조심 2013서3443 (2014.11.17)

OOO세무서장이 2013.6.4. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 OOO 주식회사로부터 재위탁 용역을 받은 기업이 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]의 제2호 가목에서 규정한 연구기관 또는 전담부서를 보유하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO을 영위하는 법인으로, 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도(이하 “2009사업연도”라 한다) 중 차세대 시스템 등 전산 시스템 구축과 관련하여 OOO 주식회사(이하 “수탁자”라 한다)와 시스템 개발 계약을 체결하였고, 수탁자는 개발용역 중 일부 용역에 대하여는 제3자에 재위탁을 하여 전산 시스템을 개발하였으며, 청구법인은 2013.4.8. 수탁자에게 지급한 전산개발비 중 수탁자가 제3자에게 재위탁한 비용 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 대상에 해당한다 하여 2 009사업연도 법인세 OOO원 을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다. 나. 처분청은 쟁점비용이 쟁점세액공제 대상에 해당하지 아니한다 하여 2013.6.4. 경정청구 거부처분을 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.15. 심판청구를 제기하였 다. 2. 청구법인 주장 및 처 분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 조특법 제10조 등은 쟁점세액공제 대상 위탁개발비용에 대하여 전담부서를 보유한 업체에 기술개발 용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있고, 쟁점세액공제 제도의 취지상 재위탁된 비용도 기술과 인력개발을 위한 것이라면 공제대상에 해당하며, 조세심판원(조심 2010서979, 2011.12.28. 등), 기획재정부(재조예-36, 2005.1.13. 등), 국세청 유권해석(서면2팀-724, 2008.4.17. 등)은 전담부서를 보유한 전산시스템개발업체에서 전담부서 외의 다른 부서 소속직원이 수행한 개발용역의 대가로 지출하는 비용도 연구인력개발비에 해당하는 것으로 보고 있고, 청구법인은 수탁자가 재위탁할 것인지 여부를 알 수 없고 결정할 권한도 없는데 쟁점비용에 대하여 세액공제를 배제한다면 수탁자의 의사결정에 따라 세액공제 여부가 결정되는 모순이 있으며, 청구법인은 전체 용역결과물의 품질에 대한 통제만 하는 것이지 수탁자의 구체적인 업무수행방식인 재위탁을 기피하거나 규제할 이유가 없고, 수탁자의 재위탁을 세제측면에서 규제하는 것은 정상적인 기술개발을 저해할 소지가 있으며, 청구법인의 차세대 시스템 등은 고객별·상품별 개별계좌 구조를 고객별 종합계좌 방식으로의 변경 및 적극적 통제·관리체계를 수립하는 등 다양하고 새로운 기능을 도입하는 것으로서 결과물은 청구법인이 저작권을 가지는 등 연구개발의 정의를 충족하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다. (2) 쟁점비용 전체를 쟁점세액공제 대상으로 보지 않는 경우에도 수탁자가 재위탁한 쟁점비용 중 「기술개발촉진법」에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 기업 내의 연구전담부서를 보유한 재수탁업체분 개발비용은 해당 재수탁업체가 조특법 제10조 의 세액공제를 위한 적격업체에 해당하므로 쟁점세액공제 대상이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 수탁자와 작성한 시스템개발 관련 표준계약서에 기재된 계약금액 중 개발비용 전부(전담부서 보유 유무와 관련 없이 재위탁한 비용을 모두 포함)를 쟁점세액공제 대상 비용으로 공제세액을 계산하였는바, 위탁개발에 대한 연구개발 세액공제의 대상이 되기 위해서는 위탁받은 업체가 아닌 위탁받은 업체의 전담부서라는 기관에 기술개발을 위탁하여야 하는 것이나 청구법인의 경우에는 위탁받은 업체의 전담부서가 아닌 곳에 위탁하였고, 수탁자도 전담부서가 아닌 영업부서(증권본부)에서 용역을 수행하였으며, 쟁점비용은 새로운 전산시스템 개발을 위한 위탁비용이 아닌 이미 개발된 솔루션 등 소프트웨어를 설치, OOO을 통한 시스템 구축, 테스트 및 소프트웨어 업그레이드 관련 비용으로 연구개발이 아니어서 쟁점세액공제 대상에 해당하지 아니하고, 조특법 시행령 별표6 제1호 나목은 위탁연구개발의 경우 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상이라 규정하고 있으며, 연구 및 연력개발비 세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 연구개발활동에 소요된 비용에 대해 적용하는 것으로서 수탁기업 전담부서의 연구개발 결과 개발된 범용소프트웨어 패키지(솔루션) 등을 비전담부서에서 프로젝트 수행시 활용하여 시스템을 구축하는 것은 창의적 연구개발활동이 아닌 점 등으로 보아 쟁점비용은 쟁점세액공제 대상으로 볼 수 없다. (2) 전담부서를 보유한 법인에게 재위탁한 비용을 쟁점세액공제대상 비용으로 보는 경우에도, 쟁점비용은 전산시스템 개발을 위한 위탁비용이 아닌 이미 개발된 솔루션 등 소프트웨어를 설치, OOO, 테스트 및 소프트웨어 업그레이드 관련 비용으로 쟁점세액공제 대상 비용으로 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점비용이 「조세특례제한법」 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 경정청구서 등에 의하면, 청구법인의 경정청구에 의한 쟁점비용 및 쟁점세액공제내역은 아래 <표1>과 같다. (2) 청구법인과 수탁자 간에 계약한 표준계약서의 프로젝트 범위를 보면, OOO, 매매·뱅킹·신탁·경영지원·내부통제 응용프로그램 분석·설계 및 컨설팅, IT인프라 구축을 위한 분석·설계, IT인프라 구축(시스템구성, 통합UI구축 등), 신용리스크 관리 시스템 구축, 신용등급 평가시스템 구축, 재무회계 ERP 구축, 인사제도 및 프로세스 혁신을 지원하는 HR시스템 구축 등으로, 용역작업의 목적을 보면, 최적의 비즈니스, 어플리케이션, 데이터, 기술 아키텍쳐를 바탕으로 글로벌 경쟁력을 갖춘 미래지향적 시스템 구현을 목표로 업계 최고의 IT기반을 확보, 자본시장통합법, OOO적용과 같은 국내 시장환경 변화와 감독기관의 요구에 능동적으로 대응할 수 있는 선진화된 리스크관리 시스템 구축, 청구법인 회계 OOO구축 등으로 나타나고, OOO 완료보고서를 보면, 차세대시스템의 목표는 고객별·상품별 개별계좌구조를 고객별 종합계좌 형식으로 전환하고, 개별관리되는 리스크 데이터를 원천 데이터의 통합 및 시장·운용·신용리스크 관리시스템을 구축하여 종합적인 리스크 관리체계를 수립하며, 상품개발 인프라 구현으로 다양한 복합상품 개발 및 상품개발시간 축소, 효율적 의사결정 지원 시스템 개발, 업무별 개별화면 등을 사용자별 맞춤화면 제공 등을 통해 사용자중심의 맞춤서비스를 제공한다는 내용 등이 나타나며, 청구법인은 차세대시스템은 청구법인의 요구사항 분석에 약 4개월, 설계에 약 4개월가량이 소요되었고, 각 금융사간 요구사항 및 보안 등의 문제가 있어 연구개발 결과물에 차이가 있으며, 고객별 · 상품별 개별계좌 구조의 방식을 고객별 종합계좌의 방식으로 변경하여 고객서비스를 효과적으로 지원하고, 리스크에 대한 적극적인 통제 및 관리체계 수립 등 새로운 기능 및 서비스를 도입한 것으로서, 아래 <표2>와 같이 2007 및 2008사업연도 경정청구 환급분 등에 비추어 세액공제 대상인 연구개발 위탁용역에 해당한다고 주장하는 점 등을 감안하여 볼 때, 청구법인이 위탁한 연구개발용역은 지식정보기술을 바탕으로 금융, 증권, 외환 등 복합 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 처분청이 주장하는 단순한 테스트 및 소프트웨어 업그레이드 등에 불과한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. (3) 조특법 제10조 제1항에서 연구 및 인력개발비는 법인세에서 공제하는 것으로, 같은 법 시행령 제9조 제2항에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용을 세액공제대상으로, 별표6에는 자체기술개발 뿐만 아니라 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등이 포함되는 것으로 각 규정하고 있다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 경우 위탁받은 업체의 전담부서가 아닌 곳에 위탁하였고, 수탁자도 전담부서가 아닌 영업부서 등에서 용역을 수행하는 등 쟁점비용은 쟁점세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된「조세감면규제법 시행령」 별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 이 건 심리일 현재까지 시행되고 있는 점, 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고, 「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보이고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 같은 뜻임), 조특법 제10조 등에서 연구개발용역의 수탁자가 그 중 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제의 적용대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지는 아니하고, 수탁자가 당해 개발용역의 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 사실상 어려운 점, 금융기관의 전산시스템 개발은 대규모 용역이라 수탁자 1인의 기술력만으로 완성하기에는 한계가 있으므로 다른 사업자가 보유하는 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이고, 같은 법 시행령 제8조 제2항 제7호에 위탁받아 수행하는 연구 활동은 별표6의 비용에서 제외하도록 규정하고 있으므로 이 건과 같이 수탁자가 용역의 일부를 제3자에게 위탁한 경우 발주자(청구법인)가 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없다면 발주자 및 수탁자가 모두 이미 지출한 비용에 대하여 조세감면을 적용받을 수 없게 되어 불합리한 점 등에 비추어 청구법인으로부터 위탁받은 수탁자가 다시 위탁한 비용 중 전담부서(기업부설연구소를 포함)를 보유한 재수탁자에게 지출한 금액은 쟁점세액공제대상에 해당된다고 할 것(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 같은 뜻임)이므로 연구개발용역을 재위탁받은 업체들이 「조세특례제한법 시행령」[별표6]의 제2호 가목에서 규정한 연구기관 등을 보유하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 그 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법 」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액 2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비"라 함은 별표6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발·교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다. 3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 [별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항관련)

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. 1. 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서