조심 2019광0798 (2019.05.21)

OOO세무서장이 2018.11.8. 청구인에게 한 종합소득세 OOO원의 각 부과처분은, 처분의 원인이 된 OOO 소재 OOO요양병원의 2013년부터 2017년까지 임차료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2012.10.1. OOO(이하 “공동사업자들”이라 한다)으로부터 OOO소재 OOO(토지 8,630㎡, 지하1층～지상4층 건물 연면적 6,299.19㎡로, 토지와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 사업부문을 양도받기로 하는 계약을 체결(사업개시일 2012.11.29.)하는 한편, 같은 날 공동사업자들[2012.10.1. 쟁점부동산을 사업장으로 하여 “OOO” 상호의 부동산임대업 사업자등록을 한 후, 2012.11.22. OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)로 법인전환함]로부터 쟁점부동산을 임차하기로 하는 임대차계약을 체결한 후, 2013년부터 2017년까지 임차료 합계 OOO원(연간 1㎡당 OOO원으로, 이하 “쟁점임차료”라 한다)을 지급하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.7.10.～2018.9.8. 청구인 및 OOO에 대한 통합조사를 실시한 결과, 쟁점임차료를 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 볼 수 없어 부당행위계산 부인대상에 해당된다고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 쟁점부동산의 임차료 시가를 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에 따라 2013년부터 2017년까지 OOO으로 산정하고, 2013년부터 2017년까지 시가보다 과다하게 지급한 임차료 합계 OOO원을 필요경비 불산입하여 2018.11.8. 청구인에게 종합소득세 OOO을 각 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOO요양병원은 노인전문 요양병원OOO으로 내과, 외과, 한방과 등에서 7명의 의사OOO가 진료 중이며, OOO병원과 인접해 있어 접근성이 용이하고, 시설이 깨끗하고 주변에 수변공원이 있어 경관이 우수하여 최적의 치료환경을 갖추었을 뿐만 아니라, 재활치료실, 양.한방 협진 진료시스템, 최적의 의료장비 및 쾌적한 냉난방시설을 갖추고 있다.

OOO는 청구인과 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결하면서 토지, 건물 및 부속시설뿐만 아니라 시설물 전체의 보수.유지.수선까지 직접 관리하기로 하였고, 또한 영업활동을 하면서 취득하게 된 경제적 가치있는 사실관계(계약관계, 고객관리 등)의 전부를 청구인에게 양도하기로 약정하였다.

요양병원의 특성상 의료수가는 정부의 의료정책에 의해 정해지고 재원 환자수는 병원의 수익과 손실을 결정하는 가장 중요한 요소인데, 쟁점부동산 임대차 계약당시 재원 환자수가 OOO으로 병상 가동율이 83.4%이나 되어 적정 이상의 운영이익이 창출되고 있었기에 OOO가 누려야할 이윤과 투자비용 회수보장 등 일련의 상황들을 고려하여 당사자들간의 합의에 의해 임대차 계약을 체결하였다.

이에 대해 조사청은 쟁점부동산의 임대차에 있어서 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따라 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래한 사실이 없어서 시가를 알기 어렵고, 같은 법 시행령 제89조 제2항에 따라 쟁점부동산의 임차료에 대하여 감정을 한 사실이 없어서 시가를 알기 어렵다고 보아 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호를 준용한 가액을 쟁점부동산 임차료 시가로 보아야 한다는 의견인 바,

부당행위계산부인 규정의 입법취지는 법인과 특수관계에 있는 자와의 거래가 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것으로 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세의 공평과 조세회피행위를 방지하기 위함에 있으므로 부당행위계산부인 규정은 거래행위의 제반사항을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단해야 한다.

이에 대해 보면, OOO요양병원은 2008년 9월 OOO을 투자하여 대지 8,630㎡, 지하1층, 지상4층 규모의 건물을 신축하였으며, 2012.11.22. OOO 법인 전환 당시, OOO요양병원장이 주식회사 OOO에 의뢰하여 작성한 쟁점부동산의 2012.11.2.자 감정가액이 OOO으로 확인되는 바, 동 감정가액을 쟁점부동산의 시가로 보아 이를 기준으로 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제61조 제5항 및 같은 법 시행령 제50조 제7항의 산식[(1년간의 임대료 ÷ 기획재정부령으로 정하는 율) + 임대보증금]을 적용하면 연 임차료가 약 OOO원이며, 이는 청구인이 지급한 임차료와 유사하다.

한편, 2013년부터 2017년까지 OOO요양병원의 건물을 유지.관리하는데 연평균 직접비 OOO원, 간접비 OOO원으로 총 OOO원이 소요되었고, 또한 건물 취득과 관련된 채무 OOO원에 대한 이자비용 OOO원이 추가 소요되었음을 알 수 있는데, 조사청 의견과 같이 쟁점부동산의 임차료 시가를 평가한다면, OOO을 임차료로 지급하는 것이 되는데, 이는 OOO요양병원의 투자비용의 0.5%에 불과하고, 당해 건물의 유지.관리비에도 크게 미치지 못하여 이윤은 고사하고 투자비용조차 전혀 회수할 수 없어 결국 임대를 포기하여야 할 것이다.

위에서 본 바와 같이 계약 당시의 제반상황을 고려해 볼 때, 청구인이 지급한 쟁점부동산의 임차료가 결코 과다하다고 볼 수 없으며, 건전한 사회통념에 부합한 정상적인 상거래 관행에 따른 것이라고 보아야 한다.

「법인세법 시행령」 제89조 제2항에는 시가가 불분명한 경우 부당행위계산부인 규정을 적용할 때 ① 감정가액, ② 상증법 제61조 내지 제66조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순서대로 적용하고, 위 사항을 적용할 수 없는 경우에는 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호를 적용하도록 규정하고 있는 바, OOO 법인전환 당시에 공신력 있는 감정평가기관이 담합 또는 기타 부정한 방법이 아닌 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 감정가액이 있는데도 이를 부정하고, 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호를 적용하여 산출한 가액을 임차료 시가로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산 임대차계약서의 계약 내용을 보면, ① 병원의 사업실적을 토대로 최소한의 고정비용을 보전할 수 있는 범위 내에서 상호 합의하에 임차료를 산정하였다는 것은 사실상 OOO요양병원의 이익에 대한 분배에 해당하는 점, ② 병원장을 하다가 고용 의사가 되고, 고용 의사가 병원장이 되는 점, ③ OOO가 건물, 토지, 의료기기 등을 모두 제공하고 청구인이 투입한 자금이 없는 점, ④ 만 5년의 임차기간동안 수시로 계약변경 및 임차료가 변경된 점 등을 종합하면, 통상적인 부동산 임대차 거래와 다른 매우 특이한 거래로서 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 정당한 거래가 아닌 비상식적인 거래로 보여진다.

공동사업자들은 OOO요양병원을 공동설립하면서 쟁점부동산의 취득자금 대출 채무 및 이자 채무 등을 각자 부담하여야 하나, 병원 수익의 일부에서 지출하였던 것으로, 이는 청구인에게 사업을 양도하고 OOO를 설립하여 OOO가 위 채무를 부담하고, 청구인은 채무 변제금을 임차료 명목으로 지급하면서 부동산 임차료를 과다지급하고 필요경비를 초과산입하여 부당하게 소득을 감소시키는 결과를 초래하게 하였다.

청구인은 그 밖의 부동산 유지.관리비, 시설 사용 및 병원 수익을 임차료 명목으로 공동사업자들에게 지급함으로써 의료업에서 발생하는 많은 수익을 OOO(공동사업자들이 주주임)에게 분여하는 효과를 발생시켜 OOO의 미처분이익잉여금이 OOO원에 이르렀으며, 소득세와 법인세의 세율 차이를 이용하여 부당하게 조세경감의 결과를 초래하였다.

즉, 청구인과 OOO 사이의 쟁점부동산 임대차 계약은 정상적인 사업양수도에 따른 사업주체의 변동으로 발생한 사회통념상 합리적인 거래라고 볼 수 없다 할 것이다.

(2) 청구인과 OOO는 경제적 연관관계가 있는 특수관계인에 해당한다.

청구인은 OOO의 주주이면서 공동대표자인 OOO의 배우자이고, OOO의 주주.공동대표자인 OOO, OOO, OOO은 청구인이 운영하는 OOO요양병원의 의료진(직급 원장)으로 근무하고 있다.

OOO은 2017.10.10.부터 청구인과 공동으로 OOO요양병원을 운영하고 있다.

이와 같이 청구인은 OOO요양병원의 당초 공동운영자 중 한사람이었던 OOO의 배우자인 점, 청구인과 공동사업자들 모두 OOO을 졸업한 후 지속적인 관계를 유지하고 있는 점, 청구인은 OOO요양병원 최초 설립시부터 공동사업자들과 경제적 연관관계로 볼 수 있고, 당초 공동운영자들이 청구인에게 요양병원 사업을 양도하였음에도 여전히 OOO요양병원의 원장직으로 근무하고 있으며, OOO의 주주의 지위를 이용해 OOO요양병원의 수익을 공유하고 있기 때문에 OOO는 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 제3호 및 같은 조 제2항 제2항 제2호의 규정에 의한 경제적 연관관계의 청구인과 특수관계인에 해당한다.

(3) 쟁점부동산 임차료의 시가는 아래와 같은 근거에 의하여 정하는 것이 타당하다.

「소득세법」 제41조 제1항 및 같은 법 시행령 제98조 제4항에 따르면, 같은 법 시행령 제98조 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 부당행위계산 부인시 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 내지 제5항의 규정이 준용되므로, 쟁점부동산 임대차 계약은 금전 이외의 유형자산을 제공받은 경우에 해당하여 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호가 준용된다.

한편, 「법인세법 시행령」 제89조 제4항은 “자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다”라고 정하고 있으며, 위 각 호 중 자산을 제공하거나 제공받는 경우에 적용되는 제1호는 “당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액”으로 정하고 있다.

위와 같이 「법인세법 시행령」 제89조 제4항은 “자산 또는 용역의 제공에 있어서” 같은 조 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에 적용되므로, 위 규정은 자산 또는 용역의 제공에 대한 대가 즉 쟁점부동산 임차료의 시가를 정하는 방법에 관한 규정이고, 임차 자산의 시가를 정하는 방법을 따로 정하는 규정은 없다.

쟁점부동산의 경우 시가를 정함에 있어 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래한 사실이 없고, 쟁점부동산에 대하여 2012.11.2. 기준 감정가액만으로는 이후 2013년～2017년 시가를 알기 어렵기 때문에 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제2호에 따라 상증법 제61조를 준용하여 평가한 가액을 쟁점부동산의 시가로 보아 쟁점부동산 임차료의 시가를 산정하였다.

이에 대하여 대법원에서도 “「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항에 따르면, 유사사례가격 또는 일반적 거래가격, 감정가액, 상증법 제61조 등의 규정을 준용하여 평가한 가액순으로 시가를 정해야 하고, 이 사건 부동산 중 건물의 시가(임대 자산의 시가)를 산정함에 있어서 그 부과시점에서의 건물의 유사사례가격 또는 일반적 거래가격이 있다거나 감정가액이 있다는 점에 관한 원고의 입증이 없는 이상, 피고가 이 사건 부동산 중 건물의 시가를 산정함에 있어 상증법 규정을 적용한 것이 위법하다고 볼 수 없다”고 판시하였다(대법원 2008.2.28. 선고 2007두24883 판결).

(4) 청구인은 상증법 제61조 제5항을 적용하여 ① 2012.11.2. 기준 감정가액 OOO을 기준으로 보증금 OOO원을 적용하여 산출한 연간 임차료 OOO원과 2013년 연간 지출한 임차료 OOO원이 비슷한 점, ② 2013년 연간 지출한 임차료 OOO원, 보증금 OOO원을 기준으로 산출한 쟁점부동산의 시가 OOO원과 2012.11.2. 기준 감정가액 OOO원이 유사한 점을 이유로 쟁점부동산 임차료가 시가를 초과한 것이 아니라고 주장하나, 이는 법 규정을 잘못 적용한 것이다.

부당행위가 임대차인 경우에는 「소득세법」 제41조, 같은 법 시행령 제98조 제2항 제3호(특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받은 경우)에 해당하기 때문에, 같은 조 제4항(제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다)에 따라 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 내지 제5항을 적용하여 임차료의 시가를 산정해야 함에도, 청구인은 「소득세법 시행령」 제98조 제2항 제1호(특수관계인으로부터 시가보다 높은 가액으로 자산을 매입하거나, 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우)를 적용하여, 같은 조 제3항(제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다) 규정을 적용하여 쟁점부동산의 감정가액을 이용해 임차료와 임차보증금을 산정한 오류를 범한 것이다.

(5) 청구인은 OOO요양병원의 부동산 뿐만 아니라 의료시설 및 부속시설 등에 대해서도 임대차 계약을 체결하였고, 이에 대한 임차료가 포함된 것이라고 주장하면서 “의료시설 임대차(월세) 계약서”, “비품, 의료기기 등 사용(임대) 계약서”, “의료시설 임대차(월세) 승계 계약서”를 제출하였지만, 위 계약서들은 세무조사 당시 조사청 조사팀이 청구인에게 충분한 소명 기회를 주었음에도 불구하고 전혀 제출하지 않다가, 조세심판청구 단계에서 제출된 것으로 이를 신뢰하기 어렵다.

뿐만 아니라, 쟁점부동산에 대한 부동산임대업(개인사업)을 법인전환하기 위하여 현물출자시 양도소득세 이월과세 신청을 하면서 제출한 의료시설 및 비품 등의 양수도 계약서와 OOO요양병원의 2012년 재무상태표의 자산내역과 OOO의 2012사업연도 재무상태표의 비품 내역도 상이하다.

또한, 청구인은 2012.10.1. 공동사업자들로부터 OOO요양병원의 사업을 양수하였음에도 사업에 필요한 의료시설, 비품 등을 포괄하여 양수하지 않고, 단지 영업권만 양수하여 의료시설, 비품 등에 대한 임차료를 별도로 지급하는 것은 일반적 거래관행에 비추어 불합리하다.

청구인은 조사당시 유체동산(비품, 의료기기) 양.수도계약서를 제출하여 비품 OOO, 의료기기 OOO을 양수하였고, 이에 대한 대금 OOO원을 계좌이체 방법으로 지급하였다고 소명하였다.

따라서, 청구인은 의료시설 및 비품 등에 대한 사용 명목으로 임차료를 지급하였다는 주장을 신뢰하기 어렵다.

(6) 청구인은 OOO와 쟁점부동산 임대차 계약시 토지, 건물 및 부속시설 등과 이에 따른 유지보수를 직접 관리하기로 하였고, 영업활동 등을 통해 취득한 경제적 가치, 사실관계(계약관계, 고객관계 등)의 전부를 청구인에게 양도하기로 약정하였기 때문에 쟁점부동산 임차료에는 부동산 관리비 및 부동산 임대 외 OOO요양병원 수익가치 등을 반영하여 임차료를 산정하여야 할 합리적 사정이 있다고 주장하나, 병원 수익의 일부, 쟁점부동산 취득자금 대출 채무, 이자 채무, 관리비 등이 임차료에 포함되었다는 것은 공동사업자들이 사업을 양도하였음에도 계속 OOO요양병원에 근무하고 있는 OOO의 주주의 지위에서 OOO 설립 전과 마찬가지로 OOO요양병원의 수익을 임차료 명목으로 수익을 분배하는 것이기 때문에 OOO 설립 및 쟁점부동산 임대차계약 체결 전.후의 경제적 실질이 동일해 보인다.

그렇다면, 청구인을 비롯하여 공동사업자들이 OOO를 별도 설립하여 쟁점부동산 임차료 지급을 약정하는 것은 사회통념상 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없다 할 것이다.

공동사업자들이 OOO를 설립하여 청구인이 사업을 양수하고, 쟁점부동산 임대차계약을 체결하는 일련의 행위들이 객관적인 사실에 합치되고, 법률상 유효.적법한 것으로서 회계상으로는 정확한 계산이라 하더라도 세법상 이를 부인할 수 있으며, 당사자간에는 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 함을 요구하지 않는 것이 판례의 일관된 태도이다(대법원 2004.10.28. 선고 2004두4772 판결 등 참조).

또한, 청구인이 조사시 제출하였던 사업양수도계약서, 확인서, 유체동산(비품, 의료기기) 양수도계약서에 따르면, 청구인은 공동사업자들이 OOO요양병원 운영과 관련한 각종 경제적 가치 있는 사실관계(계약기간, 고객관계, 경영조직, 영업비결, 명성, 상호, 생산기술, 노하우, 판매망, 인허가권, 영업권 등을 포괄하며, 이에 국한하지 않음)의 전부를 양수하였고, 이에 대한 양도대금으로 청구인이 OOO 외 3명에게 지급한 임차료에 포함하기로 명시하였지만, 임차료에 포함하는 각종 경제적 가치의 금액을 명시적으로 산정하지 않은 점, 의료법인이 아닌 OOO에게 병원의 수익을 분배하는 것은 「의료법」 위반의 여지가 있는 점, 순수 부동산 임대차 대가 이외의 금전을 임차료 명목으로 지급해야할 합리적 사정이 없는 점, 청구인을 비롯하여 당초 공동사업자들의 오랜기간 동안 유지한 유대관계로 만 5년의 임대차 기간동안 임차료가 수시로 계약변경 및 인상된 점 등을 종합적으로 고려하면, 쟁점부동산 임차료 산정시 고려 항목들은 실질적 사실이 아닌 임의적 거래로 보여진다.

또한, 청구인이 운영하는 OOO요양병원의 손익계산서 등을 보면, 청구인이 동 고정자산에 대한 감가상각비를 비용으로 계상하고 있지만, OOO의 대차대조표의 고정자산에는 의료기기, 비품목록이 없고, 이에 대한 감가상각비도 존재하지 않는다.

그러므로, 의료기기 및 비품 등 부속시설은 OOO의 소유로 볼 수 없기 때문에 쟁점부동산 임대차 계약이 단순히 부동산 임대차에 그치지 않고 의료장비, 의료시설 등을 포함하여 임차하였기 때문에 이 모든 것을 임차료에 반영하였다는 청구주장은 타당하지 않는다.

따라서, 청구인이나 처분청 모두 제3자간에 일반적으로 거래된 가격과 같은 객관적인 주변시세 등을 확인하거나 제시하지 못하였고, 신고한 쟁점부동산 임차료는 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에 따라 산출한 금액을 초과하므로 고가임차에 해당된다 할 것이어서, 청구인의 연도별 신고내용은 「소득세법」 제41조 등에 규정된 부당행위계산 부인 대상에 해당하여 처분청이 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산의 2013년부터 2017년까지 임차료 시가를 산정함에 있어 유사 임차가액, 감정가액 등을 알 수 없다 하여 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것)

제41조(부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28511호로 개정되기 전의 것)

제98조(부당행위계산의 부인) ② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

3. 특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

4. 특수관계인으로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

5. 그 밖에 특수관계인과의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

(3) 법인세법(2017.12.19. 법률 제1522호로 개정되기 전의 것)

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(4) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 생략)

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(5) 상속세 및 증여세법(2017.12.19. 법률 제15224호로 개정되기 전의 것)

제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

⑤ 사실상 임대차계약이 체결되거나 임차권이 등기된 재산의 경우에는 임대료 등을 기준으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

(6) 상속세 및 증여세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28638호로 개정되기 전의 것)

제50조(부동산의 평가) ⑦ 법 제61조 제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "임대료 등의 환산가액"이라 한다)을 말한다.

(1년간의 임대료 ÷ 기획재정부령으로 정하는 율) + 임대보증금

(7) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2018.3.19. 기획재정부령 제658호로 개정되기 전의 것)

제15조의2(임대가액의 계산) 영 제50조 제7항에서 "기획재정부령으로 정하는 율"이란 100분의 12를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 공동사업자들은 OOO에서 OOO 요양병원을 신축하여 2008.9.1.부터 요양병원업을 영위하다가 2012.10.1. 청구인에게 사업부문을 양도하고, 같은 날 임대업을 영위하기 위하여 쟁점부동산을 사업장으로 하여 “OOO” 상호로 사업자등록을 한 후, 2012.11.22. 법인전환하였다.

한편, 청구인은 2012.10.1. 공동사업자들이 공동운영하였던 OOO요양병원에 대해 사업양수도계약을 체결하여 이를 인수하고, 같은 날 공동사업자들과 쟁점부동산 임대차계약을 체결하였다.

2012.11.22. OOO로 법인전환 후, 청구인과 OOO는 쟁점부동산에 대한 기존 임대차계약을 승계하여, 청구인은 심판청구일 현재까지 OOO요양병원을 운영하고 있다.

(나) 청구인은 아래 ＜표＞와 같이 쟁점부동산 임대차계약에 따라 2013년부터 2017년까지 OOO에게 임차료를 지급하고, 필요경비에 산입하여 소득세를 신고하였다.

(다) 처분청은 쟁점부동산의 시가를 상증법 제61조 제5항(기준시가)에 따라 평가하였고, 쟁점부동산 임차료의 시가는 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호의 따라 평가하여 결국 청구인이 2013년부터 2017년까지 OOO원을 고가임차한 것으로 조사하였다.

(라) 청구인이 2018.8.14. 작성한 확인서에는 “청구인은 OOO요양병원을 OOO외 3인으로부터 인수하는 과정에서 사업 양도.양수계약서를 작성하였으며, 사업 양수 과정에서 각종 경제적 가치가 있는 사실관계(계약기간, 고객관계, 경영조직, 영업비결, 명성, 상호, 생산기술, 노하우, 판매망, 인허가권, 영업권 등을 포괄하며, 이에 국한하지 않음)의 전부를 양수하였고, 이에 대한 양도대금으로 청구인이 임대인(OOO 외 3인)이 지급하는 임차료에 포함되어 있으며, 부동산 임대에 대해 OOO로 법인전환된 이후에도 동일하게 적용됨을 확인함”이라는 내용이 기재되어 있다.

(2) 청구인은 쟁점부동산 감정평가서, 쟁점부동산 임대차계약서, 사업양수도 계약서, 임대차 승계 계약서 및 약정서, OOO의 건물 유지관리비.인건비 지출현황자료 등을 제출하였다.

(가) OOO요양병원장이 의뢰하여 주식회사 OOO이 2012.11.5. 발급한 쟁점부동산의 감정평가서(가격시점 : 2012.11.2.)에는 평가목적이 “법인전환예정인 OOO요양병원 보유자산(토지, 건물)의 감정평가”라고 기재되어 있고, 감정평가방법은 “「감정평가에 관한 규칙」 제10조 및 제15조에 따라 대상물건(토지, 건물)마다 개별로 평가하되, 거래사례, 평가사례 등을 통해 시산가액의 합리성을 검토하여 감정평가액을 결정함”으로 기재되어 있으며, 그 감정가액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(나) 청구인(양수인)과 공동사업자들(양도인)이 2012.10.1. 작성한 사업 양도.양수 계약서 제5조 제1항에는 “양도인과 양수인은 제2조 각 항 소정의 양수도 목적물(적극 자산 및 소극자산)에 대한 양수도의 대가는 임대료에 포함된 것으로 합의한다.”로 기재되어 있고, 같은 날 작성한 비품.의료기기 등 사용(임대) 계약서 제1조에는 “소유자와 사용인은 별지 목록(비품, 의료기기 및 차량운반구 내역서)에 기재된 OOO의 사용계약을 체결한다”로 기재되어 있으며, 제2조에는 “별지 목록 비품의 사용대금은 월 임대료에 포함된 것으로 한다.”로 기재되어 있다.

(다) OOO요양병원의 재무상태표상 당기순이익은 OOO원으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에 의하여 쟁점부동산의 임차료 시가를 적법하게 산정하였다는 의견이나, 동 규정은 매매사례가액, 감정가액을 적용할 수 없는 경우에 한하여 ‘유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’을 시가로 한다고 규정하고 있으며, 이 경우 부당행위계산부인의 적용 기준이 되는 ‘시가’에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것이고(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 등 참조), 부당행위계산 부인규정상 부동산 임차료의 시가는 상증법상 보충적 평가방법에 의한 낮은 가액에 50%를 곱하고 임차보증금을 차감한 후 정기예금이자율을 곱하여 산출하므로 시세에는 훨씬 미달하고, 이러한 관계로 특수관계자로부터 부동산을 임차하여 사용함에 있어 현실적인 시세를 반영하여 임차료를 책정하게 되면 「소득세법」상으로는 고율의 임차료를 지불하게 되는 결과를 초래할 가능성이 커지게 되는 바,

이 건의 경우, 처분청이 산정한 2013년부터 2017년까지 쟁점부동산의 임차료 시가 합계액은 OOO원으로 이를 1㎡당 시가로 환산하면 OOO원이고 월 OOO원인데 비해, 청구인이 산정한 시가 합계액 OOO과 약 20배 정도 차이가 나는 점, 2008년 9월 OOO원을 투자하여 신축한 지하1층～지상4층 규모의 쟁점부동산을 신축한지 5년～10년 밖에 지나지 않는 시점에 월 OOO원 내지 OOO원에 임차할 수 있으리라고는 통상의 상거래에서 기대하기는 어려워 보이는 점, 임대개시(2013.1.1.) 직전인 2012.11.2.자 쟁점부동산 시가에 대한 감정가액이 OOO원으로 나타나고 이를 기준으로 상증법 제61조 제5항 및 같은 법 시행령 제50조 제7항의 산식을 적용하여 산정한 쟁점부동산의 연간 임차료 환산가액과 청구인이 지급한 연간 임차료가 유사한 점, 만약 처분청이 산정한 임차료 시가대로 지급하였을 경우 OOO의 입장에서는 「법인세법」상 부당행위계산 부인 적용대상이 될 수도 있는 점 등에 비추어 처분청이 산정한 쟁점부동산의 임차료 시가는 현실성이 결여되었다 할 것이다.

따라서, 위와 같이 법 규정에 의하여 산출되는 임차료 시가와 비교하여 그 액수에 차이가 있다고 하더라도, 부당행위계산부인 대상인지의 여부를 판단함에 있어서는 임차료 지급행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 대하여 고려할 필요가 있으며, 임대차 관계에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 시가는 당해 부동산과 유사한 임차사례를 비교하여 산정하여야 하고, 임차사례가 없는 경우에도 감정가액 또는 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상 실태, 사용범위는 물론, 임차료를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하는 것이 합리적이라고 할 것이므로 처분청은 쟁점부동산의 시가에 대한 감정가액, 쟁점부동산 인근의 임차사례 등을 토대로 임차료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.