조심 2020서2875 (2021.05.24)

OOO세무서장이 2020.5.11. 청구법인에게 한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2018.11.30. OOO에게 양도한 OOO 건물의 공급가액(OOO원)을 과세대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1999.2.2. 설립되어 체육시설 및 그 부대시설 운영업, 부동산 개발 및 임대업 등을 영위하는 법인이다. 나. 청구법인이 소유한 OOO(이하 “OOO”이라 한다)와 토지(이하 “OOO”라 하며, 쟁점건물과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)가 재건축 대상에 포함되자, OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2013.8.27. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “OOO”이라 한다) 제39조에 따라 청구법인에게 쟁점부동산을 매도할 것을 청구하였으나, 청구법인이 매도를 거부함에 따라 청구법인을 상대로 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기 청구소송을 제기하였고, 이에 대하여 법원은 조합이 행사한 매도청구권의 효과가 2013.8.27.자로 발생하여 쟁점부동산의 당시 시가인 OOO원(운동시설로 재건축될 것을 전제로 한 개발이익을 반영한 금액)을 매매대금으로 한 매매계약이 조합과 청구법인 간에 성립되었으므로 청구법인은 조합에게 쟁점부동산을 인도할 의무가 있다는 취지의 판결을 하였다. 다. 이에 청구법인은 2018.10.31. 쟁점부동산을 조합에게 쟁점건물가액 OOO원, 쟁점토지가액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점부동산가액”이라 한다)에 매각하는 계약을 체결하면서, 이 매매거래가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우로 보아 「부가가치세법 시행령」제18조 제3항 제3호에 따라 부가가치세를 제외하는 것으로 계약하고, 쟁점건물가액 OOO원에 대한 세금계산서를 수수하지 아니하고 2018년 제2기분 부가가치세 신고시 환급받을 세액을 OOO원으로 신고하였다. 라. 처분청은 청구법인의 부가가치세 환급신고 검토 과정에서 쟁점건물가액이 부가가치세 과세대상인지 여부에 대하여 국세청에 과세기준자문을 신청하였고, 과세대상에 해당한다는 국세청의 2020.2.6.자 「과세기준자문 신청에 대한 회신」에 따라 청구법인에게 2020.5.11. 쟁점건물가액에 대한 2018년 제2기분 부가가치세 OOO원을 부과처분하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) (쟁점①) 쟁점건물은 철거가 예정된 폐업건물로서 이에 대해 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 조합의 매도청구권 행사에 의한 가격산정기준일인 2013.8.27.자는 청구법인이 계속사업을 영위하고 있던 시점이나, 쟁점건물의 소유권이전 등기원인일인 2018.10.31. 시점의 쟁점건물은 청구법인의 사업에 공하지 아니하는 폐업된 건물이다. 따라서 처분청은 형해화된 쟁점건물가액을 과세표준으로 산정한 위법이 있다. 1) 청구법인과 조합의 2018.10.31.자 쟁점부동산 매매계약서에 따르면, 조합이 매도청구권을 행사하여 2013.8.27.자에 매도인에게 도달하여 매도청구권의 효과가 발생하였으므로 도달한 당시의 시가(OOO원)에 의하여 매매대금을 정하며(제4조), 매도인(청구법인)과 매수인(조합)은 도시정비법이 정하는 수용절차에 따라 쟁점부동산을 협의 매수하기로 하며(제5조 제1항), 「부가가치세법 시행령」 제18조 제3항 제3호의 조항에 따라 부가가치세는 제외하고(제5조 제2항), 매수인(조합)은 취득후 당해 건물을 철거하기로 한다(제5조 제3항)고 약정하고 있다. 즉 매도청구권의 효과가 발생한 날의 시가를 매매대금으로 정하였을 뿐 쟁점건물의 등기원인일인 2018.10.31.자의 쟁점건물가액은 형해화되어 존재하지 않았다는 것은 분명한 사실이다. 2) 2018.10.31. 쟁점부동산 매매계약 당시 쟁점건물은 준공일로부터 30년이나 경과된 낙후된 건물로 도시정비사업에 따라 철거를 예정하고 매매계약을 체결한 점, 청구법인과 조합 모두 쟁점건물의 철거를 예정하고 있었으며 실제로 조합은 다른 용도로 사용하지 아니한 채 석면해체 허가 등의 지연과 사업시행상의 사유로 즉시 쟁점건물을 철거하지 못하였을 뿐인 점, 매매계약서에 쟁점건물이 표시되어 있는 것은 매도인인 청구법인의 처분행위를 막고 소유권을 포기시키는 의미일 뿐 쟁점건물의 가치이전을 전제로 한 것은 아닌 점(서울행정법원 2011.8.19. 선고 2010구합43952 판결 참조)을 고려하면 매매계약서상 쟁점건물이 명시된 것은 추후 철거하기 위한 행정절차적 필요에 따라 명시하였을 뿐이다(대법원 2003두9664, 2003.12.26., 같은 뜻임). (나) 쟁점건물을 철거하고 보상금을 수령한 것과 경제적 실질이 같다. 매도청구권 행사의 실질은 강요에 의한 재산권 상실로 부가가치세가 과세되지 아니하는 공용수용과 다르지 않다. 이러한 강제성에 의해 조합이 취득하는 것은 쟁점토지의 가치이다. 즉 사업시행자인 조합에게 있어 매매계약의 목적은 쟁점건물의 사용가치 취득이 아니라 쟁점토지의 취득이다. 공동주택의 건립 등은 반드시 기존 건물의 철거가 전제되어야 하는 것이므로 건물철거에 따른 손실보상금을 반영하여 토지가격이 높게 결정되었다고 하더라도 이러한 이유 때문에 건물철거에 따른 손실보상금을 건물공급에 따른 대가라고 볼 수는 없으며, 아울러 매매계약 당시 철거가 확정되어 사업에 공하지 아니할 것임이 확실히 예견되는 상태에서 그 철거에 따른 손실보상금에 대하여 부가가치세를 부과할 수는 없다(조심 2009부3194, 2009.12.10., 같은 뜻임). (2) (쟁점②) 쟁점건물의 실질적 폐업일은 2017.12.31.이며, 폐업 이후인 2018.10.31. 쟁점부동산 매매계약이 체결되었으므로 쟁점건물은 폐업시 잔존재화에 해당한다. (가) 쟁점건물의 실질적 폐업일은 2017.12.31.이다. 청구법인은 2017.11.30.까지 청구법인이 운영하는 스포츠센터를 폐업한다는 공고를 하였다. 이 폐업공고에는 운영사무실을 2017.12.31.까지 운영하여 회원비 환불 및 기타 관련사항을 차질 없이 조치할 것이란 내용이 포함되어 있다. 또한 OOO은행이 2017.3.17. 청구법인에게 부동산 임대차 계약 중도해지를 통보한 이후 청구법인은 현금자동입출금기(ATM)설치 운영 계약을 체결하였는데 그 계약기간은 2017.6.17.부터 2017.12.30.까지였다. (나) 사업을 폐지하는 경우 잔존하는 재화에 대한 과세표준은 사업을 폐지하는 날의 시가에 의하여 계산하는 것이나, 동 재화가 감가상각자산일 때에는 「부가가치세법 시행령」 제49조 제1항 각 호에 게기하는 금액을 시가로 하는 것(서삼46015-10275, 2002.2.21.)이며, 국세청도 “청구인이 사업장을 이전한 후 쟁점공장은 폐지되어 비어있는 상태였음을 매각 의뢰받은 부동산중개인이 확인하고 있고 양수자도 쟁점공장이 비어 있었고 전기 및 수도 등도 단전 및 단수 상태였음을 확인하고 있는 사실과 당심에서 쟁점공장의 소재지에 대한 사업자 조회하였으나 임대된 사실이 없음이 확인되는바, 사업장 이전으로 쟁점공장은 사업이 폐지되었다고 판단되며, 사업장 이전에 따라 자기사업에 사용하지 아니하는 종전 사업장의 사업용건물은 자가공급에 해당되어 그 사용하지 아니한 때를 공급시기로 하여 「부가가치세법 시행령」 제49조 제1항의 규정에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세하는 것(소비 22601-1080, 1985.10.22., 같은 뜻임)인 바, 쟁점공장의 건물에 대하여 폐지한 사업장에 잔존하는 사업용 건물의 자가공급으로 보아 전시한 법령에 의하여 과세표준이 되는 시가를 계산해보면 취득후 경과된 과세기간이 10이상으로 잔존가치가 없는 것으로 계산되므로 처분청은 청구인이 사업장을 이전한 후 기존사업장인 쟁점공장이 폐지되었는지에 대한 사실 확인없이 사업에 공한 사업용자산으로 보아 매도시점을 공급시기로 보아 부가가치세를 과세하였으나 이는 사실 파악을 소홀히 한 잘못이 있다.”고 판단(심사부가97-8046, 1997.11.7.)하였다. 또한 조세심판원은 “쟁점건물이 임대업에 공하던 건물로서 매매당시부터 철거를 전제로 양도되었다는데 대하여 당사자간에 다툼이 없고, 실제로도 양수인에 의하여 동 건물이 멸실되었을 뿐만 아니라 양도일 이후 과세사업에 공하지 아니하였으므로 일반적인 재화의 공급으로 보아 과세하기 보다는 청구인 등이 양도 당시에 임대업을 사실상 폐업한 것으로 보아 「부가가치세법」 제6조 제4항의 규정에 의한 폐업시 잔존재화로서 과세함이 타당하다.”고 판단(국심 2005서601, 2006.7.7.)하였다. 결국 쟁점건물은 실질적 폐업일(2017.12.31.) 이후인 2018.10.31.에 매매계약 되었으므로 쟁점건물은 폐업시 잔존재화에 해당한다. (3) (쟁점③) 처분청은 이 건과 같은 경우 부가가치세를 과세하지 않는다는 기존 해석사례를 삭제하고 입장을 변경하여 이 건 부과처분을 하였으므로 신의성실의 원칙을 위배하였다. (가) 「부가가치세법 시행령」 제18조 제3항 제3호는 도시정비법 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 재개발의 경우 수용되는 것이 일반적이지만, 재건축의 경우에는 매도청구권 행사에 따른 매도가 이루어지는 것이 일반적이다. 국세청은 이 건과 같은 경우 수용과 협의매도를 같은 것으로 판단하였다가 이 건 처분을 하기 전에 기존 세법해석을 변경하였다. 즉 국세청은 “사업자가「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행 인가 이후 수용절차에 따라 수용대상 재화를 협의 매도하는 경우 부가가치세법 시행령 제18조 제3항 제3호에 따라 수용에 따른 양도로 보아 부가가치세가 과세되지 아니하는 것”(2016-부가-2667, 2016.5.12.)이라 하였고, 또한 “「도시 및 주거환경정비법」에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우 2013.2.15.이후 공급하는 분부터 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보지 아니하며, 2013.2.14.이전 수용대상인 재화의 소유자가 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하는 것”(2015-부가-22436, 2015.2.17.)이라고 밝혔었는데, 2020년 2월 세법해석사례 정비명목으로 이를 삭제하였다. (다) 결국 처분청은 수용절차에 따라 수용대상 재화를 협의매도하는 경우 부가가치세를 과세하지 않는다는 기존 해석사례를 2020년 2월 삭제하고 입장을 변경하여 과세하였는바, 이는 신의성실의 원칙에 위배된다. 나. 처분청 의견 (1) (쟁점①) 청구법인은 쟁점부동산가액의 경제적 실질은 쟁점토지만의 가액이라고 주장하나, (가) 청구법인과 조합 간의 쟁점부동산 매매계약서 제3조(매매대금)에 따르면, 매매대금은 쟁점건물가액 OOO원, 쟁점토지가액 OOO원 합계 OOO원으로 쟁점건물가액에 대한 양도가액이 지급된 것이 확인된다. 반면 위 매매계약서상 쟁점건물 멸실에 따른 손실보상금 또는 철거조건의 무상양도에 관한 내용은 확인되지 않는다. (나) 조세심판원은 ‘부동산매매계약서에 건물가액이 기재되어 매매대가에 건물가액이 포함된 것으로 나타나는 반면, 건물 멸실에 따른 손실보상금 또는 철거조건의 무상양도라는 내용은 발견되지 않는 점’ 등을 근거로 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다고 결정한바 있다(조심 2010서1887, 2010.8.27. 참조). (2) (쟁점②) 청구법인은 실질적 폐업일인 2017.12.31. 이후에 매매계약된 쟁점건물은 폐업시 잔존재화에 해당된다고 주장하나, (가) 「부가가치세법」 제10조 제6항이 사업자가 폐업할 때 잔존하는 재화를 자기에게 공급하는 것으로 의제하고 있는 취지는 잔존재화에 대하여 이미 매입세액을 매출세액에서 공제하였을 것이므로 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다면 당해 사업자는 부가가치세의 부담 없이 그 잔존재화를 사용하거나 소비할 수 있게 되는 것을 방지하기 위한 것(조심 2018소3184, 2018.12.11., 대구지방법원 2016.7.19. 선고 2015구합1757 판결 등 다수, 같은 뜻임)으로 매매시점에 건물이 멸실 등이 되지 않았다면 「부가가치세법」 제9조 에 따라 당연히 과세대상에 해당한다. 또한 쟁점건물에 대한 부동산매매계약서에 의하면 쟁점건물에 대한 거래금액이 명시되어 있고 쟁점건물이 멸실되었다는 근거도 없으므로 잔존재화로 부가가치세가 면제되어야 한다는 청구법인의 주장은 부당하다. (나) 청구법인은 실질적 폐업일이 2017.12.31.이라고 주장하나, 청구법인은 현재까지 계속사업자이다. 단지 2018.12.18. 주업종을 서비스/종합체육시설에서 부동산임대사업으로, 사업장소재지를 이전 지점 주소로 각각 정정하였을 뿐이다. 즉 쟁점건물이 사업장 소재지로 등록된 청구법인의 본점(사업자등록번호 : OOO)은 현재까지 계속사업자이며, 단지 청구법인 본점 사업장 소재지를 청구법인 지점(사업자등록번호 : OOO) 사업장 소재지인 OOO로 이전하고 지점을 2018.12.7. 폐업하였을 뿐이다. (다) 또한 청구법인은 2020년 제2기 부가가치세를 확정신고하였으며 2020년 제1기 확정신고시 고정자산 매입에 따라 세액을 환급받는 등 2018년 제2기 쟁점건물에 대한 부가가치세 신고누락 외에는 부가가치세를 신고하고 있다. (3) (쟁점③) 청구법인은 처분청이 부가가치세를 과세하지 않는다는 기존 해석사례를 삭제하고 입장을 변경하여 과세하였으므로 신의성실의 원칙을 위배하였다고 주장하나, 수용과 매도청구는 전혀 별개의 개념이고, 수용에 대해서는 도시정비법 제8조 제4항 제1호의 경우(천재·지변 그 밖의 불가피한 사유로 인하여 긴급히 정비사업을 시행할 필요가 있다고 인정되는 때)에 한해서만 수용절차를 따르도록 엄격하게 규정하고 있는바, 일반재건축의 경우에 수용절차로 진행될 여지가 없다. 이 건의 경우는 수용절차로 이행될 여지가 없으므로 “수용절차의 전단계인 매도청구”라는 논리는 성립할 수 없고, 삭제된 예규도 수용절차상 매도청구를 전제로 한 것이므로 청구인이 오해한 것에 불과하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점건물은 철거가 예정된 폐업건물로서 이에 대해 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 ② 쟁점건물의 실질적 폐업일은 2017.12.31.이며, 폐업 이후인 2018.10.31. 쟁점부동산 매매계약이 체결되었으므로 쟁점건물은 폐업시 잔존재화에 해당한다는 청구주장의 당부 ③ 처분청은 이 건과 같은 경우 부가가치세를 과세하지 않는다는 기존 해석사례를 삭제하고 입장을 변경하여 이 건 부과처분을 하였으므로 신의성실의 원칙을 위배하였다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인(등록번호 : OOO)은 1999.2.2. 설립되어 체육시설 및 그 부대시설 운영업, 부동산 개발 및 임대업 등을 영위하는 법인으로 2019.10.31. 상호를 주식회사 OOO에서 주식회사 OOO로 변경등기하였다. (2) 청구법인이 제시한 사업자 등록증 및 폐업신고 접수증에 따르면, 청구법인의 본점과 지점의 사업장 소재지, 업태 및 종목, 폐업신고 내역 등은 다음과 같다. (가) 청구법인의 본점(사업자등록번호 : OOO)은 OOO라는 상호로 2003.7.11. 개업하였고, 본점 소재지 및 사업장 소재지는 OOO로 등록되어 있으며, 업태는 서비스·부동산, 종목은 종합체육시설업·전대로 각 등록되어 있다. (나) 청구법인의 지점(사업자등록번호 : OOO)은 OOO라는 상호로 2009.12.30. 개업하였고, 사업장 소재지는 OOO로 등록되어 있으며, 업태는 부동산업, 종목은 점포(자기땅)로 각 등록되어 있다. (다) 청구법인은 2018.12.18. 본점 소재지 및 사업장 소재지를 지점 소재지 및 지점 사업장으로 변경하고, 업태 및 종목도 부동산 및 임대로 정정신고하면서, 지점사업장에 대해 폐업신고를 하였다. 즉 지점을 폐업하고 본점 소재지 및 사업장 소재지를 지점으로 이전하였다. (3) 쟁점건물의 등기사항전부증명서와 건축물대장에 따르면, 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 쟁점건물의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 2003.7.24.자 매매를 원인으로 2005.1.18. 쟁점건물의 소유자가 되었고, 조합은 2018.10.31.자 매매를 원인으로 2018.11.30. 쟁점건물의 소유자가 되었다. (나) 쟁점건물의 건축물대장에 따르면, 쟁점건물 명칭은 OOO로 1984.4.30. 사용승인 받았으며, 지하3층·지상4층·옥탑으로 구성되어 있는 건물로서 연면적은 약 9,139㎡(약 2,769평), 대지면적은 약 3,399㎡(약 1,030평)이며, 2019.12.12. 철거에 의해 말소된 것으로 기재되어 있다. (4) 조합은 청구법인을 상대로 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기 청구소송을 제기하였고, 법원은 쟁점부동산에 대하여 2013.8.27. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라는 취지의 판결(대법원 2018.8.30. 선고 2015다54080 판결)을 하였다. 판결의 주요내용을 정리하면 다음과 같다. (가) 조합은 2013.6.12. 청구법인에 대하여 조합설립에 동의할 것을 최고하였으나, 청구법인이 동의하지 아니하자 도시정비법 제39조 에 따라 매도청구권을 행사하였고, 그 결과 2013.8.27. 매도청구권 행사의 효과가 발생하여 조합과 청구법인 사이에 쟁점부동산에 관하여 당시의 시가를 매매대금으로 한 매매계약이 성립되었다. (나) 시가감정결과 등을 고려할 때, 쟁점부동산의 2013.8.27. 무렵 시가는 OOO원(운동시설로 재건축될 것을 전제로 한 개발이익을 반영한 금액)이다. (다) 청구법인은 쟁점부동산 시가에서 전세권설정등기의 전세금 및 근저당권설정등기의 파담보채무액을 뺀 나머지 금액을 지급받는 것과 동시에 조합에게 쟁점부동산에 관한 소유권이전등기절차를 이행하고 쟁점부동산을 인도할 의무가 있다. (5) 청구법인은 2018.10.31. 조합과 쟁점부동산의 매매계약을 체결하였다. 매매계약의 주요내용을 정리하면 다음과 같다. (가) 조합은 청구법인에게 쟁점부동산의 매매대금으로 OOO원(쟁점건물가액 OOO원, 쟁점토지가액 OOO원)을 지급한다. 계약금 9,000,000,000원은 2018.10.31.에 지급하며, 잔금 OOO원은 2018.11.30.에 지급한다. (나) 조합이 매도청구권을 행사하여 2013.8.27.자에 청구법인에게 도달하여 매도청구권의 효과가 발생하였으므로 도달한 당시의 시가(OOO원)에 의하여 매매대금을 정하며(제4조), 청구법인과 조합은 도시정비법이 정하는 수용절차에 따라 쟁점부동산을 협의 매수하기로 하며(제5조 제1항), 「부가가치세법 시행령」 제18조 제3항 제3호의 조항에 따라 부가가치세는 제외하고(제5조 제2항), 조합은 취득후 당해 건물을 철거하기로 한다(제5조 제3항). (다) 청구법인은 쟁점부동산에 대한 계약금을 받은 후 조합에게 재건축사업에 따른 석면조사 등의 작업을 할 수 있도록 적극 협조한다(제12조). (6) 처분청은 청구법인의 부가가치세 환급신고 내용 검토 과정에서 매도청구권에 의해 협의매도하는 경우 과세제외 된다는 기존 해석(서면-2016-부가-2667, 2016.5.12.)에 대하여 국세청에 재해석을 요청한바, 국세청은 2020.2.6. “도시정비법에 따라 조합설립 인가를 받은 주택재건축정비사업자(사업시행자)가 부동산임대업을 영위하는 사업자에게 같은 법 제64조에 따른 매도청구를 행사하여 사업자가 사업시행자에게 사업용 건물을 양도하는 경우에는 「부가가치세법」 제9조 에 따라 부가가치세가 과세되는 것”이라고 회신하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점부동산 매매계약서상 쟁점건물가액 OOO원을 공급대가로 보고 부가가치세 신고 누락한 과세표준 OOO원(공급가액)에 대하여 2018년 제2기분 부가가치세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원, 세금계산서 미발급 가산세 OOO원 포함)을 2020.5.11. 부과처분하였다. (7) 국세법령정보시스템에 따르면, 국세청은 2020.2.17. 위 과세기준자문 신청에 대한 회신인 [자문]기준-2020-법령해석부가-0001을 유지사례로 하고, 기존 해석사례인 서면-2016-부가-2667(2016.5.12.) 및 서면-2015-부가-22436(2015.2.17.) 해석을 삭제하는 것으로 하여 해석을 정비하였다. 삭제사례 중 서면-2016-부가-2667(2016.5.12.)의 내용은 다음과 같다. OOO 삭제사례 중 서면-2015-부가-22436(2015.2.17.)의 내용은 다음과 같다. OOO (8) 청구법인은 쟁점건물이 폐업건물이라고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제시하였다. (가) 청구법인이 쟁점건물에서 운영하던 OOO를 2017.11.30.까지 운영한다는 폐업공고문을 제출하였다. 제출된 폐업공고문에서 “본사 운영은 폐업하기로 결정되었고, 회원비 환불 및 기타 관련사항을 차질 없이 조치할 것”이란 내용이 확인된다. (나) 청구법인은 수도설비가 폐전되었음을 입증하는 자료로 수도설비 폐전 수수료(OOO원) 지급을 위한 청구법인의 2017.12.18.자 지급품의서, OOO 시설관리공단의 2017.12.20.자 수도계량기 교체통지서를 제출하였다. (다) 청구법인은 2017년 6월경 OOO은행 OOO 지점장과 현금자동입출금기(ATM)설치 운영 계약을 체결하였고 이 계약서에 따르면 계약기간은 2017.6.17.부터 2017.12.30.까지이다. (라) 본점(사업자등록번호 :OOO) 소속의 직원 OOO 외 16명의 국민연금·건강보험·고용보험·산재보험의 상실·종료신고서를 제출하였다. 이 신고서상 보험상실일은 2017.12.1.이며, 상실사유는 폐업으로 인한 퇴사로 기재되어 있다. (마) 직원 OOO 외 28명의 퇴직금 OOO원을 지급하기 위한 2017.12.13.자 지급품의서를 제출하였다. 이 지급품의서상 지급사유는 ‘2017.11.30. 폐업으로 인한 직원 퇴직금 지급’으로 기재되어 있다. 청구법인은 위 퇴직금 OOO원이 실제로 퇴직직원에게 계좌이체되었음을 입증하기 위해 OOO은행의 이체처리결과 내역서를 제출하였다. 제출된 이체처리결과 내역서에 따르면 청구법인은 2017.12.14. 직원 OOO 외 28인에게 OOO원을 지급하였음이 확인된다. (바) OOO 회원들에 대한 회비환불내역 총 278건, 합계 OOO원의 내역서를 제출하였다. OOO은행의 이체처리결과 내역서에 따르면, 청구법인은 2017.12.15. 총 278건 합계 OOO원을 대량이체한 것으로 나타난다. (사) 그 밖에 청구법인은 OOO 등 직원에 대한 2017.11.16.자 해고예고통지서, 회원수송용 차량 임대운행 용역계약을 2017.11.20. 합의해지한다는 내용의 합의서, 셔틀버스 기사에 대한 합의금 OOO원이 2017.11.30. 계좌이체된 이체확인증 등을 제출하였다. (9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조합은 쟁점토지 위에 공동주택 등을 건설하기 위하여 청구법인으로부터 쟁점토지를 매수한 것이어서 쟁점건물은 누가 철거를 하든 철거될 운명이었던 점, 쟁점건물은 매매계약 당시 철거가 예정되어 사업에 공하지 아니할 것이 확실히 예견된 점, 쟁점부동산 매매계약 이후 조합이 쟁점건물을 철거한 점에 대해서 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없으며, 쟁점건물은 건축물대장상 2019.12.12. 철거에 의해 말소된 것으로 확인되는 점, 청구법인과 조합이 쟁점부동산을 매매하면서 체결한 매매계약서 제5조 제3항에 따르면, 매수인(조합)은 쟁점부동산을 취득 후 쟁점건물을 철거하기로 약정하였는바, 청구법인이 조합에게 쟁점건물의 인도의무를 부담하는 것이라면 구태여 이와 같은 약정내용을 둘 필요가 없었던 점, 쟁점건물은 30년 이상된 노후건물로서 쟁점토지에 공동주택 등을 신축하려는 조합은 사용가치가 없는 쟁점건물을 철거하는 것이 청구법인이 철거하는 것보다 경제적 실질에 부합하기 때문에 철거될 건물에 대한 대가가 수수되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점건물가액을 과세대상에 포함하여 이 건 부가가치세를 부과한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2009부3194, 2009.12.10., 대법원 2007.10.26. 선고 2007두14350 판결, 대법원1989.1.17. 선고 88누4713 판결, 같은 뜻임). 따라서 처분청이 2020.5.11. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO원의 부과처분은 쟁점건물의 공급가액(OOO원)을 과세대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점② 및 쟁점③은 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 부가가치세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제5조(과세기간) ③ 사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지로 한다. 이 경우 폐업일의 기준은 대통령령으로 정한다. 제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다. 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조(재화 공급의 특례) ⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가 ⑪ 제10조 제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 재화의 공급으로 보는 재화가 대통령령으로 정하는 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)인 경우에는 제3항 제3호 및 제4호에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제7조(폐업일의 기준) ① 법 제5조 제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 합병으로 인한 소멸법인의 경우: 합병법인의 변경등기일 또는 설립등기일 2. 분할로 인하여 사업을 폐업하는 경우: 분할법인의 분할변경등기일(분할법인이 소멸하는 경우에는 분할신설법인의 설립등기일) 3. 제1호 및 제2호 외의 경우: 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조제1항에 따른 폐업신고서의 접수일 제8조(사업장) ① 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

제18조(재화 공급의 범위) ① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다. 4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 ③ 제1항 제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 3. 「도시 및 주거환경정비법」, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우 제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에도 불구하고 사업자가 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제11항에서 “대통령령으로 정하는 감가상각자산”이란 「소득세법 시행령」 제62조 또는 「법인세법 시행령」 제24조 에 따른 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다. ② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다. 1. 건물 또는 구축물

제18조(재화 공급의 범위) ① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다. 4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 ③ 제1항 제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 3. 「도시 및 주거환경정비법」, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우 제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에도 불구하고 사업자가 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제11항에서 “대통령령으로 정하는 감가상각자산”이란 「소득세법 시행령」 제62조 또는 「법인세법 시행령」 제24조 에 따른 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다. ② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다. 1. 건물 또는 구축물

(3) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제14조(재화공급의 범위) ④ 제1항 제4호에 불구하고 「도시 및 주거환경정비법」ㆍ「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 따른 수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다. (4) 도시 및 주거환경정비법(2013.12.24. 법률 제12116호로 개정되기 전의 것) 제8조(주택재개발사업 등의 시행자) ② 주택재건축사업은 조합이 이를 시행하거나 조합이 조합원 과반수의 동의를 얻어 시장ㆍ군수 또는 주택공사등과 공동으로 이를 시행할 수 있다. ④ 시장ㆍ군수는 정비사업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 직접 정비사업(주거환경개선사업은 제외한다. 이하 이 조 및 제9조에서 같다)을 시행하거나, 시장ㆍ군수가 토지등소유자ㆍ「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제12호에 따른 민관합동법인 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제7항에 따른 신탁업자로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자(제1호 및 제2호의 경우만 해당하며, 이하 “지정개발자”라 한다) 또는 주택공사등을 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다. 1. 천재ㆍ지변 그 밖의 불가피한 사유로 인하여 긴급히 정비사업을 시행할 필요가 있다고 인정되는 때 제38조(토지 등의 수용 또는 사용) 사업시행자는 정비구역안에서 정비사업(주택재건축사업의 경우에는 제8조 제4항 제1호의 규정에 해당하는 사업으로 한정한다)을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제3조 의 규정에 의한 토지ㆍ물건 또는 그 밖의 권리를 취득하거나 사용할 수 있다. 다만, 가로주택정비사업의 경우에는 그러하지 아니하다. 제39조(매도청구) 사업시행자는 주택재건축사업 또는 가로주택정비사업을 시행할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자의 토지 또는 건축물에 대하여는 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제48조의 규정을 준용하여 매도청구를 할 수 있다. 이 경우 재건축결의는 조합 설립에 대한 동의(제3호의 경우에는 사업시행자 지정에 대한 동의를 말한다)로 보며, 구분소유권 및 대지사용권은 사업시행구역의 매도청구의 대상이 되는 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리로 본다. 1. 제16조 제2항 및 제3항에 따른 조합 설립의 동의를 하지 아니한 자 2. 건축물 또는 토지만 소유한 자(주택재건축사업의 경우만 해당한다) 3. 제8조 제4항에 따라 시장ㆍ군수 또는 주택공사등의 사업시행자 지정에 동의를 하지 아니한 자 제40조(공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률의 준용) ① 정비구역안에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다. 다만, 정비사업의 시행에 따른 손실보상의 기준 및 절차에 관하여는 대통령령으로 따로 정할 수 있다. (5) 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률(2014.6.3. 법률 제12738호로 개정되기 전의 것) 제48조(구분소유권 등의 매도청구 등) ① 재건축의 결의가 있으면 집회를 소집한 자는 지체 없이 그 결의에 찬성하지 아니한 구분소유자(그의 승계인을 포함한다)에 대하여 그 결의 내용에 따른 재건축에 참가할 것인지 여부를 회답할 것을 서면으로 촉구하여야 한다. ② 제1항의 촉구를 받은 구분소유자는 촉구를 받은 날부터 2개월 이내에 회답하여야 한다. ③ 제2항의 기간 내에 회답하지 아니한 경우 그 구분소유자는 재건축에 참가하지 아니하겠다는 뜻을 회답한 것으로 본다. ④ 제2항의 기간이 지나면 재건축 결의에 찬성한 각 구분소유자, 재건축 결의 내용에 따른 재건축에 참가할 뜻을 회답한 각 구분소유자(그의 승계인을 포함한다) 또는 이들 전원의 합의에 따라 구분소유권과 대지사용권을 매수하도록 지정된 자(이하 “매수지정자”라 한다)는 제2항의 기간 만료일부터 2개월 이내에 재건축에 참가하지 아니하겠다는 뜻을 회답한 구분소유자(그의 승계인을 포함한다)에게 구분소유권과 대지사용권을 시가로 매도할 것을 청구할 수 있다. 재건축 결의가 있은 후에 이 구분소유자로부터 대지사용권만을 취득한 자의 대지사용권에 대하여도 또한 같다. (6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2018.3.13. 법률 제15460호로 개정되기 전의 것) 제4조(공익사업) 이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다. 8. 그 밖에 다른 법률에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업 (7) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호 개정되기 전의 것) 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.