조심 2021부1431 (2021.05.20)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.5.30. OOO에서 개업하여 부동산임대업을 영위(2020.1.20. 폐업)한 사업자로 같은 주소 토지 169m²(이하 “쟁점토지”라 한다)와 같은 주소 지상 건물 199.62m²(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2019.7.18. OOO(이하 “양수인”이라 한다)에 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고, 2020.1.23. 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 처분청은 OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)의 청구인에 대한 양도소득세 조사결과를 통보받아 청구인이 쟁점건물의 양도에 대한 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도가액 OOO원을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분하여 산출된 OOO원을 쟁점건물의 부가가치세 공급가액으로 하여 2020.10.8. 청구인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.11.23. 이의신청을 거쳐 2021.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산 소재지에서 임대업을 영위하다가 세입자들이 모두 전출하고 더 이상 임대업을 영위하지 않게 된 2020.1.19.에 실질적으로 폐업하였으므로 폐업 이후 「부가가치세법」상 사업자가 아닌 상태에서 쟁점부동산을 양도한 것이므로 이를 재화의 공급으로 보아 과세한 처분은 위법하고, 쟁점건물은

「부가가치세법」 제10조

제6항의 폐업시 잔존재화의 자가공급으로 보아야 한다.

「부가가치세법」 제5조

제3항은 ‘폐업일의 기준은 대통령령으로 정한다.’라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제7조 제1항 제3호 및 국세청 「부가가치세법 집행기준」 5-7-1은 폐업일을 ‘사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 폐업신고서의 접수일’로 규정하고 있으며, 국세청 심사결정(국심 2000중719, 2000.7.18.)에서도 ‘부동산 임대업에 있어서 폐업이란 세입자가 전혀 없는 공가 상태로서 임대업을 하지 않는 경우와 매매계약체결로 소유권이 이전되는 날이

「부가가치세법 시행령」 제7조

에 규정하는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 보아야 한다.’라고 해석하고 있다.

(2) 쟁점부동산은 매매계약 체결 당시 건물 철거가 예정되어 있었고, 이후 실제로 철거되어 현재 아파트신축공사가 진행중이므로 매매계약서, 양수인의 취득건물 사용여부, 철거현황 등을 종합하여 고려하면, 매매계약서에 구분 표시된 건물의 가액을 “OOO”원으로 한 것은 정상적인 거래이고, 처분청이

「부가가치세법」 제29조

제9항을 적용하여 토지.건물 등의 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 나는 경우에 해당하는 것으로 보아 거래의 실질을 감안하지 않고 과세한 이 건 처분은 부당하다.

또한 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의

「부가가치세법」 제29조

제9항은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하고, 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’라고 규정하여 계약서에 면세되는 토지부분의 가액을 부당하게 고가로 명시하고 과세되는 건물가액을 심히 저가로 명시한 경우 이를 실지거래가액으로 인정할 것인지 여부 등에 대한 문제점을 안고 있었다.

이에 따라 「부가가치세법」(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조 제9항 제2호를 신설하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하였는바, 위 개정규정의 입법취지는 사업자가 일반적이고 통상적인 부동산 공급의 경우임에도 면세되는 토지부분의 가액을 부당하게 고가로 명시하고 과세되는 건물가액을 심히 저가로 명시한 경우에는 종전규정으로는 안분계산 여부의 판단에 어려움이 있었으므로 신설된

「부가가치세법」 제29조

제9항 제2호를 적용하여 안분계산을 한다는 것이고, 실질적인 폐업을 하고 이미 사업자가 아닌 상태에서 쟁점건물을 양도한 청구인의 경우 폐업 시 잔존재화의 자가공급으로 보아야 하며, 계약서에 구분 표시된 건물가액 “OOO”원은 정상적인 거래이므로 처분청의 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인의 폐업신고서상 폐업일은 2020.1.20., 쟁점부동산 매매계약일은 2019.7.18., 소유권이전등기일은 2020.1.23.인바, 계약금을 받기로 한 날(2019.7.18.)의 다음날부터 재화를 인도하는 날(2020.1.23.)까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가(중도금, 잔금)를 분할하여 받는 경우는 중간지급조건부 재화의 공급에 해당하므로, 폐업일 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후 도래하는 경우로서 그 폐업일에 당해 재화를 공급한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 재화의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것을 말하고, 여기서 재화란 재산적 가치가 있는 물건과 권리를 말하는바, 정상적인 상황에서 재화의 공급이 있는 경우 그 재화의 재산적 가치에 상응하는 대가의 수수가 이뤄지는 것이 일반적이라 할 수 있고, 현행 「부가가치세법」은 그 수수한 대가를 과세표준으로 삼고 있으므로 단순히 양수자의 입장에서 사용가치가 없다는 사정만으로 재화의 공급으로 볼 수 없다는 청구인의 주장은 「부가가치세법」의 일반원리 및 공평과세에도 어긋난다.

(나) 청구인은 2001년 2월 쟁점건물을 신축하여 2020년 1월까지 임대업을 하면서 폐업 시까지 1.2층을 임대하여 식당으로 사용한 점을 감안하면 건물가액을 없는 것으로 볼 이유는 없고, 쟁점부동산 등기부등본상 양수인에게 소유권이전된 후 멸실된 점에서 소유권 이전 당시 쟁점건물 가치가 없다고 볼 수는 없다.

또한 청구인은 당초 양수인과 매매계약 체결 당시 쟁점건물에 대한 부가가치세가 부과될 경우를 대비하여 부가가치세 발생 시 양수인이 부담하기로 합의하였고, 부가가치세 고지 시점에 양수인과 부가가치세 문제 협의 중에 있었던 점, 매매계약서상 ‘매도인은 잔금일 이전에 임차인(1,2층)을 명도하며, 1층 임차인 명도비용 OOO원 중 OOO원은 양수인이 부담한다.’라는 특약사항이 있는 점 등에서 쟁점건물이 노후화되었거나 하자가 심하여 건물의 기능을 거의 상실하였다고 볼 수도 없다.

따라서

「부가가치세법 시행령」 제28조

제9항에 따라 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후 도래하는 경우에는 그 폐업일에 당해 재화를 공급한 것으로 보아야 하고, 같은 조 제3항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제18조 제1호에 따라 계약금을 받기로 한 날(2019.7.18.)의 다음날부터 재화를 인도하는 날(2020.1.23.)까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가(중도금, 잔금)를 분할하여 받는 경우는 중간지급조건부 재화의 공급에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(2) 2018.12.31. 「부가가치세법」 개정에 따라 2019.1.1.이후 재화를 공급하는 분부터 토지.건물 등의 가액구분이 불분명한 경우와 실지거래가액으로 구분한 토지.건물 등의 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 금액과 30%이상 차이가 나는 경우 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 변경되었는바, 2020.1.23. 양도된 쟁점부동산에 대해서는 위 규정에 따라 기준시가에 의해 안분계산한 금액을 공급가액으로 하여야 한다.

청구인이 제시한 판례(대법원 1996.8.23. 선고 94누15424 판결) 및 조세심판원 결정례(조심 2019서983, 2019.7.24. 등)는 토지와 건물을 일괄양도하면서 철거가 예정된 건물가액을 “OOO”원으로 하여 거래한 후 실제 철거가 이루어진 경우로서 이 건에 적용할 수 없는 것으로 보이고, 청구인은 이 건 양도소득세 신고 시 양도가액을 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 각각 안분계산하여 신고하였고, 2019년 귀속 종합소득세 신고 시 장부가액으로 쟁점토지를 OOO원으로, 쟁점건물을 OOO원으로 구분한 점에서 쟁점건물 양도가액이 “OOO”원이라는 청구주장은 부당하고, 2020.1.23. 양도된 쟁점부동산에 대하여 2018.12.31. 개정된

「부가가치세법」 제29조

제9항 제2호에 의하여 기준시가에 의해 안분계산한 금액을 공급가액으로 하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점건물의 양도는 폐업시 잔존재화의 자가공급에 해당한다는 청구주장의 당부

② 쟁점건물의 공급가액을 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고한 가액과 동일하게 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것)

제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제10조【재화 공급의 특례】⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

부칙

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

(2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것)

제7조【폐업일의 기준】① 법 제5조 제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다.

3. 제1호 및 제2호 외의 경우: 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조제1항에 따른 폐업신고서의 접수일

제28조【구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기】③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에도 불구하고 사업자가 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한

「소득세법」 제99조

에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. (단서 생략)

(3) 부가가치세법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제718호로 개정된 것)

제18조【중간지급조건부 재화의 공급】영 제28조 제3항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

(4) 소득세법

제100조【양도차익의 산정】② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청이 발급(2020.1.23.)한 폐업사실증명에 의하면, 청구인은 2001.5.30. 쟁점부동산 소재지에서 개업하여 부동산 임대업을 영위한 사업자OOO로 폐업일은 2020.1.20.이고, 처분청이 폐업신고를 접수한 일시는 2020.1.22.로 나타난다.

(나) 청구인은 2019.7.18. 양수인과 계약금 OOO원[계약 시(2019.7.18.) 지불], 중도금 OOO원(2019.7.18. 지불), 잔금 OOO원(2020.1.23. 지불) 합계 OOO원을 지급받는 쟁점부동산 매매계약을 체결하였고 매매계약서 주요 내용은 아래와 같다.

(다) 쟁점부동산 양수인의 건축물철거.멸실신고서 제출(2020.2.17.)에 따라 OOO은 2020.2.19. 쟁점부동산 건축물 철거.멸실신고 필증(철거일자 : 2020.2.25.∼2020.5.31.)을 교부하였다.

(라) 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 제출한 양도소득세 신고서상 쟁점건물 및 토지의 거래가액은 아래 ＜표＞와 같고, 이에 대해 과세관청이 경정한 내역은 없는 것으로 확인된다.

＜표＞ 청구인의 양도소득세 신고 내역

(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 조사청 조사종결보고서(2020년 8월)에 의하면, 청구인의 부동산임대업 폐업일은 2020.1.20.이고, 쟁점건물 소유권이전등기일은 2020.1.23.이며 쟁점부동산 매매계약일은 2019.7.18.로서 청구인이 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후 도래한 경우 재화의 공급으로 보아 부가가치세 과세자료를 파생하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점부동산의 양도가액 OOO원을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분하여 산출한 쟁점건물의 양도가액 OOO원을 부가가치세 공급가액으로 하여 2020.9.15. 청구인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO을 경정.고지하였다.

(나) 청구인은 2020.7.29. 조사청에 “청구인은 쟁점부동산 양도와 관련하여 양도 당시 쟁점건물 1층 임차인 OOO에게 명도비용으로 총 OOO원을 쟁점건물 양수인과 각각 절반씩 지급하기로 하고, 2019.7.18. OOO원, 2019.10.30. OOO원을 OOO 계좌로 이체하였다.”라는 내용의 확인서를 제출하였다.

(다) 청구인이 2020.5.27. 조사청에 제출한 2019년 귀속 종합소득세 신고서 표준재무상태표에 의하면, 청구인은 쟁점부동산 자산가액을 토지 OOO원(81.2%), 건물 OOO원(18.8%)으로 구분하여 기재한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①.②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 양수인과 체결한 매매계약서를 근거로 쟁점건물의 양도가액은 “OOO원”이고, 쟁점건물의 양도는 폐업 시 잔존재화의 자가공급에 해당한다고 주장하나,

청구인이 2019년 귀속 종합소득세 신고 시 장부가액으로 쟁점토지를 OOO원으로, 쟁점건물을 OOO원으로 구분하여 기재하였고, 쟁점부동산 매매계약 체결 당시 쟁점건물의 기준시가는 OOO원인 점을 고려할 때 쟁점건물은 상당한 재산적 가치가 있는 것으로 보이는 점, 쟁점부동산 매매계약 체결 시 건물이 반드시 철거될 예정이었다고 하여 그 가액이 “OOO원”이라거나 그 경제적 가치가 고려될 필요가 없었다고 단정하기는 어려운 점(조심 2013중1563, 2013.7.12. 참조), 양수인이 주택건설사업을 목적으로 쟁점부동산을 매수한다는 개별 사정을 감안하여 “OOO원”으로 산정한 쟁점건물의 양도가액이 합리적인 기준에 의하여 산정되었다고 보기 어렵고, 청구인이 이 건 양도소득세 신고 시 양도가액을 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 기준시가로 각각 안분계산하여 신고한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 그 공급가액을 쟁점부동산에 대한 청구인의 양도소득세 신고가액과 동일하게 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.