조심 2019중3445 (2020.07.27)

OOO세무서장이 2019.6.7. 청구법인에게 한 부가가치세 2015년 제2기분 OOO, 2016년 제1기분OOO, 2016년 제2기분 OOO, 법인세 2016사업연도분 OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.10.16. 비주거용 건물 개발 및 분양, 임대 사업 등을 목적으로 설립된 회사이고, OOO는 2012.10.12. 상업시설의 분양대행사업을 목적으로 설립된 회사로 청구법인의 대표이사 중 1인인 OOO가 지분의 100%를 소유하고 있다.

나. 청구법인은OOO에 소재한 상가건물 OOO(이하 “쟁점상가건물”이라 한다) 건설공사의 시행사로서 2014.11.11. OOO와 분양매출액의 8%를 수수료로 하는 분양대행위탁계약(이하 “쟁점대행계약”이라 한다)을 체결하고, 2015.9.12.부터 2016.7.26.까지 공급가액 합계 OOO(이하 “쟁점대행수수료”라 한다)의 세금계산서를 수취하였으며, OOO는 2015.4.3. OOO과 분양매출액의 6%를 수수료로 하는 분양대대행위탁계약(이하 “쟁점대대행계약”이라 한다)을 체결하고, 2015.9.22.부터 2016.7.26.까지 공급가액 합계OOO(이하 “쟁점대대행수수료”라 한다)의 세금계산서를 발급하였다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.3.6.∼2019.4.24. 청구법인의 2014∼2017사업연도에 대한 세무조사(이하 “쟁점조사”라 한다)를 실시한 후

OOO는 물적ㆍ인적시설이 없는 법인으로서 청구법인이 당초부터 OOO과 분양대행계약을 체결할 수 있음에도 OOO를 끼워넣기하였으므로 쟁점대행계약에 따른 거래는 가공거래이며,

쟁점대행계약에 따른 용역의 시가를 쟁점대대행계약에 따라 OOO가 OOO에 지급한 쟁점대대행수수료로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이를 초과한 부분을 손금불산입하여야 한다는 취지로 과세자료를 작성하여 처분청에 송부하였으며, 처분청은 이에 따라 2019.6.7. 청구법인에게 부가가치세 2015년 제2기분 OOO, 2016년 제1기분 OOO, 2016년 제2기분 OOO과 법인세 2016사업연도분 OOO을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점대행계약 및 쟁점대대행계약은 모두 유효하게 체결된 것이고, 각 계약에 따라 수수료가 순차적으로 지급되었으며, OOO가 실질적인 분양대행용역을 제공하는 등 그 역할을 수행하였다는 점을 종합할 때, 법률관계에 대한 당사자의 선택을 부정하면서까지 이 사건 계약 구조를 재구성할 이유는 전혀 없다고 할 것이고, 이러한 점을 간과한 이 사건 부가가치세 과세처분은 위법하다.

(가) 과세관청은 관행적으로 중간업체가 개입된 일련의 거래를 소위 “끼워넣기 거래”라는 이유로 그 효력을 부인해왔으나, 복잡 다변화된 경제상황 및 거래구조와 납세자가 선택한 법률관계를 감안하면, 중간업체가 존재한다고 해서 이러한 거래를 섣불리 끼워넣기 거래로 단정할 수 없으며, 실제로 수년동안 지속된 과세관청의 끼워넣기 거래와 관련한 무리한 과세처분에 대하여 조세심판원과 법원은 과세관청과 다른 판단을 하였다.

구체적으로 조세심판원은 최근 끼워넣기 거래의 유형에서 중간업체가 수수한 세금계산서를 섣불리 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다는 취지로 결정한 바 있고(조심 2017중1051, 2018.5.30. 참조), 대법원 또한 중간업체가 실제로 영업활동을 하거나 거래과정에서 한 역할이 뚜렷하지 않다고 하더라도 당사자가 선택한 거래관계를 존중하고 중간에 개입된 업체를 역시 독립된 경제주체로 인정하면서 다수의 사건에서 무죄를 선고하고 있다(대법원 2018.2.13. 선고 2017도18890 판결, 대법원 2017.11.23. 선고 2017도13213 판결 등 참조).

또한OOO지방법원은 “A법인은 거래상대방인 OOO의 대표이사인 OOO이 설립한 회사이고, 실제 근무하는 직원이 1명밖에 없었기 때문에 사실상 대부분의 업무를 OOO의 직원들이 대신하였고, 심지어 세금계산서 발급 및 수취나 계약서 작성 등의 업무도 OOO의 직원이 대신하였다고 하더라도 A법인은 이 사건 거래에서 별도의 사업용 계좌를 이용하여 대금을 수취하여 지급하였고, 자신의 명의로 물품인수증을 발행하여 주기도 하였다”는 점을 근거로 “A법인이 독립된 경영주체로서 존재하는 이상 A법인 명의로 한 개별거래행위의 효력은 OOO이 아닌 A법인에 귀속되는 것이 원칙이다.”라고 하여 실제 거래가 존재하는 것으로 판단하였다(OOO지방법원 2017.12.14. 선고 2017고단2104 판결 참조).

(나) OOO는 물적ㆍ인적 시설을 모두 구비하고 있는 독립된 사업체로서 그 실체가 존재하는 법인이고, 단순히 OOO가 사무실을 다른 사업체와 공동으로 사용하면서 필요한 직원을 관계회사와 공유하였다는 이유만으로 OOO의 실체를 부인할 수 없다.

1) OOO는 2012.10.12. 설립 후 2016.11.18.까지는 OOO 소재 사무실을 사용하다가 2016.11.18. 이후로는 OOO과 사무실을 공동으로 사용하였는바, OOO는 OOO과는 별도로 임대인과 체결한 임대차계약에 따라 임대료를 지급하면서 독자적으로 구분된 별도의 사무실을 사용하였다.

2) 처분청은 OOO의 장부에 집기나 비품이 없다는 점을 근거로 OOO가 실체가 없는 법인이라는 의견이나, OOO는 OOO 등과 집기, 비품을 공동으로 사용하였고, 특별히 필요하다고 판단되는 비품의 경우 별도로 구입한 후 고정자산 관리대장을 통해 관리하여 왔다.

또한 OOO는 쟁점대행계약에 따라 분양홍보관을 설치하고 필요한 물품들을 구입. 비치하여 사용해왔다.

3) OOO의 근무직원으로는 임원 OOO를 비롯하여 회계처리 업무를 담당하던 OOO이 있었고, 분양대행사업 특성상 분양대행계약을 수주할 때마다 그 계약의 성격에 맞추어 필요한 인력을 비정규직으로 고용하였다.

4) 다만, OOO의 사내이사 OOO는 청구법인의 공동대표이사이고, 직원OOO은 사무실을 공동으로 사용하던 OOO 등 3개 회사의 회계업무를 함께 처리하였으나, 이는 각 회사의 법인격과는 독립적으로 판단되어야 하는 것이므로 이를 이유로 OOO의 실체를 부인할 수 없다.

OOO고등법원도 A법인의 대표이사가 신설한 B법인이 별다른 물적 시설을 갖추지 않고 A법인의 물적 설비를 그대로 임차하여 사용하였고, 인적 자원도 그대로 고용하였으며 A법인 직원이 B법인의 경리 및 세금계산서 발급업무 등을 담당하였던 사안에서 이러한 사정만으로 B법인을 실체가 없는 형식상 회사라고 볼 수 없다고 판단한 바 있다(OOO고등법원 2017.3.30. 선고 2016노2806 판결 참조).

또한 앞서 설명한 판례에서 법원은 “A법인은 OOO의 대표이사인 OOO이 설립하여 운영하던 업체”라는 사정에도 불구하고 각 업체의 실체를 모두 인정하였다.

5) 처분청은 OOO와 OOO의 전자세금계산서 상 IP와 랜카드가 동일하였다는 사실 또한OOO의 실체를 부인하기 위한 근거로 제시하나 대법원은 다른 법인의 직원이 중간 업체의 업무를 지원하였고 양사가 동일한 회계시스템을 사용한 사안에서도 실거래가 있다고 판단하고 무죄를 선고하였으므로(대법원 2017.11.23. 선고 2017도13213 판결 참조) IP와 랜카드가 동일하다는 사정만으로 OOO의 실체를 부인할 수 없다.

더욱이 당시 업무를 처리한 OOO의 직원 OOO은 OOO 외에도 OOO 등 공동으로 사무실을 사용하는 3개사의 업무를 복합적으로 처리하고 있는 상황이었고, OOO의 부탁을 받아 일부 전자세금계산서 발급 및 신고 업무를 처리하여 주었는데, OOO는 사전에 OOO의 이러한 행위를 전혀 알지 못하고 있었고, OOO의 확인서에 의하면, OOO도 이러한 사실을 인정하고 있다.

(다) OOO는 실체가 있는 법인으로써 분양대행업무수행능력을 갖추고 있었고, 독립된 권리ㆍ의무의 주체로서 업무를 수행하였다.

1) OOO의 대표이사였던 OOO과 OOO의 임원이자 청구법인의 대표이사인 OOO는 다수의 분양 사업을 성공적으로 진행하여 많은 경험과 전문성을 갖추고 있었고, OOO는 이를 바탕으로 관계회사들의 분양대행업무를 다수 수행하여 성공적인 결과를 내었다.

예를 들어 OOO는 쟁점대행계약과 관련하여 쟁점상가건물을 성공적으로 완판하였고, 2015년 1월과 2015년 8월에는 OOO와 위례 OOO, 미사 OOO의 분양대행업무를 수행하기도 하였다.

특히 OOO는 각 사업에서 분양기획(호수별 분양가격 책정, 분양조직구성, 판매전략수립), 분양마케팅(광고물 기획ㆍ입안, 분양홍보관 설치ㆍ관리ㆍ운영), 분양관리업무(업무보고회의, 자금집행) 등의 역할을 수행하였다.

2) OOO는 분양대행계약 체결 외에도 사무실을 임차하거나 사무실 내부 공사를 위해 필요한 때마다 독립된 권리ㆍ의무의 주체로서 활동하였다.

(라) OOO는 자신의 사업용 계좌를 이용하여 대금을 수취ㆍ지급하였고, 정상적으로 세금을 납부하였으며 임직원에게도 정상적으로 급여를 지급하였다.

1) OOO는 쟁점대행계약 및 쟁점대대행계약과 관련하여 별도의 사업용 계좌인 OOO를 통하여 청구법인으로부터 쟁점대행수수료를 지급받았고, OOO에게 쟁점대대행수수료를 지급하였다.

2) OOO는 설립 이후 현재까지 자신의 명의로 사업활동을 수행하였고 이에 따른 세금을 성실하게 납부하였으며, 심지어 OOO는 2016.7.7. 조사청으로부터 법인세 통합조사를 받았는데 이 과정에서 OOO의 분양대행 업무 등에 대한 매출ㆍ매입세금계산서와 관련하여 정상적인 거래로 인정받은 바도 있다.

3) OOO는 설립 초기인 2012년부터 2014년에는 사업실적이 없어 임직원에게 급여를 지급하지 못하였으나 분양대행 계약이 체결되어 본격적으로 업무를 수행하기 시작한 2015년부터는 정상적으로 급여를 지급하였다.

(마) 쟁점대행계약과 쟁점대대행계약은 각 유효한 것으로 이를 함부로 부인할 수 없다.

1) 대법원은 전원합의체 판결을 통하여 “「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하는지 여부는 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다.”고 판시하면서 “재화를 공급하는 자란 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자”를 의미한다고 하였다(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 참조).

또한 대법원은 “납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청은 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 조세회피를 목적으로 한 수단에 불과한 경우가 아닌 이상 실질과세의 원칙을 이유로 거래당사자가 선택한 법적형식이나 법률관계를 재구성할 수 없다.”고 판단하였다(대법원 2017.2.15. 선고 2015두3270 판결 등 참조).

특히 대법원은 재화의 공급 여부에 대한 판단방법과 관련하여 “어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 「부가가치세법」 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 통하여 개별적, 구체적으로 판단하여야” 하고(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결 등 참조), 재화나 용역의 공급이 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미한다(대법원 2012.11.15. 선고 2010도11382 판결 참조)는 취지로 판시한 바 있다.

이와 같은 일련의 판시는 ① 거래당사자가 독립된 법적ㆍ경제적 주체이고 ② 당사자 사이에 재화의 공급에 관한 계약이 체결되었으며 ③ 그 계약이 모두 이행되었다면 거래당사자 사이에 「부가가치세법」상 재화의 공급이 있었다는 점을 함부로 부인할 수 없고, 거래당사자들이 주고받은 세금계산서를 함부로 허위라고 단정할 수 없음을 의미한다.

2) 청구법인은 OOO와 그 대표이사인 OOO 및 사내이사인 OOO의 업무능력 및 전문성을 검토한 끝에 OOO의 분양대행능력이 신뢰할만하다고 보아 쟁점대행계약을 체결한 것이고, OOO는 쟁점대행계약의 의무를 보다 효율적으로 수행하기 위하여 쟁점대행계약 체결시점부터 약 5개월이 지난 시점인 2015.4.3. OOO과 쟁점대대행계약을 체결한 것이며, 쟁점대행계약과 쟁점대대행계약은 모두 하자가 없는 유효한 계약이므로 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 마땅하다.

3) 쟁점대행계약에 의하면 분양활동에 필요한 모든 사항들은OOO의 비용과 책임으로 하여야 하고(제5조 제1호, 제2호), 사실상, 법률상 직원들의 귀책사유로 인한 법적 문제를 책임지고 처리하여야 하며(제5조 제6호), 금융사고나 기타 분양에 따른 분양신청자와의 분쟁 등 기타 제반사고 및 민원에 대해서도 민ㆍ형사상 책임을 부담(제7조 제2호)하는바, 쟁점대행계약과 관련하여 OOO는 분양대행업무를 수행하면서 발생할 수 있는 위험을 부담하였다.

또한 쟁점대대행계약에 의하면, OOO는 쟁점대행계약 내용의 일부를 OOO에 재하도급하면서 이에 대하여 수시 및 정기 보고를 받기로 하였고(제2조), 실제로 OOO은 OOO의 OOO본부장으로부터 OOO의 회의실에서 매주 보고를 받았다.

4) 쟁점대행계약과 쟁점대대행계약에 따른 대금의 지급도 순차적으로 이루어졌다. 우선 OOO는 청구법인에 대하여 쟁점대행수수료를 청구하여 위에서 설명한 바와 같이 OOO의 사업용 계좌로 송금받았고, OOO도 쟁점대대행수수료를 OOO에 청구하여 OOO의 OOO로 지급받았다.

(바) OOO은 2015.3.24. 설립된 법인으로 청구법인이 쟁점대행계약을 체결한 날인 2014.11.11. 당시 설립조차 되지 않았으므로 청구법인과OOO의 계약에 OOO를 끼워넣었다는 처분청의 가정은 애당초 그 전제부터가 잘못된 것이다.

(사) 처분청은 청구법인이 쟁점대행계약과 쟁점대대행계약 이후 OOO의 분양을 추진하면서OOO를 거치지 않고 OOO과 직접 분양대행계약을 체결하였다는 점에서 쟁점대행계약도 OOO과 청구법인 간의 직접 계약이 아닌가 의심하고 있는 것으로 보이는바, 처분청의 의심은 당시 상황에 대한 오해에서 비롯된 것이다.

1) OOO는 2015년 조세법령의 개정에 의해 관계회사 일감몰아주기 관련 증여세가 부과되는 등의 상황이 발생하여 2016.10.24.경에는 분양대행업무를 정상적으로 수행할 수 없었고, 2017.1.13. 폐업하였다.

2) 즉 청구법인은 OOO와 분양대행계약을 체결하고 싶어도 할 수가 없는 상황이었고, 부득이 쟁점상가건물의 분양대행업무 경험이 있는 OOO과 당시 시장 평균 분양대행수수료의 범위(8%∼10%)에 속하는 8.5%의 수수료를 지급하는 것을 내용으로 하여 직접 분양대행계약을 체결하게 된 것이다.

3) 처분청은 쟁점대행계약을 OOO과 직접 체결하였다면 6%의 수수료만을 지급할 수도 있었으나, 중간에 OOO를 끼우면서 쟁점대행수수료를 지급함으로써 OOO가 그 차액인 2% 상당의 이익을 부당하게 얻었다고 의심하는 것으로 보이나, 만약 청구법인이 6%의 수수료로 분양대행계약을 체결할 수 있었다면 OOO의 분양대행계약에서 OOO에 8.5%의 수수료를 지급하지는 않았을 것이다.

(아) 처분청은 쟁점대행계약에 따른 거래를 가공거래로 보아 이 사건 부가가치세를 과세하면서도 쟁점대행수수료가 과다지급된 수수료라고 하면서 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용하였는데, 부당행위계산 부인규정은 쟁점대행계약이 모두 유효하다는 전제 하에 적용하는 것이므로 쟁점대행계약에 따른 거래를 가공거래로 보아 과세한 부가가치세와 그 논거가 모순된다.

그럼에도 처분청이 위와 같이 서로 모순되는 처분을 동시에 하였던 것은 쟁점대행계약이 섣불리 부인되어서는 안된다는 반증이라고 할 것이다.

(자) 한편 처분청은 쟁점대행계약에 관하여 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 발급하였다고 보아 청구법인을 「조세범 처벌법」위반 혐의로 고발하였고(OOO지방검찰청 2019형제46414호 사건), OOO지방검찰청은 2019.9.27. 청구법인의 혐의에 대하여 불기소결정을 하면서 처분청의 주장 하나하나를 분설하여 그 신빙성이 부족하다고 판단하였는 바 이 사건의 결론 또한 OOO지방검찰청의 불기소결정서와 다를 이유가 없다.

(2) 처분청은 부당행위계산 부인규정을 적용하면서 처분청에 입증책임이 있는 시가를 잘못 적용하였으므로 이 사건 법인세 과세처분은 다른 사정을 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 위법하다.

(가) 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정은 ① 특수관계자와의 거래일 것, ② 경제적 합리성을 결여한 형식을 취하였다고 평가될 것, ③ 이로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것을 요건으로 하고 있는데, 이와 관련하여 대법원은 “경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용”된다는 입장이다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 참조).

한편, 경제적 합리성을 판단하는 구체적인 기준으로 우선 고려되어야 할 것은 시가로서 「법인세법」은 이를 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’이라고 정의하고 있고, 대법원은 시가에 대한 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에 있다(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 참조)고 판단하고 있다.

이 사건의 경우 처분청은 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가를 분양매출액의 8%가 아닌 6%로 보고, 분양매출액의 2% 상당액을 시가보다 과다하기 지급되었으므로 경제적 합리성을 결여하였다고 판단한 후 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이 사건 법인세를 과세하였는바, 쟁점대행수수료가 시가에 부합하거나 처분청이 제시한 자료만으로 시가가 입증되었다고 보기 어렵다면 이 사건 법인세는 위법하다고 볼 수 있다.

(나) 쟁점대행수수료인 분양매출액의 8%는 분양대행업무의 시가에 부합한다.

청구법인이 아닌 다른 시행사 회사들과 분양대행사들이 체결한 분양대행계약의 수수료는 ‘특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’으로서 시가에 해당하는바, 청구법인의 공동대표이사 중 1명인 OOO이 운영하는 시행사가 다른 분양대행회사와 체결한 분양대행계약의 수수료율은 아래 ＜표1＞과 같이 평균 8.91%이고, 청구법인이 알고 있기로는 분양대행업의 수수료율은 일반적으로 8%∼10%에서 정하여지는 것임에도 처분청은 이를 인정하지 아니하였다.

OOO(다) 처분청이 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가로 제시하는 쟁점대대행수수료를 시가라고 볼 근거가 없다.

1) 처분청이 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가를 분양매출액의 6%라고 본 것은 OOO와 OOO이 쟁점대대행계약을 체결하면서 수수료율을 분양매출액의 6%로 책정하였던 사정에 착안한 것인데, 쟁점대대행계약은 쟁점대행계약과 그 내용이 상이하다.

쟁점대행계약과 쟁점대대행계약에 의하면, OOO의 의무는 분양대행업무를 총괄하면서 업무에 관한 모든 비용과 책임을 부담하는 것이고, OOO는 이 중 분양기획(호수별 분양가격 책정, 분양조직구성, 판매전략수립), 분양마케팅(광고물 기획ㆍ입안, 분양홍보관 설치ㆍ관리ㆍ운영), 분양관리업무(업무보고회의, 자금집행) 등은 스스로 담당하고 그 외 나머지 업무를 OOO에 재하도급한 것이다.

따라서 쟁점대대행계약의 업무는 쟁점대행계약의 업무와 비교하여 그 내용과 책임부담의 범위에 차이가 있고, 그 업무 내용에 대응하여 수수료 또한 차이를 보일 수밖에 없으므로 쟁점대대행수수료를 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가로 볼 수 없다.

2) 이는 위 (1) (사)에서도 설명한, 청구법인이 OOO 해산 이후 OOO과 직접 체결한 분양대행계약을 통해서도 확인할 수 있는데, 청구법인은 OOO의 분양대행계약을 체결하면서 그 수수료율을 분양매출액의 8.5%로 정하였는바, 이는 청구법인과 OOO 간의 분양대행계약이 쟁점대대행계약이 아닌 쟁점대행계약과 동일한 내용으로 체결되었기 때문이다.

(라) 청구법인의 대표이사로 재직하고 있는 자는 OOO으로 OOO은 청구법인의 50% 지분을 보유하고 있는 주주이기도 한데, 만약 청구법인이 OOO에게 그 대가를 과다하게 지급하는 계약을 체결하였다면 OOO에게는 오로지 손해가 되는 것인바, OOO이 그러한 계약에 동의해주었을 리가 없다. 그러나 OOO이 청구법인과 OOO의 쟁점대행계약에 동의하였다는 것은 그러한 계약이 업계 수수료의 시가에 부합하였기 때문이다.

(3) 쟁점조사는 2016년에 있었던 OOO의 법인세 통합조사와 동일한 대상에 대하여 이루어진 중복된 세무조사에 해당하므로 중복된 세무조사에 기초하여 이루어진 이 사건 과세처분은 모두 위법하다.

(가) 조사청은 2016.7.7.부터 2016.8.20.까지 OOO와 그 관계화사들의 2012.2014.2015사업연도에 대한 법인세 통합조사(이하 “2016년 조사”라 한다)를 실시하였는데, 조사대상 세목이 법인세 통합조사인 점에서 알 수 있듯이, OOO가 수행하였던 거래 전반에 대한 조사가 있었고, 특히 조사청은 당시 OOO와 관계회사 간 거래가 가공거래인지, 이 경우 수수료는 정상적인 것인지를 문제로 삼았다.

쟁점대행계약은 2014.11.11. 체결되었고, 쟁점대대행계약은 2015.3.14. 체결되었으므로 조사청의 2016년 조사의 조사대상기간에 포함되고, 조사 당시 쟁점대행계약 및 쟁점대대행계약에 대한 조사 또한 이루어졌을 것임을 쉽게 짐작할 수 있으며 당시 조사청의 결론은 위 계약이 모두 유효하다는 것이었다.

(나) 조사청은 청구법인을 상대로 2019.3.6.∼2019.4.24. 실시한 쟁점조사 과정에서도 쟁점대행계약 및 쟁점대대행계약의 유효 여부와 쟁점대행수수료에 대한 세무조사를 실시하였고, 이는 2016년 조사와 조사대상이 완전히 동일하다.

(다) 2016년 조사는 OOO에 대한 것이고, 쟁점조사는 청구법인에 대한 것이라는 점에서 의문이 있을 수 있으나, 종전 세무조사가 있었던 대상과 실질적으로 동일한 대상에 대하여 재차 세무조사가 이루어졌다면 이러한 세무조사는 중복세무조사 금지원칙에 반하는 것으로 위법하다.

1)

「국세기본법」 제81조의2

제2항 제1호에 의하면, 세무조사란 과세관청이 국세의 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부 또는 서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 것으로 같은 법에서는 세무공무원은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 원칙적으로 재차 세무조사를 할 수 없다고 규정하고 있는바, 대법원은 해당 규정의 입법 취지를 “같은 세목 및 과세기간에 대하여 거듭된 세무조사를 할 경우 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 이를 금지할 필요가 있기 때문”(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 참조)이라고 판시한 바 있다.

2) 중복세무조사는 기본적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어지는 조사를 의미하나, 대법원은 설령 형식적으로는 별개의 세무조사로 보이더라도 그 실질이 동일한 대상에 대한 조사나 다름 없다면 이러한 재조사는 금지된다고 판시함으로써 이른바 실질설을 취하여 왔다(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결 외 다수 참조).

구체적으로 대법원은 정기 세무조사가 있은 후 당초 세무조사가 제외된 나머지 항목에 대하여 재차 세무조사가 있었던 사안에서 두 번째 세무조사를 금지되는 재조사에 해당한다고 판단한 바 있고(대법원 2015.9.10. 선고 2013두6206 판결 참조), 회사의 주식변동과 관련하여 회사에 대한 법인세 통합조사가 있었던 당시 주주들의 명의신탁 사항에 대해서도 조사가 이루어졌다면, 해당 조사 후 이루어진 주주 개인에 대한 증여세 조사도 금지되는 재조사라고 보기도 하였다(대법원 2017.12.13. 선고 2015두3805 판결 참조).

또한 법원의 판례 중에는 1차 세무조사에서 납세자에 대한 조사 없이 거래상대방에 대한 조사만 있었던 경우 이후 납세자에 대하여 있었던 조사를 중복세무조사로 볼 수 있는지 여부에 대하여, 거래상대방에 대한 조사만으로도 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시를 침해하는 결과를 초래할 수도 있으므로 이를 방지하고 납세자의 방어권을 보장할 필요가 있는 점 등을 감안하여 납세자 본인에 대한 과세를 위하여 실시되는 거래상대방에 대한 조사도 납세자 본인에 대한 세무조사로 보아야 한다(OOO고등법원 2015.11.5. 선고 2015누5329 판결 참조, 이후 대법원 2016.3.10. 선고 2016두58089 판결로 심리불속행 기각됨)고 판시한 바 있다.

즉 거래상대방에 대한 조사과정에서 납세자에 대한 조사 역시 이루어졌다면 추후 납세자에 대하여 이루어진 조사는 금지되는 재조사로 보아야 하고, 이러한 법원의 입장에 비추어 보면 OOO에 대하여 이루어진 2016년 조사에서 이미 쟁점대행계약 내용에 대한 조사가 모두 이루어졌으므로 청구법인에 대하여 이루어진 쟁점조사는 금지되는 중복된 세무조사에 해당한다.

(라) 더욱이 조사청은 2016년 조사 당시 OOO에 대하여 조사하면서 OOO와 OOO이 발행한 전자세금계산서 발행PC의 IP 및 랜카드가 일치한다는 점에 착안하여 OOO와 OOO의 관계를 조사하기도 하였고, OOO의 직원 OOO이 독단적으로 OOO의 세금계산서 발급의무를 대신 처리해주었다는 점을 확인한 후 OOO는 OOO과는 별도로 구분되는 정상적인 사업자라고 결론을 내렸음에도, 2019년 다시 이 점을 재차 문제로 삼아 이번에는 그 결론을 반대로 하여 OOO를 실체가 없는 법인으로 판단하고 말았다.

나. 처분청 의견

(1) 끼워넣기 거래에 대한 판단은 중간업체가 거래당사자로서 일정한 역할을 실제로 수행했는지에 관한 사실판단의 문제인바, OOO는 인적ㆍ물적 요건이 구비되지 않은 점, OOO가 수행하였다고 주장하는 활동이 실제 OOO의 직원에 의하여 수행된 점을 고려했을 때 OOO는 끼워넣기 업체이므로 쟁점대행용역에 관한 거래를 가공거래로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

(가) OOO는 실제 분양대행용역을 제공할 능력이나 조직이 없다.

1) OOO는 2012.10.12. 개업 후 청구법인과의 분양대행업무 외 업계 이력이 전무하고, 청구법인이 주장하는 OOO 대표이사 OOO의 이력은 청구법인 대표이사 OOO가 대표이사로 있는 OOO의 직원으로 업무수행한 내용이다.

OOO의 진술서에 따르면 OOO은 2011년 1월 OOO에 채용된 후 OOO에 의해 OOO의 대표이사로 역임하게 되었고, OOO의 직원으로서 광교현장 대행업무를 수행하고, OOO의 전문경영인으로 근무하면서 두 회사로부터 급여를 받았으며, 급여 결정 등의 의사결정은 이사회나 주주총회가 아닌 OOO의 대주주인 OOO에 의해 이루어진 것으로 보아 OOO은 실질적으로 OOO의 직원으로서 업무를 하였다고 보아야 한다.

2) 청구법인은 OOO의 직원으로 임원 OOO와 직원 OOO이 있었다고 주장하나, OOO은 청구법인의 사내이사이고, OOO는 청구법인의 대표이사이며, OOO의 근로소득 지급명세서에 의하면 김OOO은 OOO의 직원이지 OOO의 직원이 아니다.

3) OOO의 재무제표에 의하면 개업 후 2014년까지 실제 사업을 영위하는 조직에 필요한 최소한의 비품(책상, 의자, 전화, 팩스, 컴퓨터, 보관 캐비넷 등)이 확인되지 않으며, 지급수수료 이외 기타 판관비 역시 존재하지 않는 등 실제 사업한 흔적이 없다.

또한 청구법인 대표이사 OOO의 확인서에 의하면, OOO만의 별도 간판, 파티션 등의 독자 공간이 없었던 것으로 확인된다.

(나) OOO가 실제로 수행한 업무는 쟁점대행계약과 쟁점대대행계약의 자금전달통로 외 전무하다.

1) 청구법인은 쟁점상가건물과 그 인근에 있는 OOO의 시행사로 분양사업을 자체 수행할 수 있는 인력이 없어 분양대행업체와 계약한 것으로 확인되고, 일반적으로 분양대행업체는 공개입찰을 통해 제출된 포트폴리오를 바탕으로 금액, 업계 평판 및 분양경력 등을 고려해 선정되나, OOO는 청구법인과 특수관계자라는 조건 외에는 업계 경력이나 사업실적이 없음에도 청구법인은 OOO와 쟁점대행계약을 체결하였다.

2) OOO는 분양대행업무를 직접 수행할 능력과 조직이 전혀 없었기에 실제 분양작업은 청구법인과 쟁점대대행계약을 체결한 OOO이 수행하였다.

청구법인은 쟁점대행계약을 체결한 2014.11.11. 당시에는 OOO이 개업하기 전이어서 쟁점대행계약에 따른 거래를 가공거래로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점상가건물의 착공 시점(2015년 9월)을 고려했을 때 OOO과의 직접 계약이 가능하였고, 쟁점대대행계약 전에는 OOO를 통해 진행된 분양계약이 전무했다는 점 또한 OOO가 쟁점대행계약과 관련하여 수행한 업무가 없었음을 뒷받침한다.

3) 계약당사자인 OOO의 전자세금계산서를 발급한 PC의 IP주소는 OOO이고, 랜카드 고유번호는 OOO,CPU고유번호는 OOO로서 OOO이 사용하는 IP와 랜카드 고유번호 등과 동일하고, OOO과 OOO의 전자세금계산서 발급 시 사용하는 이메일 주소 역시 동일함이 확인되는 등 OOO의 세금계산서 발행업무 역시 실사업자인 OOO에서 일괄적으로 수행한 것으로 판단된다.

4) OOO의 사업소득 지급명세서에 의하면, 2015년부터 2016년까지 그 지급총액은 OOO이고, 건당 OOO으로 직접 분양대행을 수행한 법인의 대가로는 현저히 적기에 그 금액의 성격에 대해 확인한 바 OOO는 청구법인으로부터 쟁점대행수수료를 받아 대대행사인 OOO에 전해주는 최소한의 자금전달역할만 수행한 것으로 보인다.

(다) OOO는 자금의 이동통로 역할조차 독자적으로 수행할 수 없다.

1) OOO는 직원이 별도로 없어 특수관계법인인 OOO의 직원인 OOO 등을 통해 유일한 업무라 주장하는 자금관리 역할을 대신 수행하였고, 청구법인이 주장하는 별도의 임대차계약서 작성, 임대료 및 관리비 납부, 사업용 계좌관리 역시 OOO의 경리직원 OOO등을 통해 수행되었다.

2) 즉 OOO는 분양관리, 경비지원의 역할을 독자적으로 수행할 능력이 없어 별도 법인으로 일정 역할을 수행할 수 있었다는 청구주장은 고려의 여지가 없고, OOO는 중간자로 끼어 청구법인으로부터 쟁점대행수수료를 지급받고 분양대행용역을 제공하는 듯한 외관을 취한 끼워넣기 거래를 하였을 뿐 실제 청구법인에게 용역을 제공한 것으로 볼 수 없다.

(라) 청구법인이 인용한 판례는 이 사건에 적용할 수 없다.

1) 대법원 2018.2.13. 선고 2017도18890 판결의 경우 피고인 회사가 OOO 등 거래처의 지급보증 요구에 의해 거래 중간에 개입하게 되었고, 거래 과정에서 거래처와 직접 협상하는 등 피고인 회사가 거래당사자로서 일정 역할을 수행한 것이나, OOO의 경우 거래 중간에 개입할 것이 요구된 것도 아니고 별도의 분양대행업무를 독자적으로 수행할 능력과 조직이 없어 분양대행용역을 제공하는 역할을 할 수 없었다.

2) 대법원 2017.11.23. 선고 2017도13213 판결의 경우 피고인 회사가 입찰에 별도의 주체로 참여할 목적으로 설립되었고, 별도의 사업장이 존재하였으나, OOO의 경우 청구법인의 입찰에 별도로 참여한 사실이 없고 별도의 사업장이 없으며 사업용 계좌의 운영은 특수관계자인 OOO의 직원이 하였다.

3) OOO지방법원 2017.12.14. 선고 2017고단2104 판결의 경우 피고인 회사가 별도의 사업용계좌를 운영하고 거래당사자로 참여한 내역이 있는 이상 법인으로 인정할 수 있다고 판시하였는바, OOO의 경우 인적ㆍ물적 설비가 없고 특수관계법인인 OOO의 직원이 실제 업무를 모두 수행하였으므로 OOO가 거래당사자로서 분양대행용역을 제공하는데 참여하였다고 보기 어렵다고 할 것이다.

4) 청구법인이 인용한 위 판례들은 재화거래에 관한 사안인데, 재화의 경우 중간도매업체가 있다고 하더라도 실물의 이동에 따른 운송료 및 보관료를 고려하여 중간단계의 이동과정 없이 실수요자에게 직접 이동시키는 것이 일반적이나 용역거래의 경우 실제 용역수행이 있었느냐의 문제이므로 위 판례들을 용역거래에 관한 이 사건에 그대로 적용하는 것은 적절하지 않다.

(마) 「조세범 처벌법」위반혐의에 대한 기소여부는 범죄의 구성요건 충족여부 등에 관한 판단에 따라 결정되는 것으로서 세법에 근거한 조세의 부과처분과는 그 기준 및 관점의 차이가 있어 검찰이 불기소처분을 하였다하여 곧 과세처분의 부당함을 의미하는 것이 아니므로(조심 2010중1345, 2011.4.26., 국심 2007중3631, 2008.9.25. 외 다수 참조) OOO지방검찰청이 「조세범 처벌법」위반 혐의와 관련하여 청구법인에게 불기소처분을 하였다는 이유로 이 사건 과세처분이 위법하다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인과 OOO는 「법인세법」상 특수관계자로서, 쟁점대행계약과 관련하여 청구법인은 OOO가 아니라 OOO로부터 분양대행용역을 제공받고, 쟁점대대행수수료인 공급가액 OOO을 지급하였음에도 중간에 OOO를 끼워넣기한 후 쟁점대행수수료를 OOO에 지급하였으므로 쟁점대대행수수료를 초과하여 OOO에 지급한 후 손금에 계상한 수수료는 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정의 적용대상으로 손금부인 대상이다.

(가) OOO는 청구법인의 대표이사이자 청구법인 지분의 50%를 소유한 주주이고, OOO의 개업 시점(2012.10.12.) 기준 발기인은 OOO와 그의 자녀 OOO이며, 주주명부 상 OOO가 청구법인 지분의 70%, 그의 자녀 OOO이 각 10%를 소유하고 있다가, 2017년 말을 기준으로는 OOO가 청구법인 지분의 65.38%, 그의 자녀 OOO이 각 11.54%를 소유하고 있으므로 청구법인과 OOO는 「법인세법」상 특수관계자에 해당한다.

(나) 청구법인은 위에서 설명한대로 쟁점대행계약과 관련하여 OOO로부터 실제 용역을 제공받은 사실이 없음에도 쟁점대행수수료를 지출하였고, 실제 용역을 수행한 회사는 OOO로서 쟁점대대행수수료를 초과하여 OOO에 지급한 수수료는 손금부인 대상임이 명백하다.

(다) 분양의 경우 분양대상이 되는 부동산의 입지에 따라 수요가 결정되므로 그 부동산의 지역을 고려하지 아니하고 분양대행수수료율을 단순 산술평균하는 것으로 시가를 산정할 수 없는 것인데, 청구법인이 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가를 산정하는데 사용한 분양대행계약은 OOO에 위치한 부동산에 관한 것인 반면, 쟁점대행계약은OOO지구에 위치한 부동산에 관한 것이므로 청구법인이 단순 산술평균한 수수료를 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가로 볼 수 없다.

오히려 청구법인이 OOO지방국세청장의 과세사실판단 과정에서 제출한 의견서에 의하면, OOO이 시행사로서 직영분양한 OOO에 소재한 상가건물의 경우 분양업무에 발생한 경비가 분양매출액에서 차지하는 비율이 5.11%이므로 쟁점상가건물이 위치한 OOO지구의 분양대행수수료로 볼 수 있는 5.11%를 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가로 볼 수 있으며 이는 처분청이 산정한 시가 6%보다도 낮다.

(라) 설령 청구법인이 주장하는 적정 시가 8%를 인정한다고 하더라도 청구법인이 끼워넣기 거래를 통해 용역수행 능력이 없는 OOO에 지급한 금원은 업무무관경비에 해당하므로 이를 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 사건 처분에는 영향이 없다.

(3) 쟁점조사를 실시하면서 쟁점대행계약에 관하여 OOO와의 거래에 대해 확인한 사실은 세무조사에 해당하지 않는다.

조사과정에서 거래처에 대한 확인 절차가 세무조사에 해당하는지 여부는 ① 조사의 목적, ② 실시경위, ③ 질문조사의 대상과 방법 및 내용, ④ 조세를 통하여 획득한 자료, ⑤ 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 사안인바, 조사청이 쟁점조사를 실시하면서 행한 일은 분양대행수수료 항목을 검토하는 과정에서 청구법인에 거래관계에 대한 소명요구를 하였을 뿐 OOO에 별도로 소명요구를 하였거나 OOO를 상대로 현장확인 및 조사대상자 추가선정 등을 하는 등 실질적인 세무조사가 이루어진 사실이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점대행계약에 따른 용역의 공급을 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가를 쟁점대대행수수료로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

③ 쟁점조사는 OOO에 대한 2016년 조사와 동일한 대상에 대하여 이루어진 것으로 위법한 세무조사에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것)

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제19조【손금의 범위】① 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

제87조【특수관계인의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 법인과 다음 각 호 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 “특수관계인”이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도

「국세기본법」제2조

제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

② 제1항 제4호 및 제5호에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는지 여부는

「국세기본법 시행령」제1조의2

제4항에 따른다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

9. 그 밖에 제1호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (이하 생략)

③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

(4) 국세기본법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부 등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점상가건물의 집합건축물대장에 의하면, 쟁점상가건물은 제1.2종 근린생활시설 145호로 구성된 지하4층, 지상11층의 상가건물로 2015.9.7. 착공하여 2017.1.26. 사용승인을 받은 사실이 확인된다.

(2) 쟁점대행계약에 대한 계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

(3) 쟁점대대행계약에 대한 계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

(4) 처분청이 제출한 세금계산서 내역에 의하면, 청구법인은 쟁점대행계약과 관련하여 OOO로부터 2015.9.12.부터 2016.7.26.까지 총 69매 공급가액 합계OOO의 세금계산서를 수취하였고, OOO는 쟁점대대행계약과 관련하여 OOO로부터 2015.9.22.부터 2016.7.26.까지 총 41매 공급가액 합계 OOO의 세금계산서를 수취한 사실이 확인된다.

(5) 청구법인이 제출한 대행수수료청구서와 금융거래내역에 의하면, 청구법인과 OOO, OOO은 위 세금계산서 발행내역과 동일한 내용으로 수수료를 청구하였고, OOO는 본인 명의의 OOO로 쟁점대행수수료를 지급받은 후 쟁점대대행수수료를 지급한 사실이 확인된다.

(6) 처분청이 제출한 결의서에 의하면, 처분청은 청구법인의 2015사업연도 각사업연도소득금액을 OOO 증액함으로써 청구법인의 이월결손금이 같은 금액만큼 감소하였고, 2016사업연도 각사업연도소득금액을 OOO 증액함으로써 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인의 2016사업연도 법인세 OOO을 경정ㆍ고지한 사실이 확인된다.

OOO (7) 처분청 OOO의 대표이사 김OOO은 OOO의 직원이자 청구법인의 사내이사로서 업무를 수행한 것이라는 근거로 OOO의 문답서(2019.5.2.자)를 제출하였고 주요 내용은 아래와 같다.

OOO(8) OOO와 OOO의 법인등기사항전부증명서에 의하면, OOO은 2012.10.12.부터 2016.10.12.까지 OOO의 대표이사로, 2011.12.19.부터 2016.10.12.까지 OOO의 사내이사로 등재된 사실이 확인된다.

(9) 청구법인은 OOO가 쟁점대행계약에 관한 용역을 제공할 수 있는 업무수행능력이 있다는 증거로 아래와 같은 서류를 제출하였다.

(가) OOO 대표이사 OOO이 2019년 6월 작성한 확인서에 의하면, OOO은 2002년 4월부터 2014년 12월까지 분양규모 25∼403세대의 상가 및 오피스텔 등 합계 16건의 분양대행사업을 진행하였다고 기재된 사실이 확인된다.

(나) OOO가 청구법인이 아닌 다른 회사와 체결한 분양대행용역계약서의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO

(다) 청구법인은 쟁점대대행계약에 따라 OOO이 OOO에 쟁점상가건물 분양에 관한 업무진행상황을 보고하였다는 근거로 2015.4.20.부터 2016.5.8.까지 매주 1회 OOO 직원 OOO이 작성하여 OOO 대표이사OOO에게 이메일로 송부한 주간업무일지를 제출하였다.

(10) 청구법인은 OOO가 물적ㆍ인적 시설을 갖춘 별도의 법인이라는 근거로 아래와 같은 서류를 제출하였다.

(가) OOO가 2014.11.28. OOO과 체결한 상가점포임대차계약서에 의하면 OOO는 2014.12.1.부터 2015.11.30.까지 OOO를 월 OOO에 임차하기로 한 사실이 확인되고, OOO의 지급임차료 계정원장에 의하면 2015.1.1.부터 2016.11.30.까지 매월 OOO을 비용으로 계상한 사실이 확인된다.

(나) OOO가 2016.10.18. OOO과 체결한 공사계약서에 의하면 OOO는 사업장 내 내부 인테리어공사를 OOO에 발주한 사실이 확인되고, OOO의 고정자산 관리대장에 의하면 OOO는 2015.9.20. 책상 등 비품 OOO, 2016.12.16. 인테리어 등 시설장치OOO을 고정자산으로 계상한 사실이 확인된다.

(다) OOO의 2015.1.1.부터 2016.12.31.까지의 지급수수료 계정원장에 의하면 매월 OOO을 지급하고 기장수수료로 계상한 사실이 확인된다.

(라) OOO의 미지급비용 계정원장과 법인카드 사용내역서에 의하면, 2015년 9월 복사용지 구입 및 종이컵 등 소모품 구입에OOO을 지출한 사실이 확인된다.

(마) OOO의 직원 OOO가 2019년 4월 작성한 확인서에 의하면, 홍OOO는 OOO의 직원 OOO과 함께 회계, 인사, 총무 등 관리업무를 담당하면서 OOO와 OOO의 전반적인 실무를 처리하였고, 재직하는 동안 OOO과 OOO는 관계회사로 한 사무실을 공동으로 사용하였다고 기재된 사실이 확인된다.

(바) OOO의 직원 OOO이 2019년 4월 작성한 확인서에는 OOO의 직원 OOO가 2019년 4월 작성한 확인서의 내용에 더하여 OOO이 본인의 개인적인 판단에 따라 OOO의 대대행사였던 OOO의 일부 업무를 부탁받고 처리하여 준 사실이 있다고 기재된 사실이 확인된다.

(사) OOO의 사업소득 지급명세서에 의하면, OOO는 2015년 동안 2,334명에게 사업소득 OOO을 지급하였고, 2016년 동안 863명에게 사업소득 OOO을 지급한 사실이 확인된다.

(아) 인쇄 및 출판업을 영위하는OOO의 대표이사 OOO이 2019.6.14. 작성한 확인서에 의하면, OOO는 2014년 11월부터 2015년 12월동안 OOO의 대표이사 OOO으로부터 쟁점상가건물에 대한 분양홍보물 제작을 의뢰받았고, OOO이 제시한 분양홍보물 초안을 토대로 김OOO과 함께 분양홍보물을 완성하여 청구법인에 최종 납품하였다고 기재된 사실이 확인된다.

(11) 청구법인이 제출한 불기소결정서에 의하면 OOO지방검찰청 검사는 2019.9.27. 청구법인과 청구법인 대표이사 홍OOO의 「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서교부등), 「조세범 처벌법」위반 혐의에 대해 아래와 같은 이유로 불기소결정을 한 사실이 확인된다.

OOO (12) 청구법인이 제출한 2016년 조사 관련 세무조사 결과통지서에 의하면, 조사청은 OOO에 관한 2016년 조사 결과 2012년 제2기 OOO가 OOO(OOO이 2016.10.12. 상호를 변경하기 전의 상호)에 제공한 수수료매출 OOO을 부인하기로 한 사실이 확인된다.

(13) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대해서 살피건대, 특정 거래가 가공거래에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청이 부담하는 것이 원칙인바(대법원 2006,4.14. 선고 2005두16406 판결 등 참조), 처분청은 OOO는 인적.물적시설이 구비되지 않았고 OOO의 대표이사는 OOO의 직원으로서 직무를 수행한 것이므로 쟁점대행계약에 따른 거래는 가공거래라고 주장하나, OOO는 2014.11.28. 상가점포임대차계약을 임대인과 별도로 체결하여 임차료를 지급한 사실이 있고, 2016.10.18. 공사계약을 통해 사무실 인테리어 공사를 발주한 후 이를 고정자산으로 계상한 사실이 있는 등 OOO를 그 실체가 부인될 수 있을 정도로 물적시설이 없는 법인으로 볼 수 없는 점, OOO는 별도의 사업용 계좌를 이용하여 청구법인으로부터 쟁점대행수수료를 수취한 후 OOO에 쟁점대대행수수료를 지급한 점, OOO은 OOO의 대표이사로 2015.4.20.부터 2016.5.8.까지 매주 1회 OOO의 직원은 쟁점상가건물 분양에 관하여 주간업무일지를 작성하여 OOO에게 보고한 사실이 있고, OOO는 2015년부터 2016년까지 3,197명에게 사업소득 OOO을 지급하는 등 쟁점대행계약에 따른 활동을 수행하지 않은 것으로 인정하기 어려운 점, OOO가 독립된 경제주체로서 존재하는 이상 그들 이름으로 한 개별거래행위의 효력은 청구법인이 아닌 OOO에 귀속되는 것이 원칙이고 OOO를 실질적으로 지배하는 사람이 청구법인의 대표이사 OOO라는 사정만으로 이들 사이의 거래가 존재하지 않는다고 단정할 수 없는 점, 처분청이 제출한 자료만으로는 쟁점대행계약에 따른 용역의 공급을 가공거래로 볼만한 특별한 사정을 인정하기 어려운 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점대행계약에 따른 용역의 공급을 가공거래로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 대한 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있는 바(2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 참조), 처분청은 쟁점대행계약에 따른 용역의 공급이 가공거래라는 전제로 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인에게 이 사건 법인세를 부과하였으나, 처분청이 제출한 자료만으로는 쟁점대행계약에 따른 용역의 공급을 가공거래로 인정하기 어려운 점, 이에 따라 쟁점대행계약과 쟁점대대행계약은 제공하기로 한 용역의 범위가 서로 다른 것이므로 쟁점대대행수수료를 쟁점대행계약에 따라 OOO가 청구법인에게 제공한 용역의 시가로 볼 수 없는 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점대행계약에 따른 용역의 시가를 쟁점대대행수수료로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

쟁점③은 쟁점①, ②가 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.