지 상속재산 또는 채무에 관하여

가) ○○나인 주식에 대한 부분

살피건대, 갑 1, 2호증, 갑 제11호증의 1, 2, 을 제1, 4 내지 6호증, 을 제7호증의 1의 각 기재에 의하면, 피고는 이 사건 경정 당시 원고가 2001. 11. 22.부터 2007. 10. 30.까지 망인의 계좌로 383,900,000원을 송금함으로써 망인에 대하여 위 금원 상당 채권이 있는 상태에서 2008. 1. 15. 망인으로부터 그가 보유하고 있던 ○○나인 주식을 양수하고 그 대금을 원고의 망인에 대한 위 채권으로 갈음하였으므로, ○○나인 주식을 망인의 상속재산에서 공제하여 달라는 경정청구를 받아들인 사실, ② 이에 대하여 ○○지방국세청 감사관은 원고가 2008. 7. 31. 피고에게 ‘망인이 2008. 7. 30.자로 인스나인 주식의 1주당 가격을 10,000원으로 하여 그 중 22,000주는 원고에게, 나머지 24,950주는 원고의 남편 박○○에게 양도하였다’라는 내용의 양도소득세 신고를 하면서 제출한 자료를 추가로 확보하고 이를 이 사건 경정 당시 원고 등이 제출하였던 자료들에 더하여 보면 원고의 주장과 같이 망인이 2008. 1. 15. ○○나인 주식을 원고와 박○○에게 양도한 사실이 인정되기 어려우므로 이를 다시 확인하라는 내용의 감사의견을 낸 사실, ③ 그에 따라 피고는 이 사건 재조사를 한 다음 (추가로 자료를 확보하지는 않은 채) 위 감사의견과 같이 ○○나인 주식이 이 사건 상속 개시 당시 망인의

소유로 판단된다며 이를 상속재산에 포함시켜 이 사건 처분을 한 사실이 인정되는바,

위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 종합감사 이후 이 사건 재조사까지 사이에 추가로 확보된 자료는 앞서 본 바와 같이 ○○나인 주식에 관한 2008. 7.31.자 양도소득세 관련 서류일 뿐이고, 이는 피고가 이미 보유하고 있던 자료들인 이상 위 기간 동안 중복세무조사에 해당하는 세무조사가 이루어졌다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(나아가 중복세무조사는 그 개념상 ‘최초 세무조사’를 전제로 하고 있는바, 이에 대하여 국세기본법 제81조의4 제2항에서 별다른 규정을 두고 있지 않으나, 중복세무조사를 금지하고 있는 입법취지 및 관계법령의 내용을 고려하면, 중복조사가 금지의 전제로서 ‘최초 세무조사’는 부과처분을 위한 실지조사가 이루어진 경우와 조세범칙조사가 이루어진 경우로 한정된다고 봄이 상당할 것인바, 갑

제1, 2, 5호증의 각 기재에 의하면, ○○나인 주식에 대한 조사는 1차 세무조사가 아닌원고 등이 청구한 이 사건 경정 절차에서 이루어졌고, 그 조사내용도 원고 등이 제출한 서류 등을 검토한 것에 불과할 뿐 별도의 ‘실지조사’가 이루어지지는 않은 사실이인정되고, 위 인정사실을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 종합감사 및 재조사 중 ○○나인 주식에 관한 부분이 원고의 주장대로 설령 세무조사에 해당한다고 하더라도 이에그치지 않고 ‘중복’ 세무조사라고까지는 인정하기 어렵다).

나) 이 사건 별도 채무에 대한 부분

살피건대, 갑 1, 2호증, 을 제1, 5, 6호증, 을 제7호증의 2, 3의 각 기재에 의하면, ① 피고는 이 사건 경정 당시 ○○나인이 망인이 운영하려던 유치원건물 신축공사와 관련하여 망인에게 공급하였다는 비품대금과 설계비 등 합계 591,561,000원 및 망인이 1995. 7. 6. 코○○ 주식회사(○○나인의 변경 전 상호, 이하 ‘코○○’이라고 한다)로부터 차용하였다는 1억 5,000만 원의 원리금 합계 339,000,000원을 추가로 망인의 상속채무로 인정한 사실, ② 이에 대하여 ○○지방국세청 감사관은 위와 같이 상속채무로 인정된 금원에 대하여 관계법령에 따라 그 채무부담 사실을 인정할 수 있는 서류가 없음에도 위 금원을 상속채무로 인정할 잘못이 있다고 지적한 사실, ③ 그에 따라 피고는 이 사건 재조사를 하면서 황학표로부터 위 유치원 원장 명의의 확인서를 제출받고, ○○나인의 부가가치세 등 신고내역과 결산서, 관할관청으로부터 제출받은 유치원 관련 건축허가서 등 관련 서류를 보더라도 망인이 원고의 주장과 같은 재화 등을 인스나인으로부터 제공받아 그 금액 상당의 채무를 부담한 사실을 인정하기 어렵고, 나아가 망인의 코○○에 대한 채무와 관련하여서는 그 담보로 제공된 부동산의 소유권자 및 채무자가 황○○로 등재되어 있는 점 등을 감안할 때 이 또한 망인의 채무라고 보기 어렵다고 판단한 사실이 인정되는바, 위 인정사실을 위 법리에 비추어 보면, 이는 납세자가 제출한 신고서 등의 서류나 과세자료 등의 분석을 통해 신고사항의 적정 여부를 검증하거나 특정거래의 사실관계 확인을 위하여 납세자 또는 그 관련인으로부터 우편질문 등을 통해 증빙서류를 수입하고 거래내용을 조회하는 경우 등인 간접조사에 해당할 뿐이라고 봄이 상당하고, 중복세무조사에 해당하는 세무조사가 이루어졌다고 할 수없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다(앞서 ○○나인 주식에 관한 판단에서 본 바와 같이 이 사건 종합감사 및 재조사 중 이 사건 별도 채무에 관한 부분이 원고의 주장대로 설령 세무조사에 해당한다고 하더라도, 갑 제1, 2, 5호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 별도 채무에 대한 조사 역시 1차 세무조사가 아닌 원고 등이 청구한 이 사건 경정 절차에서 이루어졌고, 그 조사내용도 원고 등이 제출한 서류 등을 검토한 것에 불과할 뿐 별도의 ‘실지조사’가 이루어지지는 않은 사실이 인정되므로, 이 사건 종합감사 및 재조사 중 이 사건 별도 채무에 관한 부분이 ‘중복’ 세무조사라고까지는 인정하기 어렵다).

다) 이 사건 추가 수용보상금에 대한 부분

살피건대, 갑 제1, 2호증, 갑 제11호증의 1, 2, 을 제1, 4, 6호증, 을 제7호증의 3의 각 기재에 의하면, ① 피고는 1차 세무조사 당시 망인이 소유하고 있던 토지의 수용보상금 중 일부가 상속개시일 이후 망인의 명의로 매입한 토지의 대금 등에 사용되었으므로 그 대금 533,190,000원, 취득세 등 16,106,970원의 합계 549,296,970원을 상속재산으로서 기타자산에 산입한 사실, ② 이에 대하여 대○○방국세청 감사관은 ○○지방법원의 공탁금 지급내역에 의하면, 이 사건 상속개시일 이후 위와 같이 1차 세무조사에서 기타자산으로 산입된 금원 이외에도 위 공탁금 가압류권자 등이 836,000,000원을 수령하였고, 이자 등 나머지 22,000,000원을 망인의 상속인들이 수령한 사실이 인정되므로 위 금원 또한 상속재산에 포함시켜야 함에도 불구하고 이를 누락시킨 잘못이 있다고 지적한 사실, ③ 그에 따라 피고는 이 사건 재조사를 하면서 위 가압류권자인 ○○농업협동조합 등으로부터 이에 관한 서류를 제출받고 이 사건 종합감사에서 지적된 위 금원을 상속재산에 포함시켜 이 사건 처분을 한 사실이 인정되는바, 위 인정사실을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 또한 앞서 본 바와 같은 간접조사에 해당할 뿐이라고 봄이 상당하고 중복세무조사로서 실지조사라고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

5) 소결론

가) 따라서 이 사건 종합감사 및 재조사 중 김○○ 관련 채무 부분은 중복세무조사금지 원칙을 위반하여 이루어진 세무조사로서 위법하지만, 나머지 상속재산 또는 채무에 관한 부분은 중복세무조사로서 예외규정에 의하여 허용되는지 여부를 살펴보기 전에 이미 그 자체로 세무조사에 해당한다고 할 수 없다.

나) 한편 위법한 재조사와 관련 없는 부분은 부과제척기간 내에는 과세관청이 언제든지 증액경정할 수 있고, 위법한 재조사에 의한 증액경정을 하면서 다른 증액경정 사유가 있어 함께 하는 것을 제한할 필요는 없으므로, 위법한 중복세무조사로 말미암아 위법하게 되는 과세처분의 범위는 위법한 재조사에 기하여 이루어진 과세처분, 즉 재조사에서 획득한 과세자료에 의한 부과처분 부분에 한한다고 함이 상당하나(앞서 본 2010두6083 판결 참조), 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고，이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

앞에서 본 사실관계를 위 법리에 비추어 보면, 피고가 이 사건 상속세의 과세표준을 산정함에 있어 ① ○○나인 주식과 이 사건 추가 수용보상금을 상속재산으로 계산하고, 이 사건 별도 채무를 상속채무에서 제외한 부분은 위법하다고 할 수 없으나, ② 김○○ 관련 채무를 위 과세표준에서 제외한 부분은 위법하다고 할 것이다. 그런데 당심 변론종결 시까지 제출된 자료들에 의하더라도 위와 같은 판단을 기초로 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 달리 제1심 판결은 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.