조심 2017지0806 (2017.11.06)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2013.10.24. OOO내인 OOO지상에 공장용 건축물 18,387.43㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 사용승인을 받아 취득하고, 2013.12.19. 처분청에 취득할 당시 시행 중인「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항 및「경상남도 도세 감면조례」(2013.2.7. 조례 제3808호로 개정된 것, 이하 같다) 제12조의2 제5호(이하 “쟁점감면조례”이라 한다)에 따라 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 취득가액인 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등의 75%를 감면받는 대신 나머지 25%인 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 신고.납부하였다. 나. 청구법인은 2017.3.14. 처분청에 쟁점건물을 취득할 당시(2013.10.24.) 시행 중인「지방세특례제한법」부칙 제6조의 경과규정(이하 “쟁점경과규정”이라 한다) 및 신뢰보호원칙에 따라 쟁점건물에 대한 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 신고.납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.5.15. 이를 거부하는 통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 경과규정이란 기득권이나 신뢰의 보호 또는 법적 안정성의 유지 등을 위하여 구법에 따라 이루어진 행위의 효력이나 구법 규정 그 자체의 효력에 관한 특례 등을 정하고 있는 것(대법원 2013.3.28. 선고 2012재두299 판결)인바, 이러한 경과규정에 따를 경우 세법 개정시 납세의무가 성립할 당시의 세법을 적용하도록 한 법률불소급의 원칙에도 불구하고 예외적으로 납세자에게 과세요건의 성립시기를 묻지 않고 유리한 구법을 적용하여야 한다 할 것(대법원 1995.6.30. 선고 94누15387 판결, 같은 뜻임)이다. (2) 청구법인은 2013.1.1. 「지방세특례제한법」제78조 제4항의 감면기간 연장 및 경상남도가 2013.2.7. 쟁점감면조례를 신설하여 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자에 대한 감면율을 75%로 인하하기 전에 쟁점건물의 취득원인행위를 하였는바, 2013.1.1. 개정된「지방세특례제한법」부칙의 경과규정 및 신뢰보호원칙에 따라 쟁점건물의 취득세 등이 면제되어야 한다. (3) 처분청은 2013.1.1. 개정된 「지방세특례제한법」에서 취득세의 감면기한을 연장함에 따라「경상남도 도세 감면조례」에 지방세 감면율 인하규정을 신설하였고 이 조례에 경과규정이 없으므로 쟁점건물에 대하여 인하된 감면율을 적용하여야 한다는 의견이나, 신설된 조례에 경과규정을 둘 수 없는 것은 당연하고, 기존 「경상남도 도세 감면조례」에는 산업단지에 대한 취득세 등의 면제규정 자체가 존재하지 않아 “이 조례의 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”는 경과규정을 두더라도 조례 신설 이전에 취득원인행위를 한 청구법인에게도 취득세 면제규정이 적용될 수 없는 상황이었다. (4) 조세심판원은 조례보다 우선 적용되어야 하는 상위 법령인 「지방세특례제한법」이 별도의 경과규정 없이 75%로 감면율이 축소되었음에도 오히려 납세자의 신뢰보호를 위하여 조례의 경과규정을 적용하여 지방세를 면제하도록 결정(조심 2016지34, 2016.11.30.)한바 있다. 위의 결정은「경기도 도세 감면조례」가 100% 감면규정을 삭제하면서 경과규정을 두고, 조례보다 우선 적용되어야 하는 상위법인 「지방세특례제한법」에서 별도의 경과규정 없이 75%의 감면율로 축소되어 신설된 경우로서, 납세자가 조례의 규정이 삭제되기 전에 취득원인행위를 하였으므로「지방세특례제한법」의 축소된 감면율에도 불구하고 납세자의 신뢰보호를 위하여 조례의 경과규정에 따라 취득세를 면제하도록 한 사례이다. 청구법인은 2013.1.1. 개정된 「지방세특례제한법」에서 감면기한을 연장하면서 경과규정을 두었고, 이를 근거로 「경상남도 도세 감면조례」에서 별도의 경과규정 없이 감면율이 75%로 축소되어 신설된 경우로서, 「지방세특례제한법」상의 산업단지에 대한 취득세 등의 감면기간의 연장 이전에 취득원인행위를 하여 조례에 따른 축소된 감면율 신설에도 불구하고「지방세특례제한법」의 경과규정에 따라 취득세가 면제되어야 한다. (5) 청구법인은 2013.1.1. 「지방세특례제한법」제78조 가 개정되어 감면기한이 연장되기 전에 취득원인행위를 한 납세자는 경과규정에 의하여 신뢰가 보호되어야 하지만, 2013.1.1. 이후에 취득원인행위를 한 납세자는 당연히 신설된 조례에 따른 지방세 감면율이 적용되어야 한다는 주장으로 조례 개정에 따른 감면율의 인하규정 자체를 부인하는 것은 아니다. 나. 처분청 의견 (1) 지방세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위해 특별히 경과규정을 두어 납세자에게 유리한 종전의 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 종전의 조례를 적용해야 할 것이나, 개정 조례에서 종전의 규정을 개정 조례의 시행 이후에도 계속 적용한다는 경과규정이 없다면 법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용해야 할 것이고 이는 구 조례가 실효되고 이를 대체한 새로운 조례가 제정된 경우에도 같다고 할 것(대법원 2010.11.11. 선고 2008두5773호 판결, 같은 뜻임)이다. 청구법인이 제시한 조세심판원 결정(조심 2016지34, 조심 2016지458 등)은 종전부터 해당 지방자치단체의 조례에 따라 감면을 적용하던 것을 조례의 개정을 통하여 해당 규정을 삭제하여 감면자체를 배제한 것이고, 이 부분에 대하여 해당 지방자치단체는 조례의 개정시 부칙에 일반적 경과규정을 두어 해당 사건은 신뢰보호를 위하여 부칙의 경과규정을 적용하여야 한다는 결정이며, 쟁점감면조례는 「지방세특례제한법」제97조의2 (지방자치단체의 감면율 자율 조정)에 따라 조례개정을 통하여 감면율을 조정한 것으로 종전에 조례에 따라 적용하던 감면을 배제하는 기존 사례와 다르며, 쟁점감면조례는 조례의 개정시 부칙에 일반적 경과규정이 없어 이 조례의 내용은 시행일인 2013.2.7.부터 납세의무가 발생하는 부분부터 적용하는 것이 타당하다. (2) 「지방세특례제한법」제78조 의 일몰기한(2012.12.31.)이 도래됨에 따라, 2013.1.1. 「지방세특례제한법」제78조 가 개정되어 위 규정의 감면기한이 2014.12.31.까지로 연장되었고, 경상남도는 같은 법 제97조의2에 따라 적법하게 「경상남도 도세 감면조례」를 개정하여 감면율을 100분의 50의 범위 내인 75%로 변경하였다. 청구법인이 쟁점건물을 취득(2013.10.24.)하기 이전에 이미 쟁점감면조례가 2013.2.7. 개정되어 시행되고 있었고, 동 조례 부칙에서 “조례 시행 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.”고 규정하고 있었으며, 별도의 경과규정이 없으므로 쟁점건물의 취득세 등은 납세의무가 성립한 당시의 감면규정에 따른 감면율(75%)을 적용하는 것이 타당하다. (3) 경상남도는 조례개정을 위하여 관계기관 사전협의, 입법예고, 의회의 의결 등의 모든 적법한 절차를 갖추었음에도 불구하고, 공포.시행되고 있는 조례를 따르지 않고 무조건 일반적 경과규정을 적용하여야 한다면 「지방세특례제한법」제97조의2 의 규정은 유명무실한 규정이 될 수밖에 없을 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점건물의 취득세 등은「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 부칙의 경과규정 및 신뢰보호원칙을 적용하여 100% 면제되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2013.10.24. OOO내인 OOO지상에 쟁점건물을 신축하여 사용승인을 받아 취득하였다. (나) 청구법인은 2013.12.19. 처분청에 쟁점건물을「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 「경상남도 도세 감면조례」제12조의2 제5호(쟁점감면조례)에 따른 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 75%를 감면받고, 나머지 25%에 해당하는 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 신고.납부하였다. (다) 청구법인은 2017.3.14. 처분청에 쟁점건물을 취득할 당시(2013.10.24.)에 시행 중인「지방세특례제한법」부칙의 경과규정(쟁점경과규정) 및 신뢰보호원칙에 따라 쟁점건물에 대한 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 신고.납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.5.15. 이를 거부하는 통지를 하였다. (라) 청구법인이 산업단지 내에 소재한 쟁점건물의 취득을 위한 원인행위(2012.4.24. 건축허가, 2012.9.27. 착공 등)를 하던 당시의 「경상남도 도세 감면조례」에는 산업단지 내에 소재한 산업용 건축물의 취득에 관한 감면규정이 없었으므로 동 건축물은「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따라 취득세 등이 면제되었다. (마)「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 이 2013.1.1. 개정되면서 제78조 제4항에 따른 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면율(면제)은 그대로 유지되었고, 감면기한만 2014.12.31.까지로 연장되었으며, 같은 법 제97조의2 제1항은 개정되지 않았다. (바) 경상남도는 2013.2.7. 2013.1.1. 위 개정 법률이 시행됨에 따라「경상남도 도세 감면조례」를 개정하여 쟁점감면규정을 신설하였고, 이에 따라 쟁점건물과 같은 산업단지 내에서 공장용 건축물을 건축하는 경우 감면율이 전액 면제에서 75%로 인하되었으나, 동 조례의 부칙에서 이에 관한 경과규정을 두지 않았고 부칙 제3조에서 적용례를 두어 “조례의 시행일 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.”고 규정하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제78조 제4항에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제97조의2 제1항에서 지방자치단체는 이 법에 따른 지방세 감면 중 감면기한이 연장되는 경우에는 지방자치단체의 재정 여건, 감면대상자의 조세부담능력 등을 고려하여 해당 조에 따른 지방세 감면율을 100분의 50의 범위에서 조례로 인하하여 조정할 수 있다고 규정하고 있다. 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제6조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 또한「경상남도 도세 감면조례」제12조의2에서 「지방세특례제한법」제97조의2 제1항에 따라 지방세 감면율을 인하하는 대상과 그에 따른 감면율의 적용은 다음 각 호의 구분에 따른다고 규정하면서, 그 제5호에서 「지방세특례제한법」제78조 제1항.제2항.제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경우에는 각각 취득세의 100분의 75를 2014년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조례 부칙 제3조에서 제12조의2의 개정규정은 이 조례 시행(2013.2.7.) 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있다. 청구법인은 2013.10.24. 산업단지 내에서 산업용 건축물인 쟁점건물을 건축하여 취득하였으므로 취득세 등은 특별한 사정이 없는 한 당시 시행 중인「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항 및「경상남도 도세 감면조례」제12조의2 제5호를 적용하여 75% 감면대상으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인은 쟁점건물 취득세 등이「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 부칙 제6조의 경과규정에 따라 면제되어야 하고, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 유리한 종전 규정을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 이를 적용하여야 할 것(대법원 1995.6.30. 선고 94누15387 판결 등 다수, 같은 뜻임)이라고 주장하나, 개정된 법령 등에 경과규정이 없다면 법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 할 것인바, 쟁점건물의 취득세 등이 75% 감면대상이 된 것은 같은 법 제78조 제4항이 개정된 때문이 아니므로 동 경과규정을 적용할 수 없고, 2013.2.7. 신설된 「경상남도 도세 감면조례」제12조의2 제5호에 따른 것이나 동 부칙에는 경과규정이 없으며 이 경우 납세의무가 성립할 당시에 시행 중인 조례가 적용되어야 하므로 결국 쟁점건물의 취득세 등이 면제대상인 것으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 2012.9.27. 쟁점건물을 착공할 당시 시행 중인 지방세 관련 법령에는 취득세 등이 면제되도록 규정하고 있어 장차 동 건물을 신축하여 취득할 경우에도 면제될 것으로 신뢰하였으므로 이 건 거부처분은 신뢰보호원칙에 위배된다고 주장하나, 쟁점건물을 착공할 당시에 시행 중인「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어 2013.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있는 상황이어서 청구법인이 그 후에 쟁점건물을 취득한다 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 이 건 거부처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 2013.10.24. 취득한 쟁점건물에 대한 취득세가 취득할 당시에 시행 중인「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조 제4항 및「경상남도 도세 감면조례」제12조의2 제5호 등에 따라 75% 감면대상인 것으로 보아 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 기본법」제96조 제4항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세특례제한법 (2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 1. 대상 지역 가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 2. 감면 내용 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 제97조의 2(지방자치단체의 감면율 자율 조정) ① 지방자치단체는 이 법에 따른 지방세 감면 중 감면기한이 연장되는 경우에는 지방자치단체의 재정 여건, 감면대상자의 조세부담능력 등을 고려하여 해당 조에 따른 지방세 감면율을 100분의 50의 범위에서 조례로 인하하여 조정할 수 있다. 이 경우 면제는 감면율 100분의 100에 해당하는 것으로 본다. 부칙〈2011.12.31.〉 제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. (2) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 2. 감면 내용 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 제97조의2(지방자치단체의 감면율 자율 조정) ① 지방자치단체는 이 법에 따른 지방세 감면 중 감면기한이 연장되는 경우에는 지방자치단체의 재정 여건, 감면대상자의 조세부담능력 등을 고려하여 해당 조에 따른 지방세 감면율을 100분의 50의 범위에서 조례로 인하하여 조정할 수 있다. 이 경우 면제는 감면율 100분의 100에 해당하는 것으로 본다. 부칙 〈2013.1.1.〉 제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다. 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. (3) 경상남도 도세감면조례 (2013.2.7. 조례 제3808호로 개정된 것) 제12조의2(지방세특례제한법의 감면기한 연장에 따른 지방세 감면율 인하) 「지방세특례제한법」제97조의2 제1항에 따라 지방세 감면율을 인하하는 대상과 그에 따른 감면율의 적용은 다음 각 호의 구분에 따른다. 5. 「지방세특례제한법」제78조 제1항.제2항.제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경우에는 각각 취득세의 100분의 75를 2014년 12월 31일까지 경감한다.〈본조 신설 2013.2.7.〉 부 칙〈2013.2.7.〉 제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다. 제3조(지방세 감면율 인하에 관한 적용례) 제12조의2의 개정규정은 이 조례 시행 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.