조심 2025인3506 (2026.01.14)

남부천세무서장이 2025.4.10. 청구인에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은, 경기도 부천시 OOO소재 전 1,624.6㎡ 중 264.464㎡(80평) 상당은 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 해당하는 것으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.5.26. 취득한 경기도 부천시 OOO소재 전 4,474.4㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다), 같은 동 OOO소재 전 1,624.6㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고 “쟁점토지①”과 합하여 “쟁점농지”라 한다), 같은 동 OOO소재 도로 786㎡(이하 “쟁점토지③”이라 한다), 같은 동 OOO소재 대지 330㎡(이하 “쟁점토지④”라 한다) 및 그 지상의 건물 231.83㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지①∼④”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2023.7.7. 별도의 매매계약을 체결하여 농업회사법인 a 주식회사(이하 “매수인”이라 한다)에게 양도하였고, 2023.9.30. 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점부동산의 양도가액은 합계 OOO원, 취득가액은 합계 OOO원으로 산정하여 양도소득세를 예정신고 하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산의 양도소득세 예정신고 내역

(단위 : ㎡, 천원)

나. 인천지방국세청장은 2024.7.9.부터 2024.7.26.까지 부천세무서장에 대한 종합감사를 실시한 결과, ① 쟁점부동산의 양도는 실질적으로 하나의 거래로서 「소득세법」 제100조 제3항의 규정에 따라 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 보아, 양도가액을 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점부동산의 각 필지별 공시지가에 따라 안분계산한 가액으로 하고, ② 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 보아 기준면적을 초과하는 면적에 대해 비사업용토지로 판단하여 양도소득세 중과세율을 적용하며, ③ 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 경작하지 아니한 것으로 보아 쟁점농지에 대한 감면 적용을 배제하고, 청구인이 쟁점건물에서 미등록 임대업을 영위하다가 양도하였으므로, 양도가액에 상가 건물의 부가가치세가 포함되어 있다고 판단하여 양도소득세 및 부가가치세를 부과하도록 청구인의 현재 관할인 처분청에 통보하였다.

＜표2＞ 쟁점부동산의 필지별 양도가액 재산정 내역

(단위 : 천원, %)

다. 이에 처분청은 2025.4.10. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2025.4.24. 이의신청을 거쳐 2025.8.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산 중 매수인이 농작물 재배여건 등을 고려하여 1, 2차에 걸쳐 선택한 개별 물건에 대하여 매매조건 및 가액을 협의하여 거래시기별, 대상물건별로 독립된 매매계약을 체결하였기에 일괄 양도에 해당하지 않고, 쟁점부동산별로 용도, 특성, 주변시세 등을 반영하여 책정한 호가에 대하여 매수인과 충분한 협상을 통해 양도가액을 결정하였기에 가액이 불분명한 경우에도 해당하지 않으므로 처분청이 양도가액을 기준시가로 안분한 것은 부당하다.

(가) 처분청은 쟁점부동산이 모두 연접해 있고, 매도인과 매수인, 매매계약서의 특약사항이 모두 동일하며, 쟁점부동산은 하나의 울타리 안에 조성되어 있어 필지별로 구분하여 사용하기 어렵기 때문에 일괄 양도에 해당한다는 의견이나, 각 매매계약서의 작성일자, 문서의 양식이나 조문내용이 동일하다는 등의 사정만으로는 토지와 건물 등을 일괄하여 양도하였다고 볼 수 없으며, 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계, 즉 당사자의 의사를 존중하여 일괄 양도 여부를 판단해야 한다.

청구인은 쟁점부동산 양도 당시 은행에 고액의 채무가 있었고, 고율의 이자로 인해 경제적 어려움에 처해 있었다. 따라서 쟁점부동산 중 하나라도 신속하게 처분하여 과중한 이자부담을 해소하기 위해 쟁점부동산을 물건별로 각각 분리하여 양도가액을 책정하였고, 2022년 11월 경기도 부천시 소사구 소재 공인중개사사무소 및 2023년 4월초 경기도 부천시 오정구 소재 공인중개사사무소에 각 물건별로 분리하여 매물로 내놓았다.

(나) 처분청은 쟁점부동산이 하나의 울타리 안에 조성되어 있는 주택과 정원으로 보이고, 쟁점토지③은 쟁점부동산 외에 연결되어 있지 않고 쟁점건물은 쟁점토지①∼③의 매수 없이는 맹지에 불과하여 쟁점부동산을 필지별로 구분하여 사용하기 어렵다는 의견이나, 울타리 및 대문은 쟁점농지가 도심 내에 위치해 있어 사람들이 무단으로 들어와 농작물을 가져가는 일이 많아 도난 방지를 위해 설치하였으며, 울타리 중 2/5는 청구인이, 나머지 3/5는 이웃 토지 소유주가 설치하였고, 쟁점농지는 취득일 이후 청구인이 계속 농작물을 재배한 농지이다.

그리고 쟁점농지는 부천시에서 관리하는 폭 20m 도로와 연결되어 있기에 쟁점토지③ 및 쟁점건물과 분리하여 각각 거래가 가능하고, 쟁점건물 또한 쟁점토지③과 연결되어 있어 쟁점농지를 매입하지 않고도 매매가 가능하다. 이러한 사실은 청구인이 매수인과 2023.4.7. 1차 거래 시 쟁점건물의 매매를 고려하여 쟁점토지② 전체 492평 중 392평만 분할하여 매매하고, 쟁점토지③의 공동 이용 방안에 대해 협의하여 분할 양도한 것으로 알 수 있다.

매수인 역시 공인중개사사무소를 통해 쟁점부동산이 농지, 도로, 겸용주택으로 각각 분리해서 매물로 나온 사실을 알고 있었고, 물건별로 분리해서 거래가 가능하다고 판단하였기에 처음에는 농사에 가장 적합한 쟁점토지②만 분리해서 매수하고자 하였다.

(다) 매수인은 당초 농작물 재배 여건이 가장 양호한 쟁점토지②(492평)만 매입하고자 하였고, 청구인은 향후 쟁점건물을 매매해야 하기 때문에 쟁점건물과 연접한 100평을 제외하고 나머지(392평)만 양도하는 대신 출입구에 있는 대문을 철거하여 매수인이 편리하게 출입할 수 있도록 돕겠다고 제안하였다.

이후 매수인이 현장을 한번 더 둘러 본 후 쟁점토지② 중 392평과 쟁점토지③의 지분 1/2을 각 매입하겠다고 제안하였다. 청구인도 이에 동의하고, 2023.4.7. 경기도 부천시청으로부터 지적도등본을 발급받아 쟁점토지② 중 392평을 아래와 같이 분할등기선을 기준으로 분할하기로 매수인과 합의하였다.

＜쟁점토지②의 분할등기 협의자료＞

또한 쟁점토지③을 공동으로 사용하기 위해 쟁점토지③ 입구에 설치되어 있는 대문은 매수인이 요청할 경우 청구인이 비용을 부담하고 철거하기로 하였고, 추후 쟁점토지①과 쟁점건물의 보안을 위해 경계선과 도로에 대문이나 주차차단기를 설치할 수 있도록 상호 합의하였다. 그리고 양도가액은 쟁점토지②는 평당 OOO원씩 계산하여 OOO원에, 쟁점토지③의 지분 1/2은 평당 OOO원씩 계산하여 OOO원에 매매하기로 최종 합의함에 따라 ‘1차 거래’가 성사되었다.

공인중개사사무소에서는 청구인과 매수인이 합의한 사실을 바탕으로 매매계약서 초안을 작성하였으며, 2023.4.7. 계약체결 전 청구인에게 휴대폰 문자로 보내준 ‘토지매매계약서’의 ‘2. 계약내용’ 및 ‘특약사항’에서 이러한 사실을 확인할 수 있다.

2023.4.7. 위와 같이 매매계약을 체결하여 계약금으로 매매대금 합계금액OOO의 10%인 OOO원을, 2023.4.22. 중도금으로 매매대금 합계금액의 60%인 OOO원을 청구인의 계좌로 각 수령하였다.

(라) 2023.4.22. 위 계약에 따라 청구인이 중도금을 수수한지 얼마 지나지 않아 매수인은 2023.4.7. 계약한 쟁점토지②와 쟁점토지③의 나머지 지분과 쟁점토지① 및 쟁점건물을 모두 매입하려고 하니 가액을 조정해 줄 것을 요청하였고, 청구인은 쟁점건물에서 OOO원을 감액하고, 나머지 토지는 당초 가액대로 받아야 한다는 의사를 전하였다. 이에 매수인이 청구인이 제시한 각 물건별 양도가액을 수용함으로써 ‘2차 거래’가 성사되었다.

2023.4.28. 청구인과 매수인은 공인중개사사무소를 통해 2차 거래분에 대한 매매계약을 각각 체결하였다. 쟁점토지①과 쟁점건물은 각 독립된 매매계약서를 작성하였고, 쟁점토지②와 쟁점토지③은 2023.4.7. 체결한 1차 거래분과 합하여 물건별로 매매계약서를 작성하였다.

계약금 OOO원 중 2023.4.7. 체결한 쟁점토지②와 쟁점토지③의 매매계약에 따라 2023.4.7. 수령한 계약금 OOO원과 2023.4.22. 수령한 중도금 OOO원을 차감한 나머지 OOO원을 2023.4.28. 수령하였고, 2023.5.15. 중도금 OOO원, 2023.7.7. 잔금 OOO원을 각 청구인의 계좌로 수령하였다. 이러한 사실은 2024.7.12., 2025.4.3. 공인중개사사무소 대표의 확인서와 2025.4.8. 매수인의 확인서로 확인할 수 있다.

처분청은 청구인이 매매대금을 계약별이 아닌 일괄로 수령하였다는 의견이나, 위와 같이 개별적으로 거래하였고 처분청은 1차 거래 시 수령한 계약금 OOO원이 쟁점부동산의 일괄매매로 수령한 대금 OOO원의 가계약금으로 보인다고 추정할 뿐, 개별 필지별로 작성된 1차 토지매매계약서와 통장입금 내역금액과도 전혀 일치하지 않는 추정으로 과세하였다.

(마) 청구인은 쟁점부동산별로 지형특성·접근성·주변시세 등을 반영하여 매매가액을 합리적으로 책정하였고, 매수인과 수 차례 매매 대상 물건과 가액에 대하여 진정성 있는 협상을 진행하여 최종 합의한 물건별 양도가액으로 매매계약을 각 체결하였기에 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는다.

＜표3＞ 쟁점부동산별 용도 및 특성 요약

(단위 : ㎡, 천원)

토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하는지 여부와 관련하여 조세심판원(조심 2017중3266, 2018.2.8. 등)은 계약당사자들이 합의하여 가액을 명확하게 구분하였거나, 매매대금의 합의 경위 등이 합리적인 경우에는 매매당사자 간 구분한 가액을 인정해야 한다고 하였고, 청구인은 제발제한구역 내에 있는 쟁점부동산의 매매가액을 각 물건별 지형특성, 접근성, 이용상황, 주변시세 등을 반영하여 합리적으로 책정하였다.

쟁점토지①은 면적이 가장 넓으나 도로와 접한 면이 적고, 한 면 전체가 임야에 둘러싸인 땅으로 경사가 심해(경사각 약 30도) 농작물 재배 여건이 좋지 않아 주변 시세(평당 OOO원)의 중간 가격인 평당 OOO원(2022년 공시지가 평당 OOO원)으로 정하였다.

＜쟁점토지①의 지형 사진 및 경사도 측정자료＞

쟁점토지②는 도로와 20m 정도 접해 있고, 경사가 완만하며 주변이 평지라 농작물 재배 여건도 쟁점토지①에 비해 양호하여 주변 시세(평당 OOO원)의 평균보다 높은 평당 OOO원(2022년 공시지가 평당 OOO원)으로 정하였다.

＜쟁점토지②의 지형 사진 및 경사도 측정자료＞

쟁점토지③은 쟁점토지①, 쟁점토지②, 쟁점건물과 모두 접해 있고, 쟁점건물과 경제적 일체를 이루며 독점적·배타적으로 사용할 수 있어 쟁점토지②와 동일하게 평당 OOO원(2022년 공시지가 평당 OOO원)으로 정하였다.

쟁점건물은 주변 주택가와 떨어져 있어 조용하고 뒤쪽이 산으로 둘러 쌓여 전망도 양호하나 3층 사무실을 겸하고 있어 인근 개발제한구역 내의 비슷한 규모의 단독주택 시세(OOO원, 건물 1평당 OOO원) 보다 낮은 OOO원(건물 1평당 OOO원)으로 결정하였다.

매수인의 입장에서도 다양한 정보와 경제성 분석을 통해 청구인이 산정한 쟁점부동산의 가액이 합리적이라 판단하였기에 매입하고자 하였을 것이고, 쟁점부동산별 양도가액은 청구인과 매수인이 진정성을 가지고 매매조건 및 거래가액 등에 대해 충분한 협상과 협의를 통하여 결정하였다. 특히 쟁점건물은 법인이 취득할 경우 일반건물에 비해 취득세를 중과(13.4%)하고 종합부동산세에서도 기본공제(OOO원)를 받지 못하는 불이익을 당하기 때문에 합리적인 가격이 아닌 경우 거래가 성사되기 어려웠을 것이다.

(바) 처분청에서는 2022년 11월 공인중개사사무소에서 매수자들을 모집하기 위해 OOO에 올린 광고를 보고 청구인이 당초 쟁점부동산을 OOO원에 일괄 양도하고자 하였으며, 그 양도대금으로 OOO원을 산정한 후 OOO원을 쟁점부동산별로 각각 안분하였다는 의견이나, 거래가 성사되지 않은 과거의 인터넷광고를 보고 일괄 양도라고 하는 것은 부당하다.

일반적으로 여러 물건을 일괄로 매매하고자 할 때, 먼저 물건별로 개별 가액을 산정한 후 그것을 기준으로 일괄 매매 시 얼마를 받을 것인지를 결정하여 매수자와 협상을 진행한다. 특히, 쟁점부동산은 필지별로 면적이 다르고, 지목 및 용도도 전, 도로, 대지, 겸용주택으로 명확히 구분되어 있다. 그럼에도 쟁점부동산별로 가액을 산정하지 않고 전체가액을 OOO원으로 정한 후 OOO원을 다시 쟁점부동산별로 각각 안분했다는 처분청의 의견은 사실이 아니다.

청구인은 2022.11.13. OOO에 광고를 게시한 OOO공인중개사사무소에도, 2023년 4월초 매수인과의 거래를 중개한 OOO공인중개사사무소에도 쟁점부동산을 물건별로 아래 ＜표4＞와 같이 가액을 책정하여 매매를 의뢰하였다.

＜표4＞ 공인중개사사무소에 매매의뢰한 가액

결과적으로 OOO공인중개사사무소의 광고처럼 매매가 이루어지지 않았고, 청구인은 2023.4.7.과 2023.4.28. OOO공인중개사사무소를 통해 매수인과 물건별로 거래조건과 가액 등을 협상하여 개별 물건별로 독립된 매매계약을 체결하였다.

(사) 청구인이 매수인과 협의를 통해 결정한 실제 양도가액과 처분청이 안분계산한 양도가액과의 차이를 살펴보면 아래 ＜표5＞와 같이 쟁점토지①은 25.0%, 쟁점토지②는 14.2%, 쟁점토지③은 179.7%, 쟁점건물(쟁점토지④ 포함)은 66.2%이다.

＜표5＞ 쟁점부동산별 양도가액 차액 분석

(단위: 천원)

차이가 가장 큰 쟁점토지③은 지목이 ‘도로’라서 기준시가가 낮을 뿐 일반 도로와는 달리 ‘사도’로 쟁점건물과 경제적 일체를 이루며 독점적·배타적으로 사용할 수 있는 등 장점이 많아 청구인이 정한 양도가액 OOO원은 합리적이다. 또한, 쟁점건물도 인근의 개발제한구역 내에 있는 비슷한 규모의 단독주택 시세를 반영하여 가액을 결정하였기에 당초 양도가액인 OOO원은 적정하다.

처분청이 안분계산한 평당 양도가액을 보면, 쟁점토지①은 OOO원, 쟁점토지②는 OOO원인데, 당시 주변시세의 중간인 평당 OOO원 보다 OOO원(31%), OOO원(38%)이나 높아 도저히 거래가 성사될 수 없는 금액이다.

처분청이 쟁점부동산별로 각각 체결된 계약서상의 실제 양도가액을 부인한다면, 특정 부동산이 기준시가 보다 현저히 높거나 낮은 가액으로 거래되는 경우 소득금액 또는 산출세액을 기준으로 비과세 또는 세액감면을 받아야 할 다른 부동산이 비과세 또는 세액감면을 받지 못하거나, 반대로 비과세 또는 세액감면을 받지 않아야 할 다른 부동산이 비과세 또는 세액감면을 받는 불합리한 결과를 초래할 수 있다. 또한, 처분청이 안분한 양도가액은 ‘실제 거래가액’이 아님에도 이를 특수관계가 없는 청구인과 매수인이 정상적으로 거래한 개별 부동산에 적용하는 것은 2007년 이후 양도소득세 과세체계를 ‘실거래가’ 기준으로 바꾼 취지에도 맞지 않다.

아울러, 자산별 거래가액의 구분이 불분명한 때에 적용하는 「소득세법」 제100조의 규정을 쟁점부동산과 같이 물건별로 협상을 통해 양도가액을 명확히 구분하여 독립적으로 체결한 계약에까지 확대하여 적용한다면 해당 규정의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 결과를 초래할 것이다.

청구인은 2024년 2월 국토교통부(한국부동산원)의 부동산실거래조사 시 쟁점부동산별로 체결한 계약서상 ‘실제 거래가액’으로 거래한 사실을 소명하였고, 매수인은 청구인과 체결한 쟁점부동산별 매매계약서를 기준으로 부동산등기 및 지방세 납부 등 각종 법적 의무를 성실히 이행하였다.

(2) 처분청은 쟁점농지의 양도 시까지 현장 확인을 한 사실이 없고, 양도 후 1년이 지난 시점의 외관 및 인터넷 매물 광고에 올린 과거 사진 등에 기초하여 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 보았으나, 쟁점농지를 관할하는 지방자치단체의 담당 공무원은 2023.6.23. 쟁점농지에 직접 출장하여 ‘농작물 재배에 이용되고 있는 농지’라고 확인하였고, 2022.9.1. 농지이용실태조사 시에도 쟁점농지에 직접 출장하여 ‘자경농지’라는 사실을 확인하였다.

또한, 지방자치단체에서 2007년 이후 발급한 농지원부 등에서도 쟁점농지의 지목은 ‘전’이고, ‘농작물 재배’에 이용되었다는 사실이 일관되게 확인됨에도 처분청은 단지 추정에 의거 쟁점건물의 부수토지로 보거나 기간 판정의 근거도 없이 비사업용토지로 본 것은 부당하다.

(가) 대법원(대법원 1992.8.18. 선고 91누10367 판결)과 국세청(서면인터넷방문상담4팀-2340, 2005.11.28.)은 ‘주택의 부수토지’를 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지라 정의하고, 주택에 부속된 토지인지 여부는 당해 토지의 현황과 이용실태에 의하여 결정되고, 주거용으로 사용되지 않고 사업용으로 사용되는 경우에는 주택의 부수토지로 볼 수 없다고 판단하고 있다.

처분청은 쟁점농지 취득 당시에는 밭의 형태가 보이나, 이후에는 밭의 형태가 보이지 않는다는 의견이나, 항공사진을 보면 2000년 매입 당시 황무지 상태에서 2007년 작물 형태가 보이고 이후 2023년까지 수목(과실수, 조경수)이 식재되어 자라가는 모습을 볼 수 있으며, 항공사진으로는 다년생식물밭의 형태를 보기는 어렵다. 또한 쟁점농지는 양도한지 1년이 지나도록 매수인이 관리하지 않아 잡풀이 무성한 농지를 처분청이 청구인에게 현장 사진 촬영을 요구하여 2024.7.18. 쟁점농지를 방문하여 촬영한 사진을 제출하였는바, 이 사진으로는 쟁점농지를 양도 전에 자경하였는지 판단할 수 없다.

쟁점농지의 양도 직전인 2023.6.23. 쟁점농지를 관할하는 경기도 부천시 오정구청의 ‘농지업무 담당 공무원’ 2명이 쟁점농지에 직접 출장하여 확인한 ‘출장보고서’를 보면 쟁점농지의 실제지목이 ‘전’이고, ‘과실수, 조경수 재배’에 이용되고 있다는 사실이 명확하게 적시되어 있다.

또한, 2022년 9월 쟁점농지를 관할하는 오정구청의 농지담당 공무원이 「농지법」에 따라 쟁점농지에 직접 출장하여 실시한 농지이용실태조사 결과를 보면, 쟁점농지의 지목은 ‘전’이고, ‘다년생식물 재배’에 이용되고 있으며, 경작자는 청구인이라고 확인한 사실도 있다.

아울러, 지방자치단체에서 2010.10.9. 및 2025.1.24. 발급한 ‘농지원부’, ‘2023년 토지 정기과세 내역서’, 2025.1.24. 국립농산물품질관리원에서 발급한 ‘농업경영체등록확인서’ 등에서도 쟁점농지의 지목은 ‘전’이며, 농작물 재배에 이용되고 있었음을 확인할 수 있다.

쟁점농지는 필지와 지목, 그리고 용도가 명확히 구분되고 쟁점건물과 경제적 일체를 이루고 있지도 않다. 이러한 사실은 2023.4.7. 쟁점토지② 일부와 쟁점토지③ 일부를 분할하여 매매한 사실로도 알 수 있다. 그럼에도, 쟁점건물(연면적 231.83㎡)의 부수토지*를 건물이 정착된 대지 330㎡ 외에 실제 ‘도로’로 이용되고 있는 쟁점토지③과 ‘농작물 재배’에 이용되고 있는 쟁점농지 6,099㎡까지 확대하는 것은 사회통념에도 부합하지 않는다.

* 처분청의 의견을 따를 경우, 쟁점건물의 부수토지는 총 7,215㎡(2,183평)로 쟁점건물 건축면적의 38배, 연면적의 31배이다.

(나) 처분청이 쟁점농지의 양도 당시 농지가 아니라는 의견으로 제시한 ‘OOO소개글에 첨부된 사진’은 청구인이 쟁점부동산을 매매할 때 광고용으로 사용하기 위해 2013년 5월과 2022년 11월 농작물 수확이 끝난 시점에 주변을 잘 정리하여 촬영한 후 수정 작업을 거쳐 공인중개사사무소에 전달한 것으로, 공인중개사사무소가 소개글과 함께 편집하여 2022년 11월 OOO에 올린 것이다.

해당 블로그를 보면 쟁점부동산은 개발제한구역 내에 있고, 토지는 필지별로 농지, 도로, 대지로, 건축물은 단독주택, 2종근생으로 구성되어 있다고는 하였으나, 처분청의 의견처럼 쟁점농지를 ‘정원’이라고 광고하지는 않았다. 블로그에 올라온 쟁점농지의 촬영 시기는 2022년 11월이고 청구인이 재배한 농작물은 5월 하순∼6월 초순에는 부추, 취나물, 차전초 등이며, 11월은 밤을 수확하고 예초 작업을 한 후 촬영하였다.

＜OOO소개글에 첨부된 사진①＞

사진 왼쪽 위 ‘①’의 왼쪽 하단은 부추와 취나물을, 오른쪽 위 ‘②’와 왼쪽 아래 ‘③’은 같은 장소로 부추와 차전초를, 오른쪽 아래 ‘④’는 쟁점토지①과 연접한 곳으로 밤나무, 감나무, 살구나무, 자두나무 등이 식재되어 있다.

＜OOO소개글에 첨부된 사진②＞

사진②는 2013.5.4. 촬영한 것이며, ‘①’의 도로 오른쪽 빈 곳은 2012년 말 쟁점토지②에 있던 매실나무가 병충해 등으로 결실을 맺지 못해 모두 뽑아내고 감나무를 식재하기 위해 토지를 정리하고 예초를 마친 모습이다. 2014.5.13. 부천시 공무원이 이곳을 방문하여 ‘휴경’이라 지적하자 일정을 앞당겨 2014.5.27. 감나무를 식재하였고, 부천시 공무원이 다시 출장하여 감나무 식재 사실을 확인하고 ‘자경’으로 변경한 사실이 농지원부에 기록되어 있다. ‘②’에는 소나무 26그루와 감나무 12그루가 식재되어 있다.

＜쟁점농지 일부를 ‘휴경’에서 ‘자경’으로 변경한 농지원부＞

＜OOO소개글에 첨부된 사진③＞

사진③의 ‘③’에는 밭인 부분이 있고, 감나무, 소나무 25그루가 식재되어 있으며, ‘④’에는 청구인이 쟁점부동산 매입 전부터 있던 목련나무 뒤편 밭에서 취나물 등 다년생 작물을 재배하였다. 처분청의 현장방문 및 사진촬영은 쟁점부동산을 양도한지 1년이 지난 시점에 이루어진 것이다.

청구인이 당초 소명요청 시 제출한 사진 또한 2024.7.17. 처분청이 청구인에게 현장 사진을 촬영해 오라고 요청하여 2024.7.18. 촬영한 것이다. 촬영 당시 여름 장마철에다 매수인이 1년 동안 농지를 방치한 상태로 어른 키 이상 잡풀들이 무성하여 농지 현황을 제대로 촬영할 수 없었다.

2024.7.23. 처분청이 촬영한 현장사진 또한 청구인이 쟁점부동산을 양도한지 1년이 지난 후 대문 밖에서 쟁점농지 일부의 외관만 촬영한 것이다. 매수인이 쟁점농지를 1년 넘게 관리하지 않아 방치된 농지를 처분청이 자경농지가 아니라고 주장하는 것은 부당하다. 설령 매수인이 쟁점농지를 제대로 관리하지 않았다 하더라도 ‘농지’라는 사실에는 변함이 없다. 이는 대법원(대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결)과 조세심판원(조심 2022중6511, 2022.10.26.)이 농경의 장애원인이 제거된다면 다시 농경지로 이용될 수 있다고 보여지는 경우에는 일시적 휴경상태라고 보아야 하며 휴경상태에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 한다고 판단한 것으로도 알 수 있다.

(다) 처분청은 청구인이 대표로 있는 주식회사 b이 쟁점건물을 사업장 소재지로 등록하여 사옥으로 사용한 점을 들어 쟁점농지가 쟁점건물의 부수토지라는 의견이나, 쟁점건물은 쟁점농지와 지번, 용도, 구획이 명확하게 구분되고, 경제적 일체도 이루고 있지 않다.

아울러, 주식회사 b은 소규모 영세사업체로 쟁점건물의 3층(66.0㎡)만 사용하였고, 나머지 1,2층(165.83㎡)은 청구인이 가족과 함께 실제 거주하며 쟁점농지에서 농작물을 재배하였기에 쟁점농지가 농지인지 여부를 판단하는데 아무런 영향을 주지 않는다.

또한 처분청이 제시한 특허·실용신안 출원내역은 청구인의 개인적인 창작 발명으로 학생, 주부, 직장인 등 누구나 개인의 자유 시간을 활용하여 창작 발명 활동을 할 수 있고, 개인적인 아이디어를 특허법률사무소에 전달하면 특허법률사무소에서 출장을 나와 청구인의 아이디어를 도면화하고 서류 작성 작업을 하는 등 출원에서 등록까지 전체 과정을 대행해 주었기 때문에 청구인은 특허출원을 위해 자경할 시간을 소비하지 않았다.

처분청은 청구인이 2000년 5월부터 23년 넘게 농작물을 재배한 쟁점농지를 비사업용토지로 중과하였음에도 「소득세법 시행령」 제168조의6에서 규정한 기간판정 기준 중 어떤 기준에 따라 비사업용토지로 판정하였는지 그 근거를 제시하지 않았다.

(3) 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실은 쟁점농지 관할 구청 담당 공무원이 쟁점농지를 직접 방문하여 실시한 ‘농지이용실태조사서’와 지방자치단체에서 발급한 농지원부, 농업경영체등록확인서, 농자재 구입 영수증 등으로 확인되므로 처분청이 자경농지에 대한 세액감면을 전부 부인한 것은 부당하다.

(가) 청구인이 2000.5.26. 매입 당시 쟁점농지는 이웃 주민들이 군데군데 채소 등을 심고 있었을 뿐 거의 황무지 상태였고, 청구인이 직접 지하수 관정을 파서 농업용수를 마련하여 쟁점농지를 개간하였으며, 2023.7.7. 양도 시까지 농작물을 직접 재배하였다.

쟁점농지에는 밭작물에 적합한 땅이 많지 않아 주로 과실수와 조경수를 재배하였다. 밭작물로는 고추, 배추, 무, 고구마, 옥수수, 콩 등을 재배하였고 씨앗과 모종은 경기도 부천시 여월동 소재 신생농원 등에서 현금으로 구입하였다.

2002년에는 매실나무 묘목 100여 그루를 경기도 부천시 OOO에서 구입하여 심었고, 2003년에는 과실수 외 새로운 판매 수익을 창출할 수 있는 조경수인 소나무 묘목 80여 그루를 경기도 의정부 소재 묘목 재배 농가에서 매입하여 식재하는 등 다양한 종류의 농작물을 재배하였다.

처분청은 청구인이 2024년 7월 소명 당시 매실 묘목을 비탈진 토지의 토사붕괴 방지목적으로 심었다고 주장하였다는 의견이나, 청구인은 2002년도쯤 비탈진 토지에 토사붕괴를 방지하기 위해 매실묘목 100그루 정도를 구입하여 경사가 심한 쟁점토지①에 50그루, 쟁점토지②에 50그루를 식재하였다. 약 5∼6년 묘목의 성장기간을 거친 후 일부 수확하기 시작하였다. 즉, 쟁점농지의 개별 특성을 고려하여 경사진 곳에 토사붕괴 방지 및 과실 수확을 목적으로 과실수를 심은 것이다.

(나) 농작업의 경우 일손이 많이 가는 밭작물의 재배 면적이 적고, 일손이 적게 가는 과실수의 재배 면적이 넓어 밭갈이 및 모종심기, 퇴비주기, 과실수 가지치기 및 솎아베기, 잡초 제거 등 대부분의 작업은 청구인이 직접 수행하였다.

쟁점농지는 경사진 곳이 많아 농사에 어려움이 많았지만 청구인은 매년 15회 이상 잡초를 제거하고 퇴비주기, 모종심기, 과실수 및 조경수 가지치기 등을 하면서 농작물을 재배하였다.

농작물은 화학비료와 농약을 쓰지 않고 퇴비 등을 사용하면서 친환경으로 재배하였기 때문에 병충해 등으로 수확량은 많지 않았다. 더욱이 경험부족으로 다양한 종류의 과실수를 심다 보니 종류별로 수확량이 적어 체계적으로 판로를 개척할 수 없어 주로 자급자족하였다. 비교적 수확량이 많은 밤과 매실은 강화군에 거주하는 장모가 경기도 부천시 소재 OOO노점에 판매*하였고 남은 것은 이웃과 친지들에게 나누어 주었으며, 22년간 가꾼 과실수와 조경수는 쟁점부동산과 함께 매수인에게 양도하였다.

* 밤은 약 400kg 수확하여 OOO원 정도에 판매하였고, 매실은 5kg 단위로 60박스 정도 만들어 박스당 OOO원에 판매하였다.

(다) 청구인이 쟁점농지를 20년 넘게 자경한 사실은 국가, 지방자치단체, OOO등에서 발급한 각종 증명서에서도 확인된다.

농사를 지은지 7년이 지났을 무렵 청구인은 지방자치단체에 농업인 등록을 해야 한다는 것을 알고 2007.8.30. 부천시청에 농업인 등록 및 쟁점농지의 자경 내용을 신고하였으며, 부천시청 직원이 쟁점농지에 출장하여 청구인의 신고내용을 직접 확인하였다.

2010.10.9. 부천시청이 발급한 ‘농지원부’를 보면 청구인은 ‘농업인’으로서, 실제 ‘전’으로 사용하는 쟁점농지 6,099.0㎡에 ‘과수’를 주재배작물로 하여 ‘자경’하고 있다는 사실이 기록되어 있다.

2025.1.24. 부천시청이 발급한 농지원부에서도 청구인이 ‘농업인’으로서 쟁점농지 5,769.0㎡를 실제 ‘전, 과수원’으로 사용하고 있으며, ‘과수’를 주재배작물로 하여 ‘자경’하고 있다는 사실을 확인할 수 있다. 농지를 관할하는 지방자치단체에서는 「농지법」에 따라 항공사진 분석, 현장출장 등을 통해 수시로 농지의 이용실태를 조사하여 실제 지목이 공부와 다르거나, 자경을 하지 않거나, 다른 용도로 전용된 경우 그 사실을 농지원부에 등재한다.

특별히 쟁점농지의 경우 개발제한구역 내에 위치해 있어 관할관청에서 자경여부 확인을 위해 2년 단위로 쟁점농지에 직접 출장하여 사진을 촬영하고 갔다. 또한, 2014.3.19. 부천시 소재 OOO이 발급한 ‘조합원 탈퇴 증명서’를 보면 청구인이 ‘농업인’으로서 2008.2.14.부터 2022.12.20.까지 조합원으로 활동한 사실이 확인되고, 2020.11.26. 지방자치단체에서 조합원에게 지원하는 유기질비료 150포(1포당 20kg, 총 3,000kg)를 감, 고추, 밤, 매실 재배에 사용하기 위해 경기도 부천시 OOO에 신청한 사실도 확인된다.

＜유기질비료 신청서＞

아울러, 청구인은 2014년 5월 국립농산물품질관리원에 쟁점농지를 자경하고 있다는 사실을 기재한 농업경영체등록신청서를 제출하였고, 국립농산물품질관리원은 사실 확인을 거쳐 청구인의 농업경영체 등록을 완료하였다. 이후 청구인이 재배하고 있는 농작물 중 직불금 대상 작물(예: 밤)에 대하여 직불금신청 안내도 받았다.

＜직불금신청 안내＞

2025.1.24. 국립농산물품질관리원이 발급한 ‘농업경영체 등록말소 확인서’를 보면 청구인은 ‘농업인’이고, 2014.5.23. 농업경영체 등록 당시 쟁점농지 5,769㎡를 ‘자경’하고 있었다는 사실을 확인할 수 있다.

또한 2025.2.3. 경기도 부천시청이 발급한 ‘2023년 토지 정기 과세 내역서’에도 2023.6.1. 현재 쟁점농지가 분리과세대상인 ‘자경농지’로 이용되고 있다는 사실이 기록되어 있다. 그리고, 국토정보지리원에서 촬영한 2000년∼2023년 항공사진을 보면 쟁점농지가 황무지 상태에서 점차 개간되고, 수목(과실수, 조경수)이 식재되어 자라가는 모습 등 청구인이 농작물을 재배한 정황을 알 수 있다.

＜2000년∼2023년 항공사진＞

(그림 삽입을 위한 여백)

또한, 청구인이 농사에 사용했던 관리기와 손수레, 그리고 최근의 농자재구매 영수증 등을 살펴보면 양도 당시까지 농작물을 재배한 사실을 알 수 있다.

＜관리기 및 손수레＞

＜농자재 구입 영수증＞

※ 2013년까지는 잡초·낙엽을 모아 퇴비를 만들어 사용하다 과수 열매가 작고 수확량도 적어 2014년 이후 유기질비료를 50포(포당 20kg) 단위로 구매하여 퇴비와 함께 사용하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산의 양도는 일괄 양도이며, 그 양도가액의 구분이 불분명하므로 전체 양도가액을 기준시가로 안분하여 환산취득가액 및 양도차익을 산정한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 쟁점부동산은 모두 연접되어 있으며, 매도인과 매수인, 매매계약 체결부터 잔금 지급 및 소유권 이전 등기 시기, 쟁점부동산별 매매계약서의 특약사항이 모두 동일하여 사실상 쟁점부동산의 양도는 일괄 양도의 형태이다.

청구인은 2023.4.28. 쟁점부동산의 매매계약과 관련하여 매수인과 필지별 계약서 총 4부를 작성하였으며, 계약서상 중도일은 2023.5.15., 잔금일은 2023.7.7.로 기재돼 있었고, 소명과정에서 청구인은 매매대금을 계약별이 아닌 일괄로 수령하였다고 답하였다.

쟁점부동산은 위치와 형태 특성상 하나의 울타리 안에 조성되어 있는 주택과 정원으로 보이고, 청구인은 쟁점부동산을 2000.5.26.에 일괄 취득하여 장기간 보유하다가 양도하였다. 쟁점부동산의 다년 간의 로드뷰, 항공사진으로 볼 때 쟁점부동산은 담장으로 둘러싸여 있어 사실상 하나의 출입문을 통해 접근가능하며, 쟁점토지③은 도로로서 쟁점부동산 외에 연결되지 않고, 쟁점토지④와 쟁점건물은 사실상 쟁점토지①∼③의 매수 없이는 맹지에 불과하여 쟁점부동산을 필지별 구분하여 사용하기는 어려워 보인다.

이러한 형태로 쟁점부동산은 큰 변화없이 오랜 기간 유지된 사실이 확인되며, 2024.7.23. 쟁점부동산을 현장확인 목적으로 방문한바, 매수인은 청구인이 인도한 상태 그대로 이용하고 있음을 확인하였다.

(나) 청구인은 당초 쟁점부동산 전부를 일괄로 양도하고자 하였으며, 그 양도대금으로 OOO원을 산정한 사실이 있다.

2022.11.13. 게시된 것으로 확인되는 OOO글에 따르면 ‘부천 원종동 토지매매 GB 약 2,186평’은 청구인의 이의신청 접수일까지도 확인되었으나, 2025.4.30. 이의신청 당시 처분청의 ‘불복청구에 대한 의견서’를 회신받고 삭제하였다. 해당 게시글에는 쟁점부동산을 일괄매매할 것이며 매매가액은 OOO원, 사옥이나 고급주택으로 활용가능하며 공시지가 대비 저렴한 매매가로 투자용으로도 적합함을 광고하고 있다. 이에 대해 청구인은 OOO글을 게시한 부동산의 확인서를 제출하였을 뿐, 개별 매매의사 및 개별 양도가가 확인되는 객관적인 증빙은 제출하지 못하였다.

청구인이 산정한 필지별 양도가액은 쟁점부동산의 일괄양도에 있어 토지 특성 등을 반영한 필지별 적정가격이라 보기 어렵다. 청구인은 시세를 반영하여 필지별 매매가액을 산정하였다고 주장하나, 부동산의 시세는 매매 형태, 면적, 토지 용도 등 여러 가지 요인에 따라 변동되는 것이 일반적으로 청구인이 제시한 주변 시세는 쟁점부동산의 특성 일치 여부 등이 고려되지 않은 시세이며, 매매 여부도 확인되지 않는다. 쟁점부동산에 대해 감정평가 등 전문적 지식없이 안분한 계약서 상 양도금액을 토지 특성을 반영한 적정가격이라 보기 어렵다.

(다) 쟁점토지①은 기준시가 대비 220%, 쟁점토지②는 252%, 쟁점토지③은 821%, 쟁점토지④와 쟁점건물은 488%로 쟁점부동산은 필지별 기준시가 대비 차이가 큰데, 도로인 쟁점토지③의 경우 쟁점부동산 외에 연결되지 않고 있음에도 기준시가 대비 826%나 되고 평당 가격이 쟁점토지②보다 비싸게 책정되는 등 합리적인 가격산정이라 볼 수 없다.

「소득세법」 제100조 제2항 및 제3항은 자산별 가액의 임의적 구분을 허용할 경우 발생할 수 있는 조세회피를 방지하고자 하는데 규정 취지가 있다고 할 수 있는바, 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분하여 재산정한 이 건 처분은 정당하다.

청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 신고 시 취득가액을 환산취득가액으로 계산하고, 주택부분의 양도차익에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용한바, 일반적으로 도로와 건물의 기준시가는 변동폭이 크지 않고, 쟁점토지③, 쟁점건물의 기준시가 역시 쟁점농지 대비 기준시가의 변동폭이 크지 않아, 청구인은 쟁점토지③, 쟁점건물의 거래가액을 높임으로써 청구인이 임의로 매매가액을 책정하여 계산한 환산취득가액이 기준시가로 안분했을 경우보다 OOO원 높게 신고되었으며, 비과세 대상인 주택부분의 양도차익도 기준시가로 안분했을 경우보다 OOO원 높게 신고돼 과세대상 양도차익이 낮아지고, 장기보유특별공제율이 높아지는 효과를 볼 수 있었다.

(2) 쟁점농지는 청구인이 취득한 시점부터 양도시점까지 농지로 사용되지 않아, 전체를 비사업용토지 기간에 해당한 것으로 보아, 비사업용토지 중과세율을 적용하였고, 8년 자경감면을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 쟁점농지의 항공사진, 현장방문 시의 현황, OOO소개글에 첨부된 사진 등을 볼 때 쟁점농지는 양도일 현재 농지라고 볼 수 없다.

쟁점농지의 2023년 국토정보플랫폼에서 확인되는 항공사진과 현장방문하여 확인한 현황, 소명단계에서 청구인이 제출한 자경 증빙 사진을 볼 때 쟁점농지에 수목이 식재된 사실은 확인되나, 사실상 방치하여 수풀이 우거진 형태로 양도일 현재 농지 요건을 충족하지 않아 8년자경 감면대상이라 볼 수 없다.

＜국토정보플랫폼 항공 사진＞

청구인이 제출한 자료만으로는 농지에서 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하였다고 보기 어렵고, 자경여부에 대한 입증책임은 감면을 주장하는 납세자에게 있다는 것이 일관된 판례로, 청구인이 제출한 자료만으로는 쟁점농지가 8년 자경감면 대상이 되고 사업용토지에 해당하는 농지라고 판단할 수 없다.

청구인은 농지원부, 농업경영체 등록확인증, 비료 영수증 등을 쟁점농지의 자경 증빙자료로 제출하였으나, 쟁점농지는 약 6,100㎡로 2인 가구인 청구인이 직접 경작하기는 어렵다고 판단되는 점, 면적 대비 식재한 나무의 수가 많지 않은 점, 식재 형태가 밭이라고 보기 어려운 점, 현장사진 등에서 과실수 등에 접근하기 어려울 정도로 관리가 되지 않은 사실이 확인되는 점, 농업활동을 하였다고 볼 정도의 비료 구매량은 인정되지 않는 점, 수확량이나 농업 수입이 확인되지 않은 점, 청구인의 주장을 봤을 때 소나무의 재배면적이 넓으나, 분재 및 묘목 등을 판매하기 위한 사업자등록이나 실적에 대한 증빙이 제출되지 않은 점, 소명 당시 매실 묘목을 비탈진 토지에 토사붕괴 방지 목적으로 심었다고 소명한 점 등으로 볼 때 청구인이 쟁점농지에 실제 농사를 지었다고 보기는 어렵다.

(나) 쟁점농지의 항공사진, 쟁점부동산의 형태, 청구인의 사업내역 등을 검토한바, 청구인은 쟁점농지 취득 이후 전체 기간 동안 농지로 사용하지 않은 것으로 보아 양도소득세율 중과 및 8년 자경감면을 배제하였다.

다년 간의 항공사진에서 쟁점농지는 취득 당시 밭의 형태가 보이나, 취득 이후에는 밭의 형태가 보이지 않으며, 수목이 식재된 사실은 보이나, 방치된 형태에 가까워 쟁점농지를 사실상 방치한 것으로 판단된다.

＜쟁점부동산의 항공 사진＞

쟁점부동산은 위치와 형태 특성상 하나의 울타리 안에 조성되어있고, 청구인이 대표자인 주식회사 b이 개업일부터 양도일에 이르기까지 쟁점건물을 사업장소재지로 등록하여 사옥으로 사용한 것으로 확인되어, 쟁점농지는 농지로 사용되었다기보다는 블로그 홍보내역에서 확인되듯 사실상 사옥의 부수토지로서 사용된 것으로 보이므로 부수토지 초과면적에 대해 중과하여 양도차익을 충분히 실현하지 못하도록 하는 것이 비사업용토지 입법취지에 부합한다.

(다) 청구인은 주식회사 b은 소규모 영세사업체로 쟁점건물의 3층만 사무실로 이용하였으며, 청구인이 가족과 함께 실제 거주하며 쟁점농지에서 농작물을 재배하였기 때문에 쟁점농지의 농지 사용여부를 판단하는데 영향을 주지 않는다고 주장하나, 주식회사 b은 연구개발업체로 실제로 청구인이 아래 ＜표6＞과 같이 출원한 내역상 청구인은 쟁점농지에서 자경이 아닌 연구개발을 한 것으로 판단된다.

＜표6＞ 청구인의 특허·실용신안 출원 내역

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 양도는 일괄 양도로서 「소득세법」 제100조 제3항의 규정에 따라 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 보아, 양도가액을 경정한 처분의 당부

② 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 중과세율을 적용하고, 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점부동산의 취득 및 양도 내역은 아래와 같다.

＜표7＞ 쟁점부동산의 취득 및 양도 내역

(2) 청구인의 사업자등록 내역 및 쟁점부동산 보유기간 동안 발생한 소득내역은 아래와 같다.

＜표8＞ 청구인의 사업자등록 내역

＜표9＞ 청구인의 사업소득과 근로소득 내역

(단위 : 천원)

(3) 청구인과 처분청이 쟁점부동산의 양도가 일괄 양도에 해당하는지에 관해 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인이 제출한 쟁점부동산의 매매계약 체결 과정 및 공인중개사사무소의 확인서는 아래와 같다.

＜매매계약 체결 과정＞

＜OOO공인중개사사무소의 부동산 중개 경위 확인서＞

＜OOO공인중개사사무소의 확인서＞

(나) 청구인이 제출한 1차 매매계약서(2023.4.7.)는 아래와 같다.

＜쟁점토지②의 1차 매매계약서＞

＜쟁점토지③의 1차 매매계약서＞

(다) 청구인이 제출한 2차 매매계약서(2023.4.28.)는 아래와 같다.

＜쟁점토지①의 2차 매매계약서＞

＜쟁점토지②의 2차 매매계약서＞

＜쟁점토지③의 2차 매매계약서＞

＜쟁점토지④ 및 쟁점건물의 2차 매매계약서＞

(라) 청구인이 제출한 2차 매매계약서의 대금지급시기 및 청구인의 계좌로 입금된 내역을 정리하면 아래와 같다.

＜표10＞ 쟁점부동산 매매계약서의 대금지급시기

(단위 : 천원)

＜표11＞ 양도대금 입금 내역

(단위 : 천원)

(마) 매수인이 쟁점부동산의 매매 관련으로 제출한 확인서는 아래와 같다.

＜매수인이 제출한 확인서＞

(바) 처분청은 쟁점부동산의 양도는 일괄 양도에 해당한다는 의견으로 2022.11.13. 게시된 것으로 확인되는 OOO글을 제출하였다.

＜OOO에 게시된 쟁점부동산의 광고 글＞

(4) 청구인과 처분청이 쟁점농지를 청구인이 8년 이상 자경하였는지 여부와 비사업용 토지에 해당하는지 여부에 관해 제출한 자료는 아래와 같다.

(가) 청구인은 경기도 부천시 오정구청에서 2022.9.1. 실시한 농지이용실태 조사 결과 및 2023.6.23. 실시한 농지취득자격증명 신청에 대한 현장 확인 결과를 제출하였다.

＜농지이용실태 조사 결과(2022.9.1.)＞

＜농지 현장 확인(2023.6.23.)＞

(나) 청구인이 경기도 부천시청에서 발급받은 농지원부는 아래와 같다.

＜2010.10.9. 발급 농지원부＞

＜2025.1.25. 발급 농지원부＞

(다) 청구인은 2023년도 토지정기과세내역서 및 농업경영체등록말소확인서에서도 쟁점농지는 전이고 농작물 재배에 이용되고 있다는 주장이다.

＜2023년도 토지정기과세내역서＞

* 토지형태코드(대분류/소분류) : 03/02(자경농지), 01/07(나대지), 02/01(배율이내 건축물 부속토지)

＜2025.1.24. 발급 농업경영체등록말소확인서＞

(라) 청구인은 쟁점농지에서 직접 자경을 하였다고 주장하며 자경토지 현황도, 지하수 관정 및 전기펌프 사진을 제출하였다.

＜자경 토지 현황도(2023년 기준) 및 청구인의 농사 짓는 모습＞

＜지하수 관정 및 전기펌프 사진＞

(마) 청구인이 제출한 쟁점농지의 농작물 종류 및 농사 일정, 확인서 등은 아래와 같다.

＜농작물의 종류 및 재배면적＞

＜농작물에 따른 농사 일정(일부 발췌)＞

＜청구인이 제출한 농작물의 구입처＞

＜청구인이 제출한 이웃들의 자경 확인서＞

(바) 처분청은 쟁점부동산의 항공사진 및 OOO소개글에 게시된 쟁점부동산의 사진상 하나의 울타리 안에 조성되어 있는 주택과 정원으로 보인다는 의견이다.

＜쟁점부동산의 항공 사진＞

＜OOO소개글에 게시된 쟁점부동산의 사진＞

(그림 삽입을 위한 여백)

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 납세의무자는 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 납세의무자가 조세의 부담을 줄이기 위하여 경제적으로 하나의 거래임에도 형식적으로 중간 거래를 개입시켰다는 이유만으로는 납세의무자가 선택한 거래형식을 함부로 부인할 수 없으나, 가장행위에 해당한다고 볼 수 있는 특별한 사정이 있을 때에는 과세상 의미를 갖지 아니하는 그 가장행위를 제외하고 그 뒤에 숨어 있는 실질에 따라 과세할 수 있는바(대법원 2013.12.26. 선고 2013두15583 판결 참조),

청구인은 쟁점부동산의 양도는 거래시기별, 대상물건별로 독립된 매매계약을 체결하였고, 매수인과 충분한 협상을 통해 양도가액을 결정하였기에 가액이 불분명한 경우에도 해당하지 않으므로 일괄 양도에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점부동산의 양도는 양도하는 부동산들의 계약 시기만이 차이가 날 뿐, 1차 계약 이후 불과 20여일만에 매수인이 합리적인 이유없이 당초 쟁점토지② 일부와 쟁점토지③만을 매수하려다 청구인이 양도하는 전체 부동산인 쟁점부동산을 매수하는 것으로 계약이 변경되었고, 계약서의 형식, 매수인, 잔금지급일 및 소유권 이전 시기 등이 동일하며, 쟁점부동산은 모두 연접되어 있는 등 일괄 양도된 것으로 보이는 점,

쟁점부동산은 울타리(담장)로 둘러싸여 있어 사실상 하나의 출입문을 통해 접근이 가능하고, 쟁점토지③은 도로로서 쟁점부동산 외에 연결되지 않으며, 쟁점토지④와 쟁점건물은 사실상 쟁점토지①∼③의 매수 없이는 맹지 등에 불과하여 양도 시 일괄로 양도하는 것이 자연스럽고 합리적으로 보이는 점,

처분청이 제시한 쟁점부동산의 양도관련 OOO글(2022.11.13. 게시)에 따르면, 청구인은 쟁점부동산을 일괄 매매할 것이며 매매가액은 OOO원으로, 정원이 딸린 사옥이나 고급주택으로 활용가능한 것으로 광고된 글이 게시되어 있는 점,

쟁점부동산의 양도가액 구분은 쟁점토지①은 기준시가 대비 220%, 쟁점토지②는 252%, 쟁점토지③은 821%, 쟁점토지④와 쟁점건물은 488%로, 도로인 쟁점토지③의 경우 쟁점부동산 외에 연결되어 있지 않음에도 기준시가 대비 821%나 되고 평당 가격이 쟁점토지②보다 비싸게 책정되는 등 합리적인 가격산정이라 볼 수 없는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「소득세법」 제104조의3 및 같은 법 시행령 제168조의7에 따르면 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하되, 다만 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 의한다고 규정하고 있고, 양도소득세의 감면 요건인 자경사실에 대한 입증책임과 양도한 토지가 농지에 해당한다는 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 양도자에게 있다 할 것인바,

청구인은 쟁점농지에 과실수와 조경수, 밭작물 등을 재배하였고, 8년 이상 자경한 사실이 관련 자료로 입증되므로 전체 면적을 비사업용토지로 판단하고 8년 이상 자경농지에 대한 세액감면을 전부 부인한 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점농지의 항공사진 등에 따르면 면적 대비 식재한 나무의 수가 많지 않아 과실수와 조경수인지 구분이 불분명하고, 관련 묘목을 구입한 내역, 농업활동을 하였다고 볼 정도의 비료 구매 내역, 수확한 과실 등의 농작물을 판매한 내역 등도 제출하지 못하는 점,

청구인이 제출한 쟁점농지의 농작물 종류 및 수량을 보면 소나무의 재배 면적이 넓으나, 분재 및 묘목 등을 판매하기 위한 사업자등록이나 실적에 대한 증빙이 제출되지 않아 전문적으로 농업소득을 얻기보다는 토지의 보유에 따른 시세차익과 이후 양도 시 감면혜택을 받기 위한 목적으로 관리가 용이한 관상수를 심어 쟁점농지를 정원처럼 사용한 것으로 보이는 점,

쟁점부동산의 양도에 대한 OOO글에 게시된 쟁점부동산의 사진을 보면 쟁점농지 위에는 잔디 및 조경수, 조경화 등이 식재되어 있고, 그 위에 나무 등이 과수원의 형태를 갖추지 않은 채 띄엄띄엄 식재되어 있으며 일부 바위(조경석)들도 배치되어 있는 것으로 보아, 쟁점농지는 대체로 농지로서 경작되고 있다기보다는 연접한 쟁점건물의 정원 등 부속토지로 보이는 점,

주택 부수토지란 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활 공간으로 인정되는 토지를 뜻하고, 주거용 건물과 한 울타리 안에 있는 토지는 용도 구분이 있는 등의 다른 사정이 없는 한 주택의 부수토지로 보아야 하는바, 쟁점농지의 위치와 특성상 하나의 울타리 안에 조성되어 있고, 쟁점건물에 청구인이 대표자인 주식회사 b이 개업일부터 쟁점부동산의 양도일까지 사업장 소재지로 등록하여 사옥으로 사용한 점 등에 비추어, 쟁점농지는 일견 쟁점건물의 부수토지(비사업용토지)로 보이고, 이에 따라 8년 이상 자경농지에 대한 세액감면을 전부 부인한 것은 적법한 것으로도 보인다.

그러나, 쟁점농지의 항공사진 중 2007년 항공사진에는 쟁점토지②의 일부에 밭의 형태가 보이고, 청구인이 제출한 자경 당시의 사진상에도 밭의 형태가 보이며, 2025.11.20. 조세심판관회의에 청구인이 참석하여 농업용수를 마련하기 위해 청구인이 직접 관정하였다고 주장하고 있는 지하수 관정 및 전기펌프 시설도 갖춘 것으로도 보이는 점,

쟁점토지②의 2023년도 토지정기과세내역서에 따르면 자경농지로 과세된 것으로 나타나고, 경기도 부천시 오정구청에서 2022.9.1. 실시한 농지이용실태 조사 결과 및 2023.6.23. 실시한 농지취득자격증명 신청에 대한 현장 확인 결과에서도 쟁점토지②에 다년생 식물을 자경 중인 것으로 나타나, 밭작물로 고추, 배추, 무, 고구마, 옥수수, 콩 등을 재배하였다는 청구주장에 신빙성이 일부 있어 보이는 점,

처분청이 쟁점농지 소재지를 현장확인하거나 인근주민에 대한 탐문조사 등은 수행하지 아니한 것으로 보이고, 청구인이 주식회사 b의 대표자로 등록된 사실을 과세근거로 판단하고 있으나, 청구인의 급여는 한달에 OOO원 정도로 쟁점농지 중 청구인이 주장하는 텃밭 정도의 규모 264.464㎡(80평)는 청구인이 직접 경작하면서 법인을 운영하는 것이 사회통념상 무리라고 보이지 않는 점,

청구인은 또한, 농업인으로서 2020.11.26. 지방자치단체에서 조합원에게 지원하는 유기질비료 150포(1포당 20kg, 총 3,000kg)를 경기도 부천시 OOO에 신청한 사실이 확인되고, 일부 텃밭의 8년 이상 자경사실에 대한 입증책임을 청구인에게 모두 전가하는 것은 불합리한 측면이 있으며, 청구인으로서는 쟁점농지 인근 주민의 자경확인서, 관련 사진 등을 제출하여 입증책임을 이행한 것으로도 보인다.

(다) 따라서, 쟁점토지② 중 일부(264.464㎡, 80평 상당)는 「조세특례제한법」 제69조에 따른 8년 이상 자경 농지로 봄이 타당하고, 「소득세법」 제104조의3 제1항 제1호 가목의 비사업용토지에 해당하지 않는다 할 것이므로 이 건 처분을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 일부 개정된 것)

제14조(실질과세) ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법(2022.8.12. 법률 제18975호로 일부 개정된 것)

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

제104조의3(비사업용토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

(3) 소득세법 시행령(2022.10.27. 대통령령 제32964호로 일부 개정된 것)

제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」 제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

(4) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 일부 개정된 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(5) 조세특례제한법 시행령(2022.12.31. 대통령령 제33208호로 일부 개정된 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

(6) 농지법

제49조(농지원부의 작성과 비치) ① 시·구·읍·면의 장은 농지 소유 실태와 농지 이용 실태를 파악하여 이를 효율적으로 이용하고 관리하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지원부(農地原簿)를 작성하여 갖추어 두어야 한다.

② 시·구·읍·면의 장은 제1항에 따른 농지원부를 작성·정리하거나 농지 이용 실태를 파악하기 위하여 필요하면 해당 농지 소유자에게 필요한 사항을 보고하게 하거나 관계 공무원에게 그 상황을 조사하게 할 수 있다.

③ 시·구·읍·면의 장은 농지원부의 내용에 변동사항이 생기면 그 변동사항을 지체 없이 정리하여야 한다.