조심 2020부1353 (2021.06.15)

OOO세무서장이 2019.12.13. 청구법인에게 아래 OOO과 같이 한 부가가치세 및 법인세의 각 부과처분은

청구법인이 OOO, OOO 등 2차 인력공급업체들로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 및 해당 2차 인력공급업체들이 OOO 등에게 발급한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 중

1. OOO 및 OOO에 대한 OOO지방법원의 형사 판결문(OOO지방법원 2019.7.26. 선고 2019고합78, 2019고합277 판결) 별지 범죄일람표(4)에 기재된 내역을 토대로 자금횡령 또는 인력공급업체들 간의 이익조정을 위해 수취한 세금계산서가 있었는지 여부 및

2. 인력공급업체들의 지급명세서, 터미널사의 근무일지 또는 항만보안공사의 기사별 출입기록 등을 토대로 용역의 공급없이 수취한 세금계산서이거나 공급하는 자가 사실과 다른 세금계산서가 있었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.10.5. 설립되어 OOO에서 터미널운영사 및 해운업체(이하 “OOO”라 한다)에게 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 운전하는 OOO기사를 공급하는 1차 인력공급업체로, 일부 OOO와 같은 2차 인력공급업체(이하 “쟁점업체들”이라 한다)에게 하도급을 주는 방식으로 인력을 공급하고 있으며, 청구법인 및 쟁점업체들을 통해 이루어지는 OOO기사의 공급흐름은 다음과 같다.

OOO

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.8.27.부터 2019.10.31.까지 청구법인 등에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 실사주인 OOO가 OOO기사의 고용부담금 등을 과소납부할 목적으로 명목상 법률관계를 형성하는 사업체에 불과한 쟁점업체들을 설립하고, OOO의 의사결정에 따라 사실상 모든 업무를 청구법인을 통해 수행하였으므로 쟁점업체들을 인력을 공급하거나 공급받은 자로 볼 수 없다며 청구법인과 쟁점업체들 간 하도급거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 통해 가공세금계산서를 수수한 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.12.13. OOO과 같이 ① 청구법인이 쟁점업체들로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)상 관련 매입세액을 불공제하고, ② 쟁점업체들이 OOO 등에게 발급한 매출세금계산서 합계 OOO원(이하 “쟁점②세금계산서”라 하고, 쟁점①세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)을 청구법인의 매출로 보아 매출에 가산하는 한편, ③ 청구법인이 쟁점업체들에 발급한 세금계산서 공급가액 합계 OOO원을 매출세액에서 차감하여 2016년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였으며, ④ 쟁점①세금계산서상 매입금액을 손금불산입하는 한편, 쟁점업체들의 인건비 등의 비용 합계 OOO원을 청구법인의 손금에 산입하고, ⑤ 쟁점②세금계산서상 공급가액을 청구법인의 매출로 보아 2016∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「부가가치세법」상 독립적인 사업자의 지위는 각 영업의 특성을 고려하여 판단하여야 하고, 쟁점거래는 청구법인과 쟁점업체들간에 적법하게 체결한 하도급계약에 따른 것이므로 쟁점세금계산서는 용역의 공급없이 수수한 가공세금계산서에 해당하지 않는다.

(1) 청구법인은 OOO에서, 쟁점업체들은 OOO 및 OOO에서 OOO기사를 공급하고 해당 기사들의 급여 지급, 원천세ㆍ4대보험 신고납부 등을 하는 인력공급업을 영위하여 오고 있다.

(가) 2013년 말 OOO 터미널 위기를 이유로 OOO기사 110명에 대한 해고를 단행한 것이 계기가 되어 2014년 8월경 OOO노동조합(이하 “OOO”라 한다)과 터미널사, 항만관리회사는 “OOO 일용근로자 공급합의서”를 체결하여 일용직 OOO기사에 대한 임금·근무시간·공급기간 등 일체의 근로조건을 결정하고, 일용 OOO기사에 대한 임금청구 및 관리·4대보험 가입 등은 항만관리회사에 위탁하기로 하였다.

(나) 위 합의에 따라 항만관리회사는 OOO 준조합원인 일용 OOO기사를 터미널사에 공급하고, 용역대가를 수취하여 일용 OOO기사에 대한 급여지급 및 원천세·4대보험 신고납부를 담당하기로 하였는데, 항만관리회사의 역할을 일용직 공급업체들이 맡기로 하면서 OOO에서는 청구법인이 맡아 업무를 담당하기로 하였다.

(다) 일용 OOO기사는 OOO의 임시조합원이므로 기사의 단가는 OOO와 터미널사간 이루어지는 임금협약에 따라 산정되되었는데, 해당 단가에는 일용직을 전제로 하는 4대보험료 등만을 포함할 뿐, 일용 OOO기사가 1년 이상 근무하여 발생하는 「근로기준법」상 발생하는 연차수당 및 퇴직금,「장애인고용촉진법」상 장애인고용부담금 등은 제외하였다. 또한 위 합의에서 터미널사는 근로기간을 1년을 초과하는 근로자의 공급을 거부한다고 명시하였다.

(라) 이에 청구법인 및 쟁점업체들의 실사주인 OOO는 관련 법률에 따른 부담을 완화하면서 적시에 일용 OOO기사를 터미널사에 공급하기 위하여 일용직 공급업체를 추가로 설립할 수밖에 없었고, 청구법인과 쟁점업체들별로 일용 OOO기사를 분산시켜 100명 이내로 고용해 온 것이다.

(2) 청구법인은 근로기간 1년 미만의 일용 OOO기사를 터미널사에 공급하기 위하여 터미널사와 체결한 인력공급계약을 전부 또는 일부에 관하여 쟁점업체들과 하도급계약을 체결하여 공급하게 하거나, 쟁점업체들이 터미널사와 직접 계약을 체결하여 쟁점업체들 소속의 일용 OOO기사를 공급하였다.

(가) 청구법인은 매월 말일을 기준으로 일용 OOO기사를 관리하는 OOO로부터 기사별 근무일지를 받아 대금을 정산하여, 익월 10일경 터미널사로부터 인력공급대금[임금, 관리비(임금의 3.5%), 관련 세제]을 지급받았고, 쟁점업체들이 터미널사에 인력을 제공한 부분에 대하여 그 무렵 쟁점업체들에게 하도급대금[임금, 관리비(임금의 1.35%), 관련세제]을 지급하였다. 이에 따라 쟁점업체들은 해당 하도급대금에 관하여 청구법인에게 세금계산서를 발급하였다.

(나) 쟁점업체들이 직접 터미널사와 인력공급계약을 체결한 경우에도 매월 말일 기준 동원한 기사별 임금을 정산하여 익월 20일까지 대금을 터미널사로부터 지급받고, 터미널사에게 세금계산서를 발급하였다.

(다) 쟁점업체들은 청구법인 또는 터미널사로부터 하도급대금 또는 용역대금을 지급받으면 쟁점업체들 명의로 소속 기사들의 급여를 지급하고, 원천세· 4대보험료 등을 신고·납부하였다.

(3) 쟁점업체들이 「부가가치세법」상 사업자에 해당하는지는 사업의 특성을 고려하여 판단하여야 하고, 특수관계법인의 직원이 회계·세무업무를 담당한다거나, 대표이사 외에 실질적인 의사결정권자가 있었다는 사실만으로 사업자의 지위를 부인할 수는 없다.

(가) 쟁점업체들은 인력공급업을 영위하므로 주된 인적설비는 소속 배차관리사와 일용 OOO기사라 할 것이고, 동 기사들은 터미널사로 직접 출퇴근하며, OOO의 지시·감독을 받는다는 특성 등으로 터미널 내 별도의 사무기기가 갖춰진 사무실이 필요한 것이 아니다.

1) 청구법인 또는 쟁점업체들의 배차관리사, 일용직 OOO기사 채용은 OOO와 터미널사간 단체협약 특성상 OOO 소속이 아닌 자는 터미널사에서 근무하는 것이 불가능했기에 배차관리사와 일용 OOO기사 채용은 전적으로 OOO의 추천에 따라 이루어졌고, 청구법인이나 쟁점업체들은 별도의 공고나 면접 등이 필요하지 아니하여 채용 등을 담당하는 별도의 직원들이 필요하지 않다.

2) 또한 일용 OOO기사의 임금을 지급하고, 원천세 이행, 4대보험료를 납부하는 단순한 업무이며, 청구법인과 쟁점업체들 모두 동일한 내용의 업무이므로 각 업체별로 별도의 사업장이나 인원을 고용할 이유가 없이 특수관계법인인 OOO 소속 경리직원 OOO가 담당하였다.

3) 특히 청구법인은 OOO기사 공급에 있어 관련 법령상 제재를 받지 않기 위해 근무기간 1년 이내의 기사만을 공급하기로 하였는바, 청구법인과 쟁점업체들간 일용 OOO기사의 소속을 계속하여 변경하여야 하므로 동일한 직원이 쟁점업체 업무를 담당할 필요가 있었다.

4) 같은 사업장에서 여러 특수관계법인을 설립하여 운영하고, 그 중 한 법인의 소속 직원이 다른 법인의 업무를 겸업하는 경우는 사회통념상 효율적으로 선택할 수 있는 운영방식이며, 이에 관하여 쟁점업체들이 특수관계법인으로부터 무상으로 근로를 제공받음에 따른 세법상 제재는 별론으로 하더라도 해당 사실만으로 쟁점업체들이 법인격이 없다고 단정할 수 없다.

5) 쟁점업체들 중 OOO는 터미널사에서 제공한 사무실, OOO는 OOO 내 편의점 내 사무실을 이용하는 등 사업장이 존재하였다. 쟁점업체들 소속 배차관리사와 일용 OOO기사들은 터미널로 출근하여 해당 장소에서 대기하거나 휴게 장소가 필요한 것이므로 터미널 내 등록된 장소들은 쟁점업체들의 실제 사업장으로 봄이 타당하고, 오히려 사무기기가 구비된 사무실이 필요한 것이 아니다. 처분청은 OOO의 사업자등록지가 단지 OOO의 OOO근로자 등이 쉴 수 있는 휴게공간에 불과하고, 별도 사무기기가 없다고 하여 물적 자원이 없다고 주장하였으나 타당하지 않다.

(나) 쟁점업체들은 자신의 명의와 계산 아래 독립적인 사업자의 지위에서 거래를 수행하였다.

1) 쟁점업체들은 터미널사에게 공급한 기사에 대한 임금, 원천세, 4대보험을 모두 자신의 명의와 계산 아래 신고·납부하였고, 인력공급 매출에 대한 법인세, 부가가치세도 모두 성실히 신고·납부해 왔다.

2) 쟁점업체들은 각 업체별로 구분기장하여 왔고, 업체별 통장도 모두 구분하여 관리하여 오고 있었다. 청구법인의 수익이나 비용을 쟁점업체 계좌로 받는다거나 서로 혼용하여 사용한 바 없으며, 4개 업체(OOO, OOO, OOO, OOO)의 통장은 별도로 회계사무실에서도 관리한 바 있다.

3) 쟁점업체들 중 OOO가 터미널사인 OOO등에게, OOO가 터미널사인 OOO 에게, OOO가 터미널사인 OOO 등에게 거래당사자로 직접 세금계산서를 발급한 점, OOO가 OOO과 직접 안전지원점검거래를 한 점에 비추어보아도 쟁점업체들이 독립적인 사업자의 지위에 있음을 알 수 있다.

(4) 납세의무자는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고, 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계는 존중되어야 한다.

(가) 청구법인과 쟁점업체들이 「근로기준법」 등 관련 법령상 강행규정 위반으로 제재를 받는 것은 별론으로 하더라도, 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하므로(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결) 쟁점거래를 존중하여야 한다.

또한 쟁점거래가 가공거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반사정을 통하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하는바(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결), 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인과 쟁점업체들간, 쟁점업체들과 터미널사간 계약에 의거 쟁점업체들이 소속 일용 OOO기사를 자신의 책임 아래 공급한 것이고, 실제 그 도급대금이 각 법인별 계좌로 귀속되어 소속 기사별 인건비 등으로 지급되었으며, 각 도급대금의 흐름이 객관적 증빙자료에 의하여 확인되므로 쟁점세금계산서를 용역의 공급 없이 발급한 것으로 볼 수 없다.

(나) 조세심판원도 “특정거래와 관련하여 청구법인이 발급한 전자세금계산서의 IP가 다른 법인의 IP와 동일하다는 사실 등만으로는 위와 같이 법률에 의하여 법인격을 부여받아 독립적인 경제주체로서 각종 거래 및 제세 신고를 하고 있는 청구법인의 실체를 부인하기에 다소 무리가 있다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 이건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다”(

조심2018중2736

, 2018.12.26.), “OOO을 실질적으로 지배하는 사람이 청구법인의 대표이사라는 사정만으로는 이들 사이의 거래가 존재하지 않는다고 단정할 수 없는 점 등을 종합하면 처분청이 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다”(2019중3445, 2020.7.27.)고 결정한 바 있다.

(다) 결국 쟁점업체들 영업의 특성을 고려하지 아니한 채, 실질 대표자인 OOO가 의사결정을 하였다는 점만으로 쟁점업체들이 독립적인 법인으로서 자신이 이행하여야 할 거래와 관련 법령상의 신고의무들을 이행하여 오고 있음에도 이를 모두 부인하고, 세금계산서를 수수하기 위한 도관이라거나 명목상의 회사에 불과하다는 처분청 주장은 타당하지 아니하다. 또한 처분청은 쟁점업체들이 터미널사 등 제3의 업체에게 발급한 세금계산서와 매출은 정상적인 거래로 인정하였음에도 쟁점업체들 매출 중 일부만을 청구법인에게 가산한 처분은 타당하지 아니하다.

(라) 오히려 처분청 주장에 따르면 쟁점업체들뿐 아니라 청구법인도 모두 동일한 OOO 소속 직원이 회계·세무업무를 담당하고, 그 실질 의사결정권도 OOO가 가지는 등 동일한 형태로 운영되므로 형식상 회사에 불과함에도 청구법인은 법인격을 인정하고 있는바, 처분청 스스로도 과세논리가 합리적이지 아니하다.

(5) 그 밖에 처분청의 주장은 다음과 같이 타당하지 않다.

(가) 처분청은 세무조사 당시 터미널사에 대한 사실조회에서 터미널사가 청구법인의 하도급을 승인하지 않았다는 회신을 들어 하도급을 할 수 없었다는 의견이나, 이는 청구법인과 터미널사간 하도급계약상 의무위반에 불과할 뿐, 하도급계약의 효력 자체를 부인할 수 있는 것은 아니므로 처분청 주장은 이유 없다. 더구나 청구법인이 2018년 OOO와의 계약서에는 하도급이 가능함에도 처분청은 이는 전혀 고려하지 않고 있다.

(나) 처분청은 OOO에 관한 OOO지방법원 2019고합78·277 판결 및 OOO고등법원 2020노398 판결에서 ① 쟁점업체들을 가공거래에 이용 목적으로 설립하였다는 부분, ② 청구법인이 발급한 허위의 세금계산서라고 기재된 부분, ③ 청구법인이 남은 수익금은 관련 법인들과 허위 세금계산서를 발급하여 가수금으로 조정하였다고 기재된 부분, ④ OOO 소속 직원 OOO 등이 쟁점업체들을 ‘불필요한 법인’ 등으로 진술한 부분을 근거로 쟁점업체들이 발급한 세금계산서를 허위의 세금계산서라고 주장하나, 위 2심 판결은 OOO의 업무상횡령에 관한 범죄사실일 뿐, 이 건 과세사실에 관한 사실관계나 처분의 적법성을 판단한 판결이 아니므로 과세의 근거로 사용할 수 없으며, OOO의 진술은 처분청이 별도로 확인하였다는 증빙자료를 본 심판청구에서 제출하지 않는 한 판결문에 나타난 문구만으로 과세근거로 삼을 수 없다.

또한 위 형사판결에서 허위세금계산서로 기재한 부분은 청구법인이 쟁점업체들에 발급한 세금계산서 혹은 쟁점업체들간 발급한 세금계산서로 청구법인이 다투고 있는 이 건 처분과는 무관한 세금계산서임에도 마치 쟁점세금계산서에 관한 사실처럼 주장하여 사실을 호도하고 있을 뿐만 아니라, 처분청은 형사판결에서 횡령행위에 이용할 목적으로 쟁점업체 명의로 허위로 발급된 세금계산서를 전혀 제시하지 못하고 있다.

오히려 2심 판결은 1차 인력공급업체인 OOO와 청구법인이 터미널사로부터 받은 대금을 쟁점업체들에 지급하고, 쟁점업체들이 그 소속 일용 OOO기사들에게 급여를 지급한 것임을 인정하고 있고, 쟁점업체들을 횡령행위의 피해자로 보아 별개의 법인격을 인정하였다.

(다) 처분청은 쟁점업체들 소속 일용 OOO기사가 2018.2.20.부터 2.25. 사이에 신항이 아닌 북항에 출입한 기록을 근거로 들어 쟁점세금계산서를 허위라고 주장하나, 자료 작성자, 출처도 불분명한 자료일 뿐만 아니라, 자료에 나타난 일용 OOO기사 OOO, OOO은 OOO에서 2018년 1월까지만 근무하고 퇴사한 자로 상기 기간에 북항 출입이 가능한 것이며, 당시 OOO 소속 직원 48명 외 쟁점업체들별 근무인원이 OOO 62명, OOO 94명, OOO 91명 합계 295명 중 단 2명이 6일 동안 북항에 출입한 기록만을 들어 쟁점거래를 허위라고 볼 수 없다.

(라) 처분청은 단지 쟁점업체들의 실체를 부인하고 실질과세원칙을 근거로 쟁점업체들의 인력공급거래는 모두 청구법인이 이행해야 하는 거래라고 주장하나, 실질과세원칙은 조세를 부당하게 회피할 목적이 있거나, 세법상 혜택을 부당하게 받기 위한 목적이 있을 때 적용할 수 있는 것으로 그 외에 함부로 거래를 재구성할 수 없음이 원칙이다. 하지만 쟁점업체들은 청구법인과의 하도급거래로 인하여 발생하는 법인세 및 부가가치세 등 납세의무를 모두 이행하였고, 처분청은 조세회피여부에 대하여 아무런 입증도 하지 못하고 있음에도 쟁점업체를 세금계산서 수수 도관 목적 업체라고 주장하며 쟁점거래를 부인하는 것은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

터미널사와 인력공급계약을 체결한 업체는 청구법인이고, 청구법인이 쟁점거래와 관련된 용역을 제공하였음에도 쟁점업체들로부터 외주용역을 제공받은 것처럼 가장하기 위하여 모든 업무를 인위적으로 꾸민 것에 불과한 바 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당한다.

(1) 과세표준의 계산에 관한 규정은 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하여야 한다.

(가) 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있을 경우에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하며(

「국세기본법」 제14조

제1항), 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다(

「국세기본법」 제14조

제2항,

「법인세법」 제4조

제2항 참조).

(나) 대법원(대법원 2014.5.16. 선고 2011두9935 판결)은 실질과세원칙의 적용과 관련하여 “소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배ㆍ관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배ㆍ관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리ㆍ처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다”라고 판단하였다.

또한 대법원(대법원 2003.1.10. 선고 2002도4520판결)은 “

「부가가치세법」제6조

제1항, 제7조 제1항 및 제16조 제1항에 있어서 계약상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하거나 역무를 제공하는 자 등 재화 또는 용역을 공급하거나 또는 공급받는 자에 해당하여 그 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 할 것이다”라고 판단하였다.

(2) 쟁점업체들은 실제 인력공급업을 영위할 능력이 없고, 실제 터미널사에 인력을 공급한 것은 청구법인으로 보아야 한다.

(가) 쟁점업체들은 인적설비(직원) 및 물적설비(사무실)조차 없으며 쟁점업체들의 각 대표이사는 법인의 업무를 수행한 적이 없는 것으로 확인된바, 쟁점업체들은 재산과 의사결정을 지배.관리할 능력이 없었던 것으로 판단된다.

1) 청구법인과 쟁점업체들은 각 법인의 독립적인 자금운용이 확인되지 않는 반면, OOO가 OOO 사무실에서 업체들의 모든 매출·매입대금 결제를 지시하고, 직원 OOO가 이들 업체들의 통장을 개설하고 인증서를 보관하며 급여이체 및 전자세금계산서를 발급하였다. 통장거래내역을 보면 쟁점업체들이 인건비 및 공과금 등 경비가 필요하면 청구법인이 쟁점업체들에 입금 후 동일금액이 인건비 및 경비로 출금된 사실이 확인된다.

2) OOO, OOO 등은 백여명에 달하는 상용 및 일용근로자에 대하여 OOO의 OOO 사무실에서 직원 OOO, OOO, OOO 등이 모든 법인의 업무를 회사 구별없이 수행하였다고 진술하였다.

3) OOO는 쟁점업체들의 설립을 대리한 법무사와 세무대리인이 동일하고, 각 법인의 사업자등록을 모두 OOO가 신청하였으며, 청구법인 및 쟁점업체들의 대표자들은 자본금을 납입한 사실이 없는 것으로 진술하였다.

4) 청구법인 및 쟁점업체들의 전자세금계산서 발급내역을 보면, 발급 IP, 랜카드번호, CPU고유번호, 저장매체 번호가 모두 동일한 것으로 확인되고, 쟁점업체들의 각 대표자의 공통된 진술에 따르면, 회사의 자금관리, 부가세 및 법인세 신고·납부, 전자세금계산서 발급 등을 한 적이 없으며 인력관리만 하고 있다고 진술하였다.

(나) 쟁점업체들의 매출(입)처와 실질적으로 인력을 공급한 OOO, OOO, 청구법인의 모든 업무는 최영주가 관리하였다.

1) 터미널사는 청구법인과 용역공급계약을 체결함에 따라 청구법인에게 사전에 약정된 임금을 지급하였고, 청구법인과 쟁점업체들은 용역공급계약도 체결하지 않은 채, 실사주 OOO가 지시하는대로 매출·매입액을 OOO 사무실의 경리담당(OOO)이 세금계산서를 수수하면 이를 주고 받았다.

2) 터미널사에 대한 용역공급은 청구법인이 전부 위탁받은 것이고, OOO에 진술에 따르면 청구법인이 터미널운용사에 공급한 인력의 관리는 직원 1명이 자신의 할당 인력만 관리하는 방식으로 운영되었다.

3) 쟁점업체들의 인력배치는 OOO가 지시하여 실질적으로 인력을 공급한 OOO, OOO, 청구법인의 근로자들의 근무기간과 각 법인의 총 근로인원을 조정하고 있고, 인력배치가 완료되면 그 인원내역을 바탕으로 세금계산서를 발급한다고 진술하였다.

4) 청구법인은 원도급자인 OOO 주식회사등과 계약하였으나, 청구법인이 인력을 공급받은 명목으로 세금계산서를 수취한 쟁점업체들중에는 OOO기사들이 작업현장인 신항에 출입한 기록이 없는 경우도 있다. 이는 OOO가 인력배치를 임의분산하여 가공세금계산서를 발급ㆍ수취한 사실을 뒷받침하고 있는 것이다.

5) OOO는 쟁점업체들간의 거래, 즉 2차 인력공급업체간 거래는 발생할 수 없는 구조이나, 이들 법인간 소득이 편차가 있어 이를 조정하기 위해 쟁점업체들간 세금계산서를 주고받게 하였다고 진술하였다. 이는 쟁점업체들이 실제 인력공급이 아닌 OOO가 임의적이고 작위적으로 세금계산서를 발급 및 수취하도록 지시하였음을 알 수 있다.

6) 청구법인이 쟁점거래와 관련된 업무를 신항 터미널사에 제공하였음에도 쟁점업체들로부터 외주용역을 제공받은 것처럼 가장하기 위하여 모든 업무를 인위적으로 꾸민 것에 불과한 바, 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당한다. 즉 쟁점업체들의 법인격을 부인하는 것이 아니라 실제 용역을 제공한 사실이 없기 때문에 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당한다.

(다) 청구법인의 경우 원도급자인 터미널 운용사에서 하도급 양도와 관련하여 승인한 사실이 없고, 청구법인은 쟁점업체들과의 하도급계약서를 제출한 사실이 없으므로, 청구법인과 쟁점업체들간 거래는 정상거래라고 볼 수 없다.

(라) 쟁점업체들은 명목상 법률관계를 형성하는 사업체에 불과하다.

1) 쟁점업체들은 정상적인 사업활동이 아닌 OOO기사의 4대보험 등의 과소납부, 사업독점에 따른 대외인식의 부담 등을 경감시키기 위한 목적으로 설립되었다. 이에 따라 OOO가 경영 및 총괄하고 있는 20여개 법인내 근로자의 근무기간 및 각 법인의 총 근로인력을 조정하는 방법 등을 통해 세금계산서를 수수한 도관 역할만 하였을 뿐, 각 법인의 대표자가 대표이사로서 경영전반에 관한 의사결정을 행사한 사실이 없다.

2)　쟁점업체들의 대표자 진술에 따르면 OOO가 지시하는대로 근태 및 사고업무 등 관리업무만 한 것으로 확인되고, 이들 일용 OOO기사들의 정규직 전환을 막기 위해 주기적으로 OOO기사의 소속회사만 변경할 목적으로 쟁점업체들을 설립한 것으로 확인된다.

3) 이는 쟁점업체들이 명목상 법률관계를 형성하는 사업체에 불과한 것으로 실제 재화를 공급받거나 공급한 자로 볼 수 없는 점 등으로 미루어 보아 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당한다.

(3) 실사주인 OOO가 자금을 횡령하기 위해 청구법인과 쟁점업체들간 매출·매입거래를 가장하여 자금을 이체하고 가공세금계산서를 발급·수취하였다.

(가) 실사업주인 OOO는 쟁점업체들을 이용하여 일용직 노무독점권을 대가로 허위용역비 등을 계상하여 법인자금을 횡령한 범죄사실로 징역 3년에 추징금 OOO원을 선고받았다. OOO는 100인이상 고용 사업장인 경우 장애인 부담금 증가, 정규직 전환(2년이상 고용) 및 독점으로 사업을 영위한다는 대외 인식에 대한 부담감으로 여러 법인을 설립하여 1년간 운영 후 폐업하였다고 진술하였다.

(나) 청구법인의 명의상 대표자인 OOO은 OOO의 업무상횡령을 방조하였다는 사실로 형사판결에서 징역1년(집행유예)을 선고 받았다. 조사 당시 청구법인 관련서류는 실사주 OOO 구속으로 검찰 압수로 보관자료가 없었고, OOO은 OOO의 위임으로 터미널사와의 계약, 현장인력에 대한 노무관리는 맡고 있지만 자금집행과 회계관련 업무는 모두 OOO의 권한이고 실질적인 경영 전반에 대한 의사결정은 최영주가 하였다고 진술하였다.

(다) 관련 형사 2심 판결문에서도 OOO가 설립한 쟁점업체들을 페이퍼컴퍼니라고 표현하고 있고, 청구법인이 터미널사로부터 지급받은 급여 중 쟁점업체들을 통해서 일용노무자들에게 급여를 지급하고 남은 수익금은 관련 법인들과 허위 세금계산서를 발급하여 가수금으로 조정하였다고 기재하고 있다.

(라) 또한 위 판결문상 OOO 소속 OOO의 진술에 따르면, OOO가 OOO에게 회사 자료를 폐기하라고 지시하였고, 2016년 OOO 관련 법인 7개와의 거래, 2017년 OOO와 관련 법인 6개와의 거래에 대해 계약서를 소급하여 작성하도록 지시하였으나 하지 못했다고 진술하였으며, 터미널사와 계약을 체결하고 인력공급을 하는 회사는 북항에 OOO, 신항에 청구법인뿐이며, 쟁점업체들은 ‘실제로 불필요한 법인’이라고 진술하였다.

(마) 청구법인은 터미널사로부터 임금을 지급받으면, 페이퍼컴퍼니들 중 두 개의 법인을 이용하여 하나의 법인은 최저임금만 지급하고, 나머지 법인(2017년 OOO, OOO, 2018년 OOO, OOO)을 이용하여 나머지 임금을 일용금으로 처리하여 자금이동에 대한 형식적인 외관을 만들기 위해 쟁점업체로부터 가공의 세금계산서를 수취한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점거래와 관련된 용역을 청구법인이 제공한 것으로 보아 청구법인이 쟁점업체로부터 수취한 쟁점①세금계산서상 매입세액을 부인하고, 쟁점업체가 제3자에게 발급한 쟁점②세금계산서상 공급가액을 청구법인의 매출에 가산하여 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

(2) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것)

제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

(3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것)

제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

(4) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제76조【가산세】⑦ 납세지 관할 세무서장은 제120조, 제120조의2 또는

「소득세법」 제164조

, 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

1. 해당 지급명세서를 그 기한까지 제출하지 아니한 경우 : 제출하지 아니한 분의 지급금액의 100분의 1(제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 1천분의 5로 한다)

(5) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 등이 수수한 세금계산서의 내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인이 쟁점업체들로부터 수취한 쟁점①세금계산서의 내역은 OOO와 같고, 쟁점업체들이 OOO 등에 발급한 쟁점②세금계산서는 OOO과 같으며, 청구법인이 쟁점업체들에게 발급한 세금계산서는 OOO와 같다.

OOO

OOO

OOO (나) 조사청이 사업연도별로 손금불산입한 금액(청구법인의 비용에서 부인) 및 손금산입(쟁점업체들의 비용을 청구법인의 비용으로 인정)한 금액은 OOO와 같다.

OOO

(다) 청구법인과 쟁점업체들은 2016사업연도부터 2018사업연도까지 법인세와 부가가치세를 신고·납부하여 왔고, 체납한 사실이 없다.

(2) 청구법인은 매월말 기준으로 공급한 기사들의 명단과 일수를 OOO로부터 받아 이를 정산하여 터미널사에게 세금계산서를 청구하고 대금을 수령하였는데, 조사청은 청구법인의 터미널사에 대한 OOO기사 공급에 대한 매출을 부인한 내역은 없으나,

청구법인과 쟁점업체들간의 쟁점거래는 신항만에 직접 용역을 제공한 당사자가 청구법인이며, 청구법인이 쟁점업체들로부터 용역을 제공받아 터미널사에 용역을 제공한 것이 아닌 것으로 보아 이 건 처분을 하였으며, 그 근거로 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인 및 쟁점업체들의 개업일 등의 내역은 OOO과 같고, 아래 업체들은 발급IP, 랜카드번호, CPU 고유번호 저장매체 번호가 모두 동일한 것으로 나타난다.

OOO

OOO

(나) 청구법인은 쟁점업체들에 필요한 경비를 입금한 후 쟁점업체들에서 납부하거나, 쟁점업체들의 통장을 한곳에서 관리하였다며 통장거래내역을 제시하였다.

OOO

(다) OOO는 매년 근로자의 근무기간 및 각 업체별 근무인원을 고려하여 임의적으로 인력분산을 지시한다고 진술하였다며 2018년 월별 상용근로자 지급명세서 및 최영주 등의 문답서를 제출하였다.

OOO

OOO

OOO

OOO

(라) 일용 OOO기사의 근로계약서에는 어느 회사와 계약했는지 알 수 없게 회사명을 공란으로 처리한 사실이 확인된다며 일용근로계약서를 제출하였다.

(마) 청구법인은 원도급자인 OOO와 계약을 체결하였고, 신항에서 OOO기사 파견업무를 담당한 업체임에도, 하도급 명목으로 쟁점세금계산서를 발급한 쟁점업체들 소속의 근로자 중에는 상당수가 북항에 출입한 기록이 있거나, 신항에 출입한 기록이 없는 경우가 있다며 쟁점업체들 소속 근로자의 항만 출입기록을 제출하였다. 특히 쟁점업체들 중 OOO의 경우에는 소속근로자 전체가 신항 출입기록이 전무한데, 이와 같이 OOO의 지시에 따라 쟁점업체들을 임의로 설립하여 실제 용역제공여부와 관계없이 세금계산서를 허위로 수수하면서 근로자를 인위적으로 배분하였다는 의견이다.

OOO

(바) 터미널사는 청구법인에게 인력공급의 하도급을 승인한 사실이 없다며 거래사실 조회요구서에 대한 회신을 제출하였고, OOO와 청구법인이 2018.7.20. 작성한 “OOO OOO 운영 도급계약서, 2018.7.20.” 제13조 제2항에는 수급인은 본 계약 업무의 수행에 있어 업무의 일부 또는 전부를 도급인의 동의없이 제3자에게 하도급할 수 없다“라고 기재되어 있다.

OOO

(사) 조사청은 이 건 사실관계를 확인할 수 있다며 실사주 OOO의 횡령 등의 혐의에 대한 판결문을 제출하였고, OOO는 2019.7.26. OOO지방법원으로부터 횡령 등의 혐의로 징역 3년과 OOO원을 추징금을 선고받았으며, 2020.5.14. 대법원에서 최종확정되었다.

형사 2심 판결문에 따르면 “OOO가 피해자 회사들의 자금을 피고인이 운영하는 다른 회사들에 대한 허위 세금계산서에 기한 외상매출금 등의 명목으로 이체한 후 또다시 다른 법인에 가수금 등 명목으로 현금을 입금하여 비자금을 조성하였다”는 내용과 “쟁점업체들간 이익조정을 위해 세금계산서를 수수하였다”는 내용이 기재되어 있고, 한편 OOO는 쟁점업체들이 중간법인으로 활용되면서 실체없는 회사들이라 횡령죄의 피해자가 될 수 없다는 주장을 하였으나, 피해자 법인의 수익금은 별개의 법인격을 갖는 위 피해자 회사들 소유의 자금으로 볼 수밖에 없다며 횡령죄의 피해자가 될 수 있는 것으로 판단한 것으로 나타난다.

OOO

OOO

(3) 청구법인은 독립적인 사업자의 지위를 갖추고 있는지는 인력공급업의 특성을 함께 고려하여야 하고, 쟁점세금계산서는 쟁점업체들이 청구법인과 하도급계약을 체결하거나 터미널사와 직접 계약을 체결하여 인력을 공급함에 따라 발급한 적법한 세금계산서라며 다음과 같은 항변 및 관련 증빙자료를 제출하였다.

(가) 2013년경 OOO가 OOO기사를 해고한 사건을 계기로 2014년 8월경 터미널사, 항만관리회사, OOO는 OOO가 OOO기사 공급에 관한 전반적인 사항을 관리하되, OOO가 계약기간을 1년으로 정한 근로자로 고용하여 해당 근로자에 관한 임금, 4대보험 등의 업무를 전속적으로 담당하기로 합의하였다.

터미널사[OOO]와 항만관리회사[OOO]가 일용 OOO기사 공급에 관하여 합의한 “OOO 일용근로자 공급 합의서, 2014년”에 기재된 내역은 다음과 같다.

OOO

(나) 위 합의에 따라 OOO 신항에서 항만관리회사의 역할을 하기 위하여 OOO 북항에서 OOO를 설립하여 동일한 업무를 영위하던 OOO가 2015.10.26. OOO의 명의를 빌려 인력공급업을 주된 목적사업으로 하여 청구법인을 설립하였다.

(다) 청구법인이 제출한 자료에 따른 쟁점거래의 흐름 및 내역은 다음과 같다.

OOO

1) 청구법인과 터미널사간, 청구법인과 쟁점업체들간, 쟁점업체들과 터미널사간의 체결된 계약서라며 아래의 계약서를 제출하였고, 쟁점업체들은 자신의 명의와 계산 아래 독립적으로 별도의 당사자로서 계약을 체결하여 인력을 공급하여 왔다고 주장한다.

OOO

2) 쟁점업체가 소속 일용 OOO기사에게 지급한 급여 및 건강보험 신고내역 예시

OOO

OOO

OOO

3) 쟁점업체들 중 OOO가 2019년 OOO과 안전관리점검에 대한 용역계약을 체결하여 정기안전점검을 받은 사실이 있다.

OOO

4) 청구법인은 쟁점업체들이 터미널사에게 용역을 직접 공급하고 발급하였다며 매출세금계산서 일부 내역을 OOO과 같이 제출하였다.

OOO

5) OOO 소속 직원이었던 OOO 및 OOO 반장 OOO 등의 사실확인서

OOO

OOO

(라) 처분청의 제시자료에 대해 청구법인의 반박은 다음과 같다.

1) 청구법인은 처분청이 제출한 쟁점업체들 소속 근로자의 항만 출입기록 자료와 관련하여 2명의 직원은 2018년 1월까지만 근무하고 퇴사한 자로(소득자별근로소득원천징수부) 자료출처가 분명하지 않고, 당시 근무직원 295명[OOO 62명, OOO 94명, OOO 91명] 2명의 출입기록만을 들어 쟁점거래가 허위거래라고 주장하는 것은 무리가 있다고 항변하였다.

2) 청구법인과 터미널사간 인력공급계약서상 하도급 여부에 대한 회신과 관련하여 OOO간의 계약서(승인없이도 하도급이 가능함)를 들어 각 계약서별로 하도급여부는 상이하고, 터미널사 승인 없어도 하도급계약은 유효하며, 다만 청구법인이 계약상 의무위반이 문제될 뿐이라며 OOO와의 도급계약서를 제출하였다.

또한 터미널사가 하도급을 승인하지 않았다는 회신과 관련하여 쟁점업체들 소속 기사가 출립한 기록 및 터미널사가 쟁점업체들로부터 직접 세금계산서를 수취하여 쟁점업체들을 인식하고 있었던 사실과 배치되는 것이라는 주장이다.

OOO

3) 청구법인은 OOO에 대한 법원의 판결은 업무상횡령에 관한 판결로 세법상의 사실관계를 판단받은 것이 아니므로 이 건 처분의 근거로 사용할 수 없고, 처분청은 관련 형사 판결문에서 “OOO와 청구법인이 터미널사로부터 지급받은 급여 중 중간회사(OOO 등)를 통해서 일용노무자들에게 급여를 지급하고 남은 수익금은 관련 법인들과 허위 세금계산서를 발급하여 가수금으로 조정하였다”고 기재된 허위 세금계산서와 일치하는 쟁점세금계산서를 제시하지 못하고 있으며, 위 판결문에서 허위라고 기재된 세금계산서는 ① 쟁점업체들간 수수한 세금계산서와 ② 청구법인이 발급한 세금계산서로 쟁점업체들이 청구법인에게 하도급대금에 관하여 발급한 쟁점세금계산서가 아님을 주장하였다.

(4) 처분청 담당자는 2021.5.20. 조세심판관회의에 출석하여 OOO와 같이 쟁점업체별(매출 OOO원 초과) 매출금액 및 항만출입이력 비교에 대해 설명하면서 신항 출입기록이 전혀 확인되지 않는 업체가 청구법인에 용역을 공급했다고 볼 수 없다는 취지의 진술을 하였고, 청구법인의 대리인은 OOO의 경우를 들어 3018년 3월 기준 지급명세서상 근무인원이 53명인데, 처분청이 제시한 기록상 3월 출입기사가 단 10명밖에 되지 않는다며, 다른 자료(터미널사의 근무일지 혹은 항만보안공사의 기사별 항만출입기록)를 통해 나머지 기사들의 출입기록이 확인되지 않는 이상 해당 자료만을 근거로 거래를 부인하는 것은 타당하지 않다는 취지로 항변하였으며,

또한 청구법인은 항만출입증을 특정 업체 소속으로 발급받으면 해당 출입증으로 유효기간 내에는 업체의 변경없이도 출입이 가능하므로 해당 출입기록에 대한 확인이 필요하다고 주장하였으나, 처분청은 해당 주장의 진위여부에 대해서는 확인하지 못했다고 답변하였다.

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 터미널사와 인력공급계약을 체결한 업체는 청구법인이고, 청구법인이 쟁점거래와 관련된 용역을 직접 제공하였음에도 쟁점업체들로부터 하도급용역을 제공받은 것으로 가장하였으므로 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라는 의견이나, 이 건 처분은 최종 터미널사에 제공된 OOO기사 매출(기사의 명단과 근로일수 인정)에 대한 부인 없이 청구법인과 쟁점업체들 간의 하도급거래를 부인함으로서 실질적으로 쟁점업체들 소속 인력을 청구법인이 공급한 것으로 보아 부가가치세 등을 과세한 점, OOO는 일용 OOO기사의 장애인고용의무 및 부담금, 정규직전환 등과 비용부담의 문제 등으로 인해 쟁점업체들을 설립하였고, 청구법인 및 쟁점업체들의 근무인원을 업체당 100명 이하로 유지하여 운영하여 왔는데, 터미널사와 합의사항을 이행하면서 지속적인 거래를 하기 위한 경제적 사정이나 불가피함이 있었던 것으로 보이고, 조세법 외 타법령의 위반은 별론으로 하더라도 조세부담을 회피할 의도가 있었다고 볼 사정은 희박해 보이는 점, 세법상 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있는 것인바(대법원 2012.1.19. 선고, 2008두8499 전원합의체 판결), 쟁점업체들은 독립된 경제주체로서 쟁점거래와 관련하여 법적계약· 형식에 따라 매입.매출거래를 정상적으로 인식하였고, 그에 따른 세법상 납세의무도 충실히 이행하였다면 납세자가 선택한 법률관계 및 법적 거래형식을 부인하고 청구법인이 공급한 인력으로 재구성하기엔 다소 무리가 있어 보이는 점, 쟁점업체들이 특수관계법인으로부터 업무수행을 지원받았다 하더라도 청구법인으로부터 용역대금을 지급받으면 쟁점업체들의 명의로 소속 일용 OOO기사에 대한 급여를 지급하고, 원천징수 및 4대보험의 가입하여 인력공급업을 영위하고 있으며, 관련 형사 판결에서도 쟁점업체들이 청구법인으로부터 용역대금을 수령한 후, 소속 일용 OOO기사의 급여를 지급한 것을 인정하여 별개의 법인격을 갖는 회사들로 판단하였는데, 이와 같이 독립된 경제주체로서 존재하는 이상 쟁점업체들 명의로 한 개별거래행위의 효력은 쟁점업체들에 귀속되는 것이 원칙이고, 인력공급업체들을 실질적으로 지배하는 사람이 OOO라는 등의 사정만으로 쟁점거래를 가공거래라고 단정하기 어려운 점, 청구법인과 쟁점업체들은 모두 동일한 OOO 소속 직원이 회계·세무업무를 담당하고, 그 실질 의사결정권도 OOO가 가지는 등 동일한 형태로 운영되므로 터미널사와 직접 계약한 당사자라는 사유만으로 쟁점업체들을 모두 부인하고 쟁점거래의 귀속을 청구법인으로 보는 것은 그 근거가 타당해 보이지 않는 점 등에 비추어 쟁점업체들의 독립적인 사업자 지위를 부인하고 쟁점거래를 가공거래로 보기는 어렵다고 판단된다.

(나) 한편 OOO 등에 대한 형사 판결에 의하면 OOO는 청구법인 및 쟁점업체들의 자금을 횡령하거나 인력공급업체들 간의 이익조정을 위해 허위의 세금계산서를 수수하였고, 청구법인이 허위 비용을 지급하여 횡령한 금액이 OOO원 상당으로 나타나는 바, 쟁점세금계산서 중 일부 허위의 비용을 계상하여 수취한 세금계산서가 포함되어 있을 것으로 보이나, 처분청은 OOO지방법원의 형사 판결문(OOO지방법원 2019.7.26. 선고 2019고합78, 2019고합277 판결) 별지 범죄일람표(4)에 기재된 내역과 일치하는 세금계산서 수취내역을 제시하지 못하고 있다.

또한 처분청이 제시한 업체별 항만출입기록에 따르면 쟁점업체들 소속 기사 중 신항 출입기록이 전혀 확인되지 않는 경우가 존재하므로 쟁점업체들이 발급한 세금계산서는 용역의 공급없이 발급된 세금계산서이거나 공급하는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당할 수 있으나, 이 건 처분은 공급된 전체 OOO기사에 대한 다툼이 없어 해당 자료만으로 용역의 공급없이 세금계산서를 수취한 것으로 보기 어려운 측면이 있고, 처분청이 제시한 출입기록상 인원이 청구법인이 당초 제출한 지급명세서상 인원과 차이가 상당하며, 청구법인이 주장하는 출입증 발급에 대한 사실확인이 되지 아니한 것으로 나타난다.

따라서 청구법인이 쟁점세금계산서 중 OOO 등에 대한 형사 판결문 별지 범죄일람표(4)에 기재된 내역을 토대로 자금횡령 또는 인력공급업체들 간의 이익조정을 위해 수취한 세금계산서가 있었는지 여부 및 인력공급업체들의 지급명세서, 터미널사의 근무일지 또는 항만보안공사의 기사별 출입기록 등을 토대로 용역의 공급없이 수취한 세금계산서이거나 공급하는 자가 사실과 다른 세금계산서가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.